治療和診斷膀胱癌的方法和組合物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供用于檢測(cè)和治療膀胱癌的方法、組合物和試劑盒。
【專利說(shuō)明】治療和診斷膀胱癌的方法和組合物
[0001]本申請(qǐng)要求2011年11月15日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/559，806的優(yōu)先權(quán)，其整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用并入本文。
發(fā)明領(lǐng)域
[0002]發(fā)明領(lǐng)域涉及癌癥和癌癥的診斷和治療。
[0003]背景
[0004]癌癥的早期檢測(cè)可影響治療結(jié)果和疾病進(jìn)展。典型地，癌癥檢測(cè)依賴從活檢、X射線、CAT掃描、NMR等獲得的診斷信息。這些程序可為侵入性的、費(fèi)時(shí)的和昂貴的。此外，其具有關(guān)于靈敏度和特異性的限制。在癌癥診斷領(lǐng)域存在對(duì)于診斷癌癥的高度特異性、高靈敏度的、快速、廉價(jià)和相對(duì)非侵入性方法的需要。以下描述的本發(fā)明的各種實(shí)施方案滿足此需要以及存在于診斷和治療癌癥領(lǐng)域中的其它需要。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本公開(kāi)的實(shí)施方案提供診斷、預(yù)后和治療癌癥例如膀胱癌的方法。其它實(shí)施方案提供關(guān)于診斷、預(yù)后和治療癌癥如膀胱癌的組合物。
[0006]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，其包括a)從受試者獲得樣品山)使從受試者獲得的樣品與檢測(cè)由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的一種或多種試劑接觸c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的一種或多種試劑接觸；和(1)將從受試者獲得的樣品中的標(biāo)志物的表達(dá)水平與非癌細(xì)胞中的表達(dá)水平比較，其中與非癌細(xì)胞相比，樣品中的標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示受試者患有膀胱癌。合適標(biāo)志物包括由SEQ ID NO:1-41編碼的基因。
[0007]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，其包括a)從受試者獲得樣品b)使從受試者獲得的樣品與檢測(cè)由選自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的一種或多種試劑接觸；和d)將非癌細(xì)胞中的由選自L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與非癌細(xì)胞相比，從受試者獲得的樣品中的由選自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GST Ml、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示受試者患有膀胱癌。
[0008]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，包括a)從受試者獲得樣品b)使從受試者獲得的樣品與檢測(cè)由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTMU A頂2、NMU、MAGEAlO, DSCR8、GTSFU KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自
b)的一種或多種試劑接觸；和d)將從受試者獲得的樣品中的由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶LlOAl、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)水平與非癌細(xì)胞中的由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16,SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLlO,S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與非癌細(xì)胞相比 ，樣品中的由基因L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16, UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示受試者患有膀胱癌。
[0009]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，其包括a)從受試者獲得樣品b)使從受試者獲得的樣品與檢測(cè)由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLO IOA K SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的一種或多種試劑接觸；和d)將從受試者獲得的樣品中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlUS100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、FCRLB, SERPINB5、DSCR6UGTIA6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAUSERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)水平與非癌細(xì)胞中的由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAK SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與非癌細(xì)胞相比，樣品中的由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示受試者患有膀胱癌。
