本申請(qǐng)要求2013年12月30日提交的美國臨時(shí)專利申請(qǐng)?zhí)?1/921,780的權(quán)益，并依賴于其提交日期，其整個(gè)內(nèi)容通過引用結(jié)合到本申請(qǐng)中。政府利益本發(fā)明部分在政府支持下完成。政府在本發(fā)明中享有一定權(quán)益。序列表本申請(qǐng)含有電子提交的ASCII格式的序列表，并通過引用以其整體結(jié)合到本文中。2014年12月30日創(chuàng)建的所述ASCII副本被命名為HMJ-149-PCT_SL.txt，且大小為205,868字節(jié)。發(fā)明背景到2013年，估計(jì)238,590名男性將被診斷患有前列腺癌(CaP)，并且估計(jì)29,720名男性將列于該疾病[1]。這種惡性腫瘤是美國男性癌癥相關(guān)死亡的第二主要原因。另外，與其它人種相比，非裔美國(AA)男性具有因CaP所致的最高發(fā)病率和死亡率[1]。從表現(xiàn)和診斷至治療、生存和生命質(zhì)量來看都存在人種差異[2]。研究人員提出社會(huì)經(jīng)濟(jì)地位(SES)對(duì)包括CaP特異性死亡率在內(nèi)的這些差異產(chǎn)生顯著影響[3]。同樣，有證據(jù)顯示，獲得護(hù)理的機(jī)會(huì)減少與CaP結(jié)局差有關(guān)，所述結(jié)局差在AA男性中比在高加索美國(CA)男性中更普遍[4]。然而，存在其中AA男性具有與CA男性類似的結(jié)局的群體。Sridhar和同事[5]發(fā)表了元分析，其中他們得出結(jié)論，當(dāng)說明SES時(shí)，在AA和CA男性之間在總體生存和CaP特異性生存方面沒有差異。類似地，軍人和退伍軍人群體(同樣的訪問和篩選系統(tǒng))在種族間在生存方面未觀察到差異[6]，且到2000年代早期在退伍軍人組群中在診斷時(shí)病理期的差異縮小[7]。值得注意的是，這兩項(xiàng)研究表明，與CA男性相比，AA男性更可能具有較高的Gleason評(píng)分和PSA水平[6，7]。雖然社會(huì)經(jīng)濟(jì)因素可能對(duì)CaP結(jié)局產(chǎn)生影響，但是它們似乎無法說明與診斷和疾病風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)的所有變量。若干研究支持與CA男性相比AA男性具有較高的CaP發(fā)病率[1，8，9]。研究還顯示AA男性具有診斷時(shí)顯著較高的PSA、活組織檢查中較高等級(jí)的疾病、各階段較大的腫瘤體積和根治性前列腺切除術(shù)前較短的PSA倍增時(shí)間[10-12]。在有關(guān)應(yīng)激和炎性反應(yīng)的腫瘤微環(huán)境中注意到CA和AA男性的前列腺癌之間的生物學(xué)差異[13]。雖然在生物學(xué)差異的作用方面仍有爭議，但是所表現(xiàn)的發(fā)病率和疾病侵襲性中觀察到的差異表明AA和CA男性之間前列腺癌病變的不同途徑的潛在作用。在過去十年內(nèi)，大量研究集中在癌基因的改變及其在CaP中的作用[14-16]。在CaP中過量表達(dá)并且是CaP中最普遍已知的癌基因的TMPRSS2/ERG基因融合物中注意到種族性和人種間流行率的變化[17，18]。累計(jì)數(shù)據(jù)表明在種族性間ERG致癌變化有差異[17，19-21]。在描述ERG過量表達(dá)和ERG剪接變體的最初的論文中注意到與AA男性相比CA男性中顯著較大的ERG表達(dá)[17，21]。該差異在有高Gleason等級(jí)(8-10)腫瘤的患者中在CA和AA之間甚至更明顯(50%與16%)。[Ferrell等，手稿]。因此，ERG是這些人種群(ethnicgroup)間的主要體細(xì)胞基因改變。但除TMPRSS2/ERG以外，對(duì)有關(guān)AA和CA男性間的CaP差異的遺傳基礎(chǔ)知之甚少，甚至未知[24]。因此，需要對(duì)不同種族人群有特異性并提供更準(zhǔn)確的診斷和/或預(yù)后潛力的新的生物標(biāo)志物和治療標(biāo)志物。發(fā)明概述本公開內(nèi)容提供發(fā)生在染色體3q13區(qū)域并包括ZBTB20基因和LSAMP基因的基因組排列和根據(jù)在包含前列腺細(xì)胞的生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組排列的檢測(cè)診斷和預(yù)測(cè)前列腺癌的方法。ZBTB20/LSAMP基因組排列可以是ZBTB20基因和LSAMP基因間的基因融合、基因倒位、基因缺失或基因重復(fù)。在來自受試者的前列腺細(xì)胞中檢出ZBTB20/LSAMP基因組重排表明受試者患有前列腺癌或發(fā)生前列腺癌的可能性加大或?qū)⑹茉囌叩那傲邢侔┍碚鳛榍忠u形式的前列腺癌或發(fā)展成侵襲形式的前列腺癌的風(fēng)險(xiǎn)增加。ZBTB20/LSAMP基因重排可在核酸或蛋白質(zhì)水平上測(cè)量。在一個(gè)實(shí)施方案中，受試者的前列腺癌不表達(dá)ERG和雄激素調(diào)節(jié)基因(例如TMPRSS2)間的基因融合物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，受試者具有非洲血統(tǒng)。這樣，ZBTB20/LSAMP基因組重排可用于預(yù)測(cè)特定人種群內(nèi)前列腺癌的嚴(yán)重程度，因?yàn)閷?shí)例顯示在前列腺細(xì)胞中具有ZBTB20/LSAMP基因組重排，但無TMPRSS2/ERG融合物的非洲血統(tǒng)受試者，始終發(fā)生侵襲形式的前列腺癌。鑒于ZBTB20/LSAMP基因組重排的預(yù)測(cè)價(jià)值，所述方法可進(jìn)一步包括根據(jù)ZBTB20/LSAMP基因組重排的檢出選擇用于受試者的治療方案或如果在獲自受試者的生物樣品中檢出基因組重排則對(duì)受試者進(jìn)行治療的步驟?；蛘撸龇椒蛇M(jìn)一步包括增加針對(duì)發(fā)展前列腺癌或更具侵襲形式的前列腺癌而監(jiān)測(cè)受試者的頻率的步驟。另一方面涉及用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物包含多核苷酸探針，其中多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分(“ZBTB20/LSAMP多核苷酸探針”)。在一個(gè)實(shí)施方案中，第一部分包含ZBTB20基因的外顯子1和第二部分包含LSAMP的外顯子3*或外顯子4。在其它實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP基因的外顯子3*或嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分(“外顯子3*/外顯子4多核苷酸探針”)。在其它實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP基因的外顯子0*或嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分(“外顯子0*/外顯子1多核苷酸探針”)。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。另一方面涉及包含具有ZBTB20/LSAMP多核苷酸探針、外顯子3*/外顯子4多核苷酸探針或外顯子0*/外顯子1多核苷酸探針的組合物和包含在高嚴(yán)格性條件下與選自COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1的基因雜交的多核苷酸探針的第二組合物的試劑盒。多核苷酸探針被任選標(biāo)記?；蛘撸噭┖邪哂衂BTB20/LSAMP多核苷酸探針、外顯子3*/外顯子4多核苷酸探針或外顯子0*/外顯子1多核苷酸探針的組合物和包含在高嚴(yán)格性條件下與選自ERG、AMACR、PCA3和PSA的基因雜交的多核苷酸探針的第二組合物。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。又一方面涉及包含雙鏈寡核苷酸雙鏈體的組合物，其中寡核苷酸雙鏈體包含與第二核酸雜交的第一核酸，其中第一核酸包含與來自LSAMP基因的第二部分融合的來自ZBTB20基因的第一部分，且其中第二核酸是與來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。在一個(gè)實(shí)施方案中，第一部分包含ZBTB20基因的外顯子1，第二部分包含LSAMP的外顯子3*或外顯子4。在另一個(gè)實(shí)施方案中，第一核酸包含與來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分融合的來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分，且其中第二核酸是與來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。在另一個(gè)實(shí)施方案中，第一核酸包含與來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分融合的來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分，且其中第二核酸是與來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。另一方面涉及與由基因融合物編碼的多肽結(jié)合的分離的抗體，其中基因融合物具有來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，多肽是截短的LSAMP多肽。在另一個(gè)實(shí)施方案中，抗體與不存在于野生型ZBTB20蛋白或野生型LSAMP蛋白中的基因融合物編碼的多肽中存在的表位結(jié)合。抗體任選被標(biāo)記。另一方面涉及用于擴(kuò)增基因融合物的組合物，其中基因融合物具有來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，第一部分包含ZBTB20基因的外顯子1，第二部分包含LSAMP的外顯子3*或外顯子4。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物包含第一和第二引物，其中第一和第二引物能夠擴(kuò)增來自跨越來自ZBTB20基因的基因融合物的第一部分和來自LSAMP基因的基因融合物的第二部分之間的連接處的基因融合物的核苷酸序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，第一引物與來自ZBTB20基因的基因融合物的第一部分雜交，第二引物與來自LSAMP基因的基因融合物的第二部分雜交。LSAMP基因座的外顯子3*是因ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排而產(chǎn)生的最近鑒定的LSAMP外顯子。因此，另一方面涉及用于擴(kuò)增LSAMP基因或基因融合物的外顯子3*的組合物，其中基因融合物具有來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物包含第一和第二引物，其中第一和第二引物能夠擴(kuò)增是外顯子3*特有的且不存在于其它基因序列中的LSAMP的外顯子3*內(nèi)的核苷酸序列，或來自跨越來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分之間的連接處的基因融合物的核苷酸序列。LSAMP基因座的外顯子0*是因ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排而產(chǎn)生的最近鑒定的LSAMP外顯子。因此，另一方面涉及用于擴(kuò)增LSAMP基因或基因融合物的外顯子0*的組合物，其中基因融合物具有來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物包含第一和第二引物，其中第一和第二引物能夠擴(kuò)增是0*外顯子特有的且不存在于其它基因序列中的LSAMP的外顯子0*內(nèi)的核苷酸序列，或來自跨越來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分之間的連接處的基因融合物的核苷酸序列。與前列腺癌有關(guān)的另一個(gè)目標(biāo)基因組重排是PTEN缺失。雖然PTEN基因是常見的腫瘤抑制物，且已知其缺失與癌癥有關(guān)，但是出人意料地發(fā)現(xiàn)，PTEN缺失以顯著不同的頻率出現(xiàn)在不同的人種群中，并且在非洲血統(tǒng)的受試者中明顯不存在。了解不同患者群間的癌癥相關(guān)基因組重排(例如PTEN缺失)的分層提供指導(dǎo)前列腺癌患者的治療選擇的重要信息。因此，一方面涉及為非洲血統(tǒng)患者選擇定向前列腺癌治療的方法，其中所述方法包括(a)排除靶向PI3K/PTEN/Akt/mTOR途徑的前列腺癌療法作為治療選擇；并選擇合適的前列腺癌治療。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括測(cè)試患者的生物樣品的步驟，其中生物樣品包含前列腺細(xì)胞以證實(shí)前列腺細(xì)胞不含PTEN基因缺失。附圖簡述并入且構(gòu)成本說明書的一部分的附圖闡明某些實(shí)施方案，并且與書面描述一起，用來解釋本文公開的抗體和方法的某些原理。圖1是野生型染色體3q13區(qū)域的圖譜，顯示ZBTB20、GAP43和LSAMP基因，以及在3名不同AA患者中鑒定的染色體3q13區(qū)域的基因組重排，全部患者均發(fā)生侵襲形式的前列腺癌。圖2顯示患者GP10中染色體3q13區(qū)域的基因組重排，并提供產(chǎn)生于基因組重排的ZBTB20的外顯子1和LSAMP的外顯子4之間的連接處的cDNA序列。圖2按出現(xiàn)順序分別公開了SEQIDNOS49-50。圖3顯示本發(fā)明一些實(shí)施方案的系統(tǒng)的示意圖。具體地說，該圖說明按照所公開的系統(tǒng)和方法可用于計(jì)算機(jī)系統(tǒng)106執(zhí)行的各種硬件、軟件和其它資源。在所示實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)106可包括與在操作系統(tǒng)控制下或與操作系統(tǒng)聯(lián)合操作的隨機(jī)存儲(chǔ)器連接的一個(gè)或多個(gè)處理器110。實(shí)施方案中的處理器110可包括在一個(gè)或多個(gè)服務(wù)器、群集器或其它計(jì)算機(jī)或硬件資源中，或可采用基于云的資源執(zhí)行。操作系統(tǒng)可為例如LinuxTM操作系統(tǒng)、UnixTM操作系統(tǒng)或其它開放源碼或?qū)Ｓ胁僮飨到y(tǒng)或平臺(tái)的分配。處理器110可與數(shù)據(jù)存儲(chǔ)112(例如保存在硬盤驅(qū)動(dòng)器或驅(qū)動(dòng)器陣列上的數(shù)據(jù)庫)通信以訪問或保存程序指令或其它數(shù)據(jù)。處理器110可進(jìn)一步通過網(wǎng)絡(luò)接口108通信，網(wǎng)絡(luò)接口108進(jìn)而可通過一個(gè)或多個(gè)網(wǎng)絡(luò)104(例如互連網(wǎng)或其它公共或?qū)Ｓ镁W(wǎng)絡(luò))通信，使得可從客戶機(jī)102或其它裝置或服務(wù)程序中接受查詢或其它要求。另外，處理器110可利用網(wǎng)絡(luò)接口108通過一個(gè)或多個(gè)網(wǎng)絡(luò)104向用戶發(fā)送信息、指令、工作流查詢、部分工作流或其它數(shù)據(jù)。網(wǎng)絡(luò)接口104可包括一個(gè)或多個(gè)服務(wù)器或與一個(gè)或多個(gè)服務(wù)器通信連接?？蛻魴C(jī)102可為例如與互連網(wǎng)連接的個(gè)人計(jì)算機(jī)。一般而言，可對(duì)處理器110進(jìn)行編程或配制以執(zhí)行實(shí)施本文公開的方法的控制邏輯和控制操作。處理器110可與協(xié)處理器114進(jìn)一步通信連接(即通過通信信道連接)。協(xié)處理器114可為經(jīng)配制以實(shí)施本文公開的方法的專用硬件和/或固件部件。因此，可通過處理器110和/或協(xié)處理器114實(shí)施本文公開的方法。計(jì)算機(jī)系統(tǒng)106的其它配置、相關(guān)網(wǎng)絡(luò)連接和其它硬件、軟件和服務(wù)程序資源是可能的。圖4A顯示2個(gè)PTENFISH探針和2個(gè)染色體10著絲粒探針的雜交，表明ADCaP染色體10上存在2個(gè)(二倍體)野生型PTEN等位基因。