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固體生物團的空間分子分布譜生成和分布譜儲存的制作方法

文檔序號:12285419閱讀:214來源:國知局
固體生物團的空間分子分布譜生成和分布譜儲存的制作方法與工藝
本發(fā)明涉及生物團(例如腫瘤)的離體空間分子分布譜生成和這樣的分布譜的儲存。發(fā)明背景本文中‘空間分子分布譜生成’指在分子或大分子水平上確定生物材料的組成。本文中大分子包括基因組、RNA表達、蛋白質組和酶信息。本發(fā)明人認為生物腫瘤以及其它生物團(例如細胞構造)的空間分子分布譜生成對于測定基因和蛋白質表達的模式是必要的,該基因和蛋白質表達模式導致表征不同的細胞類型(例如在實體腫瘤中)的生物變化,所述實體腫瘤例如但不限于乳腺癌、肺癌、前列腺癌和和結腸直腸癌。然而,由于腫瘤的固有的生物異質性,腫瘤的分子分布譜生成非常復雜。對于以‘空間-分子圖’橫跨腫瘤和周圍的細胞外基質二者允許分析多個生物標記的技術的需求日益增加。在實施方案中,本發(fā)明將能夠鑒定腫瘤區(qū)域-特異性基因表達和基因重排分布譜,和蛋白質表達分布譜,這將對腫瘤異質性提供重要的信息并且將促進治療和臨床決定,預后預測和基礎腫瘤生物學研究。惡性腫瘤的分子分布譜生成對于測定適當的腫瘤-特異性治療方案和預測預后是必要的。特別重要的是分析表征侵襲性腫瘤的分子標記物,因為非常常見的是,由癌癥引起的死亡率不是由原發(fā)性腫瘤而是由在其它器官中產生的繼發(fā)性腫瘤(轉移)引起。這樣的分子標記物包括涉及上皮至間充質過渡(EMT)的那些,其為導致非侵襲性上皮細胞獲得更多間充質表型因此在其性質上變得越來越具有侵襲性的過程。目前,用于腫瘤的分子分布譜生成的方法包括由本體腫瘤樣品表達大量基因的微觀陣列分析,這可能昂貴并且耗時。由于腫瘤具有固有的生物異質性因此存在非常不同的基因表達分布譜(所述表達分布譜取決于取了本體樣品的哪部分)的事實,分子分布譜生成進一步復雜化。當前,在臨床和研究背景下,將本體腫瘤樣品儲存在福爾馬林固定的石蠟嵌入的(FFPE)塊中。該儲存方法不被廣泛采用,因為由這些塊分離的核酸通常被降解并且比來自非固定的組織分離的核酸含有更多的PCR抑制劑。此外,儲存大量樣品所需的物理空間通常不可得。此外,由于二維(2D)腫瘤結構可能喪失,通常不能容易地分析橫跨腫瘤的特異性基因表達模式。當試圖分析侵襲的分子標記物(例如涉及EMT的那些)時,這尤其是有問題的,所述侵襲分子標志物主要僅在腫瘤的邊緣或侵襲前緣差異性表達(KahlertC,LahesS等人,OverexpressionofZEB2attheinvasionfrontofcolorectalcancerisanindependentprognosticmarkerandregulatestumourinvasioninvitro(在結腸直腸癌的侵襲前緣處ZEB2的過表達為獨立的預后標記物并且體外調節(jié)腫瘤侵襲)。Clin.CancerRes.2011;17,24:7654-7663.;UsamiY,SatakeS等人,Snail-associatedepithelial-mesenchymaltransitionpromotesoesophagealsquamouscellcarcinomamotilityandprogression(Snail-相關的上皮-間充質過渡促進食管鱗狀細胞癌運動性和進展)。JPathol.2008;215,3,330-339.)。先前的研究檢查使用以商品名FTA?