本發(fā)明屬于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，涉及stat1基因單核苷酸多態(tài)性rs7576984和rs2066802在檢測結(jié)核易感性中的應(yīng)用，特別涉及stat1基因單核苷酸多態(tài)性(snp)rs7576984和rs2066802位點標(biāo)志物在人群對結(jié)核病易感性篩查和評估中的應(yīng)用。
背景技術(shù)：
結(jié)核病(tuberculosis，tb)是一種嚴(yán)重威脅人類健康的全球性疾病，其已成為人類三大感染性疾病殺手之一。世界衛(wèi)生組織全球結(jié)核病報告指出，大約1/3的人被結(jié)核分枝桿菌感染，其中僅有10％的感染者發(fā)病。這就意味著結(jié)核感染者是否發(fā)病與宿主-病原體之間的相互作用、環(huán)境、遺傳等有著密切的關(guān)系。最近，許多研究證明結(jié)核風(fēng)險與免疫系統(tǒng)和炎性反應(yīng)相關(guān)基因的多態(tài)性有密切的聯(lián)系。
人類stat1基因位于染色體2q32.2區(qū)，其編碼產(chǎn)物是信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子1(stat1)，該蛋白屬于stat蛋白家族。stat通路在所有脊椎動物和一些早期的后生動物中是高度保守的，它能夠通過簡單而直接的方式把許多細(xì)胞因子的信號從細(xì)胞膜受體傳導(dǎo)到細(xì)胞核內(nèi)，該過程可以分為三個基本階段：受體的激活、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)及靶基因表達(dá)。細(xì)胞因子可以導(dǎo)致其同源受體被janus激酶(jak)磷酸化、進(jìn)而為細(xì)胞漿內(nèi)的stat提供對接位點；stat蛋白被jak磷酸化后形成同源/異源二聚體并從膜受體轉(zhuǎn)運到細(xì)胞核內(nèi)；stat形成二聚體或更復(fù)雜的復(fù)合物結(jié)合到靶基因調(diào)控區(qū)域的保守dna序列上、調(diào)控轉(zhuǎn)錄的起始和增強。研究結(jié)果表明結(jié)核分枝桿菌感染的b10r鼠巨噬細(xì)胞可以誘導(dǎo)不依賴于分枝桿菌吞噬作用的細(xì)胞凋亡，結(jié)核分枝桿菌可以誘導(dǎo)蛋白酪氨酸激酶(ptk)活化、jak2/stat1-α磷酸化和stat1-α核易位。結(jié)核分枝桿菌感染激活jak2/stat1-alpha通路的發(fā)現(xiàn)表明結(jié)核分枝桿菌可能模仿巨噬細(xì)胞激活刺激。
有研究已經(jīng)確認(rèn)stat1突變會導(dǎo)致機體對結(jié)核分枝桿菌的易感性更高。
隨著基因組學(xué)的發(fā)展和結(jié)核分枝桿菌全基因組測序的完成，成千上萬的單核苷酸多態(tài)性(snp)位點從結(jié)核患者身上被鑒定。研究者利用這些數(shù)據(jù)繪制出結(jié)核分枝桿菌snp系譜樹并提出了結(jié)核分枝桿菌譜系的進(jìn)化假說。盡管結(jié)核分枝桿菌snp研究在方法學(xué)和基因組學(xué)上取得了舉世矚目的成就，但是中國人群stat1基因snp與結(jié)核感染風(fēng)險之間的關(guān)系卻依舊知之甚少。
因此，確定中國人群stat1基因的snp并深入研究其與結(jié)核患病風(fēng)險之間的關(guān)系顯得非常有必要。
技術(shù)實現(xiàn)要素：
本發(fā)明的目的是提供stat1基因單核苷酸多態(tài)性rs7576984和rs2066802在檢測結(jié)核易感性中的應(yīng)用。
本發(fā)明所提供的應(yīng)用具體可為三個，即應(yīng)用a、應(yīng)用b和應(yīng)用c。
應(yīng)用a：用于檢測rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)在制備評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的產(chǎn)品中的應(yīng)用；
應(yīng)用b：用于檢測rs2066802位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)在制備診斷或輔助診斷待測人是否患有結(jié)核病的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
其中，所述rs7576984位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191003857位核苷酸；所述rs7576984位點的核苷酸為c或a。所述rs2066802位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191009941位核苷酸；所述rs2066802位點的核苷酸為c或t。
