專利名稱：：鈣流動作為組蛋白脫乙?；敢种苿┑乃幮飿擞浀闹谱鞣椒?br>技術(shù)領(lǐng)域：
：本文闡述使用鈣流動作為生物標記來選擇和預測可能對用組蛋白脫乙酰基酶抑制劑治療有反應的患者的方法。
背景技術(shù)：
：生物標記是可用作生物狀態(tài)指示劑的物質(zhì)。例如，生物標記可為在存在時可指示疾病存在的物質(zhì)。其特征為可進行客觀的測量并且可作為以下過程的指示劑加以評估正常生物過程、發(fā)病過程、或?qū)χ委煾深A的藥理學反應。在臨床環(huán)境中，生物標記是與疾病狀態(tài)或治療結(jié)果密切相關(guān)的可觀察特征或可檢測物質(zhì)，并且因此可用于測量疾病進程或治療效果。
發(fā)明內(nèi)容本文闡述使用鈣流動作為生物標記。本文也闡述快速評價藥劑引發(fā)細胞凋亡的能力的方法。本文另外闡述使用鈣流動作為生物標記來選擇和預測可能對凋亡劑療法有反應的患者的方法。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸凋亡劑；測量生物樣品中的鈣流動水平，并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2(Fura-2)、B引哚-l(Indo-l)、氟-3(Fluo-3)、l黃綠素、6羅丹-2(Rhod-2)、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤(Burkitt'slymphoma)、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品為血樣。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸泛HDAC抑制劑；測量生物樣品中的鈣流動水平；并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸HDAC8抑制劑；測量生物樣品中的鈣流動水平；并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫癉、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患者參與臨床試驗來評估凋亡劑治療病況的效能的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸凋亡劑；測量生物樣品中的鈣流動水平；并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的系統(tǒng)，其包含(a)凋亡劑；(b)測量生物樣品中的鈣流動水平的構(gòu)件；其中所述生物樣品、凋亡劑與測量鈣流動水平的構(gòu)件都流體連通。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，測量鈣流動水平的構(gòu)件包含鈣檢測試劑。任選地，自取自患者的腫瘤或血液獲得活檢樣品。腫瘤樣品包括所有腫瘤，包括實體腫瘤和液體腫瘤二者。在某些實施例中，用自患有實體腫瘤的患者血液分離的循環(huán)腫瘤細胞(CTC)獲得活檢樣品。在某些實施例中，用至少約102個腫瘤細胞實施活檢。任選地，用通過細針抽吸(FNA)、打孔活檢獲得的臨床樣品來實施鈣流動分析工作；自活體組織、細胞或流體獲得活檢樣品；或通過活檢針或通過開放式外科切口來8實施活檢。在某些實施例中，在活體外或在體外用足夠大濃度的凋亡劑處理活檢樣品。定義除非另有說明，否則本說明書和權(quán)利要求書中所用的以下術(shù)語是出于本申請案的目的來定義并且具有以下含義-本文所用"凋亡劑"是可在細胞中直接或間接誘導細胞凋亡的任何藥劑。凋亡劑的非限制性實例可為HDAC抑制劑、細胞毒性劑、激酶抑制劑、或抗體。在某些實施例中，凋亡劑選自泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑。本文所用"鈣檢測試劑"意指任何可單獨或與一或多種藥劑組合用于指示細胞內(nèi)鈣含量的化學或生物藥劑。鈣檢測試劑的非限制性實例可為標記、染料、光交聯(lián)劑、細胞毒性化合物、藥物、親和標記、光親和標記、反應性化合物、抗體或抗體片段、生物材料、納米顆粒、自旋標記、熒光團、含金屬部分、放射活性部分、新穎官能團、與其它分子共價或非共價交互作用的基團、光鎖定部分、光化輻射可激發(fā)部分、配4本、光可異構(gòu)化部分、生物素、生物素類似物、納入重原子的部分、可化學裂解基團、可光裂解基團、氧化還原活性劑、同位素標記部分、生物物理學探針、磷光基團、化學發(fā)光基團、電子致密基團、磁性基團、嵌入基團、生色團、能量轉(zhuǎn)移劑、生物活性劑、可檢測標記、或其組合。本文所用"鈣流動"意指鈣離子跨越細胞膜的移動、在細胞器之間的移動、或穿過細胞質(zhì)的移動。本文所用"衍生物"意指通過用一種原子、分子或基團替代或取代另一種原子、分子或基團自一種化合物或類似結(jié)構(gòu)產(chǎn)生的另一種化合物。作為非限制性實例，若泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑含有可氧化氮原子，則可通過已知方法將M原子轉(zhuǎn)化為N-氧化物以產(chǎn)生N-氧化物衍生物。作為另一非限制性實例，若泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑含有羥基、羧基、硫醇基、或含有一或多個氮原子的任何基團，則可用適宜保護基團來保護這些基團以產(chǎn)生經(jīng)保護衍生物。多種適宜保護基團闡述于T.W.格林(T.W.Greene),有機合成中的保護基團(/Vo/eWveOow;w/"Sy"Aesis)，約翰威利國際出版(JohnWiley&Sons)公司，1981中，其是以引用方式并入本文中。本文所用"有效量"或"治療有效量"意指藥劑可對個體產(chǎn)生藥理學效應或治療效應而無過度不良副作用的量。應理解有效量或治療有效量可隨個體不同而變，其取決于個體的年齡、體重和一般情況、所治療病況、所治療病況的嚴重度、以及處方醫(yī)師的判斷。本文所用"熒光團"意指在激發(fā)后發(fā)射光子的分子。熒光團的非限制性實例可為美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。本文所用"組蛋白脫乙酰基酶"和"HDAC"是指可自組蛋白N-末端賴氨酸殘基的s-胺基移除乙?；拿讣易逯械娜我徽?。除非另外說明，否則術(shù)語"組蛋白"意指任何組蛋白，包括來自任一物種的Hl、H2A、H2B、H3、H4、和H5。人類HDAC蛋白或基因產(chǎn)物包括(但不限于)HDAC-1、HDAC-2、HDAC-3、HDAC4、HDAC-5、HDAC-6、HDAC-7、HDAC-8、HDAC-9、HDAC-10和HDAC-11。在某些實施例中，HDAC也可得自原生動物或真菌來源。本文所用"組蛋白脫乙?；敢种苿?、"組蛋白脫乙?；敢种苿?、"HDAC抑制劑"和"HDAC抑制劑"可交換使用，其是指能與HDAC交互作用并抑制其活性、更具體來說抑制其酶活性的化合物。抑制HDAC的酶活性意指降低HDAC自組蛋白移除乙酰基的能力。在某些實施例中，所述抑制具有特異性，即HDAC抑制劑降低HDAC自組蛋白移除乙酰基的能力時的濃度低于產(chǎn)生某些其它無關(guān)生物效應所需的抑制劑濃度。本文所用"HDAC8抑制劑"和"HDAC8抑制劑"可互換使用，其是指能與HDAC8交互作用并抑制其活性、更具體來說抑制其酶活性的化合物。抑制HDAC8酶活性意指降低HDAC8自蛋白質(zhì)或其它大分子移除乙?；哪芰?。本文所用"泛HDAC"抑制劑是(a)抑制I類和II類酶的所有11種HDAC亞型的化學或生物藥劑，或(b)顯著抑制I類或II類HDAC的不止一種亞型的化學或生物藥劑，其Ki小于lMM。