銷售的固體載體紙來收集和分離由結腸直腸腫瘤樣品收集的DNA,用于基于實時PCR的KRAS測定(PetrasML,LeffertsJA等人,KRASdetectionincolonictumoursbyDNAextractionfromFTAPaper:Themoleculartouch-prep(通過從FTA紙?zhí)崛NA檢測結腸腫瘤中的KRAS:分子接觸-制備)。DiagnMolPathol.2011;20,4:189-193)。在將FTA紙直接施用于切割表面之前,通過腫瘤取切片,收集來自結腸腫瘤的DNA。對由這些樣品和由匹配的FFPE塊提取的DNA進行KRAS突變分析。結果證明在兩種DNA收集方法之間100%關聯,并且突顯出使用紙載體成功地儲存腫瘤樣品用于將來核酸分離和下游分析的可行性。然而,僅分析了一個基因組突變,并且研究未實施二維腫瘤基因表達分布譜或考慮其它分析物,例如酶。鑒于該背景,需要高品質核酸、蛋白質和酶儲存系統(tǒng),其可能在‘庫’等中儲存一段時間后,能夠詢問2D腫瘤結構,從而允許進行在空間上相關的下游基因表達分析等。本發(fā)明人已認識到,需要腫瘤分子分布譜生成的方法和試劑盒,其將允許腫瘤細胞和其它生物標記物,例如mRNA和蛋白質,包括酶蛋白質從組織表面直接轉移到合適的固體載體上,用于在其原始2D空間背景下儲存,例如使用經清潔劑處理的紙,例如FTA,允許長期儲存。當需要時,可隨后從腫瘤印跡的紙載體的任何區(qū)域取樣品(例如從紙打孔得到的樣品),用于對于腫瘤的該區(qū)域特異的下游分子分析。本發(fā)明提供一種根據權利要求1的方法,其具有通過從屬于權利要求1的權利要求所限定的優(yōu)選的特征。本發(fā)明還提供通過權利要求限定的裝置,其具有通過其從屬的權利要求所限定的優(yōu)選的特征。本發(fā)明延伸至試劑盒,所述試劑盒包括干燥的試劑組,例如呈容易可用的珠粒形式,其含有用以分析特異性基因表達信號的引物。所述方法將特別可用于鑒定與侵襲相關的基因的差異表達,其通常僅在腫瘤的侵襲性前緣處差異性表達,因此在本體腫瘤分析中鑒定不出。試劑盒可用于臨床前腫瘤生物學研究和臨床樣品的分析二者。本發(fā)明延伸至使用未經處理的紙和基于下游蛋白質的測定的蛋白質表達分布譜生成,并且本公開先前還未在別的地方報道過。本發(fā)明將包括產品、方法和試劑盒權利要求。本發(fā)明延伸至本文公開的特征的任何組合,無論這樣的組合是否在本文中明確提及了。此外,當兩個或更多個特征組合提及時,在不擴展本發(fā)明的范圍的情況下,意圖可單獨要求保護這樣的特征。附圖簡述本發(fā)明可采用眾多方式實施,下面參考附圖來描述其說明性實施方案,其中:圖1顯示固定腫瘤橫截面的托盤的平面圖;圖2顯示包括在圖1中顯示的腫瘤的印跡的固體載體;圖3顯示在圖1中顯示的腫瘤的圖像;圖4顯示擴增子的實驗圖像;和圖5-12以圖的形式顯示實驗數據。發(fā)明詳述結合附圖,通過參考以下描述,可以更好地理解本發(fā)明以及其目的和優(yōu)點,其中在圖中相同的參考數字識別相同的元件。參考圖1,示意性顯示了固定在夾具10中的癌性腫瘤的橫截面T,在該實施方案中其為尺寸與以下描述的裝置相容的托盤。橫截面T為平躺在托盤10中的腫瘤的平行的切片。托盤10具有基底11,該基底包括直立釘12形式的固定工具,所述直立釘進而將腫瘤切片固定在適當的位置。在該說明中,在腫瘤20的外部區(qū)域(包括邊緣部分22)的細胞類型用單陰影線描述,而在腫瘤的內部區(qū)域24的細胞類型表現為具有雙陰影線。應認識到,腫瘤通常在具有復雜異質性的內部區(qū)域和邊緣部分細胞類型之間具有限定不足或隨機過渡,而不是如在圖1中示意性說明的清楚的輪廓。參考圖2,顯示FTA?紙載體30,在其上緊貼在托盤10中安裝(aFTA?papersupport30isshownontowhichfitssnuglyintothetray10)。圖1的夾具10具有構造,即托盤側面,用于引導載體30與橫截面T接觸。