進(jìn)一步，所述應(yīng)用a為所述用于檢測rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)以及記載有如下(a1)或(a2)或(a3)所示內(nèi)容的可讀性載體在制備評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的產(chǎn)品中的應(yīng)用；(a1)在共顯性遺傳模型下，所述rs7576984位點為ca基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs7576984位點為cc基因型的待測人；(a2)在顯性遺傳模式下，所述rs7576984位點為aa基因型或ca基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs7576984位點為cc基因型的待測人；(a3)在隱性遺傳模式下，所述rs7576984位點為aa基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險低于所述rs7576984位點為ca基因型或cc基因型的待測人。
進(jìn)一步，所述應(yīng)用b為所述用于檢測rs2066802位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)以及記載有如下(b1)所示內(nèi)容的可讀性載體在制備評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的產(chǎn)品中的應(yīng)用；(b1)在共顯性遺傳模式下，所述rs2066802位點為ct基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs2066802位點為tt基因型的待測人。
應(yīng)用c：用于檢測雙體型m的物質(zhì)在制備評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
單體型(haplotype)是位于一條染色體特定區(qū)域的一組相互關(guān)聯(lián)，并傾向于以整體遺傳給后代的單核苷酸多態(tài)的組合。雙體型為位于同源染色體上的單體型對。
構(gòu)成所述雙體型m的單體型的單核苷酸多態(tài)組合依次如下：rs13029247位點和rs7576984位點。
所述rs13029247位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191001932位核苷酸；所述rs13029247位點的核苷酸為c或t。所述rs7576984位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191003857位核苷酸；所述rs7576984位點的核苷酸為c或a。
進(jìn)一步，所述應(yīng)用c為所述用于檢測雙體型m的物質(zhì)以及記載有如下(c1)所示內(nèi)容的可讀性載體在制備評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的產(chǎn)品中的應(yīng)用；(c1)構(gòu)成所述雙體型m的2個單體型中有一個“ta”這種單體型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于構(gòu)成所述雙體型m的2個單體型中沒有“ta”這種單體型的待測人。
本發(fā)明還保護(hù)一種產(chǎn)品，含有用于檢測rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)；所述產(chǎn)品具有評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的功能。
其中，所述rs7576984位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191003857位核苷酸；所述rs7576984位點的核苷酸為c或a。
在本發(fā)明中，所述用于檢測rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)具體為引物對甲或成套單鏈dna分子甲；所述引物對甲由序列表中序列1所示的單鏈dna和序列表中序列2所示的單鏈dna組成；所述成套單鏈dna分子甲由序列表中序列1所示的單鏈dna、序列表中序列2所示的單鏈dna和序列表中序列3所示的單鏈dna組成。
所述產(chǎn)品中，還可含有記載有如上(a1)或(a2)或(a3)所示內(nèi)容的可讀性載體。
本發(fā)明還保護(hù)一種產(chǎn)品，含有用于檢測rs2066802位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)；所述產(chǎn)品具有評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的功能。
其中，所述rs2066802位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191009941位核苷酸；所述rs2066802位點的核苷酸為c或t。
