本發(fā)明屬于棉花分子育種
技術(shù)領(lǐng)域：
：，具體涉及一種與陸地棉纖維強(qiáng)度相關(guān)的snp分子標(biāo)記及其檢測和應(yīng)用。
背景技術(shù)：
：：棉花作為一種主要的纖維作物，在世界經(jīng)濟(jì)中占有重要的地位。在全世界廣泛栽培的四個棉種中，陸地棉占據(jù)著最重要的地位，其產(chǎn)量占世界棉花總產(chǎn)量的90%以上。隨著人們對中高檔紡織品需求的增長，對纖維品質(zhì)的要求日益提高，但傳統(tǒng)的育種手段主要是通過表型進(jìn)行選擇，育種效率低，難以滿足品質(zhì)育種的需要。分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展使直接選擇數(shù)量性狀的基因型成為了可能。通過構(gòu)建棉花遺傳圖譜進(jìn)行qtl定位可以使育種者直接選擇纖維品質(zhì)等數(shù)量性狀的基因型，通過利用f2和ril等作圖群體進(jìn)行了纖維品質(zhì)qtl定位研究也取得了豐碩的成果。尤其是第三代標(biāo)記技術(shù)snp標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用，更可為以后的標(biāo)記輔助育種打下基礎(chǔ)。snp標(biāo)記是目前最具發(fā)展?jié)摿Φ姆肿訕?biāo)記，因在基因組中數(shù)量多，分布廣且在基因分析過程中不需要根據(jù)片段大小將dna分帶，適合于大規(guī)模的自動化和數(shù)量龐大的檢測分析，目前已得到廣泛的應(yīng)用在醫(yī)學(xué)和生物等領(lǐng)域。但在棉花中的研究還較少。kristenl等將snp標(biāo)記作為判斷染色體重組事件的最小單位(recombinationbin)，判斷子代每個bin來源于父母本的情況，得到每個子代的全基因組物理圖譜，從而構(gòu)建出bin圖譜，用于后續(xù)高精度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和qtl定位（kristenlkump,peterjbradburyetal.genome-wideassociationstudyofquantitativeresistancetosouthernleafblightinthemaizenestedassociationmappingpopulation[j].naturegenetic,2011,43(2):163-168）；yu等應(yīng)用全基因組重測序?qū)?41株水稻rils群體進(jìn)行低深度重測序，以snp為基礎(chǔ)構(gòu)建bin圖譜，bin圖譜具有超高密度，能夠檢測到更多的qtl，同時檢測到的qtl也更加精細(xì)（yuh,xiew,wangj,etal.gainsinqtldetectionusinganultra-highdensitysnpmapbasedonpopulationsequencingrelativetotraditionalrflp/ssrmarkers[j].plosone,2011,6(3):e17595）；xu等通過對水稻親本9311的高深度重測序和128個cssls的低深度的重測序，構(gòu)建了一張高密度的bin圖譜，檢測到了768萬個snp位點(diǎn)，這128個cssl攜帶了259個染色體代換片段（xuj,zhaoq,dup,etal.developinghighthroughputgenotypedchromosomesegmentsubstistutionlinesbasedonpopulationwhole-genomere-sequencinginrice(oryzasatival.)[j].bmcgenomics,2010(11):625）；吳玲等基于玉米基因定位中ssr標(biāo)記密度不夠，一般的snp標(biāo)記只基于2種基因型序列差異而在檢測其他基因型材料時多態(tài)性不夠的局限性，結(jié)合生物信息學(xué)軟件開發(fā)基于est序列的高多態(tài)性snp標(biāo)記，最終在全基因組中發(fā)掘出了80363個snp位點(diǎn)，開發(fā)出了12388個snp標(biāo)記，這些snp標(biāo)記具有高度多態(tài)性（吳玲等,利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行基于表達(dá)序列標(biāo)簽的玉米單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的開發(fā)[j].