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一種食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè)方法與流程

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一種食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè)方法與流程

本發(fā)明屬于微生物篩選技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一種食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè)方法。



背景技術(shù):

沙門氏菌屬(Salmonella)分類屬細(xì)菌界(Bacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、腸桿菌目(Bacillales)、腸桿菌科(Enterobacteriaceae),是一種重要的腸道致病菌,已發(fā)現(xiàn)有近一千種(或菌株)。感染沙門氏菌,可引起人類的傷寒、腸熱癥、感染性腹瀉、敗血癥和胃腸炎等疾病,并引起動(dòng)物發(fā)生沙門氏菌病,是常見的人畜共患型致病菌。蛋、家禽、肉類、水產(chǎn)品是沙門氏菌病的主要傳播媒介。據(jù)相關(guān)數(shù)據(jù)表明,我國(guó)每年因沙門氏菌而導(dǎo)致的食物中毒事件占所有食物中毒事件的70%~80%,居細(xì)菌性食物中毒的首位,世界衛(wèi)生組織(WHO)已將沙門氏菌列入具有嚴(yán)重危害和中等危害的食物傳播性病原菌。

傳統(tǒng)的沙門氏菌檢測(cè)是以培養(yǎng)法為基礎(chǔ)的微生物學(xué)方法,普遍用于食品和藥品中沙門氏菌的檢驗(yàn),也是沙門氏菌檢驗(yàn)的法定仲裁方法。由于沙門氏菌的血清型過(guò)于繁多,食品安全國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)方法需要經(jīng)過(guò)前增菌、選擇性增菌、分離培養(yǎng)、生化鑒定及血清學(xué)分型鑒定等5個(gè)步驟,工作量大,檢測(cè)周期長(zhǎng),且受到檢測(cè)人員的專業(yè)、經(jīng)驗(yàn)等多種因素限制,容易出現(xiàn)誤判。因此,如何提供一種便捷快速的檢測(cè)沙門氏菌的方法一直是研究的熱點(diǎn)之一。



技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

本發(fā)明的目的是提供一種食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè)方法,以實(shí)現(xiàn)對(duì)沙門氏菌進(jìn)行安全、特異、快速、靈敏、簡(jiǎn)單的現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè),從而彌補(bǔ)現(xiàn)有技術(shù)的不足。

本發(fā)明首先提供一種用于檢測(cè)食源性致病菌沙門氏菌的重組酶聚合酶擴(kuò)增引物對(duì)和探針,其中引物對(duì)的序列信息如下:

正向引物F-RPA:5′-

GGCGATAGCCTGGCGGTGGGTTTTGTTGTCTT-3′(SEQ ID NO:1)

反向引物R-RPA:ACTTCATCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAA-3′(SEQ ID NO:2);

其中反向引物的5′端進(jìn)行生物素Biotin標(biāo)記;

探針的序列信息如下:

RPA-P2:5′-

TTGTTGTCTTCTCTATTGTCACCGTGGTCCGTTTATCGTT-3′(SEQ ID NO:2);

其中探針的5′端進(jìn)行羧基熒光素FAM標(biāo)記,3′端進(jìn)行C3-Spacer標(biāo)記;且第30位的C用四氫呋喃替代;

上述的引物組和探針用于非疾病診斷或治療領(lǐng)域的食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè);

上述的非疾病診斷或治療領(lǐng)域的食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè),是指對(duì)水產(chǎn)品中食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè);

本發(fā)明再一個(gè)方面提供檢測(cè)水產(chǎn)品中食源性致病菌沙門氏菌的方法,包括如下的步驟:

1)配制RPA反應(yīng)體系:

各引物的終濃度為:引物F-RPA和引物R-RPA各420nmol/μL;探針P 120nmol/μL;緩沖液組成及濃度為:Tris-HCl 50mmol/μL、KAc 100mmol/μL,DTT 2mmol/μL,5%PEG 20mol/μL,dNTPs200μmol/μL,ATP 3mmol/μL,磷酸肌酸激酶)50mmol/μL,肌酸激酶)100ng/μL,DNA聚合酶Bsu 30ng/μL、單鏈綁定蛋白Gp32300ng/μL、重組酶UvsX 240ng/μL、輔助酶UvsY 60ng/μL、核酸內(nèi)切酶Nfo 200ng/μL;待檢測(cè)的樣品DNA模板10ng,加雙蒸水使未反應(yīng)的混合體系體積為18μL;280mmol/μL MgAc 1.0μL,使反應(yīng)體系總體積為20μL;

