本發(fā)明涉及生物檢測(cè)領(lǐng)域,具體涉及與結(jié)直腸癌早期篩查和預(yù)后監(jiān)測(cè)相關(guān)的分子標(biāo)志物及其應(yīng)用。
背景技術(shù):
結(jié)直腸癌(colorectalcancer,crc)是當(dāng)今人類常見的四大惡性腫瘤之一,全世界每年有超過一百萬的結(jié)直腸癌新增病例,其死亡率高達(dá)33%,位居各種癌癥的第三位。在我國,結(jié)直腸癌的發(fā)病率和死亡率正逐年增加,且呈年輕化趨勢(shì)。結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展是一個(gè)多因素、多步驟的過程,發(fā)病機(jī)制尚不完全清楚。目前crc病人5年存活率仍低于60%,臨床療效評(píng)價(jià)及預(yù)后監(jiān)控還有待進(jìn)一步改善。crc患者的存活率與診斷時(shí)疾病的嚴(yán)重程度密切相關(guān):早期患者的5年存活率可達(dá)90%以上,而晚期患者的存活率不到10%。
目前,用于結(jié)直腸癌早期篩查、診斷的方法主要包括:直腸指診、糞便潛血試驗(yàn)、糞便脫落標(biāo)記物檢測(cè)、血清標(biāo)記物檢測(cè)以及結(jié)腸鏡檢查等。直腸指診只能檢查直腸癌對(duì)結(jié)腸癌的診斷無明顯幫助。糞便潛血試驗(yàn)是最普遍的篩查方法,但是容易出現(xiàn)假陽性,漏診率高。糞便脫落標(biāo)記物檢測(cè)是新技術(shù),檢測(cè)費(fèi)用昂貴,難以用于大規(guī)模人群篩查。血清cea檢查診斷結(jié)直腸癌的敏感性低,早期診斷不明顯。結(jié)腸鏡檢查則是一種侵入性檢查,具有一定的危險(xiǎn)性,不適用與結(jié)直腸癌的早期篩查。
因此,發(fā)展簡單、可行的結(jié)直腸癌診斷及監(jiān)控方法是提高crc病人生存率亟待解決的關(guān)鍵問題。
代謝組學(xué)(metabolomics/metabonomics)是近年來系統(tǒng)生物學(xué)研究領(lǐng)域中最活躍的分支學(xué)科之一,廣泛應(yīng)用于癌癥研究領(lǐng)域。代謝組學(xué)采用高靈敏度、高通量的現(xiàn)代儀器分析手段,定性、定量地研究腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中代謝物的變化,篩選和鑒別新型腫瘤生物標(biāo)志物,對(duì)腫瘤臨床診斷及預(yù)后監(jiān)控具有重要價(jià)值,展現(xiàn)出廣闊的臨床應(yīng)用前景。多數(shù)研究都證實(shí)了代謝異常與結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),為尋找結(jié)直腸癌相關(guān)的代謝性生物標(biāo)志物奠定了基礎(chǔ)。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
為了實(shí)現(xiàn)結(jié)直腸癌的早期發(fā)現(xiàn)、早期干預(yù),及預(yù)后監(jiān)控,本發(fā)明的目的在于提供用于結(jié)直腸癌早期篩查及預(yù)后監(jiān)測(cè)的代謝標(biāo)志物。
本發(fā)明的還一目的是提供所述代謝標(biāo)志物在結(jié)直腸癌早期篩查及預(yù)后監(jiān)測(cè)產(chǎn)品中的應(yīng)用。
為實(shí)現(xiàn)上述目的,本發(fā)明首先提供用于結(jié)直腸癌檢測(cè)的代謝標(biāo)志物,所述代謝標(biāo)志物為β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸、檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸。
本發(fā)明經(jīng)進(jìn)一步驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),在結(jié)直腸癌病人血清樣本中所述代謝標(biāo)志物β-羥基丁酸、α-酮丁酸、2-辛烯二酸、甘油在結(jié)直腸癌患者中顯著上調(diào)(高于健康對(duì)照者水平),所述代謝標(biāo)志物5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、延胡索酸、天冬氨酸、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸在結(jié)直腸癌患者中顯著下調(diào)(低于健康對(duì)照者水平);所述代謝標(biāo)志物檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸、延胡索酸在結(jié)直腸癌預(yù)后不良患者中顯著下調(diào)(低于結(jié)直腸癌預(yù)后良好患者)。
進(jìn)一步地,本發(fā)明提供了所述代謝標(biāo)志物在結(jié)直腸癌篩查和監(jiān)測(cè)中的應(yīng)用。
