通用基因測定法，例如 但不限于通過聚合酶鏈式反應（PCR;例如qPCR或RT-PCR)，巧光原位雜交（FISH)，或微 陣列測定法實施生物標志物和/或參照標志物的存在和/或表達水平的測量。在一個實 施方案中，可W通過通用基因量化測定法，例如通過PCR測量生物標志物和/或參照標志 物的存在和/或表達水平。或者，可W通過通用測序鑒定生物標志物的存在。在一個實施 方案中，引物可W設計為檢測生物標志物或參照標志物基因（全長DNA，cDNA或mRNA)的 完整基因或基因內(nèi)的連續(xù)核巧酸的片段，例如約5至約l(K)bp，例如約10至約5(K)bp，約20 至約20化P，或約50至約20化P的片段。引物可W是包含或組成基本上為（consisting essentiallyof)核巧酸序列的引物對，所述核巧酸序列分別能夠與大小范圍為約5至約 10化P，例如約5至約5化P，約5至約3化P，或約10至25bp的3'-和5'-端區(qū)雜交（例如 互補）。能夠與基因雜交的探針或適體可W包含或組成基本上為具有約5至約l(K)bp，約5 至約5化P，約5至約3化P，或約5至約25bp的大小的核巧酸序列，其能夠與生物標志物或 參照標志物基因（全長DNA，cDNA或mRNA)的片段（約5至約10化P，約5至約5化P，約5 至約3化P，或約5至約扣bp)雜交（或互補）。如本文中使用的，術(shù)語"能夠雜交"可W指 W在引物、探針或適體和基因區(qū)之間的80%或更高，例如90%或更高，95%或更高，98%或 更高，99%或更高，或100%序列互補性與基因的特定區(qū)互補性結(jié)合。
[0104] 生物標志物和/或參照標志物的存在和/或表達水平可W通過量化由其編碼的蛋 白質(zhì)測量?？蒞通過使用特異性結(jié)合蛋白質(zhì)的化學品、抗體、和/或適體檢測酶促反應、巧 光、發(fā)光和/或放射性實施蛋白質(zhì)量化。例如，可W使用選自但不限于下組的分析技術(shù)實 施蛋白質(zhì)量化：免疫層析，免疫組織化學染色，酶聯(lián)免疫吸附法巧LISA)，放射性免疫測定 法巧IA)，酶免疫測定法巧IA)，巧光免疫測定法（FIA)，發(fā)光免疫測定法（LIA)，Western印 跡，微陣列，流式細胞術(shù)，免疫組織化學（1肥)，表面等離振子共振（SPR)，等等。
[0105] 另一個實施方案提供了抑制c-Met或預防和/或治療癌癥的方法，其包括對具有 高水平的CAV1、FAM126A、MET、RAB31、ST8SIA4、和 / 或T服D7A，和 / 或低水平的CMHL和 / 或PHC1的受試者施用抗c-Met抗體，其中術(shù)語"高水平"和"低水平"可W如上文所述測定。 在一個實施方案中，受試者可W是如上選擇的受試者。
[0106] 抑制c-Met或預防和/或治療癌癥的方法可W進一步包括在施用步驟前為抗 c-Met抗體應用鑒定的受試者的步驟。鑒定步驟可W是鑒定通過用于抗c-Met抗體應用的 受試者的方法選擇的生物學樣品或受試者的步驟，并且可W通過實施選擇方法中描述的步 驟或者通過確認通過選擇方法選擇感興趣的受試者或生物學樣品實施。
[0107] 在一個實施方案中，抑制c-Met或預防和/或治療癌癥的方法可W包括：
[0108] 為抗c-Met抗體應用鑒定受試者；并
[0109] 對所述受試者施用抗c-Met抗體。
[0110] 或者，抑制c-Met或預防和/或治療癌癥的方法可W包括：
[0111] 通過測量生物標志物的存在和/或水平為抗c-Met抗體應用選擇受試者；并
[0112] 對選擇的受試者施用抗c-Met抗體。
[0113] 在上述方法中，可對于抑制c-Met或預防和/或治療癌癥有效的量施用抗 c-Met抗體。
