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基于近緣種基因組開發(fā)的柿樹炭疽病菌SSR引物對及其應(yīng)用的制作方法

文檔序號:12056590閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.基于近緣種基因組開發(fā)的柿樹炭疽病菌SSR引物對,其特征在于,所述柿樹炭疽病菌SSR引物對共有15對,其核苷酸序列如下:

第1對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;

第2對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示;

第3對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示;

第4對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示;

第5對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示;

第6對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示;

第7對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14所示;

第8對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16所示;

第9對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18所示;

第10對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20所示;

第11對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22所示;

第12對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24所示;

第13對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26所示;

第14對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28所示;

第15對引物:其上、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.29和SEQ ID NO.30所示。

2.一種權(quán)利要求1所述柿樹炭疽病菌SSR引物對的開發(fā)方法,其特征在于,包括以下步驟:

(1)通過NCBI網(wǎng)站下載柿樹炭疽病菌的近緣種膠孢炭疽菌的全基因組序列;

(2)采用MISA軟件對步驟(1)下載的全基因組序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索,選擇單核苷酸重復(fù)次數(shù)≥10次、二核苷酸重復(fù)次數(shù)≥6次、三核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5次、四核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5次、五核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5次和六核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5次的SSR位點(diǎn);

(3)利用PRIMER5軟件進(jìn)行SSR引物設(shè)計,引物設(shè)計的原則為:引物序列長度為18-22bp,預(yù)計擴(kuò)增產(chǎn)物長度150-350bp,GC含量40%-60%,退火溫度50-65℃,上、下游引物的退火溫度值相差不大于4℃;

(4)SSR引物篩選與多樣性分析:提取6株不同柿樹炭疽病菌菌株的DNA,對步驟(3)設(shè)計的SSR引物對進(jìn)行引物有效性篩選,若6株柿樹炭疽病菌均有與預(yù)計擴(kuò)增產(chǎn)物大小相同的擴(kuò)增條帶出現(xiàn),而且擴(kuò)增條帶為多態(tài)性條帶,則該引物對為有效引物;篩選得到的有效引物即為柿樹炭疽病菌SSR引物對。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述柿樹炭疽病菌SSR引物對的開發(fā)方法,其特征在于,步驟(1)中所述的膠孢炭疽菌為Colletotrichum gloeosporioides Nara gc5。

4.權(quán)利要求1所述的柿樹炭疽病菌SSR引物對在柿樹炭疽病菌遺傳多樣性、品種鑒定及親緣關(guān)系研究上的應(yīng)用。

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