用于早期結(jié)直腸癌檢測的血漿微小rna的制作方法
【專利說明】
[0001] 相關(guān)申請的奪叉榜引
[0002] 本申請是2012年10月20日提交的發(fā)明名稱為"用于早期結(jié)直腸癌檢測的血漿微 小RNA"的中國專利申請201280064096. 7的分案申請。本申請要求2011年10月21日提 交的美國臨時申請序列號61/550, 148的優(yōu)先權(quán)，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。
技術(shù)領(lǐng)域
[0003] 本發(fā)明一般地涉及結(jié)直腸癌檢測領(lǐng)域，更具體地說，涉及用于早期結(jié)直腸癌檢測 的血漿微小RNA。
[0004] 聯(lián)邦政府咨助研究的聲明
[0005]無。
[0006]光盤提奪咨料的榜引加入
[0007]無。
[0008] 發(fā)明背景
[0009] 在不限制發(fā)明范圍的情況下，其背景被描述為與結(jié)直腸癌有關(guān)。
[0010] 美國專利申請?zhí)?0100317533(Lou等人2010年）提供了 一組腫瘤轉(zhuǎn)移生物標(biāo) 志物，其包括后述的任意兩個：碳酸酐酶-9 (CAIX)、血管內(nèi)皮生長因子C(VEGF-C)、肝配蛋 白A5(EFNA5)、印h受體B2(EPHB2)、轉(zhuǎn)化生長因子0 3〇^?-0 3)、丙酮酸脫氫酶激酶同工 酶-3(PDK3)、碳酸酐酶_12(CAXII)、角蛋白14(KRT14)、缺氧誘導(dǎo)因子la亞基（HIF-la) 或生腱蛋白C(TNC)。CAIX、VEGF-C、EFNA5、EPHB2、TGF-03或PDK3可能是中度轉(zhuǎn)移潛能的 指標(biāo)，而CAXII、KRT14、HIF_la或TNC可能是高度轉(zhuǎn)移潛能（highmetastaticpotential) 的指標(biāo)。還提供了使用上述生物標(biāo)志物確定腫瘤轉(zhuǎn)移風(fēng)險的方法。所述生物標(biāo)志物可用于 診斷、預(yù)后、治療選擇或測試推定的治療劑。所述生物標(biāo)志物還可用于評估具有缺氧區(qū)的惡 性腫瘤或癌癥，例如乳腺癌。
[0011] 美國專利申請?zhí)?0100120898(Croce等人2010年）披露了用于肝細胞癌（HCC) 的診斷、預(yù)后和治療的方法及組合物。還提供了識別抗HCC劑的方法。Croce的申請?zhí)峁┝?診斷受試者是否患有肝細胞癌或具有患上肝細胞癌（HCC)風(fēng)險的方法，包括測量來自該受 試者的測試樣本中至少一個miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對于對照樣本中對應(yīng)miR基因產(chǎn) 物的水平，測試樣本中miR基因產(chǎn)物水平的改變提示該受試者或者患有HCC或者具有患上 HCC的風(fēng)險。
[0012] 頒發(fā)給Chung的美國專利號7, 939, 255涉及結(jié)直腸癌的診斷方法。簡單地說，該 專利披露了結(jié)直腸癌（colorectalcancer,CRC)的診斷方法和預(yù)后評估試劑盒，以及可 用于診斷結(jié)直腸癌（CRC)的腫瘤抑制基因，其中該方法包括：識別染色體上的反復(fù)改變區(qū) (recurrentlyalteredregions,RAR)以及檢測RAR中的基因組改變情況。據(jù)稱，該發(fā)明使 得對多種癌癥及腫瘤（包括結(jié)直腸癌（CRC))的早期診斷和預(yù)后評估成為可能。
[0013] 由Li提交的公開號W02011076147、題為《基于血漿的Micro-RNA生物標(biāo)志物和 用于結(jié)直腸癌早期檢測的方法》（Plasma-BasedMicr〇-RNABiomarkersAndMethodsFor EarlyDetectionofColorectal)的專利申請披露了用于診斷結(jié)直腸癌和/或監(jiān)測結(jié)直腸 癌治療效果的血液分子標(biāo)志物診斷試劑盒。該試劑盒據(jù)稱包括多個核酸分子，每個核酸分 子編碼一個微小RNA生物標(biāo)志物，其中所述多個核酸分子中的一個或更多個在患者和健康 對照者的血楽中表達有差異，所述一個或更多個表達有差異的核酸分子一起代表核酸表達 生物標(biāo)志物，其提示結(jié)直腸癌的存在。該發(fā)明據(jù)稱進一步提供了利用此類核酸表達生物標(biāo) 志物來識別結(jié)直腸癌以及預(yù)防或治療此類病情（condition)的相應(yīng)方法。最后，本發(fā)明提 供用于結(jié)直腸癌預(yù)防和/或治療的藥物組合物。
