1.用于早期高通量檢測(cè)玉米穗軸顏色的玉米軸色P1基因位點(diǎn)的一種或者多種SNP分子標(biāo)記物,所述SNP分子標(biāo)記物為選自如下的SNP標(biāo)記物:A003264、A003265、A003268、A003269、A003270、A003271、A003272、A003273、A003274和A003277,以玉米參考基因組B73V3版本染色體1為準(zhǔn),所述A003264對(duì)應(yīng)的位置為47,777,278,等位位點(diǎn)1為T,等位位點(diǎn)2為C;A003265對(duì)應(yīng)的位置為47,830,510,等位位點(diǎn)1為T,等位位點(diǎn)2為G;A003268對(duì)應(yīng)的位置為47,910,083,等位位點(diǎn)1為A,等位位點(diǎn)2為G;A003269對(duì)應(yīng)的位置為47,911,654,等位位點(diǎn)1為A,等位位點(diǎn)2為C;A003270對(duì)應(yīng)的位置為47,993,442,等位位點(diǎn)1為A,等位位點(diǎn)2為G;A003271對(duì)應(yīng)的位置為47,993,818,等位位點(diǎn)1為T,等位位點(diǎn)2為C;A003272對(duì)應(yīng)的位置為47,997,446,等位位點(diǎn)1為G,等位位點(diǎn)2為C;A003273對(duì)應(yīng)的位置為48,286,764,等位位點(diǎn)1為A,等位位點(diǎn)2為G;A003274對(duì)應(yīng)的位置為48,416,761,等位位點(diǎn)1為T,等位位點(diǎn)2為C;A003277對(duì)應(yīng)的位置為48,528,055,等位位點(diǎn)1為T,等位位點(diǎn)2為C。
2.用于早期高通量檢測(cè)玉米穗軸顏色的方法,其特征在于所述方法包括從待檢測(cè)的玉米品種獲得的核酸樣品中鑒定至少一種權(quán)利要求1限定的SNP標(biāo)記物,所述方法選自:直接測(cè)序、等位基因-特異性探針雜交、等位基因-特異性引物延伸、等位基因-特異性擴(kuò)增。
3.根據(jù)權(quán)利要求2的方法,其特征在于所述等位基因-特異性引物延伸中采用的等位基因特異性引物為選自如下的引物組:
(1)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GTCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTT(SEQ ID NO:1),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTC(SEQ ID NO:2),通用引物:GAGGTGTTGCTGGAGTGATTGAT(SEQ ID NO:3);
(2)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAC(SEQ ID NO:4),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAA(SEQ ID NO:5),通用引物:GGAGAAGCAAAATATGGCGTAGCA(SEQ ID NO:6);
(3)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CAGGTACGAATCCAGTGAAGCA(SEQ ID NO:7),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-AGGTACGAATCCAGTGAAGCG(SEQ ID NO:8),通用引物:TAGCTCCGGCCTGCACG(SEQ ID NO:9);
(4)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGA(SEQ ID NO:10),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGC(SEQ ID NO:11),通用引物:CAGCAGCCCAAATTCAATCAGT(SEQ ID NO:12);
(5)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGC(SEQ ID NO:13),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CTCTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGT(SEQ ID NO:14),通用引物:CTAGCCGGGTCACCCAAT(SEQ ID NO:15);
(6)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CCCAGCAGGCAGCATAAATGT(SEQ ID NO:16),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCAGCAGGCAGCATAAATGC(SEQ ID NO:17),通用引物:GATCGGGGACGCCGCTAA(SEQ ID NO:18);
(7)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTGGACTCGTCCCTCTTCG(SEQ ID NO:19),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTTGGACTCGTCCCTCTTCC(SEQ ID NO:20),通用引物:GGCTCTTTCCCTTGTTTGTTGT(SEQ ID NO:21);
(8)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAA(SEQ ID NO:22),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAG(SEQ ID NO:23),通用引物:AACGACGGAGATGCAAACAGAAT(SEQ ID NO:24);
(9)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GGTAAACATCGCTGCCCG(SEQ ID NO:25),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGTAAACATCGCTGCCCA(SEQ ID NO:26),通用引物:AGTAGGACTTGGCTTATTTGGTTCGT(SEQ ID NO:27);和
(10)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCGGCACATGACAAATCTGT(SEQ ID NO:28),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCGGCACATGACAAATCTGC(SEQ ID NO:29),通用引物:GCTGGCATTTCTATAAGAGGGCA(SEQ ID NO:30)。
4.權(quán)利要求1限定的一種或者多種SNP分子標(biāo)記物在早期鑒定玉米穗軸顏色中的應(yīng)用。
5.用于篩選玉米軸色P1基因位點(diǎn)與玉米穗軸顏色相關(guān)的SNP分子標(biāo)記物的方法,其特征在于所述方法包括如下步驟:(1)選擇玉米軸色P1基因區(qū)段附近的SNP;(2)根據(jù)所選擇的SNP,基于LGC公司的KASP Master Mix試劑盒設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)于每個(gè)SNP的KASP引物組;(3)以玉米基因組DNA作為模板,利用步驟(2)設(shè)計(jì)的KASP引物組進(jìn)行PCR擴(kuò)增;(4)對(duì)經(jīng)PCR擴(kuò)增后的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型,尋找基因分型成功的SNP標(biāo)記物;以及(5)將基因分型成功的SNP標(biāo)記物與有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義數(shù)量的已知軸色表型的樣品進(jìn)行對(duì)比,進(jìn)行T-TEST計(jì)算,選擇差異達(dá)到極顯著水平的P<0.01的SNP分子標(biāo)記物作為與玉米穗軸顏色相關(guān)的SNP分子標(biāo)記物。