核農(nóng)學(xué)報,2010,24(5):968-972）；朱磊等利用ssr標(biāo)記在初步定位水稻苯達(dá)松敏感致死基因的基礎(chǔ)上進(jìn)一步開發(fā)新一代snp標(biāo)記對其進(jìn)行精細(xì)定位，結(jié)果將該基因定位在第3染色體上0.4cm范圍內(nèi)，且4個snp標(biāo)記與其共分離，最后發(fā)現(xiàn)該染色體上一個編碼細(xì)胞色素p450的基因序列中的一個單堿基的缺失導(dǎo)致移碼突變，因而預(yù)測這可能是水稻苯達(dá)松敏感致死的原因（朱磊，水稻苯達(dá)松敏感致死基因bel的精細(xì)定位,碩士畢業(yè)論文，南昌:南昌大學(xué),2005）；楚鷹通過對纖維發(fā)育相關(guān)基因的snp研究，利用pcr技術(shù)分離了七個不同纖維品質(zhì)的四倍體棉種材料和兩個二倍體祖先棉種的纖維發(fā)育相關(guān)基因片段，共獲得了五個棉纖維發(fā)育相關(guān)基因在九個棉種材料中的序列信息，對陸地棉高強(qiáng)纖維品系間的snps位點(diǎn)進(jìn)行了統(tǒng)計，發(fā)現(xiàn)有四個csnps位點(diǎn)中存在非同義突變，可能具有表型效應(yīng)（楚鷹，纖維發(fā)育相關(guān)基因的snp研究與棉花蔗糖合酶基因片段的克隆及表達(dá)分析,碩士畢業(yè)論文,南京:南京農(nóng)業(yè)大學(xué),2004）；鄭煒佳通過對新海21和新陸中36進(jìn)行ssr和snp分子標(biāo)記引物篩選，使用篩選出的引物對兩個f2群體進(jìn)行pcr擴(kuò)增，構(gòu)建遺傳連鎖圖譜，共選擇了864對ssr引物對兩個親本進(jìn)行篩選，共篩選出79對多態(tài)性引物，占總數(shù)的9.1%。在群體中篩選得到的69對ssr引物和11組snp引物對f2群體擴(kuò)增出來的多態(tài)性標(biāo)記進(jìn)行遺傳連鎖分析，構(gòu)建了包括90個標(biāo)記位點(diǎn)的遺傳連鎖圖和30個連鎖群，標(biāo)記間的平均距離為55.9cm，全長為3135.84cm，覆蓋棉花基因組的62.71%（鄭煒佳,snp標(biāo)記的開發(fā)及海陸遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建,碩士論文,烏魯木齊:新疆農(nóng)業(yè)大學(xué),2013）；zhu通過重組自交系群體構(gòu)建了全基因組snp連鎖圖譜，找到2618個多態(tài)性snp標(biāo)記，其中有16個穩(wěn)定的qtls存在兩個環(huán)境中，12個qtl涉及多性狀，這些qtls主要分布在5、9、10、14、19和20號染色體上（lic,zhusjetal.genome-widesnplinkagemappingandqtlanalysisforfiberqualityandyieldtraitsintheuplandcottonrecombinantinbredlinespopulation.frontiersinplantscience,2016,7:218）。袁有祿等利用一個異常棉高強(qiáng)纖維漸滲系7235和陸地棉遺傳標(biāo)準(zhǔn)系tm-1為親本構(gòu)建了f2、f2：3分離群體，鑒定了一個可以在中國的不同棉區(qū)及美國等多個環(huán)境中均能檢測到主效qtl，可解釋30%以上的表型變異（袁有祿等,棉花高品質(zhì)纖維性狀qtls的分子標(biāo)記篩選及其定位,遺傳學(xué)報，2001,28(12):1151-1161)；沈新蓮利用3個陸地棉高強(qiáng)纖維種質(zhì)系構(gòu)建了3個f2種內(nèi)連鎖圖，利用復(fù)合區(qū)間作圖法檢測到38個與纖維品質(zhì)有關(guān)的qtls，其中15個穩(wěn)定的qtls能同時在f2和f2:3檢測到，至少3個qtls能在兩個群體中表達(dá)（沈新蓮,陸地棉纖維品質(zhì)qtl的篩選、定位及其應(yīng)用,博士論文,南京農(nóng)