一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明設(shè)及一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因及其在制備用于頭頸部 鱗狀細胞癌分子分型的試劑盒中的應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 頭頸部鱗狀細胞癌化ead and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是頭頸部 最常見的惡性腫瘤之一，主要包括唇癌、牙銀癌、舌癌、軟硬聘癌、頌骨癌、口底癌、口咽癌、 誕腺癌和上頌竇癌W及發(fā)生于顏面部皮膚黏膜的癌癥等，廣義的口腔癌包括眼眶W下、頸 部W上范圍內(nèi)所發(fā)生的癌癥，絕大部分屬于鱗狀細胞癌，統(tǒng)稱為頭頸部鱗狀細胞癌，中國等 發(fā)展中國家是HNSCC的高發(fā)地區(qū)。全球HNSCC致死率在癌癥致死率中排名第六，診斷后5年生 存率不及50%，屬預后較差、毀容性疾?。≒etersen,P.E. (2009) .Oral cancer prevention 曰nd control-the 曰ppro曰ch of the World He曰1th Org曰niz曰tion.Or曰1 Oncol 45,454- 460)。盡管過去Ξ十年間，手術(shù)、放療及化療等腫瘤治療手段得到長足的發(fā)展，但HNSCC患者 生存率的提高卻十分有限，運種持續(xù)高的死亡率主要歸咎于HNSCC的轉(zhuǎn)移和復發(fā)化eemans， C.R.，Braakhuis，B.J.，and Brakenhoff，R.H.(2011).The molecular biology of head and neck cancer.Nat Rev Cancer 11,9-22) eHNSCC是體細胞基因突變、煙草、酒精、HPV感 染等內(nèi)外部多種因素共同作用的結(jié)果，且具有高度異質(zhì)性，造成臨床上治療效果和預后差 異很大。
[0003] 目前，臨床上對HNSCC的分型仍采用由化oders描述、并被W冊采用的組織學分級方 法。該方法根據(jù)腫瘤細胞角化程度、細胞及核的多形性、核分裂的主觀評價腫瘤組織學分為 3級：1級(高分化）、2級（中分化）、3級(低分化），當腫瘤表現(xiàn)出不同分級時，最高分級決定最 終分類（B曰rns L，et 曰1. (2005) .P曰tholo邑y 曰nd genetics of he曰d曰ndneck tumors Lyon: lARCPress，168-175)。但是目前多數(shù)權(quán)威機構(gòu)和學者認為，在個體患者中，Broders/ WHO組織學分級系統(tǒng)與預后、治療反應(yīng)的相關(guān)性較差（Wo 0 1 ga r J A .( 2 0 0 6 ) .Histopathological prognosticators inoral andoropharyngeal squamous cell carcinoma.化al Oncol 42:229-239)，運主要是由于該組織分型方法存在如下明顯缺陷： 對腫瘤的區(qū)分不夠細致，存在組織學異型而取材標本較為局限；分級依賴于腫瘤細胞的結(jié) 構(gòu)特征而不是功能;評價腫瘤細胞時未將其與其支持的間質(zhì)和宿主組織相聯(lián)系等。因此，建 立新的、更為準確的HNSCC分型是頭頸部腫瘤臨床治療中急迫建立的方法，也是開展個體化 治療的基礎(chǔ)和前提。
[0004] 近年來，高通量基因測序技術(shù)的飛速發(fā)展為HNSCC分子分型及精準治療提供了可 能。2013年，國際癌癥基因組聯(lián)盟（International (Mincer Genome Consortium)利用外顯 子測序技術(shù)對口腔癌中的牙銀-頰鱗狀細胞癌進行測序，發(fā)現(xiàn)牙銀-頰鱗狀細胞癌除了具有 頭頸部惡性腫瘤常見突變基因 TP53和HRAS等外，還具有其它特異的變異基因，進一步證實 了不同頭頸部惡性腫瘤之間基因變異的差異性，為HNSCC進行基因分型并指導其臨床治療 提供廣闊前景。同時，基于分子分型的祀向藥物治療也為HNSCC的個體化治療提供可能。
