1.重組核酸片段,其選自:
i)包含SEQ ID NO:1所示序列第987-1664位核苷酸的序列或其片段或其變體或其互補序列;
ii)包含SEQ ID NO:1所示序列的序列或其片段或其變體或其互補序列;
iii)包含SEQ ID NO:2所示序列第640-969位核苷酸的序列或其片段或其變體或其互補序列;
iv)包含SEQ ID NO:2所示序列的序列或其片段或其變體或其互補序列;以及
以上片段的組合。
2.檢測權(quán)利要求1所述片段的引物,其中所述引物選自:
(I)特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1-987位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1664-1769位核苷酸的序列的反向引物;
(II)以下第一組引物對與第二組引物對的組合,其包含
(a)第一組引物對:特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1-987位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第988-1663位核苷酸的序列的反向引物;和
(b)第二組引物對:特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第988-1663位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1664-1769位核苷酸的序列的反向引物;
(III)特異性識別包含SEQ ID NO:1所示序列第987-988位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別包含SEQ ID NO:1所示序列第1663-1664位核苷酸的序列的反向引物;
(IV)特異性識別包含SEQ ID NO:1所示序列第987-988位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1664-1769位核苷酸的序列的反向引物;
(V)特異性識別SEQ ID NO:1所示序列第1-987位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別包含SEQ ID NO:1所示序列第1663-1664位核苷酸的序列的反向引物;和/或任選地,
(VI)特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第1-640位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第968-4260位核苷酸的序列的反向引物;
(VII)以下第三組引物對與第四組引物對的組合,其包含
(c)第三組引物對:特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第1-640位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第641-967位核苷酸的序列的反向引物;和
(d)第四組引物對:特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第641-967位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第968-4260位核苷酸的序列的反向引物;
(VIII)特異性識別包含SEQ ID NO:2所示序列第640-641位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別包含SEQ ID NO:2所示序列第968-969位核苷酸的序列的反向引物;
(IX)特異性識別包含SEQ ID NO:2所示序列第640-641位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第968-4260位核苷酸的序列的反向引物;
(X)特異性識別SEQ ID NO:2所示序列第1-640位核苷酸的序列的正向引物和特異性識別包含SEQ ID NO:2所示序列第968-969位核苷酸的序列的反向引物。
3.檢測權(quán)利要求1所述片段的引物,其中所述引物選自:
(I)擴增SEQ ID NO:1所示序列的引物對
5’-GCATTATCGTTGATTCTTGGAGG-3’,
5’-AACTAGACGCAAACAGGGCAGTA-3’;以及
(II)測序SEQ ID NO:1所示序列的引物
5’-GCATTATCGTTGATTCTTGGAGG-3’;
5’-GATTTCGGAGTTGATGTGAT-3’;
5’-AACTAGACGCAAACAGGGCAGTA-3’;和/或任選地,
(III)擴增SEQ ID NO:2所示序列的引物對
5’-TCGGTTGGAAAGTGACAATAGG-3’,
5’-TTGGGACATAGGACGTTAGATG-3’;以及
(IV)測序SEQ ID NO:2所示序列的引物
5’-TCGGTTGGAAAGTGACAATAGG-3’;
5’-TGGTGGTTCTGGCAGCGATT-3’;
5’-TGGGTGCGGAGGTAGAGGTG-3’;
5’-CCTAGTCCCGATTGTGCCG-3’;
5’-TGCGGCTATGCGTAGTTTGG-3’;
5’-CCGTCTTCCCGACCGTGTCC-3’;
5’-TTGGGACATAGGACGTTAGATG-3’。
4.選育含有權(quán)利要求1所述的重組核酸片段的水稻植株的方法,其包括以不含目的基因組片段的水稻受體植物親本作為輪回親本,將其與含有目的基因組片段的水稻供體植物進行雜交,然后將所得到的雜交種與輪回親本進行回交,再將所得到的回交種進行自交的步驟,其中利用分子標(biāo)記對重組植株進行前景選擇和背景選擇。
5.如權(quán)利要求4所述的方法,其中用于所述前景選擇的分子標(biāo)記選自Pi2-4、Pi2S67和Pi2S122中的一種或多種;和/或
任選地,利用水稻全基因組育種芯片進行所述背景選擇。
6.如權(quán)利要求4或5所述的方法,其中所述重組核酸片段含有抗稻瘟病基因,并且所述方法包括以下步驟:
1)將輪回親本與供體植物進行雜交,將所得到的雜交種與輪回親本進行回交,獲得回交一代,利用正向選擇標(biāo)記Pi2-4和負(fù)向選擇標(biāo)記Pi2S67、Pi2S122對其進行抗稻瘟病基因組片段的單側(cè)同源重組片段篩選,并利用水稻全基因組育種芯片對其進行背景選擇;
2)選擇背景回復(fù)較好的重組單株與輪回親本再次進行回交,獲得回交二代,利用正向選擇標(biāo)記Pi2-4對其進行檢測,選擇含有抗稻瘟 病基因組片段的重組單株,然后利用水稻全基因組育種芯片對其進行背景選擇;
3)選擇背景回復(fù)好的重組單株與輪回親本又一次進行回交,獲得回交三代,利用正向選擇標(biāo)記Pi2-4和負(fù)向標(biāo)記Pi2S67、Pi2S122對其進行抗稻瘟病基因組片段的另一側(cè)同源重組片段篩選,并利用水稻全基因組育種芯片對其進行背景選擇;以及
4)選擇導(dǎo)入片段小,且背景回復(fù)好的重組單株,將選中的重組單株自交一次,獲得自交種,利用正向選擇標(biāo)記Pi2-4對其進行檢測,并利用水稻全基因組育種芯片對其進行背景選擇,最終獲得含純合抗稻瘟病基因組重組核酸片段且背景回復(fù)的水稻植株。
7.如權(quán)利要求4至6中任一項所述的方法,其中利用分子標(biāo)記對重組植株進行前景選擇時采用的擴增引物如下:
擴增分子標(biāo)記Pi2-4的引物對,其包括:
正向引物:5’-CGGTAAGAGTAACACCAAGC-3’,
反向引物:5’-GACGTGCGAGTTGTGACAGCT-3’;
擴增分子標(biāo)記Pi2S67的引物對,其包括:
正向引物:5’-CCGATGCAAGAACAAGCTAA-3’,
反向引物:5’-CCACCACATCACCAGTGTTT-3’;以及
擴增分子標(biāo)記Pi2S122的引物對,其包括:
正向引物:5’-GACTTGAAAACCAGTGCGTG-3’,
反向引物:5’-CCTACCTAATGGAAAGGATTGC-3’。
8.檢測權(quán)利要求1所述的重組核酸片段的方法,其包括采用權(quán)利要求2或3所述的引物,以待測基因組為模板進行PCR反應(yīng),并分析PCR產(chǎn)物的步驟。
9.檢測權(quán)利要求1所述的重組核酸片段的試劑盒,其包括權(quán)利要求2或3所述的引物。
10.篩選含有權(quán)利要求1所述的重組核酸片段的水稻植株或種子的方法,其包括檢測待測水稻植株或種子的基因組中是否含有權(quán)利要求1所述的重組核酸片段的步驟;
優(yōu)選地,采用權(quán)利要求2或3所述的引物,或者采用權(quán)利要求8所述的方法,或者采用權(quán)利要求9所述的試劑盒來進行檢測。