本文所用"前藥"意指藥理作用得自體內(nèi)代謝過程轉(zhuǎn)化的藥物或化合物。前藥一般是藥物前體，其在投與個體和隨后的吸收后通過某種過程(例如通過代謝途徑來轉(zhuǎn)化)轉(zhuǎn)化為活性物質(zhì)或活性更強的物質(zhì)。某些前藥具有存于所述前藥上的化學基團，其可使所述前藥活性降低和/或賦予所述藥物以溶解性或某些其它特性。一旦所述化學基團發(fā)生裂解和/或自前藥發(fā)生改變，立即生成活性藥物。本文所用"治療(treat、treating或treatment"是指(但不限于)抑制病癥或疾病的進展，例如阻止疾病或病癥發(fā)展。癌癥治療的非限制性實例包括在惡性細胞中誘導細胞凋亡，或任何導致抑制惡性細胞生長和/或抑制惡性細胞轉(zhuǎn)移能力的效應。圖1展示通過外部藥劑誘導細胞凋亡的示意圖，其涉及PLCY1和下游的鈣信號轉(zhuǎn)導。圖2展示在朱卡特(Jurkat)細胞中通過不同HDAC抑制劑快速誘導鈣流動(A)對照；(B)0.2(jM泛HDAC抑制劑PCI-24781，并且在用PCI-24781處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比為80%;(C)10mMHDAC8抑制劑PCI-34051，并且在用PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比為60%;(D)1MS-275;(E)1mM丁酸Na;和(F)2pMSAHA。鈣流動反應與高細胞凋亡百分比相關(guān)。圖3顯示在HH細胞(缺少活性PLCy酶)中通過泛HDAC抑制劑化合物PCI-24781和HDAC8抑制劑化合物PCI-34051中的任一者都不誘導鈣流動。圖中也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比。鈣流動反應與高細胞凋亡百分比相關(guān)。(A)對照；(B)10HDAC8抑制劑PCI-34051;(C)0.210)iM泛HDAC抑制劑PCI-24781。圖4是展示HDAC8抑制劑化合物(PCI-34051;5pM)在野生型朱卡特細胞(朱卡特)、磷脂酶C-Yl缺陷型細胞(J.力、T受體缺陷型細胞(P116)、或ZAP-70缺陷型細胞(JRT3-T.5)中實現(xiàn)細胞凋亡的能力的條形圖。朱卡特細胞是自患有急性淋巴細胞性白血病的14歲齡男童的外周血建立的人類T細胞白血病細胞。圖5展示當將磷脂酶C抑制劑添加至具有或不具有HDAC抑制劑的朱卡特細胞中時的鈣動員效應。(A)對照。(B)HDAC8抑制劑PCI-34051。(C)顯示在添加磷脂酶C抑制劑(U-73122:l-[6-((17b-3-甲氧基雌-l,3,5(10)-三烯-17-基)胺基)己基]-lH-吡咯-2,5-二酮)時抑制朱卡特細胞中通過PCI-34051快速誘導的鈣動員。(D)PLC的無活性類似物抑制劑(U-73343:1-[6-((171>3-甲氧基雌-1,3,5(10)-三烯-17-基)胺基)己基]-2,5-吡咯烷二酮)對PCI-34051誘導的鈣動員無效應。(E-F)PLCY抑制齊U(U-73343、U-73122)二者都不單獨誘導鈣流動。圖6是展示PLC抑制劑在朱卡特細胞中調(diào)節(jié)PCI-34051誘導細胞凋亡的條形圖。在2天后測量在存在或不存在PCI-34051和膜聯(lián)蛋白-V的情況下經(jīng)PLC抑制劑u-73122和無活性類似物u-73343處理的朱卡特細胞和J.y細胞。圖7是展示在野生型(朱卡特)細胞與J.yl(J.力朱卡特細胞中鈣效應物(毒胡蘿卜內(nèi)酯；0.2^M)對PCI-34051(10岸)誘導細胞凋亡的效應的條形圖。圖8(A)是展示在野生型(朱卡特)細胞與J.Yl(J.力朱卡特細胞中鈣螯合劑(BAPTA-AM;0.5岸)對PCI-34051(10ioM)誘導細胞凋亡的效應的條形圖。(B)是展示在朱卡特細胞中通過細胞可滲透鈣螯合劑BAPTA-AM阻斷PCI-34051誘導鈣流動的線形圖。圖9展示一系列免疫印跡圖像，其顯示在野生型(朱卡特)細胞與J.Yl(J.力朱卡特細胞中細胞色素C氧化酶于用凋亡前體藥劑處理后的不同時間點自線粒體易位至胞質(zhì)溶膠。圖10是展示在朱卡特細胞中由HDAC8敏感抑制劑化合物(PCI-34051)誘導的劑量依賴性細胞內(nèi)鈣反應的線形圖。圖11是展示在朱卡特細胞中由泛HDAC抑制劑化合物(PCI-24781)誘導的劑量依賴性細胞內(nèi)鈣反應的線形圖。圖12(A)顯示在拉莫斯(Ramos)細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比；(B)顯示在J.丫細胞中PCI-24781或PCI-34051都不誘導鈣流動。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比；(C)顯示在HCT-116結(jié)腸細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比；(D)在PC3前列腺細胞中顯示PCI-24781或PCI-34051都不誘導鈣流動。也展示那些細胞系'中在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V染色測量的細胞凋亡百分比。在所有圖中鈣流動反應都與高細胞凋亡百分比相關(guān)。圖13顯示在A549細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。肺腫瘤細胞系A549是上皮實體腫瘤細胞系的代表，其通過可用鈣流動預測的細胞凋亡誘導對泛HDAC抑制劑PCI-24781發(fā)生反應，而T細胞特異性HDAC8選擇性抑制劑PCI-34051在這些細胞中既不誘導細胞凋亡也不誘導鈣流動。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比；圖14顯示在THP-1細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。THP-1是單核細胞性白血病細胞系，其中泛HDAC抑制劑PCI-24781可誘導細胞凋亡和鈣流動，而HDAAC8選擇性抑制劑PCI-34051不誘導。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比；圖15展示在朱卡特細胞中逋過PCI-24781快速誘導鈣動員。PCI-24781的兩種主要代謝產(chǎn)物羧酸代謝產(chǎn)物PCI-27789和酰胺代謝產(chǎn)物PCI-27787不具有組蛋白脫乙?；富钚?。PCI-27789和PCI-27787不能在朱卡特細胞中引發(fā)鈣流動誘導。圖16顯示在朱卡特細胞中PCI-24781誘導細胞凋亡，而PCI-24781、PCI-27789和PCI-27787的無活性代謝產(chǎn)物沒有細胞凋亡誘導效應。用PCI-24781、PCI-27789或PCI-27787(0.2uM)處理朱卡特細胞并在2天后通過膜聯(lián)蛋白-V染色測量細胞凋亡。圖17顯示在皮膚T細胞淋巴瘤患者活檢(SF-03)中PCI-24781和PCI-34051快速誘導鈣流動。(A)對照；(B)0.2jiMPCI-24781;(C)10PCI-34051。圖18顯示在皮膚T細胞淋巴瘤患者活檢(SF-06)PCI-24781或PCI-34051中不誘導鈣流動。(A)對照；(B)0.2PCI-24781;(C)10PCI-34051。具體實施例方式某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸凋亡劑；測量生物樣品中的鈣流動水平，并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、n引哚-l、氟_3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品為血樣。