本發(fā)明涉及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，具體的，確定染色體中微缺失和微重復(fù)的方法及設(shè)備。
背景技術(shù)：
：在無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)(NIPT)臨床領(lǐng)域，胎兒微缺失微重復(fù)的篩查靈敏度較低?，F(xiàn)有基于母親外周血估算胎兒染色體微缺失微重復(fù)的方法主要分為以下兩個(gè)方向：1)基于在母親血漿中胚胎DNA序列比例的變化估算微缺失微重復(fù)。2)利用單核苷酸多態(tài)性(SNPs)位點(diǎn)表現(xiàn)的差異化，選擇多個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行估算。現(xiàn)有的檢測(cè)方法都存在一定的局限性，檢測(cè)的方法1)精度較低，會(huì)出現(xiàn)大量的假陽(yáng)性結(jié)果，由于結(jié)果僅根據(jù)某區(qū)域內(nèi)片段的比例的變化來(lái)得出檢測(cè)結(jié)果，缺乏有效的過(guò)濾方法，假陽(yáng)性的出現(xiàn)很難避免。方法2)需要探針捕獲和高深度測(cè)序，或者需要獲得父源性信息，高深度捕獲需要設(shè)計(jì)芯片，增加了實(shí)驗(yàn)的難度，高深度測(cè)序會(huì)增加一定的成本，未被捕獲的部分則不能進(jìn)行測(cè)定。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的在于，提供一種確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的方法及設(shè)備，該方法通過(guò)計(jì)算胎兒微缺失微重復(fù)的片段濃度及胎兒本身核酸的濃度，對(duì)微缺失微重復(fù)進(jìn)行評(píng)估，降低假陽(yáng)性率，精準(zhǔn)度高?；谝陨夏康?，本發(fā)明一方面提供一種確定胎兒染色體中微缺失重復(fù)的方法，包括以下步驟：S1、獲得含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m；S2、獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y或女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；S3、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；S4、根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算rmY或rms，過(guò)濾掉假陽(yáng)性；S5、取rmY的小數(shù)部分dmY，或rms的小數(shù)部分dms，判斷dmY或dms是否為陽(yáng)性，否則過(guò)濾掉結(jié)果；S6、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；S7、根據(jù)判定原則對(duì)微缺失微重復(fù)的片段進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾后得到胎兒染色體微缺失微重復(fù)片段。本發(fā)明另一方面還提供一種確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的設(shè)備，包括：微缺失微重復(fù)片段濃度計(jì)算裝置，用于獲得含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m；胎兒核酸濃度獲得裝置，用于獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y或女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；比值計(jì)算裝置，用于計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；第一過(guò)濾裝置，用于根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算rmY或rms，過(guò)濾掉假陽(yáng)性；第二過(guò)濾裝置，用于取rmY的小數(shù)部分dmY，或rms的小數(shù)部分dms，判斷dmY或dms是否為陽(yáng)性，否則過(guò)濾掉結(jié)果；和值計(jì)算裝置，用于計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；第三過(guò)濾裝置，用于根據(jù)判定原則對(duì)微缺失微重復(fù)片段進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾后得到胎兒染色體微缺失微重復(fù)片段。本發(fā)明提供的方法及裝置，能夠精確的確定染色體中的微缺失微重復(fù)，尤其適用于確定孕婦外周血中的胎兒染色體的微缺失微重復(fù)。同現(xiàn)有技術(shù)相比：1、本發(fā)明不需要額外的芯片設(shè)計(jì)，節(jié)省了芯片設(shè)計(jì)的費(fèi)用，并使得實(shí)驗(yàn)方法簡(jiǎn)單。2、不需要高深度的測(cè)序，在用全基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行染色體非整倍性的基礎(chǔ)上對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)的處理，能夠直接得出準(zhǔn)確的微缺失微重復(fù)結(jié)果，無(wú)需增加數(shù)據(jù)量。3、克服了現(xiàn)有技術(shù)中采用snp的方法可能會(huì)遺漏一些捕獲無(wú)法達(dá)到的區(qū)域，本發(fā)明可以在全基因組上進(jìn)行檢測(cè)。4、首次實(shí)現(xiàn)了用全基因組測(cè)序的方法，判斷胎兒微缺失微重復(fù)濃度。5、降低了假陽(yáng)性，提高了準(zhǔn)確度。6、去除了母體微缺失微重復(fù)對(duì)胎兒的影響，提高準(zhǔn)確度。附圖說(shuō)明圖1是本發(fā)明一實(shí)施例中確定胎兒染色體微缺失微重復(fù)的方法的流程圖。圖2是圖1實(shí)施例中的獲得含有微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m的方法的流程圖。圖3是圖1實(shí)施例中的獲得含有微缺失微重復(fù)終極窗口的方法的流程圖。圖4是圖1實(shí)施例中的獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的方法的流程圖。圖5是圖1實(shí)施例中的獲得女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的方法的流程圖。圖6是圖5方法中的獲得預(yù)定范圍的方法的流程圖。圖7是圖5方法中的獲得預(yù)定的函數(shù)的方法的流程圖。圖8是本發(fā)明另一實(shí)施例中確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的設(shè)備的結(jié)構(gòu)框圖。圖9是圖8實(shí)施例中的含有微缺失微重復(fù)片段的濃度計(jì)算裝置的結(jié)構(gòu)框圖。圖10是圖8實(shí)施例中的微缺失微重復(fù)所在終極窗口獲得單元的結(jié)構(gòu)框圖。圖11是圖8實(shí)施例中的男性胎兒核酸濃度f(wàn)y獲得單元的結(jié)構(gòu)框圖。圖12是圖8實(shí)施例中的女性胎兒核酸濃度f(wàn)s獲得單元的結(jié)構(gòu)框圖。圖13是圖8實(shí)施例中的預(yù)定范圍確定元件的結(jié)構(gòu)框圖。圖14是圖8實(shí)施例中的預(yù)定函數(shù)確定元件的結(jié)構(gòu)框圖。圖15是實(shí)施例2中19個(gè)樣本微缺失微重復(fù)結(jié)果展示圖。主要元件符號(hào)說(shuō)明如下具體實(shí)施方式將結(jié)合上述附圖進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明。具體實(shí)施方式下面詳細(xì)描述本發(fā)明的實(shí)施例。下面通過(guò)參考附圖描述的實(shí)施例是示例性的，僅用于解釋本發(fā)明，而不能理解為對(duì)本發(fā)明的限制。