2)RPA反應(yīng)體系擴(kuò)增:

無(wú)菌離心管中依次加入除醋酸鎂和模板DNA以外的所有反應(yīng)組分,振蕩后離心;加入10ng模板DNA,振蕩后離心;向混合體系中加入280mmol/μL MgAc 1.0μL于無(wú)菌離心管的蓋子上,蓋上蓋子,離心;搖晃10次,離心;37℃,孵育4min;取出反應(yīng)管,搖晃10次,離心;40℃,繼續(xù)孵育16min;

3)LFD檢測(cè):取2.0μL核酸擴(kuò)增產(chǎn)物將產(chǎn)物加入到98μL Buffer中混勻,然后將LFD試紙條垂直浸入混合溶液中顯色檢測(cè),通過(guò)試紙條顯色情況判斷擴(kuò)增結(jié)果。試紙條的檢測(cè)線和控制線都呈紅色,說(shuō)明結(jié)果陽(yáng)性;只有控制線呈現(xiàn)紅色,檢測(cè)線位置無(wú)顏色,說(shuō)明結(jié)果陰性;控制線未顯色,結(jié)果無(wú)效。

本發(fā)明提供一種基于分子生物學(xué)的快速檢測(cè)食源性致病菌沙門氏菌的方法,以實(shí)現(xiàn)對(duì)沙門氏菌進(jìn)行安全、特異、快速、靈敏、簡(jiǎn)單的現(xiàn)場(chǎng)快速檢測(cè),從而彌補(bǔ)現(xiàn)有傳統(tǒng)檢測(cè)技術(shù)的不足。并且此方法非常適用于現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè),能夠及時(shí)、有效的抑制沙門氏菌病疫情的發(fā)生,完善食品安全保障體系。

附圖說(shuō)明

圖1:沙門氏菌的RPA-LFD優(yōu)化的引物和探針設(shè)計(jì)示意圖,其中引物由方框圈出,探針由斜體并加下劃線表示;

圖2:本發(fā)明方法的反應(yīng)溫度的優(yōu)化結(jié)果圖;

圖3:本發(fā)明方法的反應(yīng)時(shí)間的優(yōu)化結(jié)果圖;

圖4:本發(fā)明引物和探針的靈敏度的檢測(cè)結(jié)果圖;

圖5:本發(fā)明引物和探針的特異性檢測(cè)結(jié)果圖。

具體實(shí)施方式

重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù)(recombinase polymerase amplification,RPA)是一項(xiàng)由多種酶和蛋白參與、在恒定溫度條件下實(shí)現(xiàn)核酸指數(shù)擴(kuò)增的新技術(shù)。通過(guò)模擬DNA體內(nèi)擴(kuò)增,在37~42℃的等溫條件下10min內(nèi)產(chǎn)生目的片段,在40~60min完成數(shù)十億的DNA拷貝。橫向流動(dòng)試紙條(LFD),融合了免疫層析技術(shù)和分子生物學(xué)手段,能在紙條上形成有顏色的檢測(cè)線從而可以特異性地檢測(cè)出該目標(biāo)產(chǎn)物。重組酶聚合酶擴(kuò)增技術(shù)(RPA)與橫向流動(dòng)試紙條(LFD)相互結(jié)合的技術(shù),使RPA擴(kuò)增產(chǎn)物現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)可視化,檢測(cè)結(jié)果明顯直觀,通過(guò)肉眼即可辨認(rèn),RPA-LFD方法安全、快捷、高效、高靈敏度且無(wú)設(shè)備及技術(shù)限制,非常適合野外現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè),能對(duì)突發(fā)狀況作出迅速、及時(shí)而準(zhǔn)確的判斷。但是在實(shí)際應(yīng)用中發(fā)現(xiàn)如果沒有有效的引物和探針組合,常會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)過(guò)程中出現(xiàn)假陽(yáng)性或檢測(cè)靈敏度低下的問(wèn)題。

