本發(fā)明涉及一種適用于中國人群的17α羥化酶缺乏癥常見基因突變的檢測方法。

背景技術(shù)：

除生殖細(xì)胞外，染色體在人類細(xì)胞中成對出現(xiàn)。其中一條染色體來自父方，另一條來自母方。但染色體在一代代的傳遞過程中并不是一成不變的。在精子和卵細(xì)胞形成的過程中，染色體對發(fā)生重組，即一對染色體中聚集到一起并交換片段。由此產(chǎn)生的雜合染色體含有這對染色體的兩個(gè)成員的片段，并傳遞給下一代。多代之后，經(jīng)過反復(fù)的重組事件，祖先染色體的片段的原有排布在非近親結(jié)婚的人群中已被打亂。某些祖先染色體片段會在許多后代個(gè)體的DNA序列中出現(xiàn)。沒有被重組打破的區(qū)段相互間被那些發(fā)生了重組的區(qū)域隔開。這些區(qū)段就是單倍型，遺傳學(xué)家利用它可以尋找與疾病或者其它醫(yī)學(xué)上的重要特征相關(guān)的基因。

17α-羥化酶/17,20碳鏈裂解酶缺陷癥(17OHD)是先天性腎上腺皮質(zhì)增生癥的一種少見類型，僅占CAH的1％。由于17OHD使人體鹽皮質(zhì)激素、糖皮質(zhì)激素和性激素分泌紊亂,臨床主要表現(xiàn)為低腎素性高血壓、低血鉀性肌無力，女性性幼稚、原發(fā)性閉經(jīng)及男性假兩性畸形。17OHD是一種常染色體隱性遺傳疾病，目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)80多個(gè)CYP17A1基因突變可以導(dǎo)致17OHD。目前用于檢測突變方法為直接測序，使用單倍體分型檢測這一突變目前尚無報(bào)道。而目前廣泛開展的GWAS(全基因組關(guān)聯(lián)分析)技術(shù)使得檢測大量的SNP分型成為可能。在此基礎(chǔ)上可以找到與疾病相關(guān)的單倍體。

所以，一種適用于中國人群能夠篩查17α羥化酶缺乏癥常見基因突變的檢測方法是十分具有實(shí)用價(jià)值的。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

本發(fā)明的目的是為了提供一種尤其適用于中國人群的17α羥化酶缺乏癥常見基因突變的檢測方法。

為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了一種適用于中國人群的17α羥化酶缺乏癥常見基因突 變的檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟(1)：在患者及攜帶者的待檢測基因上選取多個(gè)SNP位點(diǎn)；

步驟(2)：明確所述的SNP位點(diǎn)的基因型；

步驟(3)：使用軟件對多個(gè)所述的SNP位點(diǎn)進(jìn)行單倍型分析；

步驟(4)：找出基因突變的單倍型，得出單倍型分析的結(jié)果；

步驟(5)：在正常人群中對所述的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。

較佳地，所述的多個(gè)SNP位點(diǎn)為16個(gè)SNP位點(diǎn)。

較佳地，所述的16個(gè)SNP位點(diǎn)為：

rs743572:SNP1；rs6162:SNP2；rs6163:SNP3；rs10786712:SNP4；rs3824755:SNP5；rs3781286:SNP6；rs3781287:SNP7；rs4919687:SNP8；rs743575:SNP9；rs1004467:SNP10；rs3740397:SNP11；rs4919686:SNP12；rs284848:SNP13；rs17115100:SNP14；rs284849:SNP15；rs10883783:SNP16。

較佳地，所述的待檢測基因?yàn)镃YP17A1基因。

較佳地，所述的軟件為PHASE2.1。

較佳地，所述的基因突變?yōu)閅329fs突變。

較佳地，所述的基因突變的單倍型的堿基序列為：TCGGCGACATCTCCCT。

本發(fā)明適用于中國人群的17α羥化酶缺乏癥常見基因突變的檢測，彌補(bǔ)了該領(lǐng)域的不足與缺失，且本發(fā)明的研究表明,中國人群中CYP17A1-Y329fs突變是17OHD的一種常見突變。而在本發(fā)明的研究中，收集了15例17OHD患者，其中攜帶有Y329fs突變的患者為10例，占患者總數(shù)的66.7％，再次確認(rèn)了Y329fs突變是中國人群17OHD的一種常見突變。而本發(fā)明的原理為在CYP17A1基因上找到16個(gè)SNP，通過單倍型分析發(fā)現(xiàn)，所有包含Y329fs突變的染色體都攜帶單倍體(TCGGCGACATCTCCCT。在GWAS研究的2760例正常對照中，只有一條染色體攜帶有上述突變型的單倍體，說明Y329fs這一突變在中國人群來源于同一個(gè)祖先。因此這一個(gè)特異的單倍型可以用來診斷Y329fs突變。最終證明TCGGCGACATCTCCCT單倍型為包含Y329FS基因突變的致病單倍型，這一突變與這個(gè)單倍型呈完全連鎖關(guān)系。本發(fā)明十分適用于中國人群，可以彌補(bǔ)該領(lǐng)域的不足與缺失，十分具有實(shí)用價(jià)值。