需要說(shuō)明的是，術(shù)語(yǔ)“初級(jí)”、“次級(jí)”、“終極”僅用于描述目的，而不能理解為指示或暗示相對(duì)重要性或者隱含指明所指示的技術(shù)特征的數(shù)量。由此，限定有“初級(jí)”、“次級(jí)”、“終極”的特征可以明示或者隱含地包括一個(gè)或更多個(gè)該特征。進(jìn)一步地，在本發(fā)明的描述中，除非另有說(shuō)明，“多個(gè)”的含義是兩個(gè)或兩個(gè)以上。本發(fā)明中的“唯一比對(duì)序列”、“唯一比對(duì)測(cè)序序列”有時(shí)也可稱(chēng)之為“序列”、“測(cè)序序列”。術(shù)語(yǔ)“母體樣品”在本文中是指這樣的生物樣品，其獲自妊娠受試者，例如，婦女。術(shù)語(yǔ)“微缺失微重復(fù)”是指染色體上出現(xiàn)長(zhǎng)度為1.5kb-10Mb的缺失或重復(fù)。術(shù)語(yǔ)“GC修正”是指對(duì)序列中的GC含量進(jìn)行修正。參見(jiàn)圖1，本發(fā)明提供一種確定胎兒染色體微缺失微重復(fù)的方法，包括：S1、獲得含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m；S2、獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y或女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；S3、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；S4、根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算rmY或rms，過(guò)濾掉假陽(yáng)性；S5、取rmY的小數(shù)部分dmY，或rms的小數(shù)部分dms，判斷dmY或dms是否為陽(yáng)性，否則過(guò)濾掉結(jié)果；S6、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；S7、根據(jù)判定原則對(duì)微缺失微重復(fù)的片段進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾后得到胎兒染色體微缺失微重復(fù)片段。發(fā)明人驚奇的發(fā)現(xiàn)，利用本發(fā)明的方法能夠精確的確定染色體中的微缺失微重復(fù)，尤其適用于確定孕婦外周血中的胎兒染色體的微缺失微重復(fù)。參見(jiàn)圖2，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S1中含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m通過(guò)如下步驟獲得：S11、根據(jù)含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，獲得不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，計(jì)算含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目，以及不含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和不含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；S12、獲得含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d1，d1＝含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；S13、獲得不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d2，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；S14、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m，fm＝2×︱d2-d1︱/d2。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解的，所述不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目及序列數(shù)可由含有微缺失微重復(fù)終極窗口的方法推導(dǎo)得到。例如，終極窗口有個(gè)起始和終止位置的絕對(duì)坐標(biāo)，根據(jù)與次級(jí)窗口的坐標(biāo)的關(guān)系，找到次級(jí)窗口的坐標(biāo)，然后確認(rèn)次級(jí)窗口有多少初級(jí)窗口在，去掉最初和最后的初級(jí)窗口，以排除數(shù)據(jù)的波動(dòng)，然后得到最終的初級(jí)窗口，計(jì)算得到總序列數(shù)。參見(jiàn)圖3，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述含有微缺失微重復(fù)的終極窗口通過(guò)以下步驟獲得：S111、對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行核酸測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；S112、將所述測(cè)序結(jié)果與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，以便構(gòu)建唯一比對(duì)測(cè)序序列集，所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中的每一個(gè)測(cè)序序列僅能夠與所述參考基因組的一個(gè)位置匹配；S113、確定所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中各唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度；S114、按照預(yù)定長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，所述預(yù)定長(zhǎng)度為1bp～5M；S115、統(tǒng)計(jì)所述各唯一比對(duì)測(cè)序序列落入各個(gè)初級(jí)窗口的數(shù)目；S116、對(duì)落入初級(jí)窗口中的序列數(shù)進(jìn)行GC修正，以及對(duì)修正后的結(jié)果進(jìn)行批次間調(diào)整；S117、將預(yù)定數(shù)目個(gè)相鄰的初級(jí)窗口合并為多個(gè)次級(jí)窗口，確定各個(gè)次級(jí)窗口中的序列數(shù)目；S118、對(duì)各個(gè)次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T1值，根據(jù)所述T1值過(guò)濾所述次級(jí)窗口；S119、對(duì)過(guò)濾后的次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T2值，根據(jù)所述T2值將相鄰兩個(gè)無(wú)顯著性差異的次級(jí)窗口合并為終極窗口；S120、重復(fù)步驟S118-S120，直至無(wú)法合并；S121、對(duì)最終合并得到的終極窗口進(jìn)行假設(shè)檢驗(yàn)，獲得含有微缺失微重復(fù)的終極窗口。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述含有游離核酸的生物樣本為孕婦外周血中的游離胎兒核酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述核酸為DNA。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述測(cè)序結(jié)果包括所述游離核酸的長(zhǎng)度及堿基排列順序。所述“長(zhǎng)度”是指核酸的長(zhǎng)度，可以用堿基對(duì)即bp作為單位。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述測(cè)序?yàn)殡p末端測(cè)序、單末端測(cè)序或單分子測(cè)序。由此，容易得到游離核酸的長(zhǎng)度，有利于后續(xù)步驟的進(jìn)行。