用于預(yù)測(cè)抗c-met抗體的效果的生物標(biāo)志物的制作方法
【專利說明】用于預(yù)測(cè)抗C-MET抗體的效果的生物標(biāo)志物
[0001] 對(duì)相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0002] 本申請(qǐng)要求在2014年4月3日韓國知識(shí)產(chǎn)權(quán)局提交的韓國專利申請(qǐng) No. 10-2014-0040146的權(quán)益，其全部內(nèi)容在此通過提及并入。
[000引發(fā)明背景
[0004] 1.發(fā)明領(lǐng)域
[0005] 提供了用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體的效果和/或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的生 物標(biāo)志物，用于比較基因表達(dá)水平的參照（或?qū)φ眨?biāo)志物，預(yù)測(cè)抗c-Met抗體的效果和/ 或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的方法（該方法包括測(cè)量生物學(xué)樣品中的生物標(biāo)志物的 水平），W及預(yù)測(cè)和/或治療癌癥的方法（該方法包括對(duì)選擇的受試者施用抗c-Met抗體）。
[0006] 2.相關(guān)技術(shù)的描述
[0007] 在美國食品藥物管理局扣.S.Food&DrugAssociation,FDA)批準(zhǔn)赫賽汀 化erceptin)(-種由GenentechInc.生產(chǎn)的祀向藥物）后，已經(jīng)開發(fā)出各種個(gè)體療法和用 于選擇可適用受試者的標(biāo)志物。在赫賽汀的情況中，適合于應(yīng)用的受試者可W經(jīng)由癌細(xì)胞 的細(xì)胞膜上表達(dá)的肥R2生長因子受體的表達(dá)量選擇。在開發(fā)出IHC(免疫組織化學(xué)）測(cè)定 法后，已經(jīng)采用多種測(cè)定法，諸如FI甜（巧光原位雜交），CI甜（生色原位雜交）等來選擇合 適的受試者。此后，抑A已經(jīng)批準(zhǔn)EGFR突變作為用于厄洛替巧巧rlotinib)應(yīng)用的受試者 (肺和膜腺癌患者）的選擇標(biāo)志物，KRAS突變作為用于Vect化ix和化bitux應(yīng)用的受試者 (結(jié)腸直腸癌）的選擇標(biāo)志物，等等。
[0008] 對(duì)于祀向c-Met蛋白的抗癌劑，已經(jīng)研究了針對(duì)c-Met祀向劑可W充分展現(xiàn)其 效果的受試者的標(biāo)志物。目前，c-Met祀向劑MetMab是一項(xiàng)III期臨床試驗(yàn)的主題，其中 ventana1肥測(cè)定法（sp44;c-met-抗，兔單克?。┮呀?jīng)用作用于選擇合適的受試者的共 診斷方法。然而，此類診斷方法由于較低的準(zhǔn)確性在其作為通用診斷的用途方面是受限的。 另外，此類IHC測(cè)定法具有如下的弱點(diǎn)，即結(jié)果取決于個(gè)體特性、損傷、病理學(xué)家的傾向， 等等。
[0009] 為了提高c-Met祀向性抗癌劑的效果，需要開發(fā)用于預(yù)測(cè)祀向性抗癌劑的效果或 選擇適合于祀向性抗癌劑應(yīng)用的受試者的生物標(biāo)志物。
[0010] 發(fā)明概述
[0011] 一個(gè)實(shí)施方案提供了用于預(yù)測(cè)抗C-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭笴-Met抗體應(yīng) 用（例如，抗c-Met抗體的施用或治療）選擇受試者的生物標(biāo)志物。
[0012] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體 應(yīng)用選擇受試者的組合物和試劑盒，其包含用于檢測(cè)生物標(biāo)志物的分子或試劑。
[0013] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了組合物用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭?c-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的用途，其中所述組合物包含用于檢測(cè)生物標(biāo)志物的分子或試 劑。