[0010]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)樣品中的膀胱癌細(xì)胞的方法，包括a)獲得樣品 b)使 a)中獲得的樣品與檢測(cè)由選自 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的一種或多種試劑接觸；和d)將a)中獲得的樣品中的由選自L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH, C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物表達(dá)水平與非癌細(xì)胞中的由選自 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AIM2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與非癌細(xì)胞相比，樣品中的由選自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示樣品含有膀胱癌細(xì)胞。樣品可為體外樣品或體內(nèi)樣品，或從體內(nèi)樣品獲得。
[0011]關(guān)于之前段落描述的實(shí)施方案，樣品可為如以下描述的任何樣品，例如，體液如血液、血清或尿液。樣品可為細(xì)胞樣品或細(xì)胞樣品的提取物。樣品可為組織樣品。核酸和/或蛋白質(zhì)可從樣品分離。核酸如RNA可轉(zhuǎn)錄至cDNA中。試劑可為一個(gè)或多個(gè)分子，其特異性結(jié)合至癌細(xì)胞表達(dá)的一 個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)或細(xì)胞表達(dá)的一個(gè)或多個(gè)核酸。舉例來(lái)說(shuō)，試劑可為蛋白質(zhì)如抗體，其特異性結(jié)合至由以下識(shí)別的標(biāo)記基因之一所表達(dá)的蛋白質(zhì)。試劑可為一個(gè)或多個(gè)核酸，其雜交至由癌細(xì)胞表達(dá)的核酸。由癌細(xì)胞表達(dá)的核酸可為RNA分子，例如mRNA分子。雜交至由癌細(xì)胞表達(dá)的核酸的核酸分子可為DNA分子，如DNA探針。
[0012]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供適用于區(qū)分膀胱癌細(xì)胞與非癌細(xì)胞的主題組合物，其包括的一個(gè)或多個(gè)分子特異性結(jié)合至與非癌細(xì)胞相比，由膀胱癌細(xì)胞以較高水平來(lái)表達(dá)的分子。舉例來(lái)說(shuō)，組合物可包括蛋白質(zhì)，其結(jié)合至與非癌細(xì)胞相比，由膀胱癌細(xì)胞以較高水平表達(dá)的一個(gè)或多個(gè)分子。作為另一個(gè)實(shí)例，組合物可包括核酸，其結(jié)合至與非癌細(xì)胞相比，由膀胱癌細(xì)胞以較高水平表達(dá)的一個(gè)或多個(gè)分子。
[0013]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供主題組合物，其包括的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)，如抗體，特異性結(jié)合至選自由SEQ ID NO:1-41編碼的標(biāo)志物的由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子。由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子可由癌細(xì)胞以比非癌細(xì)胞表達(dá)的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0014]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供組合物，其包括的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)，如抗體，特異性結(jié)合至選自由基因 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLO IOA KSERPINB4、UBE2C、SFN、SERPINB5、DSCR6編碼的標(biāo)志物的由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子。由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子可由癌細(xì)胞以比非癌細(xì)胞表達(dá)的相同標(biāo)志物水平更高的水平來(lái)表達(dá)。[0015] 在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供組合物，其包括的多個(gè)蛋白質(zhì)，如多個(gè)抗體，特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的一組分子，其中一組標(biāo)志物包括由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、T H、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的分子。一組標(biāo)志物可以比非癌細(xì)胞中的一組標(biāo)志物的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0016]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供組合物，其包括的多個(gè)蛋白質(zhì)，如多個(gè)抗體，特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的一組分子，其中一組標(biāo)志物包括由基因L0C650517、FCRLB,ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、K SERPINB5、DSCR6RT17P3或其補(bǔ)體編碼的分子。一組標(biāo)志物可以比非癌細(xì)胞中的一組標(biāo)志物的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0017]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供組合物，其包括的蛋白質(zhì)，如抗體，特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子，所述分子選自由選自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的一個(gè)或多個(gè)基因編碼的分子。由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子可由膀胱癌細(xì)胞以比非癌細(xì)胞表達(dá)的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0018]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供包括核酸的主題組合物，所述核酸特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子如mRNA分子，其中所述分子選自SEQ ID NO:1_40中列出的基因編碼的標(biāo)志物。