藥學(xué)診斷的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明部分地涉及選擇性癌癥治療方案，該方案是基于分析編碼PI3K的催化性p110α亞單位的859位置處的谷氨酰胺的核酸中存在或不存在突變。
【專利說明】藥學(xué)診斷
[0001] 本公開內(nèi)容要求于2012年3月29日提交的美國臨時專利申請案第61/617284號 及于2013年2月22日提交的美國臨時專利申請案第61/767, 848號的優(yōu)先權(quán)，其公開內(nèi)容 的全文各自以引用方式并入本文中。 【【技術(shù)領(lǐng)域】】
[0002] 本發(fā)明是關(guān)于新穎的個性化療法、試劑盒、可傳輸形式的信息及用于治療患有癌 癥的患者的方法。 【【背景技術(shù)】】
[0003] 磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K)包括脂質(zhì)激酶家族，所述脂質(zhì)激酶催化磷酸根轉(zhuǎn) 移至肌醇脂質(zhì)的D-3'位置以產(chǎn)生磷酸肌醇-3-磷酸酯（PIP)、磷酸肌醇-3, 4-二磷酸 酯$1?2)及磷酸肌醇-3,4,5-三磷酸酯（?1?3)，所述？1?、？1?2及？1?3進(jìn)而藉由使含 有普列克底物蛋白同源（pleckstrin-homology)、FYVE、Phox及其他磷脂結(jié)合結(jié)構(gòu)域的 蛋白質(zhì)對接至經(jīng)常在質(zhì)膜處的多種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)復(fù)合物而在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)級聯(lián)中充當(dāng)?shù)诙攀?(Vanhaesebroeck等人，Annu.Rev.Biochem70:535(2001);Katso等人，Annu.Rev.Cell Dev.Biol. 17:615(2001))。在兩種I類PI3K中，IA類PI3K是由與調(diào)節(jié)亞單位組成型相關(guān) 聯(lián)的催化PllO亞單位（α、β、S同種型）組成的異源二聚體，該調(diào)節(jié)亞單位可為Ρ85α、 ρ55α、ρ50α、ρ85β或ρ55γ。IB類子類具有一個家族成員，即由與兩個調(diào)節(jié)亞單位的 plOl或ρ84的一種相關(guān)聯(lián)的催化pi10γ亞單位組成的異源二聚體（Fruman等人，Annu Rev.Biochem. 67:481 (1998);Suire等人，Curr.Biol. 15:566(2005))。p85/55/50 亞單位 的模塊化結(jié)構(gòu)域包括結(jié)合在活化受體及胞質(zhì)酪胺酸激酶上特定序列文本中的磷酸酪胺酸 殘基的Src同源（SH2)結(jié)構(gòu)域，從而可使IA類PI3K活化并定位。在一些情況下，由結(jié)合肽 及非肽配體的多種譜的G蛋白偶聯(lián)受體直接活化IB類以及ρΙΙΟβ(Stephens等人，Cell 89:105(1997));Katso等人，Annu.Rev.CellDev.Biol. 17:615-675 (2001))。因此，所得 的I類PI3K磷脂產(chǎn)物將上游受體與下游細(xì)胞活性（包括增殖、存活、趨化、細(xì)胞輸送、運 動、代謝、發(fā)炎及過敏反應(yīng)、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)譯）聯(lián)系在一起（Cantley等人，Cell64:281(1991); Escobedo及Williams,Nature335:85(1988);Fantl等人，Cell69:413(1992))。
[0004] PIP3將Akt(即病毒致癌基因V-Akt的人類同源物的產(chǎn)物）募集至質(zhì)膜， 其中其用作對生長及存活而言重要的許多細(xì)胞內(nèi)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的節(jié)點（Fantl等人， Cell69:413-423(1992);Bader等人，NatureRev.Cancer5:921 (2005);Vivanco及 Sawyer,NatureRev.Cancer2:489(2002))。PI3K的異常調(diào)節(jié)，經(jīng)常經(jīng)由Akt活化延長存 活，是人類癌癥中的最流行事件之一且已顯示在多種水平發(fā)生。腫瘤抑制基因PTEN在肌醇 環(huán)的3'位置處使磷酸肌醇去磷酸化且藉此拮抗PI3K活性，該基因在多種腫瘤中功能性缺 失。在其他腫瘤中，PllOa同種型PIK3CA及Akt的基因擴(kuò)增，且在若干人類癌癥中已證實 其基因產(chǎn)物的蛋白質(zhì)表達(dá)增加。此外，已在人類癌癥中闡述用于上調(diào)P85_pll0復(fù)合物的 ρ85α的突變及易位。最后，活化下游信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的PIK3CA體細(xì)胞錯義突變已在多種人 類癌癥中以大頻率闡述（Kang等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:802(2005);Samuels等 人，Science304:554(2004);Samuels等人，CancerCell7:561-573(2005))。這些觀察顯 示，磷酸肌醇-3激酶及此信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的上游及下游組份的失調(diào)是與人類癌癥及增殖疾 病相關(guān)的最常見失調(diào)之一（Parsons等人，Nature436:792 (2005);Hennessey等人，Nature Rev.DrugDisc.4:988-1004(2005))。
[0005] 愈來愈多的證據(jù)表明，患者的遺傳特性對患者對治療性治療的反應(yīng)性具有決定 性。由于適于患有癌癥的個體的多種療法，故影響（例如）對特定藥物的反應(yīng)的遺傳因素 的測定可用于為患者提供個性化治療方案。所述個性化治療方案提供使對患者的益處最大 化同時使可與替代及較不有效治療方案相關(guān)的有關(guān)副作用最小化的潛能。因此，業(yè)內(nèi)需要 識別可用于預(yù)測患者是否可能對特定治療療法有反應(yīng)的因素。 【
