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一種環(huán)狀RGD肽及其虛擬篩選方法與流程

文檔序號:11808264閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種環(huán)狀RGD肽的虛擬篩選方法,其特征在于,步驟如下:

(1)虛擬篩選過程:以RGD三肽為先導(dǎo)化合物,通過計算機輔助藥物設(shè)計軟件Surflex-dock,采用Hammerhead打分函數(shù)打分,從合成的現(xiàn)實角度出發(fā),綜合靜電作用、范德華力、疏水作用和氫鍵進行打分,根據(jù)打分結(jié)果排序,初步確定環(huán)狀RGD肽化合物;

(2)對接過程:從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB中下載編號1L5G蛋白,編號1L5G蛋白包括RGD肽和αvβ3,去除其中的RGD肽,將1L5G蛋白中剩余的αvβ3與步驟(1)中確定的環(huán)狀RGD肽進行對接,篩選出打分高的六元環(huán)肽。

2.一種如權(quán)利要求1所述的環(huán)狀RGD肽,其特征在于,所述環(huán)狀RGD肽具有RGDfVK、RGDfKV、RGDKfV或RGDf(N-me)VK氨基酸序列。

3.如權(quán)利要求2所述的環(huán)狀RGD肽,其特征在于,所述環(huán)狀RGD肽為式I所示的c(RGDf(N-me)VK),或式II所示的c(RGDf(N-me)VK)-C。

4.一種如權(quán)利要求2所述的環(huán)狀RGD肽,其特征在于,所述環(huán)狀RGD肽為式III所示的c(RGDfVK),式IV所示的c(RGDfVK)-C,或式V所示的c(RGDfVK)-GDK。

5.一種如權(quán)利要求2所述的環(huán)狀RGD肽,其特征在于,所述環(huán)狀RGD肽為式VI所示的c(RGDfKV),式VII所示的c(RGDfKV)-C,或式VIII所示的c(RGDfKV)-GD。

6.一種如權(quán)利要求2所述的環(huán)狀RGD肽,其特征在于,所述環(huán)狀RGD肽為式IX所示的c(RGDKfV),或式X所示的c(RGDKfV)-C。

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