業(yè)大學(xué),2004)；石玉真以黃河流域廣泛種植的轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種sgk321和sgk9708(中41)為輪回親本,分別與優(yōu)質(zhì)豐產(chǎn)品種太121和高纖維品質(zhì)漸滲種質(zhì)系7235雜交的f1代材料雜交并回交,配置了雜交回交組合兩套,運(yùn)用與一個已定位的高強(qiáng)纖維qtl緊密連鎖的2個ssr標(biāo)記,這2個標(biāo)記在不同的遺傳背景,經(jīng)過多代雜交、回交和自交后,能夠穩(wěn)定遺傳而且qtl的效應(yīng)穩(wěn)定，并運(yùn)用此項(xiàng)技術(shù)結(jié)合其它手段進(jìn)行優(yōu)質(zhì)、抗蟲等基因的聚合育種研究,快速有效地改良現(xiàn)有的陸地棉推廣品種,創(chuàng)造高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗蟲棉花新材料或新品系(石玉真,李俊文,袁有祿等,與棉花纖維強(qiáng)度連鎖的主效qtl應(yīng)用于棉花分子標(biāo)記輔助育種[j].分子植物育種,2007,5(4):521-527)；賈菲利用以sgk9708為母本,0-153為父本構(gòu)建的196個陸地棉重組自交系(f6:8)構(gòu)建了包含186個標(biāo)記,總長827.84cm,標(biāo)記間平均距離4.45cm,覆蓋棉花基因組18.6%的遺傳連鎖圖譜,并對7個環(huán)境下的鈴重和衣分性狀進(jìn)行qtl定位和上位性互作分析。定位了多個環(huán)境下穩(wěn)定表達(dá)的5個主效qtls(qbw-1-1,qbw-1-2,qlp-2-1,qlp-2-2和qlp-4-2)，檢測到4對鈴重上位性互作qtls和7對衣分上位性互作qtls（賈菲,袁有祿等,多環(huán)境下陸地棉(gossypiumhirsutuml.)重組自交系鈴重與衣分性狀的qtl分析[j].分子植物育種,2011,9(8):318-326)；王天抗等利用以2個纖維品質(zhì)優(yōu)異材料0-153和新陸早24與2個大面積推廣品種魯棉研28和冀棉516為親本,配制的雙交f1群體,對3個纖維強(qiáng)度主效qtls連鎖的4個ssr標(biāo)記進(jìn)行輔助選擇,并對不同qtls的聚合效應(yīng)進(jìn)行了研究。結(jié)果4個標(biāo)記的選擇都表現(xiàn)出顯著的遺傳效應(yīng)（王天抗,石玉真,袁有祿等,棉花纖維強(qiáng)度主效qtls分子標(biāo)記輔助選擇及聚合效應(yīng)研究[j].棉花學(xué)報,2014,26(5):396-403)；jamshed利用重組自交系（ril）群體構(gòu)建遺傳圖譜，地圖覆蓋的距離為4110cm，相鄰標(biāo)記之間的平均距離為5.2cm，定位到47個qtl在多環(huán)境下穩(wěn)定，這些qtl多以聚合群的形式存在，控制兩個或兩個以上的性狀，這些qtl主要集中在4、7、14、25號染色體（jamshedetal.identificationofstablequantitativetraitloc(qtls)forfiberqualitytraitsacrossmultipleenvironmentsingossypiumhirsutumrecombinantinbredlinepopulation[j].bmcgenomics,2016,17:197)；zhang通過兩個陸地棉品種0–153和sgk9708構(gòu)建的重組自交系群體利用slaf序列構(gòu)建了有5521個單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記，覆蓋總距離為3259.37cm的高密度遺傳圖譜(zhangetal.constructionofahigh-densitygeneticmapbyspecificlocusamplifiedfragmentsequencing(slaf-seq)anditsapplicationtoquantitativetraitloci(qtl)analysisforbollweightinuplandcotton(gossypiumhirsutum.)[j].bmcplantbiology,2016,16:79)。