【發(fā)明內(nèi)容】
】
[0006] 本發(fā)明是基于以下發(fā)現(xiàn)：識別PI3K的催化性PllOα亞單位中的859位置處編碼 氨基酸的核酸可用于挑選出患有癌癥的可能對使用治療有效量的α-同種型特異性ΡΙ3Κ 抑制劑化合物（例如（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺））或其藥學(xué)上可接受的鹽 的治療有反應(yīng)的個體。特定而言，發(fā)現(xiàn)患有癌癥的個體的試樣中ΡΙ3Κ的催化性ρΙΙΟα 亞單位的859位置處的谷氨酰胺殘基（在本文中亦稱作Q或Gln)變化可用于挑選出對 使用a-同種型特異性ΡΙ3Κ抑制劑化合物（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1_( {4-甲 基-5- [2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥 學(xué)上可接受的鹽的治療是否有反應(yīng)的個體。可藉由直接分析個體的生物試樣的目標(biāo)物（例 如，mRNA、cDNA、蛋白質(zhì)等）實施測定步驟。
[0007] 在一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括基于個體 在PI3K的催化性pllOa亞單位的859位置處具有谷氨酰胺，向個體選擇性施用治療有效 量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1- ({4-甲基-5- [2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙 基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0008] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括 ：
[0009]a)分析個體的生物試樣在PI3K的催化性pllOa亞單位的859位置處存在或不存 在谷氨酰胺；及
[0010]b)基于試樣于859位置處具有谷氨酰胺，向個體選擇性施用治療有效量的（S)-吡 咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0011] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0012]a)基于試樣于PI3K的催化性pllOa亞單位的859位置處具有谷氨酰胺，向個體 選擇性施用治療有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或
[0013]b)基于試樣于PI3K的催化性pllOa亞單位的859位置處無谷氨酰胺，向個體選 擇性施用治療有效量的除（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）外的不同PI3K抑制劑化合 物。
[0014] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0015] 分析個體的生物試樣在PI3K的催化性pllOα亞單位的859位置處存在或不存在 谷氨酰胺；及
[0016] 選擇性施用：
[0017]i)基于試樣于859位置處具有谷氨酰胺，向個體施用治療有效量的（S)-吡咯 烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或
[0018]ii)基于試樣于859位置處無谷氨酰胺，向個體施用治療有效量的除（S)-吡 咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）外的不同PI3K抑制劑化合物。
[0019] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括 ：
[0020]a)分析個體的生物試樣在PI3K的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處存在或不存 在谷氨酰胺；
[0021]b)其后基于個體在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處具有谷氨酰胺，挑 選出可以（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲 基-乙基）_吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療的個體；及
[0022] c)其后基于個體在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處具有谷氨酰胺，向 個體施用（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三氟-1，1-二甲 基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0023] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括 ：
[0024]a)測定個體的生物試樣中ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處存在或不 存在谷氨酰胺，其中在859位置處存在谷氨酰胺指示個體對使用ΡΙ3Κα亞單位抑制劑化合 物（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙 基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療有反應(yīng)的可能性增 加；及
[0025]b)其后基于個體的試樣在ΡΙ3Κ的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處具有谷氨酰 胺，挑選出可以ΡΙ3Κα亞單位抑制劑化合物（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲 基-5-[2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽治療的個體。