優(yōu)選的,利用所述代謝標(biāo)志物篩查和監(jiān)測(cè)結(jié)直腸癌的步驟為:(1)獲取受試者生物樣本;(2)檢測(cè)受試者樣本中所述一種或多種代謝標(biāo)志物的濃度,確定受試者的代謝物譜;(3)將受試者代謝物譜與健康對(duì)照者代謝物譜中所述代謝標(biāo)志物比較;(4)鑒定受試者代謝物譜與健康對(duì)照者代謝物譜的差異,受試者代謝物譜與健康對(duì)照者代謝物譜相比,其中所述代謝標(biāo)志物β-羥基丁酸、α-酮丁酸、2-辛烯二酸和甘油的濃度出現(xiàn)升高,所述代謝標(biāo)志物5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、延胡索酸、天冬氨酸、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸的濃度出現(xiàn)下降時(shí),表明受試者易患有結(jié)直腸癌;(5)對(duì)于已確診為結(jié)直腸癌的受試者,其術(shù)前血清中所述代謝標(biāo)志物檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的濃度出現(xiàn)下降時(shí),表明受試者結(jié)直腸癌預(yù)后不良。
優(yōu)選的,檢測(cè)受試者樣本中所述一種或多種代謝標(biāo)志物濃度的方法包括氣相色譜-質(zhì)譜分析、液相色譜-質(zhì)譜分析、核磁共振分析、酶速法。
進(jìn)一步地,本發(fā)明提供了一種輔助結(jié)直腸癌早期篩查及診斷的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒包括檢測(cè)β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸組合標(biāo)志物濃度的試劑。
優(yōu)選的,所述試劑盒包括:
(1)標(biāo)準(zhǔn)品:β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸,所述標(biāo)準(zhǔn)品分別用于對(duì)應(yīng)的血清樣本中β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸的定性;
(2)血清樣本處理液:所述血清樣本處理液用于預(yù)處理來自受試者的血清樣品,包括試劑1和試劑2,
試劑1包括甲醇-氯仿混合溶液(體積比為3∶1),2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、甲氧胺吡啶溶液(15mg/ml)、含1%三甲基氯硅烷的雙(三甲基硅基)三氟乙酰胺(含1%tmcs的bstfa);
試劑2包括2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、水-甲醇-乙腈混合溶液(體積比為1∶2∶7);
(3)洗脫液:0.1%(v/v)甲酸的水溶液,0.1%(v/v)甲酸的乙腈溶液,純水和乙腈。
進(jìn)一步地,本發(fā)明提供了一種輔助結(jié)直腸癌早期篩查及診斷的試劑盒,所述試劑盒包括用于檢測(cè)所述β-羥基丁酸代謝標(biāo)志物濃度的試劑。
優(yōu)選的,所述試劑包括三羥甲基氨基甲烷-鹽酸緩劑、四乙酸二氨基乙烯二鈉鹽、β-羥基丁酸脫氫酶,氧化型煙酰胺腺嘌呤二核苷酸、氯化鎂。
進(jìn)一步地,本發(fā)明提供了一種輔助結(jié)直腸癌預(yù)后監(jiān)測(cè)的試劑盒,所述試劑盒為利用檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸組合標(biāo)志物共同診斷結(jié)直腸癌患者預(yù)后情況的試劑盒。
優(yōu)選的,所述試劑盒包括:
(1)標(biāo)準(zhǔn)品:檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸,所述標(biāo)準(zhǔn)品分別用于對(duì)應(yīng)的血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的定性;
(2)血清樣本處理液:所述血清樣本處理液用于預(yù)處理來自受試者的血清樣品,包括試劑1和試劑2,
試劑1包括甲醇-氯仿混合溶液(體積比為3∶1),2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、甲氧胺吡啶溶液(15mg/ml)、含1%三甲基氯硅烷的雙(三甲基硅基)三氟乙酰胺(含1%tmcs的bstfa);
試劑2包括2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、水-甲醇-乙腈混合溶液(體積比為1∶2∶7);
(3)洗脫液:0.1%(v/v)甲酸的水溶液,0.1%(v/v)甲酸的乙腈溶液,純水和乙腈。
本發(fā)明的有益效果如下:
本發(fā)明公開了與結(jié)直腸癌相關(guān)的代謝標(biāo)志物,并進(jìn)一步證實(shí)所述代謝物可以作為檢測(cè)結(jié)直腸癌的代謝性標(biāo)志物。利用本發(fā)明的代謝標(biāo)志物篩查并監(jiān)測(cè)結(jié)直腸癌,不僅精確度大大提高,同時(shí)對(duì)后續(xù)臨床應(yīng)用研究的開展具有指導(dǎo)意義。
附圖說明
圖1.12個(gè)潛在診斷標(biāo)志物在crc病人組和健康對(duì)照者組中的變化情況;
圖2.8個(gè)潛在預(yù)后標(biāo)志物在兩組crc病人(預(yù)后良好組vs預(yù)后不良組)之間的變化情況;
圖3.β-羥基丁酸在訓(xùn)練集和測(cè)試集中的roc曲線分析結(jié)果;
圖4.12個(gè)代謝性診斷標(biāo)志物組合變量在訓(xùn)練集和測(cè)試集中的roc曲線分析結(jié)果;
