，可確定受驗(yàn)顆粒的密度函數(shù)，或換句話(huà)說(shuō)，在細(xì)胞內(nèi)部的不同 部分中的受驗(yàn)顆粒的濃度。這種方法使用上面描述的3D細(xì)胞分區(qū)的思想。在一些實(shí)施方 式中，這種方法也可被應(yīng)用于染色細(xì)胞。一些實(shí)施方式使用染色介質(zhì)，其中可相對(duì)于由熒光 抗體標(biāo)記揭露的一個(gè)或多個(gè)特定細(xì)胞結(jié)構(gòu)將受驗(yàn)顆粒定位到這些結(jié)構(gòu)，其中結(jié)構(gòu)定義細(xì)胞 內(nèi)和細(xì)胞外空間（細(xì)胞質(zhì)膜）或結(jié)構(gòu)定義在細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器（溶酶體、細(xì)胞核等）內(nèi)部或外 部的空間。在一些實(shí)施方式中，密度函數(shù)（受驗(yàn)顆粒的濃度）也可由細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器以及細(xì) 胞邊界圍住。
[0039] -些實(shí)施方式使用用戶(hù)交互方法，其中可由觀看3D體積顯示圖像的用戶(hù)選擇特 定細(xì)胞結(jié)構(gòu)，且可確定在單獨(dú)的受驗(yàn)顆粒和細(xì)胞結(jié)構(gòu)之間的最短距離，以及其中當(dāng)隨后選 擇特定受驗(yàn)顆粒時(shí)可為了視覺(jué)效應(yīng)而添加代表最小距離矢量的線(xiàn)段。所有前述新穎的方法 可被應(yīng)用于對(duì)在生物介質(zhì)中的受驗(yàn)顆粒運(yùn)輸?shù)难芯俊?br>[0040] 在一些實(shí)施方式中，在3D圖像內(nèi)的受驗(yàn)顆粒的存在可被人工地標(biāo)記為在生物或 其它結(jié)構(gòu)存在的情況下使顆粒可視化方面的幫助。在一些實(shí)施方式中，使用球形物體或圖 標(biāo)顯示受驗(yàn)顆粒的位置，其中圖標(biāo)的中心在如通過(guò)3D計(jì)算確定的原始受驗(yàn)顆粒的x、y和z 坐標(biāo)處，且在3D圖像中圖標(biāo)的顏色很容易與細(xì)胞結(jié)構(gòu)的顏色區(qū)分開(kāi)。在一些實(shí)施方式中， 分別由單一和半透明顏色顯示圖標(biāo)和細(xì)胞結(jié)構(gòu)，以在3D圖像旋轉(zhuǎn)時(shí)幫助對(duì)細(xì)胞結(jié)構(gòu)內(nèi)的 受驗(yàn)顆粒圖標(biāo)的觀察。
[0041] 如在圖3的流程圖中所示的，一些實(shí)施方式包括用于獲取和圖像計(jì)算的方法，圖 像計(jì)算增加可被包含在對(duì)全3D去卷積過(guò)程內(nèi)的圖像輸入中的值的范圍，使得來(lái)自生物或 其它結(jié)構(gòu)的較弱信號(hào)的結(jié)構(gòu)被如實(shí)地渲染，而可來(lái)自受驗(yàn)顆粒的強(qiáng)得多的信號(hào)也保持在對(duì) 圖像所允許的滿(mǎn)標(biāo)度內(nèi)。通過(guò)這種方法，在樣本的每個(gè)平面處，使用不同的曝光時(shí)間（一個(gè) 短而一個(gè)長(zhǎng)）記錄一組圖像，其中短曝光捕獲受驗(yàn)顆粒的光強(qiáng)度中的變化而不引起圖像飽 和，以及其中長(zhǎng)曝光捕獲由細(xì)胞結(jié)構(gòu)引起的更細(xì)微的強(qiáng)度變化，以及其中通過(guò)識(shí)別在長(zhǎng)曝 光圖像中的飽和像素并用來(lái)自短曝光圖像中的相同像素的值代替它們的值以及重新調(diào)節(jié) 最終圖像值以反映公共曝光時(shí)間來(lái)創(chuàng)建單個(gè)圖像。
[0042] 現(xiàn)在參考圖4,示出了根據(jù)本公開(kāi)的實(shí)施方式的計(jì)算設(shè)備400的示意性方框圖。計(jì) 算設(shè)備400包括例如具有均被耦合到本地接口 409的處理器403和存儲(chǔ)器406的至少一個(gè) 處理器電路。為此目的，計(jì)算設(shè)備400可包括例如至少一個(gè)服務(wù)器計(jì)算機(jī)或類(lèi)似的設(shè)備。本 地接口 409可包括例如具有附隨的地址/控制總線(xiàn)或如可認(rèn)識(shí)到的其它總線(xiàn)結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)總 線(xiàn)。
