專利名稱：預(yù)測hcv治療中的早期病毒學(xué)應(yīng)答的制作方法
預(yù)測HCV治療中的早期病毒學(xué)應(yīng)答本發(fā)明涉及預(yù)測丙型肝炎病毒(HCV)感染患者對藥物治療的應(yīng)答的有用的方法。
背景技術(shù)：
慢性丙型肝炎的標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理是PEG干擾素加利巴韋林(ribavirin)的組合1。在用標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理治療后，整體的持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)率是約50% 2_4，盡管難以預(yù)測單個(gè)患者是否將實(shí)現(xiàn)SVR。實(shí)現(xiàn)SVR的可能性隨許多患者和病毒因子而改變。例如，較年輕的患者、高加索人和亞洲患者，以及沒有晩期肝纖維樣變性的個(gè)體更易于在治療后清除HCV感染5-8。類似地，感染2型或3型基因型，而非I型基因型HCV的患者，以及血清中具有低基線HCV RNA水平的患者具有最佳的治愈機(jī)會(huì)2_4’6’8。目前，僅在開始治療后才可能更精確地預(yù)測SVR。不論HCV基因型，在治療4或1 2周后清除了 HCV RNA的個(gè)體比具有持續(xù)性病毒血癥的患者有更好的實(shí)現(xiàn)SVR的機(jī)會(huì)9?？焖俚牟《緦W(xué)應(yīng)答(RVR，在第4周無法檢測到HCV RNA)是SVR的有力預(yù)示；相反，不能實(shí)現(xiàn)早期的病毒學(xué)應(yīng)答(EVR，在第12周HCV RNA下降大于2倍對數(shù)log)是無應(yīng)答的有力預(yù)示，不依賴于預(yù)處理的特征'預(yù)期地區(qū)分標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理的潛在應(yīng)答者和無應(yīng)答者的能力對慢性丙型肝炎患者的護(hù)理具有巨大影響?？梢曰诨颊邞?yīng)答標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理的可能性來個(gè)性化治療決策。例如，具有用現(xiàn)有的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)實(shí)現(xiàn)SVR的最低可能性的患者可以推遲治療，直到可獲得直接作用的抗病毒劑。相反，具有實(shí)現(xiàn)SVR的高可能性的患者可優(yōu)選用已知的治療方案立即開始療法。除宿主和病毒因子外，宿主的遺傳多祥性也影響對標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理治療的應(yīng)答n?；蚪M范圍的關(guān)聯(lián)性研究的現(xiàn)有證據(jù)提示在IL_28b基因的啟動(dòng)子區(qū)域中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)強(qiáng)烈影響用PEG干擾素加利巴韋林治療的患者中的SVR的可能性12_14。本分析的目標(biāo)是探索在多個(gè)患者同齡組中與早期病毒學(xué)應(yīng)答(EVR)和SVR均相關(guān)的SNP，所述患者包括首次接受治療的個(gè)體，以及對先前的PEG干擾素a-2b(12KD)加利巴韋林的療程的無應(yīng)答者，所述無應(yīng)答者接受過PEG干擾素a-2a(40KD)單ー療法、或用PEG干擾素a-2a(40KD)或常規(guī)干擾素加利巴韋林的組合療法。發(fā)明概述本發(fā)明基于這樣的發(fā)現(xiàn)，即在rsl2979860位置處的SNP基因型和用基于干擾素的方案來治療的患者中的EVR和SVR之間的強(qiáng)烈相關(guān)性。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)測感染了 HCV的人類對象對基于干擾素的治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答的方法，所述方法包括提供來自所述人類對象的樣品，鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象在rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因的對象的更高的早期病毒學(xué)應(yīng)答的可能性。在另ー個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)測感染了 HCV的人類對象對基于干擾素的治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答的方法，所述方法包括提供來自所述人類對象的樣品，鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因表示相對于在rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因的對象的更高的無早期病毒學(xué)應(yīng)答的可能性。在另ー個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了選擇在感染了 HCV的人類對象中實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的基于干擾素的治療的持續(xù)時(shí)間的方法，其中所述基于干擾素的治療選自PEG干擾素ct-2a與利巴,林、PEG干擾素a-2a與直接作用的抗病毒劑、PEG干擾素a-2a與利巴韋林和直接作用的抗病毒劑，或利巴韋林與直接作用的抗病毒劑(與內(nèi)源性干擾素)，所述方法包括提供來自所述人類對象的樣品，鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象在rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因的對象，基于干擾素的治療在更短的持續(xù)時(shí)間內(nèi)實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答。在另ー個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)測感染了 HCV的人類對象對于使用PEG干擾素a _2a、利巴韋林與直接作用的抗病毒劑的治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括提供來自所述人類對象的樣品，鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象在rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位 基因的對象，所述對象實(shí)現(xiàn)對所述治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答或持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的更高的可能性。在另ー個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)測感染了 HCV的人類對象對于使用PEG干擾素a -2A、利巴韋林與直接作用的抗病毒劑的治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括提供來自所述人類對象的樣品，鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因表示相對于在rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因的對象，所述對象無法實(shí)現(xiàn)對所述治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答或持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的更高的可能性。
附圖