在本發(fā)明中，所述用于檢測rs2066802位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)為引物對乙或成套單鏈dna分子乙；所述引物對乙由序列表中序列4所示的單鏈dna和序列表中序列5所示的單鏈dna組成；所述成套單鏈dna分子乙由序列表中序列4所示的單鏈dna、序列表中序列5所示的單鏈dna和序列表中序列6所示的單鏈dna組成。
所述產(chǎn)品中，還可含有記載有如上(b1)所示內(nèi)容的可讀性載體。
本發(fā)明還保護(hù)一種產(chǎn)品，含有用于檢測雙體型m的物質(zhì)的產(chǎn)品；構(gòu)成所述雙體型m的單體型的單核苷酸多態(tài)組合依次如下：rs13029247位點和rs7576984位點；所述產(chǎn)品具有評價或輔助評價待測人患結(jié)核病的風(fēng)險性的功能。
其中，所述rs13029247位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191001932位核苷酸；所述rs13029247位點的核苷酸為c或t；所述rs7576984位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191003857位核苷酸；所述rs7576984位點的核苷酸為c或a。
在本發(fā)明中，所述用于檢測單體型m的物質(zhì)由用于檢測所述rs13029247位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)和用于檢測所述rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)組成。
其中，用于檢測所述rs13029247位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)為引物對丙或成套單鏈dna分子丙；所述引物對丙由序列表中序列7所示的單鏈dna和序列表中序列8所示的單鏈dna組成；所述成套單鏈dna分子丙由序列表中序列7所示的單鏈dna、序列表中序列8所示的單鏈dna和序列表中序列9所示的單鏈dna組成。用于檢測所述rs7576984位點的單核苷酸多態(tài)性的物質(zhì)為引物對甲或成套單鏈dna分子甲；所述引物對甲由序列表中序列1所示的單鏈dna和序列表中序列2所示的單鏈dna組成；所述成套單鏈dna分子甲由序列表中序列1所示的單鏈dna、序列表中序列2所示的單鏈dna和序列表中序列3所示的單鏈dna組成。
所述產(chǎn)品中，還可含有記載有如上(c1)所示內(nèi)容的可讀性載體。
在本發(fā)明中，所述待測人最好來自中國漢族人群。
本發(fā)明通過中國漢族人群病例對照研究，首次發(fā)現(xiàn)stat1-rs7576984和rs2066802位點多態(tài)性與結(jié)核風(fēng)險顯著相關(guān)聯(lián)，在共顯性遺傳模型下stat1-rs7576984ca基因型和stat1-rs2066802ct基因型攜帶者罹患結(jié)核病的風(fēng)險更好；在顯性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點((ca+aa)vs.cc)基因型與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)；在隱性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點(aavs.(cc+ca))基因型與顯著的抗結(jié)核性相關(guān)；攜帶stat1rs13029247-rs7576984雙體型“ta”的人罹患結(jié)核的風(fēng)險更高。這一研究成果為篩選和預(yù)測結(jié)核病提供了新途徑，為研發(fā)人群結(jié)核篩查試劑盒提供了理論依據(jù)。
具體實施方式
下述實施例中所使用的實驗方法如無特殊說明，均為常規(guī)方法。
下述實施例中所用的材料、試劑等，如無特殊說明，均可從商業(yè)途徑得到。
下述實施例中所用試劑如無特殊說明，均購自國藥集團化學(xué)試劑公司。
下述實施例中利用全血基因組dna提取試劑盒(北京天根生化科技有限公司，dp304試劑盒)進(jìn)行全血基因組dna的提取。目標(biāo)snp的篩選采用theinternationalhapmap(http：//hapmap.ncbi.nlm.nih.gov)數(shù)據(jù)庫。中國漢族人基因型數(shù)據(jù)從haploview4.2數(shù)據(jù)庫獲取(http：//www.broad.mit.edu/haploview)。應(yīng)用sequenom公司的基質(zhì)輔助激光解析時間飛行質(zhì)譜系統(tǒng)(maldi-tof)中的iplex試劑盒進(jìn)行snp基因型分析。
實施例1、stat1基因單核苷酸多態(tài)性rs7576984和rs2066802在檢測結(jié)核易感性中的應(yīng)用
一、患者及分組情況