附圖說明

圖1為本發(fā)明實(shí)施例中選取的16個(gè)SNP位點(diǎn)相互之間的連鎖關(guān)系。

具體實(shí)施方式

為了能夠更清楚地理解本發(fā)明的技術(shù)內(nèi)容，下面對本發(fā)明的具體實(shí)施方法作進(jìn)一步說明。

實(shí)施例

本發(fā)明的具體實(shí)施辦法包括以下步驟：

步驟(1)：在CYP17A1基因上選取16個(gè)SNP位點(diǎn)(平均分布于CYP17A1基因上)。選出的SNP位點(diǎn)如表1所示。

表1.選取的SNP位點(diǎn)

步驟(2)：設(shè)計(jì)6對特異性的引物能夠擴(kuò)增出全部16個(gè)SNP，引物如表2所示，引物1F/1R擴(kuò)增SNP1、2、3，引物2F/2R擴(kuò)增SNP4，引物3F/3R擴(kuò)增SNP5、6、7、8，引物4F/4R擴(kuò)增SNP9、10，引物5F/5R擴(kuò)增SNP11、12、13，引物6F/6R擴(kuò)增SNP14、15、16。

表2. PCR擴(kuò)增片段及引物

步驟(3)：在患者及攜帶者(Y329fs)中對這16個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因測序明確各個(gè)位點(diǎn)的基因型。

步驟(4)：使用PHASE 2.1軟件進(jìn)行單倍型分析。

步驟(5)：得到患者及攜帶者包含16個(gè)SNP位點(diǎn)的單倍型haplotype 1-5。如表3所示.

表3

步驟(6)最終發(fā)現(xiàn)TCGGCGACATCTCCCT單倍型為包含Y329FS基因突變的致病單倍型，這一突變與這個(gè)單倍型呈完全連鎖關(guān)系。其連鎖關(guān)系如圖1所示。

步驟(7)在2760例正常漢族人群中，僅發(fā)現(xiàn)一個(gè)等位基因包含這一致病單倍型(攜帶者)。通過單倍型分析說明Y329fs這一突變在中國人群來源于同一個(gè)祖先。因此這一個(gè)特異的單倍型可以作為Y329fs突變的分子標(biāo)志應(yīng)用于人群中GWAS的研究來篩查此突變的攜帶者。

本發(fā)明適用于中國人群的17α羥化酶缺乏癥常見基因突變的檢測，彌補(bǔ)了該領(lǐng)域的不 足與缺失，且本發(fā)明的研究表明,中國人群中CYP17A1-Y329fs突變是17OHD的一種常見突變。而在本發(fā)明的研究中，收集了15例17OHD患者，其中攜帶有Y329fs突變的患者為10例，占患者總數(shù)的66.7％，再次確認(rèn)了Y329fs突變是中國人群17OHD的一種常見突變。而本發(fā)明的原理為在CYP17A1基因上找到16個(gè)SNP，通過單倍型分析發(fā)現(xiàn)，所有包含Y329fs突變的染色體都攜帶單倍體(TCGGCGACATCTCCCT。在GWAS研究的2760例正常對照中，只有一條染色體攜帶有上述突變型的單倍體，說明Y329fs這一突變在中國人群來源于同一個(gè)祖先。因此這一個(gè)特異的單倍型可以用來診斷Y329fs突變。最終證明TCGGCGACATCTCCCT單倍型為包含Y329FS基因突變的致病單倍型，這一突變與這個(gè)單倍型呈完全連鎖關(guān)系。本發(fā)明十分適用于中國人群，可以彌補(bǔ)該領(lǐng)域的不足與缺失，十分具有實(shí)用價(jià)值。

在此說明書中，本發(fā)明已參照其特定的實(shí)施例作了描述。但是，很顯然仍可以做出各種修改和變換而不背離本發(fā)明的精神和范圍。因此，說明書應(yīng)被認(rèn)為是說明性的而非限制性的。