簡介圖I :在整體I型基因型群體中，通過染色體針對rsl2979860調(diào)整后的(a)SVR(b)EVR)和(c)SVR的基因組范圍的關(guān)聯(lián)性結(jié)果。圖2 : (a) SVR和(b)EVR)的測試統(tǒng)計(jì)值分布的分位值-分位值圖?；疑珗A圈表示預(yù)期的P值，藍(lán)色圓圈表示觀察到的P值。圖3 :在高加索人I型基因型群體的IL-28區(qū)域中的顯著SNP (p < 10_5)的連鎖不平衡。發(fā)明詳述定義為了便于理解本發(fā)明，下文定義了多個(gè)術(shù)語。本文中定義的術(shù)語具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常理解的含義。術(shù)語如単數(shù)形式“a”、“an”和“ the”并不意在僅表示單數(shù)實(shí)體，也包括具體實(shí)例可用于示例的一般類型。本文中的術(shù)語是用于描述本發(fā)明的具體實(shí)施方案，但是除非概括在權(quán)利要求中，否則它們的使用不限定本發(fā)明。術(shù)語對使用干擾素的治療的“應(yīng)答”是對施用活性劑的理想應(yīng)答。病毒學(xué)終點(diǎn)包括“早期病毒學(xué)應(yīng)答”(EVR)，定義為從基線至第12周血清HCV RNA下降彡2-log (由CobasAmplicor HCV Monitor Test，v2. 0，定量限制為 600IU/mL);完全 EVR(cEVR)，定義為在血清中無法檢測到HCV RNA(由Cobas Amplicor HCV Test，2. 0版，定量限制為50IU/mL)；或和“持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答”(SVR)，定義為24周的未治療隨訪期結(jié)束時(shí)，無法檢測到HCVRNA( < 50IU/mL)。 術(shù)語“樣品”或“生物學(xué)樣品”指從個(gè)體分離的組織或液體樣品，包括但不限于組織活體檢查、血漿、血清、全血、脊髄液、淋巴液、皮膚、呼吸道、腸道和泌尿生殖道的外切片、淚液、唾液、乳汁、血細(xì)胞、腫瘤、器官。還包括體外細(xì)胞培養(yǎng)物成分的樣品(包括但不限于從培養(yǎng)基中的細(xì)胞生長獲得的條件培養(yǎng)基、推定感染病毒的細(xì)胞、重組細(xì)胞和細(xì)胞組分)。術(shù)語“干擾素”和“干擾素-a ”在本文中可互換的使用，指抑制病毒復(fù)制和細(xì)胞増殖，并調(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的高度同源的物種特異性蛋白質(zhì)家族。典型的合適干擾素包括但不限于重組干擾素a-2b (例如可獲得自Schering Corporation, Kenilworth, N. J.的Intron A干擾素)、重組干擾素a-2a (例如可獲得自Hoffmann-La Roche, Nutley,N.J.的Roferon -A干擾素)、重組干擾素a-2C (例如可獲得自Boehringer IngelheimPharmaceutical, Inc. , Ridgefield, Conn.的Berofor ct 2 干擾素)、干擾素 a-nl,純 化的天然a干擾素的摻合物(例如可獲得自Sumitomo, Japan的Slimiferon 或可獲得自 Glaxo-Wellcome Ltd. , London, Great Britain 的 Wellferon 干擾素 a-nl (INS))、或者共有a干擾素(例如在美國專利號4，897，471和4，695，623中描述的那些(特別地其實(shí)施例7、8或9),或可獲得自Amgen, Inc. , Newbury Park, Calif.的特定產(chǎn)品)、或者干擾素a-n3，由干擾素Sciences生產(chǎn)的天然a干擾素的混合物，可以商標(biāo)名Alferon獲得自 Purdue Frederick Co. , Norwalk, Conn.。使用干擾素 a-2a 或 a-2b 是優(yōu)選的。干擾素可包括下文定義的PEG化的干擾素。術(shù)語“PEG化干擾素”、“PEG化干擾素a ”和“PEG干擾素”在本文中可互換的使用，意指干擾素a (優(yōu)選干擾素a-2a和a _2b)的聚こニ醇修飾的綴合物。典型的合適PEG化干擾素a包括但不限于Peffasvs 和Peg-Intron 0術(shù)語“利巴韋林”指化合物1-((2R，3R，4S，5R)_3，4-ニ羥-5-羥甲基-四氫-呋喃-2-基)-1H-[1，2，4]三唑-3-羧酸酰胺，其是合成的、非干擾素誘導(dǎo)型的、廣譜抗病毒核苷類似物，可以名稱Virazole 和Copegus 茯得?！爸苯幼饔玫目共《緞碑a(chǎn)生不依賴于免疫功能的特定抗病毒效應(yīng)。用于HCV的直接作用的抗病毒劑的實(shí)例包括但不限于蛋白酶抑制劑、聚合酶抑制劑、NS5A抑制劑、IRES抑制劑和解旋酶抑制劑。目前為慢性丙型肝炎患者推薦的第一線治療是在攜帯I型或4型基因型病毒的患者中，用PEG化干擾素a與利巴韋林組合達(dá)48周，而在攜帯2型或3型基因型病毒的患者中達(dá)24周。發(fā)現(xiàn)在一個(gè)或多個(gè)干擾素a療程后復(fù)發(fā)的患者中，以及之前未受治療的患者中，用利巴韋林的組合治療比干擾素a単一療法更有效。然而，利巴韋林表現(xiàn)出顯著的副作用，包括致畸性和致癌性。此外,利巴韋林導(dǎo)致溶血性貧血,需要在約10-20%的患者中降低劑量或中斷利巴韋林療法，這可能與利巴韋林三磷酸在紅細(xì)胞中的積累有夫。因此，為了降低治療成本和負(fù)面事件的發(fā)生，將治療調(diào)整為較短的持續(xù)時(shí)間同時(shí)不損害療效是理想的。對于I型基因型患者，使用PEG化干擾素a和利巴韋林的縮短的“治療持續(xù)時(shí)間”可以是例如24周。對于I型基因型患者，使用PEG化干擾素a和利巴韋林與直接作用的抗病毒劑組合的縮短的治療持續(xù)時(shí)間可短至8周、12周或16周。在本文中，術(shù)語“等位基因”和“等位變體”指基因的備選形式，包括內(nèi)含子、外顯子、內(nèi)含子/外顯子接點(diǎn)和與基因或其部分相關(guān)的3'和/或5'非翻譯區(qū)。一般而言，等位基因占據(jù)了同源染色體上的相同基因座或位置。當(dāng)對象具有基因的兩個(gè)相同的等位基因時(shí)，稱所述對象對于所述基因或等位基因是純合的。當(dāng)對象具有基因的兩個(gè)不同的等位基因時(shí)，稱所述對象對于所述基因是雜合的。特定基因的等位基因可以在單個(gè)核苷酸或若干個(gè)核苷酸處彼此不同，并且可以包括核苷酸的替換、缺失和插入。在本文中，術(shù)語“多態(tài)性”指共存ー個(gè)以上的核酸形式，包括外顯子和內(nèi)含子，或其部分(例如，等位變體)。具有至少2個(gè)不同形式的基因部分(S卩，兩種不同的核苷酸序列)被稱為基因的多態(tài)性區(qū)域。多態(tài)性區(qū)域可以是單個(gè)核苷酸，即“單核苷酸多態(tài)性”或“SNP”，所述單個(gè)核苷酸在不同等位基因中是不同的。多態(tài)性區(qū)域還可以是若干個(gè)核苷酸長。多種用于檢測多態(tài)性的方法是已知的并可與本發(fā)明聯(lián)合使用。一般而言，包括直接(例如原位雜交)或間接(鑒定次級分子的改變，例如蛋白質(zhì)序列或蛋白質(zhì)結(jié)合)地鑒定下層(underlying)核酸序列中的ー個(gè)或多個(gè)突變。檢測多態(tài)性的ー種普遍已知的方法是使用探針進(jìn)行等位基因特異性雜交，所述探 針與突變或多態(tài)性位點(diǎn)重疊，并具有突變或多態(tài)性區(qū)域周圍的約5、10、20、25或30個(gè)核苷酸。為了在試劑盒中使用，向使用者提供例如若干個(gè)能夠與等位基因變體(如單核苷酸多態(tài)性)特異性雜交的探針，或者所述探針甚至附著在固相支持物(例如珠或芯片)上。單核苷酸多態(tài)性“rsl2979860”指通過其在SNP數(shù)據(jù)庫(dbSNP, www.ncbi.nlm.nih. gov/SNP/)中的登錄號鑒定的SNP，它位于人的19號染色體的IL28b基因的啟動(dòng)子區(qū)域中。對來自兩個(gè)大型多國研究的數(shù)據(jù)進(jìn)行此分析的結(jié)果(描述在實(shí)施例章節(jié)中)驗(yàn)證并拓展了由Ge等人首次報(bào)道12的IL28b區(qū)域中的SNP和用PEG干擾素加利巴韋林治療后的SVR之間的顯著關(guān)聯(lián)。