本發(fā)明屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，涉及以綿羊功能基因的插入缺失(indels)作為分子遺傳標(biāo)記，特別涉及小尾寒羊和湖羊綿羊FTH-1基因的4bp插入缺失(indels)多態(tài)性及其檢測(cè)方法。

背景技術(shù)：

在綿羊育種中，人們期望通過對(duì)繁殖性狀密切相關(guān)，并且與數(shù)量性狀緊密連鎖的DNA標(biāo)記的選擇，達(dá)到早期選種和提高育種值準(zhǔn)確性的目的，從而在畜禽育種中獲得更大的遺傳進(jìn)展。

分子育種，即分子標(biāo)記輔助選擇育種(Molecular Mark-Assist Selection,MAS)，該技術(shù)是借助DNA分子標(biāo)記對(duì)遺傳資源或育種材料進(jìn)行選擇，對(duì)畜禽的綜合性狀進(jìn)行品種改良，它是利用現(xiàn)代分子生物學(xué)和傳統(tǒng)遺傳育種相結(jié)合的方法，進(jìn)行新品種選育。

基因多態(tài)性是指不同物種或者同一物種內(nèi)的不同個(gè)體間基因組序列的差異，這些差異是由于染色體中DNA等位基因中核苷酸改變引起，主要是包括堿基的替換、插入、缺失以及重復(fù)序列拷貝數(shù)的變化。

插入缺失(Indels，insertion-deletions)標(biāo)記，指的是兩種親本中在全基因組中的差異，相對(duì)另一個(gè)親本而言，其中一個(gè)親本的基因組中有一定數(shù)量的核苷酸插入或缺失。由于大多數(shù)情況下無法獲得祖先序列，所以一般不能判斷空位位點(diǎn)上哪些序列發(fā)生了插入，哪些序列發(fā)生了缺失，故統(tǒng)稱為增減。由于這種類型的突變導(dǎo)致了更為嚴(yán)重的序列改變，對(duì)基因功能所產(chǎn)生的影響要大于因核苷酸替換而引起的影響。在以單基因?yàn)橹鞯姆肿舆M(jìn)化和系統(tǒng)發(fā)生研究中，通常忽略了序列的插入和缺失，即不考慮比對(duì)后的空位位點(diǎn)。近年來，隨著基因組數(shù)據(jù)的大量涌現(xiàn)，插入和缺失變異開始受到了越來越多的關(guān)注。目前，盡管對(duì)indels研究還不夠深入，但對(duì)其變異的研究已經(jīng)涵蓋了其發(fā)生頻率、大小、分布模式、序列進(jìn)化模型及應(yīng)用等各個(gè)方面。現(xiàn)有的研究結(jié)果表明，基因組中出現(xiàn)的indels多位于非編碼序列中，長(zhǎng)度大小是可變的，插入和缺失發(fā)生的比例在不同類群的生物中不同，并與基因組大小具有相關(guān)性。人類基因組中已經(jīng)確定了415,436個(gè)indels多態(tài)性位點(diǎn)，長(zhǎng)度在1～9989bp之間變化，以平均每7.2kb有一個(gè)indels的密度分布在整個(gè)基因組中，其中148,000(35.7％)個(gè)indels位于已知基因序列中，5,542個(gè)indels位于啟動(dòng)子和外顯子序列中。它們被分為5種：第一類是單堿基對(duì)的插入或缺失；第二類是僅單堿基對(duì)的擴(kuò)增；第三類是2～15bp重復(fù)單位的多堿基對(duì)的擴(kuò)增；第四類是轉(zhuǎn)座子插入；第五類是隨機(jī)DNA序列的插入或缺失。