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸泛HDAC抑制劑；測量生物樣品中的鈣流動水平;并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸HDAC8抑制劑；測量生物樣品中的鈣流動水平；并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的銬流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患者參與臨床試驗來評估凋亡劑治療病況的效能的方法，其包含以下步驟使來自個體的生物樣品接觸凋亡劑；測量生物樣品中的鈣流動水平；并且若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平超過在對照中或在接觸凋亡劑前的生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則選定所述患者用凋亡劑進行治療；或若在接觸凋亡劑后的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸凋亡劑前的生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，用鈣檢測試劑來測量鈣流動水平。在某些實施例中，鈣檢測試劑是熒光團。在某些實施例中，熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。在某些實施例中，病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含自血樣獲得的循環(huán)腫瘤細胞。在某些實施例中，生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。某些實施例包含選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的系統(tǒng)，其包含(a)凋亡劑；(b)測量生物樣品中的鈣流動水平的構(gòu)件；其中所述生物樣品、凋亡劑與測量鈣流動水平的構(gòu)件都流體連通。在某些實施例中，凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。在某些實施例中，生物樣品包含腫瘤細胞。在某些實施例中，測量鈣流動水平的構(gòu)件包含鈣檢測試劑。磷酸肌醇磷脂酶C(PLC)家族和Ca介導信號轉(zhuǎn)導磷酸肌醇磷脂酶C(PLC)家族是參與信號轉(zhuǎn)導的真核細胞酶家族。PLC由6個子家族組成其總共包含13種單獨的亞型。PLCY參與針對外部刺激素(例如生長因子、神經(jīng)遞質(zhì))和內(nèi)部刺激素(例如PI3K)的T細胞反應。已顯示磷脂酶C(PLC)家族的成員可催化磷脂酰肌醇PIP2的水解，從而生成兩種第二信使肌醇三磷酸(IP3)和二酰甘油(DAG)。PIP2的水解是以兩個連續(xù)步驟來進行。第一個反應是磷酸轉(zhuǎn)移酶步驟，其涉及肌醇環(huán)2'位上的羥基與磷酸酯基團之間的分子內(nèi)攻擊，從而產(chǎn)生環(huán)狀I(lǐng)P3中間體。此時生成DAG。然而，在第二磷酸二酯酶步驟中，若環(huán)狀中間體在活性位點內(nèi)保持足夠長時間，則可被水分子攻擊，從而生成最終非環(huán)狀I(lǐng)Ps產(chǎn)物。14IP3和DAG調(diào)節(jié)對細胞信號轉(zhuǎn)導具有重要作用的下游蛋白的活性。IP3是可溶的并通過細胞質(zhì)擴散并且與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER)上的IP3受體交互作用，從而導致釋放鈣并提高細胞內(nèi)鈣含量(鈣流動的一個來源)。DAG因其疏水特征而保持束縛在質(zhì)膜內(nèi)葉上，其中DAG募集蛋白激酶C(PKC)。PKC在與鈣離子結(jié)合時活化。PKC的活化通過刺激鈣敏感蛋白引發(fā)多種細胞反應。鈣流動似乎具有至少兩個組份首先自ER釋放細胞內(nèi)鈣，并且隨后通過細胞色素C引發(fā)鈣釋放。細胞色素C因線粒體外膜滲透性提高而自線粒體釋放，并且在與細胞凋亡相關(guān)的形態(tài)改變之前發(fā)揮調(diào)控功能。在細胞色素C釋放后其立即結(jié)合Apaf-1和ATP，然后其與半胱天冬酶-9前體結(jié)合產(chǎn)生稱作凋亡體的蛋白質(zhì)復合物。凋亡體將半胱天冬酶前體裂解為其活性形式半胱天冬酶-9，其繼而激活其它半胱天冬酶并引發(fā)導致細胞凋亡的級聯(lián)事件。所提出的鈣流動與細胞凋亡之間的機制展示于圖1中。HDAC抑制劑在真核細胞中，染色質(zhì)與組蛋白連接以形成核小體。每個核小體都是由蛋白質(zhì)八聚體構(gòu)成，所述八聚體由每種組蛋白H2A、H2B、H3和H4的兩份拷貝構(gòu)成。DNA纏繞此蛋白核心，其中組蛋白的堿性氨基酸與DNA中帶負電荷的磷酸酯基交互作用。這些核心組蛋白最常見的翻譯后修飾是保守高堿性N-末端賴氨酸殘基中s-胺基的可逆乙?；?。組蛋白的可逆乙酰化是基因表達的主要調(diào)節(jié)因素?？赏ㄟ^改變轉(zhuǎn)錄因子的可達性來調(diào)節(jié)DNA的基因表達。在正常細胞中，組蛋白脫乙?；?HDAC)和組蛋白乙?；D(zhuǎn)移酶(HAT)控制組蛋白的乙?；潭取Ｒ种艸DAC可導致高乙?；M蛋白的積累，此可引起多種細胞反應。人們早已發(fā)現(xiàn)組蛋白乙酰化和去乙?；c轉(zhuǎn)錄控制相關(guān)。在某些實施例中，HDAC抑制劑(尤其包括曲古抑菌素(trichostatin)A、丁酸鈉、辛二酰苯胺異羥肟酸(SAHA)、縮酚酸肽(depsipeptide)、MS-275、和制蚜菌素(aphicidin))可促進組蛋白乙?；?，從而導致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的松弛。染色質(zhì)松弛和解螺旋容許并增強多種基因的表達，包括那些在分化過程中涉及的基因，例如p211。實際上，已顯示HDAC抑制劑(例如SAHA、丁酸鈉)可在多種人類白血病細胞系中誘導成熟。根據(jù)與三種獨特酵母HDAC的結(jié)構(gòu)或序列同源性可將哺乳動物HDAC分為三個主要類別Rpd3(I類)、Hdal(II類)、和Sir2/Hst(III類)。Rpd3同源性I類包括HDAC1、2、3、8和11;Hdal同源II類包括HDAC4、5、6、7、9(9a和9b)和10;Sir2/Hst同源III類包括SIRTl、2、3、4、5、6和7。近期研究揭示另一具有固有HAT或HDAC活性的細胞因子家族。這些細胞因子似乎是參與調(diào)節(jié)細胞周期、DNA修復和轉(zhuǎn)錄的非組蛋白蛋白質(zhì)。多種轉(zhuǎn)錄輔激活因子(包括但不限于p400AF、BRCA2和ATM樣蛋白)可用作HAT。某些轉(zhuǎn)錄阻遏物在染色質(zhì)環(huán)境下通過募集常見染色質(zhì)修飾復合物來表現(xiàn)HDAC活性。例如，Mas蛋白家族(Masl、Mxil、Mad3和Mad4)包含堿性螺旋-環(huán)-螺旋-環(huán)-螺旋-拉鏈類轉(zhuǎn)錄因子，其與Max在其DNA結(jié)合位點處異二聚化。Mad:Max異二聚體可在其DNA結(jié)合位點處通過募集"阻遏復合物"而用作15轉(zhuǎn)錄阻遏物。阻止與Max或msin3輔阻遏復合物交互作用的突變不能阻止細胞生長。因此，本文所用HDAC抑制劑是指任何能抑制任一上述蛋白質(zhì)HDAC活性的藥劑。人們已研究了HDAC抑制劑對癌細胞的治療效應。已報導丁酸和其衍生物(包括苯基丁酸鈉)可在體外誘導人類結(jié)腸癌、白血病和視網(wǎng)膜母細胞瘤細胞系的細胞凋亡。