圖5.血清延胡索酸水平在不同病理分期crc患者中的變化趨勢(shì);
圖6.血清β-羥基丁酸水平在不同病理分期crc病人中的變化趨勢(shì);
圖7.結(jié)直腸癌預(yù)后相關(guān)代謝標(biāo)志物組合變量、cea及綜合指標(biāo)的roc曲線分析結(jié)果;
圖8.8個(gè)預(yù)后標(biāo)志物與cea組成的綜合指標(biāo)的生存曲線分析結(jié)果;
圖9.實(shí)施例5中血清β-羥基丁酸在crc患者和健康對(duì)照者中的變化情況。
具體實(shí)施方式
以下實(shí)施例用于說明本發(fā)明,但不用來限制本發(fā)明的范圍。若未特別指明,實(shí)施例中所用的技術(shù)手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的常規(guī)手段,所用的試劑可以商業(yè)購買得到。
實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法,通常為本領(lǐng)域常規(guī)方法,如按照常規(guī)條件提取血清。
本發(fā)明的病理分期是根據(jù)美國癌癥聯(lián)合委員會(huì)(ajcc)和國際抗癌聯(lián)盟(uicc)聯(lián)合修訂的結(jié)直腸癌tnm分期(2010年第七版)。
本發(fā)明所用術(shù)語cea(carcinoembryonicantigen,癌胚抗原)為血清抗癌抗原,是一種常見的腫瘤標(biāo)記物,已廣泛應(yīng)用于胃腸道腫瘤的臨床輔助診斷及預(yù)后監(jiān)控,對(duì)良惡腫瘤的判斷有一定的臨床價(jià)值,但cea并非腫瘤特異性抗原,對(duì)結(jié)直腸癌的特異性不高。
本發(fā)明所用術(shù)語crc為結(jié)直腸癌(colorectalcancer)的英文縮寫。
本發(fā)明的發(fā)明人利用氣相色譜-飛行時(shí)間-質(zhì)譜(gc-tof-ms)和超高效液相色譜-四級(jí)桿-飛行時(shí)間-串聯(lián)質(zhì)譜(uplc-q-tof-ms)平臺(tái),對(duì)結(jié)直腸癌(crc)患者和健康對(duì)照者的血清樣本進(jìn)行檢測(cè)分析,利用訓(xùn)練樣本集和測(cè)試樣本集,采用統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和生物信息學(xué)分析,篩選出12個(gè)代謝標(biāo)志物,上述代謝物與結(jié)直腸癌有關(guān),提示上述代謝標(biāo)志物可能具有很好的輔助診斷價(jià)值,可成為結(jié)直腸癌診斷標(biāo)志物;另外,結(jié)合crc病人的術(shù)后隨訪資料,對(duì)預(yù)后良好的crc患者和預(yù)后不良的crc患者術(shù)前血清代謝物進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和生物信息學(xué)分析,篩選出8個(gè)與crc預(yù)后相關(guān)的代謝物,提示這些代謝標(biāo)志物可能具有很好的預(yù)后監(jiān)測(cè)價(jià)值,可成為結(jié)直腸癌預(yù)后標(biāo)志物。
實(shí)施例1基于gc-tof-ms和uplc-q-tof-ms平臺(tái)篩選差異代謝標(biāo)志物
一、取樣
臨床樣本1:收集101例經(jīng)檢查確診的結(jié)直腸癌病人(crc病人)和102例健康對(duì)照者的血清,編號(hào)后置于-80℃冰箱保存。結(jié)直腸癌病人樣本來源于上海交通大學(xué)附屬瑞金醫(yī)院的住院患者,健康對(duì)照組樣本來源于上海交通大學(xué)附屬瑞金醫(yī)院的體檢中心。隨機(jī)選取62例結(jié)直腸癌病人和62例健康對(duì)照者作為訓(xùn)練樣本集,其余39例結(jié)直腸癌病人和40例健康對(duì)照者作為測(cè)試樣本集,相關(guān)的臨床信息見表1。本發(fā)明的所有臨床樣本均得到了上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)。
表1.樣本臨床信息
acea,carcinoembryonicantigen,癌胚抗原
臨床樣本2:基于臨床樣本1收集經(jīng)手術(shù)切除治療的結(jié)直腸癌病人,并對(duì)其術(shù)后生存狀況進(jìn)行隨訪調(diào)查,將具有詳細(xì)預(yù)后信息的crc病人分成了兩組:預(yù)后良好組(3年以上隨訪結(jié)果:存活且無復(fù)發(fā),n=29例)和預(yù)后不良組(3年隨訪結(jié)果:死于癌癥復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移,n=23例),兩組crc病人在性別組成(卡方檢驗(yàn),p=0.65)和年齡分布(t-檢驗(yàn),p=0.65)上均無顯著差異,相關(guān)臨床信息見表2:
表2預(yù)后良好組與預(yù)后不良組結(jié)直腸癌病人組織樣本臨床信息
a,3年以上隨訪結(jié)果存活且無復(fù)發(fā);b,3年隨訪結(jié)果死于癌癥復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移
二、血清樣本前處理及檢測(cè)