[0026] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇患有癌癥的個體進(jìn)行治療的方法，該方法包括測定 個體的生物試樣中ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處存在或不存在谷氨酰胺， 其中在859位置處存在谷氨酰胺指示個體對使用PI3Kci亞單位抑制劑化合物（S)-吡 咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療有反應(yīng)的可能性增加。
[0027] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括基于個 體具有在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處編碼谷氨酰胺的核酸序列，向個體選 擇性施用治療有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0028] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0029] a)分析個體的生物試樣在PI3K的催化性pllOα亞單位的2575-2577位置處與參 考序列相比存在或不存在核酸序列突變；及
[0030] b)基于核酸序列試樣無突變且859位置處編碼谷氨酰胺，向個體選擇性施用治療 有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三氟-1，1-二甲 基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
[0031] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0032] a)基于個體具有在PI3K的催化性pllOα亞單位的859位置處編碼谷氨酰胺的 核酸序列，向個體選擇性施用治療有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲 基-5-[2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽；或
[0033] b)基于個體具有在ΡΙ3Κ的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處不編碼谷氨酰胺的 核酸序列，向個體選擇性施用治療有效量的不同ΡΙ3Κ抑制劑化合物。
[0034] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0035] 分析個體的生物試樣在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位中存在或不存在核酸序列突 變，其中突變引起ΡΙ3Κ的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處的谷氨酰胺發(fā)生氨基酸取代； 及
[0036] 選擇性施用：
[0037] i)基于核酸序列在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位中的859位置處編碼谷氨酰胺， 向個體施用治療有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或
[0038] ii)基于核酸序列在PI3K的催化性pllOα亞單位中于859位置處具有突變且不 編碼谷氨酰胺，向個體施用治療有效量的不同PI3K抑制劑化合物。
[0039] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0040] a)分析個體的生物試樣在PI3K的催化性pi10α亞單位中存在或不存在核酸序列 突變，其中突變引起PI3K的催化性pllOα亞單位的859位置處的谷氨酰胺發(fā)生氨基酸取 代；
[0041] b)其后基于個體的試樣無突變且在PI3K的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處編 碼谷氨酰胺，挑選出可以（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治 療的個體；及
[0042] c)其后向無突變的個體施用（S)-吡咯烷-1,2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲 基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽。
[0043] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括：
[0044]a)分析個體的生物試樣在PI3K的催化性pllOα亞單位中存在或不存在核酸序 列突變，其中突變引起PI3K的催化性pllOα亞單位的859位置處的谷氨酰胺發(fā)生氨基酸 取代，其中核酸序列中不存在突變指示個體對使用PI3Kα亞單位抑制劑化合物（S)-吡 咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療有反應(yīng)的可能性增加；及
[0045]b)其后基于個體的試樣在核酸序列中無突變以使核酸序列在PI3K的催化性 PllOa亞單位的859位置處編碼谷氨酰胺，挑選出可以PI3Kα亞單位抑制劑化合物 (S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙 基）_吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療的個體。
[0046] 在又一方面，本發(fā)明包括選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包括 ：
[0047] 分析自患有癌癥的個體獲得的核酸試樣在編碼ΡΙ3Κ多肽的催化性pllOα亞單位 的核酸分子中存在突變，其引起被編碼的催化性Pl10α亞單位的859位置處的谷氨酰胺發(fā) 生取代；
[0048] 其后選擇性施用：