[0114] 在一個實施方案中，抗c-Met抗體可W是將c-Met蛋白識別為抗原的任何抗體和/ 或其抗原結(jié)合片段。例如，抗c-Met抗體可W將c-Met的特定區(qū)，例如SEMA域中的特定區(qū) 識別為表位。它可W是作用于c-MetW誘導c-Met胞內(nèi)內(nèi)在化和降解的任何抗體或抗原結(jié) 合片段。
[011引如本文中使用的，除非另有敘述，術(shù)語"抗c-Met抗體"可W用于不僅包括抗體的 完整形式，而且還包括其抗原結(jié)合片段。
[0116] 術(shù)語"c-Met"或"c-Met蛋白"指一種結(jié)合肝細胞生長因子（HG巧的受體酪氨酸 激酶（RTK)。c-Met可W是來自任何物種，特別是哺乳動物，例如靈長類的c-Met蛋白，諸 如人c-Met(例如NP_000236)或猴c-Met(例如擲猴（Macacamulatta)，NP_001162100)， 或曬齒類諸如小鼠c-Met(例如NP_032617. 2)或大鼠c-Met(例如NP_113705. 1)。c-Met 蛋白可W包括由標識為GenBank登錄號NM_000245的核巧酸序列編碼的多膚，具有標識為 GenBank登錄號NP_000236的氨基酸序列的多膚或其胞外域。受體酪氨酸激酶c-Met參與 各種機制，諸如癌癥形成，轉(zhuǎn)移，癌細胞的遷移，癌細胞的浸入，和血管發(fā)生。
[0117] c-Met(-種針對肝細胞生長因子（HG巧的受體）可W分成S個部分：胞外，跨膜 和胞內(nèi)。胞外部分由經(jīng)由二硫鍵彼此連接的a(alpha)-亞基和0化eta)-亞基構(gòu)成，并且 含有負責結(jié)合HGF的沈MA域、PSI域（叢蛋白-腦信號蛋白（semaphorin)-整聯(lián)蛋白同源 域）和IPT域（叢蛋白和轉(zhuǎn)錄因子域共享的免疫球蛋白樣折疊）。c-Met蛋白的沈MA域可 W具有SEQIDN0:79的氨基酸序列，并且是發(fā)揮功能W結(jié)合HGF的胞外域。SEMA域的特定 區(qū)（即，具有SEQIDN0:71的氨基酸序列的區(qū)域，其對應于c-Met蛋白的沈MA域的氨基酸 序列（SEQIDNO: 79)的氨基酸殘基106至124的范圍）是SEMA域的表位內(nèi)的第二個和第 S個推進物（propeller)之間的環(huán)區(qū)。該區(qū)的作用為本公開內(nèi)容的特異性抗c-Met抗體的 表位。
[011引如本文中使用的，術(shù)語"表位"指抗原決定簇，即抗原中被抗體識別的部分。在一 個實施方案中，表位可W是包含c-Met蛋白的SEMA域（SEQIDNO:79)內(nèi)的5個或更多個 連續(xù)氨基酸殘基，例如SEQIDN0:71的氨基酸序列內(nèi)的5至19個連續(xù)氨基酸殘基的區(qū)域。 連續(xù)的氨基酸可W是線性序列中的連續(xù)氨基酸，或者在表位的=維構(gòu)造中連續(xù)的，而不必 在線性序列中是連續(xù)的。例如，表位可W是具有選自SEQIDNO:71的氨基酸序列的部分組 合的5至19個鄰接（或連續(xù)）氨基酸的多膚，其中多膚基本上包含充當表位的必需元件的 SEQIDNO: 73 (邸PS曲的氨基酸序列。例如，表位可W是包含，組成基本上為，或組成為SEQ IDN0:71，SEQIDN0:72,或SEQIDN0:73的氨基酸序列的多膚。
[0119] 具有SEQIDNO: 72的氨基酸序列的表位對應于c-Met蛋白的沈MA域內(nèi)第二個和 第S個推進物之間的環(huán)的最外部分。具有SEQIDN0:73的氨基酸序列的表位是依照一個 實施方案的抗體或抗原結(jié)合片段最特異性結(jié)合的位點。