載體30可用襯里層或墊(不可見)支撐,其防止紙在使用時彎曲,但是允許紙干燥。載體具有在其上事先印刷的圖案32,在此情況下呈帶編號的格子的形式。載體30已裝配在托盤中,并且用手在橫截面10上輕壓5秒或更多,以提供腫瘤10的倒轉的印跡12。印跡將由在壓制期間轉移的少量但是可檢測量的生物材料組成。在該實施方案中,FTA紙包括染料,例如酚紅,當來自腫瘤的流體已潤濕紙時,所述染料提供證明標記。參考圖3,腫瘤橫截面T已用蘇木精和曙紅染色,以更好地限定腫瘤的概念,隨后拍照或以其他方式成像,以提供在圖3中示意性顯示的圖像。在此情況下,在圖像之上疊加格子圖案32’,以提供與在載體30上印刷的格子圖案32相同尺寸的圖案。格子圖案可簡單地印在透明的紙上,并覆蓋在橫截面上,或者可根據已知的技術數字覆蓋。為了方便,可倒轉在圖3中顯示的圖像以匹配印跡12。在使用中,實施以下步驟:1)在從患者或動物取出腫瘤后,通過干凈地切割穿過腫瘤的橫截面,病理學家或研究者將橫切腫瘤。2)將橫截面放置在托盤10中,并且將通過固定工具12固定在適當的位置。3)將載體30安裝于襯里層,并且施用足夠的壓力,以暴露腫瘤的切割表面,確保橫跨腫瘤完的充分接觸達足夠的時間段(至少5秒)。目視檢查在紙上呈有色染料的證明標記將確保已發(fā)生充分轉移。4)將允許紙干燥。5)任選,可采集橫截面的圖像,所述圖像可能通過橫截面的表面處理而增強。6)來自腫瘤印跡的DNA可隨后在紙載體上以其初始空間背景儲存達所需時間。7)可從腫瘤印跡的任何相關的區(qū)域取呈紙沖孔片形式的樣品,特別是來自通常包括侵襲性前緣的邊緣部分。樣品可經歷基因擴增技術,例如聚合物酶鏈反應(PCR)、逆轉錄酶PCR、實時定量PCR、等溫擴增,或RNA表達測定,或基因重排測定,和/或其它測定,例如ELISA或酶測定,以鑒定某些蛋白質或酶的存在。在準備PCR時,可從沖孔片洗脫核酸,并加入到逆轉錄酶(RT)制劑,例如所述逆轉錄酶(RT)制劑以干燥的珠粒形式,與預定量的溶劑一起包含在試劑盒形式中。珠粒可含有在內含子/外顯子邊界處設計的PCR引物來分析在腫瘤的該區(qū)域中的基因表達。引物組包括,例如,可用在從腫瘤的邊緣部分取的樣品上的EMT標記物,例如E-鈣粘著蛋白,Snail,Slug,Twist和ZEB-2。可從紙的任何區(qū)域取樣,但是通過參考圖像(圖3)并且將來自圖像的格子參比對照到紙上,可以更好地鑒定出邊緣部分。本發(fā)明的實施方案提供:1)能保持腫瘤的二維‘空間圖’的能力,使得可由充分限定的區(qū)域取樣品。2)RTG珠粒,其含有適當的引物組用以分析在腫瘤的精確的區(qū)域可能存在的特異性基因信號(例如,侵襲性基因)。3)需要僅取少量的臨床或研究腫瘤樣品。4)易于在室溫下長時間段儲存核酸用于后來的下游分析。5)易于使用在以上步驟7)中提及的不同的測定。以下給出了支持性實驗結果:實施例。DNA樣品收集和儲存將來自c57BL/6小鼠和NOS3失效小鼠(在129/B6背景中)的鼠科動物組織施用于由WhatmanInc銷售的若干不同的固體載體培養(yǎng)基,包括FTA經典,標示和FTA洗脫微量卡。將小鼠安樂死,解剖以收集器官(血液、心臟、腦、肺、肝和腎)。將器官‘夾’在上述兩層不同的FTA基質之間。經由無菌移液管施加壓力以將組織埋置入各種化學涂布的纖維素基質中。對于組織勻漿,使用塑料dounce均化器,在1.5ml微量離心管中處理約5g組織,隨后施用于適當的FTA基質。施用后,讓所有樣品空氣干燥2小時,隨后在具有干燥劑的密封的袋中儲存。在一些情況下,在加工前將樣品儲存長達2個月。DNA純化、基因型分型和定量Harris一次性微量沖孔器(直徑1.2mm或3mm)用于以沖孔圓盤形式分別從FTA和FTA洗脫微量卡切下干燥的組織樣品。