始底物的葡萄糖轉(zhuǎn)化成相關(guān)的終產(chǎn)物。
[0052] 路線1在圖2a中說(shuō)明。路線1經(jīng)由一系列指示步驟經(jīng)由酶途徑將D-葡萄糖（或所 述途徑中的任何中間體）轉(zhuǎn)化成5-脫氫-4-脫氧葡萄糖二酸（DDG)。路線1經(jīng)由以1，5-葡 萄糖酸內(nèi)酯、葡萄糖酸、3-脫氫葡萄糖酸（DHG)、4,6-二羥基2,5_二酮基己酸（2,5-DDH)和 4_脫氧-L-蘇-己酮糖糖醛酸（DTHU)作為中間體以及DDG作為最終終產(chǎn)物的途徑將D-葡 萄糖轉(zhuǎn)化成DDG。對(duì)于任何途徑，還可以存在未顯示的其它中間體。所述步驟是D-葡萄糖 酶轉(zhuǎn)化成1，5-葡萄糖酸內(nèi)酯（步驟1) ;1，5-葡萄糖酸內(nèi)酯酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步驟1A); 葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成3-脫氫-葡萄糖酸（DHG)(步驟2) ;3_脫氫葡萄糖酸（DHG)酶轉(zhuǎn)化成4， 6-二羥基2,5-二酮基己酸（2,5-0011)(步驟3);4,6-二羥基2,5-二酮基己酸（2,5-0011) 酶轉(zhuǎn)化成4-脫氧-L-蘇-己酮糖糖醛酸（DTHU)(步驟4);以及4-脫氧-L-蘇-己酮糖糖 醛酸（DTHU)酶轉(zhuǎn)化成5-脫氫-4-脫氧葡萄糖二酸（DDG)(步驟5)。路線1還包括子路線， 其中葡萄糖或途徑中的任何中間體轉(zhuǎn)化成為終產(chǎn)物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)底物 至產(chǎn)物的子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0053] 路線2在圖2b中說(shuō)明并且將D-葡萄糖轉(zhuǎn)化成DDG。路線2途徑中的步驟是將D-葡 萄糖酶轉(zhuǎn)化成1，5_葡萄糖酸內(nèi)酯（步驟1) ;1，5_葡萄糖酸內(nèi)酯酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步驟 1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸（步驟6);古羅糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成D-葡萄糖二酸（步驟 7) ;D-葡萄糖二酸酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟8)。路線2還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任 何中間體轉(zhuǎn)化成為終產(chǎn)物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都 在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0054] 路線2A在圖2c中說(shuō)明。路線2A中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成1，5-葡萄糖酸 內(nèi)酯（步驟1) ;1，5-葡萄糖酸內(nèi)酯酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸內(nèi)酯（步驟19);古羅糖醛酸內(nèi)酯 酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸（步驟1B);古羅糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成D-葡萄糖二酸（步驟7);以及D-葡 萄糖二酸酶轉(zhuǎn)化成5-脫氫-4-脫氧葡萄糖二酸（DDG)(步驟8)。路線2A還包括子路線，其 中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終產(chǎn)物的任何其它下游中間體， 并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)一樣。
[0055] 路線2B在圖2d中說(shuō)明。路線2B中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步 驟1和1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成5-酮葡萄糖酸（5-KGA)(步驟14) ;5-KGA酶轉(zhuǎn)化成L-艾杜 糖醛酸（步驟15) ;L-艾杜糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成艾杜糖二酸（步驟7B);艾杜糖二酸酶轉(zhuǎn)化成 DDG(步驟8A)。路線2B還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn) 化成為最終產(chǎn)物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中 完全闡述一樣公開(kāi)。
[0056] 路線2C在圖2e中說(shuō)明。路線2C中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步 驟1和1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成5-酮葡萄糖酸（5-KGA)(步驟14) ;5-KGA酶轉(zhuǎn)化成4,6_二 羥基2,5-二酮基己酸（2,5-0011)(步驟16);4,6-二羥基2,5-二酮基己酸（2,5-0011)酶轉(zhuǎn) 化成4-脫氧-5-蘇-己酮糖糖醛酸（DTHU)(步驟4) ;DTHU酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟5)。路線 2C還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終產(chǎn)物的任 何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0057] 路線2D在圖2f中說(shuō)明。路線2D中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步 驟1和1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成5-酮葡萄糖酸（5-KGA)(步驟14) ;5-KGA酶轉(zhuǎn)化至成艾杜 糖醛酸（步驟15) ;L-艾杜糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成DTHU(步驟17) ;DTHU酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟5)。 路線2D還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終產(chǎn) 物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣 公開(kāi)。