下面結(jié)合實(shí)施例對(duì)本發(fā)明進(jìn)行詳細(xì)的描述。

實(shí)施例1:引物及探針設(shè)計(jì)與篩選:

根據(jù)沙門氏菌侵襲蛋白(invasion protein A,invA)編碼基因invA基因進(jìn)行引物設(shè)計(jì),通過(guò)NCBI查找到公開的invA基因序列

(U43272.1),根據(jù)保守區(qū)域,經(jīng)同源性分析后,以位于101-672的基因?yàn)槟康钠芜M(jìn)行RPA引物設(shè)計(jì)。

設(shè)計(jì)3組引物對(duì)進(jìn)行最佳引物篩選,引物組及序列如下:

第1組:

正向引物F1-RPA:5′-

TTGTTGTCTTCTCTATTGTCACCGTGGTCC-3′(30bp)

反向引物R1-RPA:5′-

ACTTCATCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAA-3′(30bp)

產(chǎn)物長(zhǎng)度:231bp

第2組:

正向引物F2-RPA:5′-

TGTCTTCTCTATTGTCACCGTGGTCCAGTT-3′(30bp)

反向引物R1-RPA:5′-

ACTTCATCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAA-3′(30bp)

產(chǎn)物長(zhǎng)度:227bp

第3組:

正向引物F3-PRA:5′-

GGCGATAGCCTGGCGGTGGGTTTTGTTGTCTT-3′(32bp)

反向引物R1-RPA:5′-

ACTTCATCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAA-3′(30bp)

產(chǎn)物長(zhǎng)度:253bp

引物篩選:包括如下的步驟

1)配制RPA反應(yīng)體系:

各引物的終濃度為:引物F-RPA和引物R-RPA各420nmol/μL;探針P 120nmol/μL;緩沖液組成及濃度為:Tris-HCl(pH7.9)50mmol/μL、KAc(醋酸鉀)100mmol/μL,DTT(二硫蘇糖醇)2mmol/μL,5%PEG 20mol/μL,dNTPs 200μmol/μL,ATP 3mmol/μL,pcr(磷酸肌酸激酶)50mmol/μL,CK(肌酸激酶)100ng/μL,DNA聚合酶Bsu 30ng/μL、單鏈綁定蛋白Gp32 300ng/μL、重組酶UvsX 240ng/μL、輔助酶UvsY 60ng/μL、核酸內(nèi)切酶Nfo200ng/μL;樣品DNA模板10ng,加雙蒸水使未反應(yīng)的混合體系(reaction mix)體積為18μL;280mmol/μL MgAc(醋酸鎂)1.0μL,使反應(yīng)體系總體積為20μL。醋酸鎂能使反應(yīng)迅速開始,因此需要最后加入。

2)RPA反應(yīng)體系擴(kuò)增:

無(wú)菌離心管中依次加入除醋酸鎂和模板DNA以外的所有反應(yīng)組分,振蕩后離心;加入10ng模板DNA,振蕩后離心;向reaction mix中加入280mmol/μL MgAc(醋酸鎂)1.0μL于無(wú)菌離心管的蓋子上,蓋上蓋子,離心;搖晃10次,離心;37℃,孵育4min;取出反應(yīng)管,搖晃10次,離心;40℃,繼續(xù)孵育16min。

3)LFD檢測(cè):取2.0μL核酸擴(kuò)增產(chǎn)物將產(chǎn)物加入到98μL Buffer中混勻,然后將LFD試紙條垂直浸入混合溶液中顯色檢測(cè),通過(guò)試紙條顯色情況判斷擴(kuò)增結(jié)果。試紙條的檢測(cè)線和控制線都呈紅色,說(shuō)明結(jié)果陽(yáng)性;只有控制線呈現(xiàn)紅色,檢測(cè)線位置無(wú)顏色,說(shuō)明結(jié)果陰性;控制線未顯色,結(jié)果無(wú)效。