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解的，由于血樣中游離胎兒DNA比較短，因需要獲得所有游離DNA分子的長(zhǎng)度，從而單末端測(cè)序需測(cè)通整條游離DNA分子，或者采用雙末端測(cè)序。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S114中的預(yù)定長(zhǎng)度為1bp～5M，所述步驟S117中的預(yù)定數(shù)目為5～100個(gè)。優(yōu)選所述預(yù)定長(zhǎng)度為20～40Kb。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述GC修正的方法包括采用局部加權(quán)回歸法，線性回歸法或邏輯回歸法。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述批次間調(diào)整為用測(cè)序的批次內(nèi)所有樣本計(jì)算對(duì)應(yīng)的每個(gè)初級(jí)窗口的基線，根據(jù)基線對(duì)每個(gè)初級(jí)窗口內(nèi)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目進(jìn)行加權(quán)修正。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S118中T1值包括根據(jù)Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述過(guò)濾為將T1值在-3～3之間的次級(jí)窗口過(guò)濾掉。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S119中T2值包括根據(jù)秩和檢驗(yàn)、符號(hào)檢驗(yàn)或游程檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述無(wú)顯著性差異為相鄰兩個(gè)窗口的T2值在-3～3之間。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S121中假設(shè)檢驗(yàn)包括根據(jù)Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述檢驗(yàn)閾值定義為3。也即，當(dāng)檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)量>3或者<-3，判定為含有微缺失微重復(fù)的終極窗口。參見(jiàn)圖4，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S2中所述男性胎兒核酸濃度f(wàn)y通過(guò)如下步驟獲得：S211、對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行測(cè)序，獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；S212、根據(jù)所述測(cè)序結(jié)果確定所述樣品中的Y染色體中唯一比對(duì)測(cè)序序列落入初級(jí)窗口的數(shù)目；S213、統(tǒng)計(jì)Y染色體上各初級(jí)窗口中唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目總和以及所述初級(jí)窗口的總數(shù)目；S214、獲得Y染色體中初級(jí)窗口的平均深度dy，dy＝Y(jié)染色體上唯一比對(duì)測(cè)序序列數(shù)目總和/Y染色體上初級(jí)窗口的數(shù)目；S215、獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y，fy＝2×dy/d2，所述d2為不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的數(shù)目。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解的，所述不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目及序列數(shù)可由含有微缺失微重復(fù)終極窗口的方法推導(dǎo)得到。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S212進(jìn)一步包括：按照預(yù)定長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，去除Y染色體中唯一比對(duì)序列數(shù)目大于平均序列數(shù)目5倍以上的初級(jí)窗口。優(yōu)選的，所述初級(jí)窗口為經(jīng)過(guò)GC修改調(diào)整后的初級(jí)窗口。參見(jiàn)圖5，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S2中女性胎兒核酸濃度f(wàn)s通過(guò)如下步驟獲得：S221、對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行測(cè)序，獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；S222、根據(jù)所述測(cè)序結(jié)果，確定所述樣品中長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目；S223、基于所述長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目，確定在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；S224、根據(jù)所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率，根據(jù)預(yù)定函數(shù)，確定所述樣本中女性胎兒核酸濃度f(wàn)s。參見(jiàn)圖6，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S222中預(yù)定范圍通過(guò)如下步驟確定：S2221、確定所述多個(gè)對(duì)照樣品中所包含的唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度；S2222、設(shè)定多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍，并分別確定所述多個(gè)對(duì)照樣品在各候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；S2223、基于所述多個(gè)對(duì)照樣品在各候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率以及所述對(duì)照樣品中核酸的濃度，確定各所述候選長(zhǎng)度范圍與所述對(duì)照樣品中核酸的濃度的相關(guān)性系數(shù)；S2224、基于所述相關(guān)性系數(shù)的數(shù)值，確定至少一個(gè)候選長(zhǎng)度范圍或者候選長(zhǎng)度范圍組合作為所述預(yù)定范圍。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定范圍是基于多個(gè)對(duì)照樣品確定的，其中，所述對(duì)照樣品中核酸的濃度是已知的，優(yōu)選的，所述預(yù)定范圍是基于至少20個(gè)對(duì)照樣品確定的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述對(duì)照樣品為已知游離胎兒核酸比例的懷有正常男胎的孕婦外周血樣本，并且所述對(duì)照樣品中核酸濃度是利用Y染色體確定的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述對(duì)照樣品中游離胎兒核酸濃度是利用Y染色體確定，也即通過(guò)本發(fā)明上述男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的方法確定的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述S2222中候選長(zhǎng)度范圍的跨度為1～300bp，優(yōu)選的為1～20bp。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍的步長(zhǎng)為1～2bp。