其它已廣泛研究抗癌活性的HDAC抑制劑包括曲古抑菌素A和車迫辛(trapoxin)。泛朋JC鄉(xiāng)鄉(xiāng)泛HDAC抑制劑的非限制性實例包括短鏈脂肪酸，例如丁酸酯、4-苯基丁酸酯或丙戊酸；異羥肟酸，例如辛二酰苯胺異羥肟酸(SAHA)、二芳基異羥肟酸酯A-161906、二環(huán)芳基-N-羥基甲酰胺、CG-1521、PXD-lOl、磺酰胺異羥肟酸、LAQ-824、惡弗萊汀(oxamflatin)、斯科肽(scriptaid)、間羧基肉桂酸雙異羥肟酸、車迫辛-異羥肟酸類似物、曲古抑菌素A、曲古抑菌素C、間羧基肉桂酸雙羥酰胺惡弗萊汀(CBHA)、ABHA、斯科肽、吡咯酰胺(pyroxamide)、和丙烯酰胺；含環(huán)氧酮環(huán)狀四肽，例如車迫辛、阿皮徳森(apidicin)、縮酚酸肽、HC毒素、克拉霉多素(chlamydocin)、二異肽素(diheteropeptin)、WF-3161、Cyl-l和Cyl-2;苯甲酰胺或非含環(huán)氧酮環(huán)狀四肽，例如FR901228、阿皮斯丁(apicidin)、含異羥肟酸環(huán)肽(CHAP)、苯甲酰胺、MS-275(MS-27-275)、和CI-994;德普徳辛(depudecin);PXD101;有機硫化合物；和芳?；?吡咯羥基-酰胺(APHA)。在某些實施例中，泛HDAC抑制劑為PCI-24781、SAHA(Zolinza)、曲古抑菌素A、MS-275、LBH-589、PXD-lOl、MGCD-0103、JNJ隱26481585、R306465(J&J)、或丁酸鈉。在某些實施例中，泛HDAC抑制劑是選自以下文獻中所揭示化合物或化學式的化合物美國專利申請案第10/818,755號；第10/537,115號；第10/922,119號；第11/100,781號；第11/779,743號；PCT專利申請案第PCT/US2005/046255號或美國專利第7,276,612號；這些參考文獻的揭示內(nèi)容是全文并入本文中。在某些實施例中，泛HDAC抑制劑具有式(I)結(jié)構(gòu)其中R1為氫或烷基；X為-O-、-NR2-、或-S(O)n,其中n為0-2并且R"為氫或垸基；Y為任選地經(jīng)環(huán)烷基取代的伸垸基、任選地經(jīng)取代的苯基、烷硫基、烷基亞磺酰基、烷基磺?；?、任選地經(jīng)取代的苯基垸硫基、任選地經(jīng)取代的苯基垸基磺?；⒘u基、或任選地經(jīng)取代的苯氧基；Ar1是亞苯基或雜亞芳基，其中所述Ar1任選地經(jīng)一個或兩個獨立選自以下的基團式(I)，16取代烷基、鹵基、羥基、垸氧基、鹵代垸氧基、或鹵代垸基；W為氫、烷基、羥基烷基或任選地經(jīng)取代的苯基；并且Ar2為芳基、芳烷基、芳烯基、雜芳基、雜芳烷基、雜芳烯基、環(huán)垸基、環(huán)烷基烷基、雜環(huán)垸基、或雜環(huán)垸基垸基；以及其各立體異構(gòu)體、各幾何異構(gòu)體、或混合物；或其醫(yī)藥上可接受的鹽。i/IMCS浙朋濃鰣娜HDAC8是具有377個殘基的42kDa蛋白質(zhì)，其定位于眾多種組織的細胞核中、以及若干種人類腫瘤細胞系的細胞核中。全長HDAC8的野生型形式闡述于基因庫登錄號(GenBankAccessionNumber)NP060956中。經(jīng)解析，HDAC8結(jié)構(gòu)可結(jié)合四種不同的異羥肟酸酯抑制劑。HDAC8是具有體外脫乙?；富钚缘腍DAC亞型，其在多種組織類型和腫瘤細胞系中表達?；谛蛄型葱?，可將HDAC8視為I類酶，但系統(tǒng)發(fā)育分析己顯示其位于I類酶與II類酶的分界附近。HDAC8在若干個方面與原型I類酶有所不同，包括其所報導的細胞質(zhì)——與細胞核相反——亞細胞定位；其活性位點結(jié)合各種金屬，包括Fe(II)禾卩K+;以及可通過環(huán)狀AMP依賴性蛋白激酶(PKA)20-22磷酸化Ser39對其催化活性進行負向調(diào)控。最近已解析出人類HDAC8的三維晶體結(jié)構(gòu)并揭示了HDAC8的獨特特征，包括由Ll活性位點環(huán)介導的結(jié)合位點袋近端的構(gòu)象柔性，以及Ser39磷酸化對活性位點抑制的獨特影響。HDAC8主要在胰腺蘭格漢斯(Langerhans)島中的S細胞、小腸上皮細胞和神經(jīng)內(nèi)分泌細胞中表達。值得注意的是，S細胞表達并分泌促生長素抑制素，其為抑制胰島素和生長激素分泌的肽類激素。不受限于理論，據(jù)信HDAC8活性可促使S細胞表達促生長素抑制素。因此，預期抑制HDAC8活性可降低促生長素抑制素自S細胞的表達和分泌，并因此提高全身胰島素和生長激素水平。在腫瘤細胞系中大量表達HDAC8。實例包括以下細胞系朱卡特、HuT78、K562、PC3和OVCR-3。已證實，抑制HDAC8活性可通過誘導細胞凋亡來降低T細胞衍生腫瘤細胞(例如朱卡特細胞)的增殖。HDAC8抑制不影響非癌細胞或除T細胞^:生細胞系以外的腫瘤細胞系的增殖。因此，選擇性HDAC8抑制劑可用于減緩或阻止T細胞衍生癌癥的進展，同時對非癌細胞表現(xiàn)較低毒性或無毒性。在某些實施例中使用選擇性HDAC8抑制劑化合物和其組合物來治療患有T細胞淋巴瘤的個體，例如外周T細胞淋巴瘤、淋巴母細胞淋巴瘤、皮膚T細胞淋巴瘤或成人T細胞淋巴瘤。在某些實施例中，HDAC8抑制劑選自由以下組成的群組吲哚-6-甲酸羥基酰胺化合物和吲哚-5-甲酸羥基酰胺化合物、吲哚衍生物、其醫(yī)藥上可接受的鹽、其醫(yī)藥上可接受的N-氧化物、其醫(yī)藥活性代謝產(chǎn)物、其醫(yī)藥上可接受的前藥、和其醫(yī)藥上可接受的溶劑合物。在某些實施例中，HDAC8抑制劑選自由以下組成的群組PCI-34051、PCI-46646、PCI-34260、PCI-34263、R306465(J&J)、和其衍生物。在某些實施例中，HDAC8抑制劑是選自以下參考文獻中所揭示化合物或化學式的化合物美國專利申請案第60/911,857號；第60/944,409號；第60/954,777號；第11/779,743號；第60/865,825號;第11/940,232號;第11/687,565號;或PCT專利申請案第PCT/US2007/073802號；第PCT/US2007/084718號；第PCT/UC2007/06714號；這些參考文獻的揭示內(nèi)容是全文并入本文中。在某些實施例中，HDAC8抑制劑是具有式(A)結(jié)構(gòu)的異羥肟酸<formula>formulaseeoriginaldocumentpage18</formula>其中Q是任選地經(jīng)取代的Cw2芳基或任選地經(jīng)取代的(:5.12雜芳基；L是具有至少4個原子的連接體；Ri是H或垸基；以及其醫(yī)藥上可接受的鹽、醫(yī)藥上可接受的N-氧化物、醫(yī)藥活性代謝產(chǎn)物、醫(yī)藥上可接受的前藥、醫(yī)藥上可接受的溶劑合物。鈣流動作為HDAC抑制劑的快速藥效生物標記實驗已證實，鈣流動與細胞發(fā)生細胞凋亡的能力相關(guān)。在細胞凋亡前經(jīng)常發(fā)生正向鈣流動，而缺少鈣流動或負向鈣流動通常表示細胞不會發(fā)生細胞凋亡。因此，在某些實施例中，測量鈣流動水平以確定患者是否會對凋亡劑治療有反應。在某些實施例中，測量鈣流動水平以確定是否可將患者引入凋亡劑臨床試驗中。在某些實施例中，鈣流動與至少10%或更高的細胞凋亡程度％相關(guān)。在某些實施例中，鈣流動與至少15%或更高的細胞凋亡程度％相關(guān)。在某些實施例中，鈣流動與至少20%或更高的細胞凋亡程度％相關(guān)。在某些實施例中，鈣流動與至少25%或更高的細胞凋亡程度％相關(guān)。在某些實施例中，鈣流動與至少30%或更高的細胞凋亡程度%相關(guān)。圖2展示在朱卡特細胞中鈣流動與細胞凋亡之間的聯(lián)系。用泛HDAC抑制劑PCI-24781(0.2岸)處理朱卡特細胞。