6.根據(jù)權(quán)利要求5的方法,其特征在于所述SNP為權(quán)利要求1限定的SNP。
7.用于鑒定權(quán)利要求1限定的SNP標(biāo)記物的引物組。
8.根據(jù)權(quán)利要求7的引物組,其特征在于所述引物組選自:
(1)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GTCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTT(SEQ ID NO:1),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTC(SEQ ID NO:2),通用引物:GAGGTGTTGCTGGAGTGATTGAT(SEQ ID NO:3);
(2)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAC(SEQ ID NO:4),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAA(SEQ ID NO:5),通用引物:GGAGAAGCAAAATATGGCGTAGCA(SEQ ID NO:6);
(3)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CAGGTACGAATCCAGTGAAGCA(SEQ ID NO:7),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-AGGTACGAATCCAGTGAAGCG(SEQ ID NO:8),通用引物:TAGCTCCGGCCTGCACG(SEQ ID NO:9);
(4)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGA(SEQ ID NO:10),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGC(SEQ ID NO:11),通用引物:CAGCAGCCCAAATTCAATCAGT(SEQ ID NO:12);
(5)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGC(SEQ ID NO:13),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CTCTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGT(SEQ ID NO:14),通用引物:CTAGCCGGGTCACCCAAT(SEQ ID NO:15);
(6)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CCCAGCAGGCAGCATAAATGT(SEQ ID NO:16),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCAGCAGGCAGCATAAATGC(SEQ ID NO:17),通用引物:GATCGGGGACGCCGCTAA(SEQ ID NO:18);
(7)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTGGACTCGTCCCTCTTCG(SEQ ID NO:19),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTTGGACTCGTCCCTCTTCC(SEQ ID NO:20),通用引物:GGCTCTTTCCCTTGTTTGTTGT(SEQ ID NO:21);
(8)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAA(SEQ ID NO:22),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAG(SEQ ID NO:23),通用引物:AACGACGGAGATGCAAACAGAAT(SEQ ID NO:24);
(9)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GGTAAACATCGCTGCCCG(SEQ ID NO:25),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGTAAACATCGCTGCCCA(SEQ ID NO:26),通用引物:AGTAGGACTTGGCTTATTTGGTTCGT(SEQ ID NO:27);和
(10)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCGGCACATGACAAATCTGT(SEQ ID NO:28),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCGGCACATGACAAATCTGC(SEQ ID NO:29),通用引物:GCTGGCATTTCTATAAGAGGGCA(SEQ ID NO:30)。
9.用于鑒定權(quán)利要求1限定的SNP標(biāo)記物的試劑盒,所述試劑盒包含選自如下的試劑之一:等位基因特異性寡核苷酸、等位基因特異性引物、DNA探針和RNA探針。
10.根據(jù)權(quán)利要求9的試劑盒,所述等位基因特異性引物為選自如下的引物組:
(1)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GTCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTT(SEQ ID NO:1),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTC(SEQ ID NO:2),通用引物:GAGGTGTTGCTGGAGTGATTGAT(SEQ ID NO:3);
(2)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAC(SEQ ID NO:4),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAA(SEQ ID NO:5),通用引物:GGAGAAGCAAAATATGGCGTAGCA(SEQ ID NO:6);
(3)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CAGGTACGAATCCAGTGAAGCA(SEQ ID NO:7),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-AGGTACGAATCCAGTGAAGCG(SEQ ID NO:8),通用引物:TAGCTCCGGCCTGCACG(SEQ ID NO:9);
(4)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGA(SEQ ID NO:10),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGC(SEQ ID NO:11),通用引物:CAGCAGCCCAAATTCAATCAGT(SEQ ID NO:12);
(5)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGC(SEQ ID NO:13),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CTCTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGT(SEQ ID NO:14),通用引物:CTAGCCGGGTCACCCAAT(SEQ ID NO:15);