在本分析中，最佳SNP(rsl297980)與EVR(p = 5. OXl(T2e)和SVR(p=I. 4X IO-21)均關(guān)聯(lián)。本研究的獨(dú)有優(yōu)點(diǎn)在于包括了下文所述的患者，以及具有良好譜系的大型亞組的無應(yīng)答者的本質(zhì)，所述患者不僅在用PEG干擾素a-2a(40KD)加利巴韋林治療后實(shí)現(xiàn)了 SVR，還在用PEG干擾素a -2a(40KD)單ー療法和常規(guī)干擾素加利巴韋林的組合的治療后實(shí)現(xiàn)了 SVR。本研究允許產(chǎn)生若干個(gè)獨(dú)特的提示。首先，我們提示了 rsl2979860的作用最可能是對EVR而非SVR產(chǎn)生的。與EVR而非SVR的關(guān)聯(lián)性是在之前的對治療無應(yīng)答者中，和在用PEG干擾素a-2a(40KD)單ー療法或用常規(guī)干擾素加利巴韋林來治療的患者中觀察到的。我們將此解釋為意味著該SNP發(fā)揮作用的機(jī)制與血清HCV RNA水平中的快速第一期下降相關(guān)，而不與較慢第二期下降或肝細(xì)胞轉(zhuǎn)化相關(guān)。HCV RNA的第一期下降是經(jīng)過充分描述的現(xiàn)象，其在基于干擾素的療法起始后不久發(fā)生，提示為是特別的患者對干擾素的敏感性的標(biāo)志19。之后，該研究中使用的特別的芯片允許我們對除rsl2979860外的一系列SNP的顯著性等級進(jìn)行排序，所有的SNP都是在之前的研究中鑒定的12_14’2°’21。雖然在IL28b區(qū)域中鑒定了若干高度顯著的標(biāo)志物，在針對rsl297980調(diào)整后它們卻無一與SVR顯著相關(guān)。在針對rsl2979860調(diào)整后，僅ー個(gè)SNP(rs8099917)與EVR統(tǒng)計(jì)顯著相關(guān)；然而，在針對多重比較調(diào)整后，上述關(guān)聯(lián)性也不被視為是顯著的。此外，通過針對rsl2979860調(diào)整，我們能夠開始探索潛在的基因-基因相互作用，所述相互作用可以影響實(shí)現(xiàn)病毒學(xué)應(yīng)答的可能性。如前所述，在此方法之后，在初歩分析中在IL28b區(qū)域中鑒定的的其他高度顯著的SNP無ー保留；然而，掲示了位于4號染色體上的一系列之前未報(bào)道過的SNP。在包括上述研究在內(nèi)的多個(gè)回顧性研究中獲得的一致結(jié)果12_14’2°_23允許我們自信地認(rèn)為在IL28b的啟動(dòng)子區(qū)域中的SNP與使用基于干擾素的療法的治療結(jié)果高度相關(guān)。已經(jīng)提示在該區(qū)域中多個(gè)啟動(dòng)子之一中的變化改變了干擾素入的肝細(xì)胞表達(dá)。干擾素入是III型干擾素，觸發(fā)與I型干擾素(包括干擾素a )的Jak/Stat途徑重疊的信號傳遞途徑24_26。我們假設(shè)在具有“允許的(permissive)” SNP的患者中，HCV感染誘導(dǎo)局部生產(chǎn)干擾素，包括III型干擾素(例如IL28)。這導(dǎo)致在肝臟中干擾素誘導(dǎo)的基因表達(dá)。該假設(shè)與之前的報(bào)道一致，即對基于干擾素的療法的無應(yīng)答者在療法開始前，其肝臟中具有增加的干擾素刺激型基因(ISG)的肝表達(dá)，并且處于明顯的“預(yù)活化”狀態(tài)27。尚未能清楚解釋在內(nèi)源性ISG誘導(dǎo)水平和隨后對干擾素療法的應(yīng)答之間的明顯矛盾的關(guān)系。ー些研究人員推測與蛋白激酶PKR相似的ISG誘導(dǎo)對軸的某些下游效應(yīng)可能通過磷酸化真核起始因子2 a (eIF2a)抑制內(nèi)源性蛋白質(zhì)生產(chǎn)，并導(dǎo)致對外源性干擾素的進(jìn)ー步刺激不應(yīng)的 (refractory)的肝細(xì)胞不能進(jìn)ー步減弱蛋白質(zhì)生產(chǎn)28。HCV RNA通過內(nèi)部的核糖體進(jìn)入位點(diǎn)被翻譯，且部分地不依賴于eIF2a。因此，盡管是“預(yù)活化的”狀態(tài)，可以不減弱地繼續(xù)HCVRNA的復(fù)制和其他病毒粒子的裝配28。該假設(shè)解釋了為何在我們的分析中，較之更可治療的基因型，弱應(yīng)答的GWAS基因型與更低的病毒負(fù)載相關(guān)，盡管之前的分析提示増加的基線病毒負(fù)載是差的治療結(jié)果的標(biāo)志6。干擾素的內(nèi)源性生產(chǎn)部分地?fù)p害了病毒復(fù)制，但同時(shí)也損害了這些患者中的宿主細(xì)胞蛋白質(zhì)合成?？赡艽嬖谶@樣的閾值，在所述閾值之上，宿主細(xì)胞不能進(jìn)ー步減少蛋白質(zhì)生產(chǎn)或増加ISG的刺激。因此，外源性干擾素不能增強(qiáng)宿主應(yīng)答。然而，與此相矛盾的是，施用外源性PEG化干擾素可以“拯救”對內(nèi)源性干擾素較不敏感的患者。遺傳多態(tài)性可能在ISG表達(dá)中發(fā)揮作用。這致使我們推測最終可能能夠選擇性地靶向干擾素途徑，以生產(chǎn)導(dǎo)致根除HCV的更有利的ISG譜。更具有挑戰(zhàn)性地是解釋4號染色體中的SNP與SVR而不與EVR相關(guān)的可能機(jī)制。最簡單的解釋可能需要該區(qū)域中的基因涉及僅與SVR相關(guān)的現(xiàn)象，例如肝細(xì)胞轉(zhuǎn)化。該機(jī)制還可能涉及額外的宿主-宿主或宿主-病毒基因相互作用，藉此兩個(gè)基因座都產(chǎn)生其效應(yīng)，并需要進(jìn)ー步的仔細(xì)評估。在IL28b區(qū)域中發(fā)現(xiàn)的干擾素治療易感性基因座對使用現(xiàn)有的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)(SOC)的療法(即，PEG干擾素加利巴韋林)具有啟示作用。在不久的將來，可以設(shè)想在ー些患者中，在療法開始前確定IL28b基因型，并且將所述患者不僅通過HCV基因型分類(如目前推薦的1)，而且通過人的基因型分類。與目前的治療規(guī)范相反，初始治療方案將基于病毒的和人的基因型。需要在預(yù)期的試驗(yàn)中論述利巴韋林在上下文中的推定的作用。該發(fā)現(xiàn)還對正在進(jìn)行的用于HCV療法的直接作用的抗病毒劑研發(fā)項(xiàng)目具有啟示作用。直接作用的抗病毒劑產(chǎn)生不依賴于免疫功能的特定抗病毒效應(yīng)，但認(rèn)為至少ー些研發(fā)中的藥物類型可受益于累加的(如果不是協(xié)同的)先天性免疫調(diào)節(jié)效應(yīng)。實(shí)際上，基于干擾素的療法很可能將保留治療的骨架，因?yàn)樾枰柚钩霈F(xiàn)抗性HCV. 29HCV RNA編碼可以抑制I型干擾素的誘導(dǎo)的蛋白質(zhì)。例如，HCV的NS3-4A蛋白酶通過干擾干擾素調(diào)控因子-3 (IRF-3)的磷酸化作用，阻斷dsRNA-誘導(dǎo)的干擾素生產(chǎn)3°。因此，NS3-4A蛋白酶是雙治療靶，抑制其可以阻斷病毒復(fù)制和恢復(fù)IRF-3對HCV RNA復(fù)制的控制。當(dāng)與第二種小分子或標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理組合施用時(shí)具有強(qiáng)抗病毒效應(yīng)的蛋白酶抑制劑(例如特拉匹韋(Telaprevir))還抑制HCV籍以損害宿主干擾素應(yīng)答的蛋白酶的功能。重要的是觀察當(dāng)在具有干擾素不應(yīng)的和干擾素敏感的IL28b表現(xiàn)型的患者中組合直接作用的抗病毒劑與PEG干擾素加利巴韋林時(shí)，治療結(jié)果是否相似。干擾素不應(yīng)的患者對三重療法(直接作用的抗病毒劑加PEG干擾素加利巴韋林)的應(yīng)答可能與其僅接受使用直接作用的抗病毒劑的單ー療法相似。如果情況如上所述，則在用藥物(例如特拉匹韋)治療的過程中，具有干擾素不應(yīng)的IL28b表現(xiàn)型的患者對抗性突變的選擇更易感31。這些可能性提示了這樣的情形，其中具有干擾素易感的SNP(rsl2979860)的患者可能受益于使用PEG干擾素和利巴韋林的縮短的治療，而具有干擾素不應(yīng)的基因型的患者可能是延長的治療持續(xù)時(shí)間和/或更密集的治療方案的候選對象。