從干燥的樣品的中心切下樣品圓盤,并且放置在干凈的不含脫氧核糖核酸酶的1.5ml微量離心管中。為了從FTA和FTA洗脫卡提取基因組DNA,標準的純化程序遵循制造商的使用說明。通過用內皮一氧化氮合酶(eNOS)外顯子10-特異性正向引物(參見序列表1)、eNOSNeo-特異性正向引物(序列表2)和eNOS外顯子12-特異性反向引物(參見序列表3)PCR擴增基因組DNA,鑒定NOS3失效或基因敲除的小鼠。使用MJResearch熱循環(huán)儀器,使用初始10分鐘變性步驟,接著36個循環(huán)的94℃下35秒,65℃下1分鐘,和72℃下1分鐘;接著72℃下5分鐘的最終的延伸,擴增靶DNA。使用Experion毛細管電泳系統(tǒng),使得到的PCR產物可視化。遵循制造商的使用說明,使用用于小鼠樣品的引物設計基因組DNA定量試劑盒(gDNA-mo-q-DD)實現小鼠DNA定量。將單個野生類型(WT)和NOS失效組織樣品單獨施用于不同的FTA卡。在一些有限的情況下,產生含有KO和NOS失效肝組織樣品二者的干燥的樣品斑點。由該細胞混合物分離DNA,并且經歷含有三種基因型分型引物(即,eNOS外顯子10-特異性正向引物、eNOSNeo-特異性正向引物和eNOS外顯子12-特異性反向引物)的組合的非優(yōu)化的多路PCR。代表性凝膠示于圖4a,其指示在單個PCR反應中同時擴增來自混合組織來源的兩種產物。經由PCR分析的基因型區(qū)分為了舉例說明能夠由FTA基質上儲存的DNA區(qū)分基因型變體,對WT和轉基因(NOS3失效,基因敲除)小鼠進行區(qū)域的PCR擴增。圖4b和表1(以下)顯示分別由WT和NOS3失效基因敲除小鼠二者得到的DNA擴增產物。結果指示對于兩種樣品來源,由施用于FTA基質的所有器官/組織來源分離的DNA產生正確大小的DNA擴增子。對于FTA洗脫基質,呈現類似的結果(數據未顯示)。這些數據指示1.2mmHarris微量沖孔器可從在FTA和FTA微量卡上儲存的組織中切下足夠的DNA,用以區(qū)分兩種基因變體。在圖4b中顯示呈條帶狀的PCR擴增子,其與NOS基因座相關,使用由FTA卡的組織分離的DNA作為擴增模板。泳道1-5為從WT小鼠組織(分別為心臟、肝、腦、肺和腎)分離的DNA。泳道6-10為由NOS小鼠組織(分別為心臟、肝、腦、肺和腎)擴增的DNA。使用FTA洗脫和標示FTA(indicatingFTA)已發(fā)現相同的結果。表1在表1中,記錄由在各種FTA紙上儲存的組織分離的DNA的成功的擴增。由1.2mm沖孔片分離DNA?!?’表示存在擴增子,ND代表未檢測到。RNA純化和定量如上所述將組織樣品施用于FTA卡。切下FTA樣品沖孔片,使用以下描述的GEHealthcareillustraRNAspin試劑盒分離RNA。利用在表2中詳述的市售可得的mRNA定量試劑盒,在ABI7900實時PCR系統(tǒng)上實施RNA定量。使用Harris3mm一次性微量沖孔器,從干燥的樣品斑點的中心切下沖孔片,并且放置在干凈的不含核糖核酸酶的1.5ml微量離心管中。將illustra緩沖液RA1(350μl)與3.5μlβ-巰基乙醇混合,將溶液加入到圓盤中。使用20號針均化圓盤。將所得到的勻漿轉移至RNAspinMini過濾柱用于隨后去除殘余的材料。將柱以11,000xg.離心1分鐘,將RNAspinMini過濾器丟棄。均化的溶胞產物含有RNA,將該濾液轉移至新的不含核糖核酸酶的1.5ml微量離心管中。將乙醇(70%;350μl)加入到均化的溶胞產物中,通過渦旋2x5秒脈沖而混合。對于每一個制備液,將溶胞產物用移液器上下吹吸2-3次,并且施用于放置在2ml微量離心管中的RNAMini-spin柱。將管以8000xg離心30秒,將流通液丟棄。將RNA自旋柱轉移至新的收集管。