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使用捕獲標(biāo)記物的三磷酸化寡核苷酸的純化的制作方法

文檔序號:12054478閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.制備式(I)的寡核苷酸的方法,

其中V1、V3和V5在每種情況中獨(dú)立地選自O(shè)、S和Se;

V2、V4和V6在每種情況中獨(dú)立地選自O(shè)H、OR1、SH、SR1、F、NH2、NHR1、N(R1)2和BH3-M+,

W1是O或S,

W2是O、S、NH或NR2,

W3是O、S、NH、NR2、CH2、CHHal或C(Hal)2,

R1、R2和R3選自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C2-6酰基或環(huán)基,各自任選地被取代,

或其中兩個R1可以和與其結(jié)合的N-原子一起形成環(huán),

M+是陽離子,

X是NH、NR3、O或S,

Z表示捕獲標(biāo)記物,

Y表示連接所述捕獲標(biāo)記物與X的鍵或連接物,和

ON表示包含至少4個核苷酸或核苷酸類似物結(jié)構(gòu)單元的寡核苷酸,所述方法包括下列步驟:

(a)將式(IIa)的化合物與氧化劑反應(yīng),

其中V1、V3、V5、V4、V6、W1、W2、W3和ON如上限定,以獲得式(IIb)的化合物

其中V1、V3、V5、V2、V4、V6、W1、W2、W3和ON如上限定,

(b)將式(IIb)的化合物與式(III)的捕獲標(biāo)記物試劑反應(yīng),

Z-Y-XH (III)

其中X、Z和Y如上限定,以獲得包含式(I)的寡核苷酸的反應(yīng)產(chǎn)物,和

(c)將步驟(b)的反應(yīng)產(chǎn)物與能夠與所述捕獲標(biāo)記物相互作用的捕獲試劑接觸,其中所述接觸在允許寡核苷酸(I)與所述反應(yīng)產(chǎn)物中所含的其它物質(zhì)分離的條件下進(jìn)行。

2.權(quán)利要求1的方法,其中所述捕獲標(biāo)記物和所述能夠與其相互作用的捕獲試劑選自:

(i)疏水性或氟化的基團(tuán)和對疏水性或氟化的基團(tuán)具有親和性的色譜材料,例如,反相材料或氟親和性支持物;

(ii)非共價結(jié)合對的第一配偶體和非共價結(jié)合對的第二配偶體,和

(iii)共價結(jié)合對的第一配偶體和共價結(jié)合對的第二配偶體,其中所述第一和第二配偶體形成共價鍵。

3.權(quán)利要求1或2的方法,其中三磷酸酯/三磷酸酯類似物基團(tuán)與寡核苷酸的5’-端連接,特別是與其5’-端糖的5’-OH-基團(tuán)連接。

4.權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)的方法,進(jìn)一步包括下列步驟:

(d)除去所述捕獲標(biāo)記物,以獲得式(IV)的寡核苷酸,

其中V1、V3、V5、V2、V4、V6、W1、W2、W3和ON如權(quán)利要求1中限定。

5.權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)的方法,其中所述寡核苷酸選自脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和寡核苷酸類似物。

6.權(quán)利要求1-5任一項(xiàng)的方法,其中所述寡核苷酸是單鏈或雙鏈的。

7.權(quán)利要求6的方法,其中所述寡核苷酸是雙鏈的,并且雙鏈體在其遠(yuǎn)端通過環(huán)閉合,其中所述環(huán)包括核苷酸和/或非核苷酸結(jié)構(gòu)單元。

8.權(quán)利要求6或7的方法,其中所述寡核苷酸是雙鏈的,并且雙鏈體在其近端是鈍端。

9.權(quán)利要求1-8任一項(xiàng)的方法,其中所述寡核苷酸包含與其共價連接的細(xì)胞特異性靶向?qū)嶓w。

10.權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)的方法,其中所述寡核苷酸(I)或(IV)是RIG-1的激活劑。

11.式(I)的寡核苷酸,可通過權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)的方法獲得。

12.用于制備式(I)的寡核苷酸的試劑盒的用途,

其中V1、V3、V5、V2、V4、V6、W1、W2、W3、X、Y、Z和ON如權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)中限定,

其中該試劑盒包含:

(a)式(III)的捕獲標(biāo)記物試劑

Z-Y-XH (III)

其中X、Z和Y如權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)中限定,和

(b)能夠與所述捕獲標(biāo)記物相互作用的捕獲試劑。

13.式(I)的修飾寡核苷酸

其中

X是NH、O、R-O-[P(V1)V2-W1]n或R-O-P(V3)V4-W2-P-(V1)V2-W1,

n是1-12,優(yōu)選1或2,

Y是鍵,

Z是C13-C24烷基、Q或QNHC2-C24烷基,

Q選自H、氨基酸、氨基酸類似物、C1-C24烷基,優(yōu)選C12-C24烷基、肽和脂質(zhì),

R是C1-C24烷基、C2-C24烯基、C2-C24炔基和脂質(zhì),

R是C1-C24烷基、C2-C24烯基、C2-C24炔基、C2-C24?;颦h(huán)基,并且任選地被取代,

和V1、V2、V3、V4、V5、V6、W1、W2、W3和ON如權(quán)利要求1-10任一項(xiàng)中限定,其中V1、V2、V3、V4、V5、V6、W1、W2和W3優(yōu)選地是O。

14.權(quán)利要求13的修飾寡核苷酸,

其中

X是NH或O,和

Z是C13-C24烷基、Q或QNHC2-C24烷基。

15.權(quán)利要求13的修飾寡核苷酸,

其中

X是R-O-[P(V1)V2-W1]n

n是1或2,和

V1、V2和W1是O。

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