治療癌癥的方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及在有此需要的受試者中，例如在有此需要的人中，治療癌癥的方法，該方法包括在來自所述人的樣品中測定以下至少一項：(a)在來自所述人的樣品的EZH2中丙氨酸677(A677)殘基處存在或不存在突變；或(b)在EZH2中酪氨酸641(Y641)殘基處存在或不存在突變；或(c)相比于對照存在或不存在增加的H3K27me3水平，并且如果在所述樣品中存在至少一項所述A677突變、Y641突變或增加的H3K27me3水平，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
【專利說明】治療癌癥的方法
發(fā)明領(lǐng)域
[0001 ] 本發(fā)明涉及在有此需要的受試者中治療癌癥的方法。
[0002]發(fā)明背景
[0003]用于癌癥治療的靶向療法的擴大發(fā)展和使用反映出關(guān)鍵致癌途徑、以及這些途徑的靶向擾亂如何對應(yīng)于臨床反應(yīng)的增加理解。預(yù)測靶向療法功效的困難很可能是對于途徑去調(diào)節(jié)(例如活化突變、擴增)因果機制的有限全局知識的結(jié)果。腫瘤治療的臨床前轉(zhuǎn)化研究集中于確定什么腫瘤類型和基因型最有可能受益于治療。治療選擇的患者群體可幫助最大化治療潛能。臨床前腫瘤模型的細胞反應(yīng)概況分析已成為開發(fā)新癌癥療法的基礎(chǔ)。使用體外腫瘤模型群體預(yù)測臨床療效的努力已為成功的(例如EGFR抑制劑被選擇性用于具有EGFR突變的那些腫瘤)。因此，不同腫瘤來源細胞系的擴展組可概括‘全體來者(allcomers) ’功效試驗；從而確認哪些組織學(xué)和特定腫瘤基因型最有可能受益于治療。多種特定分子標(biāo)志物現(xiàn)已被用于鑒定最有可能在臨床環(huán)境中受益的患者。
[0004]EZH2 (zeste 同源物 2 的增強子；人 EZH2 基因:Cardoso, C,等人；European Jof Human Genetics, Vol.8, N0.3Pagesl74_180, 2000)是多梳抑制劑復(fù)合體 2 (PolycombRepressor Complex2) (PRC2)的催化亞基，其通過三甲基化組蛋白H3的賴氨酸27(H3K27me3)以用于沉默靶基因。組蛋白H3是涉及真核細胞中染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的五種主要組蛋白中的一種。特征為一個主要的球狀域和一個長的N端尾的組蛋白涉及核小體(一種’繩珠’結(jié)構(gòu))的結(jié)構(gòu)。組蛋白是高度翻譯后修飾的而組蛋白H3是五種組蛋白中最為廣泛修飾的。單獨的術(shù)語〃組蛋白H3"是故意模糊的，其不區(qū)分序列變體或修飾態(tài)。組蛋白H3是新興表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的一種重要蛋白，據(jù)認為其序列變體和可變修飾態(tài)在基因的動態(tài)和長期調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。
[0005]用于治療癌癥的EZH2抑制劑已報道在PCT申請PCT/US2011/035336、PCT/US2011/035340和PCT/US2011/035344中，其在此通過提述并入。希望確認更可能響應(yīng)這些化合物的基因型。
[0006]發(fā)明概述
[0007]本發(fā)明提供了在有此需要的人中治療癌癥的方法，其包括在來自所述人的樣品中測定以下至少一項:
[0008]a.在來自所述人的樣品的EZH2中丙氨酸677 (A677)殘基處存在或不存在突變；或
[0009]b.在EZH2中酪氨酸641 (Y641)殘基處存在或不存在突變；或
[0010]c.相比于對照存在或不存在增加的H3K27me3水平，并且
[0011]如果在所述樣品中存在至少一項所述A677突變、Y641突變或增加的H3K27me3水平，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0012]附圖簡述
[0013] 圖1.一個淋巴瘤細胞系亞組呈現(xiàn)出升高很多的H3K27me3水平.(A)測定來自7種不同癌癥類型的111個癌細胞系的總體H3K27me3水平(歸一化至總H3)。具有Y641突變的淋巴瘤細胞系通過星號指示。(B)來自一組淋巴瘤細胞系的蛋白溶解物中總體H3K27me3和H3K27mel的Western印跡法分析。
[0014]圖2.Pfeiffer淋巴瘤細胞系在EZH2中具有雜合A677G突變.(A)來自PfeifferDLBCL細胞系和原發(fā)性DLBCL患者樣品中EZH2的Sanger測序的序列跡線。C2045C/G的雜合非同義錯義突變(星號)翻譯為A677A/G(殘基編號基于NM_001203247)。(B)EZH2域體系結(jié)構(gòu)(Uniprot Q15910)。Pfeiffer細胞和原發(fā)性腫瘤中確認的突變被高亮。(C)比對人EZH2和人EZHl，蒼蠅直系同源物EZ，以及含有組蛋白賴氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶的六個其它相關(guān)SET域顯示Y641和A677是高度保守的。深灰色底紋連同白字代表相同殘基且框內(nèi)氨基酸代表保守殘基。為了著色列，比對的9個中必須具有7個保守/相同殘基。
[0015]圖3.A677G EZH2突變體呈現(xiàn)出對于所有H3K27甲基化態(tài)的活性.使用H3K27meO (黑柱)、H3K27mel (灰柱)或H3K27me2 (白柱)作為底物的野生型、A677G和Y641NEZH2 的 kcat (mirT1)。
[0016]圖4.A677G EZH2的外源性表達刺激H3K27的三甲基化.采用編碼EZH2野生型或突變體形式的表達構(gòu)建體瞬時轉(zhuǎn)染MCF-7乳腺癌細胞。(A.)H3K27me3、總H3和EZH2的Western印跡法分析。肌動蛋白用作加載對照。(B.)H3K27me3水平歸一化至組蛋白H3作為采用空白載體轉(zhuǎn)染細胞的百分數(shù)。
[0017]圖5.A677G EZH2突變通過影響Y641改變了賴氨酸結(jié)合口袋.使用結(jié)合H3K9me2肽底物的GLP/EHMT1 的晶體結(jié)構(gòu)生成了野生型EZH2的同源模型。在(A)野生型、(B)Y641N和(C)A677G EZH2中活性位點區(qū)的模型化結(jié)構(gòu)。
[0018]圖6.高水平H3K27me3和EZH2突變態(tài)預(yù)測對于EZH2抑制的敏感性.淋巴瘤細胞系生長在存在EZH2抑制劑化合物A的情況下達6天。發(fā)生50%生長抑制的化合物A濃度表示為生長IC50并以線表示。H3K27me3水平表示為采用細胞系Pfeiffer獲得的H3K27me3水平的百分數(shù)(柱狀圖)。在EZH2中Y641或A677處具有突變的細胞系表示為黑柱而在這些位點為野生型的細胞系表示為灰柱。
