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一種分析Igκ基因二次重排中間產(chǎn)物的方法及試劑盒與流程

文檔序號:11937005閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種分析Igκ基因二次重排中間產(chǎn)物的方法,該方法采用lm-pcr方法捕獲在Igκ基因二次重排中被替換掉的初次重排片段VκJκ-intron-RS,該方法包括:骨髓B淋巴細(xì)胞的流式分選,B淋巴細(xì)胞基因組DNA的提取,linker的制備,基因組DNA與linker的連接反應(yīng),lm-pcr擴(kuò)增,瓊脂糖凝膠電泳并回收目標(biāo)片段,克隆測序驗(yàn)證目標(biāo)片段。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于所述lm-pcr的模板是連接有l(wèi)inker的基因組DNA,linker由人工合成的寡聚脫氧核苷酸鏈BW-1和BW-2制備而成,linker的制備條件是:分別取2nmoles BW-1和BW-2于PH值為7.7、濃度為250mM的Tris溶液中,定容為100ul,將混合物置于PCR儀上,90℃5min,60℃5min,常溫冷卻,-20℃冰箱保存。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于所述的連接有l(wèi)inker的基因組DNA是將從B淋巴細(xì)胞中提取得到的基因組DNA與制備好的linker進(jìn)行連接反應(yīng)所得,反應(yīng)體系為:基因組DNA 30μl,linker 2μl,10×ligase Buffer 4μl,T4DNAligase 1.5μl,ddH2O 2.5μl,共40μl;上述反應(yīng)體系在4℃過夜反應(yīng),-20℃冰箱保存。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于所述lm-pcr能靈敏和特異性地捕獲VκJκ-intron-RS基因片段。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法,其特征在于lm-pcr中特異性擴(kuò)增下游引物JκBW-LCH的3’端含有TSACAC六個(gè)堿基,這六個(gè)堿基與重組信號序列RS中的保守序列互補(bǔ),增強(qiáng)了lm-pcr的靈敏性和特異性;下游引物JκBW-LCH序列為:JκBW-LCH actgacgtgg aatcgccaga ccacast;其中兼并堿基為:S=G/C。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于lm-pcr中特異性擴(kuò)增上游引物包括Vκout和Vκin,Vκout和Vκin均與Vκ基因片段的框架區(qū)2互補(bǔ),Vκout的互補(bǔ)區(qū)位于Vκin的外側(cè),兩者均為兼并引物,能夠與同一Vκ基因家族中的不同Vκ基因片段結(jié)合并進(jìn)行擴(kuò)增,從而提高了lm-pcr反應(yīng)的靈敏性和特異性;上游引物序列為:

Vκ4Aout caacctggct tctggagtcc c;Vκ4Ain gctcgcttca gtggcagtgg;

Vκ4C out ytggctyctg gagtccc;Vκ4C in tcgcttcagt ggcagtggg;

Vκ19Aout tggagtccct gatcgcttca c;Vκ19Ain ggcagtggat ctgggrcagat;

Vκ23Aout ctctgggatc ccctccagg;Vκ23Ain tggcagtggatcagggacag;

Vκ12out tctcctcagc tcctgrtctat;Vκ12in aggttcagtg gcagtggatc;

VκRF out ggatccactt tgcaatctgg aattcc;VκRF in tcaaggttca gtggcagtgg atc;

其中兼并堿基為:Y=C/T。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法,其特征在于由于連接有l(wèi)inker的基因組DNA中含有的Igκ基因二次重排中間產(chǎn)物量比較少,lm-pcr包括兩次擴(kuò)增即lm-pcr1和lm-pcr2,lm-pcr1的模板是連接有l(wèi)inker的基因組DNA,上下游引物分別為Vκout和JκBW-LCH,lm-pcr2的模板是lm-pcr1的擴(kuò)增產(chǎn)物,上下游引物分別為Vκin和JκBW-LCH,lm-pcr1是對基因組中的模板量進(jìn)行擴(kuò)充,lm-pcr2是保證特異性兼大量擴(kuò)增Igκ基因二次重排中間產(chǎn)物。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法,其特征在于lm-pcr1和lm-pcr2均使用熱啟動酶,以及采用兩步循環(huán)法,lm-pcr1反應(yīng)體系為:ligated genomic DNA 100-200ng、Vκout 1.5μl、JκBW-LCH 1.5μl、GoTaqG2HotStartPolymerase 0.125μl、5×Buffer 5μl、2.5mM dNTP Mix 2μl、MgCL22μl和ddH2O 11μl,總體系為25μl;PCR程序設(shè)置為:95℃2min,95℃3min,95℃45s,66℃或68℃3min,循環(huán)12—15次,72℃10min,4℃forever;

Lm-pcr2反應(yīng)體系為:lm-pcr1products 4μl、Vκin 3μl、JκBW-LCH 3μl、GoTaqG2HotStartPolymerase 0.25μl、5×Buffer 10μl、2.5mM dNTPMix 4μl、MgCL24μl和ddH2O 22μl,總體系為50μl;PCR程序設(shè)置為:95℃2min,95℃3min,95℃45s,66℃或68℃3min,循環(huán)35—38次,72℃10min,4℃forever。

9.一種分析Igκ基因二次重排中間產(chǎn)物的試劑盒,該試劑盒包含制備linker所需的寡核苷酸鏈BW-1和BW-2,其序列如SEQ ID NO 1和SEQ ID NO 2所示;lm-pcr的上游引物:Vκ4Aout、Vκ4Ain、Vκ4C out、Vκ4C in、Vκ19Aout、Vκ19Ain、Vκ23Aout、Vκ23Ain、Vκ12out、Vκ12in、VκRF out和VκRF in,其序列如SEQ ID NO 4-15所示;lm-pcr的下游引物JκBW-LCH,其序列如SEQ ID NO 3所示。

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