本發(fā)明涉及生物信息分析技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析系統(tǒng)及方法，特別涉及無(wú)參轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化分析方法。
背景技術(shù)：
隨著第二代測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展，其高通量、快速、低成本的特點(diǎn)成為越來(lái)越多的生物學(xué)研究者在解決生物學(xué)問(wèn)題時(shí)的首選，尤其在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方面更顯示出極大的潛力。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)即特定生物體在某種狀態(tài)下所有基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，也是連接基因組遺傳信息與生物功能(蛋白質(zhì)組)的必然紐帶。
轉(zhuǎn)錄組研究是功能基因組研究的一項(xiàng)重要內(nèi)容。相對(duì)于真核生物全基因組測(cè)序來(lái)說(shuō)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的序列不含有內(nèi)含子及其它非編碼序列，因此轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有著無(wú)可比擬的高性價(jià)比優(yōu)勢(shì)。研究基因組結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性及遺傳語(yǔ)言的根本規(guī)律，需要對(duì)測(cè)序所得的海量數(shù)據(jù)進(jìn)行精準(zhǔn)且全面的揭示和分析。
目前轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析技術(shù)可以解決新基因的深度發(fā)掘、低豐度轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)、轉(zhuǎn)錄圖譜繪制、可變剪接的調(diào)控、代謝途徑確定、基因家族鑒定及進(jìn)化分析等各方面的問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)等各個(gè)領(lǐng)域。
目前現(xiàn)存的轉(zhuǎn)錄組分析方式存在以下缺陷：每項(xiàng)分析內(nèi)容可選軟件很多，不同生物信息分析人員使用的軟件不統(tǒng)一，分析人員的技術(shù)水平也有高有低，給出的分析結(jié)果存在差異，導(dǎo)致后期項(xiàng)目交接困難，高級(jí)分析難以開(kāi)展，容易導(dǎo)致分析項(xiàng)目的錯(cuò)漏。同時(shí)，各項(xiàng)分析需要單獨(dú)運(yùn)行，不能自動(dòng)分配計(jì)算節(jié)點(diǎn)，也不能自動(dòng)銜接后續(xù)分析，增加了分析等待時(shí)間，影響測(cè)序數(shù)據(jù)的處理效率。
發(fā)明創(chuàng)造內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)所存在的缺陷而提供一種無(wú)參轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化分析方法，該無(wú)參轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化分析方法基于Perl語(yǔ)言的自動(dòng)化分析流程，可進(jìn)行批量項(xiàng)目分析，提高服務(wù)器使用效率，減少分析人員的分析壓力，便于控制分析內(nèi)容。
為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明所采用的技術(shù)方案如下：
一種無(wú)參轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化分析方法，包括如下步驟：
1)輸入要進(jìn)行分析的項(xiàng)目信息步驟
將項(xiàng)目開(kāi)題單號(hào)、物種類型、email、KAAS注釋參考物種、樣品過(guò)濾數(shù)據(jù)、樣品分組以及需要分析的項(xiàng)目以一行表示一個(gè)信息進(jìn)行輸入；
2)開(kāi)始標(biāo)準(zhǔn)分析步驟
根據(jù)步驟1)所設(shè)定的需要分析的項(xiàng)目，進(jìn)行后續(xù)分析，該步驟默認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)流程包括轉(zhuǎn)錄本拼接、Unigene聚類、Unigene功能注釋、表達(dá)定量、表達(dá)差異富集分析以及結(jié)構(gòu)分析；
3)查看程序輸出和運(yùn)行日志步驟
在分析進(jìn)行過(guò)程中，如果程序出現(xiàn)問(wèn)題，會(huì)將錯(cuò)誤信息保存到對(duì)應(yīng)的分析項(xiàng)目的目錄下，同時(shí)分析流程使用的命令也會(huì)寫入日志文件；通過(guò)檢查日志文件和錯(cuò)誤信息，保證分析結(jié)果的正確性。
本發(fā)明的有益效果在于：
基于Perl語(yǔ)言和PBS集群管理軟件的自動(dòng)化分析流程，可進(jìn)行批量項(xiàng)目分析，自動(dòng)銜接分析項(xiàng)目，提高服務(wù)器使用效率，減少分析人員的分析壓力，便于控制分析內(nèi)容。
附圖說(shuō)明
圖1為本發(fā)明的無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化流程的方法流程圖。
具體實(shí)施方式
為了能夠更清楚地理解本發(fā)明的技術(shù)內(nèi)容，特舉以下實(shí)施例詳細(xì)說(shuō)明。
請(qǐng)參閱圖1所示，為本發(fā)明的無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)處理方法的步驟流程圖。
在具體實(shí)施方式中，該方法如圖1所示包括以下步驟：
(1)輸入的需要分析的項(xiàng)目的信息文件；
(2)檢測(cè)信息的是否滿足條件(格式是否正確)，；
(3)格式正確后，會(huì)生成對(duì)應(yīng)的分析項(xiàng)目列表，按照項(xiàng)目分析的前后順序進(jìn)行分析；
(4)查找項(xiàng)目需要的數(shù)據(jù)，判斷是否存在，如果存在，進(jìn)行分析，如果不存在，寫入日志，該項(xiàng)目不分析；
(5)按照程序設(shè)定的目錄結(jié)構(gòu)，輸出結(jié)果文件。
在實(shí)際應(yīng)用中，本發(fā)明的方法所利用的工具包共包含1個(gè)Perl編寫主程序代碼和47個(gè)Perl、R或shell編寫的子程序代碼。主程序名為：RNASeq_Denovo_Main.pl。
流程所使用的每個(gè)子程序腳本既能夠獨(dú)立執(zhí)行，也可以嵌入到已有的數(shù)據(jù)分析流程中，使用非常靈活。
程序基于的Perl、R和shell語(yǔ)言，可以在Linux、MacOS等多種類unix系統(tǒng)平臺(tái)下使用，能夠在任意安裝上述系統(tǒng)的服務(wù)器上進(jìn)行使用。
在應(yīng)用過(guò)程中，上述腳本會(huì)返回一系列詳細(xì)的參數(shù)設(shè)置和對(duì)應(yīng)的參數(shù)說(shuō)明，指導(dǎo)數(shù)據(jù)分析人員正確使用這些方法。其中，參數(shù)分為兩種類型：必要參數(shù)和可選參數(shù)。必要參數(shù)要求由數(shù)據(jù)分析人員提供輸入值，無(wú)默認(rèn)值?？蛇x參數(shù)的默認(rèn)值有預(yù)設(shè)值，分析人員也可以結(jié)合實(shí)際需求進(jìn)行調(diào)整，具有靈活性。
在此說(shuō)明書(shū)中，本發(fā)明已參照其特定的實(shí)施例作了描述。但是，很顯然仍可以作出各種修改和變換而不背離本發(fā)明的精神和范圍。因此，說(shuō)明書(shū)和附圖應(yīng)被認(rèn)為是說(shuō)明性的而非限制性的。