專利名稱：一種lpl基因snp檢測特異性引物和液相芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種LPL基因 SNP檢測特異性引物和液相芯片。
背景技術(shù)：
脂蛋白脂肪酶(lipoprteinlipase，LPL)是脂肪細(xì)胞、心肌細(xì)胞、骨骼肌細(xì)胞、乳腺細(xì)胞以及巨噬細(xì)胞等實質(zhì)細(xì)胞合成和分泌的一種糖蛋白，分子量為60ku，含3% -8%碳水化合物。LPL生理功能是催化CM和VLDL核心的TG分解為脂肪酸和單酸甘油酯，以供組織氧化供能和貯存。LPL還參與VLDL和HDL之間的載脂蛋白和磷脂的轉(zhuǎn)換，ApoC II為LPL 必備的輔因子，其C端第61-79位氨基酸具有激活LPL的作用。LPL基因位于第8染色體短臂8p22，長約351Λ，由10個外顯子和9個內(nèi)含子組成， 編碼475個氨基酸殘基的蛋白質(zhì)。目前研究表明LPL的生理功能是分解脂蛋白核成分的甘油三酯，也分解磷脂如卵磷脂、磷脂酰乙醇胺，并促使脂蛋白之間轉(zhuǎn)移膽固醇、磷脂及載脂蛋白，其代謝產(chǎn)物游離脂肪酸為組織提供能量，或再酯化為TG，儲存在脂肪組織中。LPL基因位點(diǎn)存在多態(tài)性，主要分布在LPL基因內(nèi)含子和側(cè)翼序列中，這些多態(tài)性位點(diǎn)的存在直接影響脂蛋白酶的功能。本發(fā)明目標(biāo)檢測的LPL基因突變位點(diǎn)，如表所示
權(quán)利要求
1.一種LPL基因SNP檢測液相芯片，其特征是，主要包括有(A).針對每種SNP分別設(shè)計的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的 tag序列和3’端針對目的基因SNP位點(diǎn)的特異性引物組成，所述野生型和突變型的特異性引物分別為針對T161G SNP位點(diǎn)的SEQ ID NO. 9及SEQ ID NO. 10、針對C 120G SNP位點(diǎn)的 SEQID NO. 11 及 SEQID NO. 12、針對 G113A SNP 位點(diǎn)的 SEQIDN0. 13 及 SEQID NO. 14、和 / 或針對 A178G SNP 位點(diǎn)的 SEQID NO. 15 及 SEQID NO. 16 ；所述 tag 序列選自 SEQ ID NO. 1-8 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 17 SEQ IDN0. 24中的序列，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對；(C).用于擴(kuò)增出需要檢測的、具有相應(yīng)SNP位點(diǎn)的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的LPL基因SNP檢測液相芯片，其特征是，所述擴(kuò)增引物為針對 T161G SNP 位點(diǎn)的 SEQID NO. 25 及 SEQID NO. 26、針對 C 120G SNP 位點(diǎn)的 SEQIDN0. 27 及 SEQID NO. 28、針對 G113A SNP 位點(diǎn)的 SEQID NO. 29 及 SEQID NO. 30、和 / 或針對 A178G SNP 位點(diǎn)的 SEQID NO. 31 及 SEQID NO. 32。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的LPL基因SNP檢測液相芯片，其特征是，所述ASPE引物為 由SEQID NO. 1和SEQID NO. 9組成的序列及由SEQID NO. 2和SEQID NO. 10組成的序列、由 SEQID NO. 3和SEQID NO. 11組成的序列及由SEQID NO. 4和SEQID NO. 12組成的序列、由 SEQID NO. 5和SEQID NO. 13組成的序列及由SEQID NO. 6和SEQID NO. 14組成的序列、和 /或由SEQID NO. 7和SEQID NO. 15組成的序列及由SEQID NO. 8和SEQID NO. 16組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的LPL基因SNP檢測液相芯片，其特征是，(A)·所述ASPE引物為由SEQID NO. 1和SEQID NO. 9組成的序列及由SEQID NO. 2和 SEQID NO. 10組成的序列、由SEQID N0. 3和SEQID NO. 11組成的序列及由SEQIDN0. 4和 SEQID N0. 12組成的序列、由SEQID N0. 5和SEQID N0. 13組成的序列及由SEQID N0. 6和 SEQID N0. 14組成的序列、和由SEQID N0. 7和SEQID N0. 15組成的序列及由SEQID N0. 8和 SEQID N0. 16組成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID N0. 17 SEQ IDN0. 24中的序列，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對；(C).所述擴(kuò)增引物為針對T161GSNP位點(diǎn)的SEQ ID N0. 25及SEQ ID N0. 26、針對 C120G SNP 位點(diǎn)的 SEQID N0. 27 及 SEQID N0. 28、針對 G113A SNP 位點(diǎn)的 SEQIDN0. 29 及 SEQID N0. 30、和針對 A178G SNP 位點(diǎn)的 SEQID N0. 31 及 SEQID N0. 32。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-4任一項所述的apoC3基因SNP檢測液相芯片，其特征在于，所述間隔臂為5-10個T。
6.一種用于LPL基因SNP檢測的特異性引物，其特征在于，包括有針對T161G SNP位點(diǎn)的 SEQID N0. 9 及 SEQID N0. 10、針對 C 120G SNP 位點(diǎn)的 SEQID NO. 11 及 SEQIDN0. 12、針對 G113A SNP 位點(diǎn)的 SEQ ID N0. 13 及 SEQ ID N0. 14、和 / 或針對 A178G SNP 位點(diǎn)的 SEQID N0. 15 及 SEQID N0. 16。
全文摘要
本發(fā)明公開了一種LPL基因SNP檢測特異性引物和液相芯片，所述液相芯片包括有由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變的特異性引物組成的ASPE引物，所述特異性引物分別為針對T161G SNP位點(diǎn)的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10、針對C120G SNP位點(diǎn)的SEQID NO.11及SEQID NO.12、針對G113A SNP位點(diǎn)的SEQIDNO.13及SEQID NO.14、和/或針對A178G SNP位點(diǎn)的SEQID NO.15及SEQID NO.16；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的LPL基因SNP檢測液相芯片的檢測結(jié)果與測序法的吻合率高達(dá)100％，且除了能夠檢測單個位點(diǎn)突變情況，也能夠同時并行檢測多個突變位點(diǎn)的多態(tài)性情況，檢測效果一致。
文檔編號C12Q1/68GK102533953SQ201010591190
公開日2012年7月4日 申請日期2010年12月16日 優(yōu)先權(quán)日2010年12月16日
發(fā)明者孫賢標(biāo), 朱澤堯, 秦會娟, 許嘉森 申請人:廣州益善生物技術(shù)有限公司