本發(fā)明屬于生物分子，具體涉及與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的snp位點(diǎn)、分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、谷子(setariaitalica)，是一年生草本作物，耐旱節(jié)水性強(qiáng)。谷子成熟期穗莖(穗桿)的姿態(tài)會(huì)影響到谷子的抗倒伏性。而谷子作為二倍體自花授粉作物，基因組較小，操作方便，繁殖周期短，遺傳相對(duì)簡(jiǎn)單，現(xiàn)已具備了較高質(zhì)量的參考基因組序列，且谷子ssr遺傳連鎖圖譜的發(fā)表，為谷子的遺傳分析奠定了良好基礎(chǔ)。雖然谷子全基因組序列已經(jīng)完成測(cè)序，但是有關(guān)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀的基因關(guān)聯(lián)研究鮮見報(bào)道；故有必要開發(fā)、利用、鑒定或預(yù)測(cè)谷子的成熟期穗莖姿態(tài)的分子標(biāo)記以培育出更為優(yōu)良的品種。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、基于以上背景，本發(fā)明提供了與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的snp位點(diǎn)、分子標(biāo)記及其應(yīng)用，以培育出更為優(yōu)良的品種。

2、本發(fā)明的技術(shù)方案為：

3、與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的snp位點(diǎn)，所所述snp位點(diǎn)包括第一snp位點(diǎn)和第二snp位點(diǎn)，所述第一snp位點(diǎn)位于谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位，其等位變異為a/t；所述第二snp位點(diǎn)位于第2號(hào)染色體的第49102814位，其等位變異為a/c。

4、基于同一發(fā)明構(gòu)思，本發(fā)明還提供了檢測(cè)谷子基因組中snp的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在如下任一中的應(yīng)用，所述應(yīng)用包括：

5、1)在對(duì)谷子成熟期穗莖姿態(tài)進(jìn)行預(yù)測(cè)中的應(yīng)用；

6、2)在對(duì)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀進(jìn)行鑒定或是輔助鑒定中的應(yīng)用；

7、3)在谷子成熟期穗莖姿態(tài)的改良相關(guān)育種或輔助育種中的應(yīng)用；

8、所述snp位點(diǎn)包括第一snp位點(diǎn)和第二snp位點(diǎn)，所述第一snp位點(diǎn)位于谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位，其等位變異為a/t；所述第二snp位點(diǎn)位于第2號(hào)染色體的第49102814位，其等位變異為a/c。

9、基于同一發(fā)明構(gòu)思，本發(fā)明還提供了與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記包括第一分子標(biāo)記和第二分子標(biāo)記，所述第一分子標(biāo)記包括谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位點(diǎn)在內(nèi)；所述第一分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示；

10、所述第二分子標(biāo)記包括第2號(hào)染色體的第49102814位在內(nèi)，所述第二分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?idno.2所示。

11、基于同一發(fā)明構(gòu)思，本發(fā)明提供了與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記在如下任一中的應(yīng)用，所述應(yīng)用包括：

12、1)在對(duì)谷子成熟期穗莖姿態(tài)進(jìn)行預(yù)測(cè)中的應(yīng)用；

13、2)在對(duì)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀進(jìn)行鑒定或是輔助鑒定中的應(yīng)用；

14、3)在谷子成熟期穗莖姿態(tài)的改良相關(guān)育種或輔助育種中的應(yīng)用。

15、基于同一發(fā)明構(gòu)思，本發(fā)明還提供了一種預(yù)測(cè)谷子成熟期穗莖姿態(tài)的方法，采用特異性的用于檢測(cè)所述的snp位點(diǎn)的探針或芯片，對(duì)預(yù)測(cè)對(duì)象的谷子基因組dna進(jìn)行檢測(cè)，獲得所述的snp位點(diǎn)的等位變異位點(diǎn)的堿基情況，根據(jù)堿基情況預(yù)測(cè)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀表現(xiàn)；

16、或是以谷子的單葉片或種子的dna為模板，采用上述的分子標(biāo)記對(duì)應(yīng)的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序及其鑒定，根據(jù)鑒定結(jié)果預(yù)測(cè)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀表現(xiàn)。

17、相比現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的有益效果為：

18、本發(fā)明提供了與成熟期穗莖姿態(tài)性狀顯著相關(guān)的snp位點(diǎn)，并就此開發(fā)出與谷子的成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記，以此將基因組dna序列與谷子的成熟期穗莖姿態(tài)性狀聯(lián)系起來(lái)，有利于谷子分子標(biāo)記輔助育種體系的建立，可為更為精細(xì)定位、谷子選育提供方向及其依據(jù)。

技術(shù)特征：

1.與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的snp位點(diǎn)，其特征在于，所述snp位點(diǎn)包括第一snp位點(diǎn)和第二snp位點(diǎn)，所述第一snp位點(diǎn)位于谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位，其等位變異為a/t；所述第二snp位點(diǎn)位于第2號(hào)染色體的第49102814位，其等位變異為a/c。

2.檢測(cè)谷子基因組中snp的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在如下任一中的應(yīng)用，其特征在于，所述應(yīng)用包括：

3.與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記，其特征在于，所述分子標(biāo)記包括第一分子標(biāo)記和第二分子標(biāo)記，所述第一分子標(biāo)記包括谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位點(diǎn)在內(nèi)；所述第一分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示；所述第二分子標(biāo)記包括第2號(hào)染色體的第49102814位在內(nèi)，所述第二分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.2所示。

4.權(quán)利要求3所述的與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記在如下任一中的應(yīng)用，其特征在于，所述應(yīng)用包括：

5.一種預(yù)測(cè)谷子成熟期穗莖姿態(tài)的方法，其特征在于，采用特異性的用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的snp位點(diǎn)的探針或芯片，對(duì)預(yù)測(cè)對(duì)象的谷子基因組dna進(jìn)行檢測(cè)，獲得權(quán)利要求1中所述的snp位點(diǎn)的等位變異位點(diǎn)的堿基情況，根據(jù)堿基情況預(yù)測(cè)谷子成熟期穗莖姿態(tài)性狀表現(xiàn)；

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開與與谷子成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的SNP位點(diǎn)、分子標(biāo)記及其應(yīng)用，所述SNP位點(diǎn)包括第一SNP位點(diǎn)和第二SNP位點(diǎn)，所述第一SNP位點(diǎn)位于谷子的第2號(hào)染色體的第49086726位，其等位變異為A/T；所述第二SNP位點(diǎn)位于第2號(hào)染色體的第49102814位，其等位變異為A/C。本發(fā)明提供了與成熟期穗莖姿態(tài)性狀顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)，并就此開發(fā)出與谷子的成熟期穗莖姿態(tài)相關(guān)的分子標(biāo)記，以此將基因組DNA序列與谷子的成熟期穗莖姿態(tài)性狀聯(lián)系起來(lái)，有利于谷子分子標(biāo)記輔助育種體系的建立，可為更為精細(xì)定位、谷子選育提供方向及其依據(jù)。

技術(shù)研發(fā)人員：趙治海,王鈺文,劉穎慧,范曉慶,范光宇,王曉明
受保護(hù)的技術(shù)使用者：張家口市農(nóng)業(yè)科學(xué)院（河北省高寒作物研究所）
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/19