[0120] 如此，抗c-Met抗體可W特異性結(jié)合具有選自SEQIDN0:71的氨基酸序列的5至 19個鄰接（或連續(xù)）氨基酸，且包含SEQIDNO: 73 (邸PS曲作為必需元件的表位。例如，抗 c-Met抗體可W特異性結(jié)合包含SEQIDNO: 71，SEQIDNO: 72,或SEQIDNO: 73的氨基酸 序列的表位。
[0121] 在一個實施方案中，抗c-Met抗體或其抗原結(jié)合片段可W包含：
[012引至少一種選自下組的重鏈互補決定區(qū)（CDR) ;(a)CDR-Hl，其包含SEQIDN0:4的 氨基酸序列；(b)CDR-H2,其包含SEQIDN0:5,SEQIDN0:2的氨基酸序列，或包含SEQID NO:2內(nèi)的8-19個連續(xù)氨基酸且包含SEQIDNO:2的第3至第10位的氨基酸殘基的氨基 酸序列；和（c)CDR-H3,其包含SEQIDN0:6,SEQIDN0:85的氨基酸序列，或包含SEQID NO:85內(nèi)的6-13個連續(xù)氨基酸且包含SEQIDNO:85的第1至第6位的氨基酸殘基的氨基 酸序列；或包含至少一種重鏈互補決定區(qū)的重鏈可變區(qū)；
[0123] 至少一種選自下組的輕鏈互補決定區(qū)（CDR) ;(a)CDR-Ll，其包含SEQIDN0:7的 氨基酸序列，（b)CDR-L2,其包含SEQIDN0:8的氨基酸序列，和（c)CDR-L3,其包含SEQID N0:9，SEQIDN0:15，SEQIDN0:86的氨基酸序列，或包含SEQIDN0:89內(nèi)的9-17個連續(xù) 氨基酸且包含SEQIDNO: 89的第1至第9位的氨基酸殘基的氨基酸序列；或包含至少一種 輕鏈互補決定區(qū)的輕鏈可變區(qū)；
[0124] 至少一種重鏈互補決定區(qū)和至少一種輕鏈互補決定區(qū)的組合；
[0125] 重鏈可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)的組合。
[0126] 在本文中，SEQIDN0:4至9的氨基酸殘基在下文分別W如下的式I至VI表示：
[0127] 式I
[0128] Xaai-Xaag-Tyr-Tyr-Met-Ser(SEQIDNO:4),
[0129] 其中Xaai是缺乏的或為Pro或Ser，且Xaa2是Glu或Asp,
[0130] 式II
[0131] Arg-Asn-Xaa3-Xaa4-Asn-Gly-Xaa日-T虹（SEQIDNO: 5),
[0132] 其中Xaag是Asn或Lys，Xaa4是Ala或Val，且Xaa5是Asn或"T虹，
[0133] 式III
[0134] Asp-Asn-T巧-Leu-Kaag-TyHSEQIDN0:6),
[OUS] 其中Xaae是Ser或"T虹，
[0136] 式IV
[0137] Lys-Ser-Ser-Xaay-Ser-Leu-Leu-Ala-Xaag-Gly-Asn-Xaag-XaaiQ-Asn-Tyr-Leu-Al a(SEQIDNO:7)
[0138] 其中Xaa?是His,Arg，Gin,或Lys，Xaa8是Ser或T巧，Xaag是His或Gin,且Xaa1。 是Lys或Asn，
[0139] 式V
[0140] T巧-Xaaii-Se;r-Xaai2-Arg-Val-Xaai3(沈QIDN0:8)
[0141] 其中Xaa。是Ala或Gly，Xaa12是T虹或Lys，且Xaa13是Ser或Pro,和
[0142] 式VI