由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子可由膀胱癌細(xì)胞以比非癌細(xì)胞表達(dá)的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0019]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供包括核酸的主題組合物，所述核酸特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子如mRNA分子，其中所述分子選自由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3SERPINB5、DSCR6編碼的標(biāo)志物。由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子可由癌細(xì)胞以比非癌細(xì)胞表達(dá)的水平更高的水平來(lái)表達(dá)。
[0020]在更進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供確定受試者的膀胱癌是否在推進(jìn)的方法，其包括a)在第一時(shí)間點(diǎn)測(cè)量與膀胱癌相關(guān)的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平；b)在第二時(shí)間點(diǎn)測(cè)量a)中測(cè)量的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中第二時(shí)間點(diǎn)在第一時(shí)間點(diǎn)之后；和
c)將a)和b)中測(cè)量的表達(dá)水平比較，其中與a)相比，b)中的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平的增加指示受試者的膀胱癌在推進(jìn)。合適標(biāo)志物包括由SEQ ID NO:1-40和/或SEQ IDN041中提供的基因編碼的那些標(biāo)志物。
[0021]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供確定受試者的膀胱癌是否在推進(jìn)的方法，其包括
a)在第一時(shí)間點(diǎn)測(cè)量由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH,COLO IOA K SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6 編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)水平；b)在第二時(shí)間點(diǎn)測(cè)量在a)中測(cè)量的標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中第二時(shí)間點(diǎn)在第一時(shí)間點(diǎn)之后；和(3)將在a)和b)中測(cè)量的表達(dá)水平比較，其中與第一時(shí)間點(diǎn)相比，第二時(shí)間點(diǎn)的標(biāo)志物的表達(dá)水平的增加指示受試者的膀胱癌在推進(jìn)。
[0022]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供與膀胱癌相關(guān)的抗原(即癌癥相關(guān)多肽)作為診斷和/或治療抗體的目標(biāo)。在一些實(shí)施方案中，抗原可選自由SEQ ID N0:l-40中列出的基因編碼的蛋白質(zhì)、其片段，或由SEQ ID N01-40和/或SEQ ID N041列出的基因編碼的蛋白質(zhì)的組合。
[0023]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供與膀胱癌相關(guān)的抗原(即癌癥相關(guān)多肽)作為診斷和/或治療抗體的目標(biāo)。在一些實(shí)施方案中，抗原可包括由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGTIA6、S100A7、WISP3、PTHLH、COLOIOAUSERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其片段編碼的一組蛋白質(zhì)。
[0024]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供誘導(dǎo)對(duì)于膀胱癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)的方法，其包括使受試者與由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)片段接觸，從而誘導(dǎo)對(duì)于膀胱癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)。舉例來(lái)說(shuō)，受試者可靜脈內(nèi)或肌肉內(nèi)與蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)片段接觸。
[0025]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供誘導(dǎo)對(duì)于膀胱癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)的方法，其包括使受試者與由選自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41中列出基因的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)片段接觸，從而誘導(dǎo)對(duì)于膀胱癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)。舉例來(lái)說(shuō)，受試者可靜脈內(nèi)或肌肉內(nèi)與 蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)片段接觸。
[0026]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)樣品中的膀胱癌細(xì)胞的試劑盒。試劑盒可包括檢測(cè)以下公開(kāi)的任何癌癥相關(guān)序列例如SEQ ID N01-41的表達(dá)的一種或多種試劑。試劑可結(jié)合至一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列。試劑盒可包括例如蛋白質(zhì)和/或核酸的試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，試劑盒提供多個(gè)試劑。試劑可能夠檢測(cè)由包括L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一組標(biāo)志物。