加入illustraMDB緩沖液(350μl),將管以11,000xg離心1分鐘。再一次將流通液丟棄,將柱放回收集管。根據制造商的使用說明制備脫氧核糖核酸酶反應混合物,并且加入到包含在RNAspin柱內的過濾器的表面。在室溫下實施該脫氧核糖核酸酶孵育達15分鐘。將洗滌緩沖液RA2(200μl)施用于RNAMini-spin柱,將柱以11000xg離心1分鐘。再一次將流通液丟棄,將柱放回收集管。將緩沖液RA3600μl施用于RNAMini-spin柱,將柱以11000xg離心1分鐘,將流通液丟棄,將柱放回收集管。再進行使用緩沖液RA3(250μl)的附加柱洗滌。為了完全使膜干燥,將柱以11000xg離心2分鐘,將柱最終放置在不含核酸酶的1.5ml微量離心管中。將不含核糖核酸酶的水(40μl)施用于柱,將柱以11000xg離心1分鐘。純化的RNA立即用于下游應用或在-80℃下儲存直至使用。為了測定在延長儲存后來自多個組織的RNA的完整性,對由在FTA和FTA洗脫(FTAelute)上儲存的小鼠組織樣品分離的RNA進行實時逆轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)。在干燥劑存在下,將卡儲存2個月。根據制造商的使用說明,使用i)ABITaqman嚙齒動物GAPDH對照試劑盒(部分#4308313),ii)用于鼠科動物HPRT、GAPDH和β-Actin基因的Invitrogen實時LUXmRNA引物組(目錄號分別為105M-02、100M-02和101M-02)或iii)來自AppliedBio-systems的組織特異性基因引物組(詳情參見表2),完成mRNA定量。表2.用于相對RNA定量而測試的組織特異性基因。目錄號基因器官特異性Mm00475834_m1堿性磷酸酯酶肝、骨、腎Mm01266402_m1髓磷脂堿性蛋白質腦Mm01313844_mHMyh6光滑組織(心臟、肺)Mm00437306_m1VEGF肺圖5顯示使用ABITaqman嚙齒動物GAPDH對照試劑盒,來自若干組織來源的GADPH的相對表達水平。通過與由小鼠RNA標準樣品的定量滴定曲線產生的已知值比較,測定由FTA卡得到的RNA水平。由兩種類型的紙分離的RNA,檢測到可比的GAPDHRNA水平。這指示FTA和FTA洗脫紙基質二者為適合用于短期至中期儲存來自組織的RNA的固體載體基質。從FTA和FTA洗脫的單個3mm沖孔片分離由C57Bl/6小鼠得到的組織的鼠科動物RNA。使用illustraRNAMini-spin試劑盒純化RNA。使用適當的Invitrogen實時LUX引物組進行編碼HPRT、GAPDH和β-Actin的鼠科動物mRNA的絕對定量。通過與由小鼠RNA標準樣品的定量滴定曲線產生的已知值比較,測定由FTA卡得到的RNA水平。與從FTA卡的RNA分離相關的數據在圖6中描述,并且證明FTA卡能支持來自眾多組織類型的RNA的儲存。對于在FTA洗脫上儲存的RNA,類似的觀察是顯然的。為了研究在FTA和FTA洗脫存檔的組織樣品中的mRNA水平,使用實時組織特異性RT-PCR探針測定在表2中描述的mRNA的相對表達水平(參見圖7)。GAPDHmRNA轉錄產物用于標準化在各樣品中的總RNA水平。另外的對照涉及已施用于FTA卡的均化的組織和使用由illustraRNAMini-spin試劑盒得到的新分離的RNA。結果顯示與其它mRNA相比升高的mRNA水平:在腎中堿性磷酸酯酶;在腦中髓磷脂堿性蛋白質;在心臟和肺中Myh6信息;和來自肺組織來源的升高的VEGFmRNA水平。該趨勢是顯然的,與樣品類型無關,所述樣品類型即,直接在FTA上儲存的組織、在儲存前均化的組織或新分離的RNA。這些數據與預測的表達模式和來自這些組織來源的這些mRNA的水平一致。