[0143] XaaM-Gln-Ser-Tyr-Ser-Xaai日-Pro-Xaai日-T虹（SEQIDN0:9)
[0144] 其中Xaai4是Gly，Ala,或Gln，Xaa1日是Arg，His,Ser，Ala,Gly，或Lys，且Xaa16是 Leu,Tyr，化e，或Met。
[014引在一個實施方案中，CDR-Hl可W包含選自下組的氨基酸序列；SEQIDNO: 1,22， 23, 和24。CDR-肥可W包含選自下組的氨基酸序列；SEQIDN0:2,25,和26。CDR-冊可W 包含選自下組的氨基酸序列；SEQID^:3,27,28，和85。
[014引 CDR-L1可W包含選自下組的氨基酸序列；SEQIDN0:10,29,30,31，32,33,和106。 〔0尺-1^2可^包含選自下組的氨基酸序列記69 10側(cè)：11，34,35，和36?！?1?-1^3可^包含選 自下組的氨基酸序列；SEQIDN0:12，13，14，15，16,37,86 和 89。
[0147] 在另一個實施方案中，抗體或抗原結(jié)合片段可W包含重鏈可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)， 所述重鏈可變區(qū)含有包含選自下組的氨基酸序列的多膚（CDR-H1);SEQID^:1，22,23，和 24, 包含選自下組的氨基酸序列的多膚（CDR-肥）；SEQIDNO: 2, 25,和26,和包含選自下組 的氨基酸序列的多膚（CDR-冊）；SEQID^:3,27,28，和85;所述輕鏈可變區(qū)含有包含選自 下組的氨基酸序列的多膚（CDR-L1);SEQID^):10,29,30,31，32,33和106，包含選自下組 的氨基酸序列的多膚（CDR-L2);SEQIDN0:ll，34,35,和36,和包含選自下組的氨基酸序列 的多膚佑03-1^3)記69 10^12，13，14，15，16,37,86，和89。
[0148] 在抗c-Met抗體或抗原結(jié)合片段的一個實施方案中，重鏈可變區(qū)包含SEQID 側(cè):17,74,87,90,91，92,93，或94的氨基酸序列，并且輕鏈可變區(qū)包含569 10側(cè):306、18， 19,20,21，75,88,95,96,97,98,99，或107的氨基酸序列。
[0149] 通過用期望的抗原免疫非免疫動物生成的動物衍生抗體為了醫(yī)學治療目的對人 注射時一般引發(fā)免疫原性，并且如此已經(jīng)開發(fā)出嵌合抗體W抑制此類免疫原性。通過遺傳 工程用人抗體的恒定區(qū)替換引起抗同種型應答的動物衍生抗體的恒定區(qū)，從而制備嵌合抗 體。與動物衍生抗體相比，嵌合抗體就抗同種型應答而言是改善得相當多的，但是可變區(qū)仍 具有動物衍生的氨基酸序列，從而嵌合抗體就潛在的抗獨特型應答而言具有副作用。已經(jīng) 開發(fā)出人源化抗體W降低此類副作用。通過將在嵌合抗體的可變區(qū)中在抗原結(jié)合中發(fā)揮重 要作用的互補決定區(qū)（CDR)嫁接到人抗體框架中生成人源化抗體。
[0150] 在使用CDR嫁接W生成人源化抗體中，選擇使用哪些優(yōu)化的人抗體來接受動物衍 生抗體的CDR是至關(guān)重要的。使用抗體數(shù)據(jù)庫，晶體結(jié)構(gòu)的分析，和分子建模的技術(shù)。然而， 即使在將動物衍生抗體的CDR嫁接到最優(yōu)化的人抗體框架時，也存在位于動物衍生的CDR 的框架中影響抗原結(jié)合的氨基酸。因此，在許多情況中，抗原結(jié)合親和力沒有得到維持，并 且如此應用別的抗體工程化技術(shù)W恢復抗原結(jié)合親和力是必需的。