目前，主要采用幾種不同的路線來發(fā)現(xiàn)基因組上的多態(tài)性：即DNA序列測(cè)定方法、等位特異性PCR(Allele Specific PCR，AS-PCR)方法、引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)等。在這些遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)中，DNA序列測(cè)定法是最為準(zhǔn)確的檢測(cè)方法，但是，其檢測(cè)費(fèi)用昂貴，且需要有DNA測(cè)序儀等大型儀器，同時(shí)，在測(cè)序過程中需要非常熟練的技術(shù)人員和經(jīng)驗(yàn)，所以，DNA序列測(cè)定法不是一種應(yīng)用于生產(chǎn)實(shí)際的理想SNP檢測(cè)方法；AS-PCR方法作為一種新型的SNP檢測(cè)方法，在未來的應(yīng)用領(lǐng)域中具有非常廣闊的前景，但是，該方法需要設(shè)計(jì)特別的引物，且只能針對(duì)特定的基因位點(diǎn)，同時(shí)，檢測(cè)過程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應(yīng)用的特點(diǎn)；而引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)技術(shù)檢測(cè)SNP位點(diǎn)，需要平板讀數(shù)儀、基因芯片、微球陣列技術(shù)和質(zhì)譜儀等檢測(cè)平臺(tái)，對(duì)于一般的分子實(shí)驗(yàn)室來說可實(shí)施性不強(qiáng)。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-單鏈構(gòu)象多態(tài)(Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism,PCR-SSCP)方法是一種檢測(cè)SNP的有效技術(shù)，在發(fā)現(xiàn)SNP位點(diǎn)后設(shè)計(jì)上下游引物，利用PCR擴(kuò)增目的片段基因，再通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)檢測(cè)分型，就能準(zhǔn)確地鑒別SNP位點(diǎn)。PCR-SSCP方法不僅具有DNA測(cè)序法的準(zhǔn)確性，又克服了費(fèi)用昂貴、操作繁瑣的缺點(diǎn)，而且所檢測(cè)的序列位點(diǎn)無特殊性要求。

FTH-1(Ferritin Heavy Polypeptide1)即鐵蛋白重鏈多肽1，鐵蛋白基因FTH-1編碼鐵蛋白重鏈亞基。鐵蛋白是動(dòng)植物體內(nèi)廣泛存在的一種可溶性組織蛋白，負(fù)責(zé)體內(nèi)鐵的存儲(chǔ)和維持細(xì)胞內(nèi)鐵的平衡，也參與細(xì)胞增殖和免疫反應(yīng)，此外FTH-1會(huì)對(duì)動(dòng)物的生長(zhǎng)和繁殖也產(chǎn)生影響。因此，F(xiàn)TH-1基因遺傳變異或SNP位點(diǎn)在動(dòng)物生產(chǎn)實(shí)踐中對(duì)繁殖性狀、生長(zhǎng)發(fā)育性狀具有重要的作用。關(guān)于動(dòng)物FTH-1基因遺傳變異的研究國(guó)內(nèi)外多見于人、牛、鼠、等動(dòng)物，而對(duì)于具有高繁殖力的綿羊未有FTH-1基因遺傳變異或SNP研究的報(bào)道。由于目前綿羊FTH-1基因遺傳變異領(lǐng)域的研究匱乏，使該基因位點(diǎn)的功能研究及該基因遺傳變異與繁殖性狀關(guān)聯(lián)的研究成為空白。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

本發(fā)明的目的在于提供一種利用PCR-SSCP檢測(cè)綿羊FTH-1基因插入缺失多態(tài)性的方法及其應(yīng)用。利用PCR-SSCP方法針對(duì)綿羊FTH-1基因位點(diǎn)上的插入缺失(Indels)多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，從而為綿羊的分子標(biāo)記輔助選擇育種提供基礎(chǔ)資料，加快中國(guó)綿羊的種質(zhì)資源改良工作。

本發(fā)明通過以下技術(shù)方案來實(shí)現(xiàn)：

針對(duì)綿羊FTH-1基因第639位處存在AGAA的插入缺失，本發(fā)明提出的利用PCR-SSCP檢測(cè)綿羊FTH-1基因插入缺失多態(tài)性的方法包括以下步驟：

以包含F(xiàn)TH-1基因的待測(cè)綿羊全基因組DNA為模板，以引物對(duì)P為引物，PCR擴(kuò)增綿羊FTH-1基因片段，用聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)變性后的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；根據(jù)電泳結(jié)果鑒定綿羊FTH-1基因第639位的插入缺失多態(tài)性；

所述的引物對(duì)P為：

上游引物：5′-GGTTTCTGAACGAGAGGAG-3′19nt；

下游引物：5′-GATGCCAGCAGTTGTCAC-3′18nt。

所述的PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序?yàn)椋?/p>

94.0℃預(yù)變性5.0min；94.0℃變性30.0s，65.0℃退火20.0s，72.0℃延伸30.0s，34個(gè)循環(huán)；72.0℃延伸5.0min。

