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一種基于單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的桑樹(shù)遺傳分型方法與流程

文檔序號(hào):12056612閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種基于單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記的桑樹(shù)遺傳分型方法,其特征是由以下步驟構(gòu)成:

(1)種群調(diào)查與取樣;

(2)DNA提?。?/p>

(3)高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,其中,高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法為:提取樣本總RNA,用Oligo(dT)的磁珠富集分離mRNA,通過(guò)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)合成雙鏈cDNA,構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù),插入片段長(zhǎng)度為500bp,在Illumina HiSeq2500測(cè)序儀上進(jìn)行高通量測(cè)序,使用Trinity軟件對(duì)測(cè)序片段進(jìn)行拼接,從而得到基因序列;

(4)篩選種群的目標(biāo)基因TR2222;

(5)根據(jù)目標(biāo)基因TR2222設(shè)計(jì)引物,正向引物如序列表中SEQ ID NO:1所示;反向引物如序列表中SEQ ID NO:2所示;

(6)PCR擴(kuò)增,其中,PCR擴(kuò)增體系為50μl:36.5μl ddH2O、5μl 10×Buffer(含Mg2+)、4μl dNTP Mixture(2.5mM each)、0.5μl TaKaRa Taq(5U/μl)、2μl Template DNA(20-40ng/μl)、1μl正向引物、1μl反向引物;PCR反應(yīng)參數(shù)為:94℃預(yù)變性5min、94℃30s、55℃30s、72℃1min,35個(gè)循環(huán),72℃延伸10min;

(7)將(6)中PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,回收目標(biāo)片段,對(duì)回收產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序;

(8)序列拼接、比對(duì),鑒定記錄單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn);其中,所述目標(biāo)基因TR2222在桑樹(shù)種群中有8個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn),目標(biāo)基因TR2222基因片段如序列表中SEQ ID NO:3所示,其中8個(gè)單核苷酸位點(diǎn)分別位于13、115、201、297、384、386、486、551。

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