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用于富集含稀有等位基因的物質(zhì)的核酸分子的競爭性組合物的制作方法

文檔序號:12285416閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種核酸檢測組合物,其包含:

包含第一靶標(biāo)探針寡核苷酸和第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶核酸探針,其中第一靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與靶核酸序列互補的靶標(biāo)探針互補區(qū),其中第二靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與靶標(biāo)探針互補區(qū)的第一靶標(biāo)探針互補子序列互補的靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū)從而提供靶標(biāo)雙鏈探針部分和靶標(biāo)單鏈探針部分,其中所述靶標(biāo)雙鏈探針部分包含所述第一靶標(biāo)探針互補子序列和所述靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū),并且所述靶標(biāo)單鏈探針部分包含所述靶標(biāo)探針互補區(qū)的第二靶標(biāo)探針互補子序列;

靶標(biāo)輔助寡核苷酸,其中所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸是與所述靶核酸探針分離的第二靶標(biāo)探針寡核苷酸;

包含第一變體探針寡核苷酸和第二變體探針寡核苷酸的變體核酸探針,其中第一變體探針寡核苷酸包含與變體核酸序列互補的變體探針互補區(qū),其中第二變體探針寡核苷酸包含與變體探針互補區(qū)的第一變體探針互補子序列互補的變體探針保護(hù)區(qū)從而提供變體雙鏈探針部分和變體單鏈探針部分,其中所述變體雙鏈探針部分包含所述第一變體探針互補子序列和所述變體探針保護(hù)區(qū),并且所述變體單鏈探針部分包含所述變體探針互補區(qū)的第二變體探針互補子序列,其中所述靶標(biāo)探針互補區(qū)和所述變體探針互補區(qū)共有至少2個由非保守序列分隔的保守序列;和

變體輔助寡核苷酸,其中所述變體輔助寡核苷酸是與所述變體核酸探針分離的第二變體寡核苷酸。

2.如權(quán)利要求1所述的組合物,其特征在于,所述非保守序列是單核苷酸。

3.如權(quán)利要求1所述的組合物,其特征在于,所述靶標(biāo)探針互補區(qū)和所述變體探針互補區(qū)共有2個由非保守序列分隔的保守序列。

4.如權(quán)利要求3所述的組合物,其特征在于,所述非保守序列是單核苷酸。

5.如權(quán)利要求1所述的組合物,其特征在于,所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與之偶聯(lián)的捕獲部分或可檢測標(biāo)簽。

6.如權(quán)利要求5所述的組合物,其特征在于,所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸包含足量的猝滅劑以防止對所述可檢測標(biāo)簽的檢測或?qū)λ霾东@部分的捕獲。

7.如權(quán)利要求1所述的組合物,還包含第三靶標(biāo)探針寡核苷酸,其與所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非互補區(qū)雜交,其中所述第三靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與之偶聯(lián)的捕獲部分或可檢測標(biāo)簽。

8.如權(quán)利要求7所述的組合物,還包含第四靶標(biāo)探針寡核苷酸,其與第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非保護(hù)區(qū)雜交,其中所述第四靶標(biāo)探針寡核苷酸包含猝滅劑,其足夠防止對所述可檢測標(biāo)簽的檢測或?qū)λ霾东@部分的捕獲。

9.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于1∶1至約小于100000∶1。

10.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于10∶1至小于10000∶1。

11.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于100∶1至小于1000∶1。

12.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為約900∶1。

13.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于1∶1000至小于100000∶1。

14.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于1∶100至小于10000∶1。

15.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸的濃度相對于所述靶核酸探針的濃度為大于1∶10至小于1000∶1。

16.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體輔助寡核苷酸的濃度相對于所述變體核酸探針的濃度為大于1∶1000至小于100000∶1。

17.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體輔助寡核苷酸的濃度相對于所述變體核酸探針的濃度為大于1∶100至小于10000∶1。