例如，所述候選長(zhǎng)度范圍分別為1～20，2～21，3～22……，其中跨度為20bp，步長(zhǎng)為1bp。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S222中預(yù)定范圍為179bp-206bp。參見(jiàn)圖7，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S223中預(yù)定的函數(shù)通過(guò)如下步驟獲得：S2231、分別在所述多個(gè)對(duì)照樣品中，確定在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；S2232、將所述多個(gè)對(duì)照樣品中在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率與已知的核酸濃度進(jìn)行擬合，以便確定所述預(yù)定的函數(shù)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述擬合為線性擬合。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定函數(shù)為d＝-0.3215×p+1.62562，其中，d表示核酸濃度，p表示在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S4還包括：若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧2或所述重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果；或者，若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧2或所述重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S5還包括：若dmY<0.13或dmY>0.85，則dmY為陽(yáng)性；或者，若dms<0.15或dms>0.791，則dms為陽(yáng)性。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述步驟S7中的判定原則為：若amY在0.95～1.05之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段；或者，若ams在0.93～1.06之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段。參見(jiàn)圖8，本發(fā)明一方面還提供一種確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的設(shè)備100，包括：微缺失微重復(fù)片段濃度計(jì)算裝置110，用于獲得含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m；胎兒核酸濃度獲得裝置120，用于獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y或女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；比值計(jì)算裝置130，用于計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；第一過(guò)濾裝置140，用于根據(jù)缺失的拷貝數(shù)或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算rmY或rms，過(guò)濾掉假陽(yáng)性；第二過(guò)濾裝置150，用于取rmY的小數(shù)部分dmY，或rms的小數(shù)部分dms，判斷dmY或dms是否為陽(yáng)性，否則過(guò)濾掉結(jié)果；和值計(jì)算裝置160，用于計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；第三過(guò)濾裝置170，用于根據(jù)判定原則對(duì)微缺失微重復(fù)片段進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾后得到胎兒染色體微缺失微重復(fù)片段。參見(jiàn)圖9，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述微缺失微重復(fù)片段濃度計(jì)算裝置110進(jìn)一步包括：初極窗口獲得單元111，用于根據(jù)含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，獲得不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，計(jì)算含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目，以及不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和不含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的數(shù)目；第一平均深度獲得單元112，用于獲得含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d1，d1＝含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的數(shù)目；第二平均深度獲得單元113，用于獲得不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d2，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；微缺失微重復(fù)片段濃度獲得單元114，用于計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m，fm＝2×︱d2-d1︱/d2。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述微缺失微重復(fù)片段濃度計(jì)算裝置110進(jìn)一步包括微缺失微重復(fù)所在終極窗口獲得單元115，參見(jiàn)圖10，所述微缺失微重復(fù)所在終極窗口獲得單元115包括：第一測(cè)序元件1151，用于對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行核酸測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；比對(duì)元件1152，用于將所述測(cè)序結(jié)果與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，以便構(gòu)建唯一比對(duì)測(cè)序序列集，所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中的每一個(gè)測(cè)序序列僅能夠與所述參考基因組的一個(gè)位置匹配；長(zhǎng)度確定元件1153，用于確定所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中各唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度；初級(jí)窗口確定元件1154，用于按照預(yù)定長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，所述預(yù)定長(zhǎng)度為1bp～5M；第一統(tǒng)計(jì)元件1155，用于統(tǒng)計(jì)所述各唯一比對(duì)測(cè)序序列落入各個(gè)初級(jí)窗口的數(shù)目；修正元件1156，用于對(duì)落入初級(jí)窗口中的序列數(shù)進(jìn)行GC修正，以及對(duì)修正后的結(jié)果進(jìn)行批次間調(diào)整；第一合并元件1157，用于將預(yù)定數(shù)目個(gè)相鄰的初級(jí)窗口合并為多個(gè)次級(jí)窗口，確定各個(gè)次級(jí)窗口中的序列數(shù)目；第一過(guò)濾元件1158，用于對(duì)各個(gè)次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T1值，根據(jù)所述T1值過(guò)濾所述次級(jí)窗口；第二合并元件1159，用于對(duì)過(guò)濾后的次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T2值，根據(jù)所述T2值將相鄰兩個(gè)無(wú)顯著性差異的次級(jí)窗口合并為終極窗口；重復(fù)元件1160，用于重復(fù)啟動(dòng)第一過(guò)濾元件1158、第二合并元件1159，直至無(wú)法合并；微缺失微重復(fù)終極窗口確定元件1161，用于對(duì)最終合并得到的終極窗口進(jìn)行假設(shè)檢驗(yàn)，獲得含有微缺失微重復(fù)的終極窗口。