本發(fā)明涉及預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志在鑒定和治療患者中的轉(zhuǎn)移性癌癥中的用途。

背景技術(shù)：

血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(vegf)是涉及血管發(fā)生的細(xì)胞因子。配體vegf-a與vegf受體-1(vegfr1)和vegfr2相互作用，從而起始正常和腫瘤脈管系統(tǒng)(casculature)中的血管發(fā)生信號(hào)傳導(dǎo)途徑。已知vegf拮抗劑可用于治療多種疾病和障礙，包括癌癥、眼病和其他涉及過(guò)度、不想要或不適當(dāng)?shù)难馨l(fā)生的病癥。vegf拮抗劑的實(shí)例是阿柏西普(aflibercept)(也稱為vegf陷阱；或ziv-aflibercept，其作為銷售，regeneronpharmaceuticals,inc.,tarrytown,ny)。阿柏西普是基于vegf受體的嵌合分子，其包含來(lái)自vegfr1的結(jié)構(gòu)域2，來(lái)自vegfr1的結(jié)構(gòu)域2與來(lái)自vegfr2的結(jié)構(gòu)域3融合，來(lái)自vegfr2的結(jié)構(gòu)域3轉(zhuǎn)而通過(guò)鉸鏈區(qū)附著于人igg1的fc(a)結(jié)構(gòu)域。ziv-aflibercept批準(zhǔn)用于治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(metastaticcolorectalcancer)，也在開(kāi)發(fā)用于治療其他癌性病癥。vegf陷阱描述于例如美國(guó)專利號(hào)7,070,959中；還參見(jiàn)holash等,proc.natl.acad.sci.usa99:11393-11398(2002)。

迄今未驗(yàn)證過(guò)對(duì)vegf抑制的抗性或敏感性的預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志。雖然vegf拮抗劑已在癌癥治療中的顯示巨大的前景，但需要經(jīng)驗(yàn)證的預(yù)測(cè)抗vegf治療功效的生物標(biāo)志來(lái)有效鑒定和選擇有利地響應(yīng)抗vegf治療的患者亞群。因此，本領(lǐng)域中存在對(duì)鑒定和驗(yàn)證施用抗vegf治療的轉(zhuǎn)移性癌癥患者中的預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志的未得到滿足的需要。

發(fā)明概述

根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，提供用于在個(gè)體中治療癌癥的方法。例如，本發(fā)明的此方面的方法包括對(duì)該個(gè)體施用vegf拮抗劑，其中該個(gè)體已經(jīng)診斷為患有轉(zhuǎn)移性癌癥，且根據(jù)顯示的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志如vegf-a的表達(dá)提高，已經(jīng)選擇進(jìn)行vegf拮抗劑治療。在某些實(shí)施方案中，根據(jù)與患有癌癥的個(gè)體中較低的生物標(biāo)志表達(dá)水平的比較確定預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的表達(dá)提高。在一個(gè)實(shí)施方案中，該轉(zhuǎn)移性癌癥是轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)。

根據(jù)本發(fā)明的另一方面，提供用于在個(gè)體中治療晚期卵巢癌的方法。本發(fā)明的此方面的方法包括對(duì)該個(gè)體施用vegf拮抗劑，其中該個(gè)體已診斷為患有晚期卵巢癌，且已根據(jù)顯示白細(xì)胞介素-6(il-6)的表達(dá)改變(即提高或降低)而選擇進(jìn)行vegf拮抗劑治療。在某些實(shí)施方案中，根據(jù)與非患癌個(gè)體中il-6表達(dá)水平的比較確定該個(gè)體中il-6的表達(dá)改變。在將癌癥患者鑒定為顯示il-6表達(dá)提高的情況下，該患者可以按照本發(fā)明，通過(guò)施用vegf拮抗劑和il-6或il-6受體拮抗劑的組合有效地治療。

根據(jù)本發(fā)明的另一方面，提供用于鑒定可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的患有轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的個(gè)體的方法。本發(fā)明的此方面的方法包括從該患者獲得樣品，并測(cè)量該樣品中預(yù)測(cè)生物標(biāo)志如vegf-a(或本文所述的一種或多種其他預(yù)測(cè)生物標(biāo)志)的水平，其中與mcrc患者中較低的生物標(biāo)志表達(dá)水平相比，預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的表達(dá)提高(鑒定為本文中其他地方公開(kāi)的“高”水平)將該患者鑒定為可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的患者。

在一些實(shí)施方案中，該抗vegf治療包括對(duì)有需要的個(gè)體施用vegf拮抗劑。用于本發(fā)明方法的vegf拮抗劑可以是抗vegf抗體、抗vegf受體抗體或基于vegf受體的嵌合分子(vegf陷阱)。在某些實(shí)施方案中，該vegf拮抗劑是ziv-aflibercept。