總之，snp標(biāo)記是目前最具發(fā)展?jié)摿Φ姆肿訕?biāo)記，目前已得到廣泛的應(yīng)用，但在棉花中的應(yīng)用還較少，前人的研究中多數(shù)是利用分離群體如f2、bc1，遺傳背景復(fù)雜，或只在單個環(huán)境下檢測得到的結(jié)果，因此缺乏可靠性和穩(wěn)定性，多環(huán)境穩(wěn)定的qtl少，且有些研究最初的目的只是為了進(jìn)行目標(biāo)基因的定位。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是：通過篩選出一種與陸地棉纖維強(qiáng)度基因緊密連鎖且在多個環(huán)境下表現(xiàn)穩(wěn)定的snp分子標(biāo)記，將這些snp分子標(biāo)記應(yīng)用于棉花纖維品質(zhì)的輔助選擇，可以盡快提高我國棉花品種的纖維品質(zhì)水平。本發(fā)明提供的技術(shù)方案是：一種與陸地棉纖維高強(qiáng)度基因連鎖的snp標(biāo)記，定位在與纖維強(qiáng)度相關(guān)的6個qtl中，其中有4個在多環(huán)境下檢測穩(wěn)定，這些qtl都位于陸地棉4號染色體上，有3個能夠篩選得到分型較好的snp標(biāo)記；其中與qfs-chr04-2連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198739、cri-snp-198740、cri-snp-198741、cri-snp-198742；與qfs-chr04-3連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198743、cri-snp-198744、cri-snp-198745、cri-snp-198746、cri-snp-198747、cri-snp-198748、cri-snp-198749、cri-snp-198750、cri-snp-198751、cri-snp-198752、cri-snp-198753、cri-snp-198754、cri-snp-198755、cri-snp-198756、cri-snp-198757、cri-snp-198758、cri-snp-198759、cri-snp-198760、cri-snp-198761、cri-snp-198762、cri-snp-198763、cri-snp-198764、cri-snp-198765、cri-snp-198766、cri-snp-198767、cri-snp-198768、cri-snp-198769、cri-snp-198770；與qfs-chr04-5連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198771、cri-snp-198772，（其中cri:cottonresearchinstitute代表中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所；snp代表標(biāo)記類型；數(shù)字代表標(biāo)記開發(fā)順序），所述的snp分子標(biāo)記在染色體上的位置，和突變堿基如下表所示：標(biāo)記名稱snp位點(diǎn)突變堿基cri-snp-1987397700054t/ccri-snp-1987407720338t/ccri-snp-1987417721630g/tcri-snp-1987428177782a/gcri-snp-1987438254082t/gcri-snp-1987448254072t/ccri-snp-1987458260415c/tcri-snp-1987468297320c/tcri-snp-1987478356357g/acri-snp-1987488442751a/tcri-snp-1987498817947c/tcri-snp-19875010632971g/tcri-snp-19875110678536t/ccri-snp-19875210678492t/gcri-snp-19875310707374g/acri-snp-19875410697252c/tcri-snp-19875510730252a/tcri-snp-19875610794756t/acri-snp-19875710733643t/ccri-snp-19875810745098g/