通過丟失CDCaP核中的1拷貝PTEN(缺少1個(gè)PTEN特異性FISH信號(hào))表明雜合PTEN缺失。缺失可發(fā)生在母本或父本染色體的任一個(gè)或兩個(gè)上。圖4B顯示通過丟失ADCaP核內(nèi)的1拷貝信號(hào)表明ZBTB20-LSAMP區(qū)域之間的雜合缺失。著絲粒探針檢出2拷貝的染色體3。圖5顯示10種不同的ZBTB20-LSAMP融合轉(zhuǎn)錄物的外顯子(E)結(jié)構(gòu)(以5’-3’方向)和可變剪接的LSAMP(LPCS1)轉(zhuǎn)錄物的外顯子結(jié)構(gòu)。E1、E1A、E1B和E1C表示ZBTB20的外顯子1的4種變體。E0、E1、E2、E3、E3*、E4、E5、E6和E7表示LSAMP的外顯子。括號(hào)中的數(shù)字表示各個(gè)外顯子的核苷酸數(shù)目。星號(hào)表示之前未被詮釋的外顯子變體。發(fā)明詳述下面將詳細(xì)參考不同的示例性實(shí)施方案，在附圖中說明了其實(shí)例。要了解下面的詳細(xì)描述為了使讀者更全面地理解本發(fā)明方面的某些實(shí)施方案、特征和詳細(xì)資料而提供，不應(yīng)解釋為限制本發(fā)明的范圍。定義為了更容易地理解本發(fā)明，首先定義了某些術(shù)語。在整個(gè)詳細(xì)描述中給出了其它定義。術(shù)語“非洲血統(tǒng)的”是指自認(rèn)為具有非洲血統(tǒng)的個(gè)人，包括自認(rèn)為是非洲裔美國人的個(gè)人和已確定具有與非洲祖先相關(guān)的遺傳標(biāo)記(亦稱祖先信息標(biāo)記(AIM))的個(gè)人，所述祖先信息標(biāo)記例如JudithKidd等,Analysesofasetof128ancestryinformativesingle-nucleotidepolymorphismsinaglobalsetof119populationsamples(整套119群樣品中一套128種提供祖先信息的單核苷酸多態(tài)性的分析),InvestigativeGenetics,(2):1,2011(所述參考資料通過引用以其整體予以結(jié)合)中鑒定的AIM。術(shù)語“高加索血統(tǒng)的”是指自認(rèn)為具有高加索血統(tǒng)的個(gè)人，包括自認(rèn)為是高加索美國人的個(gè)人和已確定具有與高加索(例如歐洲、北非或亞洲(西亞、中亞或南亞)祖先相關(guān)的遺傳標(biāo)記(亦稱祖先信息標(biāo)記(AIM))的個(gè)人，祖先信息標(biāo)記例如JudithKidd等,Analysesofasetof128ancestryinformativesingle-nucleotidepolymorphismsinaglobalsetof119populationsamples(整套119群樣品中一套128種提供祖先信息的單核苷酸多態(tài)性的分析),InvestigativeGenetics,(2):1,2011(所述參考資料通過引用以其整體予以結(jié)合)中鑒定的AIM。術(shù)語“抗體”是指免疫球蛋白或其抗原結(jié)合片段，并包括包含抗原結(jié)合片段或抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域的任何多肽。該術(shù)語包括但不限于多克隆、單克隆、單特異性、多特異性、人源化、人、單鏈、嵌合、合成、重組、雜合、突變、移植和體外產(chǎn)生的抗體。除非之前有措詞“完整”，否則術(shù)語“抗體”包括抗體片段例如Fab、F(ab')2、Fv、scFv、Fd、dAb和保留抗原結(jié)合功能的其它抗體片段。除非另有說明，否則抗體不必來自任何特殊來源，也不通過任何特殊方法產(chǎn)生。術(shù)語“抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域”和“抗原結(jié)合片段”是指包含負(fù)責(zé)抗體和抗原之間特異性結(jié)合的氨基酸的抗體分子的一部分。對(duì)于某些抗原，抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域或抗原結(jié)合片段可只與抗原的一部分結(jié)合。被抗體特異性識(shí)別和結(jié)合的抗原的一部分稱為“表位”或“抗原決定簇”。抗原結(jié)合結(jié)構(gòu)域和抗原結(jié)合片段包括Fab(Fragmentantigen-binding)；F(ab')2片段，一種具有被鉸鏈區(qū)處的二硫橋連接的2個(gè)Fab片段的二價(jià)片段；Fv片段；單鏈Fv片段(scFv)，參見例如Bird等(1988)Science242:423-426和Huston等(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883)；具有2個(gè)VH和CH1結(jié)構(gòu)域的Fd片段；dAb(Ward等(1989)Nature341:544-546)和保留抗原結(jié)合功能的其它抗體片段。Fab片段具有通過恒定區(qū)間的二硫鍵共價(jià)連接的VH-CH1和VL-CL結(jié)構(gòu)域。Fv片段較小，并具有非共價(jià)連接的VH和VL結(jié)構(gòu)域。為了克服非共價(jià)連接的結(jié)構(gòu)域解離的趨勢(shì)，可構(gòu)建scFv。scFv含有將(1)VH的C端與VL的N端，或(2)VL的C端與VH的N端連接的柔性多肽。15聚體(Gly4Ser)3肽(SEQIDNO:48)可用作接頭，但其它接頭是本領(lǐng)域已知的。采用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知常規(guī)技術(shù)，獲得這些抗體片段，并以與完整抗體相同的方式評(píng)價(jià)片段的功能。術(shù)語“檢測(cè)”意指本領(lǐng)域已知的用于測(cè)定核酸或蛋白質(zhì)的存在或量的各種方法的任一種。如本說明書中所用，術(shù)語“檢測(cè)”包括定性或定量檢測(cè)。術(shù)語“治療有效量”是指足以治療指定疾病或病況的劑量或量。術(shù)語“基因表達(dá)譜”是指樣品中多個(gè)基因的表達(dá)水平。如本領(lǐng)域所理解的一樣，可通過測(cè)量核酸(例如基因組DNA或mRNA)或由核酸編碼的多肽的表達(dá)，分析基因的表達(dá)水平。術(shù)語“分離的”當(dāng)在多肽或核酸的情況下使用時(shí)是指其天然環(huán)境基本上沒有，因此可與可能天然存在的多肽或核酸區(qū)分開來的多肽或核酸。例如，分離的多肽或核酸基本上不含細(xì)胞物質(zhì)或其來源于其中的細(xì)胞或組織源的其它多肽或核酸。術(shù)語“多肽”、“肽”和“蛋白質(zhì)”在本文可互換使用，是指氨基酸的聚合物。術(shù)語“多肽探針”本文所用是指可用于蛋白質(zhì)檢測(cè)測(cè)定法(例如質(zhì)譜法)以定量測(cè)定生物樣品中的目標(biāo)多肽的標(biāo)記的(例如同位素標(biāo)記的)多肽。術(shù)語“引物”意指能夠與靶核酸的區(qū)域或其互補(bǔ)序列結(jié)合，并促進(jìn)靶核酸的核酸擴(kuò)增的多核苷酸。一般來講，引物可具有可通過核酸聚合酶延伸的游離3’端。引物一般還包括能夠通過直接與靶核酸的至少1條鏈或與該靶序列互補(bǔ)的鏈進(jìn)行互補(bǔ)堿基相互使用而雜交的堿基序列。引物可包含靶標(biāo)特異性序列和任選不與靶序列互補(bǔ)的其它序列。這些非互補(bǔ)序列可包含例如啟動(dòng)子序列或限制性內(nèi)切核酸酶識(shí)別位點(diǎn)?！白儺悺被颉白凅w”是指在小至單一堿基或較長間隔上不同于參比的等位基因序列。術(shù)語“ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排”等是指與前列腺癌有關(guān)的ZBTB20和LSAMP基因的任何重排，可包括ZBTB20基因和LSAMP基因間的基因融合、包括ZBTB20基因和LSAMP基因的基因倒位、包括ZBTB20和LSAMP基因(或一個(gè)或兩個(gè)基因的一部分)的基因缺失或包括ZBTB20和LSAMP基因的基因重復(fù)。術(shù)語“ERG”或“ERG基因”是指Ets相關(guān)基因(ERG)，其被指定唯一的HugoGeneNomenclatureCommittee(HGNC)標(biāo)識(shí)碼：HGNC:3446，并包括在前列腺癌中是普遍的ERG基因融合產(chǎn)物，包括TMPRSS2-ERG融合產(chǎn)物。分析ERG或ERG基因的表達(dá)包括分析與前列腺癌有關(guān)的ERG基因融合產(chǎn)物(例如TMPRSS2-ERG)的表達(dá)。本文所用術(shù)語“侵襲形式的前列腺癌”是指主要Gleason評(píng)分為4或5的前列腺癌(亦稱“分化差的”前列腺癌或已轉(zhuǎn)移或在前列腺切除術(shù)后復(fù)發(fā)的前列腺癌)。本文所用術(shù)語“Gleason6-7”是指Gleason3+3和3+4級(jí)。在本領(lǐng)域中它還指主要模式3(primarypattern3)或主要Gleason模式3。ZBTB20/LSAMP基因組重排采用下一代測(cè)序技術(shù)以鑒定CaP的新的生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。對(duì)7名高加索血統(tǒng)患者和7名非洲血統(tǒng)患者(包括各患者的匹配對(duì)照的共28個(gè)樣品)的組群間的獲自組織學(xué)上確定的和精確解剖的原發(fā)CaP樣本(80-95%腫瘤，主要Gleason模式3)的高質(zhì)量基因組序列數(shù)據(jù)和覆蓋度進(jìn)行了比較，以評(píng)價(jià)所觀察到的2個(gè)人種群之間CaP發(fā)病率和死亡率的差異。這些數(shù)據(jù)和分析提供來自針對(duì)臨床病理特征匹配的CaP非洲血統(tǒng)患者(“AD”)和高加索血統(tǒng)(“CD”)的前列腺癌基因組的首次評(píng)價(jià)。這些前列腺癌樣品中的全基因組序列分析鑒定出ZBTB20(含有鋅指和BTB的20)和LSAMP(邊緣系統(tǒng)相關(guān)性膜蛋白)基因之間的新的基因組重排。來自非洲血統(tǒng)受試者的7個(gè)樣品的4個(gè)對(duì)TMPRSS2/ERG融合(至今在前列腺癌中鑒定的最普遍的基因融合)為陰性。在來自非洲血統(tǒng)受試者的4個(gè)TMPRSS2/ERG陰性樣品的3個(gè)中，ZBTB20-LSAMP區(qū)域重排或缺失。ZBTB20/LSAMP陽性、TMPRSS2/ERG陰性受試者的所有3個(gè)發(fā)生侵襲形式的前列腺癌，其中2個(gè)經(jīng)歷轉(zhuǎn)移，1個(gè)發(fā)生復(fù)發(fā)，表明ZBTB20/LSAMP基因組重排是更多攻擊性前列腺癌表型、特別是在不表達(dá)TMPRSS2/ERG融合的患者中的指示物。由于與CD的患者相比，AD的患者以較低頻率表達(dá)TMPRSS2/ERG融合，因此ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排可表示用于檢測(cè)AD患者中更多攻擊性前列腺癌表型的特別有用的生物標(biāo)志物。由HGNC指定的LSAMP基因的唯一標(biāo)識(shí)碼是HGNC:6705。LSAMP的EntrezGene代碼是4045。LSAMP的核苷酸和氨基酸序列是已知的，并由NCBI參考序列NM_002338.3，GI：257467557(SEQIDNO:9和SEQIDNO:10)表示，所述序列通過引用以其整體予以結(jié)合。LSAMP基因的染色體位置是3q13.2-q21。LSAMP基因編碼存在于邊緣系統(tǒng)的皮質(zhì)區(qū)和皮質(zhì)下區(qū)的神經(jīng)元表面糖蛋白。LSAMP被報(bào)道為腫瘤抑制物基因(Baroy等，2014，MolCancer28;13:93)。例如，Kuhn等報(bào)告了在核心結(jié)合因子急性髓系白血病的亞組中含有LSAMP基因的染色體3q13.31區(qū)域的常發(fā)生的缺失[29]。在骨肉瘤中，染色體3q13.31區(qū)域被鑒定為最多變化的基因組區(qū)，其最多的變化呈缺失的形式，在某些情況下，包括含有LSAMP基因的區(qū)域的缺失[30]。在腎透明細(xì)胞癌中鑒定出具有包括染色體區(qū)1q32.1的NORE1基因和染色體3q13.3區(qū)域的LSAMP基因的斷裂點(diǎn)的染色體易位(t1;3)[31]。還鑒定出上皮卵巢癌中的染色體易位[32]。雖然已表明LSAMP的單一核苷酸變異是前列腺癌特異性死亡率的一個(gè)重要預(yù)測(cè)因子[33]，但是從未報(bào)告過前列腺癌中LSAMP的基因組重排，并且從未在任何癌癥類型中描述為與ZBTB20的融合。由HGNC指定的ZBTB20基因的唯一標(biāo)識(shí)碼是HGNC:13503。ZBTB20的EntrezGene代碼為26137。ZBTB20是DNA結(jié)合蛋白，且被認(rèn)為是轉(zhuǎn)錄因子。有至少7種備選轉(zhuǎn)錄物變體。有可在ZBTB20基因座內(nèi)的至少4個(gè)不同位點(diǎn)啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的至少4個(gè)不同的啟動(dòng)子，產(chǎn)生ZBTB20的外顯子1的4種變體：E1、E1A、E1B和E1C。ZBTB20變體1的代表性核苷酸和氨基酸序列是已知的，并由NCBI參考序列NM_001164342.1，GI：257900532(SEQIDNO:11和SEQIDNO:12)表示，所述序列通過引用以其整體予以結(jié)合。與變體1相比，變體2在5’非翻譯區(qū)中不同于變體1，缺乏5’編碼區(qū)的一部分，并在下游起始密碼子處啟動(dòng)翻譯。與同種型1相比，所編碼的同種型(2)具有較短的N端。變體2-7編碼相同的同種型(2)。ZBTB20變體2的代表性核苷酸和氨基酸序列是已知的，并由NCBI參考序列NM_015642.4，GI：257900536(SEQIDNO:13和SEQIDNO:14)表示，所述序列通過引用以其整體予以結(jié)合。ZBTB20基因的染色體位置為3q13.2。某些實(shí)施方案涉及收集數(shù)據(jù)用于診斷或預(yù)測(cè)CaP的方法，所述方法包括檢測(cè)包含前列腺細(xì)胞的生物樣品(或從前列腺細(xì)胞分離的核酸或多肽)中ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排。所述方法可任選包括利用所收集的基因表達(dá)數(shù)據(jù)診斷或預(yù)測(cè)CaP的額外步驟。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢出ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排表明生物樣品中存在CaP或發(fā)生CaP的可能性增加。在另一個(gè)實(shí)施方案中，檢出ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排表明生物樣品中攻擊形式的CaP的存在或發(fā)生攻擊形式的CaP的可能性加大。在一個(gè)實(shí)施方案中，基因組重排包含ZBTB20基因和LSAMP基因間的基因融合，例如ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子4之間的融合。在另一個(gè)實(shí)施方案中，基因組重排包含包括ZBTB20基因和LSAMP基因的基因倒位。在另一個(gè)實(shí)施方案中，基因組重排包含染色體3q13區(qū)域的缺失，其中缺失跨越兩個(gè)ZBTB20和LSAMP基因(或一個(gè)或兩個(gè)基因的一部分)。在另外又一個(gè)實(shí)施方案中，基因組重排包含包括ZBTB20和LSAMP基因的基因重復(fù)。收集數(shù)據(jù)或診斷和/或預(yù)測(cè)CaP的方法可進(jìn)一步包括檢測(cè)與前列腺癌有關(guān)的其它基因的表達(dá)，包括但不限于COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1。表1提供在非洲血統(tǒng)患者中較頻繁過量表達(dá)的這些基因的由HGNC和EntrezGene指定的唯一標(biāo)識(shí)碼和代表性序列的登記號(hào)，所述序列通過引用以其整體結(jié)合到本文中。