所述的聚丙烯酰胺凝膠電泳采用質(zhì)量濃度為10％的聚丙烯酰胺凝膠。

根據(jù)聚丙烯酰胺凝膠電泳結(jié)果，F(xiàn)TH-1基因第639位存在AA、AB、BB三種基因型。

與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有以下有益的技術(shù)效果：

本發(fā)明通過設(shè)計(jì)特定的PCR引物擴(kuò)增片段，能夠用PCR-SSCP方法簡(jiǎn)便、快速、靈敏、精確的檢測(cè)插入缺失多態(tài)性。本發(fā)明提供的檢測(cè)方法為FTH-1基因的插入缺失與性狀關(guān)系的建立奠定了基礎(chǔ)，以便用于中國(guó)綿羊的標(biāo)記輔助選擇，快速建立遺傳資源優(yōu)良的綿羊種群。

本發(fā)明利用PCR-SSCP方法對(duì)綿羊FTH-1基因第639位點(diǎn)上的缺失突變可能產(chǎn)生編碼蛋白構(gòu)象發(fā)生變化的多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，當(dāng)639位點(diǎn)處存在AGAA的缺失時(shí)在轉(zhuǎn)錄過程相應(yīng)位置的蛋白質(zhì)編碼氨基酸發(fā)生改變，使具有重要生理功能的FTH-1基因所編碼蛋白的空間二、三級(jí)構(gòu)型發(fā)生變化，以至影響蛋白的生物學(xué)功能，本發(fā)明對(duì)該插入缺失多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行了基因分型和基因頻率分析，以及與綿羊繁殖性狀(產(chǎn)羔數(shù))之間進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明該位點(diǎn)能夠作為一個(gè)分子遺傳標(biāo)記，利用標(biāo)記位點(diǎn)信息和數(shù)量性狀的表型信息，更準(zhǔn)確估計(jì)動(dòng)物個(gè)體的育種值，提高選擇效率，加快育種進(jìn)展。

附圖說明

圖1為綿羊血樣基因組DNA電泳檢測(cè)圖，其中M為Marker；

圖2為綿羊FTH-1基因PCR擴(kuò)增的236bp片段的電泳圖；

圖3為綿羊FTH-1基因236bp PCR產(chǎn)物的聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果圖；

圖4為綿羊FTH-1基因639位不同基因型測(cè)序峰圖，其中，a對(duì)應(yīng)野生型，b對(duì)應(yīng)雜合型，c對(duì)應(yīng)缺失突變型。

具體實(shí)施方式

下面結(jié)合附圖和實(shí)施例對(duì)本發(fā)明做詳細(xì)說明。

本發(fā)明以FTH-1基因保守序列設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增FTH-1基因236bp片段，以綿羊基因組為模板，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序后尋找該擴(kuò)增片段的插入缺失多態(tài)；針對(duì)發(fā)現(xiàn)的插入缺失進(jìn)行性狀關(guān)聯(lián)性分析，并提供其檢測(cè)方法，使得FTH-1基因的插入缺失多態(tài)性成為一種能夠快速、方便檢測(cè)的分子遺傳標(biāo)記，為加快建立具有優(yōu)質(zhì)經(jīng)濟(jì)性狀的綿羊種群提供依據(jù)。

a、綿羊FTH-1基因多態(tài)性的檢測(cè)

1、綿羊血樣的采集及處理

分別取小尾寒羊與湖羊血樣10mL，加入0.5mol/L的EDTA 500μL抗凝，緩慢顛倒3次后放入冰盒，-80℃保存?zhèn)溆?。本發(fā)明采用小尾寒羊與湖羊品種，具體如表1所示。

表1小尾寒羊與湖羊樣品來源表

2、血樣基因組DNA的提取

(1)將冷凍血樣室溫解凍，轉(zhuǎn)移500μL至1.5mL Eppendorf管，加入等體積PBS緩沖液，充分混勻，12000r/min離心10min(4℃)，棄去上清液，重復(fù)上述步驟至上清液透明、沉淀呈淡黃色；

(2)在離心管中加入DNA抽提緩沖液500μL，搖動(dòng)，使血細(xì)胞沉淀脫離離心管管壁，37℃水浴1h。DNA抽提緩沖液的配制：0.6057g的Tris、18.612g的EDTA和2.5g的SDS加超純水500mL，滅菌、調(diào)pH至8.0，4℃保存?zhèn)溆茫?/p>