在一些實(shí)施方案中，該抗vegf治療可以與化療劑和/或化療方案組合施用。示例性化療劑/方案包括亞葉酸(folinicacid)、5-氟尿嘧啶和奧沙利鉑(即folfox治療)，及亞葉酸、5-氟尿嘧啶和伊立替康(即flofiri治療)。

在某些實(shí)施方案中，從該患者獲得的樣品選自血液、血清和血漿。

本發(fā)明的其他實(shí)施方案將從以下發(fā)明詳述的評(píng)論變得顯而易見(jiàn)。

附圖簡(jiǎn)述

圖1是“高”生物標(biāo)志組的風(fēng)險(xiǎn)比(hr)變化圖。“高”生物標(biāo)志組定義為阿柏西普與folfiri組合治療的mcrc患者的3期研究中轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)患者亞組中血漿vegf生物標(biāo)志濃度截止值在88至1140pg/ml的范圍內(nèi)。

圖2是“高”生物標(biāo)志組的hr變化圖。“高”生物標(biāo)志組定義為阿柏西普與folfiri組合治療的mcrc患者的3期研究中mcrc患者亞組中血漿il-8生物標(biāo)志濃度(表示為pg/ml)截止值在5.1至111pg/ml的范圍內(nèi)。

圖3顯示阿柏西普單一治療的晚期卵巢癌患者2期研究中高或低白細(xì)胞介素-6(il-6)水平與卵巢癌患者總體存活分?jǐn)?shù)的相關(guān)性。

發(fā)明詳述

在描述本發(fā)明之前，應(yīng)理解，本發(fā)明不限于所描述的具體方法和實(shí)驗(yàn)條件，因?yàn)檫@類方法和條件可以變動(dòng)。還應(yīng)理解，本文所用的術(shù)語(yǔ)僅是為了描述具體實(shí)施方案的目的，并非旨在限制，因?yàn)楸景l(fā)明的范圍僅受限于所附權(quán)利要求書。

除非另有說(shuō)明，本文所用的所有科學(xué)和技術(shù)術(shù)語(yǔ)具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員的通常理解相同的含義。在用于提到所引用的具體數(shù)值時(shí)，本文所用的術(shù)語(yǔ)“約”指該值可以從所引用的值變動(dòng)不超過(guò)1％。例如，本文所用的表述“約100”包括99和101及之間的所有值(例如99.1、99.2、99.3、99.4等)。

雖然與本文所述的那些相似或等同的任何方法和材料都可以用于實(shí)施本發(fā)明，但現(xiàn)在描述優(yōu)選的方法和材料。本文提到的所有出版物在此以其整體引入作為參考。

預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志

本發(fā)明部分基于發(fā)現(xiàn)其在癌癥患者中的表達(dá)水平(高于或低于中位數(shù)表達(dá)水平)與抗血管發(fā)生劑治療后增強(qiáng)的總體存活(os)相關(guān)的某些生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的鑒定。具體而言，鑒定出某些蛋白質(zhì)生物標(biāo)志，該蛋白質(zhì)生物標(biāo)志在以較高或較低的水平在轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)患者中表達(dá)時(shí)與這類患者在vegf拮抗劑ziv-aflibercept治療后增強(qiáng)的總體存活相關(guān)?？梢栽诒景l(fā)明的背景中用于鑒定可能有利地響應(yīng)ziv-aflibercept治療的患者的示例性生物標(biāo)志是vegf-a。在某些實(shí)施方案中，發(fā)現(xiàn)與患有mcrc且未用vegf拮抗劑治療過(guò)的患者中的vegf-a表達(dá)水平相比具有更高vegf-a水平的患者在用抗vegf療法治療時(shí)，具有改善的存活結(jié)果。在某些實(shí)施方案中，可以用一種或多種生物標(biāo)志的表達(dá)提高或降低作為特征成分，來(lái)鑒定可能有利地響應(yīng)ziv-aflibercept治療的患者。例如，該特征可以包括vegf途徑蛋白質(zhì)(如vegf-r2和vegf-r3)或炎癥相關(guān)標(biāo)志如巨噬細(xì)胞遷移抑制因子(mif)和表面活性蛋白d(spd)。

在相關(guān)方面，本發(fā)明涉及某些蛋白質(zhì)生物標(biāo)志的鑒定，該蛋白質(zhì)生物標(biāo)志在以高于或低于晚期卵巢癌患者中的中位數(shù)水平表達(dá)時(shí)與這類患者在vegf拮抗劑ziv-aflibercept治療后增強(qiáng)的總體存活相關(guān)。可以在本發(fā)明的背景中用于鑒定可能有利地響應(yīng)ziv-aflibercept治療的患者的示例性生物標(biāo)志是細(xì)胞因子白細(xì)胞介素-6(il-6)。在某些實(shí)施方案中，發(fā)現(xiàn)與患有晚期卵巢癌且未用vegf拮抗劑治療過(guò)的患者中的中位數(shù)il-6表達(dá)水平相比，具有較低il-6水平的患者在用抗vegf療法治療時(shí)具有改善的存活結(jié)果。