1、基于氣相色譜-飛行時(shí)間-質(zhì)譜(gc-tof-ms)平臺(tái)的血清樣本前處理及檢測(cè)
(1)將收集的血清樣本室溫下解凍,渦旋混勻后取100μl置干凈的離心管中,加入300μl甲醇-氯仿混合溶液(體積比甲醇∶氯仿=3∶1),渦旋振蕩30s,充分混勻,-20℃靜置10min以幫助蛋白沉淀。接著12,000rpm離心10min(室溫),取300μl上清液至gc高回收進(jìn)樣瓶中。
(2)分別加入10μl2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)和10μl十七烷酸(1mg/ml)作為內(nèi)標(biāo),室溫下真空干燥濃縮。干燥完畢后,用氮?dú)?n2)對(duì)樣品進(jìn)行再次干燥,以保證樣品中無水并排除空氣中的濕氣對(duì)后續(xù)衍生步驟的影響(空氣濕度控制在35%以下)。
(3)氮?dú)獯蹈珊?,迅速加?0μl甲氧胺吡啶溶液(15mg/ml)并加蓋密封,振蕩30s,置于30℃搖床(200rpm)上反應(yīng)90min。反應(yīng)完畢后,開啟密封蓋,迅速加入80μl硅烷化試劑bstfa(含1%tmcs),并立即加蓋密封,振蕩30s,置于70℃烘箱中反應(yīng)60min,進(jìn)行衍生化反應(yīng)。反應(yīng)結(jié)束后,再振蕩10s,室溫下靜置1小時(shí)后進(jìn)樣檢測(cè)。
(4)采用leco公司的氣相色譜-飛行時(shí)間-質(zhì)譜聯(lián)用儀(agilent6890ngc/pegasushttof-ms)進(jìn)行分析測(cè)定。
氣相色譜條件:色譜柱為db-5ms毛細(xì)管柱,進(jìn)樣口溫度270℃;離子源溫度220℃,接口溫度270℃,程序升溫起始溫度為80℃,保持2min;以10℃/min的速度升至180℃,再以6℃/min的速度升至230℃,最后以40℃/min的速度升至295℃,保持8min。載氣為氦氣,載氣流速為1ml/min。
質(zhì)譜條件:離子源為標(biāo)準(zhǔn)ei源,電子能量為70ev;全掃描方式掃描。掃描范圍:m/z30-600;以20張/秒進(jìn)行質(zhì)譜圖采集。
2、基于超高效液相色譜-四級(jí)桿-飛行時(shí)間-串聯(lián)質(zhì)譜(uplc-q-tof-ms)平臺(tái)的血清樣本前處理及檢測(cè)
(1)將收集的血清樣本室溫下解凍,渦旋混勻后取80μl置干凈的離心管中,分別加入10μl2-氯苯丙氨酸水溶液(0.3mg/ml)和10μl十七烷酸(1mg/ml)作為內(nèi)標(biāo)。
(2)然后加入400μl萃取溶劑(水∶甲醇∶乙腈=1∶2∶7),渦旋振蕩2min,充分混勻,超聲1min,-20℃靜置10min以幫助蛋白沉淀。4℃,12,000rpm,離心20min。取上清液150μl于玻璃進(jìn)樣瓶的尖底內(nèi)襯管,用于uplc-q-tofms正離子檢測(cè)。
(3)另外,取上清液150μl于1.5ml離心管,-80℃凍存,負(fù)離子檢測(cè)備用。負(fù)離子進(jìn)樣檢測(cè)前,渦旋混勻2min,4℃,12,000rpm,離心15min,取100μl于玻璃進(jìn)樣瓶的尖底內(nèi)襯管,用于uplc-q-tof-ms負(fù)離子檢測(cè)。
(4)采用美國waters公司超高效液相色譜-四極桿飛行時(shí)間串聯(lián)質(zhì)譜聯(lián)用儀(acquityultraperformancelc-q-tofpremier)進(jìn)行分析測(cè)定。
液相色譜條件:
1)正離子模式(es+):流動(dòng)相a為含1%(v/v)甲酸的水溶液,流動(dòng)相b為含1%(v/v)甲酸的乙腈溶液;
2)負(fù)離子模式(es-):流動(dòng)相a為水溶液,流動(dòng)相b為乙腈溶液。
流動(dòng)相洗脫梯度如下表:
表3流動(dòng)相洗脫梯度
質(zhì)譜條件:以氮?dú)庾鳛殪F化、錐孔氣。飛行管檢測(cè)模式v型;離子源溫度120℃;脫溶劑氣溫度350℃;錐孔氣流50l/h;脫溶劑氣650l/h;
對(duì)于電噴霧電離正離子(esi+)模式:毛細(xì)管電壓設(shè)為3.2kv,錐孔電壓設(shè)為35v,亮氨酸腦啡肽作為鎖定質(zhì)量數(shù):m/z=556.2771;
對(duì)于電噴霧電離負(fù)離子(esi-)模式:毛細(xì)管電壓設(shè)為3kv,錐孔電壓設(shè)為50v,亮氨酸腦啡肽作為鎖定質(zhì)量數(shù):m/z=554.2615。
質(zhì)荷比范圍:50-1000m/z;掃描時(shí)間設(shè)為0.3s,掃描時(shí)間間隔為0.02s。
三、數(shù)據(jù)處理
1、gc-tof-ms數(shù)據(jù)的提取及代謝物鑒定
采用leco公司的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)處理軟件包c(diǎn)hromatofsoftware(版本4.34,leco,usa)對(duì)于原始gc-tofms數(shù)據(jù)進(jìn)行提取,得到由化合物的樣本信息(物質(zhì)名及特征性指標(biāo)m/z)、保留時(shí)間及峰強(qiáng)度組成的三維矩陣數(shù)據(jù)。通過將譜峰的保留時(shí)間和質(zhì)荷比信息導(dǎo)入nist11標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫進(jìn)行搜索匹配(質(zhì)譜碎片離子圖匹配度閾值設(shè)為>800),并利用合作實(shí)驗(yàn)室(上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院賈偉教授課題組)自行建立的代謝物標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜庫進(jìn)行代謝物的鑒定。