[0019]圖7GSK126的生化和細胞機理活性.(A)GSK126的結(jié)構(gòu)。(B)GSK126對WT和突變體EZH2的效力。具有K27me0、K27mel或K27me2的組蛋白H3肽(21-44)被用作底物(η=2 ;均值土s.d.被示出)。(C)GSK126對于采用GSK126處理48小時的淋巴瘤細胞系中H3K27me3的影響。使用H3K27me3ELISA測定IC50值(η≤2 ;均值土s.d.被示出)。(D)處理72小時后評估KARPAS-422中H3K27me3/2/l?？偨M蛋白H3被顯示為加載對照。
[0020]圖8.EZH2的同源模型以及預(yù)測的化合物B (GSK126)結(jié)合模式.(A)EZH2的同源模型以及預(yù)測的化合物B(GSK126)結(jié)合模式。SAM結(jié)合部位中結(jié)合的GSK126被SAH覆蓋。H3K27me2肽底物、SET域和后SET域、以及預(yù)測的GSK126結(jié)合模式IO A內(nèi)EZH2和EZHl之間的殘基差異被顯示。(B)描繪了 GSK126結(jié)合模式的放大視圖。特定氫鍵和芳烴-H相互作用被表示為虛線。源自后SET域殘基的結(jié)合位點表面被示出。(C)高亮EZH2殘基與GSK126之間特異性相互作用的2D配體相互作用圖。(D)高亮SET域內(nèi)A677和Y641活化突變位置的EZH2功能域(UniProt Q15910)示意圖。
[0021 ] 圖9采用GSK126處理的細胞系中H3K27甲基化分析.(A)在EZH2WT (Toledo和SU-DHL-8)和突變體(Pfeiffer和KARPAS-422)淋巴瘤細胞系間比較總體H3K27me3、H3K27me2 和 H3K27mel 水平。(B)通過在 KARPAS-422、Pfeiffer 和 SU-DHL-8B 細胞淋巴瘤細胞系中總體H3K27me3水平減少測定的GSK126經(jīng)時效力。采用3倍稀釋系列的GSK12處理細胞。通過ELISA測定減少H3K27me3水平50% (H3K27me3IC50)所需的GSK126濃度(η≥2 ;均值土 s.d.被示出)。(C)處理72小時后評估H3K27me3、H3K27me2和H3K27mel?？偨M蛋白H3被顯示為加載對照。
[0022]圖1OWestern 印跡法分析.采用 0.1 % DMSO (媒介物對照)、25nM、150nM、500nM 或2μΜ GSK126處理ΕΖΗ2突變體(a, b)或WT(c，d)淋巴瘤細胞系72小時后，EZH2、SUZ12和EED的Western印跡。包括肌動蛋白作為加載對照。
[0023]圖11GSK126抑制數(shù)種EZH2突變體淋巴瘤細胞系的增殖.(A)表示為抑制50%生長所需GSK126濃度(生長IC5tl)的6天后GSK126對于46種淋巴瘤細胞系生長的影響。DLBCL,彌漫型大B細胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma)。BL,伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma)。BCBL, AIDS 體腔淋巴瘤(AIDS body cavity-based lymphoma)。FL,濾泡性淋巴瘤(follicular lymphoma)。HL,霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’s lymphoma)。NHL,非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin，s lymphoma)。(B)GSK126 對于 Pfeiffer 和 KARPAS-422 生長的經(jīng)時效力表示為生長IC5Q。(C，F(xiàn))GSK126在Pfeiffer或KARPAS-422中對于細胞增殖的經(jīng)時劑量依賴性效應(yīng)。生長被表示為O時(Ttl)CTG的百分數(shù)。(D，G) DNA含量直方圖顯示了 72小時后GSK126對于細胞周期的影響。(E，H)胱天蛋白酶3/7活性對于媒介物對照的平均倍數(shù)改變土s.d.被示出(η = 4)。[0024]圖12.復(fù)合物劑量-響應(yīng)曲線證實了 GSK126對于18種DLBCL細胞系生長的影響.在采用Cell Titer-Glo(Promega)評估細胞生長前采用不同濃度的GSK126處理細胞系6天。Y軸代表相對于媒介物對照(0.15% DMS0)的生長百分數(shù)。[0025]圖13H3K27me3抑制、細胞生長和EZH2水平之間的相關(guān)分析(A)來自表6的GSK126細胞生長IC50值對來自圖7c的GSK126H3K27me3IC50值作圖。皮爾遜相關(guān)系數(shù)被示出。(B)來自淋巴瘤細胞系全細胞提取物的EZH2和肌動蛋白的代表性western印跡。使用L1-CorOdyssey軟件定量EZH2和肌動蛋白的Western印跡信號強度。(C) EZH2信號強度被歸一化至總肌動蛋白水平并對來自表6的6日增殖試驗中的GSK126細胞生長IC50值作圖。
[0026]圖14通過shRNA的EZH2敲低的表型影響.(A)表達對EZH2的shRNA或非靶向性對照shRNA的KARPAS-422 (左)和Pfeiffer (右)經(jīng)過6天時間的細胞增殖。各時間點的CTG信號表示為O日(TO)時的細胞百分數(shù)。(B)表達對EZH2的shRNA或非靶向性對照shRNA的KARPAS-422 (左)和Pfeiffer (右)中胱天蛋白酶3/7的經(jīng)時活性。各時間點的胱天蛋白酶3/7活性表示為O日(TO)時的活性百分數(shù)。(C)EZH2的shRNA敲低后的EZH2、H3K27me3、H3K27me2、H3K27mel和總組蛋白H3的Western印跡分析。包括肌動蛋白作為加載對照。
[0027]圖15GSK126在敏感性細胞系中誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄激活.(A)采用500nMGSK126 (η = 2)處理72小時后呈現(xiàn)出顯著改變的基因表達(FDR〈0.1且倍數(shù)改變>2或〈_2)的探針組數(shù)目。
(B)GSK126處理后上調(diào)、下調(diào)的基因或所有人轉(zhuǎn)錄本的基礎(chǔ)H3K27me3ChIP-seq富集概況。
(C)采用GSK126處理72小時后的TXNIP和TNFRSF2IqRT-PCR分析(η= 3 ;均值±s.d.示出)。(D)使用2倍表達改變截留，10個DLBCL細胞系中上調(diào)和下調(diào)探針組的重疊。(E)顯示在 5 種最為敏感的突變體 DLBCL 細胞系(Pfeiffer、KARPAS-422、WSU-DLCL2、SU-DHL-10和SU-DHL-6)的至少4種中呈現(xiàn)出顯著增加的表達的35個探針組的平均基因表達強度的熱圖。