本文所用的“預(yù)測(cè)”生物標(biāo)志指提供關(guān)于治療干預(yù)在患者中的作用的信息的生物標(biāo)志。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志也可以是治療靶標(biāo)。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志可以用于患者選擇，具體而言，用于鑒定將有利地響應(yīng)具體治療的患者。在本發(fā)明的背景中，預(yù)測(cè)生物標(biāo)志包括表達(dá)提高或降低的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志，其與患有癌癥(如轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌或卵巢癌)且用抗vegf療法治療的患者與未用抗vegf療法治療的處于相似情況的患者相比改善的存活結(jié)果相關(guān)。見(jiàn)于本文所示例的研究中的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的實(shí)例是vegf-a。與患有mcrc但未用ziv-aflibercept治療的患者相比，具有提高的vegf-a表達(dá)且用ziv-aflibercept治療的mcrc患者具有更高的總體存活概率。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的另一實(shí)例是il-6。與患有卵巢癌但未用ziv-aflibercept治療的患者相比，具有提高的il-6表達(dá)且用ziv-aflibercept治療的卵巢癌患者具有更低的總體存活概率。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的其他實(shí)例包括vegf-r2、vegf-r3、spd和mif。某些生物標(biāo)志可以分類為預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志二者。在用vegf拮抗劑治療癌癥的背景中可以分類為預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志的生物標(biāo)志的實(shí)例是il-8。

本發(fā)明還涉及與mcrc總體存活相關(guān)的某些預(yù)后生物標(biāo)志的鑒定。預(yù)后生物標(biāo)志包括蛋白質(zhì)，在以高于或低于轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)患者中的正常水平表達(dá)時(shí)，其與患者的不考慮治療的增強(qiáng)的總體存活相關(guān)?？梢栽诒景l(fā)明的背景中用于鑒定具有潛在增強(qiáng)的mcrc總體存活的患者的示例性預(yù)后生物標(biāo)志包括血管生成素-2(ang-2)、c反應(yīng)蛋白(crp)和nrp1。

本文所用的“預(yù)后”生物標(biāo)志指提供關(guān)于患者的不考慮治療的總體癌癥結(jié)果的信息的生物標(biāo)志。預(yù)后生物標(biāo)志可以提供關(guān)于接受治愈性治療的患者中的復(fù)發(fā)的信息。在一些實(shí)施方案中，預(yù)后生物標(biāo)志的表達(dá)改變與轉(zhuǎn)移性疾病患者中的無(wú)進(jìn)展存活期相關(guān)。在本發(fā)明的背景中，術(shù)語(yǔ)“預(yù)后”生物標(biāo)志指與患者中轉(zhuǎn)移性癌癥差的預(yù)后相關(guān)的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志的表達(dá)改變。例如，本文中顯示，無(wú)論是否用抗vegf療法治療患者，與具有低ang-2或crp水平的患者相比，具有高血漿ang-2或crp水平的mcrc患者的mcrc預(yù)后差(例如存活概率降低)。

可以通過(guò)直接或間接測(cè)量從患者獲得的組織樣品、腫瘤樣品(例如活檢組織)或流體樣品中生物標(biāo)志的絕對(duì)或相對(duì)量來(lái)測(cè)定患者中預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志的水平。流體樣品可以選自血液、血漿和血清?？梢杂弥T如酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(elisa)的技術(shù)、或其他蛋白質(zhì)檢測(cè)和分析方法、以及通過(guò)測(cè)量編碼蛋白質(zhì)生物標(biāo)志的核酸(例如mrna)的量，來(lái)測(cè)量樣品中生物標(biāo)志的量。涉及直接測(cè)量或檢測(cè)樣品中的具體蛋白質(zhì)生物標(biāo)志的測(cè)定可以用例如對(duì)生物標(biāo)志特異的抗體或其他抗原結(jié)合蛋白質(zhì)來(lái)達(dá)到。這類抗體或抗原結(jié)合蛋白質(zhì)可以用可檢測(cè)化合物如熒光團(tuán)或放射性化合物標(biāo)記。因此，本發(fā)明還包括特異性結(jié)合本文所述的任意預(yù)測(cè)或預(yù)后生物標(biāo)志的抗體和抗原結(jié)合蛋白質(zhì)，以及包含這類抗體的試劑盒和診斷方法，及其用途。