[0014] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了用于比較生物標(biāo)志物的水平的參照（或?qū)φ眨?biāo)志物，從 而用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者。
[001引另一個(gè)實(shí)施方案提供了預(yù)測(cè)抗C-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭笴-Met抗體應(yīng)用 (例如，抗c-Met抗體的施用或治療）選擇受試者的方法，其包括測(cè)定來自受試者的生物學(xué) 樣品中生物標(biāo)志物的存在和/或水平（例如生物標(biāo)志物的存在和/或量）。在一個(gè)實(shí)施方 案中，所述方法包括測(cè)定來自受試者的生物學(xué)樣品中生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，并比較所述 生物標(biāo)志物的水平與參照標(biāo)志物的水平，其中生物標(biāo)志物是選自下組的至少一種；rasD7A， MET,RAB31，F(xiàn)AM126A，P肥1，CHML，ST8SIA4,和CAV1，且參照標(biāo)志物是選自下組的至少一種； E邸 1A1，RPL23A，TPT1，皿肥 1，MATR3,SRSF3,HNRNPC，SMARCA4,WDR90,和TUT1 ;并確定所 述抗c-Met抗體或其抗原的施用在如下情況時(shí)對(duì)受試者會(huì)具有效果或是合適的；在CAV1， FAM126A，MET,RAB31，ST8SIA4,和/或THSD7A的情況中，所述生物標(biāo)志物的水平高于所述 參照標(biāo)志物的水平；和/或在CMHL和/或P肥1的情況中，所述生物標(biāo)志物的水平低于所述 參照標(biāo)志物的水平。
[0016] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了生物標(biāo)志物用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)?抗c-Met抗體應(yīng)用（例如，抗c-Met抗體的施用或治療）選擇受試者的用途。
[0017] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了預(yù)防和/或治療癌癥的方法，其包括對(duì)選擇的受試者施用 抗c-Met抗體。
[0018] 又一個(gè)實(shí)施方案提供了c-Met抑制的方法，其包括對(duì)選擇的受試者施用抗c-Met 抗體。
[0019] 附圖簡述
[0020] 圖1A包括通過VentanaMETI肥測(cè)定法對(duì)小鼠異種移植物模型獲得的圖像。
[0021] 圖1B的圖顯示了通過RT-PCR獲得的相對(duì)Ct值，其指示哪個(gè)模型是非響應(yīng)（非效 力）組或響應(yīng)（效力）組（Y軸；相對(duì)Ct值，X軸；1肥得分，?:非響應(yīng)（非效力）組，?： 響應(yīng)（效力）組）。
[0022] 圖2A的圖顯示了參照標(biāo)志物（對(duì)照基因）和生物標(biāo)志物（標(biāo)志物候選物）的表 達(dá)水平。
[0023] 圖2B的圖顯示了內(nèi)部參照標(biāo)志物（對(duì)照基因）的表達(dá)水平。
[0024] 圖3A的圖顯示了使用特定引物測(cè)量的內(nèi)部參照標(biāo)志物（對(duì)照基因）的表達(dá)水平。 [00巧]圖3B的圖顯示了使用特定引物測(cè)量的選擇的參照標(biāo)志物（對(duì)照基因）的表達(dá)水 平。
[002引發(fā)明詳述
[0027] 比較抗c-Met抗體具有效果的組（下文為響應(yīng)或效力組）或抗c-Met抗體沒有效 果的組（下文為非響應(yīng)或非效力組）中的基因的表達(dá)水平，并且選擇在響應(yīng)組和非響應(yīng)組 之間顯示較大的表達(dá)水平差異的基因。提出選擇的基因或由該基因編碼的蛋白質(zhì)為用于預(yù) 巧。c-Met抗體效果的生物標(biāo)志物。另外，選擇在相同細(xì)胞系的不同細(xì)胞或個(gè)別細(xì)胞間顯示 較小的表達(dá)水平差異或不顯示表達(dá)水平差異的基因，并且提出選擇的基因或由該基因編碼 的蛋白質(zhì)為用于比較祀基因和/或祀蛋白的表達(dá)水平的參照或?qū)φ諛?biāo)志物。
