意指視網(wǎng)膜細(xì)胞或可以分化成視網(wǎng)膜細(xì)胞的細(xì)胞，作為非限制性實(shí) 例為視網(wǎng)膜色素上皮細(xì)胞。
[0083] "皮膚細(xì)胞"意指通常存在于皮膚中的細(xì)胞，作為非限制性實(shí)例為成纖維細(xì)胞、角 化細(xì)胞、黑素細(xì)胞、脂肪細(xì)胞、間充質(zhì)干細(xì)胞、脂肪干細(xì)胞或血細(xì)胞。
[0084] "Wnt信號(hào)傳導(dǎo)激動(dòng)劑"意指可以執(zhí)行Wnt蛋白質(zhì)家族的一個(gè)或多個(gè)成員的 一種或多種生物功能的分子，作為非限制性實(shí)例為Wnt1、Wnt2、Wnt3、Wnt3a或2-氨 基-4-[3, 4-(亞甲二氧基）芐基氨基]-6-(3-甲氧基苯基）嘧啶。
[0085] "IL-6信號(hào)傳導(dǎo)激動(dòng)劑"意指可以執(zhí)行IL-6蛋白的一種或多種生物功能的分子， 作為非限制性實(shí)例為IL-6蛋白或IL-6受體（也稱為可溶性IL-6受體、IL-6R、IL-6Ra 等）。
[0086] "TGF-fU言號(hào)傳導(dǎo)激動(dòng)劑"意指可以執(zhí)行TGF-0蛋白超家族的一個(gè)或多個(gè)成員的 一種或多種生物功能的分子，作為非限制性實(shí)例為TGF-M、TGF-0 3、激活素A、BMP-4或 Nodal〇
[0087] "免疫抑制劑"意指可以抑制免疫系統(tǒng)的一個(gè)或多個(gè)方面并且通常不存在于哺乳 動(dòng)物中的物質(zhì)，作為非限制性實(shí)例為B18R或地塞米松（dexamethasone)。
[0088] "單鏈斷裂"意指其中一條或兩條鏈中的一條鏈中的一個(gè)或多個(gè)連接核苷酸的共 價(jià)鍵已經(jīng)斷裂的單鏈或雙鏈DNA的區(qū)域。
[0089] "雙鏈斷裂"意指其中兩條鏈中的每一條鏈中的一個(gè)或多個(gè)連接核苷酸的共價(jià)鍵 已經(jīng)斷裂的雙鏈DNA的區(qū)域。
[0090] "核苷酸"意指核苷酸或其片段或衍生物，作為非限制性實(shí)例為核堿基、核苷、三磷 酸核苷酸等。
[0091] "核苷"意指核苷酸或其片段或衍生物，作為非限制性實(shí)例為核堿基、核苷、三磷酸 核苷酸等。
[0092] "基因編輯"意指改變細(xì)胞的DNA序列，作為非限制性實(shí)例為通過用造成細(xì)胞的 DNA突變的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)染所述細(xì)胞。
[0093] "基因編輯蛋白"意指可以單獨(dú)地或與一種或多種其它分子組合來改變細(xì)胞的DNA 序列的蛋白質(zhì)，作為非限制性實(shí)例為核酸酶、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物核酸酶（TALEN)、鋅指 核酸酶、大范圍核酸酶、切口酶、規(guī)律成簇間隔短回文重復(fù)序列（CRISPR)相關(guān)蛋白質(zhì)或者 其天然或工程改造的變體、家族成員、直系同源物、片段或融合構(gòu)建體。
[0094] "修復(fù)模板"意指含有與基因編輯蛋白的10kb目標(biāo)位點(diǎn)內(nèi)的序列具有至少約70% 同源性的區(qū)域的核酸。
[0095] "重復(fù)序列"意指以一個(gè)以上拷貝存在于蛋白質(zhì)中、在至少約10%同源性內(nèi)的氨基 酸序列，作為非限制性實(shí)例為轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物的單體重復(fù)序列。
[0096] "DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域"意指能夠結(jié)合于DNA分子的分子區(qū)域，作為非限制性實(shí)例為包 含一個(gè)或多個(gè)鋅指的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域、包含一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)錄激活因子樣（TAL)效應(yīng)物重復(fù)序 列的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域或能夠結(jié)合于DNA分子的小分子的結(jié)合袋。
[0097] "結(jié)合位點(diǎn)"意指能夠被基因編輯蛋白、DNA結(jié)合蛋白、DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域或其生物活 性片段或變體識(shí)別的核酸序列或者基因編輯蛋白、DNA結(jié)合蛋白、DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域或其生物 活性片段或變體對(duì)其具有高親和力的核酸序列，作為非限制性實(shí)例為人類BIRC5基因的外 顯子1中的DNA的約20個(gè)堿基對(duì)序列。
[0098] "靶標(biāo)"意指含有結(jié)合位點(diǎn)的核酸。
[0099] 其它定義闡述于美國(guó)申請(qǐng)No. 13/465, 490、美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)No. 61/664, 494、美國(guó)臨 時(shí)申請(qǐng)No. 61/721，302、國(guó)際申請(qǐng)No.PCT/US12/67966、美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)No. 61/785, 404和美 國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)No. 61/842, 874中，所述文獻(xiàn)的內(nèi)容特此以全文引用的方式并入。