acri-snp-19875910745115a/gcri-snp-19876010761125a/gcri-snp-19876110750539t/ccri-snp-19876210750815c/tcri-snp-19876310758631a/gcri-snp-19876410842788g/acri-snp-19876510890616g/acri-snp-19876610890596c/tcri-snp-19876710890290a/gcri-snp-19876810863195g/tcri-snp-19876910843048g/acri-snp-19877010874601g/acri-snp-19877144993167t/ccri-snp-19877245071666t/c本發(fā)明中，qtl命名參考mccouch等（1997）在水稻中的命名規(guī)則，以q+性狀+連鎖群+qtl個數(shù)的形式表示（參考文獻(xiàn)：mccouchsr,choyg,yanom,etal.reportonqtlnomenclature,ricegenetnewslett.,1997,14:11-13），例如qfs-chr04-2表示定位到4號染色體與纖維強(qiáng)度相關(guān)的第二個qtl。本發(fā)明所述的snp標(biāo)記可通過snp基因分型實(shí)驗(yàn)有效地區(qū)分不同snp位點(diǎn)與不同基因型，從而可對不同棉花樣品進(jìn)行篩選，可篩選出纖維強(qiáng)度高的株系,大大縮短育種周期，提高棉花纖維強(qiáng)度的育種效率。同時，本發(fā)明還提供一種與陸地棉纖維強(qiáng)度的三個qtlqfs-chr04-2、qfs-chr04-3、qfs-chr04-5連鎖的snp標(biāo)記的篩選方法，包括如下步驟：（1）利用大田推廣的陸地棉栽培品種中棉所41選系sgk9708和具有亞洲棉高強(qiáng)纖維基因的陸地棉優(yōu)異品系0-153為親本構(gòu)建f2和f2:3群體；（2）f2:3群體家系內(nèi)每世代自交，在f2:6世代進(jìn)行一次單株選擇，再種植兩代到f6:8，把f6:8及以后的世代作為重組自交系群體進(jìn)行多年多點(diǎn)實(shí)驗(yàn)；（3）提取重組自交系群體和親本的dna；（4）構(gòu)建連鎖圖譜：對檢測的各樣品基因組dna進(jìn)行酶切實(shí)驗(yàn)，對得到的酶切片段（slaf標(biāo)簽）進(jìn)行3’端加a處理，連接dual-index測序接頭，pcr擴(kuò)增、純化、混樣、切膠選取目的片段，測序，對測序結(jié)果用軟件進(jìn)行遺傳圖譜的構(gòu)建（zhangj,guowz,zhangtz.molecularlinkagemapofal-lotetraploidcotton(gossypiumhirsutuml.×gossypiumbar-badensel.)withahaploidpopulation.theorapplgenet,2002,105:1166–1174）；（5）纖維強(qiáng)度qtl定位：進(jìn)行多個環(huán)境下穩(wěn)定的纖維強(qiáng)度主效qtls篩選，可得到上述的3個多環(huán)境穩(wěn)定的纖維強(qiáng)度主效qtls及其連鎖標(biāo)記。本發(fā)明的有益效果如下：本發(fā)明涉及的與多環(huán)境穩(wěn)定的高強(qiáng)纖維主效基因有關(guān)的位點(diǎn)共有3個（qfs-chr04-2、qfs-chr04-3、qfs-chr04-5），通過篩選與棉花高強(qiáng)纖維主效基因緊密連鎖且在多個環(huán)境下表現(xiàn)穩(wěn)定的snp標(biāo)記，將這些snp標(biāo)記應(yīng)用于棉花纖維品質(zhì)的輔助選擇，qtl定位結(jié)果可靠，可以盡快提高我國棉花品種的纖維品質(zhì)水平。