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利用等位基因特異性抑制序列變體的核酸擴增的制作方法

文檔序號:12056647閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種選擇性擴增目標序列的需要變體的方法,所述目標序列以多種變體形式存在,所述方法包括以下步驟:

a)在反應(yīng)混合物中提供可能包含所述目標序列的至少一種變體的樣品;

b)提供能與所述目標序列的多種變體雜交的第一寡核苷酸;

c)提供能與所述目標序列的多種變體雜交的第二寡核苷酸,其中所述第二寡核苷酸的至少部分在3’末端或其附近的一個或多個核苷酸中包含修飾的堿基,且其中所述修飾的堿基是于環(huán)外氨基基團的修飾;

d)提供第三寡核苷酸,其與所述目標序列的需要變體雜交的親和力低于與所述目標序列的不需要變體雜交的親和力,并設(shè)計為與所述第二寡核苷酸雜交相同的鏈且位于所述第二寡核苷酸下游0-60個核苷酸之間;

e)提供基本上沒有5’-3’核酸酶活性的核酸聚合酶;

f)使所述反應(yīng)混合物進行聚合酶鏈式反應(yīng),

其中所述第一和第二寡核苷酸的量是不相等的,從而使得第一寡核苷酸過量存在;并且當所述第三寡核苷酸雜交于所述目標序列的不需要變體時,所述第三寡核苷酸顯著抑制所述核酸聚合酶對所述第二寡核苷酸的延伸,但是當所述第三寡核苷酸雜交于所述目標序列的需要變體時,其基本上不抑制所述核酸聚合酶對所述第二寡核苷酸的延伸。

2.權(quán)利要求1的方法,其中所述第一、第二和第三寡核苷酸中的至少一種是標記的。

3.權(quán)利要求1的方法,其還包括檢測擴增的核酸序列。

4.權(quán)利要求1的方法,其中所述第一寡核苷酸是SEQ ID NO:2,所述第二寡核苷酸是SEQ ID NO:3和/或所述第三寡核苷酸是SEQ ID NO:5。

5.權(quán)利要求1的方法,其中所述核酸聚合酶具有熱啟動能力。

6.一種用于選擇性擴增目標序列的需要變體的反應(yīng)混合物,所述目標序列以多種變體形式存在,所述混合物包括:

a)能與所述目標序列的多種變體雜交的第一寡核苷酸;

b)能與所述目標序列的多種變體雜交的第二寡核苷酸,其中所述第二寡核苷酸的至少部分在3’末端或其附近的一個或多個核苷酸中包含修飾的堿基,且其中所述修飾的堿基是于環(huán)外氨基基團的修飾;

c)第三寡核苷酸,其與所述目標序列的需要變體雜交的親和力低于與所述目標序列的不需要變體雜交的親和力,并設(shè)計為與所述第二寡核苷酸雜交相同的鏈且位于所述第二寡核苷酸下游0-60個核苷酸之間;

d)基本上沒有5’-3’核酸酶活性的核酸聚合酶;

其中所述第一和第二寡核苷酸的量是不相等的,從而使得第一寡核苷酸過量存在;并且所述第三寡核苷酸能可檢測性地抑制所述目標序列的不需要變體的擴增,但是不抑制所述目標序列的需要變體的擴增。

7.權(quán)利要求6的反應(yīng)混合物,其中所述第一、第二和第三寡核苷酸中的至少一種是標記的。

8.權(quán)利要求6的反應(yīng)混合物,其還包括一定量的所述目標核酸。

9.權(quán)利要求6的反應(yīng)混合物,其中所述第一寡核苷酸是SEQ ID NO:2,所述第二寡核苷酸是SEQ ID NO:3和/或所述第三寡核苷酸是SEQ ID NO:5。

10.權(quán)利要求6的反應(yīng)混合物,其中所述核酸聚合酶具有熱啟動能力。

11.一種用于選擇性擴增目標序列的需要變體的試劑盒,所述目標序列以多種變體形式存在,所述試劑盒包括:

a)能與所述目標序列的多種變體雜交的第一寡核苷酸;

b)能與所述目標序列的多種變體雜交的第二寡核苷酸,其中所述第二寡核苷酸的至少部分在3’末端或其附近的一個或多個核苷酸中包含修飾的堿基,且其中所述修飾的堿基是于環(huán)外氨基基團的修飾;

c)第三寡核苷酸,其與所述目標序列的需要變體雜交的親和力低于與所述目標序列的不需要變體雜交的親和力,并設(shè)計為與所述第二寡核苷酸雜交相同的鏈且位于所述第二寡核苷酸下游0-60個核苷酸之間;

d)基本上沒有5’-3’核酸酶活性的核酸聚合酶;

e)用于擴增核酸所必需的試劑和溶液;

其中所述第一和第二寡核苷酸的量是不相等的,從而使得第一寡核苷酸過量存在;并且所述第三寡核苷酸能可檢測性地抑制所述目標序列的不需要變體的擴增,但是不抑制所述目標序列的需要變體的擴增。

12.權(quán)利要求11的試劑盒,其還包括一種或多種適用于使核酸焦磷酸解作用最小化的試劑和適用于保護擴增反應(yīng)免受核酸遺留污染的試劑。

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