[0151] 抗c-Met抗體可W是但不限于小鼠衍生的抗體，小鼠-人嵌合抗體，人源化抗體， 或人抗體。抗體或其抗原結(jié)合片段可W自活體分離或非天然存在的?？贵w或其抗原結(jié)合片 段可W是合成的或重組的。
[0152] 完整的抗體包含兩條全長輕鏈和兩條全長重鏈，其中每條輕鏈通過二硫鍵與重鏈 連接?？贵w具有重鏈恒定區(qū)和輕鏈恒定區(qū)。重鏈恒定區(qū)屬于gamma(丫），mu(iO，al地a(a)， delta( 5 )，或epsilon(e)型，其可W進一步分類為gammal(丫 1)，gamma2 ( 丫 2)，gamma 3(丫3)，肖31111]13 4(丫4)，31地3 1(〇1)，或31地3 2(〇2)。輕鏈恒定區(qū)屬于1^3口口3(1〇或 lambda(A)型。
[0153] 如本文中使用的，術(shù)語"重鏈"指全長重鏈，及其片段，其包括包含足W提供針對抗 原的特異性的氨基酸序列的可變區(qū)Vh，和3個恒定區(qū)Chi,Ch2,和Ch3,W及較鏈。術(shù)語"輕鏈" 指全長輕鏈及其片段，包括包含足W提供針對抗原的特異性的氨基酸序列的可變區(qū)V許口恒 定區(qū)片。
[0154] 術(shù)語"互補決定區(qū)（CDR)"指存在于免疫球蛋白的重鏈或輕鏈的超變區(qū)中的氨基 酸序列。重鏈和輕鏈可W分別包含3個CDR(CDRH1，CDR肥，和CDRH3 ;和CD化1，CD化2,和 CD化3)。CDR可W提供接觸殘基，其在抗體對抗原或表位的結(jié)合中發(fā)揮重要的作用。術(shù)語 "特異性結(jié)合"和"特異性識別"是本領(lǐng)域普通技術(shù)人員公知的，并且指示抗體和抗原彼此特 異性相互作用W導致免疫學活性。
[0155] 本文中使用的術(shù)語"抗原結(jié)合片段"指完整免疫球蛋白中包含含有抗原結(jié)合區(qū)的 多膚部分的片段，所述抗原結(jié)合區(qū)具有特異性結(jié)合抗原的能力。在具體的實施方案中，抗原 結(jié)合片段可W是scFv，（scFv)2, scFyI^c，F(xiàn)油，F(xiàn)油'，或F(油'）2,但不限于此。
[0156] 在抗原結(jié)合片段中，包含輕鏈和重鏈可變區(qū)，輕鏈恒定區(qū)，和第一重鏈恒定區(qū)Chi 的Fab具有1個抗原結(jié)合位點。
[0157]F油'片段與F油片段的不同之處在于F油'包含在Chi的C端具有至少一個半脫 氨酸殘基的較鏈區(qū)。
[015引F(油'）2抗體經(jīng)由F油'片段的較鏈區(qū)中的半脫氨酸殘基的二硫化物橋接形成。
[0159]Fv是僅具有重鏈可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)的最小抗體片段。生成Fv片段的重組技術(shù) 是本領(lǐng)域中公知的。
[0160] 兩鏈Fv包含通過非共價鍵連接的重鏈可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)。單鏈Fv-般包含經(jīng) 由膚接頭通過共價鍵連接或在C端連接W具有二聚體結(jié)構(gòu)，如兩鏈Fv的重鏈可變區(qū)和輕鏈 可變區(qū)。膚接頭可W與上文的描述相同，包括但不限于那些具有1至1〇〇,2至50,特別是5 至25個的氨基酸長度的，并且可W包括但不限于任何種類的氨基酸。
[0161] 抗原結(jié)合片段可W使用蛋白酶獲得（例如，可W通過用木瓜蛋白酶對全抗體的限 制性切割獲得F油片段，并且可W通過用胃蛋白酶切