[0028]圖16DLBCL細胞系的表達分析.(A)采用GSK126處理72小時后差異表達探針組的歸一化基因表達數(shù)據(jù)的基因表達熱圖。更深著色表示更高表達。(B)采用500nM GSK126相比于采用0.1% DMSO (媒介物對照)一式兩份地處理10個DLBCL細胞系72小時后呈現(xiàn)出顯著改變的基因表達(>1.5倍)的探針組數(shù)目。(C)上調(diào)探針組數(shù)目和轉(zhuǎn)錄響應(yīng)性和非響應(yīng)性突變體 E ZH2DLBCL 細胞系(Pfeiffer、WSU-DLCL2、KARPAS-422、SU-DHL-10, DB 和SU-DHL-4)中基礎(chǔ)H3K27me3水平的相關(guān)性。H3K27me3水平被歸一化至總組蛋白H3并表示為在Pfeiffer細胞系中觀測到的那些水平的百分數(shù)。轉(zhuǎn)錄響應(yīng)性和非響應(yīng)性細胞系是帶圓圈的。(D)所示細胞系內(nèi)采用GSK126處理呈現(xiàn)出1.5或2倍表達增加的共同探針組的數(shù)目。
[0029]圖17響應(yīng)GSK126而上調(diào)的基因富集H3K27me3.采用500nM GSK126處理72小時后在Pfeiffer、WSU-DLCL2和KARPAS422細胞中確認顯著上調(diào)、下調(diào)或未改變的探針組被映射至各基因并從H3K27me3ChIP-seqdata測定各基因和±10kb的H3K27me3富集。相對H3K27me3富集表示為白色至灰色梯度，白色代表無富集且灰色代表最高富集。各行代表唯
一的基因。
[0030]圖18 基因本體學(xué)(geneontology)富集分析.A 在 Pfeiffer、WSU-DLCL2、KARPAS-422、SU-DHL-10或SU-DHL-6中采用500nM GSK126顯著上調(diào)的探針組的GO富集分析。B 在 Pfeiffer、WSU-DLCL2、KARPAS-422、SU-DHL-10 或 SU-DHL-6 中采用 500nM GSK126顯著上或下調(diào)的探針組的GO富集分析。對于P值〈0.01 (虛線)，過濾過度代表的生物學(xué)過程和分子功能項(te rm)，每項至少5個基因以及在≥3個細胞系間共同的那些。
[0031]圖19采用GSK126的體內(nèi)H3K27me3抑制和腫瘤生長響應(yīng).(A) 10天QD給藥GSK126后的腫瘤異種移植物中H3K27me3的響應(yīng)。b KARPAS-422腫瘤異種移植物中EZH2靶基因的 qRT-PCR 分析。均值土 s.d.(η = 3)被示出(A, B)。(C) GSK126 對于皮下 KARPAS-422 異種移植物生長的活性。均值腫瘤體積土s.e.m.被示出(η = 10)。(D) (C)中處理小鼠的Kaplan-Meier存活曲線。使用非參數(shù)對數(shù)秩檢驗在媒介物和處理組間計算的顯著性P值被顯示。在處理組間未觀測到顯著性差異(P值=0.07-0.32)。
[0032]圖20GSK126的藥代動力學(xué)分析.(A)腹膜內(nèi)施用承受Pfeiffer異種移植物的雌性淺褐色SCID小鼠50mg/kg GSK126后的血液和腫瘤分布。在各時間點評估三只小鼠。(B)a中呈現(xiàn)數(shù)據(jù)的曲線下面積(AUC0-1440)、腫瘤/血液AUC比率、所達到最大濃度(Cmax)和最大濃度時間(Tmax)。N/A，不可用。
[0033]圖21GSK126抑制體內(nèi)腫瘤生長.(A)GSK126對于皮下Pfeiffer異種移植物生長的效力。(B)具有或不具有I周藥物假期的GSK126間歇給藥對于皮下KARPAS-422異種移植物生長的效力。數(shù)值為均值腫瘤體積土標(biāo)準(zhǔn)誤差(η = 10)。使用非參數(shù)對數(shù)秩檢驗對比媒介物和各處理組以計算P值。
[0034]圖22GSK126對于體重和外周血液的影響.(A-C)采用媒介物或GSK126處理期間承受Pfeiffer(A)或KARPAS-422 (B，C)皮下異種移植物的小鼠的平均體重測量。數(shù)值呈現(xiàn)為給藥開始時的平均重量百分數(shù)。(D)經(jīng)18天的每周兩次給藥后的⑶-1小鼠完整血細胞計數(shù)分析。RBC，紅細胞(XlO6細胞/μ I) ;HGB，血紅蛋白(g/dl) ;HCT，血細胞比容(百分數(shù))；MCV，均值細胞容積(fl) ;MCH，均值細胞血紅蛋白量(pg) ;MCHC，均值細胞血紅蛋白濃度(g/dl) ;PLT，血小板(XlO5血小板/μ I) ;WBC，白細胞(XlO3細胞/μ I) ;NEUT，中性粒細胞(xlO3細胞/μ I) ;LYMPH，淋巴性白血球(XlO3細胞/μ I) ;ΜΟΝΟ，單核細胞(xlO3細胞/μ I) ;E0S，嗜酸性粒細胞(XlO3細胞/μ I) ;BAS0，嗜堿性粒細胞(xlO3細胞/μ I) ；LEUK,白血球(XlO3細胞/μ I)。
[0035]圖23基因表達概況分析數(shù)據(jù)的主成分以及相關(guān)性分析.(A)來自采用媒介物或500nM GSK126處理72小時的10個DLBCL細胞系生物重復(fù)數(shù)據(jù)的PCA圖。(B)具有強健轉(zhuǎn)錄變化的DLBCL細胞系生物重復(fù)的相關(guān)性。K，KARPAS-422 ；P, Pfeiffer ；ff, WSU-DLCL2 ；S10，SU-DHL-10 ；S6, SU-DHL-6。
[0036]發(fā)明詳述
[0037]近期全基因組測序研究已顯示數(shù)種在非霍奇金淋巴瘤中頻繁改變的基因，包括EZH2、MLL2、MEF2B、CREBBP和TP53等(1_3)。許多這些基因直接或間接通過協(xié)同因子的募集介導(dǎo)在組蛋白氨基端尾觀測到的翻譯后修飾排列。此外，類似研究也涉及這些及其它表觀遺傳因子在膀胱移行細胞癌(例如UTX，ARID1A，MLL, MLL3)、頭和頸鱗狀細胞癌(例如EZH2，MLL2)和髓系惡性腫瘤(例如IDH1/2，TET2，DNMT3A，EZH2)中(4-6) ?影響轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾基因的基因變化的盛行凸顯了在腫瘤發(fā)生中維持適當(dāng)轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的重要性。