2、uplc-q-tof-ms數(shù)據(jù)的提取及代謝物鑒定
采用waters公司提供的商業(yè)軟件masslynx(v4.1waters,manchester,u.k.)對(duì)原始uplc-q-tofms數(shù)據(jù)進(jìn)行提取,得到由樣本名(觀測(cè)值)、保留時(shí)間(r.t.)-質(zhì)荷比(m/z)成對(duì)的分配峰指數(shù)及離子峰強(qiáng)度(變量)組成的三維數(shù)據(jù)矩陣。
相關(guān)參數(shù)設(shè)置為:色譜保留時(shí)間范圍設(shè)為0~9.5min;提取質(zhì)荷比范圍及窗口分別設(shè)為50-1000da和0.05da;最小峰強(qiáng)度設(shè)為基峰的5%;保留時(shí)間的容許誤差設(shè)為0.3min。數(shù)據(jù)處理中,剔除了數(shù)據(jù)矩陣中在大于80%樣本中均缺失的峰、內(nèi)標(biāo)峰、一些溶劑峰和系統(tǒng)冗余峰。通過合作實(shí)驗(yàn)室自行建立的代謝物標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜庫和開放的人類代謝組數(shù)據(jù)庫(hmdb,http://www.hmdb.ca/)搜索匹配鑒定血清代謝譜中的代謝物。
對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫,設(shè)定匹配標(biāo)準(zhǔn)為:精確質(zhì)量數(shù)差異(實(shí)測(cè)質(zhì)量數(shù)與數(shù)據(jù)庫中質(zhì)量數(shù))<0.02da,保留時(shí)間差異(實(shí)測(cè)保留時(shí)間與數(shù)據(jù)庫中保留時(shí)間)<0.5min。對(duì)于hmdb數(shù)據(jù)庫搜索匹配標(biāo)準(zhǔn)為:準(zhǔn)分子峰精確質(zhì)量數(shù)差異(實(shí)測(cè)質(zhì)量數(shù)與數(shù)據(jù)庫記載)<0.005da。
四、差異代謝標(biāo)志物篩選
1、結(jié)直腸癌潛在的代謝性診斷標(biāo)志物篩選
利用臨床樣本1中訓(xùn)練樣本集的血清代謝數(shù)據(jù),通過多維統(tǒng)計(jì)分析(正交偏最小二乘法-判別分析,opls-da)建立crc患者和健康對(duì)照者的診斷模型,再利用測(cè)試樣本集對(duì)建立的診斷模型的預(yù)測(cè)能力進(jìn)行檢驗(yàn)。然后結(jié)合多維統(tǒng)計(jì)分析(opls-da)、單維統(tǒng)計(jì)分析(mann-whitneyu檢驗(yàn))、以及經(jīng)典的醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)分析(roc曲線)來進(jìn)行結(jié)直腸癌相關(guān)代謝性標(biāo)志物的篩選,并對(duì)其進(jìn)行代謝通路分析。設(shè)定潛在的代謝性診斷標(biāo)志物篩選標(biāo)準(zhǔn)為:opls-da模型中的變量重要性投影值vip>1,mann-whitneyu檢驗(yàn)p<0.05,且roc曲線分析曲線下面積(auc)>0.85。經(jīng)篩選,有12個(gè)差異代謝物:5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、β-羥基丁酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸符合上述篩選標(biāo)準(zhǔn),如表4所示:
表4.結(jié)直腸癌潛在的代謝性診斷標(biāo)志物篩選結(jié)果
avip,variableimportanceintheprojection,變量重要性投影值。b,p,uplc-q-tof-ms平臺(tái)正離子模式;n,uplc-q-tof-ms平臺(tái)負(fù)離子模式;g,gc-tof-ms平臺(tái)
這12個(gè)潛在診斷標(biāo)志物在crc病人組和健康對(duì)照者組中的變化情況如圖1所示,結(jié)果顯示它們?cè)谟?xùn)練集和測(cè)試集中具有一致的變化趨勢(shì),具備良好的穩(wěn)定性,可以作為結(jié)直腸癌早期篩查和診斷的代謝標(biāo)志物。
2、結(jié)直腸癌潛在的代謝性預(yù)后標(biāo)志物篩選