在添加PCI-24781后觀察到細胞內(nèi)鈣出現(xiàn)可測量的提高。此外，在用PCI-24781處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V來測量細胞凋亡百分比。細胞凋亡總量為80%。同樣用HDAC8抑制劑PCI-34051(10^M)處理朱卡特細胞。在添加此HDAC8抑制劑后觀察到細胞內(nèi)鈣出現(xiàn)可測量的提高。在用PCI-34051再處理2天后，通過膜聯(lián)蛋白-V來測定細胞凋亡程度。細胞凋亡百分比為60%。同樣用lnMMS-275、lmM丁酸Na、和2SAHA來實施實驗。在所有情況下，發(fā)生正向鈣流動反應后都會有高百分比的細胞發(fā)生細胞凋亡。圖3展示鈣流動對酶PLCy的依賴性。用泛HDAC抑制劑PCI-24781和HDAC8抑制劑PCI-34051來處理缺少PLCY的腫瘤細胞系(人類肝癌(HH)細胞T細胞淋巴瘤)。這兩種HDAC抑制劑都不誘導鈣流動。也展示在用PCI-24781和PCI-34051處理2天后通過膜聯(lián)蛋白-V測量的細胞凋亡百分比。(A)對照；(B)10pMHDAC8抑制劑PCI-34051;(C)0.2)oM泛HDAC抑制劑PCI-24781。人們在理論上推測，泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑可激活PLCY，由此引發(fā)導致細胞凋亡的鈣介導下游途徑。這些實驗也證實鈣流動與細胞凋亡有關(guān)PLCy突變細胞(HH細胞)不發(fā)生細胞凋亡。圖5和6進一步展示鈣流動對PLCy的依賴性。用PLCy抑制劑(抑制劑u-73122:l-[6-((17b-3-甲氧基雌-l,3，5(10)-三烯-17-基)胺基)己基]-lH-吡咯-2，5-二酮；抑制劑U-73343:l-[6-((17b-3-甲氧基雌-l，3,5(10)-三烯-17-基)胺基)己基]-2,5-吡咯垸二酮)單獨處理或與HDAC8抑制劑PCI-34051組合處理含有酶PLCy的腫瘤細胞系(朱卡特細胞)。僅用PLCY抑制劑處理的含有酶PLCY的腫瘤細胞系(朱卡特細胞)不發(fā)生鈣流動。(圖5:(E)和(F))。然而，同時用HDAC8抑制劑和PLCY抑制劑二者處理的相同朱卡特細胞發(fā)生鈣流動或發(fā)生延遲鈣流動。(圖5:(B)、(C)和(D))。這些實驗也證實鈣流動與細胞凋亡有關(guān)用PLC丫抑制劑(U-73343和U-73122)阻斷鈣流動可阻斷細胞凋亡(圖6)。圖12表明，可使用鈣流動來預測針對泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑的敏感性。圖12(A)顯示在拉莫斯細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。(B)顯示在J.y細胞中PCI-24781或PCI-34051都不誘導鈣流動。(C)顯示在HCT-116結(jié)腸細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。(D)顯示在PC3前列腺細胞中PCI-24781或PCI-34051都不誘導鈣流動。在用PCI-24781或PCI-34051處理后發(fā)生細胞凋亡的腫瘤細胞系經(jīng)歷鈣流動。在用PCI-24781或PCI-34051處理后不發(fā)生細胞凋亡的腫瘤細胞系不經(jīng)歷鈣流動。圖13和14展示為將對泛HDAC抑制劑PCI-24781和HDAC8抑制劑PCI-34051的敏感性與發(fā)生鈣流動的能力相關(guān)聯(lián)而實施的分析。測試兩種腫瘤細胞系(A549肺腫瘤、THP-1單核細胞性白血病)。圖13顯示在A549細胞中PCI-2478L誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導鈣流動。A549因應PCI-24781而發(fā)生細胞凋亡。此細胞凋亡是通過鈣流動來預測。在這些細胞中T細胞特異性HDAC8選擇性抑制劑PCI-34051既不誘導細胞凋亡也不誘導鈣流動。圖14顯示在THP-1細胞中PCI-24781誘導鈣流動，但PCI-34051不誘導轉(zhuǎn)流動。THP-1是單核細胞性白血病細胞系，其中PCI-24781誘導細胞凋亡和鈣流動，并且PCI-34051不誘導。圖15和16展示為將對泛HDAC抑制劑PCI-24781和PCI-24781的兩種主要代謝產(chǎn)物(PCI-27789:羧酸代謝產(chǎn)物和PCI-27787:酰胺代謝產(chǎn)物)與發(fā)生鈣流動的能力相關(guān)聯(lián)而實施的分析。測試朱卡特細胞。圖15顯示在朱卡特細胞中PCI-24781快速誘導鈣動員。在朱卡特細胞中PCI-24781的兩種代謝產(chǎn)物(羧酸代謝產(chǎn)物PCI-27789和酰胺代謝產(chǎn)物PCI-27787)不具有組蛋白脫乙?；?HDAC)活性并且不能引發(fā)鈣流動誘導。分子急397,42OH分子量382.41圖16顯示在朱卡特細胞中PCI-24781誘導細胞凋亡，而PCI-27789和PCI-27787無細胞凋亡誘導效應。兩種代謝產(chǎn)物的化學結(jié)構(gòu)與PCI-24781類似。其與PCI-24781的區(qū)別僅在于分子的"活性"部分PCI-27789用羧酸基團來代替PCI-24781的異羥肟酸基團；PCI-27787用酰胺基團來代替PCI-24781的異羥肟酸基團。在某些實施例中，鈣流動可用作臨床生物標記來幫助確定腫瘤是否對凋亡劑敏感。因此，在某些實施例中，使用鈣流動來選擇和預測可能對泛HDAC抑制劑或HDAC8抑制劑有反應的患者。圖17展示在患有皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)的患者(患者SF-03)的原發(fā)性腫瘤活檢中測量的正向鈣流動。用膠原酶處理得自5mm打孔活檢的細胞，并且在添加有泛HDAC抑制劑PCI-24781或HDAC8抑制劑PCI-34051的生長培養(yǎng)基中進行培養(yǎng)。兩種化合物在其與細胞接觸后5秒內(nèi)都導致在統(tǒng)計學上顯著的快速鈣流動。兩種化合物在處理40小時后也都導致腫瘤細胞的細胞凋亡提高。圖18展示在第二CTCL患者(患者SF-06)的原發(fā)性腫瘤活檢中測量的負向鈣流動。用膠原酶處理得自5mm打孔活檢的細胞，并且在添加有泛HDAC抑制劑PCI-24781或HDAC8抑制劑PCI-34051的生長培養(yǎng)基中進行培養(yǎng)。HDAC抑制劑既不刺激鈣流動也不導致腫瘤細胞發(fā)生細胞凋亡。鈣流動分析束々嚴犮絲#蘑游欲蘑達攻激自預定個體獲得腫瘤活檢樣品。在切除后立即將活檢樣品置入50ml法肯(Falcon)管內(nèi)的RPMI1640中并在冰上儲存。盡可能快地將其運送至處理位點。保存納入腫瘤樣品的上清液。將腫瘤切碎成<0.3-0.5mm厚的碎片，并在37'C下于振蕩器上用含有1mg/ml膠原酶D(羅氏制藥(Roche))的10mlRPMI1640消化30min。通過添加10mMEDTA來終止消化，并將其置于冰上。用冰冷PBS/10mMEDTA3X將所消化組織洗滌3X，然后將其與剩余上清液合并。使經(jīng)消化組織和上清液經(jīng)過孔尼龍網(wǎng)篩(BD生物科技公司(BDBiosciences))并在4'C下離心(300g)20min。傾倒出液體，留下所提取的細胞。使所提取細胞于RPMI完整培養(yǎng)基中再懸浮至1x1()S細胞/mL的濃度。在藥物處理和分析中，于37'C培養(yǎng)箱內(nèi)在RPMI+10Q/。FBS中將細胞培養(yǎng)約2天。^^^,游薪蘑潘應連攻激自預定個體獲得血樣。用紅細胞溶解緩沖液溶解RBC。根據(jù)制造商說明書來施用涂布有上皮特異性抗體的免疫原性珠粒。然后將珠粒洗滌若干次以移除任何非上皮細胞。