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第一合并元件1157中的預(yù)定數(shù)目為5～100個(gè)。優(yōu)選所述預(yù)定長(zhǎng)度為20～40Kb。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述修正元件1156中的GC修正的方法包括采用局部加權(quán)回歸法，線性回歸法或邏輯回歸法。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述修正元件1156中的批次間調(diào)整為用測(cè)序的批次內(nèi)所有樣本計(jì)算對(duì)應(yīng)的每個(gè)初級(jí)窗口的基線，根據(jù)基線對(duì)每個(gè)初級(jí)窗口內(nèi)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目進(jìn)行加權(quán)修正。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第一過(guò)濾元件1158中T1值包括根據(jù)Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述過(guò)濾為將T1值在-3～3之間的次級(jí)窗口過(guò)濾掉。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第二合并元件1159中T2值包括根據(jù)秩和檢驗(yàn)、符號(hào)檢驗(yàn)或游程檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述無(wú)顯著性差異為相鄰兩個(gè)窗口的T2值在-3～3之間。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述微缺失微重復(fù)終極窗口確定元件1161中的假設(shè)檢驗(yàn)包括根據(jù)Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到，所述檢驗(yàn)閾值定義為3。也即，當(dāng)檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)量>3或者<-3，判定為含有微缺失微重復(fù)的終極窗口。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述胎兒核酸濃度獲得裝置120進(jìn)一步包括男性胎兒核酸濃度f(wàn)y獲得單元121，參見(jiàn)圖11，所述男性胎兒核酸濃度f(wàn)y獲得單元121包括：第二測(cè)序元件1211，用于對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行測(cè)序，獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；第一數(shù)目確定元件1212，用于根據(jù)所述測(cè)序結(jié)果確定所述樣品中的Y染色體中唯一比對(duì)測(cè)序序列落入初級(jí)窗口的數(shù)目；第二統(tǒng)計(jì)元件1213，用于統(tǒng)計(jì)Y染色體上各初級(jí)窗口中唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目總和以及所述初級(jí)窗口的總數(shù)目；平均深度獲得元件1214，用于獲得Y染色體中初級(jí)窗口的平均深度dy，dy＝Y(jié)染色體上唯一比對(duì)測(cè)序序列數(shù)目總和/Y染色體上初級(jí)窗口的數(shù)目；男性胎兒核酸濃度獲得元件1215，用于獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y，fy＝2×dy/d2，所述d2為不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的數(shù)目。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述第一數(shù)目確定元件1212進(jìn)一步包括過(guò)濾模塊12121，所述過(guò)濾元件用于按照預(yù)定長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，去除Y染色體中唯一比對(duì)序列數(shù)目大于平均序列數(shù)目5倍以上的初級(jí)窗口。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述胎兒核酸濃度獲得裝置120進(jìn)一步包括女性胎兒核酸濃度f(wàn)s獲得單元122，參見(jiàn)圖12，所述女性胎兒核酸濃度f(wàn)s獲得單元122包括：第三測(cè)序元件1221，用于對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行測(cè)序，獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；第二數(shù)目確定元件1222，用于根據(jù)所述測(cè)序結(jié)果，確定所述樣品中長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目；頻率確定元件1223，用于基于所述長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目，確定在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；女性胎兒核酸濃度確定元件1224，用于根據(jù)所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率，根據(jù)預(yù)定的函數(shù)，確定所述樣本中女性胎兒核酸濃度f(wàn)s。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述女性胎兒核酸濃度f(wàn)s獲得單元122進(jìn)一步包括預(yù)定范圍確定元件1225，參見(jiàn)圖13，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定范圍確定元件1225進(jìn)一步包括：長(zhǎng)度確定模塊12251，用于確定所述多個(gè)對(duì)照樣品中所包含的唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度；第一頻率確定模塊12252，用于設(shè)定多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍，并分別確定所述多個(gè)對(duì)照樣品在各候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；相關(guān)性系數(shù)確定模塊12253，用于基于所述多個(gè)對(duì)照樣品在各候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率以及所述對(duì)照樣品中核酸的濃度，確定各所述候選長(zhǎng)度范圍與所述對(duì)照樣品中核酸的濃度的相關(guān)性系數(shù)；預(yù)定范圍確定模塊12254，用于基于所述相關(guān)性系數(shù)的數(shù)值，確定至少一個(gè)候選長(zhǎng)度范圍或者候選長(zhǎng)度范圍組合作為所述預(yù)定范圍。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定范圍是基于多個(gè)對(duì)照樣品確定的，其中，所述對(duì)照樣品中核酸濃度是已知的，優(yōu)選的，所述預(yù)定范圍是基于至少20個(gè)對(duì)照樣品確定的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述對(duì)照樣品為已知游離胎兒核酸比例的懷有正常男胎的孕婦外周血樣本，并且所述對(duì)照樣品中游離胎兒核酸濃度是利用Y染色體確定的。