具體生物標(biāo)志的參考表達(dá)水平可以確定為單個(gè)值或值的范圍，其根據(jù)在例如健康個(gè)體的群體中或需要治療的個(gè)體的群體中測(cè)量的生物標(biāo)志表達(dá)水平來(lái)確定。根據(jù)本發(fā)明的某些實(shí)施方案，根據(jù)在需要ziv-aflibercept治療的個(gè)體的群體中測(cè)量的生物標(biāo)志表達(dá)水平來(lái)確定生物標(biāo)志的參考表達(dá)水平。所分析的群體可以根據(jù)所測(cè)量的具體生物標(biāo)志的表達(dá)水平劃分為百分位數(shù)。在一些情況下，參考水平可以定義為提供ziv-aflibercept治療對(duì)其基本有效的癌癥患者和ziv-aflibercept治療對(duì)其有效性較差或次優(yōu)的癌癥患者之間的最佳分開(kāi)的百分位。具體生物標(biāo)志的參考表達(dá)水平可以(i)根據(jù)研究群體的大小和(ii)取決于用于測(cè)量生物標(biāo)志表達(dá)的方法而變。

vegf拮抗劑

本文所用的表述“vegf拮抗劑”指阻斷、降低或干擾血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(vegf)或vegf受體的正常生物學(xué)活性的任何分子。vegf拮抗劑包括干擾vegf和天然vegf受體間相互作用的分子，例如結(jié)合vegf或vegf受體并阻止或以其他方式妨礙vegf和vegf受體間相互作用的分子。具體的示例性vegf拮抗劑包括抗vegf抗體(例如貝伐單抗)、抗vegf受體抗體(例如抗vegfr1抗體、抗vegfr2抗體等)和基于vegf受體的嵌合分子(本文中也稱為“vegf陷阱”)。

基于vegf受體的嵌合分子包括這樣的嵌合多肽，其包含vegfr1(也稱為flt1)和/或vegfr2(也稱為flk1或kdr)的兩個(gè)或多個(gè)免疫球蛋白(ig)樣結(jié)構(gòu)域，且還可以包含多聚化結(jié)構(gòu)域(例如便于兩個(gè)或多個(gè)嵌合多肽的多聚化[例如二聚化]的fc結(jié)構(gòu)域)。示例性基于vegf受體的嵌合分子是稱為vegfr1r2-fcδc1(a)的分子(也稱為阿柏西普或ziv-aflibercept，在產(chǎn)品名下銷售)，其由核酸序列seqidno:1編碼。vegfr1r2-fcδc1(a)包含三個(gè)成分：(1)包含seqidno:2的氨基酸27至129的vegfr1成分；(2)包含seqidno:2的氨基酸130至231的vegfr2成分；和(3)包含seqidno:2的氨基酸232至457的多聚化成分(“fcδc1(a)”)(seqidno:2的c端氨基酸[即k458]可以包含或不包含在用于本發(fā)明方法的vegf拮抗劑中；參見(jiàn)美國(guó)專利7,396,664)。seqidno:2的氨基酸1-26是信號(hào)序列。

生物標(biāo)志和治療轉(zhuǎn)移性癌癥的方法

本發(fā)明包括用于治療個(gè)體中的癌癥(例如晚期癌癥、轉(zhuǎn)移性癌癥等)的方法。本發(fā)明的此方面的方法包括對(duì)該個(gè)體施用vegf拮抗劑，其中該個(gè)體已診斷為患有癌癥(例如轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌、晚期卵巢癌)，且已根據(jù)顯示生物標(biāo)志的表達(dá)提高而選擇進(jìn)行vegf拮抗劑治療，其中根據(jù)與該生物標(biāo)志在患有轉(zhuǎn)移性癌癥的個(gè)體中較低的表達(dá)水平(即參考水平)的比較確定生物標(biāo)志的表達(dá)提高。該vegf拮抗劑可以包含基于vegf受體的嵌合分子(vegf陷阱)。vegf陷阱的實(shí)例是ziv-aflibercept。在某些實(shí)施方案中，該患者可以與包含甲酰四氫葉酸(也稱為亞葉酸)、5-氟尿嘧啶和伊立替康(其組合稱為“folfiri”)的化療方案組合施用vegf拮抗劑。

術(shù)語(yǔ)“個(gè)體”和“患者”在本文中可互換使用，指需要針對(duì)癌癥，優(yōu)選轉(zhuǎn)移性癌癥進(jìn)行治療的人個(gè)體。