這些數據證明FTA和FTA洗脫二者能從所有組織來源保存mRNA水平,與樣品類型無關,即,基于卡的形式或新鮮形式。使用由固體載體制備的基因靶分析來自腫瘤的RNA二維(2D)腫瘤制圖可用于分析腫瘤侵襲的分子標記物,例如在上皮至間充質過渡(EMT)中涉及的那些分子標記物,其主要存在于腫瘤的邊緣。以下表3描述可用于測定腫瘤的侵襲的適當的基因標記物的實例。表3在上表中提供的參考:Horak,C.E.,J.H.Lee等人(2007)。"Nm23-Hlsuppressestumorcellmotilitybydown-regulatingthelysophosphatidicacidreceptorEDG2(通過下調溶血磷脂酸受體EDG2,Nm23-Hl抑制腫瘤細胞活動性)"CancerRes67(15):7238-7246。Bloomston,M.,A.Shafii等人(2002).“TIMP-1overexpressioninpancreaticcancerattenuatestumorgrowth,decreasesimplantationandmetastasis,andinhibitsangiogenesis(在胰腺癌中TIMP-1過表達減弱腫瘤生長,降低移植和轉移,并抑制血管生成)”JSurgRes102(1):39-44。Zhang,L.,L.Zhao等人(2010)“Inhibitionoftumorgrowthandinductionofapoptosisinprostatecancercelllinesbyoverexpressionoftissueinhibitorofmatrixmetalloproteinase-3(通過基質金屬蛋白酶-3的組織抑制物的過表達,在前列腺癌細胞系中誘導凋亡和抑制腫瘤生長)”CancerGeneTher.17(3):171-9。CanoA,Perez-MorenoMA,RodrigoI等人(2000)?!癟hetranscriptionfactorsnailcontrolsepithelial-mesenchymaltransitionsbyrepressingE-cadherinexpression(通過阻遏E-鈣粘著蛋白表達,轉錄因子snail控制上皮-間充質過渡)”NatCellBiol2:76-83。BolosV,PeinadoH,Perez-MorenoMA等人(2003).“ThetranscriptionfactorSlugrepressesE-cadherinexpressionandinducesepithelialtomesenchymaltransitions:acomparisonwithSnailandE47repressors(轉錄因子Slug阻遏E-鈣粘著蛋白表達和誘導上皮至間充質過渡:與Snail和E47阻遏物的比較)”JCellSci116:499-511。ComijnJ,BerxG,VermassenP等人(2001)“Thetwo-handedEboxbindingzincfingerproteinSIP1downregulatesEcadherinandinducesinvasion(兩手性E箱結合鋅指蛋白質SIP1下調E鈣粘著蛋白并誘導侵襲)”MolCell7:1267-78。EgerA,AignerK,SondereggerS等人(2005)“DEF1isatranscriptionalrepressorofE-cadherinandregulatesepithelialplasticityinbreastcancercells(DEF1為E-鈣粘著蛋白的轉錄阻遏物并在乳腺癌細胞中調節(jié)上皮可塑性)”O(jiān)ncogene24:2375-85。