(3)加蛋白酶K 3μL(20mg/mL)并混勻，55℃過夜至澄清，尚未澄清者，可補(bǔ)加1μL蛋白酶K混勻繼續(xù)消化至澄清；

(4)將反應(yīng)液冷卻至室溫，加Tris-飽和酚500μL，溫和搖動(dòng)離心管20min，使其充分混勻；4℃，12000r/min離心10min，將上清液轉(zhuǎn)入另一1.5mL離心管中，重復(fù)一次；

(5)加氯仿500μL，充分混勻20min，4℃，12000r/min離心10min，將上清液轉(zhuǎn)入另一1.5mL離心管中；

(6)加0.1倍體積的NaAc緩沖液及2倍體積的冰冷的無水乙醇，混合轉(zhuǎn)動(dòng)離心管直至白色的絮狀沉淀析出，-20℃保存30～60min；

(7)4℃，12000r/min離心10min，棄去上清液，用70％的冰冷乙醇漂洗DNA沉淀2次；

(8)4℃，12000r/min離心10min，棄去上清液，室溫下使乙醇揮發(fā)干凈；

(9)干燥后的DNA溶于80～100μL的TE-緩沖液或超純水，4℃保存直至DNA完全溶解，0.8％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)其質(zhì)量，-80℃保存。

3、DNA池的構(gòu)建

(1)1％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)

選部分DNA樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，選擇DNA樣品條帶均一、無拖尾、無降解的樣品進(jìn)行DNA池的構(gòu)建。

(2)OD值測(cè)定

用紫外光光度計(jì)測(cè)定DNA樣品在260nm、280nm處的OD值。計(jì)算DNA含量和OD₂₆₀/OD₂₈₀的比值。如OD₂₆₀/OD₂₈₀比值小于1.6，說明樣品中含有較多的蛋白質(zhì)或酚，則應(yīng)進(jìn)行純化；若比值大于1.8，則應(yīng)該考慮去除RNA純化。

DNA濃度(ng/μL)＝50×OD₂₆₀值×稀釋倍數(shù)

(3)品種DNA池的構(gòu)建

DNA檢測(cè)完畢后，取出一定的量稀釋至50ng/μL，然后從小尾寒羊、湖羊10個(gè)濃度為50ng/μL DNA樣品中取10μL混合分別構(gòu)建成品種DNA池。

小尾寒羊與湖羊血樣基因組DNA的檢測(cè)結(jié)果見圖1，從圖中可以看出小尾寒羊與湖羊基因組DNA的質(zhì)量非常高。

4、PCR擴(kuò)增

以小尾寒羊與湖羊DNA池為模版，用設(shè)計(jì)的引物對(duì)P進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR總反應(yīng)體系為25.6μL，見表2；PCR反應(yīng)程序，見表3。

表2 PCR反應(yīng)體系

表3 PCR反應(yīng)程序

5、PCR產(chǎn)物純化和測(cè)序

PCR擴(kuò)增完成之后進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳，電泳結(jié)果如圖2所示，可以清楚看到236bp的條帶；然后進(jìn)行PCR產(chǎn)物的SSCP分析。具體造作步驟如下：

(1)電泳裝置準(zhǔn)備。兩玻璃板洗凈晾干，放入電泳槽中，用夾子固定。

(2)用1％的瓊脂糖凝膠封底。

(3)制膠：制備10％的聚丙烯酰胺凝膠(10％的聚丙烯酰胺凝膠配方：30％丙烯酰胺16.7mL，10×TBE 5.0mL，去離子水28.3mL，10％過硫酸銨300.0μL，TEMED 32.0μL)。

(4)將配制好的聚丙烯酰胺凝膠混勻后迅速向傾斜玻璃板緩慢灌入，避免氣泡產(chǎn)生，插入梳子，在室溫下放置40min～60min使之凝固，多余膠液回收保存。

(5)上樣：將8.0μL PCR產(chǎn)物與8.0μL變性上樣緩沖液充分混勻后，在PCR擴(kuò)增儀中98℃充分變性10min，之后迅速置于-20℃冰箱冷卻30min，將16.0μL混合液全部加到凝膠加樣孔中。