本發(fā)明還包括用于鑒定可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)患者的方法。該方法包括從該患者獲得樣品，并測(cè)量該樣品中諸如vegf-a、vegf-r2、vegf-r3、mif和/或il-8的生物標(biāo)志的水平，其中與該生物標(biāo)志在患有mcrc的個(gè)體中較低的表達(dá)水平(即參考水平)相比，提高的生物標(biāo)志表達(dá)將該患者鑒定為可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的患者。在備選實(shí)施方案中，該方法包括從該患者獲得樣品，并測(cè)量該樣品中諸如spd的生物標(biāo)志的水平，其中與該生物標(biāo)志在患有mcrc的個(gè)體中較高的表達(dá)水平(即參考水平)相比，較低的生物標(biāo)志表達(dá)將該患者鑒定為可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的患者。

本發(fā)明還包括用于鑒定可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的晚期卵巢癌患者的方法。該方法包括從該患者獲得樣品，并測(cè)量該樣品中諸如il-6的生物標(biāo)志的水平，其中與該生物標(biāo)志在患有卵巢癌的個(gè)體中的中位數(shù)表達(dá)水平(即參考水平)相比，改變的生物標(biāo)志表達(dá)將該患者鑒定為可能有利地響應(yīng)抗vegf治療的患者。

本文所用的“可能有利地響應(yīng)”抗vegf治療的患者指患有癌癥(例如mcrc、卵巢癌)的患者，預(yù)期其在施用該抗vegf治療時(shí)顯示選自以下的作用：與患有癌癥且未接受抗vegf治療的患者相比，改善的總體存活、無(wú)進(jìn)展存活期增加、腫瘤消退和腫瘤復(fù)發(fā)概率降低。改善的存活時(shí)間是指，與未接受抗vegf治療的處于相似情況的患有癌癥的個(gè)體相比，約1周、2周、4周、2個(gè)月、4個(gè)月、6個(gè)月、8個(gè)月、10個(gè)月、12個(gè)月、14個(gè)月、16個(gè)月、18個(gè)月、20個(gè)月、22個(gè)月、24個(gè)月、26個(gè)月、28個(gè)月、30個(gè)月、36個(gè)月、40個(gè)月或更長(zhǎng)的存活。

本發(fā)明還包括確定個(gè)體中mcrc的預(yù)后的方法。本發(fā)明的此方面的方法包括從該個(gè)體獲得樣品，并測(cè)量該樣品中生物標(biāo)志的水平，其中與該生物標(biāo)志在患有mcrc的個(gè)體中的中位數(shù)表達(dá)水平相比改變的生物標(biāo)志表達(dá)(提高或降低的表達(dá))將該患者鑒定為預(yù)后差的患者。在某些實(shí)施方案中，該生物標(biāo)志選自血管生成素-2(ang-2)和c-反應(yīng)蛋白(crp)。在某些實(shí)施方案中，生物表示的表達(dá)降低將該患者鑒定為預(yù)后良好的患者。在某些實(shí)施方案中，預(yù)后良好包括選自以下的作用：總體存活增加、無(wú)進(jìn)展存活、腫瘤生長(zhǎng)減少、腫瘤消退和患者中腫瘤復(fù)發(fā)的抑制。例如，在本研究中，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，低血漿ang-2或crp水平與mcrc患者更高概率的總體存活相關(guān)。

實(shí)施例

提供以下實(shí)施例以便為本領(lǐng)域普通技術(shù)人員提供如何制備和使用本發(fā)明的方法和組合物的完整公開(kāi)和描述，并非旨在限制發(fā)明人視之為其發(fā)明的范圍。已作出努力來(lái)就所使用的數(shù)字(例如量、溫度等)確保準(zhǔn)確性，但應(yīng)說(shuō)明一些實(shí)驗(yàn)誤差和偏差。除非另有說(shuō)明，部分是按重量計(jì)的部分，分子量是平均分子量，溫度以攝氏度表示，壓力為處于或接近大氣壓。

實(shí)施例1：來(lái)自vegf陷阱在轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者中的3期臨床試驗(yàn)的基線血漿樣品中潛在的預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志的鑒定

前言

(ziv-aflibercept，也稱為vegf陷阱)是結(jié)合并中和vegfr1和vegfr2的配體(例如vegf-a、plgf和vegf-b)的vegf-r1-r2-fc嵌合蛋白質(zhì)，已批準(zhǔn)用于治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mcrc)(尤其是在之前包括奧沙利鉑的治療后進(jìn)展的患者中與folfiri[包含伊立替康、5-氟尿嘧啶和甲酰四氫葉酸的化療方案]組合)。

從folfiri+/-ziv-aflibercept的1226名患者的關(guān)鍵性、隨機(jī)化和安慰劑對(duì)照注冊(cè)試驗(yàn)(velour,clinicaltrials.gov識(shí)別號(hào)：nct00561470)分析了血漿和腫瘤樣品，以鑒定預(yù)后和預(yù)測(cè)因子二者。此實(shí)施例給出基線血漿樣品的分析，目的是鑒定ziv-aflibercept反應(yīng)的可能的生物標(biāo)志。