qfs-chr04-2能在5個環(huán)境下（具體指2007年安陽、2008年安陽、2008年臨清、2008年曲周、2010年安陽）檢測到，可解釋的表型變異為4.88~8.83%，加性效應(yīng)值為-0.91~-0.63cn/tex；qfs-chr04-3能在8個環(huán)境下(具體指2007年安陽、2008年安陽、2008年臨清、2008年曲周、2009年曲周、2010年高邑、2010年鄭州、2013年安陽)檢測到，可解釋的表型變異為5.73~10.38%，加性效應(yīng)值為-1.14~-0.81cn/tex；qfs-chr04-5能在9個環(huán)境下（具體指2007年安陽、2008年安陽、2008年臨清、2008年曲周、2009年安陽、2010年安陽、2010年高邑、2010年鄭州、2013年安陽）檢測到，解釋的表型變異為4.69~12.6%，加性效應(yīng)值為0.78~-1.33cn/tex。本發(fā)明利用重組自交系f6:8（ril）篩選出穩(wěn)定的纖維強(qiáng)度qtls及其緊密連鎖的分子標(biāo)記，所述snp分子標(biāo)記是以棉花穩(wěn)定的ril群體為材料，通過基因組重測序的方法得到，利用與這些qtl緊密連鎖的分子標(biāo)記篩選出纖維強(qiáng)度得到提高的株系,進(jìn)行分子標(biāo)記輔助育種選擇，可大大縮短育種周期，提高棉花纖維強(qiáng)度的育種效率。附圖說明圖1是通過基因組重測序得到的總圖距為5197.17cm的遺傳圖譜。圖2是在4號染色體上與強(qiáng)度連鎖的qtls的位置圖，其中多環(huán)境穩(wěn)定且能篩選到snp標(biāo)記的有3個，分別為qfs-chr04-2、qfs-chr04-3、qfs-chr04-5。具體實(shí)施方式下面通過具體實(shí)施方式的詳細(xì)描述來進(jìn)一步闡明本發(fā)明，但并不是對本發(fā)明的限制，僅僅作示例說明。（1）重組自交系f6:8的獲得2007年-2008年的田間種植和dna的提取請見專利申請公開號：cn101613761a，發(fā)明名稱：與棉花纖維強(qiáng)度主效基因連鎖的ssr標(biāo)記的專利申請文件。2009年分別于河南安陽中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所試驗(yàn)站，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)曲周試驗(yàn)站和新疆阿克蘇德佳科技種業(yè)有限公司試驗(yàn)站種植親本和f6:10群體。安陽和曲周采用單行區(qū)，5米行長，行距分別為0.8m和(0.8+0.5)m，每行20株；新疆采用6行區(qū)，2米行長，每行15株。2010年分別于河北高邑原種場，河南安陽中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院試驗(yàn)站和河南鄭州種植親本和f6:11群體，安陽和鄭州采用單行區(qū)，行長5m，行距0.8m；高邑采用單行區(qū)，行長4m，寬窄行（0.8+0.6）m。上述各個試點(diǎn)都采用不完全隨機(jī)區(qū)組設(shè)計，種植兩個重復(fù)。9月中下旬進(jìn)行田間取樣，按家系收花，取12g左右的纖維樣品進(jìn)行纖維品質(zhì)的測定。（2）提取重組自交系群體和親本的dna，具體方法參考文獻(xiàn)（宋國立，改良ctab法快速提取棉花dna，棉花學(xué)報：1998,10(5）273-275)。（3）選擇以中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所提供的棉花四倍體基因組序列為參考基因組進(jìn)行電子酶切預(yù)測（lifg,fangy,lucr,xiaogh,zoucs,kohelrj,mazy,shanghh,maxf,wujh,etal.genomesequenceofcultivateduplandcotton(gossypiumhirsutumtm-1)providesinsightsintogenomeevolution.naturebiotechnology,2015,33(5)），最終選擇haeiii+sspi酶，酶切標(biāo)率為98.61%，共得到495.48mreads，酶切片段長度在364-414bp的序列定義為slaf標(biāo)簽。（4）根據(jù)選定的最適酶切方案，對檢測的各樣品基因組dna進(jìn)行酶切實(shí)驗(yàn)，對得到的酶切片段（slaf標(biāo)簽）進(jìn)行3’端加a處理，連接dual-index測序街頭，pcr擴(kuò)增、純化、混樣、切膠選取目的片段，文庫質(zhì)檢合格后用illuminahiseqtm2500進(jìn)行測序。