表1在另一個(gè)實(shí)施方案中，收集數(shù)據(jù)或診斷和/或預(yù)測(cè)CaP的方法可進(jìn)一步包括檢測(cè)與前列腺癌有關(guān)的其它基因的表達(dá)，包括但不限于ERG、PSA和PCA3。PTEN缺失PTEN(磷酸酶和張力蛋白同源物)是一種在多種癌癥中以高頻率突變的腫瘤抑制物基因。由該基因編碼的蛋白質(zhì)是一種磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸3-磷酸酶。它含有張力蛋白樣結(jié)構(gòu)域以及類似于二重特異性蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶的催化結(jié)構(gòu)域。與大部分蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶不一樣，PTEN優(yōu)先使磷酸肌醇基底物脫去磷酸。它負(fù)調(diào)節(jié)細(xì)胞中的磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸的胞內(nèi)水平，并通過負(fù)調(diào)節(jié)AKT/PKB信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑起腫瘤抑制物的作用。通過生長因子與其受體的結(jié)合所致生長因子受體激活或通過生長因子受體的突變導(dǎo)致PI3K/PTEN/Akt/mTOR級(jí)聯(lián)的激活，這特別導(dǎo)致某些轉(zhuǎn)錄因子的激活[28]，所述參考文獻(xiàn)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。PTEN通常起下調(diào)該途徑的作用。因此，在含有PTEN基因缺失的癌癥中，Akt基因的表達(dá)和mTOR的激活常常增加。PTEN基因的由HGNC和EntrezGene指定的唯一標(biāo)識(shí)碼分別為HGNC:9588和EntrezGene:5728。代表性PTEN核酸和多肽序列的登記號(hào)為NM_000314.4，GI：257467557(SEQIDNO:15和SEQIDNO:16)，所述序列通過引用以其整體予以結(jié)合。PTEN基因的染色體位置為10q23。CD和AD前列腺癌樣品的全基因組序列分析公開了不同人種群中PTEN基因座的基因組重排之間的顯著差異。更準(zhǔn)確地說，只在高加索血統(tǒng)患者中檢出PTEN缺失。組織微陣列的其它FISH分析證實(shí)與CD男性相比，PTEN缺失是AD男性前列腺癌的發(fā)生中的稀有事件。因此，一方面涉及利用有關(guān)人種群間PTEN缺失差異的發(fā)現(xiàn)，以做出有關(guān)患有前列腺癌的受試者可得到的治療選擇的知情決定。具體地說，鑒于所公開的來自高加索美國和非洲血統(tǒng)患者前列腺癌中PTEN缺失的差異，對(duì)于非洲血統(tǒng)患者一般來說不應(yīng)選擇靶向PI3K/PTEN/Akt/mTOR途徑的前列腺癌療法[28]?；蛑辽賹?duì)于非洲血統(tǒng)患者，不應(yīng)考慮靶向PI3K/PTEN/Akt/mTOR途徑的前列腺癌療法[28]，除非首先通過基因測(cè)試證實(shí)患者的前列腺細(xì)胞含有PTEN缺失。因此，一個(gè)實(shí)施方案涉及為非洲血統(tǒng)患者選擇定向前列腺癌治療的方法，其中所述方法包括排除靶向PI3K/PTEN/Akt/mTOR途徑的前列腺癌療法[28]作為治療選擇；并選擇合適的前列腺癌治療。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括測(cè)試患者的生物樣品的步驟，其中生物樣品包含前列腺細(xì)胞以證實(shí)前列腺細(xì)胞不含PTEN基因缺失。有多種靶向PI3K/PTEN/Akt/mTOR途徑的抑制劑，包括PI3K抑制劑、Akt抑制劑、mTOR抑制劑和雙重PI3K/mTOR抑制劑。PI3K抑制劑包括但不限于LY-294002、渥曼青霉素、PX-866、GDC-0941、CAL-10、XL-147、XL-756、IC87114、NVP-BKM120和NVP-BYL719。Akt抑制劑包括但不限于A-443654、GSK690693、VQD-002(a.k.a.API-2、曲西立濱)、KP372-1、KRX-0401(哌立福辛)、MK-2206、GSK2141795、LY317615(恩扎啕林)、瓢兒菜基磷酸膽堿(ErPC)、瓢兒菜基磷酸高膽堿(erucylphosphohomocholine，ErPC3)、PBI-05204、RX-0201和XL-418。mTOR抑制劑包括但不限于雷帕霉素、改性雷帕霉素類(rapalogs，例如CCI-779、afinitor、torisel、坦羅莫司)、AP-23573(ridaforolimus)和RAD001(afinitor、依維莫司)、二甲雙胍、OSI-027、PP-242、AZD8055、AZD2014、palomid529、WAY600、WYE353、WYE687、WYE132、Ku0063794和OXA-01。雙重PI3K/mTOR抑制劑包括但不限于PI-103、NVP-BEZ235、PKI-587、PKI-402、PF-04691502、XL765、GNE-477、GSK2126458和WJD008。檢測(cè)ZBTB20/LSAMP或PTEN缺失在本文所述方法中測(cè)量或檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的表達(dá)包括測(cè)量或檢測(cè)其任何核酸轉(zhuǎn)錄物(例如mRNA、cDNA或基因組DNA)或由所述核酸轉(zhuǎn)錄物編碼的任何蛋白質(zhì)。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在包括檢測(cè)具有來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分的基因組DNA的染色體重排。在一個(gè)實(shí)施方案中，染色體重排產(chǎn)生ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子3*或外顯子4之間的融合。在一個(gè)實(shí)施方案中，染色體重排包含SEQIDNO:1的核苷酸序列。在另一個(gè)實(shí)施方案中，染色體重排導(dǎo)致ZBTB20和LSAMP基因的缺失。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在包括檢測(cè)染色體3q13區(qū)域的缺失，其中缺失跨越ZBTB20和LSAMP基因。在另一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在包括檢測(cè)具有來自ZBTB20基因的第一核酸部分和來自LSAMP基因的第二核酸部分的嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物。在一個(gè)實(shí)施方案中，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物包含ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子4之間的融合。例如，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物可包含SEQIDNO:4、SEQIDNO:32、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38或SEQIDNO:40的核苷酸序列。在另一個(gè)實(shí)施方案中，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物包含ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子3*之間的融合。例如，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物可包含SEQIDNO:33、SEQIDNO:39或SEQIDNO:41的核苷酸序列。外顯子3*(SEQIDNO:45)表示來自之前未被詮釋并且現(xiàn)已表明在ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排后產(chǎn)生的LSAMP基因座的一個(gè)新的外顯子序列。因此，檢測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在可包括檢測(cè)對(duì)應(yīng)于其它基因中不存在的外顯子3*的區(qū)域的mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物，并因此可用于明確鑒定出LSAMP基因的外顯子3*?；蛘撸瑱z測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在可包括檢測(cè)包含跨越LSAMP的外顯子3*和外顯子4之間的連接處且不存在于其它基因中的LSAMP基因的外顯子3*和外顯子4或其部分的mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物，并因此可用于將轉(zhuǎn)錄物明確鑒定為來自LSAMP的外顯子3*和外顯子4的融合。外顯子0*(SEQIDNO:47)表示來自之前未被詮釋并且在具有ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的患者的可變剪接的轉(zhuǎn)錄物中鑒定出的LSAMP基因座的一個(gè)新的外顯子序列。因此，檢測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在可包括檢測(cè)對(duì)應(yīng)于其它基因中不存在的外顯子0*的區(qū)域的mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物，并因此可用于明確鑒定出LSAMP基因的外顯子0*?；蛘撸瑱z測(cè)生物樣品中ZBTB20/LSAMP基因組重排的存在可包括檢測(cè)包含跨越LSAMP基因的外顯子0*和外顯子1之間的連接處且不存在于其它基因中的LSAMP基因的外顯子0*和外顯子1或其部分的mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物，并因此可用于將轉(zhuǎn)錄物明確鑒定為來自LSAMP的外顯子0*和外顯子1的融合?？赏ㄟ^測(cè)量或檢測(cè)對(duì)應(yīng)于基因的基因組重排的基因組序列或mRNA/cDNA轉(zhuǎn)錄物或?qū)?yīng)于與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排相關(guān)的所有基因組序列或mRNA/cDNA轉(zhuǎn)錄物的一個(gè)或多個(gè)，來測(cè)量或檢測(cè)ZBTB20/LSAMP基因組重排的表達(dá)。檢測(cè)PTEN基因中的缺失包括檢測(cè)染色體10q23區(qū)域的缺失，其中缺失跨越PTEN基因或其部分?？赏ㄟ^測(cè)量或檢測(cè)對(duì)應(yīng)于PTEN缺失或?qū)?yīng)于與PTEN基因有關(guān)的所有基因組序列或mRNA/cDNA轉(zhuǎn)錄物的基因組序列或mRNA/cDNA轉(zhuǎn)錄物的一個(gè)或多個(gè)，來測(cè)量或檢測(cè)PTEN缺失。染色體重排可采用已知技術(shù)檢測(cè)。例如，熒光原位雜交(FISH)分析可用于檢測(cè)染色體重排。在這些實(shí)施方案中，使在高嚴(yán)格性條件下與染色體重排(例如ZBTB20/LSAMP染色體重排或PTEN缺失)雜交的核酸探針與包含前列腺細(xì)胞的生物樣品(或獲自其中的核酸)一起溫育。其它已知的原位雜交技術(shù)可用于檢測(cè)染色體重排，例如ZBTB20/LSAMP或PTEN缺失。核酸探針(DNA或RNA)可與DNA或mRNA雜交，并可被設(shè)計(jì)成檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因或PTEN基因中的基因組重排，例如基因融合事件、擴(kuò)增、缺失或突變。通常，可根據(jù)mRNA或cDNA水平檢測(cè)或測(cè)量基因表達(dá)，盡管適當(dāng)時(shí)也可使用蛋白質(zhì)水平?？刹捎糜糜跍y(cè)量mRNA水平、cDNA或蛋白質(zhì)水平的任何定量或定性方法。檢測(cè)或測(cè)量mRNA或cDNA水平的合適方法包括例如RNA印跡法、RNA酶保護(hù)測(cè)定法、微陣列分析或核酸擴(kuò)增程序，例如反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)或?qū)崟r(shí)RT-PCR，亦稱定量RT-PCR(qRT-PCR)。所述方法是本領(lǐng)域眾所周知的。參見例如Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual,第4版,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,N.Y.,2012。其它技術(shù)包括基因表達(dá)的數(shù)字式多路復(fù)用分析，例如nCounter?(NanoStringTechnologies，Seattle，WA)基因表達(dá)測(cè)定法，其進(jìn)一步描述于[22]、[23]、US20100112710和US20100047924，以上所有通過引用以其整體結(jié)合到本文中。檢測(cè)目標(biāo)核酸通常包括靶標(biāo)(例如mRNA、cDNA或基因組DNA)和探針之間的雜交。本領(lǐng)域技術(shù)人員可容易地設(shè)計(jì)雜交探針用于檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排或PTEN基因的缺失。參見例如Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual,第4版,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,N.Y.,2012。各個(gè)探針基本上對(duì)其靶標(biāo)應(yīng)有特異性，以避免任何交叉雜交和假陽性。在從轉(zhuǎn)錄物衍生物質(zhì)時(shí)，使用特異性探針的一個(gè)替代是使用特異性試劑(例如在cDNA產(chǎn)生期間，或在擴(kuò)增期間使用靶標(biāo)特異性引物)。在兩種情況下，可通過與在所分析的基因組內(nèi)基本上是唯一的靶標(biāo)的部分雜交，實(shí)現(xiàn)特異性，例如與聚A尾雜交不會(huì)提供特異性。如果靶標(biāo)具有多個(gè)剪接變體，則有可能設(shè)計(jì)識(shí)別對(duì)各變體是共同的區(qū)域的雜交試劑和/或使用一種以上試劑，所述試劑的每一種可識(shí)別一個(gè)或多個(gè)變體。雜交反應(yīng)的嚴(yán)格性可容易地通過本領(lǐng)域普通技術(shù)人員確定，一般根據(jù)探針長度、洗滌溫度和鹽濃度任經(jīng)驗(yàn)計(jì)算。一般而言，對(duì)于適當(dāng)退火，較長的探針需要較高的溫度，則較短的探針需要較低的溫度。當(dāng)互補(bǔ)鏈存在于低于其解鏈溫度的環(huán)境下時(shí)，雜交一般取決于變性的核酸序列再退火的能力。探針和可雜交序列之間所需同源性的程度越高，可使用的相對(duì)溫度越高。因此，因此得出結(jié)論，較高的相對(duì)溫度往往使反應(yīng)條件較嚴(yán)格，而較低的相對(duì)溫度則較不嚴(yán)格。有關(guān)雜交反應(yīng)嚴(yán)格性的其它詳情和解釋參見Ausubel等,CurrentProtocolsinMolecularBiology,WileyIntersciencePublishers,(1995)。本文所用“嚴(yán)格條件”或“高嚴(yán)格性條件”根據(jù)以下識(shí)別，但不限于此：(1)對(duì)于洗滌使用低的離子強(qiáng)度和高的溫度，例如0.015M氯化鈉/0.0015M檸檬酸鈉/0.1%十二烷基硫酸鈉，在50℃下；(2)在雜交期間使用變性劑，例如甲酰胺，例如50%(v/v)甲酰胺與0.1%牛血清白蛋白/0.1%聚蔗糖(Ficoll)/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩沖液(pH6.5)與750mM氯化鈉、75mM檸檬酸鈉，在42℃下；或(3)使用50%甲酰胺、5XSSC(0.75MNaCl、0.075M檸檬酸鈉)、50mM磷酸鈉(pH6.8)、0.1%焦磷酸鈉、5XDenhardt溶液、聲波處理的鮭精DNA(50μg/ml)、0.1%SDS和10%硫酸葡聚糖，在42℃下，其中在42℃下在0.2XSSC(氯化鈉/檸檬酸鈉)中并在50%甲酰胺中在55℃下洗滌，接著包括含有0.1XSSC的EDTA、在55℃下的高嚴(yán)格性洗滌。Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual,NewYork:ColdSpringHarborPress,1989描述了“中等嚴(yán)格條件”，但不限于此，包括使用不比上述那些嚴(yán)格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強(qiáng)度和%SDS)。中等嚴(yán)格條件的實(shí)例是在包含以下的溶液中在37℃下溫育過夜：20%甲酰胺、5XSSC(150mMNaCl、15mM檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉(pH7.6)、5XDenhardt溶液、10%硫酸葡聚糖和20mg/mL變性已剪切鮭精DNA，接著在1XSSC中在約37-50℃下洗滌過濾器。技術(shù)人員應(yīng)了解需要時(shí)如何調(diào)節(jié)溫度、離子強(qiáng)度等以適應(yīng)例如探針長度等因素。在某些實(shí)施方案中，采用微陣列分析或基于PCR的方法。在這方面，測(cè)量前列腺癌細(xì)胞中ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排或PTEN缺失的表達(dá)可包括例如使含有或疑似含有前列腺癌細(xì)胞的樣品與對(duì)ZBTB20/LSAMP基因組重排或PTEN缺失有特異性的多核苷酸探針或與經(jīng)設(shè)計(jì)以擴(kuò)增ZBTB20/LSAMP的一部分或PTEN基因組重排的引物接觸，并分別檢測(cè)探針與核酸靶標(biāo)的結(jié)合或核酸的擴(kuò)增。設(shè)計(jì)PCR引物的詳細(xì)方案是本領(lǐng)域已知的。參見例如Sambrook等,MolecularCloning:ALaboratoryManual,第4版,ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,N.Y.,2012。類似地，制備和使用微陣列以分析的詳細(xì)方案是本領(lǐng)域已知和本文描述的。因此，一方面涉及測(cè)定生物樣品是否包含含有基因融合的核酸的方法，其中基因融合具有來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分，所述方法包括：將含至少第一和第二多核苷酸引物的生物樣品在雜交條件下混合，其中第一多核苷酸引物包含與來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分(例如外顯子1)雜交的序列，第二多核苷酸引物包含與來自LSAMP基因的基因融合的第二部分(例如外顯子3*或外顯子4)雜交的序列，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自跨越來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分和來自LSAMP基因的基因融合的第二部分之間的連接處的基因融合的靶序列；如果基因融合存在于生物樣品中，則在允許擴(kuò)增靶序列并產(chǎn)生包含靶序列的擴(kuò)增產(chǎn)物的條件下加入聚合酶活性；和根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物存在與否，確定生物樣品是否含有基因融合。另一方面涉及測(cè)定包含核酸的生物樣品是否含有對(duì)應(yīng)于其它基因或基因融合中不存在的外顯子3*區(qū)域的mRNA或cDNA序列的方法，其中基因融合具有來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分，所述方法包括：將含至少第一和第二多核苷酸引物的生物樣品在雜交條件下混合，(a)其中第一多核苷酸引物包含與外顯子3*的第一區(qū)域雜交的序列，第二多核苷酸引物包含與外顯子3*的第二區(qū)域雜交的序列，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自對(duì)LSAMP基因的外顯子3*是特有的外顯子3*的靶序列；或(b)其中第一多核苷酸引物包含與來自外顯子3*的基因融合的第一部分雜交的序列，第二多核苷酸引物包含與來自LSAMP基因的外顯子4的基因融合的第二部分雜交的序列，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自跨越來自LSAMP基因的外顯子3*的基因融合的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的基因融合的第二部分之間的連接處的基因融合的靶序列；如果基因融合存在于生物樣品中，則在允許擴(kuò)增靶序列并產(chǎn)生包含靶序列的擴(kuò)增產(chǎn)物的條件下加入聚合酶活性；和根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物存在與否，測(cè)定生物樣品是否含有對(duì)應(yīng)于其它基因或基因融合中不存在的外顯子3*區(qū)域的mRNA或cDNA序列。另一方面涉及測(cè)定包含核酸的生物樣品是否含有對(duì)應(yīng)于其它基因或基因融合中不存在的LSAMP基因的外顯子0*的區(qū)域的mRNA或cDNA序列的方法，其中基因融合具有來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分，所述方法包括：將含至少第一和第二多核苷酸引物的生物樣品在雜交條件下混合，(a)其中第一多核苷酸引物包含與外顯子0*的第一區(qū)域雜交的序列，第二多核苷酸引物包含與外顯子0*的第二區(qū)域雜交的序列，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自對(duì)LSAMP基因的外顯子0*是特有的外顯子0*的靶序列；或(b)其中第一多核苷酸引物包含與來自外顯子0*的基因融合的第一部分雜交的序列，第二多核苷酸引物包含與來自LSAMP基因的外顯子1的基因融合的第二部分雜交的序列，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自跨越來自LSAMP基因的外顯子0*的基因融合的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的基因融合的第二部分之間的連接處的基因融合的靶序列；如果基因融合存在于生物樣品中，則在允許擴(kuò)增靶序列并產(chǎn)生包含靶序列的擴(kuò)增產(chǎn)物的條件下加入聚合酶活性；和根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物存在與否，測(cè)定生物樣品是否含有對(duì)應(yīng)于其它基因或基因融合中不存在的外顯子0*的區(qū)域的mRNA或cDNA序列。備選或此外，ZBTB20/LSAMP基因組重排的表達(dá)水平可在蛋白質(zhì)水平上測(cè)量，意味著當(dāng)ZBTB20/LSAMP基因組重排導(dǎo)致截短的LSAMP蛋白或嵌合ZBTB20/LSAMP蛋白時(shí)，測(cè)量由ZBTB20/LSAMP基因組重排編碼的這類蛋白質(zhì)的水平。用于測(cè)定蛋白質(zhì)的水平的若干方法和裝置是眾所周知的，包括例如描述于例如美國專利號(hào)6,143,576、6,113,855、6,019,944、5,985,579、5,947,124、5,939,272、5,922,615、5,885,527、5,851,776、5,824,799、5,679,526、5,525,524、5,458,852和5,480,792的免疫測(cè)定法，其每一個(gè)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。這些測(cè)定法包括各種夾心、競爭性或非競爭性測(cè)定方式，以產(chǎn)生與目標(biāo)蛋白質(zhì)的存在或量有關(guān)的信號(hào)?？刹捎萌魏魏线m的免疫測(cè)定法，例如側(cè)向流動(dòng)、酶聯(lián)免疫測(cè)定法(ELISA)、放射免疫測(cè)定法(RIA)、競爭結(jié)合測(cè)定法等。描述了用于抗體陣列的多種形式。所述陣列通常包括對(duì)待檢測(cè)的不同蛋白質(zhì)有特異性的不同抗體。例如，可使用至少100種不同的抗體來檢測(cè)100種不同的蛋白質(zhì)靶標(biāo)，每種抗體對(duì)每個(gè)靶標(biāo)有特異性。還可使用對(duì)特定蛋白質(zhì)靶標(biāo)有特異性的其它配體，例如公開于WO/2008/048970的合成抗體，其通過引用以其整體結(jié)合到本文中?？蓮碾幕蛐》肿拥碾S機(jī)文庫中選擇具有所需結(jié)合特異性的其它化合物。美國專利號(hào)5,922,615(其通過引用以其整體結(jié)合到本文中)描述了使用膜上的固定化膜的多個(gè)分立區(qū)帶以檢測(cè)陣列中的多種靶抗原的裝置。可使用微量滴定板或自動(dòng)化以利于大量不同蛋白質(zhì)的檢測(cè)。免疫測(cè)定法的一個(gè)類型，稱為核酸檢測(cè)免疫測(cè)定法(NADIA)，將免疫測(cè)定法的蛋白質(zhì)抗原檢測(cè)的特異性與聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)的靈敏度和精確度結(jié)合。這種增強(qiáng)的DNA-免疫測(cè)定方法與酶免疫測(cè)定法的類似，包括抗體結(jié)合反應(yīng)和中間洗滌步驟，只是酶標(biāo)記被DNA的鏈置換，且采用擴(kuò)增技術(shù)(例如PCR)通過擴(kuò)增反應(yīng)檢驗(yàn)。示例性NADIA技術(shù)描述于美國專利號(hào)5,665,539和公開的美國申請(qǐng)2008/0131883，其兩個(gè)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。簡單地說，NADIA使用對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)有特異性和用試驗(yàn)特異性核酸標(biāo)記的第一(報(bào)道)抗體。核酸的存在不干擾抗體的結(jié)合，抗體也不干擾核酸擴(kuò)增和檢測(cè)。通常，把對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)上的不同表位有特異性的第二(俘獲)抗體包被在固相(例如順磁粒子)上。使報(bào)道抗體/核酸綴合物在微量滴定板中與樣品反應(yīng)，以與靶抗原形成第一免疫復(fù)合物。然后將免疫復(fù)合物俘獲在用俘獲抗體包被的固相粒子上，形成不溶性夾心免疫復(fù)合物。洗滌微粒子以除去過量的未結(jié)合的報(bào)道抗體/核酸綴合物。然后通過使懸浮粒子進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)(例如PCR)并監(jiān)測(cè)擴(kuò)增的核酸產(chǎn)物，來檢測(cè)結(jié)合的核酸標(biāo)記。雖然免疫測(cè)定法通常已被用于蛋白質(zhì)的鑒定和量化，但是質(zhì)譜學(xué)(MS)技術(shù)的最新發(fā)展導(dǎo)致靈敏的高通量MS蛋白質(zhì)分析的研發(fā)。MS方法可用來檢測(cè)復(fù)雜生物樣品中的低濃度的蛋白質(zhì)。例如可在MS分析之前使生物樣品分級(jí)來進(jìn)行定向MS。用于進(jìn)行MS分析前的這類分級(jí)的常見技術(shù)包括二維電泳、液相色譜法和毛細(xì)管電泳[25]，所述參考文獻(xiàn)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。還出現(xiàn)選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(SRM)，亦稱多反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)，作為有用的高通量基于MS的技術(shù)用于定量測(cè)定復(fù)雜生物樣品中的靶定蛋白質(zhì)，包括由基因融合(例如TMPRSS2/ERG)編碼的前列腺癌生物標(biāo)志物[26，27]，所述參考文獻(xiàn)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。樣品本申請(qǐng)所述方法包括分析細(xì)胞(包括前列腺細(xì)胞)中的ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排或PTEN基因。這些前列腺細(xì)胞存在于生物樣品中，例如前列腺組織、血液、血清、血漿、尿液、唾液或前列腺液?？稍跈z測(cè)基因表達(dá)之前，從細(xì)胞中分離核酸或多肽。在一個(gè)實(shí)施方案中，生物樣品包含前列腺組織并通過活組織檢查(例如直腸或經(jīng)會(huì)陰活檢)獲得。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生物樣品是尿液。尿液樣品可在直腸指檢(DRE)或前列腺活檢后收集。在另一個(gè)實(shí)施方案中，樣品是血液、血清或血漿，并含有從原發(fā)性腫瘤剝離的循環(huán)腫瘤細(xì)胞。樣品還可含有腫瘤來源的外來體。外來體是小的(通常30-100nm)膜結(jié)合顆粒，它從正常細(xì)胞、患病細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞中釋放，并存在于血液和其它體液中。本申請(qǐng)公開的方法可與從多種哺乳動(dòng)物收集的樣品，但優(yōu)選與從人類受試者獲得的樣品一起使用。前列腺癌本申請(qǐng)公開了與前列腺癌有關(guān)的ZBTB20和LSAMP基因之間的某些染色體重排。生物樣品ZBTB20/LSAMP基因組重排的檢出可用于鑒定樣品中癌細(xì)胞，例如前列腺癌細(xì)胞，或測(cè)量前列腺癌的嚴(yán)重程度或侵襲性，例如區(qū)分高度分化的前列腺(WD)癌和分化差的(PD)前列腺癌和/或鑒定在前列腺切除術(shù)后轉(zhuǎn)移或復(fù)發(fā)或在前列腺切除術(shù)后更可能轉(zhuǎn)移或復(fù)發(fā)的前列腺癌。本申請(qǐng)還公開了在高加索血統(tǒng)受試者中占優(yōu)勢(shì)地發(fā)生的腫瘤抑制物基因PTEN的缺失，即使不是專有的話。相反地，PTEN缺失是在非洲血統(tǒng)受試者(AD)前列腺癌中的稀有事件，特別是AD受試者Gleason6-7前列腺癌。值得注意的是，Gleason6-7(亦稱主要模式3)CaP表示PSA篩查患者群中最常診斷的CaP形式。當(dāng)在活檢中發(fā)現(xiàn)前列腺癌時(shí)，通常進(jìn)行分級(jí)以估計(jì)它將如何快地生長和擴(kuò)散。最常用的前列腺癌分級(jí)系統(tǒng)，稱為Gleason分級(jí)，根據(jù)其在顯微鏡下觀察到的形式，以1-5的標(biāo)度評(píng)價(jià)前列腺癌細(xì)胞。仍像健康前列腺細(xì)胞的癌細(xì)胞具有邊界清晰可辨的均一形式，并被視為高度分化的(Gleason1和2級(jí))。癌細(xì)胞越接近地類似于前列腺組織，細(xì)胞將越像正常前列腺組織運(yùn)行，且癌越少侵襲性。Gleason3級(jí)，最常見的等級(jí)，顯示中等分化的細(xì)胞，也就是說仍有些高度分化，但是邊界不清晰可辨。分化差的癌細(xì)胞具有邊界分辨不清的隨機(jī)形式，并且不再像前列腺組織(Gleason4和5級(jí))，表明更大侵襲性的癌。前列腺癌常常具有不同等級(jí)的區(qū)域。通過將腫瘤內(nèi)的2種最常見的癌細(xì)胞形式的等級(jí)相加求出綜合Gleason評(píng)分。例如，如果最常見的形式是4級(jí)，次最常見的形式是3級(jí)，則綜合Gleason評(píng)分為4+3=7。如果腫瘤內(nèi)只有一種形式，則綜合Gleason評(píng)分可低至1+1=2或高達(dá)5+5=10。2-4的綜合評(píng)分被視為高度分化的，5-6的評(píng)分被視為中等分化的，7-10的評(píng)分被視為分化差。有高Gleason評(píng)分的癌癥在發(fā)現(xiàn)時(shí)很可能已擴(kuò)散到前列腺以外(已轉(zhuǎn)移)。一般而言，Gleason評(píng)分越低，癌癥侵襲性越小且預(yù)后越好(展望治愈或長期生存)。