結(jié)果

進(jìn)行了來(lái)自553份基線血漿樣品的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志的回顧性分析。所收集的樣品所代表的群體類似于總velour群體。用多重免疫測(cè)定和elisa針對(duì)98種分析物的水平分析了樣品。根據(jù)中位數(shù)值將生物標(biāo)志值二分為生物標(biāo)志“高”和“低”組，然后就治療后患者的總體存活(os)進(jìn)行分析。

對(duì)于os，血漿生物標(biāo)志群體中風(fēng)險(xiǎn)比(hr)為0.809，總velour群體中hr＝0.817。對(duì)于無(wú)進(jìn)展存活(pfs)，血漿生物標(biāo)志群體中hr＝0.752，velour中hr＝0.758?；颊呷丝诮y(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(包括ecog狀態(tài))在組間相似。將幾個(gè)生物標(biāo)志鑒定為os的潛在預(yù)測(cè)或預(yù)后生物標(biāo)志(或二者)，hr<0.7(錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率為0.05，相互作用p<0.10)。沒(méi)有生物標(biāo)志亞組對(duì)應(yīng)于ziv-aflibercept治療的更差os。

將8個(gè)生物標(biāo)志鑒定為os的潛在預(yù)測(cè)生物標(biāo)志(風(fēng)險(xiǎn)比(hr)<0.7；p<0.01，甚至在解釋多重檢驗(yàn)后也顯著)，而將23個(gè)生物標(biāo)志鑒定為os的潛在預(yù)后生物標(biāo)志(p<0.01)。高水平vegf-a(中位數(shù)＝142pg/ml)作為對(duì)ziv-aflibercept治療的反應(yīng)的潛在預(yù)測(cè)生物標(biāo)志之一出現(xiàn)。表1顯示具有高或低血漿vegf-a水平的對(duì)照和ziv-aflibercept治療患者的中位數(shù)總體存活的初步分析。

表1：具有高或低血漿vegf-a水平的對(duì)照和ziv-aflibercept治療患者的中位數(shù)總體存活的初步分析

如表1中所示，用ziv-aflibercept治療的具有高血漿vegf-a水平的患者顯示比對(duì)照組高的總體存活。hr計(jì)算為0.644(相互作用p-值：0.056)，其表明vegf-a是潛在的預(yù)測(cè)標(biāo)志。就pfs顯示了相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果(hr＝0.599，95％ci：0.453-0.792，p＝0.001)。類似地，在具有高vegf-a水平的患者中，總響應(yīng)率(orr)從對(duì)照組中的6.2％提高至阿柏西普治療組中的22.7％。

用88-1140pg/ml范圍內(nèi)的vegf值(分類為“高”)來(lái)按5％遞升增量確定截止值。對(duì)于<222pg/ml的vegf截止值，os的hr穩(wěn)定(圖1)。在更高的vegf水平(>335pg/ml)，ziv-aflibercept作用并不顯著(患者中最高的20％)。

將vegf途徑蛋白質(zhì)vegf-r2和vegf-r3鑒定為潛在的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志。發(fā)現(xiàn)用ziv-aflibercept治療的具有高血漿svegf-r2(中位數(shù)：4.2pg/ml)的患者可能具有比對(duì)照組好的os(hr＝0.686，95％ci：0.49-0.85，p＝0.008)。就pfs發(fā)現(xiàn)了相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果(hr＝0.679，95％ci：0.516-0.893，p＝0.005)。發(fā)現(xiàn)用ziv-aflibercept治療的具有高血漿svegf-r3(中位數(shù)：35pg/ml)的患者可能具有比對(duì)照組好的os(hr＝0.686；p＝0.008)。就pfs獲得了相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果(hr＝0.711，95％ci：0.545-0.927，p＝0.01)。

將表面活性蛋白d(spd)鑒定為潛在的預(yù)測(cè)標(biāo)志。用ziv-aflibercept治療的具有低血漿spd水平的患者顯示高于對(duì)照組的總體存活(13.9個(gè)月對(duì)9.7個(gè)月；hr＝0.598，95％ci：0.453-0.791，p值<0.001)。針對(duì)pfs觀察到了相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果(hr＝0.581，95％ci：0.437-0.773，p值<0.001)。在具有低spd水平的患者中，總響應(yīng)率從對(duì)照組中的8.1％提高到阿柏西普治療組中的25.6％。