利用臨床樣本2的血清代謝數(shù)據(jù),對(duì)兩組crc患者(預(yù)后良好組vs預(yù)后不良組)的血清代謝物數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析(mann-whitneyu檢驗(yàn))和經(jīng)典的醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)分析(roc分析),基于統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果進(jìn)行結(jié)直腸癌預(yù)后相關(guān)差異代謝物的篩選,設(shè)定篩選標(biāo)準(zhǔn)為:mann-whitneyu檢驗(yàn)p<0.05,且roc分析中auc>0.7。經(jīng)篩選,有8個(gè)差異代謝物:檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸、延胡索酸滿足上述篩選標(biāo)準(zhǔn),如表5所示。
表5.結(jié)直腸癌潛在的代謝性預(yù)后標(biāo)志物篩選
這8個(gè)潛在預(yù)后標(biāo)志物在兩組crc患者(預(yù)后良好組vs預(yù)后不良組)之間的變化情況如圖2所示,結(jié)果顯示它們?cè)诮Y(jié)直腸癌預(yù)后不良病人中顯著下調(diào),可以作為結(jié)直腸癌預(yù)后代謝標(biāo)志物。
實(shí)施例2代謝性診斷標(biāo)志物在臨床上區(qū)分crc患者和健康人的roc分析
一、取樣
樣本的收集同實(shí)施例1中臨床樣本1。
二、血清樣本前處理及檢測(cè)
血清的處理及檢測(cè)方法同實(shí)施例1。
三、數(shù)據(jù)處理
數(shù)據(jù)處理方法也同實(shí)施例1
四、roc分析
1、β-羥基丁酸的roc分析
利用統(tǒng)計(jì)分析軟件spss(v19,ibm,usa)對(duì)其進(jìn)行roc分析。結(jié)果如圖3所示:在訓(xùn)練樣本集和測(cè)試樣本集中,利用血清中β-羥基丁酸水平來區(qū)分crc患者和健康人的曲線下面積(auc值)分別高達(dá)0.925和0.951,而且其診斷敏感度均高于90%,特異度也達(dá)80%以上。
2、12個(gè)代謝性診斷標(biāo)志物組合變量的roc分析
利用spss統(tǒng)計(jì)分析軟件中的邏輯回歸算法,擬合代謝物組合變量p=160.4073+(-0.2908)×5-羥色胺+(0.0214)×溶血磷脂酰膽堿(c14:0)+(-0.0263)×溶血磷脂酰膽堿(c16:1)+(0.0072)×α-酮丁酸+(-0.0354)×延胡索酸+(-0.0122)×天冬氨酸+(-0.0001)×β-羥基丁酸+(-0.1423)×2-辛烯二酸+(-0.0004)×甘油+(-0.0502)×甘油酸+(-0.0130)×色氨酸+(0.0098)×順烏頭酸。對(duì)該組合變量進(jìn)行roc分析,計(jì)算其曲線下面積(auc)。
結(jié)果顯示:該代謝物組合變量在訓(xùn)練集中區(qū)分crc病人和健康對(duì)照者的auc值高達(dá)1.00,靈敏度和特異度均為1.00。其在測(cè)試集中區(qū)分crc病人和健康對(duì)照者的auc值達(dá)0.977,敏感度為0.927,特異度為0.965,如圖4所示。該組合變量p具有很好的診斷準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性,篩選出的這12個(gè)關(guān)鍵性差異代謝物可用作結(jié)直腸癌潛在的診斷標(biāo)志物。
實(shí)施例3代謝標(biāo)記物在不同病理分期的結(jié)直腸癌患者中的分析
一、取樣
樣本的收集同實(shí)施例1中臨床樣本1。
二、血清樣本前處理及檢測(cè)
血清的處理及檢測(cè)方法同實(shí)施例1。
三、數(shù)據(jù)處理
數(shù)據(jù)處理方法也同實(shí)施例1。
四、根據(jù)臨床病理資料進(jìn)行分析,其中,延胡索酸隨著病理嚴(yán)重程度的增加(i期→iv期)依次降低(如圖5所示),而且在早期患者(i期+ii期)和晚期患者(iii期+iv期)之間存在顯著差異(p=0.03)。血清β-羥基丁酸在早期的crc患者中已經(jīng)顯著升高,而且隨著病理嚴(yán)重程度的增加(i期→iv期)而依次升高(如圖6所示)。
實(shí)施例4代謝性預(yù)后標(biāo)志物在臨床上輔助監(jiān)控結(jié)直腸癌患者的預(yù)后
一、取樣
樣本的收集同實(shí)施例1中臨床樣本2。
二、血清樣本前處理及檢測(cè)
血清的處理及檢測(cè)方法同實(shí)施例1。
三、數(shù)據(jù)處理
數(shù)據(jù)處理方法也同實(shí)施例1
四、roc分析
1、8個(gè)代謝性預(yù)后標(biāo)志物組合變量的roc分析
利用spss統(tǒng)計(jì)分析軟件中的邏輯回歸算法,擬合預(yù)后代謝物組合變量q=4.17005+(-0.00534)×檸檬酸+(-0.00032)×鳥氨酸+(-0.00244)×單棕櫚酸甘油酯+(-0.00023)×肌酐+(-0.00065)×甲硫氨酸+(0.00138)×瓜氨酸+(-0.00004)×色氨酸+(-0.00004)×延胡索酸,對(duì)該組合變量進(jìn)行roc分析,計(jì)算其曲線下面積(auc)。
結(jié)果顯示:該代謝物組合變量區(qū)分預(yù)后良好和預(yù)后不良的兩組結(jié)直腸癌病人的auc值達(dá)0.821,如圖7所示中點(diǎn)畫線所示,而傳統(tǒng)預(yù)后標(biāo)記物cea的auc值僅為0.656,如圖7所示中長虛線所示。該組合變量q具有比傳統(tǒng)預(yù)后標(biāo)記物更好的預(yù)后準(zhǔn)確性,篩選出的這8個(gè)差異代謝物可用作結(jié)直腸癌潛在的預(yù)后監(jiān)控標(biāo)志物。