Gleason評(píng)分越高，癌癥侵襲性越大且長期無轉(zhuǎn)移生存的預(yù)后越差?；颊咧委煴旧暾?qǐng)描述了診斷和預(yù)測(cè)獲自受試者的樣品中的前列腺癌的方法，其中分析了前列腺細(xì)胞和/或組織中的基因表達(dá)。如果樣品顯示ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的表達(dá)，則受試者患有前列腺癌或前列腺癌的更晚期/攻擊形式(例如PD前列腺癌)的可能性加大。如果是這樣的結(jié)果的話，檢測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌的方法可包括下列步驟的一個(gè)或多個(gè)：知會(huì)患者他們可能患有前列腺癌或PD前列腺癌；進(jìn)行前列腺組織的證實(shí)性組織學(xué)檢查；和/或?qū)κ茉囌哌M(jìn)行治療。因此，在某些方面，如果檢測(cè)步驟表明受試者的前列腺細(xì)胞具有ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排，則該方法進(jìn)一步包括從受試者中采取前列腺活檢和在活檢(例如組織學(xué)檢查)中檢查前列腺組織以證實(shí)患者是否患有前列腺癌或侵襲形式的前列腺癌的步驟?；蛘?，檢測(cè)或預(yù)測(cè)前列腺癌的方法可用來評(píng)價(jià)對(duì)治療的需要或監(jiān)測(cè)對(duì)治療的反應(yīng)(例如手術(shù)或其它療法后的無病復(fù)發(fā))，并因此可包括治療患有前列腺癌的受試者的額外步驟。前列腺癌治療選擇包括手術(shù)、放射療法、激素療法、化學(xué)療法、生物療法或高強(qiáng)度聚焦超聲。獲準(zhǔn)用于前列腺癌的藥物包括：醋酸阿比特龍、卡巴他賽(Cabazitaxel)、地加瑞克、Enzalutamide(XTANDI)、Jevtana(卡巴他賽)、潑尼松、Provenge(西普魯塞T)、西普魯塞T或多西他賽。因此在陽性結(jié)果之后，本申請(qǐng)所述方法可進(jìn)一步包括手術(shù)、放射療法、激素療法、化學(xué)療法、生物療法或高強(qiáng)度聚焦超聲的步驟。計(jì)算機(jī)執(zhí)行模型按照本發(fā)明的所有方面和實(shí)施方案，所提供的方法可為計(jì)算機(jī)執(zhí)行的。可在數(shù)字計(jì)算機(jī)中分析ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排或PTEN基因的狀況并與受試者的狀況(例如前列腺癌的存在或疾病的嚴(yán)重程度(例如WD或PD前列腺癌))相關(guān)聯(lián)。任選所述計(jì)算機(jī)接收與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的表達(dá)或PTEN基因的缺失有關(guān)的實(shí)驗(yàn)測(cè)定信號(hào)的掃描儀等直接連接?；蛘撸赏ㄟ^其它方法輸入表達(dá)水平?？蓪?duì)計(jì)算機(jī)編程以將原始信號(hào)轉(zhuǎn)化成表達(dá)水平(絕對(duì)或相對(duì))，將測(cè)量表達(dá)水平與一個(gè)或多個(gè)參比表達(dá)水平或這類值的標(biāo)度進(jìn)行比較。還可根據(jù)與一個(gè)或多個(gè)參比表達(dá)水平的比較對(duì)計(jì)算機(jī)編程以以對(duì)表達(dá)水平賦值或指定其它標(biāo)識(shí)，并匯集表達(dá)譜中多個(gè)基因的所述值或標(biāo)識(shí)。還可對(duì)計(jì)算機(jī)編程以輸出提供表示前列腺癌的存在或嚴(yán)重程度的值或其它標(biāo)識(shí)以及用于確定所述值或標(biāo)識(shí)的任何原始或中間數(shù)據(jù)。一臺(tái)典型的計(jì)算機(jī)(參見美國專利號(hào)6,785,613；圖4和5)包括使以下主要子系統(tǒng)互連的總線：例如中央處理器、系統(tǒng)存儲(chǔ)器、輸入/輸出控制器、外部設(shè)備例如經(jīng)由并行端口打印機(jī)、經(jīng)由顯示適配器的顯示屏、串行端口、鍵盤、固定磁盤驅(qū)動(dòng)器和有效接收外部存儲(chǔ)設(shè)備的端口(例如USB端口)?？蛇B接許多其它設(shè)置，例如經(jīng)由I/O控制器的掃描儀、與串行端口或網(wǎng)絡(luò)接口連接的鼠標(biāo)。計(jì)算機(jī)含有保存允許計(jì)算機(jī)執(zhí)行多種功能的代碼的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)。這些功能包括上述接收輸入和發(fā)送輸出的控制自動(dòng)化設(shè)備。自動(dòng)化設(shè)備可包括用于遞送測(cè)定表達(dá)水平的試劑的機(jī)器臂以及小容器，例如用于進(jìn)行表達(dá)分析的微量滴定板孔。一臺(tái)典型的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)106還可包括與在圖3中給出且上文論述的操作系統(tǒng)控制下或與操作系統(tǒng)聯(lián)合操作的隨機(jī)存儲(chǔ)器連接的一個(gè)或多個(gè)處理器110。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法的任一種可包括通過至少1個(gè)處理器獲取反映生物樣品是否含有ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排或PTEN基因的缺失的信息的步驟。在一個(gè)實(shí)施方案中，生物樣品獲自非洲血統(tǒng)的受試者。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生物樣品獲自受試者，其中受試者的前列腺癌不表達(dá)TMPRSS2/ERG基因融合。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法的任一種可進(jìn)一步包括通過至少1個(gè)處理器獲得反映獲自非洲血統(tǒng)患者的生物樣品中下列人基因的至少2、3、4、5、6或7個(gè)的表達(dá)水平的信息的步驟：COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1。在本發(fā)明的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法的另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可進(jìn)一步包括以用戶可讀格式輸出在獲取步驟中獲得的信息的步驟。在本發(fā)明的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法的另一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可進(jìn)一步包括以用戶可讀格式輸出根據(jù)輸出步驟傳送的信息對(duì)受試者患有前列腺癌或分化差的前列腺癌的測(cè)定結(jié)果。組合物和試劑盒可在組合物或試劑盒中安排用于本申請(qǐng)所述方法的多核苷酸探針和/或引物或抗體或多肽探針。因此，一個(gè)實(shí)施方案涉及用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物，其包含用于檢出ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的多核苷酸探針。在某些實(shí)施方案中，在基因組重排包含ZBTB20和LSAMP基因之間的融合時(shí)，例如ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子3*或外顯子4之間的融合，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自ZBTB20基因的第一部分(例如外顯子1的全部或一部分，這包括E1、E1A、E1B或E1C)和來自LSAMP基因的第二部分(例如外顯子3*或外顯子4的全部或一部分)。本文所述多核苷酸探針可以任選被標(biāo)記。在一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物包含多核苷酸探針，其中多核苷酸探針被設(shè)計(jì)來檢測(cè)具有來自ZBTB20基因的第一部分(例如外顯子1的全部或一部分，這包括E1、E1A、E1B或E1C)和來自LSAMP基因的第二部分(例如外顯子3*或外顯子4的全部或一部分)的基因組DNA的染色體重排。在一個(gè)實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與包含SEQIDNO:1的核苷酸序列的染色體重排雜交。在另一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物包含多核苷酸探針，其中多核苷酸探針被設(shè)計(jì)來檢測(cè)具有來自ZBTB20基因的第一核酸部分和來自LSAMP基因的第二核酸部分的嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物。在一個(gè)實(shí)施方案中，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物包含ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子4之間的融合。例如，在某些實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與具有SEQIDNO:4、SEQIDNO:32、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38或SEQIDNO:40的核苷酸序列的嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物雜交。在另一個(gè)實(shí)施方案中，嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物包含ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子3*之間的融合。例如，在某些實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與具有SEQIDNO:33、SEQIDNO:39或SEQIDNO:41的核苷酸序列的嵌合mRNA或cDNA轉(zhuǎn)錄物雜交。在另外又一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物包含多核苷酸探針，其中多核苷酸探針被設(shè)計(jì)來檢測(cè)染色體3q13區(qū)域的缺失，其中該缺失跨越ZBTB20和LSAMP基因。在其它實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP基因的外顯子3*(SEQIDNO:45)或嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分。在另外其它的實(shí)施方案中，多核苷酸探針在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP基因的外顯子0*(SEQIDNO:47)或嵌合核酸的連接處雜交，其中嵌合核酸包含來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分。用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物還可包含引物。在一個(gè)實(shí)施方案中，其中基因組重排包含ZBTB20和LSAMP基因之間的基因融合，例如ZBTB20基因的外顯子1(例如E1、E1A、E1B或E1C)和LSAMP基因的外顯子3*或外顯子4之間的融合，組合物包含用于擴(kuò)增ZBTB20/LSAMP基因融合的引物，具體地說用于擴(kuò)增來自跨越來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分(例如外顯子1的全部或一部分，這包括E1、E1A、E1B或E1C)和來自LSAMP基因的基因融合的第二部分(例如外顯子3*或外顯子4的全部或一部分)之間的連接處的基因融合的核苷酸序列的引物。這樣，引物可用于特異性地鑒定ZBTB20和LSAMP基因之間的基因融合。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物含有包含在高嚴(yán)格性條件下與來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分(例如外顯子1的全部或一部分，這包括E1、E1A、E1B或E1C)雜交的序列的第一多核苷酸引物；和包含在高嚴(yán)格性條件下與來自LSAMP基因的基因融合的第二部分(例如外顯子3*或外顯子4的全部或一部分)雜交的序列的第二多核苷酸引物，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增來自跨越來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分和來自LSAMP基因的基因融合的第二部分之間的連接處的基因融合的核苷酸序列。在某些實(shí)施方案中，組合物包含第一和第二多核苷酸引物用于擴(kuò)增ZBTB20基因和LSAMP基因之間的基因融合，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增跨越來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分和來自LSAMP基因的基因融合的第二部分之間的連接處的SEQIDNO:32-41或其部分的一個(gè)或多個(gè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，來自LSAMP基因的基因融合的第一部分包含SEQIDNO:2的核苷酸序列，來自ZBTB20基因的基因融合的第二部分包含SEQIDNO:3的核苷酸序列。在另一個(gè)實(shí)施方案中，來自ZBTB20基因的基因融合的第一部分包含SEQIDNO:5的核苷酸序列，來自LSAMP基因的基因融合的第二部分包含SEQIDNO:6的核苷酸序列。在另外又一個(gè)實(shí)施方案中，第一多核苷酸引物包含SEQIDNO:7的核苷酸序列，第二多核苷酸引物包含SEQIDNO:8的核苷酸序列。外顯子3*(SEQIDNO:45)來自之前未被詮釋且現(xiàn)不存在于產(chǎn)生于ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的融合轉(zhuǎn)錄物中的LSAMP基因座的一個(gè)新的外顯子序列。因此，擴(kuò)增對(duì)應(yīng)于其它基因中不存在的外顯子3*的區(qū)域的mRNA/cDNA序列提供用于檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的又一個(gè)機(jī)制。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物含有包含在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP的外顯子3*的第一部分雜交的序列的第一多核苷酸引物和包含在高嚴(yán)格性條件下與同LSAMP的外顯子3*的第二部分互補(bǔ)的序列雜交的序列的第二多核苷酸引物，其中LSAMP的外顯子3*的第一和第二部分不重疊，且其中多核苷酸引物能夠擴(kuò)增對(duì)3*外顯子是特有的且不存在于其它基因序列的LSAMP的外顯子3*內(nèi)的核苷酸序列，并因此可用于明確鑒定出來自LSAMP的外顯子3*的擴(kuò)增序列。在其它實(shí)施方案中，第二多核苷酸引物在高嚴(yán)格性條件下與同LSAMP的外顯子4內(nèi)的區(qū)域互補(bǔ)的序列雜交，使得引物對(duì)產(chǎn)生跨越LSAMP的外顯子3*和外顯子4之間的連接處的擴(kuò)增產(chǎn)物。第二引物還可與同LSAMP的外顯子5、6或7互補(bǔ)的序列雜交。外顯子0*(SEQIDNO:47)表示之前未被詮釋且在具有ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的患者的可變剪接的轉(zhuǎn)錄物中鑒定出的LSAMP基因座的一個(gè)新的外顯子序列。