18.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述變體輔助寡核苷酸的濃度相對于所述變體核酸探針的濃度為大于1∶10至小于1000∶1。

19.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶核酸探針具有靶標(biāo)反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能(ΔG°rxn1),其中所述變體核酸探針具有變體反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能(ΔG°rxn2),并且其中ΔG°rxn1大于ΔG°rxn2+1kcal/mol之和。

20.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶核酸探針具有定義為ΔG°rxn1+Rτln([Pt]/[PtCt])的用濃度調(diào)整的靶標(biāo)反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能,其中變體核酸探針具有定義為ΔG°rxn2+Rτln([Pv]/[PvCv])的變體反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能,其中R為理想氣體常數(shù),τ是開爾文溫度,Pt是所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸的初始濃度,PtCt是所述靶核酸探針的初始濃度,Pv是所述變體輔助寡核苷酸的初始濃度,PVCV是所述變體核酸探針的濃度,其中所述靶核酸探針的用濃度調(diào)整的反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能大于所述變體核酸探針的用濃度調(diào)整的反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能+1kcal/mol之和。

21.如權(quán)利要求1-8中任一項所述的組合物,其特征在于,所述靶核酸探針具有靶標(biāo)反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能(ΔG°rxn1),其中所述變體核酸探針具有變體反應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)自由能(ΔG°rxn2),并且其中ΔG°rxn1大于ΔG°rxn2,并且ΔG°rxn2大于-7kcal/mol。

22.如權(quán)利要求1所述的組合物,其特征在于,所述靶核酸探針還包含第三寡核苷酸和第四寡核苷酸,其中所述第三寡核苷酸包含第一靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列和第四寡核苷酸特異性子序列,其中所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列與所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非互補區(qū)互補,其中所述第四寡核苷酸包含第二靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列和第三寡核苷酸特異性子序列,其中所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列與所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非保護(hù)區(qū)互補,其中所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非保護(hù)區(qū)不與所述靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū)重疊,其中所述第四寡核苷酸特異性子序列與所述第三寡核苷酸特異性子序列互補,并且其中所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸還包含所述第四寡核苷酸。

23.如權(quán)利要求22所述的組合物,其特征在于,所述第三寡核苷酸的第四寡核苷酸特異性子序列包含與之偶聯(lián)的捕獲部分或可檢測標(biāo)簽。

24.如權(quán)利要求23所述的組合物,其特征在于,所述第四寡核苷酸的第三寡核苷酸特異性子序列包含足量的猝滅劑以防止對所述可檢測標(biāo)簽的檢測或?qū)λ霾东@部分的捕獲。

25.如權(quán)利要求1所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針還包含第三寡核苷酸和第四寡核苷酸,其中所述第三寡核苷酸包含第一變體探針寡核苷酸特異性子序列和第四寡核苷酸特異性子序列,其中所述第一變體探針寡核苷酸特異性子序列與所述第一變體探針寡核苷酸的變體探針非互補區(qū)互補,其中所述第四寡核苷酸包含第二變體探針寡核苷酸特異性子序列和第三寡核苷酸特異性子序列,其中所述第二變體探針寡核苷酸特異性子序列與所述第二變體探針寡核苷酸的變體探針非保護(hù)區(qū)互補,其中所述第二變體探針寡核苷酸的變體探針非保護(hù)區(qū)不與所述變體探針保護(hù)區(qū)重疊,其中所述第四寡核苷酸特異性子序列與第三寡核苷酸特異性子序列互補,并且其中所述變體輔助寡核苷酸還包含所述第四寡核苷酸。

26.一種核酸檢測組合物,其包含:

包含第一靶標(biāo)探針寡核苷酸和第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶核酸探針,其中第一靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與靶核酸序列互補的靶標(biāo)探針互補區(qū),其中第二靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與靶標(biāo)探針互補區(qū)的第一靶標(biāo)探針互補子序列互補的靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū)從而提供靶標(biāo)雙鏈探針部分和靶標(biāo)單鏈探針部分,其中所述靶標(biāo)雙鏈探針部分包含所述第一靶標(biāo)探針互補子序列和所述靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū),并且所述靶標(biāo)單鏈探針部分包含所述靶標(biāo)探針互補區(qū)的第二靶標(biāo)探針互補子序列;

靶標(biāo)輔助寡核苷酸,其中所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸是與所述靶核酸探針分離的第二靶標(biāo)探針寡核苷酸;和

包含第一變體探針寡核苷酸的變體核酸探針,其中所述第一變體探針寡核苷酸包含與變體核酸序列互補的變體探針互補區(qū),其中所述靶標(biāo)探針互補區(qū)和所述變體探針互補區(qū)共有至少2個由非保守序列分隔的保守序列。

27.如權(quán)利要求26所述的組合物,其特征在于,所述靶核酸探針還包含第三寡核苷酸和第四寡核苷酸,其中所述第三寡核苷酸包含第一靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列和第四寡核苷酸特異性子序列,其中所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列與所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非互補區(qū)互補,其中所述第四寡核苷酸包含第二靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列和第三寡核苷酸特異性子序列,其中所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸特異性子序列與所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非保護(hù)區(qū)互補,其中所述第二靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶標(biāo)探針非保護(hù)區(qū)不與所述靶標(biāo)探針保護(hù)區(qū)重疊,其中所述第四寡核苷酸特異性子序列與所述第三寡核苷酸特異性子序列互補,并且其中所述靶標(biāo)輔助寡核苷酸還包含所述第四寡核苷酸。

28.一種核酸檢測組合物,其包含:

包含第一靶標(biāo)探針寡核苷酸的靶核酸探針,其中所述第一靶標(biāo)探針寡核苷酸包含與靶核酸序列互補的靶標(biāo)探針互補區(qū);

包含第一變體探針寡核苷酸和第二變體探針寡核苷酸的變體核酸探針,其中第一變體探針寡核苷酸包含與變體核酸序列互補的變體探針互補區(qū),其中第二變體探針寡核苷酸包含與變體探針互補區(qū)的第一變體探針互補子序列互補的變體探針保護(hù)區(qū)從而提供變體雙鏈探針部分和變體單鏈探針部分,其中所述變體雙鏈探針部分包含所述第一變體探針互補子序列和所述變體探針保護(hù)區(qū),并且所述變體單鏈探針部分包含所述變體探針互補區(qū)的第二變體探針互補子序列,其中所述靶標(biāo)探針互補區(qū)和所述變體探針互補區(qū)共有至少2個由非保守序列分隔的保守序列;和

變體輔助寡核苷酸,其中所述變體輔助寡核苷酸是與所述變體核酸探針分離的第二變體寡核苷酸。

29.如權(quán)利要求28所述的組合物,其特征在于,所述變體核酸探針還包含第三寡核苷酸和第四寡核苷酸,其中所述第三寡核苷酸包含第一變體探針寡核苷酸特異性子序列和第四寡核苷酸特異性子序列,其中所述第一變體探針寡核苷酸特異性子序列與所述第一變體探針寡核苷酸的變體探針非互補區(qū)互補,其中所述第四寡核苷酸包含第二變體探針寡核苷酸特異性子序列和第三寡核苷酸特異性子序列,其中所述第二變體探針寡核苷酸特異性子序列與所述第二變體探針寡核苷酸的變體探針非保護(hù)區(qū)互補,其中所述第二變體探針寡核苷酸的變體探針非保護(hù)區(qū)不與所述變體探針保護(hù)區(qū)重疊,其中所述第四寡核苷酸特異性子序列與所述第三寡核苷酸特異性子序列互補,并且其中所述變體輔助寡核苷酸還包含所述第四寡核苷酸。

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