2、進(jìn)一步地,利用spss統(tǒng)計(jì)分析軟件中的邏輯回歸算法,聯(lián)合以上8個(gè)差異代謝物和cea擬合綜合指標(biāo)i=6.1298+(-0.0212)×檸檬酸+(-0.0006)×鳥氨酸+(-0.0045)×單棕櫚酸甘油酯+(-0.0005)×肌酐+(0.0033)×甲硫氨酸+(0.0024)×瓜氨酸+(-0.0007)×色氨酸+(0.0020)×延胡索酸+(0.1561)×cea。
結(jié)果顯示:該綜合指標(biāo)區(qū)分預(yù)后良好和預(yù)后不良的兩組crc病人的auc值高達(dá)0.906,圖7中實(shí)黑線所示。聯(lián)合使用上述8個(gè)代謝性標(biāo)志物和臨床指標(biāo)cea,將能更好地輔助結(jié)直腸癌的預(yù)后監(jiān)控。
五、生存分析
基于roc分析結(jié)果,設(shè)定約登指數(shù)為最大值時(shí)所對(duì)應(yīng)的綜合指標(biāo)值為區(qū)分閾值(cutoff=-1.2126),將52例有預(yù)后信息的結(jié)直腸癌病人分為兩組:高水平組(綜合指標(biāo)>-1.2126,n=34)和低水平組(綜合指標(biāo)<-1.2126,n=18),然后進(jìn)行kaplan-meier生存分析。
結(jié)果發(fā)現(xiàn):綜合指標(biāo)值處于高、低水平的兩組結(jié)直腸癌病人之間的生存率存在非常顯著的差異(log-rank檢驗(yàn),p<0.0001),結(jié)果如圖8所示。進(jìn)一步說明該綜合指標(biāo)(即聯(lián)合cea和8個(gè)crc預(yù)后相關(guān)的代謝性標(biāo)志物)具有良好的臨床應(yīng)用潛能。
實(shí)施例5輔助結(jié)直腸癌早期篩查及診斷試劑盒1
用于輔助結(jié)直腸早期篩查及診斷的試劑盒包括:三羥甲基氨基甲烷-鹽酸緩劑(60mm)、四乙酸二氨基乙烯二鈉鹽(25mm)、β-羥基丁酸脫氫酶(32m)、氧化型煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(2.5mm)、氯化鎂(2mm)、蔗糖(35mm)。
一、取樣
收集96例經(jīng)檢查確診的結(jié)直腸癌患者和80例健康對(duì)照者的血清,編號(hào)后置于-80℃冰箱保存。本實(shí)驗(yàn)中選用了來自多個(gè)中心的臨床樣本,crc患者樣本來源于中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院和中山大學(xué)腫瘤防治中心的住院患者,健康對(duì)照組樣本來源于中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院的體檢中心。本發(fā)明的所有臨床樣本均得到中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院和中山大學(xué)腫瘤防治中心倫理委員會(huì)批準(zhǔn)。
二、檢測(cè)
1、采用本發(fā)明所述輔助結(jié)直腸早期篩查及診斷試劑盒和自動(dòng)生化分析儀定量分別檢測(cè)96例crc病人血清樣本和80例健康對(duì)照者血清樣本中β-羥基丁酸的濃度。
2、將得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,結(jié)果如圖9所示:新一批多中心來源的臨床樣本中,crc患者的血清β-羥基丁酸水平顯著高于健康對(duì)照者的水平(fc=2.64,p<0.0001),與基于色譜-質(zhì)譜平臺(tái)的檢測(cè)結(jié)果一致,驗(yàn)證了該診斷試劑盒用作輔助crc臨床篩查和診斷的可靠性。
實(shí)施例6輔助結(jié)直腸癌早期篩查及診斷試劑盒2
用于輔助結(jié)直腸癌早期篩查及診斷試劑盒包括:β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸,血清樣本處理液,洗脫液;
(1)標(biāo)準(zhǔn)品:β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸,所述標(biāo)準(zhǔn)品分別用于對(duì)應(yīng)的血清樣本中β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸、順烏頭酸的定性;
(2)血清樣本處理液:所述血清樣本處理液用于預(yù)處理來自受試者的血清樣品,包括試劑1和試劑2,
試劑1包括甲醇-氯仿混合溶液(體積比為3∶1),2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、甲氧胺吡啶溶液(15mg/ml)、含1%三甲基氯硅烷的雙(三甲基硅基)三氟乙酰胺(含1%tmcs的bstfa);
試劑2包括2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、水-甲醇-乙腈混合溶液(體積比為1∶2∶7);
(3)洗脫液:0.1%(v/v)甲酸的水溶液,0.1%(v/v)甲酸的乙腈溶液,純水和乙腈。