[0043] 存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器406中的是數(shù)據(jù)和可由處理器403執(zhí)行的幾個(gè)部件。具體地，存儲(chǔ) 在存儲(chǔ)器406中并可由處理器403執(zhí)行的是圖像獲取應(yīng)用412、圖像處理應(yīng)用415和可能的 其它應(yīng)用418。當(dāng)被計(jì)算設(shè)備400執(zhí)行時(shí)，圖像獲取應(yīng)用412和/或圖像處理應(yīng)用415在可 實(shí)現(xiàn)如上面關(guān)于圖1-3的流程圖描述的計(jì)算處理的各種方面。例如，圖像獲取應(yīng)用412可 促進(jìn)圖像記錄的獲取和/或存儲(chǔ)，而圖像處理應(yīng)用415可促進(jìn)對(duì)圖像的處理。在一些實(shí)現(xiàn) 中，可在單個(gè)應(yīng)用中結(jié)合圖像獲取應(yīng)用412和圖像處理應(yīng)用415。也存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器406中 的可以是包括例如記錄、圖像、視頻和其它數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫(kù)421。此外，操作系統(tǒng)可被存 儲(chǔ)在存儲(chǔ)器406中并可由處理器403執(zhí)行。應(yīng)理解，可以有存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器中并可由處理器 403執(zhí)行的如可認(rèn)識(shí)到的其它應(yīng)用。
[0044] 在以軟件的形式實(shí)現(xiàn)本文討論的任何組件的場(chǎng)合，可使用多種編程語(yǔ)言 中的任一種，例如 c、C++、C#、objective C、Java?、JiivaScript?、Perl、PHP、 Visual Basic?、Python?、Ruby、Delphi'?、Flash?.或其它編程語(yǔ)言。多個(gè)軟件組件 被存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器中并可由處理器403執(zhí)行。在這個(gè)方面中，術(shù)語(yǔ)"可執(zhí)行"意指以最終可由 處理器403運(yùn)行的形式的程序文件?？蓤?zhí)行程序的例子可以例如是：編譯程序，編譯程序可 被轉(zhuǎn)換成具有可被載入存儲(chǔ)器406的隨機(jī)存取部分內(nèi)并由處理器403運(yùn)行的格式的機(jī)器代 碼；源代碼，可以用正確的格式表示源代碼，例如能夠被載入存儲(chǔ)器406的隨機(jī)存取部分內(nèi) 并由處理器403執(zhí)行的對(duì)象代碼；或可由另一可執(zhí)行程序解釋以在存儲(chǔ)器406的隨機(jī)存取 部分中產(chǎn)生由處理器403執(zhí)行的指令的源代碼等等?？蓤?zhí)行程序可被存儲(chǔ)在諸如隨機(jī)存取 存儲(chǔ)器（RAM)、只讀存儲(chǔ)器（R0M)、硬盤(pán)驅(qū)動(dòng)器、固態(tài)驅(qū)動(dòng)器、USB閃存驅(qū)動(dòng)器、存儲(chǔ)卡、諸如 光盤(pán)（CD)或數(shù)字通用盤(pán)（DVD)的光學(xué)盤(pán)、軟盤(pán)、磁帶或其它存儲(chǔ)器組件的存儲(chǔ)器的任何部 分或組件中。
[0045] 存儲(chǔ)器406在本文中被定義為包括易失性和非易失性存儲(chǔ)器和數(shù)據(jù)存儲(chǔ)組件。易 失性組件是在失去電力時(shí)不保留數(shù)據(jù)值的那些組件。非易失性組件是在失去電力時(shí)保持?jǐn)?shù) 據(jù)值的那些組件。因此，存儲(chǔ)器406可包括例如隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（RAM)、只讀存儲(chǔ)器（ROM)、 硬盤(pán)驅(qū)動(dòng)器、固態(tài)驅(qū)動(dòng)器、USB閃存驅(qū)動(dòng)器、經(jīng)由存儲(chǔ)卡讀取器訪(fǎng)問(wèn)的存儲(chǔ)卡、經(jīng)由相關(guān)軟 盤(pán)驅(qū)動(dòng)器訪(fǎng)問(wèn)的軟盤(pán)、經(jīng)由光盤(pán)驅(qū)動(dòng)器訪(fǎng)問(wèn)的光盤(pán)、經(jīng)由適當(dāng)?shù)拇艓?qū)動(dòng)器訪(fǎng)問(wèn)的磁帶和/ 或其它存儲(chǔ)器組件或這些存儲(chǔ)器組件中的任意兩個(gè)或多個(gè)的組合。此外，RAM可包括例如 靜態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（SRAM)、動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（DRAM)或磁性隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（MRAM) 和其它這樣的設(shè)備。ROM可包括例如可編程只讀存儲(chǔ)器（PROM)、可擦除可編程只讀存儲(chǔ)器 (EPROM)、電可擦除可編程只讀存儲(chǔ)器（EEPROM)或其它類(lèi)似的存儲(chǔ)器設(shè)備。
[0046] 此外，分別地，處理器403可代表在并聯(lián)的處理電路中運(yùn)行的多個(gè)處理器403,且 存儲(chǔ)器406可代表在并聯(lián)的處理電路中運(yùn)行的多個(gè)存儲(chǔ)器406。在這樣的情況下，本地接口 409可以是促進(jìn)在多個(gè)處理器403中的任意兩個(gè)之間、在任一處理器403和任一存儲(chǔ)器406 之間或在任兩個(gè)存儲(chǔ)器406之間等的通信的適當(dāng)網(wǎng)絡(luò)。處理器403可具有電氣的或某種其 它可用的結(jié)構(gòu)。