也即通過(guò)本發(fā)明上述男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的方法確定的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述候選長(zhǎng)度范圍的跨度為1～300bp，優(yōu)選的為1～20bp。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍的步長(zhǎng)為1～2bp。例如，所述候選長(zhǎng)度范圍分別為1～20,2～21,3～22……，其中跨度為20bp，步長(zhǎng)為1bp。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定范圍為179bp-206bp。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述女性胎兒核酸濃度f(wàn)s獲得單元122進(jìn)一步包括預(yù)定函數(shù)確定元件1226，參見(jiàn)圖14，所述預(yù)定函數(shù)確定元件1226包括：第二頻率確定模塊12261，用于分別在所述多個(gè)對(duì)照樣品中，確定在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；擬合模塊12262，用于將所述多個(gè)對(duì)照樣品中在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率與已知的核酸濃度進(jìn)行擬合，以便確定所述預(yù)定的函數(shù)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述擬合為線性擬合。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述預(yù)定函數(shù)為d＝-0.3215×p+1.62562，其中，d表示游離胎兒核酸濃度，p表示在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第一過(guò)濾裝置140還包括假陽(yáng)性判斷單元141，用于若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧2或所述重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果；或者，若根據(jù)所述缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧2或所述重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第二過(guò)濾裝置150還包括陽(yáng)性判斷單元151，用于判斷若dmY<0.13或dmY>0.85，則dmY為陽(yáng)性；或者，若dms<0.15或dms>0.791，則dms為陽(yáng)性。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施例，所述第三過(guò)濾裝置170中的判定原則為：若amY在0.95～1.05之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段；或者，若ams在0.93～1.06之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段。實(shí)施例1一、獲得微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m；1、對(duì)含有游離核酸的生物樣本進(jìn)行核酸測(cè)序，以便獲得由多個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)成的測(cè)序結(jié)果；2、將所述測(cè)序結(jié)果與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，以便構(gòu)建唯一比對(duì)測(cè)序序列集，所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中的每一個(gè)測(cè)序序列僅能夠與所述參考基因組的一個(gè)位置匹配；3、確定所述唯一比對(duì)測(cè)序序列集中各唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度；4、按照預(yù)定長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，所述預(yù)定長(zhǎng)度為1bp～5M，優(yōu)選的采用20kp～40kp為一個(gè)預(yù)定長(zhǎng)度，例如(1～20bp,20～40bp,40～80bp,80～100bp,100～120bp,……,)；5、統(tǒng)計(jì)所述各唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度落入各個(gè)初級(jí)窗口的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目；6、對(duì)落入初級(jí)窗口中的序列數(shù)進(jìn)行GC修正，以及對(duì)修正后的結(jié)果進(jìn)行批次間調(diào)整，所述GC修正的方法包括采用局部加權(quán)回歸法，線性回歸法或邏輯回歸法；7、將預(yù)定數(shù)目個(gè)相鄰的初級(jí)窗口合并為多個(gè)次級(jí)窗口，確定各個(gè)次級(jí)窗口中的序列數(shù)目，所述預(yù)定數(shù)目為5～100個(gè)；例如以5個(gè)初級(jí)窗口合并為1個(gè)次級(jí)窗口，5個(gè)初級(jí)窗口分別為1～20bp,20～40bp,40～80bp,80～100bp,100～120bp，合并后的次級(jí)窗口為1～120bp。8、對(duì)各個(gè)次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T1值，所述T1值包括Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到；9、根據(jù)所述T1值過(guò)濾所述次級(jí)窗口，即將T1值在-3～3之間的次級(jí)窗口過(guò)濾掉；10、對(duì)過(guò)濾后的次級(jí)窗口進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，計(jì)算出T2值，所述T2值包括但不限于根據(jù)秩和檢驗(yàn)、符號(hào)檢驗(yàn)或游程檢驗(yàn)計(jì)算得到；11、根據(jù)T2值將相鄰兩個(gè)無(wú)顯著性差異的次級(jí)窗口合并為終極窗口，所述無(wú)顯著性差異為兩個(gè)窗口的T2在-3～3之間；12、重復(fù)8-10，直至無(wú)法合并；13、將最終合并得到的終極窗口進(jìn)行假設(shè)檢驗(yàn)，獲得含有微缺失微重復(fù)的終極窗口，所述假設(shè)檢驗(yàn)包括根據(jù)Z檢驗(yàn)或T檢驗(yàn)計(jì)算得到，即當(dāng)檢驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)量>3或者<-3，判定為含有微缺失微重復(fù)的終極窗口。14、根據(jù)含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，獲得不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口，計(jì)算含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目，以及不含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)和不含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；15、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)的終極窗口的平均深度d1，d1＝含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/含有微缺失微重復(fù)的終極窗口的總數(shù)目；16、計(jì)算不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d2，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總數(shù)目；17、計(jì)算微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m，fm＝2×︱d2-d1︱/d2。