（5）利用dual-index對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行識別，得到各個樣品的reads。通過reads間聚類的方法，在親本和子代中開發(fā)slaf標(biāo)簽。（6）通過生物信息學(xué)分析，共得到321797個slaf標(biāo)簽，其中多態(tài)性的slaf標(biāo)簽共有35300個。（7）對多態(tài)性的slaf標(biāo)簽進(jìn)行基因型編碼，基因型編碼規(guī)則為遺傳學(xué)通用的2等位編碼規(guī)則，如某標(biāo)記的親本基因型為aa（父本）和bb（母本），子代基因型ab則表示該樣品在這個標(biāo)記的編碼類型為雜合，其中有一個基因型來自于父本，有一個基因型來自于母本。（8）為保證遺傳圖譜質(zhì)量，slaf標(biāo)簽按照父母本測序深度10x以下、完整度低于30%、嚴(yán)重偏分離(p-value<0.05)、親本雜合、同時比對到兩套基因組的條件進(jìn)行過濾，共篩選出的7958個slaf標(biāo)簽。（9）通過與參考基因組的定位將slaf標(biāo)簽分為26個連鎖群，計算高質(zhì)量分子標(biāo)簽間的lod值，通過lod值進(jìn)行連鎖分群，對每個連鎖群采用highmap軟件進(jìn)行遺傳圖譜的構(gòu)建，通過校正，得到總圖距為5197.17cm的遺傳圖譜（如圖1所示）。其中highmap軟件由北京百邁克生物科技公司自主研發(fā)。（10）基于slaf的測序數(shù)據(jù)，通過bwa與兩個二倍體棉花的參考基因組比對，得到與親本之間有多態(tài)性的snp有44583個，通過質(zhì)量過濾后，在圖譜上定位得到10440個snp標(biāo)記。（11）采用軟件qtlicimappingv4.0(http://www.isbreeding.net/software/)和軟件winqtlcart2.5，通過11個環(huán)境(2007年安陽、2008年安陽、2008年臨清、2008年曲周、2009年安陽、2009年曲周、2009年阿克蘇、2010年安陽、2010年高邑、2010年鄭州、2013年安陽）纖維強(qiáng)度性狀的表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)，進(jìn)行纖維強(qiáng)度性狀的多環(huán)境qtl定位分析，共得到與纖維強(qiáng)度相關(guān)的qtl共6個，其中多環(huán)境穩(wěn)定的有4個，將這些得到的qtl與snp標(biāo)記進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，最終篩選得出與纖維強(qiáng)度分型明顯的snp標(biāo)記（qtl在染色體上的位置如圖2所示），其中與qfs-chr04-2連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198739、cri-snp-198740、cri-snp-198741、cri-snp-198742；與qfs-chr04-3連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198743、cri-snp-198744、cri-snp-198745、cri-snp-198746、cri-snp-198747、cri-snp-198748、cri-snp-198749、cri-snp-198750、cri-snp-198751、cri-snp-198752、cri-snp-198753、cri-snp-198754、cri-snp-198755、cri-snp-198756、cri-snp-198757、cri-snp-198758、cri-snp-198759、cri-snp-198760、cri-snp-198761、cri-snp-198762、cri-snp-198763、cri-snp-198764、cri-snp-198765、cri-snp-198766、cri-snp-198767、cri-snp-198768、cri-snp-198769、cri-snp-198770；與qfs-chr04-5連鎖的snp標(biāo)記為cri-snp-198771、cri-snp-198772。當(dāng)前第1頁12當(dāng)前第1頁12