(6)電泳：在4℃條件下，首先用250V電壓電泳20min，轉(zhuǎn)而在120V電壓下電泳3h。

(7)固定：將膠卸下，放入70％乙醇中，在搖床上固定15min，用純水漂洗2次，每次漂洗3min。

(8)染色：加入染色液染色10min，倒掉染色液，用純水漂洗3次，每次漂洗3min。

(9)顯色：加入顯色液，至條帶清晰時(shí)，倒掉顯色液，加純水漂洗3次，每次漂洗3min。

觀察結(jié)果，進(jìn)行拍照記錄，然后將顯色的凝膠回收，置于4℃保存。

根據(jù)PPCR-SSCP結(jié)果，把表現(xiàn)出不同帶型個(gè)體(圖3)的PCR純化產(chǎn)物送上海生物工程有限公司進(jìn)行雙向測(cè)序。小尾寒羊與湖羊FTH-1基因不同基因型個(gè)體目的片段236bp的測(cè)序結(jié)果如圖4所示。

對(duì)測(cè)序峰圖進(jìn)行分析，其中在同一位點(diǎn)有部分堿基的缺失的是發(fā)生了核苷酸突變；位于小尾寒羊與湖羊FTH-1基因的第639位出現(xiàn)了AGAA插入與未插入兩種檢測(cè)結(jié)果，即為篩查到的小尾寒羊與湖羊FTH-1基因的indels多態(tài)性。

b、小尾寒羊與湖羊FTH-1基因AGAA插入突變多態(tài)性的PCR-SSCP檢測(cè)

1、PCR-SSCP引物設(shè)計(jì)

針對(duì)測(cè)序峰圖包含的第639位的AGAA缺失突變，利用引物設(shè)計(jì)軟件Primer5.0進(jìn)行設(shè)計(jì)引物，在突變位點(diǎn)的上下游區(qū)段設(shè)計(jì)引物，具體引物設(shè)計(jì)為：

上游引物：5′-GGTTTCTGAACGAGAGGAG-3′19nt；

下游引物：5′-GATGCCAGCAGTTGTCAC-3′18nt。

上述引物能夠擴(kuò)增小尾寒羊與湖羊FTH-1基因236bp目的片段。

2、PCR-SSCP反應(yīng)條件

PCR產(chǎn)物擴(kuò)增體系和反應(yīng)條件分別如表2和表3所述。

3、PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的聚丙烯酰氨凝膠電泳分型

(1)聚丙烯酰氨凝膠的制備：30％丙烯酰胺16.7mL，10×TBE 5.0mL，去離子水28.3mL，10％過硫酸銨300.0μL，TEMED 32.0μL

(2)電泳條件：在4℃條件下，首先用250V電壓電泳20min，轉(zhuǎn)而在120V電壓下電泳3h。

(3)上樣：將8.0μL PCR產(chǎn)物與8.0μL變性上樣緩沖液(95％甲酰胺、10mol/L EDTA、0.05％溴酚蘭、0.05％二甲苯青)充分混勻后，在PCR擴(kuò)增儀中98℃充分變性10min，之后迅速置于-20℃冰箱冷卻30min，將16.0μL混合液全部加到凝膠加樣孔中。

(4)將膠體進(jìn)行染色顯色

用BIO-RAD Gel Doc 2000凝膠成像分析系統(tǒng)照相分析，并判型、記錄其基因型；

當(dāng)小尾寒羊與湖羊的FTH-1基因第639位未發(fā)生AGAA缺失突變時(shí)，其基因型記為AA。由于小尾寒羊與湖羊?yàn)?倍體動(dòng)物，所以當(dāng)發(fā)生模板鏈AGAA的缺失時(shí)，可形成3種不同的基因型，分別為AA、AB、BB，其PCR-SSCP檢測(cè)的凝膠結(jié)果如圖3所示：

其中，AA基因型為野生型，具有一個(gè)條帶；BB基因型為突變型，具有一個(gè)條帶；AB基因型為雜合子，具有兩個(gè)條帶，且AA基因型的條帶的位置與AB基因型靠近上樣端的條帶位置對(duì)應(yīng)，而BB基因型的條帶的位置與AB基因型遠(yuǎn)離上樣端的條帶位置對(duì)應(yīng)。如圖3所示的凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果能夠很清楚的判定是否發(fā)生了AGAA的缺失，將三種基因型區(qū)分開，從而檢測(cè)其插入缺失多態(tài)性。