備選地，對于具有干擾素不應(yīng)的基因型的患者而言，直接作用的抗病毒劑的不含干擾素的組合方案可為更恰當(dāng)?shù)摹Ｎ覀儶?dú)特的數(shù)據(jù)集突出了 rsl2979860SNP與EVR而非SVR的關(guān)聯(lián)，所述數(shù)據(jù)集包括對先前對使用PEG化干擾素標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理的無應(yīng)答者的患者的PEG干擾素a -2a加利巴韋林 療法的注冊試驗(yàn)。換言之，該SNP定義了患者對干擾素的應(yīng)答，而不是對療法的最終應(yīng)答，并由于他們實(shí)現(xiàn)EVR的可能性因此幫助鑒定可能或不太可能經(jīng)歷SVR的患者。它不太可能獨(dú)立于EVR來預(yù)測SVR。這對于一起使用直接作用的抗病毒劑與干擾素具有巨大的啟示作用。利用干擾素應(yīng)答的基線遺傳預(yù)示允許調(diào)整直接作用的抗病毒療法，以及干擾素的標(biāo)準(zhǔn)護(hù)理。被定義為干擾素應(yīng)答性低下的患者(即，在rsl2979860中2個(gè)T等位基因)可以是下文所述的小分子治療劑的差的候選對象，所述小分子治療劑依賴于內(nèi)源性或外源性干擾素介導(dǎo)的途徑的累積或協(xié)同效應(yīng)——特別地如果其是作為除SOC外的單種活性劑提供的。應(yīng)關(guān)心的是由于有效的單ー療法的結(jié)果，這些患者具有增加的出現(xiàn)藥物抗性突變的風(fēng)險(xiǎn)。相反，具有干擾素應(yīng)答表現(xiàn)型(即，在rsl2979860中2個(gè)C等位基因)的患者是對只使用SOC或與小分子的組合的療法的較短療程的優(yōu)秀候選對象。干擾素應(yīng)答性的遺傳素質(zhì)(predisposition)所允許的其他考慮是“協(xié)調(diào)”直接作用的抗病毒劑的組合。預(yù)測具有可接受的內(nèi)源性干擾素應(yīng)答的患者可以是靶向病毒功能的藥物(例如，對內(nèi)源性干擾素應(yīng)答也具有抑制性作用的蛋白酶抑制劑)的優(yōu)秀候選對象，以及減少病毒PAMP (病原體相關(guān)分子模式)量的藥物(例如，聚合酶抑制劑)的較差的候選對象，因其可損害患者通過患者的內(nèi)源性干擾素應(yīng)答來促進(jìn)自身治愈的能力。類似地，較之單獨(dú)的直接作用的抗病毒劑，或三重療法(S0C與ー種DAA)，預(yù)測具有低下的干擾素應(yīng)答的患者可為以“四重”療法作為第一線療法(2種直接作用的抗病毒劑，加入到PEG干擾素和利巴韋林)的候選對象。
實(shí)施例Tffe患者樣品收集和病毒學(xué)終點(diǎn)分析2次大型的多國隨機(jī)性III期試驗(yàn)中招募的患有慢性丙型肝炎患者亞群的樣品3’15。在ー個(gè)研究中，首次接受干擾素的患者隨機(jī)接受為其48周的僅使用PEG干擾素a-2a (40KD),或與利巴韋林組合,或常規(guī)干擾素a-2b加利巴韋林的治療3。僅前12周療程中對PEG干擾素a-2b(12KD)加利巴韋林的無應(yīng)答者有資格進(jìn)行第二個(gè)試驗(yàn)，其中，使患者隨機(jī)接受為期48或72周的、使用PEG干擾素a-2a(40KD)的標(biāo)準(zhǔn)或誘導(dǎo)劑量方案的治療15(全部患者接受標(biāo)準(zhǔn)劑量的利巴韋林)。研究設(shè)計(jì)、入選和排除標(biāo)準(zhǔn)以及這些試驗(yàn)的初步結(jié)果公開在別處3’15。從同意參與遺傳分析的患者收集的血液樣品儲藏在羅氏臨床樣品儲藏庫(RocheClinical Sample repository)中。在羅氏臨床樣品儲藏庫中提取DNA,并歸ー化為50ng/U L0 使用 Y 染色體特異性 TaqMan 測定(Applied Biosystems,Foster City, CA)首先對樣品進(jìn)行質(zhì)量檢查，評估DNA量和性別與符合臨床數(shù)據(jù)。病毒學(xué)終點(diǎn)包括定義為從基線至第12周血清中無法檢測到HCV RNA(由CobasAmplicor HCV Test, 2. 0 版，檢測限制 50IU/mL)或血清 HCVRNA 下降彡 2-log (由 CobasAmplicor HCV Monitor Test，2. 0版，定量限制600IU/mL)的早期病毒學(xué)應(yīng)答(EVR)和定義 為在24周的未治療隨訪期結(jié)束時(shí)，無法檢測到HCV RNA ( < 50IU/mL)的持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答(SVR)。在SVR的GWAS分析中，應(yīng)答者組由來自首次接受干擾素的研究群體的具有SVR的全部I型基因型患者組成。無應(yīng)答者由I)來自由PEG化干擾素治療再次攻擊的研究群體的全部I型基因型非SVR患者，和2)來自用PEG化干擾素和利巴韋林治療的首次接受干擾素的研究群體的I型基因型的非SVR患者組成。因此，來自由PEG化干擾素再次攻擊的研究群體的群體的全部應(yīng)答者被排除在本分析之外。在EVR的GWAS分析中，EVR組由來自首次接受干擾素的研究群體的具有EVR的全部I型基因型患者組成。非EVR組由I)來自用PEG化干擾素再次攻擊的患者群體的全部患者，和2)來自首次接受治療的研究群體的用PEG化干擾素+利巴韋林治療的I型基因型非EVR患者組成。分別在每個(gè)試驗(yàn)中，在非I型基因型的患者中的自報(bào)道的高加索人的IL28B區(qū)域SNP中進(jìn)行額外的探索性研究。(參見結(jié)果章節(jié)的細(xì)節(jié))?；蚍中蛿?shù)據(jù)分析使用HumanOmni IQuad (V I. 0)芯片和 iScan 掃描儀，在 Illumina Infinilim HDAssay Super上對樣品的1，016，423個(gè)標(biāo)志物進(jìn)行基因分型。實(shí)施初始質(zhì)量控制以由于重復(fù)樣品間的不一致的定型(call)、過剩雜合性、低定型率(く 0. 95)、簇分離、GenTrain分?jǐn)?shù)、強(qiáng)度和簇寬度來消除SNP。共計(jì)25個(gè)樣品未能通過初始質(zhì)量檢查或后續(xù)的基因分型嘗試。在質(zhì)量控制后，生成了具有基因型定型的1，002，139個(gè)SNP。計(jì)算自報(bào)告的高加索人群體的每條染色體的SNP數(shù)、等位基因頻率分布和哈迪溫伯格平衡。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析在單變量邏輯回歸模型中評估病毒學(xué)應(yīng)答(EVR或SVR)和基線變量(年齡、體重指數(shù)[BMI]、HCV RNA水平和ALT商作為連續(xù)變量輸入；性別、HCV基因型、組織學(xué)診斷(存在或不存在肝硬化)和人種作為分類變量輸入)之間的關(guān)聯(lián)性。在針對基線BMI、性別、年齡、病毒負(fù)載、ALT商和主成分分析(PCA)組分調(diào)整后，使用邏輯回歸(PR0C LOGISTIC, SAS v9. 2)測試個(gè)體SNP和應(yīng)答/不應(yīng)答之間的關(guān)聯(lián)性。