預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,相同反應(yīng)條件,第3組引物的擴(kuò)增效率、產(chǎn)物純度優(yōu)于其他2組引物,因此將第3組引物作為優(yōu)選,并對(duì)反向引物R1-RPA的5′端進(jìn)行生物素Biotin標(biāo)記。RPA引物的序列如下:

正向引物F-RPA:5′-

GGCGATAGCCTGGCGGTGGGTTTTGTTGTCTT-3′(30bp)

反向引物R-RPA:5′-biotin-

ACTTCATCGCACCGTCAAAGGAACCGTAAA-3′(30bp)

探針設(shè)計(jì)及篩選:

探針設(shè)計(jì):以優(yōu)選引物組對(duì)應(yīng)目的條帶區(qū)間為模板設(shè)計(jì)2條探針,在探針的合適位置插入四氫呋喃(tetrahydrofuran,THF)作為脫堿基位點(diǎn)類似物替代原序列中的堿基,并對(duì)探針的5′端進(jìn)行羧基熒光素FAM標(biāo)記,3′端進(jìn)行C3-Spacer標(biāo)記。修飾后探針序列如下:

RPA-P1:5′-FAM-

CCAAAGGTTCAGAACGTGTCGCGGAAGTCG[THF]GGCCCGATTTTCTCT-C3-Spacer-3′

RPA-P2:5′-FAM-

TTGTTGTCTTCTCTATTGTCACCGTGGTCC[THF]GTTTATCGTT-C3-Spacer-3′

預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,相同反應(yīng)條件,探針RPA-P2效果優(yōu)于探針RPA-P1,因此將探針RPA-P2作為優(yōu)選。

反應(yīng)溫度優(yōu)化

設(shè)置25℃,30℃,35℃,40℃,45℃,50℃,進(jìn)行RPA-LFD實(shí)驗(yàn),反應(yīng)時(shí)間為20min,20μL反應(yīng)體系,根據(jù)前述反應(yīng)體系添加各組分。模板量為試劑盒提取的1.0μL沙門氏菌基因組DNA。

結(jié)果顯示,在25℃時(shí),體系中未檢出產(chǎn)物擴(kuò)增,而在30-45℃都檢出了產(chǎn)物擴(kuò)增。40℃時(shí)擴(kuò)增效率最高。RPA反應(yīng)體系涉及比較多的酶,因此溫度過(guò)高和過(guò)低都會(huì)抑制酶活性。選擇40℃為最優(yōu)反應(yīng)溫度,進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)(圖2)。

反應(yīng)時(shí)間優(yōu)化

在最適合的反應(yīng)溫度下,探究最佳反應(yīng)時(shí)間。設(shè)置4min,8min,12min,16min,20min。反應(yīng)溫度為40℃,20μL反應(yīng)體系,根據(jù)前述反應(yīng)體系添加各組分。模板量為試劑盒提取的1.0μL沙門氏菌基因組DNA。

結(jié)果顯示,在加入鎂離子(反應(yīng)促進(jìn)劑)反應(yīng)開始后4min時(shí),體系中未檢出產(chǎn)物擴(kuò)增,此時(shí)的擴(kuò)增子含量可能比較少,還未達(dá)到可檢測(cè)濃度,也可能體系中的各組分之間還在相互作用,沒有產(chǎn)物產(chǎn)生,這可能與酶反應(yīng)動(dòng)力學(xué)有關(guān)。反應(yīng)開始后8min,LFD檢測(cè)線呈現(xiàn)微紅色,說(shuō)明檢出了產(chǎn)物擴(kuò)增,只是含量較少。當(dāng)反應(yīng)時(shí)間達(dá)到12min以上,擴(kuò)增子的含量增加。LFD檢測(cè)線顏色表明,模板量足夠的情況下,反應(yīng)時(shí)間12min已經(jīng)能夠檢測(cè)到明顯的陽(yáng)性擴(kuò)增。說(shuō)明RPA反應(yīng)體系反應(yīng)迅速,這點(diǎn)優(yōu)勢(shì)非常適用于快速檢測(cè)??紤]到模板量低的情況,后續(xù)反應(yīng)時(shí)間選擇為16min(圖3)。