因此，擴(kuò)增對(duì)應(yīng)于其它基因中不存在的外顯子0*的區(qū)域的mRNA/cDNA序列提供用于檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排的又一個(gè)機(jī)制。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物含有包含在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP的外顯子0*的第一部分雜交的序列的第一多核苷酸引物和包含在高嚴(yán)格性條件下與同LSAMP的外顯子0*的第二部分互補(bǔ)的序列雜交的序列的第二多核苷酸引物，其中LSAMP的外顯子0*的第一和第二部分不重疊，且其中多核苷酸引物能夠擴(kuò)增對(duì)0*外顯子是特有的且不存在于其它基因序列中的LSAMP的外顯子0*內(nèi)的核苷酸序列，并因此可用于明確鑒定外顯子0*的擴(kuò)增序列為來自LSAMP。在其它實(shí)施方案中，第二多核苷酸引物在高嚴(yán)格性條件下與同與LSAMP的外顯子1內(nèi)的區(qū)域互補(bǔ)的序列雜交，使得引物對(duì)產(chǎn)生跨越LSAMP的外顯子0*和外顯子1之間的連接處的擴(kuò)增產(chǎn)物。第二引物還可與同LSAMP的外顯子2、3或4內(nèi)的區(qū)域互補(bǔ)的序列雜交。在另一個(gè)實(shí)施方案中，其中基因組重排包含染色體3q13區(qū)域處的缺失，其中缺失跨越兩個(gè)ZBTB20和LSAMP基因，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的組合物包含用于擴(kuò)增通過缺失產(chǎn)生的嵌合連接處的引物。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物含有包含在高嚴(yán)格性條件下與接近缺失的5’端的第一核酸雜交的序列的第一多核苷酸引物和包含在高嚴(yán)格性條件下與接近缺失的3’端的第二核酸雜交的序列的第二多核苷酸引物，其中第一和第二多核苷酸引物能夠擴(kuò)增跨越通過缺失產(chǎn)生的嵌合連接處的核苷酸序列，其中缺失發(fā)生在染色體3q13區(qū)域并跨越ZBTB20和LSAMP基因。另一方面涉及雙鏈寡核苷酸雙鏈體，其中寡核苷酸雙鏈體包含與第二核酸雜交的第一核酸，其中第一核酸包含與來自LSAMP基因的第二部分融合的來自ZBTB20基因的第一部分，且其中第二核酸是與來自ZBTB20基因的第一部分和來自LSAMP基因的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，寡核苷酸雙鏈體包含與第二核酸雜交的第一核酸，其中第一核酸包含與來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分融合的來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分，且其中第二核酸是與來自LSAMP基因的外顯子3*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。在另外又一個(gè)實(shí)施方案中，寡核苷酸雙鏈體包含與第二核酸雜交的第一核酸，其中第一核酸包含與來自LSAMP基因的外顯子1的第二部分融合的來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分，且其中第二核酸是與來自LSAMP基因的外顯子0*的第一部分和來自LSAMP基因的外顯子4的第二部分之間的連接處雜交的多核苷酸探針。多核苷酸探針被任選標(biāo)記。另一方面涉及用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒。在一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒含有包含用于檢測(cè)上述ZBTB20/LSAMP基因組重排的一種或多種多核苷酸探針和/或引物的第一組合物和包含在高嚴(yán)格性條件下與選自COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1的基因雜交的多核苷酸探針的第二組合物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒含有包含用于檢測(cè)上述ZBTB20/LSAMP基因組重排的一種或多種多核苷酸探針和/或引物的第一組合物和包含在高嚴(yán)格性條件下與選自ERG、AMACR、PCA3和PSA的基因雜交的多核苷酸探針的第二組合物。用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒還可包含抗體。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒包含與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的抗體。抗體可以任選被標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，試劑盒另包含一種或多種抗體用于檢測(cè)由下列人基因編碼的多肽的至少1、2、3、4、5、6或7種：COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1。在另一個(gè)實(shí)施方案中，試劑盒另包含一種或多種抗體用于檢測(cè)ERG、AMACR或PSA。在一個(gè)實(shí)施方案中，用于診斷或預(yù)測(cè)前列腺癌的試劑盒包括公開了在所公開的方法中使用試劑盒內(nèi)容物的方法的說明資料。說明資料可以許多形式提供，包括但不限于書面形式(例如硬拷貝紙等)、以電子形式(例如計(jì)算機(jī)磁盤或光盤)提供或可以是可視的(例如可視文件)。試劑盒還可包括有利于試劑盒針對(duì)其而設(shè)計(jì)的特殊應(yīng)用的部件。因此，例如，試劑盒可另外包括常規(guī)用于實(shí)施特定方法的其它試劑，包括但不限于緩沖液、酶(例如聚合酶)、標(biāo)記化合物等。所述試劑盒和合適的內(nèi)容物為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知。試劑盒還可包括參比或?qū)φ諛悠贰⒈然驅(qū)φ諛悠房梢允巧飿悠坊驍?shù)據(jù)庫。描述于本申請(qǐng)的多核苷酸探針和抗體任選用可檢測(cè)標(biāo)記進(jìn)行標(biāo)記。可以使用與本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的探針或抗體技術(shù)聯(lián)用的任何可檢測(cè)標(biāo)記。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，探針用選自以下的可檢測(cè)標(biāo)記進(jìn)行標(biāo)記：熒光標(biāo)記、化學(xué)發(fā)光標(biāo)記、猝滅劑、放射性標(biāo)記、生物素、質(zhì)量標(biāo)簽和/或金。與嵌合ZBTB20/LSAMP融合蛋白結(jié)合的抗體本公開內(nèi)容提供與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的蛋白質(zhì)結(jié)合的抗體。抗體，亦稱免疫球蛋白，通常是由各約25kDa的2條輕(L)鏈和各約50kDa的2條重(H)鏈組成的四聚糖基化蛋白質(zhì)。2個(gè)類型的輕鏈，稱為λ和κ，可存在于抗體中。根據(jù)重鏈的恒定結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列，免疫球蛋白可指定為5個(gè)主要類別：A、D、E、G和M，且這些中的幾個(gè)可進(jìn)一步分成亞類(同種型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。各輕鏈包括N端可變(V)結(jié)構(gòu)域(VL)和恒定(C)結(jié)構(gòu)域(CL)。各重鏈包括N端V結(jié)構(gòu)域(VH)、3個(gè)或4個(gè)C結(jié)構(gòu)域(CH)和鉸鏈區(qū)。最接近VH的CH結(jié)構(gòu)域被命名為CH1。VH和VL結(jié)構(gòu)域由相對(duì)保守序列的4區(qū)稱為構(gòu)架區(qū)(FR1、FR2、FR3和FR4)組成，其形成超變序列(互補(bǔ)決定區(qū)，CDR)的3個(gè)區(qū)域的支架。CDR含有負(fù)責(zé)抗體與抗原特異性相互作用的大部分殘基。CDR被稱為CDR1、CDR2和CDR3。因此，重鏈上的CDR組分被稱為H1、H2和H3，而輕鏈上的CDR組分稱為L1、L2和L3。構(gòu)架和CDR殘基的鑒定和編號(hào)描述于Chothia等,Structuraldeterminantsinthesequencesofimmunoglobulinvariabledomain(免疫球蛋白可變結(jié)構(gòu)域序列中的結(jié)構(gòu)決定簇),JMolBiol1998,278:457-79，其通過引用以其整體結(jié)合到本文中。在一個(gè)實(shí)施方案中，由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的蛋白質(zhì)是截短的LSAMP蛋白。在某些實(shí)施方案中，與截短的LSAMP蛋白結(jié)合的抗體與存在于截短的LSAMP蛋白中但不存在于野生型LSAMP蛋白中的表位結(jié)合。在一個(gè)實(shí)施方案中，抗體與由ZBTB20基因的外顯子1和LSAMP基因的外顯子4之間的基因融合編碼的嵌合多肽結(jié)合。在某些實(shí)施方案中，與由ZBTB20基因的外顯子1和LSAMP基因的外顯子4之間的基因融合編碼的嵌合多肽結(jié)合的抗體與由不存在于野生型ZBTB20或野生型LSAMP蛋白中的基因融合編碼的多肽中存在的表位結(jié)合。在另一個(gè)實(shí)施方案中，基因融合包含SEQIDNO:4的核苷酸序列。制備抗體或其抗原結(jié)合片段和配制所述抗體或其抗原結(jié)合片段用于治療性給予的方法是眾所周知的，描述于例如PCT/US2010/032714，其通過引用以其整體結(jié)合到本文中。與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的本文所述抗體可用于多種研究和醫(yī)學(xué)應(yīng)用。一方面，本公開內(nèi)容提供治療受試者的前列腺癌的方法，所述方法包括給予所述受試者治療有效量的在藥學(xué)上可接受的載體中配制的與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的抗體。本公開內(nèi)容還提供包含與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的抗體的組合物。在某些實(shí)施方案中，組合物適于藥物應(yīng)用和給予患者。這些組合物包含與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的抗體和藥學(xué)上可接受的賦形劑。組合物還可含有提供補(bǔ)充、額外或加強(qiáng)的治療功能的其它活性化合物。藥物組合物還可與給藥說明書一起包括在容器、包裝或分配器中。在一個(gè)實(shí)施方案中，組合物包含與由ZBTB20/LSAMP基因融合編碼的多肽結(jié)合的單克隆抗體用于治療前列腺癌。將本發(fā)明的藥物組合物配制成與其既定給藥途徑相容。實(shí)現(xiàn)給藥的方法為本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所知。這包括例如通過例如靜脈內(nèi)、血管內(nèi)、動(dòng)脈內(nèi)、皮下、肌內(nèi)、腫瘤內(nèi)、腹膜內(nèi)、心室內(nèi)、硬膜內(nèi)等胃腸外途徑注射或其它途徑以及口服、經(jīng)鼻、經(jīng)眼、直腸或局部。還明確考慮了通過例如長效注射劑或易蝕植入劑等方法的緩釋給藥。特別考慮了通過例如導(dǎo)管遞送到一個(gè)或多個(gè)動(dòng)脈(例如供應(yīng)局部性腫瘤的腎動(dòng)脈或血管)的方法的局部遞送?？赏ㄟ^標(biāo)準(zhǔn)藥學(xué)方法測(cè)定細(xì)胞培養(yǎng)物或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物中組合物的毒性和治療功效，例如測(cè)定LD50(50%群體的致死劑量)和ED50(50%群體中的治療有效劑量)。毒性和治療作用間的劑量比為治療指數(shù)，可表示為LD50/ED50比。顯示大的治療指數(shù)的抗體可為較少毒性和/或較大治療有效性。除非另有定義，否則本文所用的全部技術(shù)和科學(xué)術(shù)語都具有本領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解的相同含義。雖然類似或等同于本文所述的方法和材料可用于實(shí)施或測(cè)試本發(fā)明，但下面描述了合適的方法和材料。萬一有抵觸，則以本說明書(包括定義)為準(zhǔn)。另外，材料、方法和實(shí)施例只是說明性的，并無意是限制性的。實(shí)施例實(shí)施例1.比較基因組DNA分析在7名AA和7名CACaP患者(28個(gè)樣本)的組群中，使用原發(fā)性前列腺腫瘤和相應(yīng)的正常組織(血液)進(jìn)行了比較全基因組分析。根據(jù)以下標(biāo)準(zhǔn)選擇組群：基本治療根治性前列腺切除術(shù)、無新輔助治療、Gleason6-7(即，主要模式3或Gleason3+3和3+4級(jí)，這表示在診斷/基本治療時(shí)PSA篩查的CaP的大部分)，具有80%或更高腫瘤細(xì)胞內(nèi)容物的冷凍腫瘤組織，得到超過2μg高分子量基因組DNA的解剖腫瘤組織，相應(yīng)血液基因組DNA的可得性和患者臨床病理數(shù)據(jù)。將28個(gè)樣品送往IlluminaInc.(UK)以測(cè)序。應(yīng)用Illumina的ELAND比對(duì)算法，對(duì)來自腫瘤樣品的序列與參比基因組作圖。測(cè)序報(bào)告良好的覆蓋度(平均37)。應(yīng)用Strelka算法，同時(shí)進(jìn)行調(diào)用單核苷酸多態(tài)性(SNP)、小插入與小缺失(InDel)、拷貝數(shù)變異(CNV)和結(jié)構(gòu)變異(SV)的變體。在該組群中，以預(yù)期頻率鑒定出所有已建立的CaP突變(TMPRSS2/ERG、SPOP、CHD1和PTEN)。表2提供14名患者的基因組序列覆蓋度概要。表2在14名患者的至少2名中鑒定出具有SNP、CNV或InDel體細(xì)胞突變的31個(gè)基因(包括已知突變)：AC091435.2、APC、ASMTL、ASMTL-AS1、CDC73、CHD1、CSF2RA、EYS、FRG1、FRG1B、HK2、IL3RA、KLLN、LIPF、LOC100293744、MT-ATP6、MT-BD4、MT-CO1、MT-CYB、MT-ND2、MT-ND3、MUC16、MUC6、NOX3、PDHA2、PTEN、SLC25A6、SLC9B1、SPOP、TRAV20和USH2A。表3給出14名患者的至少2人中存在的最前面的SV和CNV(最高的置信度)：表3在表3中，“評(píng)分”是各患者對(duì)于SV最高5或?qū)τ贑NV最高4的各評(píng)分的總和(14名患者的理論最高評(píng)分對(duì)于SV為14x5=70，或?qū)τ贑NV為14x4=56)。對(duì)于SV指定1、4或5的評(píng)分(其中5意指SV受RNA數(shù)據(jù)支持，4意指含剪接讀取(spliceread)的SV，如果無剪接讀取或無法獲得RNA數(shù)據(jù)則為1)，而對(duì)于CNV指定2或4的評(píng)分(如果通過一種算法預(yù)測(cè)則為2，如果通過一個(gè)以上算法預(yù)測(cè)則為4)。某些SNV、CNV或InDel體細(xì)胞突變顯示與特定人種群優(yōu)選關(guān)聯(lián)(AD(非洲血統(tǒng))、CD(高加索血統(tǒng))、AD>CD或CD>AD)。具體地說，未料到AA患者中不存在PTEN缺失。在7名CD的4個(gè)中檢出PTEN缺失，表明CD病例中PTEN缺失的潛在排外性。實(shí)施例2.根據(jù)種族性的ZBTB20/LSAMP和PTEN遺傳變異的分層在14名患者的這個(gè)組群中鑒定出已確立的前列腺癌基因組缺陷(TMPRSS2/ERG，PTEN)以及影響染色體3q13上的ZBTB20/LSAMP基因座的一種新的反復(fù)重排。通過RT-PCR或FISH分析證實(shí)了所有3個(gè)(ZBTB20/LSAMP(GP10)、TMPRSS2/ERG(GP1-14)和PTEN(GP1-14))。