如Purcell等人提出的16，使用以總?cè)后w(“pgt”)創(chuàng)造的祖先數(shù)據(jù)集，基于PCA進(jìn)行祖先分析。總?cè)后w補(bǔ)充了來自11個(gè)不同種族的對象集的HapMap III期創(chuàng)立者，并在SAS JMP Genomics (S AS Institute Inc. , Cary, NC, USA)中進(jìn)行分析。比較具有或沒有異常值的PCA組分。異常值被定義為這樣的個(gè)體，所述個(gè)體的祖先距離在前十個(gè)推斷的變異軸之ー上的平均值至少6倍標(biāo)準(zhǔn)差。去除位于X和Y染色體或線粒體DNA上的SNP，以及在HapMap III期創(chuàng)立者中沒有基因分型的SNP (釋放數(shù)27)，或者在具有已知的高度連鎖不平衡的區(qū)域(Chr5，44-51. 5Mb ；Chr6,24-36Mb ；Chr8,8-12Mb ；Chrll,42-58Mb ；Chrl7,40-43Mb)中的 SNP。使用窗ロ 大小1000，r2 < 0. 25和窗ロ偏移100的PLINK16使剩余的SNP稀疏。通過邏輯回歸分析來測試在病毒學(xué)應(yīng)答(EVR和SVR)和單個(gè)SNP之間的關(guān)聯(lián)性。針對基線特征(BMI、性別、年齡、基線HCV RNA水平、ALT商數(shù)和PCA組分)進(jìn)行調(diào)整。通過似然比測試(LRT)評估顯著性。無效模型定義如下病毒學(xué)應(yīng)答=BMI+性別+年齡+HCV RNA水平+ALT商+PCA組分。在無效模型中，假定SNP的遺傳效應(yīng)為0.備選模型定義如下病毒學(xué)應(yīng)答=BMI+性別+年齡+HCV RNA水平+ALT商+PCA組分+SNP。使用LRT比較每個(gè)備選模型(即，含SNP的)的最大可能性估計(jì)量與相應(yīng)的無效模型(即，不含SNP的)，其具有X平方分布和等于不同參數(shù)數(shù)量的自由度。SNP作為連續(xù)變量(0、1、2)輸入模型中。PCA組分代表分析群體中最高的5個(gè)組分。在自報(bào)告的高加索人群體和非I型基因型群體中運(yùn)行相似的模型。在高加索人“pgt”群體的IL-28區(qū)域中的顯著SNP(p < 10_5)中計(jì)算連鎖不平衡(LD)。在Haploview v4. I17中生成r2的LD圖,LD塊是通過Gabriel等人的方法18推斷的。結(jié)果可獲得共計(jì)406名首次接受治療的患者和426名未對之前用PEG干擾素a -2b(12KD)治療的過程應(yīng)答的患者的樣品。EVR分析基于來自800名患者的數(shù)據(jù)，包括363名實(shí)現(xiàn)了 EVR的個(gè)體(45% )和437名未實(shí)現(xiàn)EVR的個(gè)體(55% )。SVR分析基于來自663名患者的數(shù)據(jù)，包括245名實(shí)現(xiàn)了 SVR的個(gè)體(37% )和418名未實(shí)現(xiàn)SVR的個(gè)體(63%)。表I中顯示了包括在EVR和SVR分析中的患者的基線特征?；€因子的單變量邏輯回歸模型顯示HCV基因型(p = 1.50X10_25)、年齡(5. 80X 10べ8)、ALT 商(p = 7. 50 X I(Tiq)、人種(p = 9. 20X 10ィ)、BMI (p = 4. 70 X 10’和組織學(xué)診斷(p = I. 30X10’與EVR顯著相關(guān)，而HCV因型(p = 4. 30X 10—27)、年齡(p = 5. 50X 10べ8)、ALT 商(p = 2. IOX 1(T8)、人種(p = 2. IOX 1(T8)、組織學(xué)診斷(p =5. 40 X 10’、BMI (p = 7. 20 X I(Te)和 HCV RNA 水平(p = 0. 0022)與 SVR 顯著相關(guān)。應(yīng)注意的是，性別既不與EVR也不與SVR顯著相關(guān)，而HCV RNA水平不與SVR顯著相關(guān)。全體I型基因型群體中的GWAS結(jié)果由于高的血緣關(guān)系系數(shù)(表示高度的親緣關(guān)系)，排除了共計(jì)4個(gè)分析了基因型的樣品。來自I型基因型患者的數(shù)據(jù)的分析包括了 627名具有已知的EVR狀態(tài)的患者(215名應(yīng)答者[34.3%]和412名無應(yīng)答者[65.7%])和516名具有已知的SVR狀態(tài)的患者(128名應(yīng)答者[24. 8% ]和388名無應(yīng)答者[75. 2% ])。圖I中通過染色體展示了 SVR和EVR的基因組范圍關(guān)聯(lián)性的結(jié)果。在19號染色體的IL-28區(qū)域中鑒定出一系列高度顯著的p值。分位值-分位值圖顯示預(yù)期的p值和觀察的P值緊密符合，除了與19號染色體相關(guān)的p值的ー些大的偏差(圖2)。對SVR和EVR的邏輯回歸分析分別掲示了 12和19個(gè)SNP，p < 10_5(表2)。與SVR和EVR分別相關(guān)的前6個(gè)SNP是相同的，都落入了 19號染色體的IL-28區(qū)域內(nèi)。SVR 和 EVR 的前 2 個(gè) SNP 是 rsl2979860(分別為 p = 1.4X1(T21 和 p = 5.0X10，和 rsl2980275 (分別為 p = 5. 8X 10_18 和 p = 4. 9X 1(T23)。與 SVR 相關(guān)的剩余的 6 個(gè) SNP中(表2)，無一與EVR相關(guān)，無一位于19號染色體上，且4個(gè)(rs943897、rsl7671102、rs4961441和rsl892723)可能是由于稀有純合子類別中的少數(shù)觀察結(jié)果(BB < 10名個(gè)體)的假相關(guān)。在與EVR相關(guān)的剩余的13個(gè)SNP中(表2)，無一與SVR相關(guān)，僅I個(gè)位于19號染色體上，且2個(gè)(rsll89800和rs4975629)可能是假相關(guān)。 表3中顯示了總?cè)后w和自報(bào)告的高加索人亞群的任何SVR和EVR模型的p < 10_5的全部SNP的邏輯回歸分析。當(dāng)在針對rsl2979860的效應(yīng)進(jìn)行調(diào)整之后重復(fù)分析時(shí)，無ー標(biāo)志物與SVR顯著相關(guān)，且僅I個(gè)標(biāo)志物與EVR顯著相關(guān)(rs8099917，p = 0. 0130)。表3中顯示的對IL-28區(qū)域中的SNP之間的連鎖不平衡的后續(xù)研究表明了ー個(gè)具有高度連鎖不平衡的簇(在rsl2979860和rsl2980275之間，r2 = 0. 98)和下游的包含rsl2980275、rsl2979860、rs8109886 和 rs8099917 的第二個(gè) SNP 簇(圖 3)。圖Ic中顯示了針對rsl2979860調(diào)整后的SVR的基因組范圍的結(jié)果。在針對rsl2979860調(diào)整并選入了額外的無應(yīng)答者之后的邏輯回歸分析結(jié)果掲示了 p < 10_5的另外10個(gè)SNP (表4)。令人感興趣的是，最顯著的5個(gè)中的3個(gè)(rsl0009948、rsl0023606和rs7673763)位于4號染色體上。令人好奇的是，這些僅與SVR相關(guān)而不與EVR相關(guān)。解釋性分析在高加索人自報(bào)告群體中的rsl2979860為了更好地表征和理解在IL28B之間的相關(guān)性，首先在自報(bào)告的高加索人群體中的非I型基因型中探索了 rsl2979860之間的相關(guān)性。使用與GWAS相同的邏輯回歸模型，以5%名義第一類錯(cuò)誤，在SVR和rsl2979860C等位基因數(shù)量之間觀察到了臨界的顯著相關(guān)性(OR= I. 88,95% Cl =
, p = 0.06)。類似地，在 EVR 和 rsl2979860C 等位基因數(shù)量之間的顯著相關(guān)性(OR = 2. 27,95% Cl [I. 12 ；4. 70]，p = 0. 02)。此外，還2個(gè)試驗(yàn)中分別描述了 rsl2979860之間的相關(guān)性。在首次接受治療的群體中，觀察到了 EVR和rsl2979860C等位基因之間的相關(guān)性，OR為大約5 (OR = 4. 9895%Cl [2. 35 ；10. 53]，p = 2. 6X10_5)。在全部3個(gè)治療層次中都持續(xù)觀察到了相關(guān)性。在PEG化干擾素療法失敗的患者群體中，沒有發(fā)現(xiàn)與持續(xù)性病毒應(yīng)答的相關(guān)性。然而，當(dāng)比較EVR (N= 185)和無EVR (N= 154)時(shí)，與rsl2979860的相關(guān)性持續(xù)存在(0R=I. 91 [I. 22 ；2. 96],p = 0. 003)。相關(guān)性不依賴于基線時(shí)的病毒負(fù)載、性別、年齡、治療和ALT 商。根據(jù)本公開內(nèi)容，可以在不進(jìn)行過多的實(shí)驗(yàn)的條件下，制備和執(zhí)行本文中公開和要求保護(hù)的全部組合物和/或方法。雖然本發(fā)明的組合物和方法是按照優(yōu)選的實(shí)施方案描述的，但對本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是可以在不脫離本發(fā)明的主_、范圍和概念范圍內(nèi)，對本文描述的組合物和/或方法、方法中的步驟或步驟的順序進(jìn)行改變。對本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的全部此類相似的取代和修改都被視為落入由所附權(quán)利要求限定的本發(fā)明的主旨、范圍和概念范圍內(nèi)。