[0038]EZH2基因編碼含SET域的賴氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶，其連同EED、SUZ12、RbAp48和AEBP2形成多梳抑制復(fù)合體2(PRC2) (7，8)<^2!12負責(zé)組蛋白!13賴氨酸27 0131(27)殘基的甲基化，該殘基當(dāng)以二或三甲基化態(tài)存在 時通常與轉(zhuǎn)錄抑制相關(guān)(7-9)。EZH2在原B細胞中高度表達并隨著細胞發(fā)展為前B細胞、不成熟B細胞和再循環(huán)B細胞而逐漸減少表達(10)。EZH2表達在用于發(fā)展原B細胞為前B細胞和不成熟B細胞的骨髓中是必需的，因為EZH2基因失活導(dǎo)致細胞蓄積在原B細胞階段(10)。然而，若EZH2在原B細胞階段后失活則其他成熟步驟未受阻礙，暗示EZH2功能是在B細胞分化早期(10)。事實上，多個研究組已顯示EZH2在造血干細胞和祖細胞維護中發(fā)揮重要作用(11，12)。特別地，造血干細胞(HSC)中EZH2過表達在系列移植模型中導(dǎo)致持續(xù)的自我更新能力，暗示EZH2有助于重建潛能并幫助細胞抵抗復(fù)制壓力(11)。
[0039]EZH2在大多數(shù)實體瘤類型中頻繁擴增和/或過表達(13);然而在淋巴瘤中似乎不是該情況，可能是由于EZH2在正常增殖B細胞中的高基礎(chǔ)表達。反而已報道EZH2在22%的生發(fā)中心B細胞(GCB)彌漫性大B細胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma) (DLBCL)和7%的濾泡性淋巴瘤(follicular lymphoma) (FL)中具有酪氨酸641 (Y641)殘基的復(fù)發(fā)性突變(3)。雖然起始報道為功能失去突變(3)，但隨后的生化工作證實了此Y641突變體EZH2新的功能獲得性活性(14，15)。雖然野生型EZH2呈現(xiàn)出對于未甲基化和單甲基化H3K27底物的強烈偏好，但是在淋巴瘤中觀測的Y641EZH2突變體(Y641F/N/S/H)呈現(xiàn)出對于二甲基化底物的深遠增加的活性且對于未甲基化和單甲基化H3K27缺乏活性(14，15)。通過野生型和突變體EZH2蛋白的協(xié)調(diào)活動，在Y641突變體淋巴瘤中具有H3K27三甲基化(H3K27me3)的總體增加伴隨單和二甲基化H3K27的減少(14)。
[0040]這些EZH2Y641突變，連同多種腫瘤中的EZH2過表達，暗示H3K27me3水平的去調(diào)節(jié)在人腫瘤發(fā)生中是重要的。事實上，H3K27me3水平與腎細胞癌中無進展存活(16)以及疾病嚴重度和食管鱗狀細胞癌中不良腫瘤分化(17)相關(guān)。除了 EZH2Y641突變，另外的H3K27me3去調(diào)節(jié)機制包括H3K27脫甲基酶UTX的滅活突變(4，18，19)以及EZH2過表達，這是由于多種機制包括減小的miR-101水平(20，21)、異常E2F活性(22)和染色體擴增所致
(23)。
[0041]通過在超過100種細胞系中研究總體H3K27me3水平，我們已確認一種新的對一些淋巴瘤細胞中增加的H3K27me3負責(zé)的A677殘基處EZH2突變。對此突變體蛋白的表征表明類似于Y641EZH2突變，交換677位的丙氨酸為甘氨酸(A677G)導(dǎo)致對于二甲基化H3K27底物的增加活性。然而重要的是，此替換保留了野生型EZH2中存在的導(dǎo)致有效利用包括未、單和二甲基化在內(nèi)的所有H3K27甲基化態(tài)的關(guān)鍵相互作用此突變提供了用于細胞去調(diào)節(jié)H3K27甲基化而不需與野生型EZH2合作的一種獨特方法，如在對于Y641EZH2突變體的情況中。
[0042]本發(fā)明提供了在有此需要的人中治療癌癥的方法，其包括在來自所述人的樣品中測定以下至少一項:
[0043]a.在來自所述人的樣品的EZH2中丙氨酸677 (A677)殘基處存在或不存在突變；或
[0044]b.在EZH2中酪氨酸641 (Y641)殘基處存在或不存在突變；或
[0045]c.相比于對照存在或不存在增加的H3K27me3水平，
[0046]并且如果在所述樣品中存在至少一項所述A677突變、Y641突變或增加的H3K27me3水平，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑，例如本文描述的本發(fā)明化合物，或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0047]在本文方法的特定實施方案中，測定a、b和c中至少兩項，例如任意次序的a和
b、a和c或b和C。在又一實施方案中，各自測定a、b和C，且如果測定到存在A677突變、Y641突變或相比于對照增加的H3K27me3水平中任意項，則施用EZH2抑制劑，例如本文描述的本發(fā)明化合物。
[0048]在另外的實施方案中，測定存在或不存在Y641突變且所述Y641突變?yōu)閅641F、Y641S、Y641H、Y641N或Y641C。在其它另外的實施方案中，測定存在或不存在A677突變且所述A677突變?yōu)锳677G。
[0049]在另外的實施方案中，測定癌細胞或腫瘤細胞總體甲基化水平的增加。在其它實施方案中，測定H3K27甲基化的水平。在其它實施方案中，測定H3K27meO、H3K27mel、H3K27me2和H3K27me3的水平且H3K27me3水平的增加表明采用EZH2抑制劑治療。在此段本發(fā)明另外實施方案中，與對照比較甲基化水平且相對于對照的甲基化相對增加表明采用EZH2抑制劑治療。
[0050]檢測EZH2中Y641或A677處突變的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的且描述在本文發(fā)明詳述和實施例中。測定相對于對照增加的甲基化(例如H3K27me3)水平的方法，是現(xiàn)有技術(shù)中熟知的并顯示在實施例中，且包括使用組蛋白3三甲基化賴氨酸27的特異性抗體。對照可為任意本領(lǐng)域技術(shù)人員將選擇的，例如來自人的匹配細胞、來自人的匹配組織、與腫瘤相同來源但已知具有野生型EZH2的細胞，或者與相同來源的非癌細胞或具有野生型EZH2的細胞 中所見相關(guān)的設(shè)計對照。
[0051]在本發(fā)明其它實施方案中，該樣品包括至少一種癌癥細胞。在特定此類實施方案中，該樣品是生物學(xué)樣品。
[0052]在本發(fā)明任一實施方案中，該癌癥是淋巴瘤。在本發(fā)明方法的另外實施方案中，該淋巴瘤選自由以下構(gòu)成的組:生發(fā)中心B細胞(GCB)，彌漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、脾臟邊緣區(qū)淋巴瘤(Splenic marginal zone lymphoma) (SMZL)、華氏巨球蛋白血癥淋巴衆(zhòng)細胞性淋巴瘤(Waldenstrom's macroglobulinemia lymphoplasmacytic lymphoma) (WM)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細胞淋巴瘤(MCL)和粘膜相關(guān)淋巴組織(MALT)的結(jié)外邊緣區(qū)B細胞淋巴瘤。