利用該試劑盒中的血清樣本處理液對(duì)血清樣本進(jìn)行處理,通過gc-tof-ms和uplc-q-tof-ms平臺(tái)對(duì)血清樣本進(jìn)行檢測(cè),洗脫液使用該試劑盒中的洗脫液,利用該試劑盒中的標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)血清樣本中β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸進(jìn)行定性定量分析,最后得出血清樣本中β-羥基丁酸、5-羥色胺、溶血磷脂酰膽堿(c14:0)、溶血磷脂酰膽堿(c16:1)、α-酮丁酸、延胡索酸、天冬氨酸、2-辛烯二酸、甘油、甘油酸、色氨酸和順烏頭酸的濃度。
實(shí)施例7輔助結(jié)直腸癌預(yù)后監(jiān)測(cè)試劑盒
用于輔助結(jié)直腸癌預(yù)后監(jiān)測(cè)的試劑盒1包括:檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸,血清樣本處理液,洗脫液;
(1)標(biāo)準(zhǔn)品:檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸,所述標(biāo)準(zhǔn)品分別用于對(duì)應(yīng)的血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的定性;
(2)血清樣本處理液:所述血清樣本處理液用于預(yù)處理來自受試者的血清樣品,包括試劑1和試劑2,
試劑1包括甲醇-氯仿混合溶液(體積比為3∶1),2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、甲氧胺吡啶溶液(15mg/ml)、含1%三甲基氯硅烷的雙(三甲基硅基)三氟乙酰胺;
試劑2包括2-氯苯丙氨酸(0.3mg/ml)、十七烷酸(1mg/ml)、水-甲醇-乙腈混合溶液(體積比為1∶2∶7);
(3)洗脫液:0.1%(v/v)甲酸的水溶液,0.1%(v/v)甲酸的乙腈溶液,水和乙腈。
一、取樣
收集10例經(jīng)手術(shù)切除治療的結(jié)直腸癌病人和10例對(duì)照者的血清樣本,編號(hào)后置于-80℃冰箱保存。結(jié)直腸癌病人樣本來源于中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院的住院患者,對(duì)照者為經(jīng)手術(shù)切除治療三年以上且無復(fù)發(fā)的結(jié)直腸癌病人,樣本同樣來源于中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院。本發(fā)明的所有臨床樣本均得到中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)。
二、檢測(cè)
1、采用本發(fā)明所述輔助結(jié)直腸預(yù)后試劑盒檢測(cè)10例結(jié)直腸病人血清樣本和10例對(duì)照者血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的濃度。利用該試劑盒中的血清樣本處理液對(duì)每一例血清樣本進(jìn)行處理,通過gc-tof-ms和uplc-q-tof-ms平臺(tái)對(duì)血清樣本進(jìn)行檢測(cè),洗脫液使用該試劑盒中的洗脫液,利用該試劑盒中的標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸進(jìn)行定性定量分析,最后得出血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的濃度。
2、將10例結(jié)直腸癌病人血清樣本中預(yù)后標(biāo)志物(檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸)濃度和10例對(duì)照者血清樣本中檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸的濃度均值進(jìn)行對(duì)比,判斷其預(yù)后情況,判斷標(biāo)準(zhǔn)定為:檸檬酸、鳥氨酸、單棕櫚酸甘油酯、肌酐、甲硫氨酸、瓜氨酸、色氨酸和延胡索酸8個(gè)標(biāo)記物的全部下調(diào)判斷為結(jié)直腸癌病人轉(zhuǎn)移復(fù)發(fā),否則判斷為無進(jìn)展生存,同時(shí),結(jié)合病人臨床隨訪資料分析該預(yù)后試劑盒的結(jié)果。結(jié)果如表6所示:
表6結(jié)直腸癌預(yù)后檢測(cè)試劑盒檢測(cè)轉(zhuǎn)移復(fù)發(fā)
由表6可知,結(jié)直腸癌預(yù)后檢測(cè)試劑盒檢測(cè)結(jié)果為10例病人中有6例結(jié)直腸癌病人轉(zhuǎn)移復(fù)發(fā),有4例無進(jìn)展生存,臨床隨訪資料顯示,10例病人中有4例轉(zhuǎn)移復(fù)發(fā),6例無進(jìn)展生存,其中標(biāo)號(hào)分別為4、10號(hào)病人的試劑盒檢測(cè)結(jié)果和臨床隨訪結(jié)果不一致。結(jié)果顯示:試劑盒檢測(cè)結(jié)果與臨床結(jié)果的符合率達(dá)80%。
雖然,上文中已經(jīng)用一般性說明及具體實(shí)施方案對(duì)本發(fā)明作了詳盡的描述,但在本發(fā)明基礎(chǔ)上,可以對(duì)之作一些修改或改進(jìn),這對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見的。因此,在不偏離本發(fā)明精神的基礎(chǔ)上所做的這些修改或改進(jìn),均屬于本發(fā)明要求保護(hù)的范圍。