將巨噬細(xì)胞遷移抑制因子(mif)鑒定為潛在的預(yù)測(cè)標(biāo)志。用ziv-aflibercept治療的具有高血漿mif的患者顯示高于對(duì)照組的總體存活(12.7個(gè)月對(duì)9.5個(gè)月；hr＝0.67，95％ci：0.512-0.875，p值：0.003)。就pfs顯示了相似的結(jié)果(hr＝0.607，95％ci：0.463-0.797，p值<0.001)。在具有高血漿mif水平的患者中，總響應(yīng)率從對(duì)照組中的10.5％提高到阿柏西普治療組中的20.9％。

將嗜酸細(xì)胞活化趨化因子-1(eotaxin-1,ccl11)鑒定為潛在的預(yù)測(cè)標(biāo)志。用ziv-aflibercept治療的具有高血漿嗜酸細(xì)胞活化趨化因子-1的患者顯示更高的存活概率(hr：0.661，95％ci：0.497-0.879；p-值0.004)。就pfs顯示了相似的結(jié)果(hr＝0.701，95％ci：0.528-0.929，p值0.012)。在具有高血漿嗜酸細(xì)胞活化趨化因子-1水平的患者中，總響應(yīng)率從對(duì)照組中的8.7％提高到阿柏西普治療組中的23.3％。在多變量分析中，嗜酸細(xì)胞活化趨化因子-1預(yù)測(cè)對(duì)ziv-aflibercept的相應(yīng)。

將hepsin鑒定為潛在的預(yù)測(cè)標(biāo)志。用ziv-aflibercept治療的具有高血漿hepsin的患者顯示更高的存活概率(hr：0.671，95％ci：0.511-0.881；p-值0.004)。就pfs顯示了相似的結(jié)果(hr＝0.661，95％ci：0.501-0.871，p值0.003)。在具有高血漿hepsin水平的患者中，總響應(yīng)率從對(duì)照組中的10％提高到阿柏西普治療組中的22.5％。在多變量分析中，hepsin預(yù)測(cè)對(duì)ziv-aflibercept的相應(yīng)。

將一些生物標(biāo)志鑒定為潛在的預(yù)測(cè)和預(yù)后生物標(biāo)志二者。白細(xì)胞介素-8(il-8)可以是預(yù)測(cè)標(biāo)志以及預(yù)后標(biāo)志。用ziv-aflibercept治療的具有低血漿il-8水平的患者顯示高于對(duì)照治療的患者的總體存活(9.4個(gè)月對(duì)8.0個(gè)月；hr＝0.632，95％ci：0.489-0.817，p值：0.0006)。針對(duì)pfs獲得了相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果(4.9個(gè)月對(duì)3.9個(gè)月；hr＝0.694，95％ci：0.534-0.902，p值0.005)。還將il-8鑒定為潛在的預(yù)后標(biāo)志。發(fā)現(xiàn)具有低血漿il-8水平的患者具有更好的os(對(duì)于阿柏西普治療的患者為18.8個(gè)月對(duì)9.4個(gè)月，hr＝2.319，p＝0；對(duì)于對(duì)照為19.8個(gè)月對(duì)8.0個(gè)月，hr＝4.48，p＝0)。

用5.1-111pg/ml范圍內(nèi)的il-8值(分類為“高”)來(lái)按5％遞升增量確定截止值。對(duì)于<49pg/ml的il-8截止水平，os的hr穩(wěn)定(圖2)。在20-31pg/ml之間的水平觀察到了最佳hr。在更高的il-8水平(>63pg/ml)，ziv-aflibercept作用并不顯著(患者中最高的20％)。

神經(jīng)氈蛋白-1(nrp1)可以是預(yù)后標(biāo)志。對(duì)于阿柏西普治療的患者(18.7個(gè)月對(duì)10.0個(gè)月，hr＝2.104，p<0.001)及對(duì)于對(duì)照(14.2個(gè)月對(duì)9.0個(gè)月，hr＝2.032，p<0.001)，發(fā)現(xiàn)具有低血漿nrp1的患者具有更好的os。

血管生成素2(ang-2)和c-反應(yīng)蛋白作為潛在的預(yù)后標(biāo)志出現(xiàn)。

表2顯示具有高或低ang-2水平的對(duì)照和治療的患者的中位數(shù)總體存活的初步分析

表2：具有高或低ang-2水平的對(duì)照和治療的患者的中位數(shù)總體存活的初步分析

如表2中所示，不考慮治療，具有低血漿ang-2水平(<3.9ng/ml)的患者顯示比具有高ang-2水平的患者更好的存活結(jié)果。高ang-2水平在對(duì)照和治療的患者亞組中都與預(yù)后效應(yīng)差相關(guān)(治療的患者中hr＝1.83；對(duì)照中hr＝1.54)(相互作用p-值：0.366)。未發(fā)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)上顯著的預(yù)測(cè)效應(yīng)與ang-2表達(dá)相關(guān)。