[0005] 西妥昔單抗(Cetuximab)是首個獲得FDA批準的針對頭頸部鱗狀細胞癌的分子祀 點藥物，主要作用于EGFR的細胞外區(qū)域。一項令人矚目的多中屯、臨床試驗(N = 424)結(jié)果表 明，與單純放療相比，西妥昔單抗聯(lián)合放療能有效地降低頭頸腫瘤局部復發(fā)率，延長患者生 存期，明顯提高患者五年生存率（Bonne;r，J.A.，化ra;ri，P.M.，Giralt，J.，Aza;rnia，N.， Shin'D.M.，Cohen，R.B.，Jones，C.U.'Sur'R.，Raben，D.，Jassem，J.，et al.(2006) .Radiotherapy plus cetuximab for squamous-cell carcinoma of the head and neck.The 化w lingland journal of medicine 354,567-578)。另一個多中屯、III期臨床試 驗(N= 117)中，與順銷單藥化療相比，西妥昔單抗聯(lián)合順銷治療能顯著提高化療敏感性 (Burtness，B.，Goldwasser，M.A.，F(xiàn)lood，W.，Mattar，B.，F(xiàn)orastiere，A.A.，and Eastern Cooperative Oncology,6(2005).Phase III randomized trial of cisplatin plus placebo compared with cisplatin plus cetuximab in metastatic/recurrent head and neck cancer：an Eastern Cooperative Oncology Group study. Journal of clinical oncology：official journal of the American Society ofClinical Oncology 23,8646-8654)。國內(nèi)學者近期發(fā)現(xiàn):重組腺病毒p53基因治療結(jié)合常規(guī)化療可顯 著提高口腔鱗狀細胞癌Ξ期患者的生存率，但對口腔癌四期患者生存率無明顯促進效果， 提示建立針對HNSCC分子分型及其個體化治療勢在必行。
[0006] 因此，從基因?qū)用娼⒒诜肿訕酥疚镏笇缘姆肿臃中蚖及有效的個性化臨床 治療方案，對HNSCC患者進行臨床的個體化治療及其頭頸部精準醫(yī)療具有重要意義。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0007] 本發(fā)明針對目前HNSCC分型方法較為局限，特別是針對中國人群的HNSCC分子分型 基因群的研究非常有限，現(xiàn)有的評估方法準確性不高，無法指導臨床上對HNSCC的個性化治 療等問題，提供了一組用于HNSCC分子分型的基因及其檢測試劑盒。
[000引本發(fā)明一方面提供了一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因，具體包括如下 18個基因：ΤΡ53基因、CDKN2A基因、FAT1基因、CASP8基因、AJUBA基因、PIK3CA基因、N0TCH1基 因、KMT2D基因、NSD1基因、HLA-A基因、HRAS基因、FBXW7基因、RB1基因、PIK3R1基因、TRAF3基 因、NFE2L2基因、CUL3基因和ΡΤΕΝ基因。
[0009] 本發(fā)明的另一個方面還提供了上述一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因 在制備用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的試劑盒中的應(yīng)用。為此，本發(fā)明提供了一組用于 頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的PCR引物W及一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的探針。 所述PCR引物的核巧酸序列如SEQ ID No. 1至SEQ ID No.36所示，所述探針的核巧酸序列如 沈Q ID No.37至沈Q ID No.54所示。本發(fā)明還提供了上述用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型 的PCR引物W及探針在制備用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的試劑盒和基因忍片中的應(yīng) 用。
[0010] 本發(fā)明的另一個方面還提供了一種用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的試劑盒，其 包括能夠擴增權(quán)利要求1所述的一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因的PCR引物和/ 或能夠與權(quán)利要求1所述的一組用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因序列互補的探針。 上述PCR引物的核巧酸序列可W如SEQ ID No. 1至SEQ ID No.36所示。上述探針的核巧酸序 列可W如沈Q ID No.37至沈Q ID No.54所示。
[0011]此外，本發(fā)明還提供了一種用于頭頸部鱗狀細胞癌分子分型的基因