實(shí)施例2引物探針的檢測(cè)靈敏度和特異性

設(shè)置5組不同濃度的沙門氏菌DNA模板(DNA濃度梯度為100、10-1、10-2、10-3、10-4、0),進(jìn)行RPA最適條件下的核酸擴(kuò)增。

參照DNA提取試劑盒說(shuō)明書提取的沙門氏菌DNA,將所提取的DNA模板原始濃度(511.7ng/μL)按10倍梯度稀釋成100ng/μL,10ng/μL,1ng/μL,100pg/μL,10pg/μL,1pg/μL,100fg/μL,10fg/μL,1fg/μL,分別取1μL作為反應(yīng)模板。按照前述加樣方法進(jìn)行核酸擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物L(fēng)FD進(jìn)行檢測(cè):

結(jié)果顯示,本發(fā)明設(shè)計(jì)的引物和探針組合能夠保證檢測(cè)時(shí)的靈敏性,檢測(cè)靈敏度為DNA終濃度5fg/μL,相當(dāng)于5CFU/mL。當(dāng)模板濃度低于提取DNA濃度的10-8時(shí),不能檢出產(chǎn)物的擴(kuò)增(圖4)。

檢測(cè)特異性

反應(yīng)時(shí)間溫度為40℃,反應(yīng)時(shí)間為16min,20μL反應(yīng)體系,根據(jù)前述反應(yīng)體系添加各組分。Sal模板量為100ng,非特異性菌株(副溶血性弧菌VP,單增李斯特菌LM,溶藻弧菌VA,霍亂弧菌Vc,哈維氏弧菌VH,鰻弧菌Van,金黃色葡萄球菌SA)的DNA分別為各100ng。核酸擴(kuò)增產(chǎn)物用LFD進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果顯示,除了Sal對(duì)應(yīng)實(shí)驗(yàn)組的檢測(cè)線和控制線都出現(xiàn)了紅色,其他非特異性菌株的實(shí)驗(yàn)組都只有控制線出現(xiàn)了顯色。結(jié)果表明,此方法可以實(shí)現(xiàn)對(duì)沙門氏菌的特異性檢測(cè),不與其他相關(guān)致病菌發(fā)生交叉反應(yīng)(圖5)。

實(shí)施例3對(duì)實(shí)際樣品的檢測(cè)應(yīng)用

1.樣品采購(gòu):

水產(chǎn)品來(lái)自于水產(chǎn)品流通市場(chǎng),包括海瓜子(Moerella iridescens)、蟶子(Sinonovacula constricta)、淡菜(Mytilidae)、蛤蜊(Clam)、血蚶(Sanguinolaria)(10g凈含量/份)。

2.樣品制備

2.1非冷凍樣品采集后應(yīng)立即置7℃~10℃冰箱保存,盡可能及早檢驗(yàn)。

2.2貝類取全部?jī)?nèi)容物,包括貝肉和體液。帶殼貝類則應(yīng)先在自來(lái)水中洗刷外殼并甩干表面水分,然后以無(wú)菌操作打開外殼,按上述要求取相應(yīng)部分。

2.3以無(wú)菌操作取樣品10g,加入Buffered Peptone Water培養(yǎng)基(BPW)90mL,用旋轉(zhuǎn)刀片式均質(zhì)器以8 000r/min均質(zhì)1min,或拍擊式均質(zhì)器拍擊2min,為增菌前樣品液。

3.前增菌

用1mol/mL無(wú)菌NaOH或HCl調(diào)pH至6.8±0.2。將增菌前樣品液于36℃±1℃培養(yǎng)8h~18h。

4.選擇性增菌

取前增菌液劃線培養(yǎng)于亞硫酸鉍瓊脂(Bismuth Sulfite Agar,BS)平板上,培養(yǎng)37℃24h±2h。挑取可疑菌落,于1mL BPW,混勻,于36℃±1℃培養(yǎng)18h。