參考文獻(xiàn):I. Ghany MG，Strader DB，Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management，andtreatment of hepatitis C An update. Hepatology 2009 ；49 :1335-1374.2. Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC，Rustgi VK, Shiffman M，ReindollarR，Goodman ZD, Koury K，Ling M，Albrecht JK. Peginterferon alfa_2b plus ribavirincompared with interferon alfa_2b plus ribavirin for initial treatment ofchronic hepatitis C a randomised trial. Lancet 2001 ；358 :958-965.3. Fried MW，Shiffman ML, Reddy KR，Smith C，Marinos G，Goncales FL,Jr.，Haussinger D，Diago M，Carosi G，Dhumeaux D，Craxi A，Lin A，Hoffman J，Yu J. Peginterferon a_Lta_2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection.N Engl J Med 2002 ；347 :975-982.4. Hadziyannis SJ, Sette H，Jr.，Morgan TR, Balan V，Diago M，Marcellin P，Ramadori G，Bodenheimer H，Jr.，Bernstein D，Rizzetto M，Zeuzem S，Pockros PJ, LinA,Ackrill AM. Peginterferon-alpha2a and ribavirin combination therapy in chronichepatitis C a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. AnnIntern Med2004 ； 140 :346-355.5. Conjeevaram HS，F(xiàn)ried MW，Jeffers LJ, Terrault NA，Wiley-Lucas TE，Afdhal N，Brown RS，Belle SH，Hoofnagle JH，KleinerDE，Howell CD.Peginterferon andribavirin treatment in African American and Caucasian American patients withhepatitis C genotype I.Gastroenterology 2006 ；131 :470-477.6. Dienstag JL，McHutchison JG. American Gastroenterological Associationtechnical review on the management of hepatitis C.Gastroenterology 2006 ；130 231-264.7. Missiha S，Heathcote J, Arenovich T，Khan K. Impact of asian race onresponse to combination therapy with peginterferon alfa_2a and ribavirin inchronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 2007 ；102 :2181-2188.8. Reddy KR，Messinger D，Popescu M，Hadziyannis SJ. Peginterferonalpha_2a (40kDa)and ribavirin :comparable rates of sustained virologicalresponse in sub-sets of older and younger HCV genotype I patients. J Viral Hepat2009 ；16 :724-731.9.Ferenci P，F(xiàn)ried MW，Shiffman ML, Smith Cl, Marinos G，Goncales FL, Jr.,Haussinger D,Diago M,Carosi G,Dhumeaux D,Craxi A,Chaneac M,Reddy KR. Predictingsustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated withpeginterferon alfa~2a(40KD)/ribavirin. J Hepatol 2005 ；43 :425-433.10. Martinot-Peignoux M，Maylin S, Moucari R，Ripault MP, Boyer N, CardosoAC， Giuily N， Castelnau C， Pouteau M， Stern C， Auperin A， Bedossa P， Asselah T，Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitisC treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009 ；14 501-511.11. Asselah T，Bieche I，Sabbagh A，Bedossa P，Moreau R，Valla D，VidaudM，Marcellin P.Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 2009 ；58 846-858.12. Ge D，F(xiàn)ellay J，Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, HeinzenEL，Qiu P，Bertelsen AH，Muir AJ，Sulkowski M，McHutchisonJG，Goldstein DB.Geneticvariation in IL28B predicts hepatitis Ctreatment—induced viral clearance.Nature 2009 ；461 :399-401.13.Suppiah V，Moldovan M，Ahlenstiel G,Berg T,Weltman M，Abate ML,Bassendine M，Spengler U，Dore GJ，Powell E，Riordan S，Sheridan D，Smedile A，F(xiàn)ragomeli V，Muller T,Bahlo M,Stewart GJ,Booth DR,George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon—alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009 ；41 :1100-1104.14. Tanaka Y，Nishida N，Sugiyama M，KurosakiM，Matsuura K，Sakamoto N，Nakagawa M，Korenaga M，Hino K，Hige S，Ito Y，Mita E，Tanaka E，Mochida S,MurawakiY,Honda M，Sakai A，Hiasa Y，Nishiguchi S，Koike A，Sakaida I，Imamura M，Ito K，YanoK，Masaki N，Sugauchi F，Izumi N，Tokunaga K，Mizokami M. Genome-wide associationof IL28B with response to pegylated interferon—alpha and ribavirin therapy forchronic hepatitis C. Nat Genet 2009 ；41 :1105-1109.15. Jensen DM，Marcellin P，F(xiàn)reilich B，Andreone