專利名稱：區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的方法和試劑盒的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的領(lǐng)域。特別地，本發(fā)明涉及區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的方法和試劑盒。
背景技術(shù)：
乳腺癌在世界上是女性最常見的癌癥。由于還未足夠了解乳腺癌的發(fā)病機理，因此早期診斷更有意義。目前乳房X光照相檢查是最常用的乳腺癌檢測方法。其可用于使年齡在40-69歲之間女性的乳腺癌發(fā)病率降低20-40%，這已經(jīng)通過一些大規(guī)模隨機試驗證實。乳房X光照相術(shù)目前是早期乳腺癌檢測的金標(biāo)準(zhǔn)，但是據(jù)報道整體靈敏性在一些女性亞型中顯著降低，特別是在具有放射性致密型乳腺的女性及在乳腺癌危險增加的那些女性中。具有極密集乳腺的女性中膠片乳腺X光照相術(shù)靈敏性的估計值為48-63%。乳腺X照相術(shù)的缺點是低靈敏性和特異性，特別是在年輕群體中，及在照相期間的壓痛。此外，由于乳 房的小體積及高密度的原因，許多病例不能獲得篩選的乳腺X光照相術(shù)的明確結(jié)果，在乳腺X光照相診斷中其通常被分類為BI-RADS O (ΒΙ-RADS:乳腺成像報告和數(shù)據(jù)系統(tǒng))。BI-RADS在1993年由美國放射學(xué)學(xué)會(ACR)開發(fā)，以標(biāo)準(zhǔn)化乳腺X光照相報告、改善通訊、降低乳腺X光照相發(fā)現(xiàn)的混亂、幫助研究及便于結(jié)果監(jiān)測。根據(jù)1997年的Mammography Quality Standards Act (MQSA) [FinalRuIe 62 (208) : 55988],美國的所有乳腺X光照片必須使用這些評估類別之一報告。每項乳腺X光照相術(shù)研究應(yīng)基于大多數(shù)相關(guān)發(fā)現(xiàn)而屬于一個單一評估。分類分為不完全評估(category O)和完全評估(categories
1、2、3、4、5、6)。BI-RADS Category O被定義為不完全評估，其意味著需要額外成像。通常推薦定期復(fù)查，基于超聲診斷或磁共振成像(MRI)或者甚至活組織檢查而要求長期、昂貴的及產(chǎn)生焦慮的過程。超聲診斷，即使與乳腺X光照相術(shù)組合，仍具有高比率的假陽性結(jié)果，導(dǎo)致不必要的侵入性步驟。MRI的長期保持對患者有害。MRI也帶來高比率的假陽性結(jié)果，同時花費高。由于這樣的多種因素，需要易于實施的新檢測，其將改善乳腺癌檢測及證實患者的危險性，特別是當(dāng)乳腺X光照相術(shù)不能鑒別時是非常重要的。血清生物標(biāo)記如CEA、CA15_3在癌癥篩選中未示出良好性能[I]。近年來，有一些文獻(xiàn)描述了使用外周血細(xì)胞中基因表達(dá)模式早期診斷乳腺癌的可能性[2]。這些前期研究的結(jié)果表明癌癥將導(dǎo)致血液生物化學(xué)環(huán)境中的特征性改變，由此一些鑒別了的基因的表達(dá)模式可用于高精確性地區(qū)分癌癥與對照組。然而，基于血液生物標(biāo)記還未成功在BI-RADS O患者中區(qū)分乳腺癌(BC)與良性乳腺疾病(BBD)。發(fā)明概述本發(fā)明提供了一種在來自患者的生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的方法，所述方法包括如下步驟a)獲得包含來自患者的生物學(xué)材料的生物學(xué)樣品；b)將來自所述生物學(xué)樣品的生物學(xué)材料與至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑接觸，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因；以及c)確定包含選自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的至少一個靶基因的表達(dá)水平以獲得患者的表達(dá)譜；和d)分析所述患者的表達(dá)譜與來自先前經(jīng)臨床分類為乳腺癌的患者的靶基因的表達(dá)譜及先前經(jīng)臨床分類為良性乳腺疾病的患者的靶基因的表達(dá)譜，其中如果所述患者的表達(dá)譜與先前經(jīng)臨床分類為乳腺癌的患者的表達(dá)譜歸為一類(clustered),則預(yù)示該患者患有乳腺癌；如果所述患者的表達(dá)譜與先前經(jīng)臨床分類為良性乳腺疾病的患者的表達(dá)譜歸為一類，則預(yù)示該患者患有良性乳腺疾病。在一個實施方案中，在步驟b)中，將所述生物學(xué)材料與特異于至少4個及不超過28個靶基因的組合的試劑接觸，其中所述試劑包括至少特異于分別包含SEQ ID NO: 1、2或