5.鑒定

5.1煮沸法提取DNA作為粗模板:菌液1mL,8000rpm,5min,棄上清,加50μL無(wú)菌水重懸,煮沸5min,12000rpm,5min,提取上清液。保存于-20℃?zhèn)溆谩?/p>

5.2對(duì)比方法:參考行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《SNT 1870-2007食品中致病菌檢測(cè)方法實(shí)時(shí)PCR法》中的方法,作為對(duì)比方法。

引物序列:

F-PCR:5’-GCGGCGTTGGAGAGTGATA-3’

R-PCR:5’-AGCAATGGAAAAAGCAGGATG-3’

P-PCR:5’-CATTTCTTAAACGGCGGTGTCTTTCCCT-3’,5’標(biāo)記FAM,3’標(biāo)記TAMRA

此方法對(duì)沙門氏菌的檢測(cè)限為5000CFU/mL。Real-time PCR采用兩步法擴(kuò)增核酸,反應(yīng)程序如下:94℃,預(yù)變性10min;94℃變性3s,60℃退火/延伸40s,經(jīng)40個(gè)循環(huán)。Real-time PCR通過(guò)特定的熒光信號(hào)采集進(jìn)行結(jié)果鑒定。

5.3樣品檢測(cè)

a.增菌前樣品中Sal鑒定:取1mL增菌前樣品液,用煮沸法提取DNA,2μL DNA粗模板分別進(jìn)行RPA-LFD鑒定和對(duì)比方法的鑒定。

b.增菌后樣品中Sal鑒定:取1mL選擇性增菌液,用煮沸法提取DNA,2μL DNA粗模板進(jìn)行對(duì)比方法的進(jìn)一步確認(rèn)。

5.4檢測(cè)結(jié)果

5.4.1以2μL增菌前樣品的DNA粗模板分別進(jìn)行RPA-LFD鑒定和real-time PCR方法的鑒定,結(jié)果顯示,采用RPA-LFD鑒定結(jié)果為四個(gè)樣品呈Sal陽(yáng)性,分別是B-1,C-2,G-2,X-2,其他樣品鑒定結(jié)果為陰性。而real-time PCR鑒定結(jié)果為所有樣品都為陰性,陽(yáng)性對(duì)照組(反應(yīng)體系中Sal DNA含量為500ng)出現(xiàn)熒光信號(hào)。

5.4.2以2μL選擇性增菌后樣品的DNA粗模板進(jìn)行real-time PCR方法的進(jìn)一步鑒定,結(jié)果顯示real-time PCR鑒定Sal陽(yáng)性樣品為B-1,C-2,D-1,D-2,G-2,G-3,X-1,X-2,陰性樣品為B-2,C-1,G-1。且陽(yáng)性結(jié)果中,樣品B-1,C-2,G-2,X-2的Cq值都小于35,說(shuō)明起始模板中的目的基因含量較高,能在短時(shí)間內(nèi)完成一定量的帶標(biāo)記信號(hào)的擴(kuò)增子,使熒光信號(hào)強(qiáng)度較快達(dá)到檢測(cè)閾值。而樣品D-1,D-2,G-2,G-3,X-1的Cq值都大于35,說(shuō)明起始模板中目的基因含量很低,擴(kuò)增子熒光信號(hào)積累達(dá)到閾值需要的時(shí)間更長(zhǎng)。與擴(kuò)增前樣品檢測(cè)結(jié)果比較發(fā)現(xiàn),RPA-LFD在未經(jīng)微生物培養(yǎng)擴(kuò)增之前就靈敏檢測(cè)出部分污染微量沙門氏菌的樣品,擴(kuò)增后real-time PCR鑒定得出的陽(yáng)性樣品結(jié)果證明了RPA-LFD檢測(cè)結(jié)果的可靠性。

SEQUENCE LISTING

<110> 寧波大學(xué) 寧波海洋研究院

<120> 一種食源性致病菌沙門氏菌的檢測(cè)方法

<130>

<160> 3

<170> PatentIn version 3.5

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<211> 32

<212> DNA

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