P，Di BA，Brandao-MelloCE，Reddy KR，Craxi A，Martin AO, Teuber G，Messinger D，Thommes JA, TietzA. Re-treatment of patients with chronic hepatitis C who do not respond topeginterferon_alpha2b a randomized trial. Ann Intern Med 2009 ；150 :528-540.16.Purcell S，Neale B,Todd-Brown K，Thomas L,Ferreira MA,Bender D,MailerJ，Sklar P，de Bakker PI, Daly MJ, Sham PC. PLINK a tool set for whole-genomeassociation and population-based linkage analyses. Am J Hum Genet 2007 ；81 559-575.17. Barrett JC, Fry B，Mailer J，Daly MJ. Haploview !analysis andvisualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics 2005 ；21 :263-265.18. Gabriel SB，Schaffner SF, Nguyen H，Moore JM, Roy J，Blu menstiel B，Higgins J，Defelice M，Lochner A，F(xiàn)aggart M，Liu-Cordero SN，Rotimi C，Adeyemo A，Cooper R,Ward R，Lander ES,Daly MJ,Altshuler D.The structure of haplotype blocksin the human genome. Science 2002 ；296 :2225-2229.19. Neumann AU，Lam NP，Dahari H，Gretch DR, Wiley TE，LaydeR TJ,Perelson AS. Hepatitis C viral dynamics in vivo and the antiviral efficacy ofinterferon-alpha therapy. Science 1998 ；282 :103-107.20.Thomas DL, Thio CL，Martin MP，Qi Y，Ge D，O1 huigin C，Kidd J，Kidd K，Khakoo SI，Alexander G，Goedert JJ,Kirk GD，Donfield SM，Rosen HR，Tobler LH，BuschMP，McHutchison JG，Goldstein DB，Carrington M. Genetic variation in IL28B andspontaneous clearance of hepatitis C virus. Nature 2009 ；461 :798-801.21. Rauch A，Kutalik Z，Descombes P，Cai T，Di IJ, Mueller T，Bochud M，Battegay M， Bernasconi E， Borovicka J， Colombo S， Cerny A， DufourJF, Furrer H，Gunthard HF，Heim M，Hirschel B，Malinverni R，MoradpourD，Mullhaupt B, Witteck A，Beckmann JS, Berg T，Bergmann S，Negro F，Telenti A，Bochud PY. Genetic Variationin IL28B Is Associated With Chronic Hepatitis C and Treatment Failure AGenome-wide Association Study. Gastroenterology 2010.22. McCarthy JJ, Li JH, Thompson A，Suchindran S，Lao XQ, Patel K，Tillmann HL， Muir AJ， McHutchison JG.Replicated association between aninterleukin_28B gene variant and a sustained response to pegylated interferonand ribavirin[manuscript in press].Gastroenterology2010. 23. Montes-Cano M，et al. IL28B genetic variants and hepatitis virusinfection by different viral genotypes[manuscript in press]. Hepatology2010.24. Marcello T,Grakoui A,Barba-Spaeth G，Machlin ES，Kotenko SV，MacDonaldMR，Rice CM. Interferons alpha and lambda inhibit hepatitis C virus replicationwith distinct signal transduction and generegulation kinetics. Gastroenterology2006 ；131 :1887-1898.25. Robek MD，Boyd BS，Chisari FV. Lambda interferon inhibits hepatitis Band C virus replication. J Virol 2005 ；79 :3851-3854.26.Siren J，Pirhonen J，Julkunen I，Matikainen S. IFN-alpha regulatesTLR-dependent gene expression of IFN-alpha, IFN-beta, IL-28,and IL-29. J Immunol2005 ；174 :1932-1937.27. Asselah T，Bieche I，Narguet S，Sabbagh A，Laurendeau I，RipaultMP, Boyer N，Martinot-Peignoux M，Valla D，Vidaud M，Marcellin P.Liver geneexpression signature to predict response to pegylated interferon plus ribavirincombination therapy in patients with chronic hepatitis C. Gut 2008 ；57 :516-524.28. Esteban M. Hepatitis C and evasion of the interferon system a PKRparadigm. Cell Host Microbe 2009 ；6 :495-497.29. Asselah T,BeRhamou Y,Marcellin P. Protease and polymerase inhibitorsfor the treatment of hepatitis C. Liver Int 2009 ；29Suppl I :57-67.30. Foy E，Li K，Wang C，Sumpter R，Jr.