[0049]a)基于核酸在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處編碼谷氨酰胺，向個 體施用治療有效量的（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或
[0050]b)基于核酸在ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處不編碼谷氨酰胺，向個 體施用治療有效量的不同ΡΙ3Κ抑制劑化合物。
[0051] 在另一方面，本發(fā)明包括選擇患有癌癥的個體進(jìn)行治療的方法，該方法包括分析 自患有癌癥的個體獲得的核酸試樣在編碼ΡΙ3Κ多肽的催化性PllOα亞單位的核酸分子 中存在突變，其引起被編碼的催化性PllOα亞單位的859位置處的谷氨酰胺發(fā)生取代， 其中在859位置處存在谷氨酰胺指示個體對使用ΡΙ3Κα亞單位抑制劑化合物（S)-吡 咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療有反應(yīng)的可能性增加。
[0052] 在又一方面，本發(fā)明包括對個體進(jìn)行基因分型的方法，該方法包括檢測在被編 碼的ΡΙ3Κ的催化性pllOα亞單位的859位置處產(chǎn)生氨基酸變體的遺傳性變型，其中 在859位置處無變體指示應(yīng)向該個體施用（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲 基-5- [2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）。
[0053] 在又一方面，本發(fā)明包括對個體進(jìn)行基因分型的方法，該方法包括檢測在自該個 體獲得的ΡΙ3Κ基因的催化性ρΙΙΟα亞單位中2575-2577位置處不存在或存在CAA，其中 存在CAA指示個體對（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三 氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）有反應(yīng)的可能性增加。
[0054] 在如本文所述的本發(fā)明方法中，癌癥亦可為任何癌癥，包括成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、黑色素 瘤、卵巢癌、乳癌、非小細(xì)胞肺癌（NSCLC)、子宮內(nèi)膜癌、前列腺癌、結(jié)腸癌及骨髓瘤。試樣通 常是腫瘤試樣且可為新鮮冷凍試樣或石蠟包埋組織試樣。
[0055] 在如本文所述的本發(fā)明方法中，可藉由業(yè)內(nèi)已知的任何方法（例如免疫分析、免 疫組織化學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、Western印跡法、HPLC及質(zhì)譜）實施檢測谷氨酰胺或變體 氨基酸的方法。另外，在如本文所述的本發(fā)明方法中，檢測編碼PI3K的催化性pllOα亞單 位的核酸分子中的突變的方法包括聚合酶鏈反應(yīng)（PCR)、逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR)、 基于TaqMan的分析、直接測序、動態(tài)等位基因特異性雜交、高密度寡核苷酸SNP陣列、限制 性片段長度多態(tài)性（RFLP)分析、引物延伸分析、寡核苷酸連接酶分析、單鏈構(gòu)象多態(tài)性分 析、溫度梯度凝膠電泳（TGGE)、變性高效液相層析、高分辨率熔融分析、DNA錯配結(jié)合蛋白 分析、SNPLeX⑧或毛細(xì)管電泳。
[0056] 本發(fā)明進(jìn)一步包括產(chǎn)生可傳輸形式的信息以預(yù)測患有癌癥的患者對（S)-吡咯 烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡 啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）的治療的反應(yīng)性的方法，該方法包含：
[0057]a)測定個體對于患者對使用（S)-吡咯烷-1,2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲 基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）治療 有反應(yīng)的可能性是否增加，其中基于在PI3K的催化性pllOα亞單位基因的859位置處具 有谷氨酰胺，則個體具有增加的可能性；及
[0058] b)在實體或非實體介質(zhì)形式上記錄測定步驟的結(jié)果用于傳輸。
[0059] 在另一方面，本發(fā)明包括產(chǎn)生可傳輸形式的信息以預(yù)測患有癌癥的患者對 (S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙 基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）的治療的反應(yīng)性的方法，該方法包括：
[0060]a)測定個體對于患者對使用（S)-吡咯烷-1,2-二羧酸2-酰胺1-({4-甲 基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）治療 有反應(yīng)的可能性是否增加，其中基于核酸序列在PI3K的催化性pllOα亞單位基因的859 位置處編碼谷氨酰胺，則個體具有增加的可能性；及
[0061] b)在實體或非實體介質(zhì)形式上記錄測定步驟的結(jié)果用于傳輸。
[0062] 在又一方面，本發(fā)明包括用于測定腫瘤是否對使用PI3Kα亞單位抑制劑化合 物（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-( {4-甲基-5-[2-(2, 2, 2-三氟-1，1-二甲基-乙 基）_吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療有反應(yīng)的試劑盒， 該試劑盒包含提供一或多種用于檢測在ΡΙ3Κ基因座中存在突變（SEQIDΝ0:2的核酸 2575-2577)的探針或引物及使用說明書。
[0063] 在另一方面，本發(fā)明包括用于預(yù)測患有癌癥的個體是否將受益于ΡΙ3Κα亞單位 抑制劑化合物（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1- ({4-甲基-5- [2- (2, 2, 2-三氟-1，1-二 甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽治療的試劑盒， 該試劑盒包含：