[0058] 路線2E在圖2g中說(shuō)明。路線2D中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成1，5-葡萄糖酸 內(nèi)酯（步驟1) ;1，5-葡萄糖酸內(nèi)酯酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸內(nèi)酯（步驟19);古羅糖醛酸內(nèi)酯 酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸（步驟1B);古羅糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成4-脫氧-赤-己酮糖糖醛酸（DEHU) (步驟17A) ;DEHU酶轉(zhuǎn)化成3-脫氧-D-赤-2-己酮糖二酸（DDH)(步驟7A)。路線2E還包 括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終產(chǎn)物的任何其它 下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0059] 路線2F在圖2h中說(shuō)明。路線2F中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步 驟1和1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成古羅糖醛酸（步驟6);古羅糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成4-脫氧-赤-己 酮糖糖醛酸OEHU)(步驟17) ;DEHU酶轉(zhuǎn)化成3-脫氧-D-赤-2-己酮糖二酸（DDH)(步驟 7A)。路線2F還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最 終產(chǎn)物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述 一樣公開(kāi)。
[0060] 路線3在圖3a中說(shuō)明。路線3中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成葡萄糖酸（步 驟1和1A);葡萄糖酸酶轉(zhuǎn)化成3-脫氫-葡萄糖酸（DHG)(步驟2) ;DHG酶轉(zhuǎn)化成4-脫 氧-赤-己酮糖糖醛酸（DEHU)(步驟6A) ;DEHU酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟7A)。路線3還包括子 路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終產(chǎn)物的任何其它下游 中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0061] 路線4在圖3b中說(shuō)明。路線4中的步驟是將D-葡萄糖酶轉(zhuǎn)化成a-D-葡糖-己 二醛-1，5-吡喃糖（步驟9) ;a-D-葡糖-己二醛-1，5-吡喃糖酶轉(zhuǎn)化成a-D-葡糖吡喃糖 醛酸（步驟10) ;a-D-葡糖吡喃糖醛酸酶轉(zhuǎn)化成D-葡萄糖二酸1，5-內(nèi)酯（步驟11) ;D-葡 萄糖二酸1，5-內(nèi)酯酶轉(zhuǎn)化成D-葡萄糖二酸（步驟1C) ;D-葡萄糖二酸酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟 8)。路線4還包括子路線，其中葡萄糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為最終 產(chǎn)物的任何其它下游中間體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一 樣公開(kāi)。
[0062] 路線5在圖3c中說(shuō)明。路線5中的步驟是D-半乳糖酶轉(zhuǎn)化成D-半乳糖-己二 醛糖（步驟9A) ;D-半乳糖-己二醛糖酶轉(zhuǎn)化至半乳糖醛酸酯（步驟10A);半乳糖醛酸酯 酶轉(zhuǎn)化成半乳糖二酸（步驟11A);半乳糖二酸酶轉(zhuǎn)化成DDG(步驟13)。路線5還包括子路 線，其中半乳糖或途徑中的任何中間體作為起始底物轉(zhuǎn)化成為終產(chǎn)物的任何其它下游中間 體，并且每個(gè)子路線被認(rèn)為是如同每一個(gè)都在本文中完全闡述一樣公開(kāi)。
[0063] 酶步驟
[0064] 已公開(kāi)了多種可進(jìn)行本文中概述的方法的步驟的酶（和編碼所述酶的核酸）。除 了本文中公開(kāi)的用于進(jìn)行本發(fā)明的步驟的酶的家族和種類之外，與本文中公開(kāi)的任何酶或 一類酶中的成員具有序列同一性的其它酶（或編碼所述酶的核酸）也將對(duì)本發(fā)明有用，所 述其它酶與本文中公開(kāi)的任何酶或一類酶中的成員具有至少40%或至少50%或至少60% 或至少70 %或至少80 %或至少90 %或至少95 %或至少97 %或至少98 %或至少99 %的序 列同一性。就氨基酸或核苷酸序列而言，序列同一性或同源性百分比在本文中被定義為在 為了最大同一性百分比和必要時(shí)引入空位以實(shí)現(xiàn)最大同一性或同源性百分比的比對(duì)之后， 在候選序列中與已知多肽相同的氨基酸或核苷酸殘基的百分比。核苷酸或氨基酸序列水 平的同源性或同一性可使用本領(lǐng)域已知的方法來(lái)確定，所述方法包括但不限于使用由程序blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx米用的算法的BLAST(基本局部比對(duì)搜索工具 (BasicLocalAlignmentSearchTool))分析（Altschul(1997)，NucleicAcidsRes. 25， 3389-3402,和Karlin(1990)，Proc.Natl.Acad.Sci.USA87, 2264-2268)，所述程序經(jīng)設(shè)計(jì) 用于序列相似性搜索?；蛘咭部墒褂帽疚闹泄_(kāi)的任何酶（或編碼這類酶的核酸）的功能 片段。術(shù)語(yǔ)"功能片段"是指以下多肽，其具有氨基末端和/或羧基末端缺失、而剩余氨基酸 序列與參考序列中的對(duì)應(yīng)位置具有至少約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、 80 %,85 %,86 %,87 %,88 %,89 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %, 99%或100%的序列同一性，且保留約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、