二、獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y或女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；1、確定待測(cè)樣品中是否含有Y染色體，若含有，計(jì)算男性胎兒核酸濃度f(wàn)y，若不含有，計(jì)算女性胎兒核酸濃度f(wàn)s；2、若含有Y染色體，計(jì)算男性胎兒核酸濃度f(wàn)y。(1)根據(jù)上述測(cè)序結(jié)果確定所述樣品中的Y染色體中唯一比對(duì)測(cè)序序列落入初級(jí)窗口的數(shù)目；(2)去除初級(jí)窗口中經(jīng)GC修改調(diào)整后的唯一比對(duì)序列數(shù)目大于平均序列數(shù)目5倍以上的初級(jí)窗口；(3)統(tǒng)計(jì)Y染色體上各初級(jí)窗口中唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目總和以及所述初級(jí)窗口的總數(shù)目；(4)獲得Y染色體中初級(jí)窗口的平均深度dy，dy＝Y(jié)染色體上唯一比對(duì)測(cè)序序列數(shù)目總和/Y染色體上初級(jí)窗口的數(shù)目；(5)獲得男性胎兒核酸濃度f(wàn)y，fy＝2×dy/d2，所述d2為不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度，d2＝不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的總序列數(shù)/不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的數(shù)目。3、若不含有Y染色體，計(jì)算女性胎兒核酸濃度f(wàn)s。(1)確定所述含有游離核酸的生物樣本中長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目；所述預(yù)定范圍為179bp-206bp。所述預(yù)定范圍通過(guò)如下步驟獲得：a、選出至少20個(gè)對(duì)照樣品，即包含已知的游離胎兒核酸濃度的樣品，本實(shí)施例采用男性胎兒對(duì)照樣品，所述對(duì)照樣品中游離胎兒核酸濃度根據(jù)Y染色體確定，也即通過(guò)上述男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的方法確定的。b、統(tǒng)計(jì)出所有對(duì)照樣品中所包含的唯一比對(duì)測(cè)序序列的長(zhǎng)度，從0bp到Mbp(M表示核酸的最長(zhǎng)的長(zhǎng)度)，并確定每個(gè)長(zhǎng)度下出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的序列數(shù)；c、以某個(gè)長(zhǎng)度為候選長(zhǎng)度范圍，按照1～2bp的步長(zhǎng)挪動(dòng)劃分多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍，例如1bp，2bp，3bp，…，100bp，…，300bp，統(tǒng)計(jì)出所述對(duì)照樣品在每個(gè)候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；d、找出所述多個(gè)對(duì)照樣品在各候選長(zhǎng)度范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率與所述對(duì)照樣品中核酸的濃度相關(guān)性比較強(qiáng)的候選長(zhǎng)度范圍或范圍的組合，確定各所述候選長(zhǎng)度范圍與所述核酸的濃度的相關(guān)性系數(shù)；其中，相關(guān)性系數(shù)通過(guò)相關(guān)性計(jì)算得到，包括線性回歸、邏輯回歸、局部加權(quán)等方法計(jì)算得到。其中，所述候選長(zhǎng)度范圍的跨度為1～300bp，優(yōu)選的為1～20bp。多個(gè)候選長(zhǎng)度范圍的步長(zhǎng)為1～2bp。e、基于所述相關(guān)性系數(shù)的數(shù)值，確定至少一個(gè)候選長(zhǎng)度范圍或者候選長(zhǎng)度范圍組合作為所述預(yù)定范圍。(2)基于所述長(zhǎng)度落入預(yù)定范圍的唯一比對(duì)測(cè)序序列的數(shù)目，統(tǒng)計(jì)出所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率；(3)基于所述預(yù)定范圍內(nèi)的唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率，根據(jù)預(yù)定的函數(shù)，確定所述樣本中女性胎兒核酸濃度f(wàn)s。所述預(yù)定函數(shù)通過(guò)如下步驟獲得：a、分別在所述多個(gè)對(duì)照樣品中，確定在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率，所述對(duì)照樣品中的預(yù)定范圍及唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率通過(guò)前述預(yù)定范圍確定方法得到；b、將所述多個(gè)對(duì)照樣品中在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列插入片段的頻率與已知的核酸濃度進(jìn)行線性擬合，以便確定所述預(yù)定的函數(shù)。優(yōu)選的，所述預(yù)定函數(shù)為d＝-0.3215×p+1.62562，其中，d表示游離胎兒核酸濃度，p表示在所述預(yù)定范圍內(nèi)出現(xiàn)唯一比對(duì)測(cè)序序列的頻率。三、計(jì)算微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；四、根據(jù)缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧2或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rmY≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果；或者，若缺失的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧2或重復(fù)的拷貝數(shù)計(jì)算得到rms≧6，則判定為不可信，過(guò)濾掉假陽(yáng)性結(jié)果；過(guò)濾假陽(yáng)性是為了去除多拷貝的影響，使結(jié)果更準(zhǔn)確。五、取rmY的小數(shù)部分dmY，或rms的小數(shù)部分dms，判斷dmY或dms是否為陽(yáng)性，否則過(guò)濾掉結(jié)果：若dmY<0.13或dmY>0.85，則dmY為陽(yáng)性；或者，若dms<0.15或dms>0.791，則dms為陽(yáng)性；六、計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy，或計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；七、若amY在0.95～1.05之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段；或者，若ams在0.93～1.06之間，則認(rèn)為所述微缺失微重復(fù)的片段來(lái)自于母親，過(guò)濾所述微缺失微重復(fù)的片段，過(guò)濾后得到胎兒染色體微缺失微重復(fù)片段。實(shí)施例21、樣品收集及處理選擇1個(gè)批次100個(gè)樣本，提取外周血2ml進(jìn)行血漿分離。2、文庫(kù)構(gòu)建可參照本領(lǐng)域人員熟知的血漿文庫(kù)構(gòu)建要求進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建3、測(cè)序測(cè)序過(guò)程可參照本領(lǐng)域人員熟知的測(cè)序流程進(jìn)行上機(jī)操作。