[0047] 雖然圖像獲取應(yīng)用412、圖像處理應(yīng)用415和本文所述的其它各種系統(tǒng)的部分可 體現(xiàn)在由通用硬件執(zhí)行的軟件或代碼中，作為可選方案，這些應(yīng)用也可體現(xiàn)在專(zhuān)用硬件或 軟件/通用硬件和專(zhuān)用硬件的組合中。如果體現(xiàn)在專(zhuān)用硬件中，則每個(gè)可被實(shí)現(xiàn)為使用多 種技術(shù)中的任一種或組合的電路或狀態(tài)機(jī)。這些技術(shù)可包括但不限于具有用于在一個(gè)或多 個(gè)數(shù)據(jù)信號(hào)的應(yīng)用上實(shí)現(xiàn)各種邏輯功能的邏輯門(mén)的分立邏輯電路、具有適當(dāng)?shù)倪壿嬮T(mén)的專(zhuān) 用集成電路或其它組件等。這樣的技術(shù)通常是本領(lǐng)域中的技術(shù)人員公知的，且因此不在本 文被詳細(xì)描述。
[0048] 圖像獲取應(yīng)用412和圖像處理應(yīng)用415可包括程序指令以實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)的邏輯功能和 /或操作。程序指令可體現(xiàn)在包括用編程語(yǔ)言編寫(xiě)的人可讀語(yǔ)句的源代碼或包括由諸如計(jì) 算機(jī)系統(tǒng)或其它系統(tǒng)中的處理器的適當(dāng)?shù)膱?zhí)行系統(tǒng)可識(shí)別的數(shù)字指令的機(jī)器代碼的形式 中?？蓮脑创a等轉(zhuǎn)換機(jī)器代碼。如果體現(xiàn)在硬件中，每個(gè)塊可代表電路或多個(gè)互連電路 以實(shí)現(xiàn)指定的邏輯功能。
[0049] 雖然圖1-3中的流程圖示出特定的執(zhí)行順序，應(yīng)理解，執(zhí)行順序可不同于所示出 的順序。例如，可相對(duì)于所示的順序擾亂兩個(gè)或多個(gè)塊的執(zhí)行順序。此外，可同時(shí)執(zhí)行或局 部同時(shí)地執(zhí)行在圖1-3中連續(xù)示出的兩個(gè)或多個(gè)塊。此外，在一些實(shí)施方式中，可略過(guò)或省 略在圖1-3中所示的一個(gè)或多個(gè)塊（有利于例如所測(cè)量的行進(jìn)時(shí)間）。此外，為了增強(qiáng)的效 用、記賬、性能測(cè)量或提供檢修幫助等的目的，任何數(shù)量的計(jì)數(shù)器、狀態(tài)變量、警告信號(hào)量或 消息可被添加到本文所述的邏輯流。應(yīng)理解，所有這樣的變化在本公開(kāi)的范圍內(nèi)。
[0050] 此外，在本文所述的任何邏輯或應(yīng)用（包括含軟件或代碼的圖像獲取應(yīng)用412和 圖像處理應(yīng)用415)可體現(xiàn)在任何非暫時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中，其中任何非暫時(shí)性計(jì)算機(jī) 可讀介質(zhì)用于由諸如在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或其它系統(tǒng)中的處理器403的指令執(zhí)行系統(tǒng)使用或結(jié) 合諸如在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或其它系統(tǒng)中的處理器403的指令執(zhí)行系統(tǒng)使用。在這個(gè)意義上，邏 輯可包括例如語(yǔ)句，語(yǔ)句包括可從計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)取出并由指令指令執(zhí)行系統(tǒng)執(zhí)行的指令 和聲明。在本公開(kāi)的上下文中，"計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)"可以是用于由指令執(zhí)行系統(tǒng)使用的或結(jié) 合指令執(zhí)行系統(tǒng)使用的可包含、存儲(chǔ)或維持本文所述的邏輯或應(yīng)用的任何介質(zhì)。
[0051] 計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可包括諸如磁性、光學(xué)或半導(dǎo)體介質(zhì)的很多物理介質(zhì)中的任一 個(gè)。適當(dāng)?shù)挠?jì)算機(jī)可讀介質(zhì)的更具體的例子包括但不限于磁帶、磁性軟盤(pán)、磁性硬盤(pán)驅(qū)動(dòng) 器、存儲(chǔ)卡、固態(tài)驅(qū)動(dòng)器、USB閃存驅(qū)動(dòng)器或光盤(pán)。此外，計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可以是隨機(jī)存取存 儲(chǔ)器（RAM)，包括例如靜態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（SRAM)和動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（DRAM)和磁性 隨機(jī)存取存儲(chǔ)器（MRAM)。此外，計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)可以是只讀存儲(chǔ)