本發(fā)明所涉及的病例-對照研究共選擇解放軍第三○九醫(yī)院收治的已確診病例2039例，分為兩組：(1)結(jié)核病組：全軍結(jié)核病研究所收治的臨床上經(jīng)影像學(xué)、實驗室檢查及抗結(jié)核治療而確診的活動性結(jié)核病患者1032例，其中男605例，女427例，平均年齡(39.30±19.29)歲。包括肺結(jié)核、結(jié)核性胸膜炎、結(jié)核性心包炎、結(jié)核性腦膜炎、結(jié)核性腹膜炎、泌尿系結(jié)核、骨關(guān)節(jié)結(jié)核、淋巴結(jié)結(jié)核等。(2)非結(jié)核對照組：臨床上經(jīng)影像學(xué)、實驗室檢查及治療效果而確診的非結(jié)核疾病患者1007例，其中男534例，女473例，平均年齡(45.23±24.23)歲。
二、人外周血白細(xì)胞基因組dna提取
采集患者外周靜脈血2ml，置于抗凝管中。應(yīng)用全基因組dna提取試劑盒(北京天根生化有限公司產(chǎn)品)，按照說明書從1ml外周血中提取白細(xì)胞基因組dna，溶解于0.1×te緩沖液中(10mmol/ltris-1mmol/ledta，ph8.0)，于-20℃冰箱中儲存?zhèn)溆谩?/p>
三、標(biāo)簽snp的選擇
使用hapmap數(shù)據(jù)庫的人類全基因組snp的基因型數(shù)據(jù)，進(jìn)行標(biāo)簽位點的選擇。篩選標(biāo)簽位點遵循連鎖不平衡系數(shù)r2＞0.8的原則，即標(biāo)簽位點與被它代表的位點之間有足夠強的連鎖不平衡(r2值＞0.8)的連鎖強度。再使用haploview4.2程序，對從hapmap下載下來的中國漢族人(chb)基因型數(shù)據(jù)，進(jìn)行標(biāo)簽位點的選擇，所選擇的位點僅限最小等位基因頻率(minorallelefrequency，maf)＞0.05。
四、snp質(zhì)譜分析
應(yīng)用sequenom公司的基質(zhì)輔助激光解析時間飛行質(zhì)譜系統(tǒng)(maldi-tof)中的iplex試劑盒進(jìn)行snp基因型分析。其步驟簡述如下：
(1)多重pcr引物設(shè)計和擴增：5μl反應(yīng)體系中包括：1×反應(yīng)buffer，10ng基因組dna，0.5u熱啟動taqdna聚合酶(hotstartaq，qiagen)，500μmol脫氧核糖核苷三磷酸(dntps)，每個位點100nmol上游和下游引物，置于384孔板中，使用abi-9700pcr擴增儀，于94℃15min活化dna聚合酶后，于94℃變性20s，56℃退火30s和72℃延伸60s，循環(huán)45次。pcr產(chǎn)物用2.0％瓊脂糖凝膠電泳檢測。
(2)去除未反應(yīng)的引物和dntps：pcr擴增后，在反應(yīng)體系中加入2μl0.3u蝦堿性磷酸酶(shrimpalkalinephosphatase，sap)，于37℃下恒溫20min進(jìn)行多余堿基消減反應(yīng)，再置于85℃放置5min進(jìn)行滅活。
(3)單堿基延伸pcr反應(yīng)：應(yīng)用iplex試劑盒。調(diào)節(jié)延伸引物的濃度，降低質(zhì)譜峰圖的背景噪音后，在9μl反應(yīng)體系中，加入100μmolddntp0.2μl、0.04μl0.05u的上述dna聚合酶、625-1250nmol/l的延伸引物。先置pcr擴增儀94℃30s；再進(jìn)行延伸pcr反應(yīng)循環(huán)：置94℃5s，5×(52℃5s+80℃5s)，該循環(huán)進(jìn)行200次；然后置94℃5s，52℃5s，80℃5s，該循環(huán)進(jìn)行40次；最后置72℃延伸3min，置4℃保存。
(4)純化的延伸反應(yīng)產(chǎn)物進(jìn)行maldi-tof-ms分析：上述樣品應(yīng)用6mg樹脂脫鹽處理后，應(yīng)用自動機械臂點樣儀轉(zhuǎn)移至sequenom的384孔質(zhì)譜芯片上，另在384孔質(zhì)譜芯片上設(shè)置4個孔的重復(fù)質(zhì)控樣品。在質(zhì)譜分型系統(tǒng)中對點樣后的質(zhì)譜芯片進(jìn)行基因分型。
(5)數(shù)據(jù)采集和基因型分析：不同的波譜峰形狀代表電荷標(biāo)記的不同質(zhì)量。如果產(chǎn)物中存在2個單核苷酸多態(tài)性位點，每一個位點有1個等位基因，那么該等位基因是純合子；如果質(zhì)譜儀捕捉到4個不同的波譜峰，那么2個單核苷酸多態(tài)性是雜合子。通過操作界面typer4.0軟件包讀取質(zhì)譜峰圖，獲得基因型數(shù)據(jù)。
五、統(tǒng)計學(xué)分析
所有數(shù)據(jù)的統(tǒng)計采用statastatisticalpackage(version10.0；statacorplp，collegestation，tx，usa)軟件，結(jié)核組與非結(jié)核對照組等位基因頻率和基因型差異采用χ2檢驗，當(dāng)p＜0.05時表明有顯著性差異。非結(jié)核對照樣本的各個snp位點采用hardy-weinbergequilibrium(hwe)平衡采用數(shù)據(jù)庫(http：//ihg.gsf.de/cgi-bin/hw/hwal.p1)中的χ2檢驗進(jìn)行平衡檢驗，當(dāng)p＞0.05時表示通過hardy-weinberg平衡檢驗的標(biāo)準(zhǔn)。akaike信息標(biāo)準(zhǔn)被用于選取每個snp最保守的遺傳模型。通過非條件logistic回歸計算目標(biāo)snp基因型的比值比(or)和95％置信區(qū)間(ci)并輔以年齡和性別加以校正。