4、數(shù)據(jù)分析通過(guò)雙末端測(cè)序得到測(cè)序結(jié)果，經(jīng)過(guò)以下分析得到初始的微缺失微重復(fù)的結(jié)果，步驟如下：4.1比對(duì)，將測(cè)序結(jié)果比對(duì)到參考基因組上，確定唯一比對(duì)測(cè)序序列的位置。4.2按照20kb的長(zhǎng)度將參考基因組劃分為多個(gè)初級(jí)窗口，統(tǒng)計(jì)每個(gè)初級(jí)窗口內(nèi)的唯一比對(duì)測(cè)序序列數(shù)和GC含量，用局部加權(quán)回歸落入初級(jí)窗口中的序列數(shù)進(jìn)行GC修正。4.3對(duì)批次內(nèi)所有樣本，對(duì)每個(gè)初級(jí)窗口進(jìn)行基線的修正，批次間調(diào)整。4.4以100個(gè)為單位將相鄰的初級(jí)窗口進(jìn)行合并，合并后得到多個(gè)次級(jí)窗口，所述次級(jí)窗口的長(zhǎng)度為2M；4.5利用Z檢驗(yàn)計(jì)算各個(gè)次級(jí)窗口的T1值，將T1值在-3～3之間的次級(jí)窗口過(guò)濾掉；4.6對(duì)過(guò)濾后的次級(jí)窗口進(jìn)行游程檢驗(yàn)計(jì)算出T2值，根據(jù)T2值將相鄰兩個(gè)T2值在-3～3之間的次級(jí)窗口合并為終極窗口；4.7重復(fù)步驟4.5-4.6，直至無(wú)法合并；4.8根據(jù)Z檢驗(yàn)計(jì)算最終合并得到的終極窗口，計(jì)算得到微缺失微重復(fù)結(jié)果，共檢出19個(gè)樣本有微缺失微重復(fù)的結(jié)果。表119個(gè)樣本檢出的結(jié)果表1.表中說(shuō)明了19個(gè)樣本檢出的結(jié)果，其中第一列是樣本的id，第二列是發(fā)生微缺失微重復(fù)的染色體，第三列是染色體的微缺失微重復(fù)長(zhǎng)度，第四列是檢出的T值。4.9根據(jù)微缺失微重復(fù)的結(jié)果計(jì)算微缺失微重復(fù)片段的濃度，具體的步驟如下：計(jì)算每個(gè)樣本中含有微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d1；計(jì)算不含微缺失微重復(fù)的初級(jí)窗口的平均深度d2；計(jì)算微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m；計(jì)算胎兒核酸濃度。對(duì)以上19個(gè)結(jié)果的表格如下：表2.19個(gè)樣本的胎兒核酸濃度信息4.10根據(jù)chrY的比例計(jì)算胎兒濃度，得到其中8個(gè)樣本的男性胎兒濃度，具體的步驟如下：去除染色體chrY中經(jīng)GC修改調(diào)整后的唯一比對(duì)序列數(shù)目大于平均序列數(shù)目5倍以上的初級(jí)窗口；計(jì)算chrY中初級(jí)窗口的平均深度dy；計(jì)算男性胎兒核酸濃度f(wàn)y，結(jié)果如下表：表3.19個(gè)樣本由chrY估算的胎兒核酸濃度的結(jié)果4.11根據(jù)片段長(zhǎng)度計(jì)算胎兒的濃度，得到11個(gè)樣本的女性胎兒濃度，具體的步驟如下：統(tǒng)計(jì)出整個(gè)批次中共有41個(gè)男性樣本，找出頻率與胎兒濃度相關(guān)性較強(qiáng)的區(qū)域，這里選出的區(qū)域?yàn)?79bp-206bp，相關(guān)系數(shù)R＝-0.9056996。確定剩余11個(gè)樣本中長(zhǎng)度范圍在179bp-206bp里的核酸唯一比對(duì)測(cè)序序列出現(xiàn)的頻率與游離的胎兒核酸濃度的函數(shù)關(guān)系，利用選出的區(qū)域179bp-206bp做線性擬合，得到關(guān)系式d＝a×p+b，公式中d代表濃度，p代表出現(xiàn)的頻率，計(jì)算得到a，b分別為-0.3215和1.62562。根據(jù)擬合計(jì)算女性胎兒樣本的結(jié)果，得出的結(jié)果如下：表4.19個(gè)樣本根據(jù)片段長(zhǎng)度計(jì)算得到的胎兒核酸濃度4.12對(duì)微缺失微重復(fù)結(jié)果進(jìn)行篩選。對(duì)男性的胎兒：計(jì)算微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的比值rmY＝fm/fy；根據(jù)拷貝數(shù)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾缺失的拷貝數(shù)rmY值在2以上的片段，過(guò)濾重復(fù)的拷貝數(shù)rmY值在6以上的片段。對(duì)rmY取小數(shù)部分得到dmY。對(duì)剩余的片段，過(guò)濾dmY大于0.13并且小于0.85的片段。計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與男性胎兒核酸濃度f(wàn)y的和為amY＝fm+fy；過(guò)濾amY>0.95并且amY<1.05的片段，得到男性胎兒含有微缺失微重復(fù)的樣本。對(duì)女性的胎兒：計(jì)算微缺失微重復(fù)的片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的比值rms＝fm/fs；根據(jù)拷貝數(shù)進(jìn)行過(guò)濾，過(guò)濾缺失的拷貝數(shù)rms值在2以上的片段，過(guò)濾重復(fù)的拷貝數(shù)rms值在6以上的片段。對(duì)rms取小數(shù)部分得到dms。對(duì)剩余的片段，過(guò)濾dms大于0.15并且小于0.791的片段。計(jì)算含有微缺失微重復(fù)片段的濃度f(wàn)m與女性胎兒核酸濃度f(wàn)s的和為ams＝fm+fs；過(guò)濾ams>0.93并且ams<1.06的片段，得到女性胎兒含有微缺失微重復(fù)的樣本。得到陽(yáng)性的結(jié)果如下表5：表5.過(guò)濾后的微缺失微重復(fù)結(jié)果樣本8染色體起始位置19394465終止位置27194537微缺失微重復(fù)的長(zhǎng)度7.80MT值5.030微缺失微重復(fù)計(jì)算的濃度0.119863根據(jù)chrY計(jì)算得到的胎兒濃度根據(jù)片段長(zhǎng)度計(jì)算得到的胎兒濃度0.126509對(duì)微缺失微重復(fù)的結(jié)果經(jīng)過(guò)以上的處理，能夠過(guò)濾大量的假陽(yáng)性，得到準(zhǔn)確的結(jié)果，參見(jiàn)圖15。圖中橫坐標(biāo)表示樣本的編號(hào)，縱坐標(biāo)表示濃度，其中fm表示微缺失微重復(fù)估算出來(lái)的濃度，fy表示男胎樣本根據(jù)chrY估算出來(lái)的濃度，fs表示女胎根據(jù)片段估算出來(lái)的濃度，可以看出，經(jīng)過(guò)以上標(biāo)準(zhǔn)的判斷，編號(hào)為28的樣本為最終含有微重復(fù)結(jié)果的胎兒樣本。實(shí)施3本實(shí)施例確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的方法與實(shí)施例2相同，其不同之處在于，步驟4.2中按照40kb的窗口進(jìn)行劃分。實(shí)施4本實(shí)施例確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的方法與實(shí)施例2相同，其不同之處在于，步驟4.4中以200個(gè)為單位進(jìn)行合并，合并后得到的次級(jí)窗口的長(zhǎng)度為4M。實(shí)施5本實(shí)施例確定胎兒染色體中微缺失微重復(fù)的方法與實(shí)施例2相同，其不同之處在于，步驟4.11中采用40個(gè)男性樣本，選出的區(qū)域?yàn)?85～204bp，相關(guān)系數(shù)R＝-0.87。利用選出的區(qū)域185～204bp做線性擬合，得到關(guān)系式d＝a×p+b，公式中d代表濃度，p代表出現(xiàn)的頻率，計(jì)算得到a，b分別為0.0334和1.6657。上面所述的實(shí)施例僅僅是對(duì)本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式進(jìn)行描述，并非對(duì)本發(fā)明的范圍進(jìn)行限定，在不脫離本發(fā)明設(shè)計(jì)精神的前提下，本領(lǐng)域普通工程技術(shù)人員對(duì)本發(fā)明技術(shù)方案所做出的各種變形和改進(jìn)，均應(yīng)落入本發(fā)明的權(quán)利要求書(shū)確定的保護(hù)范圍內(nèi)。當(dāng)前第1頁(yè)1 2 3