YangJ,ManiSA,DonaherJL等人(2004)“Twist,amasterregulatorofmorphogenesis,playsanessentialroleintumormetastasis(Twist,形態(tài)發(fā)生的主要調節(jié)物,在腫瘤轉移中起到本質的作用)”Cell117:927-39。HazanRB,QiaoR,KerenR,BadanoI,SuyamaK(2004)“Cadherinswitchintumorprogression(鈣粘著蛋白轉換腫瘤進展)”AnnNYAcadSci1014:155-63。來自轉移至固體載體的細胞或酶的酶檢測根據制造商的使用說明,使用完全配置的脫氧核糖核酸酶和核糖核酸酶污染試劑盒(DNase&RNaseAlertQCSystems,目錄編碼AM1970&AM1966,LifeTechnologies)進行蛋白質和酶測試。在第一系列實驗中,將0.125-0.5U的脫氧核糖核酸酶以10μl體積施用于由WhatmanInc銷售的903商標紙和FTA紙。按以下描述測量脫氧核糖核酸酶和核糖核酸酶活性。在第二系列實驗中,從106人胚胎干細胞(GEHealthcare;細胞系參考:WCB307GEHC28)中取1.2mm沖孔片,所述人胚胎干細胞按以上所述以10μl體積施用于FTA紙和903紙。按以下描述測量脫氧核糖核酸酶和核糖核酸酶活性。在第三系列實驗中,從106人胚胎干細胞(GEHealthcare;細胞系參考:WCB307GEHC28)中取1.2mm沖孔片,所述人胚胎干細胞已以10μl體積施用于FTA紙和903紙,所述人胚胎干細胞含有加入到這些細胞中的0.5U的脫氧核糖核酸酶或10μU的核糖核酸酶。使用可裂解的熒光標記的脫氧核糖核酸酶底物如下進行脫氧核糖核酸酶活性檢測。將各沖孔片投入96孔板的單獨的孔中。將凍干的DNaseAlert底物溶解于TE緩沖液(1ml)中,并且分配(10μl)入96孔板的測試孔中。加入10×DNaseAlert緩沖液(10μl)和不含核酸酶的水(80μl),將測試溶液(100μl)在37℃下孵育60分鐘。DNaseAlertQCSystem底物為當被脫氧核糖核酸酶裂解時發(fā)出粉色熒光的經修飾的DNA低聚核苷酸。對于該測定,在TecanUltra(使用中等增大率(mediumgain)的激發(fā)/發(fā)射535/595nm)上測量熒光。含有脫氧核糖核酸酶活性的溶液產生粉色熒光,而不具有脫氧核糖核酸酶活性的溶液不發(fā)熒光。因此,較高水平的脫氧核糖核酸酶相應于光輸出的量的增加。負對照由代替樣品的不含核酸酶的水(80μl)組成。使用903或FTA紙,以速率依賴性方式,可檢測和定量脫氧核糖核酸酶活性。圖8和9說明使用以上剛剛提及的方法,在FTA紙和903紙上儲存的樣品的相對熒光。使用可裂解的熒光標記的核糖核酸酶底物如下進行核糖核酸酶檢測。將各沖孔片投入96孔板的單獨的孔中。將凍干的RNaseAlert底物溶解于TE緩沖液(1ml)中,并且在96孔板的測試孔中分配(10μl)。加入10×RNaseAlert緩沖液(10μl)和不含核酸酶的水(80μl),將測試溶液(100μl)在37℃下孵育60分鐘。RNaseAlertQCSystem底物為當通過核糖核酸酶裂解時發(fā)出綠色熒光的經修飾的RNA低聚核苷酸。對于該測定,在TecanUltra(使用中等增大率的激發(fā)/發(fā)射485/535nm)上測量熒光。含有核糖核酸酶的溶液產生綠色熒光,而不具有核糖核酸酶活性的溶液不發(fā)熒光。因此,較高水平的核糖核酸酶相應于光輸出的量的增加。負對照由代替樣品的不含核酸酶的水(80μl)組成。使用903紙或FTA紙,以速率依賴性方式,可檢測和定量核糖核酸酶活性。