使所提取上皮細胞于RPMI完整培養(yǎng)基中再懸浮至1x106細胞/mL的濃度。在藥物處理和分析中，于37'C培養(yǎng)箱內(nèi)在RPMI+10%FBS中將細胞培養(yǎng)約2天。為獲得在添加凋亡劑之前的鈣流動水平，將一等份經(jīng)培養(yǎng)細胞(1X1()S細胞/mL)在37。C和無光環(huán)境下于含有10%胎牛血清和5M吲哚-1AM(英杰公司(Invitrogen))的漢克斯平衡鹽溶液(Hanks'BalancedSaltSolution)(HBSS;英杰公司)中培養(yǎng)1h。然后收獲細胞，離心(以200Xg離心5min)并用HBSS洗滌三次以移除細胞外吲哚-1，并在HBSS中將其再調(diào)節(jié)至1X1(^細胞/mL。在37。C下用熒光板讀數(shù)器(福魯森特FL(FluoroskanAscentFL);賽默科技公司(ThermoScientific))來監(jiān)測熒光。在5min的溫度平衡期后，在338nm下激發(fā)樣品并經(jīng)5min時間段以動態(tài)模式和6秒的間隔在405和485nm下收集發(fā)射。通過在測量結(jié)束時添加10|oM離子霉素(ionomycin)來測定最大比值。將凋亡劑添加至第二等份經(jīng)培養(yǎng)細胞(1X10S細胞/mL)中。在37'C和無光環(huán)境下于含有10%胎牛血清和5nM吲哚-lAM(英杰公司)的漢克斯平衡鹽溶液(HBSS;英杰公司)中將細胞培養(yǎng)1h。然后收獲細胞，離心(以200Xg離心5min)并用HBSS洗滌三次以移除細胞外吲哚-1AM，并在HBSS中將其再調(diào)節(jié)至lXl()S細胞/mL。然后將細胞與凋亡劑一起培養(yǎng)5分鐘。在每個實驗的全程中于37X:下用熒光板讀數(shù)器(福魯森特FL;賽默科技公司)來監(jiān)測熒光。在5min的溫度平衡期后，在338nm下激發(fā)樣品并經(jīng)5min時間段以動態(tài)模式和6秒的間隔在405和485nm下收集發(fā)射。通過在測量結(jié)束時添加10肖離子霉素來測定最大比值。將細胞內(nèi)[(^2+]變化或鈣流動顯示為與游離鈣結(jié)合的吲哚-1比率的變化(405nm/485nm)。實例應將以下實例視為僅具有闡釋性，并且無論如何不以任何方式限制其余揭示內(nèi)容。自腫瘤組織提取T細胞并測量鈣流動的方案實例h細胞內(nèi)鈣測量為獲得在添加凋亡劑之前的鈣流動水平，將一等份經(jīng)培養(yǎng)細胞(1X1()S細胞/mL)在37。C和無光環(huán)境下于含有10%胎牛血清和5M吲哚-1AM(英杰公司)的漢克斯平衡鹽溶液(HBSS;英杰公司)中培養(yǎng)lh。然后收獲細胞，離心(以200Xg離心5min)并用HBSS洗滌三次以移除細胞外吲哚-1，并在HBSS中將其再調(diào)節(jié)至1X106細胞/mL。在37'C下用熒光板讀數(shù)器(福魯森特FL;賽默科技公司)來監(jiān)測熒光。在5min的溫度平衡期后，在338nm下激發(fā)樣品并經(jīng)5min時間段以動態(tài)模式和6秒的間隔在405和485nm下收集發(fā)射。通過在測量結(jié)束時添加10一離子霉素來測定最大比值。將凋亡劑添加至第二等份經(jīng)培養(yǎng)細胞(1X10S細胞/mL)中。在37'C和無光環(huán)境下于含有10%胎牛血清和5|iMH引哚-lAM(英杰公司)的漢克斯平衡鹽溶液(HBSS;英杰公司)中將細胞培養(yǎng)1h。然后收獲細胞，離心(以200Xg離心5min)并用HBSS洗滌三次以移除細胞外吲哚-1AM，并在HBSS中將其再調(diào)節(jié)至1X1()S細胞/mL。然后將細胞與凋亡劑一起培養(yǎng)5分鐘。在每個實驗的全程中于37'C下用熒光板讀數(shù)器(福魯森特FL;賽默科技公司)來監(jiān)測熒光。在5min的溫度平衡期后，在338nm下激發(fā)樣品并經(jīng)5min時間段以動態(tài)模式和6秒的間隔在405和485nm下收集發(fā)射。通過在測量結(jié)束時添加10pM離子霉素來測定最大比值。將細胞內(nèi)[(^2+]變化或鈣流動顯示為與游離鈣結(jié)合的吲哚-1比率的變化(405nm/485nm)。實例2:細胞凋亡測量在單獨用HDAC抑制劑處理和用HDAC抑制劑與qVD、BAPTA-AM、毒胡蘿卜內(nèi)酯和/或磷脂酶C抑制劑組合處理2或3天后使用膜聯(lián)蛋白-V染色來評估細胞毒性。根據(jù)制造商方案以FACSCalibur儀器(貝迪醫(yī)療公司(Becton-Dickinson))使用得自生物視覺公司(BioVision)的試劑來分析膜聯(lián)蛋白-V結(jié)合。參見圖2、3、4、6、7、12和16。實例3:得自原發(fā)性腫瘤的細胞提取物在切除后立即將腫瘤活檢樣品置入50ml法肯管內(nèi)的RPMI1640中并將其儲存在冰上。盡可能快地將其運送至處理位點。保存納入腫瘤樣品的上清液。將腫瘤切碎成0.3-0.5mm厚的碎片，并在37。C下于振蕩器上用含有1mg/ml膠原酶D(羅氏制藥)的10mlRPM1640消化30min。通過添加10mMEDTA來終止消化，并將其置于冰上。用冰冷PBS/10mMEDTA3X將所消化組織洗滌3X，然后將其與剩余上清液合并。使經(jīng)消化組織和上清液經(jīng)過70-nM孔尼龍網(wǎng)篩(BD生物科技公司)并在4'C下離心(300g)20min。使所提取細胞于RPMI完整培養(yǎng)基中再懸浮至1x106細胞/mL的濃度。在藥物處理和分析中，于37'C培養(yǎng)箱內(nèi)在RPMI+10%FBS中將細胞培養(yǎng)約2天。實例4.HDAC抑制劑化合物誘導細胞凋亡需要磷脂酶C-y1(PLC-Yl)信號轉(zhuǎn)導為進一步表征PCI-34051的凋亡前體活性，測試其對缺少T細胞受體(TCR)信號轉(zhuǎn)導途徑中不同步驟的朱卡特細胞的效應。如圖4和表1中所示，在PLC-y1缺陷型朱卡特細胞(J.Yl)中PCI-34051(5MM)以及泛HDAC抑制劑化合物誘導細胞凋亡的程度遠低于在野生型、TCR缺陷型(J,RT3-T.5)或ZAP-70缺陷型(P116)朱卡特細胞中的程度。表l.在WT和信號轉(zhuǎn)導突變朱卡特細胞中的細胞凋亡<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>此結(jié)果表明，在T細胞系中用PCI-34051誘導細胞凋亡需要PLC-y1信號轉(zhuǎn)導。實際上，如圖5-6中所示，PLC抑制齊!j(u-73122)以劑量依賴性方式抑制PCI-34051誘導的細胞凋亡。相反，PLC抑制劑的無活性類似物(u-73343)不能阻斷PCI-34051誘導的細胞凋亡。與PLC在PCI-34051誘導細胞凋亡中的作用一致，吾人發(fā)現(xiàn)Ca^-效應物毒胡蘿卜內(nèi)酯(0.2^M)可增強細胞凋亡，如圖7中所示。相反，Ca^-螯合劑BAPTA-AM(0.5^M)可降低由PCI-34051誘導的細胞凋亡，如圖8中所示。在朱卡特細胞中鈣螯合劑BAPTA阻斷PCI-34051誘導的鈣流動。最后，檢測細胞色素C因應PCI-34051或泛HDAC抑制劑化合物自線粒體易位至胞質(zhì)溶膠，此為細胞凋亡的標志。如圖9中所示，在野生型朱卡特細胞中用PCI-34051或泛HDAC化合物處理12或24小時可誘導細胞色素氧化酶自線粒體易位至胞質(zhì)溶膠。相反，在PLC缺陷型J.細胞中，相同處理不能改變細胞色素C的定位。FasL(凋亡前體蛋白)可在wt和J.y1朱卡特細胞二者中有效誘導細胞色素c的易位。根據(jù)這些結(jié)果可得出結(jié)論，HDAC8選擇性抑制劑化合物PCI-34051在T細胞衍生淋巴瘤細胞中通過依賴PLC信號轉(zhuǎn)導途徑的方式來誘導細胞凋亡。