[0028] -個(gè)實(shí)施方案提供了至少一種基因作為生物標(biāo)志物用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受 試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的用途，所述基因在抗c-Met抗體的響應(yīng)組 和非響應(yīng)組之間顯示表達(dá)水平差異。
[0029] 在一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物可W是選自下組的至少一種；T服D7A，MET,RAB31， FAM126A，P肥1，(：歷以5了85^4，和〔4￥1。生物標(biāo)志物可^是選自下組的至少一種：上文描述 的基因的全長（整個(gè)）DNA，cDNA，和mRNA和由基因編碼的蛋白質(zhì)。下文表1匯總了可用作 生物標(biāo)志物的基因的信息：
[0030] 【表1】
[0031]
[0032] 生物標(biāo)志物可W從在表達(dá)水平上顯示較大差異的基因到顯示不太大的差異的基 因W下降次序如下排列；T服D7A〉MET〉RAB31〉FAM126A〉P肥 1〉CHML乂T8SIA4〉CAV1。為 了實(shí)施 更準(zhǔn)確的效果預(yù)測(cè)或可適用受試者的選擇，在基因間，可W更優(yōu)先選擇顯示較大表達(dá)水平 差異的基因用作生物標(biāo)志物。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物可W包含如上優(yōu)先選擇 的基因或在優(yōu)先選擇的基因外，進(jìn)一步包含選自剩余基因的至少一種。
[0033] 在一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物可W包含：
[0034] DTHSD7A；
[00巧]2)raSD7A和選自下組的至少一種的組合；MET,RAB31，F(xiàn)AM126A，P肥1，CHML，ST8SIA4,和CAV1 ;
[0036] 3)MET；
[0037] 4)MET和選自下組的至少一種的組合；T服D7A，RAB31，F(xiàn)AM126A，P肥1，CHML， ST8SIA4,和CAV1 ;
[0038] 5)raSD7A和MET的組合；
[0039] 6)i)THSD7A和MET的組合（THSD7A+MET)和ii)選自由RAB31，F(xiàn)AM126A，P肥 1， CHML，ST8SIA4,和CAV1組成的組的至少一種的組合；
[0040] 7)RAB31 ；
[0041]8)RAB31和選自下組的至少一種的組合；T服D7A，MET,FAM126A，P肥1，CHML， ST8SIA4,和CAVl;
[0042] 9)選自下組的至少兩種；T服D7A，MET,和RAB31 (其中可W排除raSD7A和MET的 組合）；
[0043] 10)i)選自由T服D7A，MET，和RAB31組成的組的至少兩種和ii)選自由FAM126A， P肥1，CHML，ST8SIA4,和CAV1組成的組的至少一種的組合；
[0044] 1DFAM126A；
[0045] 12)FAM126A和選自下組的至少一種的組合；T服D7A，MET,RAB31，P肥1，CHML， ST8SIA4,和CAV1 ;
[0046] 13)選自下組的至少兩種；THSD7A，MET,RAB31和FAM126A(其中可W排除選自下 組的至少兩種；T服D7A，MET,和RAB31);或
[0047] 14) U選自由T服D7A，MET, RAB31和FAM126A組成的組的至少兩種和U)選自由 P肥1，CHML，ST8SIA4,和CAV1組成的組的至少一種的組合。
[0048] 在另一個(gè)實(shí)施方案中，找到了在不同類型的細(xì)胞種類或相同細(xì)胞種類的個(gè)別細(xì)胞 間在表達(dá)水平上顯示略微差異或不顯示差異的基因。該基因可W用作參照（或?qū)φ眨?biāo)志 物W用于將祀基因的表達(dá)水平與參照（或?qū)φ眨┍容^。祀基因可W是測(cè)量其表達(dá)水平的任 何基因。例如，祀基因可W是選擇用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗 體應(yīng)用選擇受試者的生物標(biāo)志物。在此情況中，參照標(biāo)志物可W在預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受 試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者中用作參照W比較祀基因的表達(dá)水平。