[0053]在本發(fā)明方法的實施方案中，該A677突變和/或該Y641突變是體細胞突變。
[0054]在癌癥治療方法的其它實施方案中，相比于未治療的人，治療包括增加的響應(yīng)率和/或改善的無進展存活。
[0055]本發(fā)明提供了在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)從來自所述人的至少一種腫瘤細胞檢測H3K27me3水平以及(b)如果所述至少一種腫瘤細胞具有高水平的H3K27me3，則向所述人施用藥物組合物中的有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0056]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2酪氨酸641 (Y641)殘基處的體細胞突變；以及(b)關(guān)聯(lián)所述突變的檢測與當(dāng)施用EZH2抑制劑時增加的響應(yīng)率和/或延長的無進展存活的增加的可能性。
[0057]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2酪氨酸641 (Y641)殘基處的體細胞突變；以及(b)如果所述腫瘤在酪氨酸641殘基處具有EZH2突變，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0058]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2酪氨酸641 (Y641)殘基處的體細胞突變；以及(b)如果所述腫瘤在酪氨酸641殘基處具有EZH2突變，其中此EZH2突變?yōu)閅641N、Y641F、Y641S、Y641H或Y641C，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0059]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2A677殘基處的體細胞突變；以及(b)關(guān)聯(lián)所述突變的檢測與當(dāng)施用EZH2抑制劑時增加的響應(yīng)率和/或延長的無進展存活的增加的可能性。
[0060]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2A677殘基處的體細胞突變；以及(b)如果所述腫瘤在A677殘基處具有EZH2突變，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0061]本發(fā)明還涉及在人中治療癌癥的方法，其包括以下步驟:(a)對來自受試者腫瘤的生物學(xué)樣品進行基因分型技術(shù)以確定所述腫瘤是否具有EZH2A677殘基處的體細胞突變；以及(b)如果所述腫瘤在A677殘基處具有EZH2突變，其中此EZH2突變?yōu)锳677G，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0062]定義
[0063]如本領(lǐng)域所熟悉的，術(shù)語“野生型”指的是以無遺傳修飾的天然種群中存在的多肽或多核苷酸序列。也如本領(lǐng)域所熟悉的，“變體”包括相比于野生型多肽或多核苷酸中的相應(yīng)氨基酸或核酸，分別對氨基酸或核酸具有至少一處修飾的多肽或多核苷酸序列。術(shù)語變體包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其中相比于最普遍的(野生型)核酸鏈，單堿基對差異存在于核酸鏈序列中。
[0064]如本文使用的“基因修飾”或“基因修飾的”或其語法變化指的是，但不限于，一項或多項堿基的任何抑制、替換、擴增、缺失和/或插入至一項或多項DNA序列中。而且，如本文使用的“遺傳修飾的”可指編碼多肽的基因或多肽分別具有至少一項核酸或氨基酸的缺失、替換或抑制。遺傳變體和/或SNP可通過已知方法確認。例如，野生型或SNP可通過DNA擴增和測序技術(shù)、DNA和RNA檢測技術(shù)(分別包括但不限于Nothern和Southern印跡法)，和/或各種生物芯片和陣列技術(shù)確認。WT和突變體多肽可通過多種技術(shù)(包括但不限于免疫診斷技術(shù)如ELISA和western印跡法)檢測。如本文所使用的，檢測等位基因或多態(tài)性的方法包括但不限于血清學(xué)和遺傳學(xué)方法。所檢測的等位基因或多態(tài)性可功能性地涉及影響個體的表型，或者所檢測地等位基因或多態(tài)性可能是與功能性多態(tài)性/等位基因連鎖不平衡的等位基因或多態(tài)性。如本領(lǐng)域技術(shù)人員所顯而易見的，多態(tài)性/等位基因在受試者的基因組DNA中顯示,但也從由該區(qū)轉(zhuǎn)錄或翻譯的RNA、cDNA或蛋白質(zhì)序列中檢測到。
[0065]在遺傳學(xué)中眾所周知，從不同來源獲得的同一基因的核苷酸和相關(guān)的氨基酸序列可以在編號方法和精確的序列上均有不同。這樣的不同可能是由于編號方法、基因內(nèi)固有的序列變異性，和/或測序錯誤。因此，本領(lǐng)域的技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，本文通過序號提及的特定多態(tài)性位點包括對應(yīng)于該基因內(nèi)的序列和位置的那些多態(tài)性位點，即使使用了不同的編號/命名法來描述它們。
[0066]如本文使用的，根據(jù)一項或多項基因的多態(tài)性等位基因或在至少一項多肽或編碼至少一項多肽的基因中的突變將受試者(或DNA或其它樣品)“基因分型”意味著檢測受試者(或樣品)中存在或不存在所述基因或基因表達產(chǎn)物(例如，hnRNA、mRNA或蛋白質(zhì))的突變的、等位的或多態(tài)性形式。從這類基因表達的相關(guān)的RNA或蛋白質(zhì)也可用于檢測突變體或多態(tài)性變異。如本領(lǐng)域所公知的，對于特定的等位基因，個體可能是雜合的或純合的?？纱嬖诔^兩種等位基因的形式，因此可以有超過3種可能的基因型。如本文使用的，一種等位基因可被檢測到，當(dāng)其它可能的等位基因變體被排除時；例如，當(dāng)發(fā)現(xiàn)一項特定的核酸位置既不是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)，也不是胞嘧啶(C)時，可以推斷在該位置存在鳥嘌呤(G)(即，在受試者中，G被“檢測到”或“診斷到”)。序列變異可被直接(通過，例如測序)或間接(例如，通過限制性片段長度多態(tài)性分析，或已知序列探針的雜交檢測，或參照鏈構(gòu)象多態(tài)性)，或通過其它已知的方法檢測。