表4+表示存在；-表明不存在在AD患者的任一個(gè)中未觀察到PTEN缺失(0/7)。只在CD患者中檢出(4/7)，表明PTEN丟失是AD男性CaP發(fā)生的稀有事件。與PTEN缺失有關(guān)的ERG(通過與雄激素調(diào)節(jié)基因(例如TMPRSS2)的基因融合)的激活在AD的CaP患者中也不太常見[20]。當(dāng)與其它結(jié)構(gòu)(SV)或拷貝數(shù)(CNV)變異相比時(shí)，所觀察到的PTEN缺失與CD種族性的關(guān)聯(lián)是明顯的，并且只與ERG重排類似(參見上表3)。在7名AD和7名CD的整個(gè)封固前列腺的連續(xù)切片中在同一腫瘤病灶中通過FISH測(cè)定法獨(dú)立證實(shí)了通過全基因組測(cè)序鑒定的PTEN缺失。圖4A。為了證實(shí)這些研究結(jié)果，在表示Gleason6、Gleason7或Gleason8-10腫瘤的41個(gè)AD和58個(gè)CD病例的組織微陣列(TMA)中，通過FISH測(cè)定法評(píng)價(jià)了PTEN缺失。TMA中提供包括來自各病例的不同腫瘤病灶的多個(gè)樣品。檢查了TMA中的所有核心，當(dāng)與CD(62.1)病例相比時(shí)，在AD(19.5%)中觀察到顯著較低的PTEN缺失的總頻率(表5A)。與標(biāo)明的來自ADCaP的Gleason6-7腫瘤的全基因組序列的PTEN缺失的低頻率一致，在15個(gè)Gleason合計(jì)6的僅1人(6.7%)和15個(gè)Gleason合計(jì)7的AD病例中的僅4人(27%)中發(fā)現(xiàn)PTEN缺失(表5B)。這與在19個(gè)Gleason合計(jì)6的10個(gè)(52.6%)中和21個(gè)Gleason合計(jì)7CDCaP的14個(gè)(66.7%)中發(fā)現(xiàn)的PTEN缺失頻率形成鮮明對(duì)比?？傊@些結(jié)果證實(shí)了PTEN丟失是AD的CaP中的稀有事件的研究結(jié)果。在CaP注意到的種族差異包括當(dāng)與亞洲男性相比時(shí)，CD中PTEN缺失的較高基因組頻率[34]。最新報(bào)告顯示與CDCaP患者相比，ADCaP患者中PTEN缺失頻率較低[35，36]。表5A表5B在患有ERG陰性CaP(即無ERG/TMPRSS2融合)的AD患者中，在4名患者的3人中觀察到ZBTB20-LSAMP染色體基因座(染色體3q13)的基因組重排。受影響的基因座的詳細(xì)分析和RNA-Seq數(shù)據(jù)顯示3q13基因座的3種不同的基因組重排。受影響的基因座的詳細(xì)分析和RNA-Seq數(shù)據(jù)表明在一個(gè)實(shí)例中，3q13基因座的基因組重排包括串聯(lián)重復(fù)，產(chǎn)生ZBTB20的外顯子1和LSAMP的外顯子4之間的融合。圖1和2。更準(zhǔn)確地說，基因組重排產(chǎn)生以下之間的融合：(a)具有以下序列的LSAMP基因的一部分：AGAGTCTCTTCTTTGGGTCTCTTCCACATAGCTTGTTTGTAATCTCCAAGAAAGACTTCACATTACAGGCTGAAAAGAATCACCTACGGTTTCCATATTTTGAAAGAAATTTTTAAAAACCATGAAAACAAACAAACAAAAATCCTAGTTTCCTTTATAAAATAGCAAAGGAAAGTTCTCTCTCCTGTCACCAGGAATATGATTATGATCAGTTGGTTATTTAGGTCACATGTGAAAGAAATGAAAGAGGAGGCATGGGAATGTAAGGGAGAATAGTAGTCTGCCCTCAAGTCTGCAAACG(SEQIDNO:2)；和(b)具有以下序列的ZBTB20基因的一部分：CTCGAGAACAGTGAGCAATAAATTTTTCTTTATACATTACCCAGTCTGTGGTATTCTGTTATGGCAACACAAAATAAACTAAGACAGTATTATGTATTTTTTCTTTTGTTTTACATTTTACTAAGTGCCGACTTATTCGAAAAGGTAATTAGCTTTGGTTAATTATCAAAGTTTTGTCTTTCCTTTCCTACTTTTGTCCCACTAAGCAAAAAACAAAACAATGAGCATTGACCTTTACCTTTCTCTGGTAAGGGAGTATGGAAGGTTTTCTACTACTTTGTAAAAATACTGCTACAGATGG(SEQIDNO:3)。當(dāng)組合時(shí)，在這一個(gè)實(shí)例中，ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排具有下列序列：CTCGAGAACAGTGAGCAATAAATTTTTCTTTATACATTACCCAGTCTGTGGTATTCTGTTATGGCAACACAAAATAAACTAAGACAGTATTATGTATTTTTTCTTTTGTTTTACATTTTACTAAGTGCCGACTTATTCGAAAAGGTAATTAGCTTTGGTTAATTATCAAAGTTTTGTCTTTCCTTTCCTACTTTTGTCCCACTAAGCAAAAAACAAAACAATGAGCATTGACCTTTACCTTTCTCTGGTAAGGGAGTATGGAAGGTTTTCTACTACTTTGTAAAAATACTGCTACAGATGGAGAGTCTCTTCTTTGGGTCTCTTCCACATAGCTTGTTTGTAATCTCCAAGAAAGACTTCACATTACAGGCTGAAAAGAATCACCTACGGTTTCCATATTTTGAAAGAAATTTTTAAAAACCATGAAAACAAACAAACAAAAATCCTAGTTTCCTTTATAAAATAGCAAAGGAAAGTTCTCTCTCCTGTCACCAGGAATATGATTATGATCAGTTGGTTATTTAGGTCACATGTGAAAGAAATGAAAGAGGAGGCATGGGAATGTAAGGGAGAATAGTAGTCTGCCCTCAAGTCTGCAAACG(SEQIDNO:1)產(chǎn)生于該基因組重排的ZBTB20/LSAMP基因融合的cDNA序列被鑒定為：CACAACATCAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAATATGAGTGCAAAGCTGCCAACGAGGTCTCCTCGGCGGATGTCAAACAAGTCAAGGTCACTGTGAACTATCCTCCCACTATCACAGAATCCAAGAGCAATGAAGCCACCACAGGACGACAAGCTTCACTCAAATGTGAGGCCTCGGCAGTGCCTGCACCTGACTTTGAGTGGTACCGGGATGACACTAGGATAAATAGTGCCAATGGCCTTGAGATTAAGAGCACGGAGGGCCAGTCTTCCCTGACGGTGACCAACGTCACTGAGGAGCACTACGGCAACTACACCTGTGTGGCTGCCAACAAGCTGGGGGTCACCAATGCCAGCCTAGTCCTTTTCAGACCTGGGTCGGTGAGAGGAATAAATGGATCCATCAGTCTGGCCGTACCACTGTGGCTGCTGGCAGCATCTCTGCTCTGCCTTCTCAGCAAATGTTAA(SEQIDNO:4)。在這個(gè)ZBTB20/LSAMP基因融合中，下列序列來源于ZBTB20的外顯子1：CACAACATCAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAG(SEQIDNO:5)，序列的其余部分(SEQIDNO:6)來源于LSAMP的外顯子4-7。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可設(shè)計(jì)引物用于擴(kuò)增這個(gè)ZBTB20/LSAMP基因融合。在一個(gè)實(shí)施方案中，正向引物包含SEQIDNO:5的核苷酸序列或與之互補(bǔ)的序列，反向引物包含SEQIDNO:6的核苷酸序列或與之互補(bǔ)的序列。下列示例性引物被設(shè)計(jì)成擴(kuò)增這個(gè)具體的ZBTB20/LSAMP基因融合：ZBTB20/LSAMP正向引物：GCAGGCAGTCATTACCACTC(SEQIDNO:7)ZBTB20/LSAMP反向引物：TGACTTGTTTGACATCCGCC(SEQIDNO:8)在另一個(gè)實(shí)例中，3q13基因座的基因組重排包括缺失，產(chǎn)生ZBTB20基因和LSAMP基因之間的融合。圖1。在第3個(gè)實(shí)例中，3q13基因座的基因組重排包括跨越ZBTB20和LSAMP基因兩者的至少22.7Mb的大的缺失。圖1。引人注目的是，具有染色體3q13重排的3名患者的2名發(fā)生了轉(zhuǎn)移(在該組群中唯一的2個(gè)轉(zhuǎn)移)，且第3名具有CaP的生化復(fù)發(fā)(在該組群中1/3)，表明了ZBTB20/LSAMP基因組重排與侵襲形式的前列腺癌或發(fā)生侵襲形式的前列腺癌的可能性加大有關(guān)。圖1。為了證實(shí)ZBTB20/LSAMP融合轉(zhuǎn)錄物與AA種族性、陰性ERG狀況和不利疾病結(jié)局的相關(guān)性，使用PCR和上述引物，對(duì)AA和CA血統(tǒng)的20個(gè)另外的CaP腫瘤和24個(gè)CaP腫瘤衍生細(xì)胞系進(jìn)行了評(píng)價(jià)。所分析的20個(gè)AA腫瘤樣品中，1個(gè)含有出現(xiàn)在GP10樣本中的相同的ZBTB20/LSAMP融合轉(zhuǎn)錄物。該患者患有ERG陰性、侵襲形式的前列腺癌(分化差且向轉(zhuǎn)移發(fā)展)。在34個(gè)正常樣品(20個(gè)正常前列腺組織樣本和來自7個(gè)CA和7個(gè)AA患者的組成型DNA)的mRNA或基因組DNA中未檢出ZBTB20/LSAMP基因組重排。在1個(gè)CaP細(xì)胞系(CPDRRC92)中檢出ZBTB20/LSAMP重排，該細(xì)胞系來源于患有分化差的前列腺癌的AD患者。在2個(gè)AD病例的腫瘤基因組中鑒定的ZBTB20-LSAMP缺失，用FISH測(cè)定法通過探測(cè)染色體3的基因組區(qū)(從ZBTB20啟動(dòng)子上游序列通過GAP43基因直到LSAMP基因座3’相鄰區(qū))得到證實(shí)，圖4B。AD病例之一帶有ZBTB20-LSAMP重復(fù)重排，預(yù)測(cè)了失活的ZBTB20的啟動(dòng)子和第一外顯子與LSAMP編碼序列之間的基因融合。通過界定5’融合配偶體、ZBTB20的第一外顯子、融合連接處和3’融合配偶體、LSAMP外顯子4的整個(gè)cDNA序列的5’-RACE方法，證實(shí)了該基因融合。融合轉(zhuǎn)錄物消除導(dǎo)致LSAMP蛋白的成熟前截短的LSAMP基因的天然翻譯起始(ATG)。為了證實(shí)研究結(jié)果，在代表Gleason6、Gleason7或Gleason8-10腫瘤的23個(gè)AD和7個(gè)CD病例中，通過用于檢測(cè)ZBTB20和LSAMP基因基因座之間的DNA區(qū)存在與否的FISH測(cè)定法，對(duì)組織微陣列(TMA)進(jìn)行了評(píng)價(jià)。在26%(6/23)的AD病例中檢出缺失，而在CD病例中僅在1/7(14%)中觀察到缺失(表6A)。在具有缺失的7個(gè)病例中，6個(gè)具有生化復(fù)發(fā)(表6B)。只在具有ZBTB20-LSAMP區(qū)域中的缺失的7名患者的2名中發(fā)現(xiàn)ERG表達(dá)重排。只在7例中的1例中發(fā)現(xiàn)PTEN缺失(表6B)。具有ZBTB20-LSAMP區(qū)域的缺失的7名患者中6人遭受生化復(fù)發(fā)(BCR)或轉(zhuǎn)移(Met)(表6B)。這些數(shù)據(jù)支持我們的最初發(fā)現(xiàn)，即在預(yù)后差(在前列腺切除術(shù)后生化復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移)的ADCaP患者中顯示顯著較高比例的ZBTB20-LSAMP區(qū)缺失的關(guān)聯(lián)性。表6AADCD缺失6(26.09%)1(14.29%)無缺失17(73.91%)6(85.71%)合計(jì)237表6B種族性ERGPTENBCR/MetAD陰性wt是AD陰性wt否AD陰性wt是AD陽性wt是/是AD陰性wt是AD陽性wt是CD陰性缺失是受影響的3q13基因座和RNA-Seq數(shù)據(jù)的評(píng)價(jià)表明1個(gè)ADERG陰性病例中的基因組重排包括產(chǎn)生5’-ZBTB20-LSAMP-3’融合轉(zhuǎn)錄物的串聯(lián)重復(fù)。還通過“cDNA末端快速擴(kuò)增”(RapidAmplificationofcDNAEnd，RACE)方法，對(duì)來自該ADERG陰性病例的5’-ZBTB20-LSAMP-3’融合轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行了評(píng)價(jià)。將RACE產(chǎn)物的序列克隆在M13測(cè)序載體中，并通過各RACEcDNA產(chǎn)物的6個(gè)克隆的正向和反向DNA測(cè)序來證實(shí)。鑒定出10個(gè)原型CaP相關(guān)的融合cDNA，分別為ZBTB20-LSAMP融合1-10型和LSAMP基因座的1個(gè)可變剪接cDNA(LSAMP前列腺癌可變剪接形式1型：LPCS1)。圖5。下面給出這些轉(zhuǎn)錄物的序列，用黑體文本表示來自ZBTB20基因的部分，下劃線表示在RACE方法中用作反向引物的序列。通用5’RACE序列在這些擴(kuò)增方法中用作正向引物。融合轉(zhuǎn)錄物的外顯子和LPCS1在正常文本和斜體文本之間交替。1型：ZBTB20-E1-LSAMP-E4-E5-E6-E7AGAGTACATGCGGCGGGGGGAAGTTTAGGAGTTGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAATATGAGTGCAAAGCTGCCAACGAGGTCTCCTCGGCGGATGTCAAACAAGTCAAGGTCACTGTGAACTATCCTCCCACTATCACAGAATCCAAGAGCAATGAAGCCACCACAGGACGACAAGCTTCACTCAAATGTGAGGCCTCGGCAGTGCCTGCACCTGACTTTGAGTGGTACCGGGATGACACTAGGATAAATAGTGCCAATGGCCTTGAGATTAAGAGCACGGAGGGCCAGTCTTCCCTGACGGTGACCAACGTCACTGAGGAGCACTACGGCAACTACACCTGTGTGGCTGCCAACAAGCTGGGGGTCACCAATGCCAGCCTAGTCCTTTTCAGACCTGGGTCGGTGAGAGGAATAAATGGATCCATCAGTCTGGCCGTACCACTGTGGCTGCTGGCAGCATCTCTGCTCTGCCTTCTCAGCAAATGTTAATAGAATAAAAATTTAAAAATAATTTAAAAAACACACAAAAATGTGTCACACAGAATACAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGGAGACCGTTTATTTCACAACTTTGTGTGTTTATACATGAAGGGGGAAATAAGAAAGTGAAGAAGAAAATNACAACATTTAAAACAATTTTACAGTCCATCATTAAAAATTTATGTATCATTCAGGATGGAGAAGGTTCTACTGGGATATGTTTATATCTACTAAGCAAATGTATGCTGTGTAAAGACTACACCACACTAAGGACATCTGGATGCTGTAAAAATAAGAGAAGAACCAGATGGATATTAAGCCCCCCAACACACACTTTATCCTTCCTTCCTTCATCTTTTTTCATCTGTGGGGAAGAAAATAAGGTCTTGCCTTTGGTGTTTATATTTCCATAACCTTTTAATTCTATTTTTCATTTGAGCTGACTTGTAGCCACTTCAGACTATCAATGGAATCTTATGTTGAGCCTTTCTCTGGCTTTCCTTCCTCCACTATCTCTCCAACTTTAGAGATCATCCCCTCTCCCTCCAGTGCGTTCTATCTCCCCCACACCCACCCAA(SEQIDNO:32)2型：ZBTB20-E1CLSAMPE3A-E4-E5-E6-E7ACATGGGGAGGTTGCAGTGTGTGTATATACACAACATCAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAGATTAACTTACTCTTAATGATCTTCCAACACTTGAGAAGGTCAGTAGCCCTCCATCTGTCATTCTCCAAGTTCACCAACAGCTTATCCACCCATCAAAGGTGCTTTTGTAACAAAATCCATGCATAATGAAACCAAGAAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAATATGAGTGCAAAGCTGCCAACGAGGTCTCCTCGGCGGATGTCAAACAAGTCAAGGTCACTGTGAACTATCCTCCCACTATCACAGAATCCAAGAGCAATGAAGCCACCACAGGACGACAAGCTTCACTCAAATGTGAGGCCTCGGCAGTGCCTGCACCTGACTTTGAGTGGTACCGGGATGACACTAGGATAAATAGTGCCAATGGCCTTGAGATTAAGAGCACGGAGGGCCAGTCTTCCCTGACGTGACCAACGTCACTGAGAGGNGAGCACTACGGCAACTACACCTGTGTGGCTGCCAACAAGCTGGGGGTCACAATGCCAGCCTAGTCCTTTTCAGACNTGGKYSGTGAGAGGAATAAATGGATCCATCAGTCTGGCCGTACCACTNGTGGCTGCTGGCAGCAATNNTCTCTGCTCTGCCGTCTCAGCAAATGTTAATAGAATAAAAATTTAAAAATAATTTAAAAAACACACAAAAATGCGTCACACAGAATACAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGGAGACCGTTTATTTCACAACTTTGTGTGTTTATACATGAAGGGGGAAATAAGAAAGTGAAGAAGAAAATACAACATTTAAAACAATTTTACAGTCCATCATTAAAAATTTATGTATCATTCAGGATGGAGAAGGTTCTACTGGGATATGTTTATATCTACTAAGCAAATGTATGCTGTGTAAAGACTACACCACACTAAGGACATCTGGATGCTGTAAAAATAAGAGAAGAACCAGATGGATATTAAGCCCCCCAACACACACTTTATCCTTCCTTCCTTCATCTTTTTTCATCTGTGGGGAAGAAAATAAGGTCTTGCCTTTGGTGTTTATATTTCCATAACCTTTTAATTCTATTTTTCATTTGAGCTGACTTGTAGCCACTTCAGACTATCAATGGAATCTTATGTTGAGCCTTTCTCTGGCTTTCCTTCCTCCACTATCTCTCCAACTTTAGAGATCATCCCCTCTCCCTCCAGTGCGTTCTATCTCCCCCACACCCACCCAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:33)3型：ZBTB20-E1CLSAMP-E4-E5-E6-E7CAACGCAGAGTACATGGGACACAACATCAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAATATGAGTGCAAAGCTGCCAACGAGGTCTCCTCGGCGGATGTCAAACAAGTCAAGGTCACTGTGAACTATCCTCCCACTATCACAGAATCCAAGAGCAATGAAGCCACCACAGGACGACAAGCTTCACTCAAATGTGAGGCCTCGGCAGTGCCTGCACCTGACTTTGAGTGGTACCGGGATGACACTAGGATAAATAGTGCCAATGGCCTTGAGATTAAGAGCACGGAGGGCCAGTCTTCCCTGACGGTGACCAACGTCACTGAGGAGCACTACGGCAACTACACCTGTGTGGCTGCCAACAAGCTGGGGGTCACCAATGCCAGCCTAGTCCTTTTCAGACCTGGGTCGGTGAGAGGAATAAATGGATCCATCAGTCTGGCCGTACCACTGTGGCTGCTGGCAGCATCTCTGCTCTGCCTTCTCAGCAAATGTTAATAGAATAAAAATTTAAAAATAATTTAAAAAACACACAAAAATGCGTCACACAGAATACAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGGAGACCGTTTATTTCACAACTTTGTGTGTTTATACATGAAGGGGGAAATAAGAAAGTGAAGAAGAAAATACAACATTTAAAACAATTTTACAGTCCATCATTAAAAATTTATGTATCATTCAGGATGGAGAAGGTTCTACTGGGATATGTTTATATCTACTAAGCAAATGTATGCTGTGTAAAGACTACACCACACTAAGGACATCTGGATGCTGTAAAAATAAGAGAAGAACCAGATGGATATTAAGCCCCCCAACACACACTTTATCCTTCCTTCCTTCATCTTTTTTCATCTGTGGGGAAGAAAATAAGGTCTTGCCTTTGGTGTTTATATTTCCATAACCTTTTAATTCTATTTTTCATTTGAGCTGACTTGTAGCCACTTCAGACTATCAATGGAATCTTATGTTGAGCCTTTCTCTGGCTTTCCTTCCTCCACTATCTCTCCAACTTTAGAGATCATCCCCTCTCCCTCCAGTGCGTTCTATCTCCCCCACACCCACCCAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:34)4型：ZBTB20-E1-E1A-E1B-LSAMP-E4ACATGGGGAAGTTTAGGAGTTGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGATTTTATAGACCAGTGGAATACAGCCCTTGTGCATATGAAGATCAGGTGACAAGTTTGSTGCCTACCAGCCTCCACAGCAATATGCCCTTTCACGAGTCCCTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCTGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:35)5型：ZBTB20-E1*A-LSAMP-E4ACATGGGGGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGATTTTATAGACCAGTGGAATACAGGCCTTGTGCATATGAAGATCAGGTGACAAGTTTGCTGCCTACCAGCCTCCACAGCAATATGCCCTTTCACGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:36)6型：ZBTB20-E1-E1B-LSAMP-E4ACATGGGGGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGACAGAGTCCCTATCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCTGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAG(SEQIDNO:37)7型：ZBTB20-E1-LSAMP-E4ACATGGGGAAGTTTAGGAGTTGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGSGTAATC(SEQIDNO:38)8型：ZBTB20-E1-LSAMP-E3*-E4ACATGGGGGGGCGGGGGGAAGTTTAGGAGTTGAGGAAAGAAGATTAAAGAGCGCGAGGAGATTAACTTACTCTTAATGATCTTCCAACACTTGAGAAGGTCAGTAGCCCTCCATCTGTCATTCTCCAAGTTCACCAACAGCTTATCCACCCATCAAAGGTGCTTTTGTAACAAAATCCATGCATAATGAAACCAAGAAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:39)9型：ZBTB20-E1CLSAMP-E4ACATGGGGAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:40)10型：ZBTB20-E1C-LSAMP-E3*-E4ACATGGGGAGTACATGGGGATATACACAACATCAAGAGCAGGAAAATGGACTCATTAGGGAGGCAGGCAGTCATTACCACTCACACTGTACTTCCAGGGAGACACCGATTATAAGAAGAGAAACTCAGCGCTGGGGAAGAAGATTAACTTACTCTTAATGATCTTCCAACACTTGAGAAGGTCAGTAGCCCTCCATCTGTCATTCTCCAAGTTCACCAACAGCTTATCCACCCATCAAAGGTGCTTTTGTAACAAAATCCATGCATAATGAAACCAAGAAAGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATC(SEQIDNO:41)LPCS1：LSAMP-E0*-E1-E2-E3-E4GGAGGAGGATAGGAAGCAGGAAAGCGGGAGAGCTCGAGGGACAAGGGGGCTCGGTGTGTTTACACCAGGCACGGGCTACGAGCGTCCATCCCGGCCCCTGGCTTGCGCTCCCGAAGAGGAGAGCAAGGCTGTTCTGGGATCCGGCCGTCGTGCGGCAAGAGGCTTGTCTGTCCGGGTTGCCGGAACCAGGAGAACCCAGAGGGAAACCGAGGGAAAGGAGCGGCGCGTTTTACTAGAGAGAGCGCGAGCGGAAGAGGCGAGAGCAGGAGCGCGCGAGGGAGCATCGAGCGCAGCGGAGACATGAGGACCTACTGGCTGCACAGCGTCTGGGTGCTGGGCTTTTTCCTGTCCCTCTTCTCATTGCAAGGACTGCCTGTTCGCAGCGTGGATTTTAACCGAGGCACGGACAACATCACCGTGAGGCAGGGGGACACAGCCATCCTCAGGTGCGTTGTAGAAGACAAGAACTCAAAGGTGGCCTGGTTGAACCGTTCTGGCATCATTTTTGCTGGACATGACAAGTGGTCTCTGGACCCACGGGTTGAGCTGGAGAAACGCCATTCTCTGGAATACAGCCTCCGAATCCAGAAGGTGGATGTCTATGATGAGGGTTCCTACACTTGCTCAGTTCAGACACAGCATGAGCCCAAGACCTCCCAAGTTTACTTGATCGTACAAGTCCCACCAAAGATCTCCAATATCTCCTCGGATGTCACTGTGAATGAGGGCAGCAACGTGACTCTGGTCTGCATGGCCAATGGCCGTCCTGAACCTGTTATCACCTGGAGACACCTTACACCAACTGGAAGGGAATTTGAAGGAGAAGAAGAATATCTGGAGATCCTTGGCATCACCAGGGAGCAGTCAGGCAAAAGCTTGGCGTAATCC(SEQIDNO:46)所有cDNA序列均不同于野生型LSAMP和ZBTB20序列。10個(gè)融合轉(zhuǎn)錄物的7個(gè)包括ZBTB20的外顯子1和LSAMP的外顯子4之間的融合。圖5。其余3個(gè)融合轉(zhuǎn)錄物包括ZBTB20的外顯子1和LSAMP的外顯子3*之間的融合。圖5。外顯子3*表示之前未被詮釋且與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排有關(guān)的LSAMP基因座的一個(gè)新的外顯子序列。外顯子3*的核苷酸序列對(duì)應(yīng)于SEQIDNO:45?？勺x框(ORF)搜索預(yù)測(cè)LSAMP蛋白的若干種N端截短或LSAMPcDNA中ORF不存在。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可設(shè)計(jì)引物用于擴(kuò)增這些ZBTB20/LSAMP基因融合轉(zhuǎn)錄物。在一個(gè)實(shí)施方案中，正向引物被設(shè)計(jì)來與ZBTB20的外顯子1的區(qū)域(例如E1、E1A、E1B或E1C)雜交，反向引物被設(shè)計(jì)來與LSAMP的外顯子3*或外顯子4雜交。在另一個(gè)實(shí)施方案中，引物被設(shè)計(jì)來擴(kuò)增包含來自ZBTB20的外顯子1的第1區(qū)(例如E1、E1A、E1B或E1C)和來自LSAMP的外顯子3*或外顯子4的第2區(qū)的擴(kuò)增產(chǎn)物，其中檢出擴(kuò)增產(chǎn)物表明ZBTB20/LSAMP基因融合轉(zhuǎn)錄物存在。在某些實(shí)施方案中，正向引物在高嚴(yán)格性條件下與ZBTB20基因的E1內(nèi)的區(qū)域雜交，反向引物(例如SEQIDNO:44)在高嚴(yán)格性條件下與LSAMP的外顯子4內(nèi)的區(qū)域雜交。LSAMP的外顯子4對(duì)應(yīng)于SEQIDNO:10的核苷酸1022-1156。這些引物可用來擴(kuò)增例如圖5中的1、4、5、6、7和8型融合轉(zhuǎn)錄物。在其它實(shí)施方案中，正向引物在嚴(yán)格條件下與ZBTB20基因的E1C內(nèi)的區(qū)域雜交，反向引物(例如SEQIDNO:44)在嚴(yán)格條件下與LSAMP的外顯子4內(nèi)的區(qū)域雜交。這些引物可用來擴(kuò)增例如圖5中的2、3、9和10型融合轉(zhuǎn)錄物。在某些實(shí)施方案中，反向引物(例如SEQIDNO:42或SEQIDNO:43)與LSAMP的外顯子7內(nèi)的區(qū)域或與之互補(bǔ)的序列雜交。由于外顯子3*是與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排有關(guān)的特有的LSAMP外顯子，因此還可能設(shè)計(jì)引物以擴(kuò)增外顯子3*的特有區(qū)域或跨越LSAMP的外顯子3*和外顯子4之間的連接處的特有區(qū)域，并因此可用于特異性地鑒定ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排。LPCS1(SEQIDNO:46)表示LSAMP基因座的可變剪接cDNA并包括外顯子0*，所述外顯子0*是來自之前未被詮釋且與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排有關(guān)的LSAMP基因座的一種新的外顯子序列。外顯子0*的核苷酸序列對(duì)應(yīng)于SEQIDNO:47。由于外顯子0*是與ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排有關(guān)的特有的LSAMP外顯子，因此本領(lǐng)域技術(shù)人員可設(shè)計(jì)引物以擴(kuò)增外顯子0*的特有區(qū)域或跨越LSAMP的外顯子0*和外顯子1之間的連接處的特有區(qū)域，并因此可用于特異性地鑒定ZBTB20和LSAMP基因的基因組重排。本文引用的所有專利、專利申請(qǐng)和發(fā)表的參考文獻(xiàn)均通過引用以其整體結(jié)合到本文中。雖然參照其優(yōu)選的實(shí)施方案特別顯示和描述了本發(fā)明，但本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)了解，可在不偏離隨附權(quán)利要求書所包括的本發(fā)明的范圍的情況下在其中進(jìn)行形式和詳細(xì)資料的各種改變。參考文獻(xiàn)下列參考文獻(xiàn)被引用于本申請(qǐng)中，并且提供有關(guān)本發(fā)明領(lǐng)域的總體信息以及提供本申請(qǐng)中論述的測(cè)定法和其它詳細(xì)資料。下列參考文獻(xiàn)通過引用以其整體結(jié)合到本文中。1.Siegel,R.；Naishadham,D.；Jemal,A.Cancerstatistics(癌癥統(tǒng)計(jì)學(xué)).CACancerJ.Clin.2013,63,11-30。2.Chornokur,G.；Dalton,K.；Borysova,M.E.；Kumar,N.B.Disparitiesatpresentation,diagnosis,treatmen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