[0049] 在測(cè)量祀基因的表達(dá)水平中，若作為參照用于比較的基因的表達(dá)水平隨細(xì)胞種類 或相同細(xì)胞種類的個(gè)別細(xì)胞而改變，則不能實(shí)現(xiàn)祀基因的表達(dá)水平的準(zhǔn)確測(cè)量；因此，合適 的參照標(biāo)志物的選擇對(duì)于精確測(cè)量祀基因的表達(dá)水平是非常重要的。
[0050] 在一個(gè)實(shí)施方案中，參照標(biāo)志物可W選自對(duì)于細(xì)胞存活必需的內(nèi)源基因。例如， 參照標(biāo)志物可W包含選自下組的至少一種；EEF1A1，RPL23A，TPT1，皿肥1，MATR3, SRSF3， 歴尺順(：，5祖賄44，胖01?90，和^1'1。在一個(gè)實(shí)施方案中，由于1?口1^234^口1'1，壁11?3,51?5。3，和 HNRNPC的表達(dá)量W非常恒定的水平維持（參見實(shí)施例1)，參照標(biāo)志物可W基本上包含選自 下組的至少一種；RPL23A，TPT1，MTR3, SRSF3,和HNRNPC，且任選進(jìn)一步包含選自下組的至 少一種；EEF1A1，皿肥1，SMARCA4, WDR90,和TUT1，但不限于此。在一個(gè)實(shí)施方案中，參照標(biāo) 志物可W包含RPL23A，TPT1，MATR3, SRSF3,和HNRNPC。或者，參照標(biāo)志物可W包含TPT1、 E邸1M、TUT1、MATR3和SMARCA4。
[0051] 參照標(biāo)志物可W包含選自下組的至少一種；上文描述的基因的全長DNA，cDNA，和 mRNA，和由基因編碼的蛋白質(zhì)。在此情況中，要在測(cè)量表達(dá)水平中使用的細(xì)胞可W是肺癌細(xì) 胞，例如，肺癌腺癌細(xì)胞，非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞，等等，但不限于此。下文表2中匯總了可用作 參照標(biāo)志物的基因的信息：
[005引【表2】
[0053]
[0054] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了使用參照標(biāo)志物作為比較參照測(cè)定（或估測(cè)）祀基因表 達(dá)水平的方法，其中參照標(biāo)志物可W是選自下組的至少一種；EEF1A1、RPL23A、TPT1、HUWE1、 MATR3、SRSF3、HNRNPC、SMARCA4、WDR90和TUT1。測(cè)定（或估測(cè)）祀基因表達(dá)水平的方法可 W包括測(cè)量生物學(xué)樣品中祀基因的表達(dá)水平，并比較祀基因的表達(dá)水平與參照標(biāo)志物的表 達(dá)水平。測(cè)量基因表達(dá)水平的方法可W進(jìn)一步包括測(cè)量參照標(biāo)志物的表達(dá)水平。可W在自 活體分離（分開）的細(xì)胞或組織，或從細(xì)胞或組織提取的基因值NA或RNA)或蛋白質(zhì)中測(cè)量 表達(dá)水平。可W通過測(cè)量從活體分離的生物學(xué)樣品中基因（例如全長DNA，cDNA，mRNA，等 等）或由基因編碼的蛋白質(zhì)的量實(shí)施表達(dá)水平的測(cè)量。另一個(gè)實(shí)施方案提供選自EEF1A1、 RPL23A、TPT1、皿肥 1、MATR3、SRSF3、HNRNPC、SMARCA4、WDR90 和TUT1 的至少一種作為參照 標(biāo)志物用于測(cè)定（或估測(cè)）從活體分離的生物學(xué)樣品中祀基因的表達(dá)水平的用途。
[0055] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響（或受試者對(duì)抗 c-Met抗體的應(yīng)答性或敏感性）或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的組合物，其包含用于檢 測(cè)生物標(biāo)志物或由生物標(biāo)志物編碼的蛋白質(zhì)的分子或試劑。用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試 者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的組合物可W進(jìn)一步包含用于檢測(cè)參照標(biāo)志 物基因（全長DNA、cDNA或mRNA)或由參照標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)的分子或試劑。