[0100] 現(xiàn)在已發(fā)現(xiàn)，5-甲基胞苷去甲基化途徑的非標(biāo)準(zhǔn)核苷酸成員，當(dāng)并入合成RNA中 時(shí)，可能增加所述合成RNA可翻譯成蛋白質(zhì)的效率，并且可能降低所述合成RNA的毒性。這 些非標(biāo)準(zhǔn)核苷酸包括例如：5_甲基胞苷、5-羥基甲基胞苷、5-甲酰基胞苷和5-羧基胞苷 (又稱為"胞苷-5-甲酸")。因此某些實(shí)施方案涉及核酸。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述核酸是 合成RNA分子。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述核酸包含一個(gè)或多個(gè)非標(biāo)準(zhǔn)核苷酸。在一個(gè)實(shí)施 方案中，所述核酸包含5-甲基胞苷去甲基化途徑的一個(gè)或多個(gè)非標(biāo)準(zhǔn)核苷酸成員。在另一 個(gè)實(shí)施方案中，所述核酸包含以下中的至少一種：5_甲基胞苷、5-羥基甲基胞苷、5-甲酰基 胞苷和5-羧基胞苷或其衍生物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述核酸包含以下中的至少一種： 假尿苷、5-甲基假尿苷、5-甲基尿苷、5-甲基胞苷、5-羥基甲基胞苷、N4-甲基胞苷、N4-乙 ?；蘸?-脫氮鳥苷或其衍生物。
[0101] 【5-甲基胞苷去甲基化途徑】
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種合成RNA分子，其包含以下中的至少兩種：5-甲基尿苷、5-甲基胞苷和7-脫氮 鳥苷。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其進(jìn)一步包含5-甲基尿苷、5-甲基胞苷和 7_脫氮鳥苷中的每一種的至少一個(gè)殘基。
3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子包含尿苷部分并且約 20 %至約80 %的所述尿苷部分是5-甲基尿苷。
4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子包含胞苷部分并且約 50 %至約100%的所述胞苷部分是5-甲基胞苷。
5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子包含鳥苷部分并且約 20 %至約80 %的所述鳥苷部分是7-脫氮鳥苷。
6. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子包含尿苷、胞苷和鳥 苷部分并且約20 %至約80 %的所述尿苷是5-甲基尿苷，約50 %至約100 %的所述胞苷是 5-甲基胞苷，并且約20 %至約80 %的所述鳥苷是7-脫氮鳥苷。
7. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其進(jìn)一步包含5' -帽結(jié)構(gòu)。
8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的合成RNA分子，其中所述5' -帽結(jié)構(gòu)是Cap1結(jié)構(gòu)。
9. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其進(jìn)一步包含3' -聚（A)尾。
10. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其進(jìn)一步包含UTR。
11. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其進(jìn)一步包含強(qiáng)Kozak序列。
12. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子編碼重編程蛋白。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的合成RNA分子，其中所述重編程蛋白選自0ct4蛋白、Sox2 蛋白、Klf4蛋白、c-Myc蛋白或Lin28蛋白。
14. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子，其中所述合成RNA分子編碼基因編輯蛋白。
15. 根據(jù)權(quán)利要求14所述的合成RNA分子，其中所述基因編輯蛋白包含DNA結(jié)合結(jié)構(gòu) 域和DNA核酸內(nèi)切酶或其生物活性片段的催化結(jié)構(gòu)域。
16. 根據(jù)權(quán)利要求14所述的合成RNA分子，其中所述基因編輯蛋白包含以下中的至少 一種：鋅指核酸酶、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)物核酸酶、核酸酶、大范圍核酸酶、切口酶和規(guī)律成 簇間隔短回文重復(fù)序列（CRISPR)相關(guān)蛋白或其生物活性片段或變體。
17. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白靶向以下的成員：TERT、 TERC、HBB、BRCAl、BRCA2、CCR5、CFTR、CXCR4、DDB2、DMD、EGFR、ERCC4、ERCC5、ERCC6、F9、F8、 Fll、SLC40A1、HAMP、HEXA、HFE、HJV、JAK家族、MYC家族、NF1、NF2、TP53、POLH、RAD2、PKN3、 RAS家族、BIRC5、TFR2、XPA、XPB、XPC、XPD、Rosa26、AAVSl、FBNl、HTT、APP、PSENl、PSEN2、 AP0E、SNCA、PRKN、LRRK2、CR1、CLU、PICALM、BIN1、MS4A4、MS4A6E、CD2AP、CD33、EPHA1、PINK1、 PARK7、ATPl3A2、HNPCCI、HNPCC2、HNPCC5、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、 FANCG、FANCI、FANCJ、FANCL、FANCM、FANCN、FANCP、RAD51C、VEGF家族、GCK、HNF1A、HNF4A、 HNF1B、S0D1、PTEN、RET、KIT、MET、APC、RB1 和TNF或其變體。
18. 根據(jù)權(quán)利要求14所述的合成RNA分子，其中所述基因編輯蛋白降低一種或多種蛋 白質(zhì)的表達(dá)。
19. 一種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白產(chǎn)生編碼非功能蛋白的基 因。
20. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白產(chǎn)生編碼顯性負(fù)性蛋白的 基因。
21. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白靶向非癌性人類基因組中 不存在的序列。
22. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白靶向以下的成員：病毒序 列、細(xì)菌序列、真菌序列、寄生蟲序列和癌癥基因組序列。
23. 根據(jù)權(quán)利要求17所述的核酸，其中所述基因編輯蛋白靶向以下中的至少一種： TTGCCCCCTGCCTGGCAGCC和TTCTTGAATGTAGAGATGCG。
24. -種編碼基因編輯蛋白的合成RNA分子，所述基因編輯蛋白包含以下中的至少一 種：假尿苷、5-甲基假尿苷、5-甲基尿苷、5-甲基胞苷、5-羥基甲基胞苷、M-甲基胞苷、 M-乙酰基胞苷和7-脫氮鳥苷或其衍生物。
25. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白降低存活素蛋白的表達(dá)。
26. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白產(chǎn)生編碼存活素蛋白的非 功能變體的基因。
27. -種編碼基因編輯蛋白的核酸，其中所述基因編輯蛋白產(chǎn)生編碼存活素蛋白的顯 性負(fù)性變體的基因。
28. -種治療組合物，其包含根據(jù)權(quán)利要求1所述的合成RNA分子或根據(jù)權(quán)利要求17 所述的核酸。
29. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的治療組合物，其進(jìn)一步包含遞送試劑。
30. 根據(jù)權(quán)利要求29所述的治療組合物，其中所述遞送試劑包含脂質(zhì)。
31. 根據(jù)權(quán)利要求29所述的治療組合物，其中所述遞送試劑包含聚乙二醇或其衍生 物。
32. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的治療組合物，其中所述治療組合物是以粒子的無菌水性混 懸液形式制備。
33. 根據(jù)權(quán)利要求32所述的治療組合物，其中所述粒子是脂質(zhì)體。
34. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的治療組合物，其進(jìn)一步包含第二合成RNA分子或核酸。
35. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的治療組合物，其進(jìn)一步包含修復(fù)模板。
36. -種治療癌癥的方法，其包括向有需要的患者施用有效量的根據(jù)權(quán)利要求28所述 的治療組合物。
37. 根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中所述癌癥包括以下中的至少一種：前列腺癌、結(jié) 腸癌、乳腺癌、肺癌、皮膚癌、腦癌、白血病、胰腺癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、骨癌、睪丸癌、肉瘤、 癌瘤、咽喉癌、腎癌、淋巴瘤、心臟癌、子宮頸癌、卵巢癌、眼癌、子宮癌、乳腺導(dǎo)管癌、膽囊癌、 口腔癌、頸癌、間皮瘤、鼻癌、竇癌、陰莖癌、肛門癌、唾液腺癌、小腸癌、甲狀腺癌、尿道癌、陰 道癌和外陰癌。
38. -種用于誘導(dǎo)細(xì)胞以表達(dá)相關(guān)蛋白質(zhì)的方法，其包括使所述細(xì)胞與根據(jù)權(quán)利要求 1所述的合成RNA分子或根據(jù)權(quán)利要求17所述的核酸接觸。
39. -種細(xì)胞，其通過根據(jù)權(quán)利要求38所述的方法產(chǎn)生。
40. -種生物體，其通過將根據(jù)權(quán)利要求39所述的細(xì)胞植入胚泡或子宮中而產(chǎn)生。
41. 根據(jù)權(quán)利要求40所述的生物體，其中所述生物體選自大鼠、小鼠、兔、豚鼠、靈長(zhǎng)類 動(dòng)物、豬、牛、雞、山羊、驢、貓、狗和斑馬魚。
42. 根據(jù)權(quán)利要求40所述的生物體，其中使所述細(xì)胞與編碼人類基因或其片段的核酸 進(jìn)一步接觸。
43. 根據(jù)權(quán)利要求42所述的生物體，其中將所述人類基因插入所述