1.斑重唇魚線粒體基因組全序列擴增方法,其特征在于,具體步驟如下:
(1)斑重唇魚線粒體Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四個基因片段的擴增;
(2)斑重唇魚線粒體基因組的LA-PCR擴增。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的斑重唇魚線粒體基因組全序列擴增方法,其特征在于,步驟(1)斑重唇魚線粒體Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四個基因片段的擴增,具體包括以下幾個步驟:
(1)用于擴增Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四個基因片段引物的篩選,選取了擴增Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四個基因的引物分別為:
Cyt b:上游引物為5’-GACTTGAAAAACCACCGTTG-3’,下游引物為5’-CTCCGATCTCCGGATTACAAGAC-3’;
COI:上游引物為5’-TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3’下游引物為5’-TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3’;
ND4:上游引物為5’-GCKTTTTCTGCKTGTGARGC-3’下游引物為5’–CAAGAGTTTTTGGTTCCTAA-3’;
16S rRNA:上游引物為5’-CGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCT-3’,下游引物為5’-CCGGTCTGAACTCAGATCACGT-3’;
(2)四個基因片段擴增的PCR反應:反應總體系為50 μL,其中10×buffer 5.0 μL,Mg2+終濃度為2.0 mM,dNTP(2.5 mM)4 μL,Taq聚合酶2 units,引物(10 μM)各2 μL,斑重唇魚基因組DNA 2 μL(1 μg),加滅菌水至終體積50 μL;
PCR反應條件為:95℃預變性5 min,然后是35個循環(huán),每個循環(huán)包括94℃變性45 s,57℃(Cyt b和16S rRNA)、54℃(COI)、56℃(ND4)退火45 s,72℃延伸1 min,最后72℃再延伸10 min;
(3)瓊脂糖凝膠電泳檢測:稱量0.7 g瓊脂糖加入70 mL 1×TAE緩沖液的錐形瓶中,微波爐加熱至瓊脂粉完全溶解且無泡沫,冷卻至50-60℃左右加入7 μL核酸染料Gelview,輕輕搖勻避免產(chǎn)生氣泡;待冷卻至不燙手時將膠緩緩倒入膠槽內(nèi),待瓊脂糖凝膠完全凝固后豎直拔掉梳子,將2 μL斑重唇魚DNA樣本與0.5 μL 6×DNA loading buffer混合后依次上樣,最后點上6μL DL2000 Marker后開始電泳;電泳電壓設定為120V,電流400mA,時間30 min;電泳完畢在凝膠成像系統(tǒng)照相,通過調(diào)節(jié)光圈和曝光時間,選擇合適的濾光片,得到成像清晰、背景較低的照片。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的斑重唇魚線粒體基因組全序列擴增方法,其特征在于,步驟(2)所述的斑重唇魚線粒體基因組的LA-PCR擴增,包括以下幾個步驟:
(1)斑重唇魚線粒體基因組的LA-PCR擴增引物的設計:以獲得的Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四個基因序列片段為模板,在其兩端分別設計4對LA-PCR引物,用于擴增斑重唇魚線粒體基因組剩余部分序列;
以16S rRNA基因片段為起點、COI基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域設計第一對引物P1,上游引物為5’-GCAACAAGACCAAGTAGAACCCAC-3’,下游引物為5’-CAGGATTGATGATACACCCGCTAG-3’;
以COI基因片段為起點、ND4基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域設計第二對引物P2,上游引物為5’-ATTGGAGCCCCAGACATAGCATTC-3’,下游引物為5’-AGCACAAGGAAGCCTCGGACTTTA-3’;
以ND4基因片段為起點、Cyt b基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域設計第三對引物P3,上游引物為5’-CGCTGCGGTATGGTGATTCGT-3’,下游引物為5’- ATGATGCTCCGTTGGCGTGTA-3’;
以Cyt b基因片段為起點、16S rRNA基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域設計第四對引物P4,上游引物為5’-TGACCTACCAGCACCATCCAACAT-3’,下游引物為5’-GACAGTTAAGCCCTCGTTTAGCCA-3’;
(2)根據(jù)設計的4對LA-PCR引物擴增斑重唇魚線粒體基因組全序列,使用寶生物工程(大連)有限公司的LA Taq聚合酶;
LA-PCR反應:反應總體系為50μL,其中10×LA PCR buffer II 5.0 μL,Mg2+終濃度為2.0 mM,dNTP(2.5 mM)8 μL,LA Taq聚合酶2 units,引物(20 μM)各1 μL,斑重唇魚基因組DNA 2.5 ng(50 ng/μL),加滅菌水至終體積50 μL;
LA-PCR反應條件為:95℃預變性2 min,然后是30個循環(huán),每個循環(huán)包括94℃變性30 s,57℃(P1)、60℃(P2)、58℃(P3)、59℃(P4)退火30 s,72℃延伸4(P1)、6(P2)、3(P3)、5(P4)min,最后72℃再延伸10 min;
4對LA-PCR引物擴增分別獲得目的序列片段長度分別為4kb、6kb、3.1kb和4.5kb;
(3)采用引物步移法,分別以擴增的4個大片段序列為模板,每隔500 bp,設計一條測序引物對其進行分段擴增,28條測序引物序列信息如下:
以16S rRNA基因片段為起點、COI基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域6條測序引物為:
5’-TCAACGAACCAAGTTACCCT-3’
5’-TACGGGCTTCTACAACCTAT-3’
5’-GCCCCTTCGCACTATTTTTC-3’
5’-GGAACCACTTTGACTTTTGC-3’
5’-CCACCTTACACTGCTTGCCC-3’
5’-GTGAAAATCTTCTAGCCCCT-3’
以COI基因片段為起點、ND4基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域10條測序引物為:
5’-CGGCAAAAAAGAACCATTCG-3’
5’-GCCTATGCCCTATGAAACAC-3’
5’-GTGAACTATTTTACCAGCCG-3’
5’-AAAGATTGGTGCCTCCCGAC-3’
5’-CCGTGATTATTGGAATGCGA-3’
5’-CGTGACATTATCCGAGAAGG-3’
5’-CCACTTTACATCTGACCACC-3’
5’-AGGGAGTTAGTCCAAAGCAA-3’
5’-CACCCCTCTTTTAGTGCTCT-3’
5’-TAGCAGCGGTCCTACTAAAG-3’
以ND4基因片段為起點、Cyt b基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域5條測序引物為:
5’-CACCTCCCTCCTCGTAGTTT-3’
5’-TCGGGTAGGGGACATTGGAT-3’
5’-GTAAGATGGGAGGCTTGTTT-3’
5’-GGCTTCTTTCCCTCAACTAT-3’
5’-GCAAAGACTACCAACATTCC-3’
以Cyt b基因片段為起點、16S rRNA基因片段為終點的環(huán)形區(qū)域7條測序引物為:
5’-TTGGATTGAACTCGGACGCA-3’
5’-AAGCATCGGTCTTGTAATCC-3’
5’-CCAAAGCCAGGATTCTGAAC-3’
5’-GGCTCAAATACTGACTAAGG-3’
5’-GCTCTAACCCGACTTACACA-3’
5’-CCCGTCTAACCTCACCACTT-3’
5’-GTATGGGAGACAGAAAAGGT-3’。