各snp位點間的連鎖不平衡(ld)強度按照常規(guī)的做法采用lewontin標(biāo)準(zhǔn)化系數(shù)d和連鎖不平衡系數(shù)r2來表示，單體域采用haploview4.2軟件的默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行劃分。在各個單體域內(nèi)，采用基于bayesian算法的phase2.1軟件，推斷出每個樣品的單體型。隨后采用haplo.stats軟件進(jìn)行單體型分析。具體的方法是：基于廣義線性模型，并輔以各種混雜因子的校正，進(jìn)行全局性(global)和針對單體型(haplotype-specific)的hap.score分析。各個單體域內(nèi)頻率＜0.03的單體型，合并為其他(others)項。使用100000次置換(simulations)檢驗得到觀察p值，并計算各個單體型的hap.score值。對bayesian算法獲得的雙單體型(diplotype)數(shù)據(jù)，同樣進(jìn)行非條件性logistic回歸分析，并校正年齡和性別。某一單體型的雙體型分為3類：0份拷貝樣本、1份拷貝樣本和2份拷貝樣本，以0份拷貝樣本為參照，分析1份拷貝樣本和2份拷貝的結(jié)核易感性或抗結(jié)核性。
六、實驗結(jié)果分析
通過基因型分析，從stat1基因選出5個單核苷酸多態(tài)性(snp)位點，即rs2280235位點、rs16833155位點、rs13029247位點、rs7576984位點和rs2066802位點。所述rs7576984位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191003857位核苷酸；所述rs7576984位點的核苷酸為c或a。所述rs2066802位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191009941位核苷酸；所述rs2066802位點的核苷酸為c或t。所述rs13029247位點為人類基因組2號染色體上自5’末端起第191001932位核苷酸；所述rs13029247位點的核苷酸為c或t。
步驟四中用于檢測所述rs7576984位點的上下游引物為引物1和引物2，延伸引物為引物3。引物1和引物2是一對引物，擴增含待測位點前后約200-300bp的產(chǎn)物，引物3是第3條引物即單堿基延伸引物，約15-20bp，只在200-300bp產(chǎn)物的一條鏈上延伸1個堿基。最終通過質(zhì)譜檢測16-21bp延伸子的分子量大小對應(yīng)基因型。
引物1：5’-acgttggatgtgtcctgtgggctttgtaac-3’(序列1)；
引物2：5’-acgttggatggggaagtcagaattctccag-3’(序列2)；
引物3：5’-ccctctggtccctctctcta-3’(序列3)。
步驟四中用于檢測所述rs2066802位點的上下游引物為引物4和引物5，延伸引物為引物6。
引物4：5’-acgttggatgcactgtgccaggtactgtct-3’(序列4)；
引物5：5’-acgttggatgaaaattcctggagcaggttc-3’(序列5)；
引物6：5’-ttgagcaggttcaccagct-3’(序列6)。
步驟四中用于檢測所述rs13029247位點的上下游引物為引物7和引物8，延伸引物為引物9。
引物7：5’-acgttggatgcacagtttttgctgtgtggg-3’(序列7)；
引物8：5’-acgttggatgcctgttctcatagagattaa-3’(序列8)；
引物9：5’-gattaaattctagaaagatgttattttt-3’(序列9)。
這些snp的具體信息、染色體位置及等位基因頻率見表1。所有位點在非結(jié)核對照組樣本中均通過了hardy-weinberg平衡檢驗(p＞0.01)。盡管5個等位基因頻率在結(jié)核組和非結(jié)核對照組之間無顯著性差異(表1)。但如表2所示，在共顯性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點ca基因型在結(jié)核組和非結(jié)核對照組之間存在顯著性差異(p＝0.003)，stat1-rs2066802位點ct基因型在結(jié)核組和非結(jié)核對照組之間存在顯著性差異(p＝0.023)。