[0067]如本文使用的，種群的“遺傳亞類”由具有特定基因型或至少一項體細胞突變的腫瘤的種群的成員組成。在二等位基因多態(tài)性的情況中，種群可能被分成三個亞類:等位基因I的純合子(1，I)、雜合子(1，2)，和等位基因2的純合子(2，2)?？墒褂枚喾N標(biāo)準(zhǔn)定義受試者的“種群”。
[0068]如本文使用的，基于基因分型，“易感于”或“有升高的風(fēng)險”的特定表型響應(yīng)的有癌癥治療需求的人比在靶多態(tài)性位點處具有不同基因型的個體將更可能顯示該表型。如果所述表型響應(yīng)基于多等位基因多態(tài)性或基于超過一種基因分型，則在多種可能的基因型間相對風(fēng)險可能不 同。
[0069]有癌癥治療需求的人可替代地具有伴隨體細胞突變的腫瘤或癌細胞，并且可以進行基因分型或其它突變檢測。
[0070] 如本文使用的，對治療的“響應(yīng)”及其語法變化，包括但不限于患者在接受藥物后患者的臨床狀況改善。響應(yīng)也可意味著患者的狀況在治療起始的基礎(chǔ)上未惡化。響應(yīng)可通過測量疾病或病癥的某些臨床表現(xiàn)來定義。對于癌癥，響應(yīng)可意味著，但不限于，患者中腫瘤和/或腫瘤細胞的尺寸或數(shù)目減小。響應(yīng)也可通過其它終點如患者中前腫瘤(pre-tumorous)細胞的數(shù)目減少或減輕來定義。
[0071]如本文使用的“遺傳測試”(也稱為遺傳篩選)指的是測試從受試者獲得的生物學(xué)樣品以測定所述受試者的基因型；并且可用于測定所述受試者的基因型是否包括引起或增加對特定表型敏感性的(或與引起或增加對該表型敏感性的一種或多種等位基因連鎖不平衡的)等位基因。
[0072]用于測試一項或多項突變的樣品(例如生物學(xué)樣品)可選自蛋白質(zhì)、核苷酸、細胞囊泡或細胞組分、血清、細胞、血液、血液組分、尿液和唾液。測試突變可通過本領(lǐng)域已知的和/或本文所述的若干種技術(shù)進行。
[0073]任何核酸包括基因或PCR產(chǎn)物或其片段或部分的序列可通過本領(lǐng)域已知的任何方法(例如化學(xué)測序或酶法測序)測序。DNA的“化學(xué)測序”指的是如Maxam和Gilbert (1977) (Proc.Natl.Acad.Sc1.USA74:560)中所述的方法，其中 DNA 通過各自的堿基特異性反應(yīng)隨機裂解。DNA的“酶法測序”指的是如Sanger (Sanger等，(1977) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA74:5463)中所述的方法。
[0074]常規(guī)分子生物學(xué)、微生物學(xué)和重組DNA技術(shù)包括測序技術(shù)是本領(lǐng)域的技術(shù)人員所公知的。這類技術(shù)在文獻中有完全地說明。參見，例如Sambrook, Fritsch&Maniatis, Molecular Cloning:A Laboratory Manual, Second Edition(1989)Cold SpringHarbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(herein〃Sambrook 等,1989〃)；DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes I and 11 (D.N.Glover ed.1985)；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait 編 1984) ；Nucleic Acid Hybridization (B.D.Hames&S.J.Higgins eds.(1985)) !Transcription And Translation(B.D.Hames&S.J.Higgins,編(1984)) ；Animal Cell Culture(R.1.Freshney, ed.(1986)) ；ImmobilizedCells And Enzymes(IRL Press, (1986)) ；B.Perbal, A Practical Guide To MolecularCloning (1984) ;F.M.Ausubel 等(編)，Current Protocols in Molecular Biology, Johnffiley&Sons, Inc.(1994)。
[0075]肽核酸(PM)親和性分析是傳統(tǒng)雜交分析的衍生方法(Nielsen等,Science254:1497-1500(1991) ；Egholm 等,J.Am.Chem.Soc.114:1895-1897(1992)；James等，Protein Science3:1347-1350 (1994))。PNA是遵循沃森-克里克堿基配對原理的結(jié)構(gòu)DNA模擬物，并用于標(biāo)準(zhǔn)DNA雜交分析。PNA在雜交分析中顯示較高的特異性，因為PNA/DNA錯配比DNA/DNA錯配更不穩(wěn)定而且互補性PNA/DNA鏈比互補性DNA/DNA鏈形成更強的鍵。
[0076]已研發(fā)出DNA微陣列以檢測遺傳變型和多態(tài)性(Taton等，Science289:1757-60，2000 ;Lockhart 等，Nature405:827-836 (2000)；Gerhold 等，，Trends in Biochemical Sciences24:168-73 (1999) ；ffallace, R.ff., Molecular Medicine Today3:384-89 (1997) ；Blanchard and Hood, NatureBiotechnologyl49:1649 (1996)。DNA微陣列由高速機器人在玻璃或尼龍基質(zhì)上制造的，并且含有已知身份的DNA片段(“探針”)。所述微陣列用于基于傳統(tǒng)的堿基配對原理匹配已知和未知DNA片段(“靶”)。
[0077]術(shù)語“多肽”和“蛋白質(zhì)”可互換使用，且本文中用作以下物質(zhì)的總稱:天然蛋白質(zhì)、片段、肽，或多肽序列的類似物。因此，天然蛋白質(zhì)、片段和類似物為多肽屬的不同種類。
[0078]術(shù)語“X#Y”在突變背景中在多肽序列中是本領(lǐng)域公認的，其中“#，，表示突變在所述多肽的氨基酸編號中的位置，“X”表示在野生型氨基酸序列中在該位置發(fā)現(xiàn)的氨基酸，而“Y”表示該位置的突變氨基酸。例如關(guān)于K-ras多肽的符號“G12S”表示在野生型K_ras序列的氨基酸編號12位處存在甘氨酸，而且在突變K-ras序列中該甘氨酸被絲氨酸替換。