這說明激活PLC信號轉(zhuǎn)導途徑是治療T細胞增殖性病癥的有用治療手段。因此，可單獨使用HDAC抑制劑化合物(例如HDAC8選擇性抑制劑化合物)或使用其與可激活PLC依賴性信號轉(zhuǎn)導的藥劑(例如受體激動劑、受體激活性抗體、毒胡蘿卜內(nèi)酯等)的組合來治療T細胞增殖性病癥。相反，描繪出PLC信號轉(zhuǎn)導的特征(例如PLCmRNA或蛋白質(zhì)含量、PLC酶活性、或細胞內(nèi)鈣含量的PLC依賴性變化)可用于確定可能對HDAC8選擇性抑制劑有反應的細胞。實例5.HDAC抑制劑誘導PLC-Y依賴性細胞內(nèi)鈣動員使用比率熒光鈣成像法來評估HDAC-8選擇性抑制劑化合物PCI-34051和PCI-24781(泛HDAC抑制劑化合物)在T細胞和B細胞衍生細胞系中對細胞內(nèi)鈣動23員的效應。如圖2中所示，將10pMPCI-34051或0.2PCI-24781添加至經(jīng)培養(yǎng)朱卡特細胞(T細胞衍生細胞系)中可導致細胞內(nèi)鈣的快速(約1分鐘內(nèi))持續(xù)上升，此與使用Ca"-效應物毒胡蘿卜內(nèi)酯(0.2一)所觀察到的情況極為類似。如圖5-6中所示，PLC抑制劑(U-73122)可強烈抑制PCI-34051刺激的細胞內(nèi)Ca^含量提高，但PLC抑制劑的無活性類似物(U-73343)不能抑制，此與這些化合物對細胞凋亡的效應一致(實例5)。此外，在PLC-y1缺陷型HH細胞中可完全消除任一種化合物對細胞內(nèi)Ca^的效應(圖3)。PCI-34051和PCI-24781在朱卡特細胞中的鈣動員具有劑量依賴性，分別如圖10和11中所示。令人感興趣的是，在B細胞衍生的拉莫斯細胞中，HDAC8選擇性化合物PCI-34051不改變靜息鈣含量(圖12(A))。此結(jié)果與此化合物不能在此細胞系中誘導細胞凋亡一致。相反，泛HDAC抑制劑化合物PCI-24781在此細胞系中誘導細胞內(nèi)鈣含量穩(wěn)定上升(圖12(A))。重要的是，拉莫斯細胞不表達PLC-丫1。類似地，如通過誘導細胞凋亡來測量，諸如結(jié)腸腫瘤細胞系HCT-116(其如B細胞一樣也含有活性PLC-y2)等對PCI-24781敏感的實體腫瘤細胞系也表現(xiàn)鈣流動(圖12(C))，但PCI-34051不誘導細胞凋亡或鈣流動。最后，諸如PC3等顯示不受任一化合物誘導細胞凋亡的其它實體腫瘤細胞系同樣不顯示鈣流動(圖12(D))。測試兩種腫瘤細胞系(A549肺腫瘤、THP-1單核細胞性白血病)以將其對泛HDAC抑制劑PCI-24781和HDAC8抑制劑PCI-34051的敏感性與發(fā)生鈣流動的能力相關(guān)聯(lián)。(圖13和14)。肺腫瘤細胞系A549是上皮實體腫瘤細胞系的代表，其通過可用鈣流動預測的誘導細胞凋亡對泛HDAC抑制劑發(fā)生反應，而T細胞特異性HDAC8選擇性抑制劑PCI-34051在這些細胞中既不誘導細胞凋亡也不誘導鈣流動。類似地，THP-1是單核細胞性白血病細胞系，其中泛HDAC抑制劑PCI-24781可誘導細胞凋亡和鈣流動，而HDAC8選擇性抑制劑PCI-34051不能誘導?；谶@些數(shù)據(jù)可以得出結(jié)論，PCI-34051可能通過PLC-"依賴性途徑來作用而選擇性地對T細胞衍生細胞發(fā)揮其效應(鈣動員和細胞凋亡)，同時PCI-24781可在含有PLC-yl或PLC-丫2的腫瘤細胞中誘導細胞凋亡。在這些HDAC抑制劑中任一種(或任何其它HDAC抑制劑)的情況下，早期鈣流動是所述化合物誘導的細胞凋亡的可靠預測因子。實例6.HDAC抑制劑的代謝產(chǎn)物不誘導PLC-y依賴性細胞內(nèi)鈣動員測試朱卡特細胞以將其對泛HDAC抑制劑PCI-24781和PCI-24781的兩種主要代謝產(chǎn)物(PCI-27789:羧酸代謝產(chǎn)物和PCI-27787:酰胺代謝產(chǎn)物)的敏感性與發(fā)生鈣流動的能力相關(guān)聯(lián)。(圖15)代謝產(chǎn)物PCI-27789和PCI-27787不具有組蛋白脫乙酰基酶活性。PCI-27789和PCI-27787在朱卡特細胞中不引發(fā)鈣流動誘導。如上文實例1中所述來測量鈣流動。<formula>formulaseeoriginaldocumentpage25</formula>兩種代謝產(chǎn)物具有與PCI-24781幾乎完全相同的化學結(jié)構(gòu)并且與PCI-24781的區(qū)別僅在于分子的"活性"部分PCI-27789用羧酸基團來代替PCI-24781中的異羥肟酸基團；PCI-27787用酰胺基團來代替PCI-24781中的異羥肟酸基團。細胞可很快區(qū)分出這些結(jié)構(gòu)差異(以鈣流動方式)以及是否會發(fā)生細胞凋亡的信號。圖16顯示PCI-24781誘導細胞凋亡，而PCI-24781的無活性代謝產(chǎn)物PCI-27789和PCI-27787在朱卡特細胞中不具有細胞凋亡誘導效應。用PCI-24781、PCI-27789或PCI-27787(0.2uM)處理朱卡特細胞并且在2天后通過膜聯(lián)蛋白-V染色測量細胞凋亡(如上文實例2中所述)。因此，這些圖對于進一步確立鈣流動與細胞凋亡之間的聯(lián)系很重要。實例7.在CTCL患者活檢中的正向和負向鈣流動圖17展示在來自患有皮膚T細胞淋巴瘤(CTCL)的患者(患者SF-03)的原發(fā)性腫瘤活檢樣品中測量的正向鈣流動。用膠原酶處理5mm打孔活檢樣品，并且在添加有泛HDAC抑制劑PCI-24781或HDAC8抑制劑PCI-34051的生長培養(yǎng)基中進行培養(yǎng)。(根據(jù)實例3來實施活檢，即自原發(fā)性腫瘤提取細胞)。兩種化合物都在添加藥物后5秒內(nèi)導致快速并且顯著的鈣流動。兩種化合物也都在處理40小時后導致腫瘤細胞的細胞凋亡增強。相反，圖18展示在來自另一CTCL患者(患者SF-06)的原發(fā)性腫瘤活檢樣品中測量的負向鈣流動。在此情況下，兩種HDAC抑制劑都不剌激鈣流動，并且兩種HDAC抑制劑都不導致腫瘤細胞的細胞凋亡。因此，證實鈣流動是在臨床試驗中選擇和劃分對治療有反應的患者的快速生物標記方法。盡管已在本文中展示并闡述了本發(fā)明的優(yōu)選實施例，但所屬領(lǐng)域技術(shù)人員應了解所述實施例僅作為實例來提供。熟習此項技術(shù)者現(xiàn)可構(gòu)想出許多變更、改變和替代而并不背離本發(fā)明。應了解，在實踐本發(fā)明時可采用本文所述本發(fā)明實施例的各種替代形式。以下權(quán)利要求書意欲界定本發(fā)明的范圍，并且由此意欲涵蓋這些技術(shù)方案范圍內(nèi)的方法和結(jié)構(gòu)以及其等效內(nèi)容。權(quán)利要求1、一種選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟(a)使來自個體的生物樣品接觸凋亡劑；(b)測量所述生物樣品中的鈣流動水平，和(c)若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則指示應選擇所述患者用所述凋亡劑進行治療；或若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。2、如權(quán)利要求1所述的方法，其中用鈣檢測試劑來測量所述鈣流動水平。3、如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述鈣檢測試劑是熒光團。4、如權(quán)利要求4所述的方法，其中所述熒光團選自由以下組成的群組美拉-2(Fura-2)、卩引哚-1(Indo-l)、氟-3(Fluo-3)、铦黃綠素、羅丹-2(Rhod-2)、羅丹-4、和其衍生物。