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應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法與流程

文檔序號:12413196閱讀:來源:國知局

技術特征:

1.一種應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法,其特征在于:具體步驟為:

步驟一、尿液中 DNA的抽提:

a、收集30ml尿液樣本,在4℃的條件下, 5000rpm 離心 10min,收集底部的沉淀;

b、向步驟a收集的沉淀內加入1.0ml TE 緩沖液 ,混勻,8000rpm 離心5min,收集底部的沉淀;

c、向步驟b收集的沉淀內加入1.0ml TE 緩沖液 ,混勻,8000rpm 離心5min,收集底部的沉淀;

d、向步驟c收集的沉淀內加入450ul 裂解液和10ul 蛋白酶K, 在55℃的條件下,水浴1小時,沉淀溶解,得到混合液;

e、將混合液取出,冷卻至室溫后加入等體積的飽和酚,混勻,5000 rpm離心10min,棄上清;

f、加入432μL的氯仿和18μL的異戊醇,混勻,5000 rpm 離心10min,棄上清;

g、加入占步驟f制得的混合液1/10體積的3mol/L乙酸鈉溶液,再加入2.5倍步驟f制得的混合液體積的無水乙醇,混勻,在-20℃ 的條件下放置1h后,10000rpm離心15min,棄上清;

h、采用0.6mL的70%乙醇溶液洗滌2次,晾干后,加入50μL TE緩沖液,完成了對尿液中 DNA的抽提,得到了DNA模板;

i、將所有提取的DNA模板均用看家基因β-actin進行PCR檢測,以確認DNA模板中含有人類DNA,將擴增結果陽性標本確認為有效的DNA模板,在-20℃的條件下保存?zhèn)溆茫?/p>

步驟二、制備引物反應溶液:

室溫溶解HPV16 E7的PCR引物、HPV18 E7的PCR引物以及TaqMan探針,配置20 μL引物反應溶液,引物反應溶液包含 10 μL 2×dd PCR Master Mix、10 μmol/L 的正向引物和10 μmol/L的反向引物各0.8 μL、TaqMan-MGB探針0.5 μL、DNA 模板 2 μL、無菌水6 μL,陰性對照組中,使用不含DNA的TE緩沖液作為模板;

步驟三、制備微滴:

將20 uL上述引物反應溶液轉入DG8微滴發(fā)生卡中并放入QX100微滴發(fā)生器內,在每個孔中加入70 μL 微滴生成油,然后置于微滴生成卡中,覆蓋專用膠墊后置入微滴生成儀,生成微滴;

步驟四、PCR擴増:

將樣本生成的微滴手動轉移到96孔PCR板上,孔板用錫箱熱封后進行PCR擴增;

步驟五、檢測微滴:

PCR反應后,將96孔PCR板置于QX100微滴分析儀中,依次吸取每個樣本中的微滴并隨載液流逐一通過檢測器,有熒光信號的微滴為陽性,無熒光信號的微滴為陰性;

步驟六、分析數(shù)據(jù)以及顯示結果:

采用QuantaSoft軟件分析ddPCR數(shù)據(jù)確定等位基因分型,當樣本中至少有2個微滴出現(xiàn)在FAM信號的陽性區(qū)域時,認為該樣本此突變?yōu)殛栃?,否則為陰性。

2.根據(jù)權利要求1所述的一種應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法,其特征在于:所述的步驟d中,所述的裂解液的組分構成為:10mM Tris-HCl,1mM EDTA,0.5% SDS。

3.根據(jù)權利要求1所述的一種應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法,其特征在于:所述的步驟g中,所述的乙酸鈉溶液的pH值為 5.2。

4.根據(jù)權利要求1所述的一種應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法,其特征在于:所述的步驟二中,所述的引物預混液中,引物序列如下:

HPV16 E7正向引物序列 F:5`-TGCAGCTGGACAAGCAGAAC-3`

HPV16 E7反向引物序列 R:5`-CACAACCGAAGCGTAGAGTC-3`

HPV16 E7 Taqman MGB 探針: 5`-FAM-ACAGAGCCCATTACAAT-3`

HPV18 E7正向引物序列 F:5`-TACATTTACCAGCCCGACG-3`

HPV18 E7反向引物序列 R:5`-TCGTCTGCTGAGCTTTCTAC-3`

HPV18 E7 Taqman MGB 探針: 5`-FAM-AACCACAACGTCACACAA-3`。

5.根據(jù)權利要求1所述的一種應用數(shù)字PCR檢測尿液中人乳頭瘤病毒16/18型基因的方法,其特征在于:所述的步驟四中,檢測的熱循環(huán)模式為:95 ℃孵育10min; 94 ℃孵育30s,60 ℃孵育1min,共40個循環(huán);98℃孵育10 min,最后置于4 ℃中。

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