(6)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CCCAGCAGGCAGCATAAATGT(SEQ ID NO:16),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCAGCAGGCAGCATAAATGC(SEQ ID NO:17),通用引物:GATCGGGGACGCCGCTAA(SEQ ID NO:18);
(7)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTGGACTCGTCCCTCTTCG(SEQ ID NO:19),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTTGGACTCGTCCCTCTTCC(SEQ ID NO:20),通用引物:GGCTCTTTCCCTTGTTTGTTGT(SEQ ID NO:21);
(8)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAA(SEQ ID NO:22),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAG(SEQ ID NO:23),通用引物:AACGACGGAGATGCAAACAGAAT(SEQ ID NO:24);
(9)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GGTAAACATCGCTGCCCG(SEQ ID NO:25),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGTAAACATCGCTGCCCA(SEQ ID NO:26),通用引物:AGTAGGACTTGGCTTATTTGGTTCGT(SEQ ID NO:27);和
(10)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCGGCACATGACAAATCTGT(SEQ ID NO:28),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCGGCACATGACAAATCTGC(SEQ ID NO:29),通用引物:GCTGGCATTTCTATAAGAGGGCA(SEQ ID NO:30)。
11.根據(jù)權(quán)利要求9的試劑盒,其特征在于所述試劑盒中的試劑固定在基質(zhì)上或排列在陣列上。
12.用于鑒定權(quán)利要求1限定的一種或者多種SNP分子標(biāo)記物的試劑在早期鑒定玉米穗軸顏色中的應(yīng)用,所述用于鑒定權(quán)利要求1限定的一種或者多種SNP分子標(biāo)記物的試劑選自:等位基因特異性寡核苷酸、等位基因特異性引物、DNA探針和RNA探針。
13.根據(jù)權(quán)利要求12的應(yīng)用,其特征在于所述等位基因特異性引物為選自如下的引物組:
(1)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GTCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTT(SEQ ID NO:1),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCACTGTCCACTTCATTCTCAGTTC(SEQ ID NO:2),通用引物:GAGGTGTTGCTGGAGTGATTGAT(SEQ ID NO:3);
(2)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAC(SEQ ID NO:4),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TCCACTGCACTGCTACCAAGAA(SEQ ID NO:5),通用引物:GGAGAAGCAAAATATGGCGTAGCA(SEQ ID NO:6);
(3)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CAGGTACGAATCCAGTGAAGCA(SEQ ID NO:7),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-AGGTACGAATCCAGTGAAGCG(SEQ ID NO:8),通用引物:TAGCTCCGGCCTGCACG(SEQ ID NO:9);
(4)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGA(SEQ ID NO:10),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTGTGCATTTCAATGTAGATTAGGC(SEQ ID NO:11),通用引物:CAGCAGCCCAAATTCAATCAGT(SEQ ID NO:12);
(5)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGC(SEQ ID NO:13),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CTCTACTAGTCTACTACGATTTGGAACAGT(SEQ ID NO:14),通用引物:CTAGCCGGGTCACCCAAT(SEQ ID NO:15);
(6)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CCCAGCAGGCAGCATAAATGT(SEQ ID NO:16),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCAGCAGGCAGCATAAATGC(SEQ ID NO:17),通用引物:GATCGGGGACGCCGCTAA(SEQ ID NO:18);
(7)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TTGGACTCGTCCCTCTTCG(SEQ ID NO:19),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-TTTGGACTCGTCCCTCTTCC(SEQ ID NO:20),通用引物:GGCTCTTTCCCTTGTTTGTTGT(SEQ ID NO:21);
(8)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAA(SEQ ID NO:22),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGACACTTTGGCGTGTAGTAGTAG(SEQ ID NO:23),通用引物:AACGACGGAGATGCAAACAGAAT(SEQ ID NO:24);
(9)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-GGTAAACATCGCTGCCCG(SEQ ID NO:25),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CGGTAAACATCGCTGCCCA(SEQ ID NO:26),通用引物:AGTAGGACTTGGCTTATTTGGTTCGT(SEQ ID NO:27);和
(10)特異引物1:FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-TCCGGCACATGACAAATCTGT(SEQ ID NO:28),特異引物2:HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-CCGGCACATGACAAATCTGC(SEQ ID NO:29),通用引物:GCTGGCATTTCTATAAGAGGGCA(SEQ ID NO:30)。