5、如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述凋亡劑選自由以下組成的群組泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。6、如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤(Burkitt'slymphoma)、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏(Hodgkin's)淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。7、如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述生物樣品包含腫瘤細胞。8、如權(quán)利要求7所述的方法，其中所述生物樣品是血液樣品。9、如權(quán)利要求7所述的方法，其中所述生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。10、一種選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟(a)使來自個體的生物樣品接觸泛HDAC抑制劑；(b)測量所述生物樣品中的鈣流動水平；和(c)若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則指示應選擇所述患者用所述凋亡劑進行治療；或若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。11、如權(quán)利要求10所述的方法，其中用鈣檢測試劑來測量所述鈣流動水平。12、如權(quán)利要求ll所述的方法，其中所述鈣檢測試劑是熒光團。13、如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。14、如權(quán)利要求10所述的方法，其中所述病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。15、如權(quán)利要求10所述的方法，其中所述生物樣品包含腫瘤細胞。16、如權(quán)利要求15所述的方法，其中所述生物樣品包含得自血樣的循環(huán)腫瘤細胞。17、如權(quán)利要求15所述的方法，其中所述生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。18、一種選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的方法，其包含以下步驟(a)使來自個體的生物樣品接觸HDAC8抑制劑；(b)測量所述生物樣品中的鈣流動水平；和(c)若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則指示應選擇所述患者用所述凋亡劑進行治療；或若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。19、如權(quán)利要求18所述的方法，其中用鈣檢測試劑來測量所述鈣流動水平。20、如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述鈣檢測試劑是熒光團。21、如權(quán)利要求20所述的方法，其中所述熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。22、如權(quán)利要求18所述的方法，其中所述病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。23、如權(quán)利要求18所述的方法，其中所述生物樣品包含腫瘤細胞。24、如權(quán)利要求23所述的方法，其中所述生物樣品包含得自血樣的循環(huán)腫瘤細胞。25、如權(quán)利要求23所述的方法，其中所述生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。26、一種選擇患者參與臨床試驗來評估凋亡劑治療病況的效能的方法，其包含以下步驟(a)使來自個體的生物樣品接觸所述凋亡劑；(b)測量所述生物樣品中的鈣流動水平；和(c)若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中觀察到的鈣流動水平，則指示應選擇所述患者用所述凋亡劑進行治療；或若在接觸所述凋亡劑后的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平未超過在對照或接觸所述凋亡劑前的所述生物樣品中所觀察到的鈣流動水平，則選擇替代性治療。27、如權(quán)利要求26所述的方法，其中所述凋亡劑選自由以下組成的群組:泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。28、如權(quán)利要求26所述的方法，其中用鈣檢測試劑來測量所述鈣流動水平。29、如權(quán)利要求28所述的方法，其中所述鈣檢測試劑是熒光團。30、如權(quán)利要求29所述的方法，其中所述熒光團選自由以下組成的群組美拉-2、吲哚-1、氟-3、鈣黃綠素、羅丹-2、羅丹-4、和其衍生物。31、如權(quán)利要求26所述的方法，其中所述病況選自由以下組成的群組乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)直腸癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肝癌、卵巢癌、前列腺癌、宮頸癌、膀胱癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)腫瘤、胰腺癌、胚細胞瘤、肥大細胞瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肥大細胞增多癥、睪丸癌、膠質(zhì)母細胞瘤、星形細胞瘤、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、急性粒細胞白血病(AML)、急性淋巴細胞白血病(ALL)、骨髓增生異常綜合癥、慢性髓性白血病、伯基特淋巴瘤、慢性髓性白血病、頭頸淋巴瘤、何杰金氏淋巴瘤、CLL淋巴瘤、B細胞淋巴瘤、和套細胞淋巴瘤與濾泡細胞淋巴瘤。32、如權(quán)利要求18所述的方法，其中所述生物樣品包含腫瘤細胞。33、如權(quán)利要求32所述的方法，其中所述生物樣品包含得自血樣的循環(huán)腫瘤細胞。34、如權(quán)利要求32所述的方法，其中所述生物樣品包含至少約100個腫瘤細胞。35、一種選擇患有對用凋亡劑治療有反應的病況的患者的系統(tǒng)，其包含(a)凋亡劑；(b)測量生物樣品中鈣流動水平的構(gòu)件；其中所述生物樣品、凋亡劑與測量鈣流動水平的構(gòu)件都流體連通。36、如權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述凋亡劑選自由以下組成的群組:泛HDAC抑制劑和HDAC8抑制劑。37、如權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述生物樣品包含腫瘤細胞。38、如權(quán)利要求35所述的系統(tǒng)，其中所述測量鈣流動水平的構(gòu)件包含鈣檢測i式劑。全文摘要本文闡述使用鈣流動作為生物標記來選擇和預測可能對凋亡劑療法有反應的患者的方法。本文另外闡述使用鈣流動作為臨床生物標記來確定腫瘤對HDAC抑制劑是否敏感的方法。文檔編號A61K38/18GK101678081SQ200880017001公開日2010年3月24日申請日期2008年4月11日優(yōu)先權(quán)日2007年4月13日發(fā)明者斯里拉姆·巴拉蘇布拉馬尼亞安,明特·西里沙瓦,杰森·拉莫斯,約瑟夫·J·布賈申請人:環(huán)狀藥物公司