[0014] 同樣由Li提交的公開號W02011076142、題為《結(jié)直腸癌血漿中微小RNA表達譜 的組合物和方法》（CompositionsAndMethodsForMicroRNAExpressionProfilingin PlasmaofColorectal)的專利申請據(jù)稱教導(dǎo)了結(jié)直腸癌血楽中微小RNA(miRNA)表達譜 (ExpressionProfiling)的組合物和方法。具體而言，本發(fā)明據(jù)稱與血液分子標(biāo)志物診 斷試劑盒有關(guān)，用于診斷結(jié)直腸癌、監(jiān)測癌癥療法和/或治療結(jié)直腸癌，其包含多個核酸分 子，每個核酸分子編碼一個微小RNA序列，其中所述多個核酸分子中的一個或更多個在結(jié) 直腸癌血漿及健康對照血漿中表達有差異，其中所述一個或更多個表達有差異的核酸分子 一起代表核酸表達簽名（nucleicacidexpressionsignature),該核酸表達簽名提示結(jié) 直腸癌的存在。本發(fā)明據(jù)稱進一步涉及利用此類核酸表達簽名的相應(yīng)方法，用于鑒定結(jié)直 腸癌以及預(yù)防或治療此類病情。最后，本發(fā)明涉及用于結(jié)直腸癌預(yù)防和/或治療的藥物組 合物。
[0015] 由Christine提交的公開號W02011088226、題為《胃腸功能紊亂檢測》(Detection OfGastrointestinalDisorders)的專利申請據(jù)稱教導(dǎo)了通過檢測指示病情或病情進展 的微小RNA、水皰或生物標(biāo)志物來表征表型的方法和系統(tǒng)。該疾病可以是胃腸道疾病，例如 結(jié)直腸癌。微小RNA、水皰或生物標(biāo)志物可在體液中檢出。
[0016] 由Baruch提交的公開號W02010004562、題為《檢測結(jié)直腸癌的方法和組合物》 (MethodsAndCompositionsForDetectingColorectalCancer)的專利申請據(jù)稱教導(dǎo)了 通過使用與結(jié)直腸癌相關(guān)的微小RNA分子以及與其相關(guān)或由其衍生的各種核酸分子，來進 行結(jié)直腸癌和/或結(jié)直腸癌前體細胞的微創(chuàng)早期檢測的方法。
[0017]最后，由Fog等人提交的公開號W02011012136、題為《將人細胞樣本分類為癌細 胞的方法》（AMethodForClassifyingAHumanCellSampleAsCancerous)的專利 申請據(jù)稱教導(dǎo)了區(qū)分癌和非癌樣本的方法。該方法據(jù)稱包括檢測測試細胞樣本中選自由 miR-21、miR-34a和miR-141構(gòu)成的Mir-I組的至少一個微小RNA(miR)的水平，和檢測選 自由miR-126、miR-143和miR-145組成的Mir-II組的至少一個miR的水平，以及將測試細 胞樣本中上述所選miR的表達水平與之前記錄的測試組中相同的所選miR的表達水平進行 比較。 發(fā)明概要
[0018] 本發(fā)明的一個實施方案包括診斷或檢測人受試者中的結(jié)直腸腫瘤（colorectal neoplasia)的方法，包含以下步驟：從疑似患上結(jié)直腸腫瘤的受試者處獲得一個或更多 個生物樣本；測量從所述受試者的一個或更多個生物樣本中獲得的一個或更多個微小 RNAOnicroRNA)的整體表達模式或水平；以及將來自所述疑似患上結(jié)直腸腫瘤的受試者的 生物樣本的所述一個或更多個微小RNA的整體表達模式（overallexpressionpattern) 與來自正常受試者的生物樣本的所述一個或更多個微小RNA的整體表達模式進行比較，其 中所述正常受試者是未患上結(jié)直腸腫瘤的健康受試者，其中miR19a和miR19b、或者miR19a 和miR19b和miR15b的組合的過度表達（overexpression)提示結(jié)直腸癌。一方面，該方 法進一步包括對miR18a、miR29a或miR335中的至少一個進行分析并與來自正