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一種基因點(diǎn)突變修復(fù)的方法與流程

文檔序號(hào):12346450閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種基于同源重組的基因編輯方法,包括采用核酸酶對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行切割,其特征在于:所述方法中還包括ssgRNA和靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子,所述ssgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子能夠調(diào)控基因編輯相關(guān)蛋白的轉(zhuǎn)錄。

2.如權(quán)利要求1所述的方法,所述的核酸酶對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行同源重組包括采用sgRNA,所述sgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向目標(biāo)基因進(jìn)行切割;優(yōu)選所述sgRNA包括3'端的保守間隔相鄰基序,優(yōu)選所述的基序?yàn)镹GG;優(yōu)選所述sgRNA為18-23bp,優(yōu)選20bp。

3.如權(quán)利要求1或2所述的方法,所述的核酸酶選自Cas9和CPF1,所述Cas9優(yōu)選選自SaCas9、SpCas9。

4.如權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法,所述方法中還包括同源互補(bǔ)修復(fù)模板,優(yōu)選在同源重組的整合位點(diǎn)刪除終止密碼子。

5.如權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)所述的方法,所述的ssgRNA包括3'端的保守間隔相鄰基序,優(yōu)選所述的基序?yàn)镹GG;優(yōu)選所述的ssgRNA為14-16bp,更優(yōu)選為14bp、15bp或16bp。

6.如權(quán)利要求1-5任一項(xiàng)所述的方法,所述的靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子選自靶向性轉(zhuǎn)錄激活因子或靶向性轉(zhuǎn)錄抑制因子的至少一種,優(yōu)選所述靶向性轉(zhuǎn)錄激活因子選自VP64,優(yōu)選所述靶向性轉(zhuǎn)錄抑制因子選自KRAB。

7.如權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所述的方法,所述的基因編輯相關(guān)蛋白選自非同源區(qū)末端連接相關(guān)蛋白和同源重組相關(guān)蛋白的至少一種,優(yōu)選所述非同源區(qū)末端連接相關(guān)蛋白選自LIG4,優(yōu)選所述同源重組相關(guān)蛋白選自Rad51、Rad52和Brca1或其組合。

8.如權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述的方法,所述方法中的核酸酶與靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子形成融合蛋白,優(yōu)選所述融合蛋白包含柔性連接子。

9.如權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述的方法,所述的ssgRNA還偶聯(lián)了RNA適配體序列,所述RNA適配體序列能夠特異性的與關(guān)聯(lián)蛋白結(jié)合,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與所述的關(guān)聯(lián)蛋白形成融合蛋白。

10.如權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述的方法,所述方法中的核酸酶與第一靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子形成融合蛋白,優(yōu)選所述融合蛋白包含柔性連接子,所述的ssgRNA還偶聯(lián)了RNA適配體序列,所述RNA適配體序列能夠特異性的與關(guān)聯(lián)蛋白結(jié)合,第二靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與所述的關(guān)聯(lián)蛋白形成融合蛋白。

11.如權(quán)利要求9或10任一項(xiàng)所述的方法,所述RNA適配體為發(fā)夾結(jié)構(gòu);優(yōu)選所述發(fā)夾結(jié)構(gòu)選自MS2或PP7,所述關(guān)聯(lián)蛋白選自MS2結(jié)合蛋白或PCP結(jié)合蛋白。

12.一種用于基因編輯的組合物,包括ssgRNA和靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子,所述ssgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子能夠調(diào)控基因編輯相關(guān)蛋白的轉(zhuǎn)錄。

13.如權(quán)利要求12所述的組合物,所述組合物還包括核酸酶、sgRNA、同源互補(bǔ)修復(fù)模板或其組合。

14.一種用于基因編輯的組合物,包括核酸酶、核酸酶與靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子形成的融合蛋白、sgRNA、ssgRNA和同源互補(bǔ)修復(fù)模板,所述ssgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子能夠調(diào)控基因編輯相關(guān)蛋白的轉(zhuǎn)錄。

15.一種用于基因編輯的組合物,包括提供核酸酶、sgRNA、RNA適配體序列與ssgRNA的偶聯(lián)分子、同源互補(bǔ)修復(fù)模板、靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與RNA適配體關(guān)聯(lián)蛋白的融合蛋白,所述ssgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子能夠調(diào)控基因編輯相關(guān)蛋白的轉(zhuǎn)錄。

16.一種用于基因編輯的組合物,包括提供核酸酶與第一靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子形成的融合蛋白、sgRNA、RNA適配體序列與ssgRNA的偶聯(lián)分子、同源互補(bǔ)修復(fù)模板和第二靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與RNA適配體關(guān)聯(lián)蛋白的融合蛋白,所述ssgRNA能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子能夠調(diào)控基因編輯相關(guān)蛋白的轉(zhuǎn)錄。

17.如權(quán)利要求12-16任一項(xiàng)所述的組合物,所述的靶向性轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子選自靶向性轉(zhuǎn)錄激活因子或靶向性轉(zhuǎn)錄抑制因子的至少一種,優(yōu)選所述靶向性轉(zhuǎn)錄激活因子選自VP64,優(yōu)選所述靶向性轉(zhuǎn)錄抑制因子選自。

18.如權(quán)利要求12-16任一項(xiàng)所述的組合物,所述的基因編輯相關(guān)蛋白選自非同源區(qū)末端連接相關(guān)蛋白和同源重組相關(guān)蛋白的至少一種,優(yōu)選所述非同源區(qū)末端連接相關(guān)蛋白選自LIG4,優(yōu)選所述同源重組相關(guān)蛋白選自Rad51、Rad52和Brca1或其組合。

19.一種RNA適配體序列與ssgRNA的偶聯(lián)分子,所述的ssgRNA部分能夠引導(dǎo)核酸酶靶向基因編輯相關(guān)蛋白的編碼核酸但不會(huì)發(fā)生切割,所述RNA適配體序列部分能夠特異性的與關(guān)聯(lián)蛋白結(jié)合;優(yōu)選所述的ssgRNA部分包括3'端的保守間隔相鄰基序,優(yōu)選所述的基序?yàn)镹GG;優(yōu)選所述的ssgRNA部分為14-16bp,優(yōu)選為14bp、15bp或16bp。

20.如權(quán)利要求19所述的偶聯(lián)分子,所述RNA適配體為發(fā)夾結(jié)構(gòu);優(yōu)選所述發(fā)夾結(jié)構(gòu)選自MS2或PP7,所述關(guān)聯(lián)蛋白選自MS2結(jié)合蛋白或PCP結(jié)合蛋白。

21.一種試劑盒,包括權(quán)利要求12-18任一項(xiàng)所述的組合物或權(quán)利要求19-20任一項(xiàng)所述的偶聯(lián)分子。

22.權(quán)利要求1-11任一項(xiàng)所述的方法或權(quán)利要求12-18任一項(xiàng)所述的組合物或權(quán)利要求19-20任一項(xiàng)所述的偶聯(lián)分子用于基因編輯的用途。

23.權(quán)利要求1-11任一項(xiàng)所述的方法或權(quán)利要求22所述的用途,所述的基因來自于微生物、植物、動(dòng)物、細(xì)胞、哺乳動(dòng)物或人。

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