1.一種確定胎兒染色體中微缺失微重復的方法,其特征在于,包括以下步驟:
S1、獲得含有微缺失微重復片段的濃度fm;
S2、獲得男性胎兒核酸濃度fy或女性胎兒核酸濃度fs;
S3、計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與男性胎兒核酸濃度fy的比值rmY=fm/fy,或計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與女性胎兒核酸濃度fs的比值rms=fm/fs;
S4、根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復的拷貝數(shù)計算rmY或rms,過濾掉假陽性;
S5、取rmY的小數(shù)部分dmY,或rms的小數(shù)部分dms,判斷dmY或dms是否為陽性,否則過濾掉結果;
S6、計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與男性胎兒核酸濃度fy的和為amY=fm+fy,或計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與女性胎兒核酸濃度fs的和為ams=fm+fs;
S7、根據(jù)判定原則對微缺失微重復的片段進行過濾,過濾后得到胎兒染色體微缺失微重復片段。
2.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟S1中含有微缺失微重復片段的濃度fm通過如下步驟獲得:
S11、根據(jù)含有微缺失微重復的初級窗口,獲得不含微缺失微重復的初級窗口,計算含有微缺失微重復的初級窗口的總序列數(shù)和含有微缺失微重復的初級窗口的總數(shù)目,以及不含有微缺失微重復的初級窗口的總序列數(shù)和不含有微缺失微重復的初級窗口的總數(shù)目;
S12、獲得含有微缺失微重復的初級窗口的平均深度d1,d1=含有微缺失微重復的初級窗口的總序列數(shù)/含有微缺失微重復的初級窗口的數(shù)目;
S13、獲得不含微缺失微重復的初級窗口的平均深度d2,d2=不含微缺失微重復的初級窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復的初級窗口的總數(shù)目;
S14、計算含有微缺失微重復片段的濃度fm,fm=2×︱d2-d1︱/d2。
3.根據(jù)權利要求2所述的方法,其特征在于,所述含有微缺失微重復的終極窗口通過以下步驟獲得:
S111、對含有游離核酸的生物樣本進行核酸測序,以便獲得由多個測序數(shù)據(jù)構成的測序結果;
S112、將所述測序結果與參考基因組進行比對,以便構建唯一比對測序序列集,所述唯一比對測序序列集中的每一個測序序列僅能夠與所述參考基因組的一個位置匹配;
S113、確定所述唯一比對測序序列集中各唯一比對測序序列的長度;
S114、按照預定長度將參考基因組劃分為多個初級窗口,所述預定長度為1bp~5M;
S115、統(tǒng)計所述各唯一比對測序序列落入各個初級窗口的數(shù)目;
S116、對落入初級窗口中的序列數(shù)進行GC修正,以及對修正后的結果進行批次間調整;
S117、將預定數(shù)目個相鄰的初級窗口合并為多個次級窗口,確定各個次級窗口中的序列數(shù)目;
S118、對各個次級窗口進行統(tǒng)計檢驗,計算出T1值,根據(jù)所述T1值過濾所述次級窗口;
S119、對過濾后的次級窗口進行統(tǒng)計檢驗,計算出T2值,根據(jù)所述T2值將相鄰兩個無顯著性差異的次級窗口合并為終極窗口;
S120、重復步驟S118-S120,直至無法合并;
S121、對最終合并得到的終極窗口進行假設檢驗,獲得含有微缺失微重復的終極窗口。
4.根據(jù)權利要求3所述的方法,其特征在于,所述步驟S114中的預定長度為1bp~5M,所述步驟S117中的預定數(shù)目為5~100個。
5.根據(jù)權利要求3所述的方法,其特征在于,所述步驟S118中T1值包括根據(jù)Z檢驗或T檢驗計算得到,所述過濾為將T1值在-3~3之間的次級窗口過濾掉。
6.根據(jù)權利要求3所述的方法,其特征在于,所述步驟S119中T2值包括根據(jù)秩和檢驗、符號檢驗或游程檢驗計算得到,所述無顯著性差異為相鄰兩個窗口的T2值在-3~3之間。
7.根據(jù)權利要求3所述的方法,其特征在于,所述步驟S121中假設檢驗包括根據(jù)Z檢驗或T檢驗計算得到,即當檢驗的統(tǒng)計量>3或者<-3,判定為含有微缺失微重復的終極窗口。