3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的試劑，至少所述4個基因的表達(dá)水平在步驟c)中確定以獲得該患者的表達(dá)譜。在另一個實施方案中，在步驟b)中，將所述生物學(xué)材料與特異于28個基因的組合的試劑接觸，其中所述試劑包括特異于分別包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑，所述28個基因的表達(dá)水平在步驟c)中確定以獲得該患者的表達(dá)譜。 特別地，取自患者的生物學(xué)樣品是血液樣品。更特別地，所述生物學(xué)材料包含核酸。在一個實施方案中，步驟b)中至少一種特異性試劑包含至少一種雜交探針。在另一個實施方案中，步驟b)中特異性試劑包含至少一種雜交探針和至少一種引物。在進(jìn)一步的實施方案中，步驟b)中特異性試劑包含一種雜交探針和兩種引物。本發(fā)明還提供了在取自患者的生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的試劑盒，其包含對于至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及對于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因。在一個實施方案中，本發(fā)明的試劑盒包含特異于至少4個及不超過28個靶基因的組合的試劑，其中所述試劑包括至少特異于分別包含SEQ IDN0:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的試劑。在另一個實施方案中，本發(fā)明的試劑盒包含特異于28個靶基因的組合的試劑，其中所述試劑包括特異于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑。本發(fā)明還涉及至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及包含SEQ IDN0:1_44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑在生產(chǎn)用于在患者的生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ IDNO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因。在一個實施方案中，本發(fā)明涉及特異于至少4個及不超過28個靶基因的組合的試劑在生產(chǎn)在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述試劑包括至少特異于分別包含SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的試劑。在另一個實施方案中，本發(fā)明涉及28個靶基因的組合在生產(chǎn)在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述試劑包括特異于包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑。發(fā)明詳述本發(fā)明提出了通過提供在BI-RADS O患者內(nèi)區(qū)分BC與BBD的診斷工具以解決現(xiàn)有技術(shù)領(lǐng)域中所有缺點的建議。鑒于其乳腺X光照相術(shù)分類為BI-RADS O的大多數(shù)患者均具有乳腺損害，因此本研究針對于區(qū)分BC與BBD。這與先前聚焦于乳腺癌患者及無這種疾病跡象的患者的表達(dá)模式的研究非常不同。其排除了一些非癌癥特異性因素以進(jìn)行癌癥的檢測，如一些炎癥應(yīng)答調(diào)節(jié)。令人驚奇地，本發(fā)明人證實分析選自CHI3、CLEC4C、LILRA3和TUBB2A的至少一個靶基因的表達(dá)提供了這樣的信息，其足以區(qū)分BBD患者與BC。當(dāng)然，組合分析上述靶基因的表達(dá)，改善了結(jié)果的靈敏性和特異性，同樣也分析28個靶基因的表達(dá)模式，如下表I所示，包括 CHI3、CLEC4C、LILRA3 和 TUBB2A。表I
權(quán)利要求
1.在來自患者的生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的方法，所述方法包括如下步驟 a)獲得包含來自所述患者的生物學(xué)材料的生物學(xué)樣品， b)將來自所述生物學(xué)樣品的生物學(xué)材料與至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及包含SEQ ID N0:l-44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑接觸，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ IDN0:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因，及 c)確定包含選自SEQID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因的表達(dá)水平以獲得所述患者的表達(dá)譜，及 d)分析所述患者的表達(dá)譜與來自先前經(jīng)臨床分類為乳腺癌的患者的靶基因的表達(dá)譜及來自先前經(jīng)臨床分類為良性乳腺疾病的患者的靶基因的表達(dá)譜，其中 如果所述患者的表達(dá)譜與先前經(jīng)臨床分類為乳腺癌的患者的表達(dá)譜歸為一類，則預(yù)示該患者患有乳腺癌， 如果所述患者的表達(dá)譜與先前經(jīng)臨床分類為良性乳腺疾病的患者的表達(dá)譜歸為一類，則預(yù)示該患者患有良性乳腺疾病。