[0064]a)若干用于測定在ΡΙ3Κ的催化性ρΙΙΟα亞單位的859位置處存在編碼變體的突 變的試劑；及
[0065] b)使用說明書。
[0066] 在如本文所述的本發(fā)明方法中，PI3K抑制劑是業(yè)內(nèi)的任何已知PI3Kα亞 單位抑制劑。具體而言，化合物可為（S)-吡咯烷-1，2-二羧酸2-酰胺1-({4_甲 基-5-[2-(2,2,2-三氟-1，1-二甲基-乙基）-吡啶-4-基]-噻唑-2-基}-酰胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽；下文亦顯示為式（A)
[0067]
【權(quán)利要求】
1. 一種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含基于個體在PI3K的催化性 pllOa亞單位的859位置處具有谷氨醜胺，向該個體選擇性施用治療有效量的（S)-化 咯焼-l，2-二駿酸2-醜胺l-({4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-l，l-二甲基-己基）-化 巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
2. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： C)分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性PllOa亞單位的859位置處存在或 不存在谷氨醜胺；及 d)基于該試樣于859位置處具有谷氨醜胺，向該個體選擇性施用治療有效量的（S)-化 咯焼-l，2-二駿酸2-醜胺l-({4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-l，l-二甲基-己基）-化 巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
3. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a) 基于試樣于PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處具有谷氨醜胺，向該個體選 擇性施用治療有效量的（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-H 氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或 b) 基于該試樣于PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處不具有谷氨醜胺，向該個 體選擇性施用治療有效量的不同PI3K抑制劑化合物。
4. 一種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處存在或不 存在谷氨醜胺；及 選擇性施用： i) 基于該試樣于在859位置處具有谷氨醜胺，向該個體施用治療有效量的（S)-化 咯焼-1, 2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-二氣-1, 1-二甲基-己基）-化 巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或 ii) 基于該試樣于859位置處不具有谷氨醜胺，向該個體施用治療有效量的不同PI3K 抑制劑化合物。
5. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： d) 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處存在或 不存在谷氨醜胺； e) 其后基于該個體在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處具有谷氨醜胺，挑 選出個體，W便進(jìn)行（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-H 氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的 治療；及 f) 其后基于該個體在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處具有谷氨醜胺，向該 個體施用（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二甲 基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
6. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a)測定來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性Pl 10 a亞單位的859位置處存在或 不存在谷氨醜胺，其中在859位置處存在谷氨醜胺表示該個體對使用PI3K a亞單位抑制 劑化合物（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二甲 基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療有反應(yīng)的 可能性增加；及 b)其后基于來自該個體的試樣在PI3K的催化性PllOa亞單位的859位置處具有谷 氨醜胺，挑選出個體，W便進(jìn)行使用PI3K a亞單位抑制劑化合物（S)-化咯焼-1,2-二 駿酸2-醜胺l-({4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-l，l-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔 哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療。
7. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含基于該個體在PI3K的催化性 PllO a亞單位的859位置處具有編碼谷氨醜胺的核酸序列，向該個體選擇性施用治療有效 量的（S)-化咯焼-1，2-二駿酸2-醜胺1- ({4-甲基-5- [2-化2, 2-立氣-1，1-二甲基-己 基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
8. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a) 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性Pl 10 a亞單位中存在或不存在核酸 序列突變，其中該突變引起PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處的谷氨醜胺發(fā)生氨 基酸取代；及 b) 基于該核酸序列試樣在859位置處無突變且編碼谷氨醜胺，向該個體選擇性施用治 療有效量的（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二 甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽。
9. 一種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a) 基于該個體在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處具有編碼谷氨醜胺的核 酸序列，向該個體選擇性施用治療有效量的（S)-化咯焼-1，2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲 基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽；或 b) 基于該個體在PI3K的催化性PllOa亞單位的859位置處具有不編碼谷氨醜胺的核 酸序列，向該個體選擇性施用治療有效量的不同PI3K抑制劑化合物。
10. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性Pl 10 a亞單位中存在或不存在核酸序 列突變，其中該突變引起該PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處的谷氨醜胺發(fā)生氨 基酸取代；及 選擇性施用： i) 基于該核酸序列編碼PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處的谷氨醜胺，向該 個體施用治療有效量的（S)-化咯焼-1，2-二駿酸2-醜胺1- ({4-甲基-5- [2-化2, 2- H 氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或 ii) 基于該核酸序列在PI3K的催化性PllO a亞單位中于859位置處具有突變且不編 碼谷氨醜胺，向該個體施用治療有效量的不同PI3K抑制劑化合物。
11. 一種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a) 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性Pl 10 a亞單位中存在或不存在核酸 序列突變，其中該突變引起該PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處的谷氨醜胺發(fā)生 氨基酸取代； b) 其后基于來自該個體的試樣在PI3K的催化性PllOa亞單位的859位置處無突變 且編碼谷氨醜胺，挑選出個體，W便進(jìn)行使用（S)-化咯焼-1，2-二駿酸2-醜胺I-({4-甲 基-5-[2-化2, 2- H氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽的治療；及 C)其后向無所述突變的個體施用（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲 基-5-[2-化2, 2- H氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其 藥學(xué)上可接受的鹽。
12. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： a) 分析來自該個體的生物試樣中在PI3K的催化性PllOa亞單位中存在或不存在核酸 序列突變，其中該突變引起該PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處的谷氨醜胺發(fā)生 氨基酸取代，其中該核酸序列中不存在突變指示該個體對使用PI3K a亞單位抑制劑化合 物（S)-[]比咯焼-1, 2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2, 2-二氣-1, 1-二甲基-己 基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療有反應(yīng)的可能性 增加；及 b) 其后基于來自該個體的試樣在該核酸序列中無突變W使該核酸序列在PI3K的催化 性PllO a亞單位的859位置處編碼谷氨醜胺，挑選出個體，W便進(jìn)行使用PI3K a亞單位抑 制劑化合物（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二 甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療。
13. -種選擇性治療患有癌癥的個體的方法，該方法包含： 分析獲自患有癌癥的個體的核酸試樣在編碼PI3K多膚的催化性Pl 10 a亞單位的核酸 分子中存在突變，該突變引起所編碼的催化性PllO a亞單位的859位置處谷氨醜胺發(fā)生取 代； 其后選擇性施用： a) 基于該核酸在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處編碼谷氨醜胺，向該個 體施用治療有效量的（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-H 氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽；或 b) 基于該核酸在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處不編碼谷氨醜胺，向該個 體施用治療有效量的不同PI3K抑制劑化合物。