[0079]在多肽或編碼多肽的基因及其語法變型中，“突變”意指多肽或編碼多肽的基因具有一個或多個等位基因變型、剪接變型、衍生變型、替換變型、缺失變型，和/或插入變型、融合多肽、直系同源基因(orthologs),和/或種間同系物。舉例而言，EZH2的至少一個突變將包括對于在所述細胞中產(chǎn)生的至少一種EZH2蛋白，其中多肽或編碼所述多肽的基因的部分全部序列在細胞中不存在或不表達的EZH2。例如，EZH2蛋白可由細胞以截短形式(truncated form)產(chǎn)生,而且所述截短形式的序列在截短物的序列中可能是野生型的。缺失可意味著不存在全部或部分基因或由基因編碼的蛋白。EZH2突變還意味著在多核苷酸單一堿基處的突變或一單獨的氨基酸取代。此外，在細胞中表達的或由細胞編碼的一些蛋白質(zhì)可能是突變的，例如在一單獨氨基酸處，而相同細胞中產(chǎn)生的相同蛋白質(zhì)的其它拷貝可能是野生型的。
[0080]可通過本領(lǐng)域熟知的多種方法在多核苷酸或翻譯蛋白中檢測突變。這方法包括但不限于測序、RT-PCR和原位雜交，例如基于熒光的原位雜交(FISH)、抗體檢測、蛋白降解測序等。表觀遺傳變化，例如甲基化態(tài)也可導(dǎo)致突變和/或來自編碼其的對應(yīng)多核苷酸的部分或全部蛋白的缺乏表達。
[0081]如本文使用的“遺傳異?！笔侵赶鄬τ谑茉囌呒毎恼Ｌ烊缓怂岷康娜笔?、替換、添加、易位、擴增等。如本文使用的“編碼EZH2蛋白基因”是指編碼任何EZH2蛋白的基因或多核苷酸的任意部分。此術(shù)語含義內(nèi)包括編碼EZH2的外顯子。編碼EZH2蛋白的基因包括但不限于編碼部分或全部EZH2的基因。
[0082]本文中提及的術(shù)語“多核苷酸”意指具有至少10個堿基長度的核苷酸(核糖核苷酸或脫氧核苷酸或兩種核苷酸中任一類型核苷酸的修飾形式)的多聚形式。該術(shù)語包括單鏈和雙鏈形式的DNA。
[0083]本文中提及的“寡核苷酸”包括天然存在和修飾的核苷酸，其通過天然存在的和非天然存在的寡核苷酸鍵連接在一起。寡核苷酸是一種多核苷酸亞類，其通常包括200個堿基或更少的長度。優(yōu)選地，寡核苷酸為10至60堿基長度并且最優(yōu)選12、13、14、15、16、17、
18、19或20至40堿基長度。寡核苷酸通常為單鏈的，例如對于探針，盡管寡核苷酸可以是雙鏈的，例如用于構(gòu)建基因突變體。寡核苷酸可以是正義或反義寡核苷酸。
[0084]寡核苷酸探針，或探針，是一種核酸分子，其尺寸范圍通常為約8個核苷酸至數(shù)百個核苷酸長度。這類分子通常用于通過在嚴格雜交條件下與這類靶核酸序列雜交確認樣品中的該靶核酸序列。雜交條件如上所詳述。
[0085] PCR引物也為核酸序列，盡管PCR引物通常為非常短長度的寡核苷酸，其用于聚合酶鏈反應(yīng)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員可使用從靶序列得到的序列信息研發(fā)和生產(chǎn)PCR引物和雜交探針。(參見，例如Sambrook等,上述,或Glick等,上述)。
[0086]如本文使用的“過度表達”和“過表達”及其語法變型意指相對于正常細胞，給定細胞產(chǎn)生某些蛋白質(zhì)的數(shù)量增加。例如，已知一些腫瘤細胞相較于來自正常乳腺組織的細胞在細胞表面過表達Her2或Erb2?；蜣D(zhuǎn)移實驗已顯示HER2的過表達將轉(zhuǎn)化NIH3T3細胞并還可導(dǎo)致對于有毒巨噬細胞細胞因子腫瘤壞死因子抗性的增加。Hudziak等,"AmplifiedExpression of the HER2/ERBB20ncogene Induces Resistance to Tumor NecrosisFactor Alpha in NIH3T3Cells"，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85，5102-5106 (1988)。在特定細胞中多肽的表達水平可被但不限于細胞基因組中各種調(diào)控元件和/或非編碼序列的突變、缺失和/或替換影響。
[0087]如本文使用的，“治療”意指有益的改變與病癥相關(guān)的一種或多種癥狀的任何方式。因此，該術(shù)語包括治愈或改善所述病癥的癥狀或副作用或降低所述病癥的進展速率。
[0088]如本文使用的，術(shù)語“癌癥(cancer) ”、“贅生物(neoplasm) ”和“腫瘤(tumor) ”可互換使用并且以單數(shù)或復(fù)數(shù)形式使用，指的是細胞經(jīng)歷惡變使得它們對于宿主生物體是病理性的。原發(fā)癌細胞(即，細胞自惡變位點附近獲得)可通過確立的技術(shù)(尤其是組織檢查)和非癌性細胞容易地區(qū)分。如本文使用的，癌細胞的定義不僅包括原發(fā)癌細胞，也包括自癌祖細胞衍生的任何細胞。該細胞包括轉(zhuǎn)移癌細胞，和衍生自癌細胞的體外培養(yǎng)物和細胞系。當(dāng)提及一類正常顯示為實體瘤的癌癥時，“臨床上可檢測的”腫瘤是基于腫瘤實體可檢測的，例如，通過如CAT掃描、MR成像、X射線、超聲或觸診的方法和/或由于自患者獲得的樣品中一種或多種癌癥特異性抗原的表達而可檢測的一類腫瘤。腫瘤可以是造血系統(tǒng)腫瘤，例如血液細胞腫瘤等?；谶@類腫瘤的臨床病狀的具體實例包括白血病如慢性髓細胞白血病或急性髓細胞白血??；骨髓瘤如多發(fā)性骨髓瘤；淋巴瘤等。
[0089]癌癥可為其中存在異常數(shù)量的母細胞或被診斷為血癌或發(fā)育不良的任意癌癥，血癌或發(fā)育不良例如白血病、髓系惡性腫瘤或骨髓發(fā)育不良，包括但不限于，未分化急性骨髓性白血病、原始粒細胞性白血病、原始粒細胞性白血病、前髓細胞性白血病、粒單核細胞性白血病、單核細胞性白血病、紅白血病(erythroleukemia)和巨核母細胞白血病。在一方面，癌癥是髓系惡性癌癥。在另一方面，癌癥是白血病。該白血病可為急性淋巴細胞白血病、急性非淋巴細胞白血病、急性髓性白血病(AML)、慢性淋巴細胞性白血病、慢性髓性(或髓細胞)白血病(CML)和慢性骨髓單核細胞性白血病(CMML)。在一個實施方案中，所述人具有特發(fā)性髓樣化生Oagnogenic myeloid metaplasia)和/或高風(fēng)險骨髓增生異常(poor-risk myelodysplasia) (MDS)。在一些方面該癌癥是復(fù)發(fā)的或難治的。