8.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟S2中所述男性胎兒核酸濃度fy通過如下步驟獲得:
S211、對含有游離核酸的生物樣本進行測序,獲得由多個測序數(shù)據(jù)構成的測序結果;
S212、根據(jù)所述測序結果,確定所述樣品中的Y染色體中唯一比對測序序列落入初級窗口的數(shù)目;
S213、統(tǒng)計Y染色體上各初級窗口中唯一比對測序序列的數(shù)目總和以及所述初級窗口的總數(shù)目;
S214、獲得Y染色體中初級窗口的平均深度dy,dy=Y染色體上唯一比對測序序列數(shù)目總和/Y染色體上初級窗口的數(shù)目;
S215、獲得男性胎兒核酸濃度fy,fy=2×dy/d2,所述d2為不含微缺失微重復的初級窗口的平均深度,d2=不含微缺失微重復的初級窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復的初級窗口的數(shù)目。
9.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟S2中女性胎兒核酸濃度fs通過如下步驟獲得:
S221、對含有游離核酸的生物樣本進行測序,獲得由多個測序數(shù)據(jù)構成的測序結果;
S222、根據(jù)所述測序結果,確定所述樣品中長度落入預定范圍的唯一比對測序序列的數(shù)目;
S223、基于所述長度落入預定范圍的唯一比對測序序列的數(shù)目,確定在所述預定范圍內出現(xiàn)唯一比對測序序列的頻率;
S224、根據(jù)所述預定范圍內出現(xiàn)唯一比對測序序列的頻率,根據(jù)預定函數(shù),確定所述樣本中女性胎兒核酸濃度fs。
10.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟S4還包括:若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計算得到rmY≧2或所述重復的拷貝數(shù)計算得到rmY≧6,則判定為不可信,過濾掉假陽性結果;
或者,若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計算得到rms≧2或所述重復的拷貝數(shù)計算得到rms≧6,則判定為不可信,過濾掉假陽性結果。
11.根據(jù)權利要求1所述的方法,其特征在于,所述步驟S5還包括:若dmY<0.13或dmY>0.85,則dmY為陽性;
或者,若dms<0.15或dms>0.791,則dms為陽性。
12.根據(jù)權利要求1述的方法,其特征在于,所述步驟S7中的判定原則為:若amY在0.95~1.05之間,則認為所述微缺失微重復的片段來自于母親,過濾所述微缺失微重復的片段;
或者,若ams在0.93~1.06之間,則認為所述微缺失微重復的片段來自于母親,過濾所述微缺失微重復的片段。
13.一種確定胎兒染色體中微缺失微重復的設備,其特征在于,包括:
微缺失微重復片段濃度計算裝置,用于獲得含有微缺失微重復片段的濃度fm;
胎兒核酸濃度獲得裝置,用于獲得男性胎兒核酸濃度fy或女性胎兒核酸濃度fs;
比值計算裝置,用于計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與男性胎兒核酸濃度fy的比值rmY=fm/fy,或計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與女性胎兒核酸濃度fs的比值rms=fm/fs;
第一過濾裝置,用于根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復的拷貝數(shù)計算rmY或rms,過濾掉假陽性;
第二過濾裝置,用于取rmY的小數(shù)部分dmY,或rms的小數(shù)部分dms,判斷dmY或dms是否為陽性,否則過濾掉結果;
和值計算裝置,用于計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與男性胎兒核酸濃度fy的和為amY=fm+fy,或計算含有微缺失微重復片段的濃度fm與女性胎兒核酸濃度fs的和為ams=fm+fs;
第三過濾裝置,用于根據(jù)判定原則對微缺失微重復片段進行過濾,過濾后得到胎兒染色體微缺失微重復片段。