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基于SNP位點(diǎn)鑒定糙果莧的CAPs分子標(biāo)記及其應(yīng)用的制作方法

文檔序號(hào):12109251閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.用于鑒定糙果莧的CAPs分子標(biāo)記,其特征在于,其位于莧科植物核糖體基因ITS和26S序列上,它的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.如權(quán)利要求1所述的CAPs分子標(biāo)記,其特征在于,通過以下引物擴(kuò)增得到:

正向引物:5'-CCCGTGAACCATCGAGTT-3',

反向引物:5'-AACATCAGACCTCTTCGCAGG-3'。

3.用于鑒定糙果莧的特異性引物,其特征在于,包括:正向引物:5'-CCCGTGAACCATCGAGTT-3',反向引物:5'-AACATCAGACCTCTTCGCAGG-3'。

4.權(quán)利要求1所述的CAPs分子標(biāo)記在鑒定糙果莧中的應(yīng)用,其包括步驟:

1)提取待測(cè)植株的基因組DNA;

2)以待測(cè)植株的基因組DNA為模板,利用權(quán)利要求3所述特異性引物,進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng);

3)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行PCR-RFLP限制酶切反應(yīng),并對(duì)反應(yīng)產(chǎn)物凝膠電泳;所述酶為StyI;

4)檢測(cè)PCR-RFLP反應(yīng)產(chǎn)物,如果能夠擴(kuò)增出3個(gè)條帶,且3個(gè)條帶大小分別為461bp、273bp、188bp,則待測(cè)植株為糙果莧。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的應(yīng)用,其特征在于,步驟2)中PCR反應(yīng)使用的擴(kuò)增體系以25μl計(jì)為:30ng/μl模板DNA 1μl,10pmol/μl引物F和R各1μl,2.5mmol/L dNTP mix2.0μl,5U/μL Taq DNA聚合酶0.3μl,10×PCR反應(yīng)緩沖液2.5μl,25mmol/L MgCl2 2μl,余量為水;

步驟3)中PCR-RFLP酶切反應(yīng)20μl體系為:30ng/μl模板DNA 10μl,10X Buffer 2.0μl,StyI酶1μl,余量為水。

6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的應(yīng)用,其特征在于,步驟2)中PCR反應(yīng)使用的條件為:94℃5分鐘;94℃30秒,51℃60秒,72℃35秒,30個(gè)循環(huán);72℃10分鐘;

步驟3)中PCR-RFLP酶切反應(yīng)條件為:37℃水浴1小時(shí)。

7.含有權(quán)利要求3所述特異性引物的試劑盒。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒還包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg2+、PCR反應(yīng)緩沖液、StyI限制性內(nèi)切酶中的一種或多種。

9.根據(jù)權(quán)利要求6或7所述的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒還包括標(biāo)準(zhǔn)陽性模板。

10.權(quán)利要求1所述用于鑒定糙果莧的CAPs分子標(biāo)記在植物分子標(biāo)記輔助鑒定中的應(yīng)用。

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