表3顯示具有高或低crp水平的對(duì)照和治療的患者的中位數(shù)總體存活的初步分析。

表3：具有高或低crp水平的對(duì)照和治療的患者的中位數(shù)總體存活的初步分析

如表3中所示，不考慮治療，具有低血漿crp水平(<9.4μg/ml)的患者顯示比具有高crp水平的患者更好的存活結(jié)果。高crp水平在對(duì)照和治療的患者亞組中都與預(yù)后效應(yīng)差相關(guān)(治療的患者中hr＝2.553，p<0.001；對(duì)照中hr＝2.773，p<0.001)。未發(fā)現(xiàn)預(yù)測(cè)效應(yīng)與crp表達(dá)相關(guān)。

沒(méi)有生物標(biāo)志亞組對(duì)應(yīng)于ziv-aflibercept治療的更差os。

表4總結(jié)阿柏西普治療的前幾名潛在預(yù)測(cè)標(biāo)志的結(jié)果。

表4：研究中的前幾名潛在預(yù)測(cè)標(biāo)志的結(jié)果

*針對(duì)錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率調(diào)整時(shí)序檢驗(yàn)p-值

^vegf-r2和vegf-r3落在顯著性水平之下

表5總結(jié)試驗(yàn)中的一些潛在預(yù)后標(biāo)志。

表5：研究中的潛在預(yù)后標(biāo)志

結(jié)論

在本研究中，鑒定了包括例如vegf-a的響應(yīng)ziv-aflibercept的多個(gè)預(yù)測(cè)生物標(biāo)志。高vegf-a組中的患者(即血漿水平>142pg/ml)似乎從阿柏西普治療受益最多。用vegf-r2和vegf-r3觀察到了相似的結(jié)果。vegf-r2和vegf-r3作為特征成分進(jìn)行進(jìn)一步研究可以很有意義。但是，在最高vegf水平，發(fā)現(xiàn)受益下降。此外，在本分析的過(guò)程中還鑒定出幾個(gè)預(yù)后生物標(biāo)志。備選血管發(fā)生因子(例如ang-2)表達(dá)提高或炎癥標(biāo)志(例如crp)增加的患者亞組與結(jié)果差相關(guān)。低nrp-1可以是存活的預(yù)后標(biāo)志。在缺乏ziv-aflibercept治療的情況下，含有高vegf途徑標(biāo)志的樣品也與結(jié)果差相關(guān)。在患者中鑒定相關(guān)途徑對(duì)優(yōu)化聯(lián)合治療的功效很重要。

實(shí)施例2：來(lái)自vegf陷阱在卵巢癌患者中的2期臨床試驗(yàn)的血清樣品中的潛在生物標(biāo)志的鑒定

在晚期卵巢癌的國(guó)際、雙盲、2期研究(clinicaltrials.gov識(shí)別號(hào)：nct00327171)中，用阿柏西普作為單一治療。患者每?jī)芍芙邮?mg/kg或4mg/kg劑量的阿柏西普，并監(jiān)測(cè)總體響應(yīng)。分析血清樣品來(lái)鑒定潛在的預(yù)測(cè)和預(yù)后標(biāo)志。在此實(shí)施例中，在96名患者的亞組中測(cè)量了白細(xì)胞介素-6(il-6)的血清水平。

研究在兩條臂中都顯示5％的適度響應(yīng)率。在根據(jù)低(<中位數(shù))和高(>中位數(shù))il-6血清水平分層數(shù)據(jù)時(shí)，變得很明顯，與具有低il-6水平(<中位數(shù))的患者相比，具有高il-6水平(>中位數(shù))的患者顯示更差的響應(yīng)(即顯著更差的存活)(圖3)。結(jié)果表明高il-6水平和對(duì)抗vegf治療的更差響應(yīng)之間的相關(guān)性。il-6水平提高可以是在某些患者中觀察到的對(duì)抗vegf治療的抗性的直接或間接原因。因此，此實(shí)施例的結(jié)果表明，針對(duì)il-6水平提高篩查癌癥患者可以鑒定出某些患者，其治療結(jié)果可以通過(guò)將抗vegf治療與抗il-6或抗il-6r治療組合而得到增強(qiáng)，從而在這些患者中對(duì)抗或延遲對(duì)抗vegf治療的抗性的發(fā)展。

本發(fā)明的范圍不受限與于文所述的具體實(shí)施方案。實(shí)際上，對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言，除本文所述的那些之外，本發(fā)明的多種修改將從前述說(shuō)明書和附圖變得顯而易見(jiàn)。這類修改旨在落在所附權(quán)利要求書的范圍之內(nèi)。