2.權(quán)利要求I的方法，其中在步驟b)中，將所述生物學(xué)材料與特異于至少4個且不超過28個靶基因的組合的試劑接觸，其中所述試劑至少包括特異于分別包含SEQ ID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的試劑，在步驟c)中確定至少所述4個基因的表達(dá)水平以獲得所述患者的表達(dá)譜。
3.權(quán)利要求I的方法，其中在步驟b)中，將所述生物學(xué)材料與特異于28個基因的組合的試劑接觸，其中所述試劑包括特異于分別包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑，并在步驟c)中確定所述28個基因的表達(dá)水平以獲得所述患者的表達(dá)譜。
4.權(quán)利要求I的方法，其中取自患者的生物學(xué)樣品是血液樣品。
5.權(quán)利要求I的方法，其中所述生物學(xué)材料包含核酸。
6.權(quán)利要求I的方法，其中步驟b)中的所述至少一種特異性試劑包含至少一種雜交探針。
7.權(quán)利要求6的方法，其中步驟b)中的所述特異性試劑包含至少一種雜交探針和至少一種引物。
8.權(quán)利要求7的方法，其中步驟b)中的所述特異性試劑包含一種雜交探針和兩種引物。
9.用于在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的試劑盒，其包含至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因。
10.權(quán)利要求9的試劑盒，其包含特異于至少4個且不超過28個靶基因的組合的試劑，其中所述試劑包括至少特異于分別包含SEQ ID勵:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的革巴基因的試劑。
11.權(quán)利要求10的試劑盒，其包含特異于28個靶基因的組合的試劑，其中所述試劑包括特異于包含SEQ ID NO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑。
12.至少一個靶基因的至少一種特異性試劑及包含SEQID NO: 1-44所示核酸序列的28個靶基因的不超過28種特異性試劑在生產(chǎn)在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述至少一種試劑特異于包含選自SEQ ID N0:l、2或3、4和5或6所示核酸序列的核酸序列的至少一個靶基因。
13.特異于至少4個且不超過28個靶基因的組合的試劑在生產(chǎn)用于在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述試劑包括至少特異于分別包含SEQ ID NO: 1、2或3、4和5或6所示核酸序列的靶基因的試劑。
14.28個靶基因的組合在生產(chǎn)用于在患者生物學(xué)樣品中區(qū)分乳腺癌與良性乳腺疾病的組合物中的應(yīng)用，其中所述試劑包括特異于包含SEQ IDNO: 1-44所示核酸序列的靶基因的試劑。
15.權(quán)利要求12-14任一項的應(yīng)用，其中取自患者的生物學(xué)樣品是血液樣品。
16.權(quán)利要求12-14任一項的應(yīng)用,其中所述生物學(xué)材料包含核酸。
17.權(quán)利要求12-14任一項的應(yīng)用，其中步驟b)中的所述至少一種特異性試劑包含至少一種雜交探針。
18.權(quán)利要求17的應(yīng)用，其中步驟b)中的所述特異性試劑包含至少一種雜交探針和至少一種引物。
19.權(quán)利要求18的應(yīng)用，其中步驟b)中的所述特異性試劑包含一種雜交探針和兩種引物。
全文摘要
本發(fā)明涉及區(qū)分乳腺癌和良性乳腺疾病的方法和試劑盒，通過確定包含選自SEQ ID NO:1、2或3、4和5或6所示核酸序列的至少一個靶基因的表達(dá)水平以獲得患者的表達(dá)譜，將此患者的表達(dá)譜與來自先前經(jīng)臨床分類為乳腺癌患者的靶基因的表達(dá)譜及與來自先前經(jīng)臨床分類為良性乳腺疾病的患者的靶基因的表達(dá)譜進(jìn)行對比而進(jìn)行。
文檔編號C12Q1/68GK102918164SQ201080067058
公開日2013年2月6日 申請日期2010年5月28日 優(yōu)先權(quán)日2010年5月28日
發(fā)明者葉迅, 吳非, 徐清華, 孟夏, B·穆然 申請人:生物梅里埃公司