(4)不同基因型個(gè)體PCR產(chǎn)物的測(cè)序驗(yàn)證

利用ABI 377和ABI 3730測(cè)序儀對(duì)不同基因型個(gè)體PCR產(chǎn)物分別進(jìn)行正反雙向測(cè)序；同時(shí)，進(jìn)行序列分析，結(jié)果表明雜合子AB基因型個(gè)體其第639位的測(cè)序圖表示為一條模板鏈AGAA的插入而另外一條缺失AGAA，如圖4b；而BB基因型個(gè)體其第639位的測(cè)序圖表示為兩條模板鏈AGAA的缺失，如圖4c所示；AA基因型個(gè)體其第639位的測(cè)序圖表示為兩條模板鏈都有AGAA的插入，如圖4a所示。

c、不同綿羊群體的FTH-1基因第639位的插入缺失多態(tài)性作為分子標(biāo)記的應(yīng)用

1、群體核苷酸多態(tài)性的檢測(cè)

利用上述的插入缺失多態(tài)性檢測(cè)方法對(duì)小尾寒羊與湖羊共計(jì)365份DNA樣品，進(jìn)行插入缺失多態(tài)性的鑒定；統(tǒng)計(jì)其插入缺失位點(diǎn)的頻率分布情況。

2、插入缺失位點(diǎn)的頻率統(tǒng)計(jì)分析

基因型頻率是指一個(gè)群體中某一性狀的某種基因型個(gè)體數(shù)占總個(gè)體數(shù)的比率。P_AA＝N_AA/N，其中P_AA代表某一位點(diǎn)的AA基因型頻率；N_AA表示群體中具有AA基因型的個(gè)體數(shù)；N為檢測(cè)群體的總數(shù)量。

基因頻率是指一個(gè)群體中某一基因數(shù)對(duì)其等位基因總數(shù)的相對(duì)比率。計(jì)算的公式可以寫成：P_A＝(2N_AA+N_Aa1+N_Aa2+……+N_Aan)/2N。式中，P_A表示等位基因A頻率，N_AA表示群體中具有AA基因型的個(gè)體數(shù)量，N_Aai表示群體中具有Aai基因型個(gè)體數(shù)量，a1-an為等位基因A的n個(gè)不同的復(fù)等位基因；統(tǒng)計(jì)結(jié)果見表4。

表4小尾寒羊與湖羊FTH-1基因第639位插入缺失基因頻率分布表

3、基因效應(yīng)的關(guān)聯(lián)分析

利用SAS(9.2)軟件分析基因位點(diǎn)與繁殖性狀(產(chǎn)羔數(shù))的相關(guān)性。先對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行描述性統(tǒng)計(jì)分析，確定是否存在離群值，根據(jù)數(shù)據(jù)特征，利用t分析、方差分析或是多元線性模型分析基因型效應(yīng)。在數(shù)據(jù)處理中，根據(jù)影響產(chǎn)羔數(shù)因素不同，考慮到環(huán)境效應(yīng)、年齡、基因型效應(yīng)及相關(guān)的互作效應(yīng)，采用固定模型進(jìn)行分析，同時(shí)，根據(jù)實(shí)際情況進(jìn)行取舍。完整的模型如下：

Y_ijk＝μ+G_j+E_ijk

其中：Y_ijk為個(gè)體表型記錄；μ為群體均值；G_j為各位點(diǎn)的基因型效應(yīng)；E_ijk為隨機(jī)誤差。

表5 FTH-1基因插入缺失多態(tài)性與綿羊繁殖性狀之間的方差分析

參見表5，結(jié)果表明，在綿羊FTH-1基因組序列的第639位點(diǎn)上的不同基因型與綿羊產(chǎn)羔數(shù)關(guān)聯(lián)分析表明，其中，AA、AB基因型個(gè)體的產(chǎn)羔數(shù)高于BB基因型。

核苷酸序列表

<110> 蘭州大學(xué)

<120> 利用PCR-SSCP檢測(cè)綿羊FTH-1基因插入缺失多態(tài)性的方法及其應(yīng)用

<160> 2

<210> 1

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工合成

<400> 1

ggtttctgaa cgagaggag 19

<210> 2

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工合成

<400> 2

gatgccagca gttgtcac 18