1.一種溶液相捕獲探針庫(kù),其用于捕獲目的核酸序列,所述探針庫(kù)包括三類捕獲探針:
其中第一類是可以與僅含有尿嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;
其中第二類是可以與僅含有胞嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;和
其中第三類是可以與含有尿嘧啶殘基代替一些可甲基化的胞嘧啶殘基且含有胞嘧啶殘基代替其他可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針。
2.權(quán)利要求1的探針庫(kù),其中所述捕獲探針是長(zhǎng)度約50 bp至約150 bp。
3.權(quán)利要求1的探針庫(kù),其中所述捕獲探針是長(zhǎng)度約75 bp。
4.權(quán)利要求1的探針庫(kù),其中所述捕獲探針具有約50% G+C。
5.權(quán)利要求1的探針庫(kù),其中所述三類捕獲探針各自為所述探針庫(kù)的約33%。
6.一種評(píng)價(jià)目的核酸序列的DNA甲基化狀態(tài)的方法,所述方法包括下述步驟:
(a)用捕獲探針庫(kù)溶液中捕獲目的核酸序列的轉(zhuǎn)換且擴(kuò)增的核酸片段,所述捕獲探針庫(kù)包括三類捕獲探針:
第一類是可以與僅含有尿嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;
第二類是可以與僅含有胞嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;和
第三類是可以與含有尿嘧啶殘基代替一些可甲基化的胞嘧啶殘基且含有胞嘧啶殘基代替其他可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;
(b)擴(kuò)增所捕獲的核酸片段,以獲得所擴(kuò)增的捕獲的核酸片段群體;
(c)測(cè)序所擴(kuò)增的捕獲的核酸片段,以獲得所捕獲的核酸片段的核苷酸序列;和
(d)分析所捕獲的核酸片段的核苷酸序列,以獲得關(guān)于DNA甲基化狀態(tài)的信息。
7.權(quán)利要求6的方法,其中在步驟(a)之前,所述方法包括獲得基因組DNA樣品且由所述基因組DNA樣品制備DNA文庫(kù)的步驟。
8.權(quán)利要求6的方法,其中所述所轉(zhuǎn)換的核酸片段通過(guò)用轉(zhuǎn)換試劑,將所述DNA文庫(kù)中的未甲基化的胞嘧啶殘基和/或5-羥甲基胞嘧啶殘基轉(zhuǎn)換為尿嘧啶殘基來(lái)獲得。
9.權(quán)利要求8的方法,其中所述轉(zhuǎn)換試劑選自載脂蛋白B編輯復(fù)雜催化亞基1、亞硫酸氫鹽、胞嘧啶脫氫酶、亞硝酸和高釕酸鉀。
10.權(quán)利要求6的方法,其進(jìn)一步包括步驟(e):比較所述所捕獲的核酸片段的核苷酸序列和甲基化狀態(tài)與參考基因組的核苷酸序列和甲基化狀態(tài)。
11.一種用于評(píng)價(jià)DNA甲基化狀態(tài)的試劑盒組合物,所述系統(tǒng)包括:
具有三類捕獲探針的溶液相捕獲探針庫(kù)試劑盒,第一類是可以與僅含有尿嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;第二類是可以與僅含有胞嘧啶殘基代替可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;并且第三類是可以與含有尿嘧啶殘基代替一些可甲基化的胞嘧啶殘基且含有胞嘧啶殘基代替其他可甲基化的胞嘧啶殘基的目的序列雜交的探針;和
選自下述的至少一種另外的試劑盒:DNA取樣試劑盒、DNA文庫(kù)制備試劑盒、DNA轉(zhuǎn)換試劑盒、DNA擴(kuò)增試劑盒、DNA測(cè)序試劑盒以及生物信息學(xué)設(shè)計(jì)和分析軟件。
12.權(quán)利要求11的組合物,其中所述DNA轉(zhuǎn)換試劑盒包含選自下述的轉(zhuǎn)換試劑:載脂蛋白B編輯復(fù)雜催化亞基1、亞硫酸氫鹽、胞嘧啶脫氫酶、亞硝酸和高釕酸鉀。