圖10和11說明使用以上剛剛提及的方法,在FTA紙和903紙上儲存的樣品的相對熒光。檢測施用于固體載體的模型蛋白質將重組體IL-2±載體(R&DSystems;分別地目錄號202-IL-CF-10μg;批號AE4309112和目錄號202-IL-10μg;批號AE4309081)以50pg或100pg/μl溶解于不含鈣和鎂的Dulbecco’sPBS(PAA;目錄號H15-002,批號H00208-0673),EDTA-抗凝固人、兔、馬血(TCSBiosciences)中。將等分試樣(1μl,含有0.5(B)或100(A)pg的IL-2;(參見圖12))施用于以下GEHealthcare濾紙;903NeonatalSTD卡,目錄號10538069,批號6833909W082;DMPK-A卡,目錄號WB129241,批號FT6847509;DMPK-B卡,目錄號WB129242,批號FE6847609和DMPK-C卡,目錄號WB129243,批號FE6847009。讓樣品在環(huán)境溫度和濕度下干燥過夜。使用適當尺寸的HarrisUni-core沖孔器(Sigma,目錄號Z708860-25ea,批號3110),從每一種類型的紙?zhí)崛_孔片(直徑3mm)。將單一沖孔放置在由HumanIL-2QuantikineELISA得到的IL-2微孔板(R&DSystems,目錄號D0250,批號273275)的單個孔中。將這些板涂布上針對IL-2的小鼠單克隆抗體。使用供應有Quantikine試劑盒的測定緩沖液(100μl)從紙沖孔片洗脫IL-2蛋白質。使用“紙中”方法,根據Quantikine試劑盒供應的使用說明實施所有隨后的步驟(將紙沖孔片直接放置在測定緩沖液中,并且直接原位洗脫分析物)。在完成測定后,使用ThermoElectronCorporation,MultiskanAscent,監(jiān)測在450nm下微孔板的光學密度。通過將各值與已知IL-2濃度的標準曲線相比較,測定IL-2的回收。對于每一個單個實驗,制備新的IL-2標準曲線。對于樣品A和B的每一個,模型蛋白質(白細胞間介素2IL-2)自DMPK-C卡的回收率在圖12中說明。雖然已描述和說明了一種實施方案,但是對于技術受眾(skilledaddressee)來說顯而易見的是,在不偏離要求保護的本發(fā)明的范圍情況下,對這些實施方案添加、省略和修改是有可能的。例如,雖然在圖1、2和3中顯示的具體實施例被描述為采用以FTA商標銷售的固體載體30,但是以上顯示的實驗數據說明該技術可與其它固體載體一起使用,例如以下詳述的。本文中FTA(包括FTA微量卡、FTA標示和FTA經典)為使用穩(wěn)定化學物質(例如弱堿、螯合劑和陰離子表面活性劑)處理的纖維素纖維紙,從而用穩(wěn)定化學物質浸漬載體表面。采用這種方式,生物樣品材料可在裝置上儲存許多個月或甚至數年,從而允許在環(huán)境溫度下將裝置運送(如果需要)至實驗室的時間,并且隨后簡單地通過溶解儲存的樣品和試劑,足夠的回收是可能的。FTA洗脫在本文中描述類似的紙,但是其涂布有離液劑例如硫氰酸胍,以允許直接測定生物材料,而無需除去FTA紙采用的化學物質。本文中903描述未經涂布的纖維素纖維紙。有可能使用其它固體載體,例如玻璃纖維/微纖維材料或多孔聚合物,例如多孔膜材料,例如聚酯、聚醚砜(PES)、聚酰胺(尼龍)、聚丙烯、聚四氟乙烯(PTFE)、聚碳酸酯、硝酸纖維素、乙酸纖維素或氧化鋁.上述固體載體旨在用于通常平面構造,但是在備選中,可例如用在輥上并且卷攏于腫瘤/團表面。此外,雖然具體實例指腫瘤橫截面,但是根據相同的技術可進行其它生物團的分布譜生成。當前第1頁1 2 3 
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