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一種檢測FFPE樣本DNA含量及完整性的方法與流程

文檔序號:12412963閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種檢測FFPE樣本DNA含量及完整性的方法,其特征在于,包括以下步驟:

S1,根據(jù)FFPE樣本的內(nèi)參基因設(shè)計產(chǎn)物長度為Mbp和Nbp的兩對引物,其中,M<N;

S2,取不同降解程度的樣本,使用qPCR方法進行定量,并使用人全基因組DNA標(biāo)準(zhǔn)品采用擴增Mbp產(chǎn)物的擴增引物進行標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制;

S3,每個所述樣本分別采用上述兩對引物進行擴增,根據(jù)Mbp產(chǎn)物的濃度確定DNA的有效濃度,根據(jù)Mbp產(chǎn)物與Nbp產(chǎn)物的CT差值判斷DNA的降解程度;以及

S4,根據(jù)所述樣本的檢測結(jié)果及建庫信息分析結(jié)果確定量化的判定標(biāo)準(zhǔn)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,M為50~100bp;N為150~300bp。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述S2中取n個不同降解程度的樣本,其中,n不少于200。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,所述內(nèi)參基因為GAPDH基因。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法,其特征在于,所述M=74,N=195,n=200。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法,其特征在于,所述Mbp產(chǎn)物的擴增引物為SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2;所述Nbp產(chǎn)物的擴增引物為SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法,其特征在于,所述S4確定量化的判定標(biāo)準(zhǔn)為:

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