進(jìn)一步非條件logistic回歸分析發(fā)現(xiàn)stat1-rs7576984位點ca基因型與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)(p＝0.004，or1.347，95％ci1.100-1.650)，stat1-rs2066802位點ct基因型在與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)(p＝0.042，or1.215，95％ci1.007-1.466)。如表3所示，在顯性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點((ca+aa)vs.cc)基因型與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)(p＝0.022，or1.258，95％ci1.033-1.531)；在隱性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點(aavs.(cc+ca))基因型與顯著的抗結(jié)核性相關(guān)(p＝0.037，or0.515，95％ci0.276-0.962)。此外，其它4個snp在顯性遺傳模型或隱性遺傳模型下均無顯著的結(jié)核風(fēng)險或抗結(jié)核性。
表1stat1基因snp位點信息及基因頻率一覽表
表2共顯性遺傳模型下stat1基因5個snp基因型頻率在結(jié)核組與對照組之間的分布
表3顯性或隱性遺傳模型下stat1基因5個snp基因型頻率在結(jié)核組與對照組之間的分布
即根據(jù)以上結(jié)果，可知：(a1)所述rs7576984位點為ca基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs7576984位點為cc基因型的待測人(共顯性遺傳模型)；(a2)所述rs7576984位點為aa基因型或ca基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs7576984位點為cc基因型的待測人(顯性遺傳模型)；(a3)所述rs7576984位點為aa基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險低于所述rs7576984位點為ca基因型或cc基因型的待測人(隱性遺傳模型)；(b1)所述rs2066802位點為ct基因型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于所述rs2066802位點為tt基因型的待測人(共顯性遺傳模型)。
為了進(jìn)一步評價5個snp兩兩位點間的連鎖不平衡強度，我們采用haploview發(fā)現(xiàn)了一個由rs7576984和rs13029247等2個snp組成的單體域。我們從目標(biāo)人群中只發(fā)現(xiàn)了4個最常見的單體型(cc，tc，ta，ca)(表4)，全局性分?jǐn)?shù)檢驗表明該單體域中的這些單體型在結(jié)核組和非結(jié)核對照組之間無顯著性差異(globalp＝0.18241，df＝5)。進(jìn)一步logistic回歸分析發(fā)現(xiàn)，雖然單體型“ta”與結(jié)核風(fēng)險之間無顯著地聯(lián)系，但是在其組成的雙體型“ta”在1份拷貝時與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)(p＝0.001，or1.393，95％ci1.138-1.706)(表5)。
表4stat1基因常見單體型與結(jié)核風(fēng)險間的聯(lián)系
a.p值：單體型頻率在結(jié)核組與對照組之間的差異.
b.psim：100000次置換后的差異.
c.非條件性logistic回歸分析，加以年齡和性別校正.
d.na：不適用.
表5stat1基因snp雙體型與結(jié)核風(fēng)險之間的聯(lián)系.
a.非條件性logistic回歸分析，輔以年齡和性別校正.
b.全局性檢驗.
即根據(jù)以上結(jié)果可知：(c1)構(gòu)成雙體型的2個單體型中有一個“ta”這種單體型的待測人患結(jié)核病的風(fēng)險高于構(gòu)成雙體型的2個單體型中沒有“ta”這種單體型的待測人。
本發(fā)明通過中國漢族人群病例對照研究，首次發(fā)現(xiàn)stat1-rs7576984和rs2066802位點多態(tài)性與結(jié)核風(fēng)險顯著相關(guān)聯(lián)，在共顯性遺傳模型下stat1-rs7576984ca基因型和stat1-rs2066802ct基因型攜帶者罹患結(jié)核病的風(fēng)險更好；在顯性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點((ca+aa)vs.cc)基因型與顯著增加的結(jié)核風(fēng)險相關(guān)；在隱性遺傳模型下，stat1-rs7576984位點(aavs.(cc+ca))基因型與顯著的抗結(jié)核性相關(guān)；攜帶stat1rs13029247-rs7576984雙體型“ta”的人罹患結(jié)核的風(fēng)險更高。這一研究成果為篩選和預(yù)測結(jié)核病提供了新途徑，為研發(fā)人群結(jié)核篩查試劑盒提供了理論依據(jù)。