[0090]血癌還包括淋巴惡性，其可影響淋巴結(jié)、脾臟、骨髓、外周血液、和/或結(jié)外位點。淋巴癌 包括B細胞惡性腫瘤，其包括但不限于B細胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)。B-NHL可為惰性的(或低級)、中級(或侵襲性)或高級(十分侵襲性)的。惰性B細胞淋巴瘤包括濾泡性淋巴瘤(FL);小淋巴細胞淋巴瘤(SLL);邊緣區(qū)淋巴瘤(MZL)包括結(jié)節(jié)MZL，結(jié)外MZL,脾MZL和具有絨毛淋巴細胞的脾MZL ;淋巴漿細胞淋巴瘤(LPL)；以及粘膜相關(guān)淋巴組織(MALT或結(jié)外邊緣區(qū))淋巴瘤。中級B-NHL包括涉及或不涉及白血病的套細胞淋巴瘤(MCL)、彌漫大細胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡大細胞(或者3級或3B級)淋巴瘤和原發(fā)性縱隔淋巴瘤(PML)。高級B-NHL包括伯基特淋巴瘤(Burkitt’s lymphoma) (BL)、伯基特樣淋巴瘤、小無裂細胞淋巴瘤(SNCCL)和成淋巴細胞淋巴瘤。其它B-NHL包括成免疫細胞淋巴瘤(或免疫細胞瘤)，原發(fā)性滲出性淋巴瘤(primary effusion lymphoma)、HIV關(guān)聯(lián)(或AIDS相關(guān))淋巴瘤和移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)或淋巴瘤。B細胞惡性腫瘤還包括但不限于慢性淋巴細胞白血病(CLL)、前淋巴細胞白血病(PLL)、華氏巨球蛋白血癥(WM)、毛細胞白血病(HCL)、大顆粒淋巴細胞(LGL)白血病、急性淋巴(或淋巴細胞或成淋巴細胞)白血病和Castleman病。NHL還可包括T細胞非霍奇金淋巴瘤(T-NHL)，其包括但不限于未另說明(NOS)的T細胞非霍奇金淋巴瘤、外周T細胞淋巴瘤(PTCL)、間變性大細胞淋巴瘤(anaplastic large cell lymphoma) (ALCL)、血管免疫母細胞性淋巴病癥(AILD)、鼻自然殺傷(NK)細胞/T細胞淋巴瘤、Y/δ淋巴瘤、皮膚T細胞淋巴瘤、蕈樣肉芽腫病(mycosisfungoides)和塞扎里綜合征(Sezary syndrome)。
[0091]血癌還包括霍奇金淋巴瘤(或疾病)，包括經(jīng)典霍奇金淋巴瘤、結(jié)節(jié)硬化型霍奇金淋巴瘤、混和細胞性霍奇金淋巴瘤、淋巴細胞優(yōu)勢型(LP)霍奇金淋巴瘤、結(jié)節(jié)性LP霍奇金淋巴瘤、以及淋巴細胞耗盡的(cbpleted)霍奇金淋巴瘤。血癌還包括漿細胞疾病或癌癥如多發(fā)性骨髓瘤(MM)，包括郁積性(smoldering)MM、意義未明(或未知或不清楚)的單克隆丙種球蛋白病(MGUS)、漿細胞瘤(骨，髓外)、淋巴漿細胞淋巴瘤(LPL)、華氏巨球蛋白血癥、漿細胞白血病和原發(fā)性淀粉樣變(AL)。血癌還可包括其他造血細胞的其它癌癥，所述細胞包括多形核白血球(或嗜中性球)、嗜堿性粒細胞、嗜酸性粒細胞、樹突細胞、血小板、紅細胞和自然殺傷細胞。包括造血細胞的組織在此稱作〃造血細胞組織〃包括骨髓；外周血液；胸腺；和外周淋巴組織，例如脾臟、淋巴結(jié)、粘膜相關(guān)淋巴組織(例如與內(nèi)臟相關(guān)性淋巴組織)、扁桃體、派伊爾結(jié)(Peyer’s patch)和闌尾和與其它粘膜例如支氣管襯里相關(guān)的淋巴組織。
[0092]在一些實施方案中，樣品選自由以下構(gòu)成的組:癌細胞、腫瘤細胞、細胞、血液、血液組分、尿液和唾液。
[0093]本發(fā)明化合物
[0094]在有此需要的人中治療癌癥的方法的特定實施方案中，EZH2抑制劑為式1:
[0095]
【權(quán)利要求】
1.在有此需要的人中治療癌癥的方法，其包括在來自所述人的樣品中測定以下至少一項: a.在來自所述人的樣品的EZH2中丙氨酸677(A677)殘基處存在或不存在突變；或 b.在EZH2中酪氨酸641(Y641)殘基處存在或不存在突變；或 c.相比于對照存在或不存在增加的H3K27me3水平， 并且如果在所述樣品中存在至少一項所述A677突變、Y641突變或增加的H3K27me3水平，則向所述人施用有效量的EZH2抑制劑或其藥學(xué)上可接受的鹽。
2.權(quán)利要求1的方法，其中該EZH2抑制劑是式(I)化合物、或其藥學(xué)上可接受的鹽:
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中該EZH2抑制劑是其中W為CR2的式⑴化合物。
4.權(quán)利要求1至3任一項的方法，其中該EZH2抑制劑是化合物B:
5.權(quán)利要求1至4任一項的方法，其中測定a、b和c中至少兩項。
6.權(quán)利要求1至5任一項的方法,其中測定a、b和C。
7.權(quán)利要求1至6任一項的方法，其中測定存在或不存在Y641突變且所述Y641突變?yōu)?Y641F、Y641S、Y641H、Y641N 或 Y641C。
8.權(quán)利要求1至7任一項的方法，其中測定存在或不存在A677突變且所述A677突變?yōu)?A677G。
9.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中所述樣品包含至少一種癌癥細胞。
10.權(quán)利要求1至9任一項的方法，其中所述癌癥是淋巴瘤。
11.權(quán)利要求1至10任一項的方法，其中所述淋巴瘤選自由以下構(gòu)成的組:生發(fā)中心B細胞(GCB)，彌漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、脾臟邊緣區(qū)淋巴瘤(SMZL)、華氏巨球蛋白血癥淋巴漿細胞性淋巴瘤(WM)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細胞淋巴瘤(MCL)和粘膜相關(guān)淋巴組織(MALT)的結(jié)外邊緣區(qū)B細胞淋巴瘤。
12.權(quán)利要求1至11任一項的方法，其中所述A677突變和/或所述Y641突變?yōu)轶w細胞突變。
13.權(quán)利要求1至12任一項的方法，其中當(dāng)采用EZH2抑制劑治療時具有a)在EZH2中存在A766突變；b)在EZH2中存在Y641突變和/或相比于對照增加的H3K27me3水平中至少一項的人相比于不具有a，b或c的人具有增加的響應(yīng)率和/或改善的無進展存活。
14.權(quán)利要求1至13任一項的方法，進一步包括施用一種或多種另外的抗腫瘤藥物。
15.用于癌癥治療的試劑盒，其包含用于測定權(quán)利要求1中a、b或c中一項或多項的試劑盒以及用于測定權(quán)利要求1中a、b或c中一項或多項的工具。
16.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述工具選自下組:引物、探針和抗體。
17.編碼作為生物標(biāo)志物的A677突變的EZH2核酸或多肽序列用于治療。
18.權(quán)利要求17的EZH2序列，其中所述A677突變?yōu)锳677G。
19.在有此需要的人中治療癌癥的方法，包括在來自所述人的樣品中測定權(quán)利要求1中a、b或c中一項或多項，并將所述樣品中一項或多項所述突變的存在和/或相比于對照增加的H3K27me3水平與在有癌癥治療需要的所述人中相比于不具有所述突變以及不具有相比于對照增加的H3K27me3水平的人中響應(yīng)率和/或改善的無進展存活的增加的可能性關(guān)聯(lián)。
【文檔編號】A01N43/16GK103987842SQ201280059070
【公開日】2014年8月13日 申請日期:2012年9月30日 優(yōu)先權(quán)日:2011年9月30日
【發(fā)明者】C.L.克里西, G.甘吉, M.T.麥卡比, K.N.史密斯曼 申請人:葛蘭素史密斯克萊有限責(zé)任公司