[0056] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響（或受試者對(duì)抗 c-Met抗體的應(yīng)答性或敏感性）或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的試劑盒，其包含用于檢 測(cè)生物標(biāo)志物或由生物標(biāo)志物編碼的蛋白質(zhì)的分子或試劑。用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試 者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受試者的試劑盒可W進(jìn)一步包含用于檢測(cè)參照標(biāo)志 物基因（全長DNA、cDNA或mRNA)或由參照標(biāo)志物基因編碼的蛋白質(zhì)的分子或試劑。
[0057] 另一個(gè)實(shí)施方案提供了用于測(cè)量（測(cè)定或估測(cè)）祀基因的表達(dá)水平的參照組合物 或試劑盒，其包含用于檢測(cè)參照標(biāo)志物基因（全長DNA、cDNA或mRNA)或由參照標(biāo)志物基因 編碼的蛋白質(zhì)的分子或試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，在祀基因是如上文描述的生物標(biāo)志物時(shí)， 組合物或試劑盒可W用于預(yù)測(cè)抗c-Met抗體對(duì)受試者的影響或?yàn)榭筩-Met抗體應(yīng)用選擇受 試者。
[0058] 用于檢測(cè)生物標(biāo)志物或參照標(biāo)志物的分子或試劑可W是通常用于基因或蛋白質(zhì) 檢測(cè)測(cè)定法的任何類型。例如，可W經(jīng)由普通的酶反應(yīng)、巧光、發(fā)光、和/或放射性檢測(cè)實(shí) 施基因或蛋白質(zhì)檢測(cè)測(cè)定法。更具體地，可W通過選自下組的方法檢測(cè)蛋白質(zhì)；免疫層析， 免疫組織化學(xué)，酶聯(lián)免疫吸附法巧LISA)，放射性免疫測(cè)定法巧IA)，酶免疫測(cè)定法巧IA)， 巧光免疫測(cè)定法（FIA)，發(fā)光免疫測(cè)定法（LIA)，Western印跡，微陣列，表面等離振子共振 (SPR)，流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定等，但不限于此。另外，可W通過使用與基因可雜交的引物或探針使 用任何普通的基因值NA或RNA)檢測(cè)方法，包括但不限于普通的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR;例 如qPCR、RT-PCR等），F(xiàn)ISH(巧光原位雜交）和/或微陣列來檢測(cè)基因。例如，用于檢測(cè)生 物標(biāo)志物或參照標(biāo)志物的分子或試劑可W是能夠與基因結(jié)合（雜交）的引物、探針或適體， 特異性識(shí)別和/或結(jié)合由基因編碼的蛋白質(zhì)的抗體或適體，或其任何組合。引物、探針、適 體或抗體可W是合成或重組的。引物可W能夠檢測(cè)生物標(biāo)志物基因或參照標(biāo)志物基因（全 長DNA，cDNA，或mRNA)的完整基因或基因內(nèi)的約5至約100化P，約10至約50化P，約20至 約2(K)bp，或約50至約200bp的基因片段，并且可W包含或組成基本上為與完整基因或基因 片段的3'-端和/或5'-端的約5至約10化P，約5至約5化P，約5至約30bp，或約10至 約25bp的區(qū)域可雜交（例如互補(bǔ)）的核巧酸序列。能夠與基因或其片段雜交的探針或適體 可W包含或組成基本上為具有約5至約10化P，約5至約5化P，約5至約30bp，或約5至約 25bp的大小的核巧酸序列，其能夠與生物標(biāo)志物或參照標(biāo)志物（全長DNA，cDNA或mRNA)的 片段（約5至約l(K)bp，約5至約50bp，約5至約30bp，或約5至約扣bp)雜交（或互補(bǔ)）。 如本文中使用的，術(shù)語"能夠雜交"可W指W在引物、探針或適體和基因區(qū)之間的80%或更 高，例如90%或更高，95%或更高，98%或更高，99%或更高，或100%序列互補(bǔ)性與基因的 特定區(qū)互補(bǔ)性結(jié)合。
[0059] 下文表3-5中例示了可用于檢測(cè)生物標(biāo)志物或參照標(biāo)志物的探針和引物的例子：
[0060] 【表3】
[0061]
[0065]
[0066]
[0067]
[006引【表