，Ikeda M，Lemon SM，Gale M，Jr. Regulation of interferon regulatory factor-3 by the hepatitis C virus serineprotease. Science 2003 ；300 :1145-1148.31. Reesink 麗，Zeuzem S, Weegink CJ, Forestier N，van VA，van de Weteringde Rooij, McNair L，Purdy S，Kauffman R，Alam J, Jansen PL. Rapid decline of viralRNA in hepatitis C patients treated with VX—950 a phase lb,placebo-controlled,randomized study. Gastroenterology 2006 ；131 :997-1002.32. Gane E，Roberts S，Stedman C，Angus P，Ritchie B，Elston R，Ipe D，Morcos P，Najera I，Chu T，Berrey M，Bradford W, Laughlin M，Sh ulman N，SmithP. Combination therapy with a nucleoside polymerase(R7128)and protease(R7227/ITMN-191)inhibitor in HCV safety, pharmacokinetics，and virologic results fromINFORM-I[abstract 193]. Hepatology 2009 ；50 (Supplement) :394_5A.33. Askarieh G，Alsio A，Pugnale P，Negro F，F(xiàn)errari C，Neumann AU,PawlotskyJM, Schalm SW, Zeuzem S， Norkrans G， Westin J， Soderholm J， Hellstrand K， LaggingM. Systemic and intrahepatic interferon-gamma—inducible protein 10 kDa predictsthe first-phase decline in hepatitis C virus RNA and overall viral response totherapy in chronic hepatitis C. Hepatology 2009.34.Lanford RE, Hildebrandt-Eriksen ES，Petri A, Persson R, Lindow M，MunkME，Kauppinen S，Orum H. Therapeutic silencing of microRNA—122 in primates withchronic hepatitis C virus infection. Science 2010 ；327 :198-201.
權(quán)利要求
1.預(yù)測感染了HCV的人類對象對于基于干擾素的治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答的方法，所述方法包括 提供來自所述人類對象的樣品并鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象中rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因的對象的更高的早期病毒學(xué)應(yīng)答的可能性。
2.權(quán)利要求I的方法，其中所述對象感染了I型基因型HCV。
3.權(quán)利要求2的方法，其中先前沒有用干擾素治療過所述對象。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述基于干擾素的治療包含選自PEG干擾素a_2a單ー療法、PEG干擾素a-2a與利巴韋林,或干擾素a-2b與利巴韋林的治療。
5.權(quán)利要求2的方法，其中所述對象沒有從先前的PEG干擾素a-2b與利巴韋林的治療中實(shí)現(xiàn)早期病毒學(xué)應(yīng)答。
6.權(quán)利要求5的方法，其中所述基于干擾素的治療包含PEG干擾素a_2a與利巴韋林。
7.預(yù)測感染了HCV的人類對象對于基于干擾素的治療的早期病毒學(xué)應(yīng)答的方法，所述方法包括 提供來自所述人類對象的樣品并鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象中rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因表示相對于rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因的對象的更高的無早期病毒學(xué)應(yīng)答的可能性。
8.權(quán)利要求7的方法，其中所述對象感染了I型基因型HCV。
9.權(quán)利要求8的方法，其中先前沒有用干擾素治療過所述對象。
10.權(quán)利要求9的方法，其中所述基于干擾素的治療包含選自PEG干擾素a_2a單ー療法、PEG干擾素a -2a與利巴韋林,或干擾素a -2b與利巴韋林的治療。
11.權(quán)利要求8的方法，其中所述對象沒有從先前的PEG干擾素a-2b與利巴韋林的治療中實(shí)現(xiàn)早期病毒學(xué)應(yīng)答。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述基于干擾素的治療包含PEG干擾素a-2a與利巴韋林。
13.選擇在感染了HCV的人類對象中實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的基于干擾素的治療的持續(xù)時(shí)間的方法，其中所述基于干擾素的治療選自PEG干擾素a _2a與利巴韋林，PEG干擾素a -2a與直接作用的抗病毒劑、PEG干擾素a -2a與利巴,林和直接作用的抗病毒劑,或利巴韋林與直接作用的抗病毒劑(以及內(nèi)源性干擾素)，所述方法包括 提供來自所述人類對象的樣品并鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象中rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因的對象，所述基于干擾素的治療在更短的持續(xù)時(shí)間內(nèi)實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答。
14.權(quán)利要求13的方法，其中所述對象感染了I型基因型HCV。
15.權(quán)利要求14的方法，其中所述直接作用的抗病毒劑是HCV蛋白酶抑制劑。
16.預(yù)測感染了HCV的人類對象對于使用PEG干擾素a _2a、利巴韋林與直接作用的抗病毒劑治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括 提供來自所述人類對象的樣品并鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象中rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因表示相對于在rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因的對象，所述對象對于所述治療實(shí)現(xiàn)早期病毒學(xué)應(yīng)答或持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的更高的可能性。
17.權(quán)利要求16的方法，其中所述對象感染了I型基因型HCV。
18.權(quán)利要求17的方法，其中所述直接作用的抗病毒劑是HCV蛋白酶抑制劑。
19.預(yù)測感染了HCV的人類對象對于使用PEG干擾素a-2A、利巴韋林與直接作用的抗病毒劑治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括 提供來自所述人類對象的樣品并鑒定存在于單核苷酸多態(tài)性rsl2979860處的核苷酸，其中，所述對象中rsl2979860處存在兩個(gè)T等位基因表示相對于rsl2979860處存在至少ー個(gè)C等位基因的對象，所述對象對于所述治療無法實(shí)現(xiàn)早期病毒學(xué)應(yīng)答或持續(xù)的病毒學(xué)應(yīng)答的更高的可能性。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述對象感染了I型基因型HCV。
21.權(quán)利要求20的方法，其中所述直接作用的抗病毒劑是HCV蛋白酶抑制劑。
全文摘要
本發(fā)明基于這樣的發(fā)現(xiàn)，即19號染色體上的單核苷酸多態(tài)性(SNP)和接受基于干擾素的治療的丙型肝炎病毒(HCV)患者的多樣性群體中的病毒學(xué)結(jié)果之間的相關(guān)性。
文檔編號C12Q1/70GK102869792SQ201180019151
公開日2013年1月9日 申請日期2011年4月11日 優(yōu)先權(quán)日2010年4月13日
發(fā)明者T·舒, L·埃塞奧克斯, S·杰默, U·洛帕汀, N·舒爾曼, J·托梅斯 申請人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司