14. 一種對個體進(jìn)行基因分型的方法，該方法包含檢測遺傳變體，該遺傳變體在PI3K 的經(jīng)編碼催化性PllO a亞單位的859位置處產(chǎn)生氨基酸變體，其中在859位置處無變體時 是指示應(yīng)向該個體施用（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2, 2-H 氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）。
15. -種對個體進(jìn)行基因分型的方法，該方法包含檢測在獲自該個體的PI3K基因的 催化性PllO a亞單位中2575-2577位置處不存在或存在CAA，其中存在CAA指示該個體 對（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-( {4-甲基-5-[2-化2,2-;氣-1，1-二甲基-己 基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）有反應(yīng)的可能性增加。
16. 如前述權(quán)利要求中任一項的方法，其中該癌癥是選自由成膠質(zhì)細(xì)胞瘤、黑色素瘤、 卵巢癌、乳癌、非小細(xì)胞肺癌（NSCLC)、子宮內(nèi)膜癌、前列腺癌、結(jié)腸癌及骨髓瘤組成的組。
17. 如前述權(quán)利要求中任一項的方法，其中該試樣是腫瘤試樣。
18. 如權(quán)利要求17的方法，其中該腫瘤試樣是新鮮冷凍試樣或石蠟包埋組織試樣。
19. 如權(quán)利要求I至6及14中任一項的方法，其中該檢測可藉由免疫分析、免疫組織化 學(xué)、ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、蛋白質(zhì)印跡、HPLC及質(zhì)譜實施。
20. 如權(quán)利要求7至13及15中任一項的方法，其中編碼PI3K的催化性PllO a亞單 位的核酸分子中存在或不存在突變可藉由選自由W下組成的組的技術(shù)檢測；RNA印跡、聚 合酶鏈反應(yīng)（PCR)、逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR)、基于化qMan的分析、直接測序、動態(tài) 等位基因特異性雜交、高密度寡核巧酸SNP陣列、限制性片段長度多態(tài)性（RFL巧分析、引物 延伸分析、寡核巧酸連接酶分析、單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析、溫度梯度凝膠電泳（TGGE)、變性高 效液相層析、高分辨率烙融分析、DNA失配結(jié)合蛋白分析、SNPLex⑧、毛細(xì)管電泳、DNA印 跡。
21. 如權(quán)利要求7至12或15的方法，其中該檢測步驟包含對PI3K的催化性PllO a亞 單位基因或其一部分進(jìn)行測序。
22. -種用于產(chǎn)生可傳輸形式的信息W預(yù)測患有癌癥的患者對使用（S)-化咯 焼-1, 2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-二氣-1, 1-二甲基-己基）-化 巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）的治療的反應(yīng)性的方法，該方法包含： a) 測定個體對于該患者對使用（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲 基-5-[2-化2,2-H氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）的治 療有反應(yīng)的可能性是否增加，其中基于在PI3K的催化性PllO a亞單位基因的859位置處 具有谷氨醜胺，該個體的可能性增加；及 b) 在實體或非實體介質(zhì)形式上記錄該測定步驟的結(jié)果用于傳輸。
23. -種用于產(chǎn)生可傳輸形式的信息W預(yù)測患有癌癥的患者對使用（S)-化咯 焼-1, 2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲基-5-[2-化2, 2-二氣-1, 1-二甲基-己基）-化 巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）的治療的反應(yīng)性的方法，該方法包含： a) 測定個體對于該患者對使用（S)-化咯焼-1,2-二駿酸2-醜胺1-({4-甲 基-5-[2-化2,2-H氣-l，l-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）的治 療有反應(yīng)的可能性是否增加，其中基于核酸序列在PI3K的催化性Pl 10 a亞單位基因的859 位置處編碼谷氨醜胺，該個體的可能性增加；及 b) 在實體或非實體介質(zhì)形式上記錄該測定步驟的結(jié)果用于傳輸。
24. -種用于測定腫瘤是否對使用PI3K a亞單位抑制劑化合物（S)-化咯焼-1,2-二 駿酸2-醜胺1- ({4-甲基-5-[2-化2, 2- H氣-1，1-二甲基-己基）-化巧-4-基]-喔 哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療有反應(yīng)的試劑盒，該試劑盒包含提供一或 多種用于檢測在PI3K基因座中存在突變的探針或引物及使用說明書。
25. -種用于預(yù)測患有癌癥的個體是否將受益于使用PI3K a亞單位抑制劑化合物 (S)-化咯焼-l，2-二駿酸2-醜胺l-({4-甲基-5-[2-化2,2-H氣-l，l-二甲基-己 基）-化巧-4-基]-喔哇-2-基}-醜胺）或其藥學(xué)上可接受的鹽的治療的試劑盒，該試劑 盒包含： C)多種用于測定在PI3K的催化性PllO a亞單位的859位置處存在突變的試劑；及 d)使用說明書。
【文檔編號】A61P35/00GK104271136SQ201380017393
【公開日】2015年1月7日 申請日期:2013年3月27日 優(yōu)先權(quán)日:2012年3月29日
【發(fā)明者】P·福瑞特, C·弗里特什, S-M·瑪拉 申請人:諾華股份有限公司