[0027]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)樣品中的膀胱癌細(xì)胞的試劑盒。試劑盒可包括檢測(cè)任何以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)的一種或多種試劑。試劑盒可包括例如蛋白質(zhì)和/或核酸的試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，試劑盒提供多個(gè)試劑。試劑可能夠檢測(cè)由包括 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、B X116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L010A1、SERPINB4、UBE2C、SFN、KRT17P3、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一組標(biāo)志物。
[0028]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)樣品中的膀胱癌的試劑盒，其包括特異性結(jié)合至由基因 L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WTSP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCL10, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 編碼的分子的多個(gè)試劑。[0029]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)從受試者獲得的樣品中的膀胱癌的試劑盒。試劑盒可包括一種或多種試劑，其特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞特異性表達(dá)的分子，例如由SEQ ID N0;l-41編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物。試劑盒可包括用于確定是否樣品關(guān)于癌癥呈陽(yáng)性的一個(gè)或多個(gè)容器和說(shuō)明書。試劑盒可任選地含有一個(gè)或多個(gè)多孔板、可檢測(cè)物質(zhì)如染料、放射性標(biāo)記分子、化學(xué)發(fā)光標(biāo)記分子等。可檢測(cè)物質(zhì)可連接至試劑，所述試劑特異性結(jié)合至由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子。試劑盒可進(jìn)一步含有陽(yáng)性對(duì)照(例如一個(gè)或多個(gè)膀胱癌細(xì)胞；或特定已知數(shù)量的由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子)和陰性對(duì)照(例如非癌的組織或細(xì)胞樣品)。 [0030]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)膀胱癌的試劑盒，其包括的一種或多種試劑特異性結(jié)合至由選自以下公開(kāi)基因的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物，例如L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、⑶LlOAl、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6。試劑可為蛋白質(zhì)，如抗體?；蛘撸噭┛蔀楹怂崛鏒NA分子或RNA分子。試劑盒可包括用于確定是否樣品關(guān)于癌癥呈陽(yáng)性的一個(gè)或多個(gè)容器和說(shuō)明書。試劑盒可任選地含有一個(gè)或多個(gè)多孔板、可檢測(cè)物質(zhì)如染料、放射性標(biāo)記分子、化學(xué)發(fā)光標(biāo)記分子等?？蓹z測(cè)物質(zhì)可連接至特異性結(jié)合至以下公開(kāi)的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的試劑。試劑盒可進(jìn)一步含有陽(yáng)性對(duì)照(例如一個(gè)或多個(gè)膀胱癌細(xì)胞；或特定已知數(shù)量的由膀胱癌細(xì)胞表達(dá)的分子)和陰性對(duì)照(例如非癌的組織或細(xì)胞樣品)。舉例來(lái)說(shuō)，試劑盒可采用ELISA或DNA微陣列的形式。在一些實(shí)施方案中，試劑盒可包括適用于熒光活化細(xì)胞分類器，例如使用流式細(xì)胞術(shù)的一個(gè)或多個(gè)抗體。
[0031]一些實(shí)施方案針對(duì)治療受試者的膀胱癌的方法，所述方法包括向有需要的受試者施用治療劑，所述治療劑調(diào)節(jié)膀胱癌相關(guān)蛋白質(zhì)的活性，其中癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)由SEQ IDNO:1-40和/或SEQ ID N041中列出的基因、其同源物、其組合或其片段來(lái)編碼。在一些實(shí)施方案中，治療劑結(jié)合至癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，治療劑是抗體。在一些實(shí)施方案中，抗體可為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實(shí)施方案中，抗體是人源化或人抗體。在一些實(shí)施方案中，抗體可與藥物或毒素偶聯(lián)。
[0032]在一些實(shí)施方案中，治療受試者的膀胱癌的方法可包括向有需要的受試者施用治療劑，所述治療劑調(diào)節(jié)選自SEQ ID NO: 1-40，和/或SEQ ID NO:41中列出基因的一個(gè)或多個(gè)基因、其片段、其同源物和/或其補(bǔ)體的表達(dá)。
[0033]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供治療膀胱癌的方法，可包括SEQ ID NO:1_40中列出的一個(gè)或多個(gè)基因、其片段、其同源物和或其補(bǔ)體的基因敲除。
[0034]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供針對(duì)抗御膀胱癌的活性來(lái)篩選候選藥物的方法，所述方法包括:(a)使表達(dá)選自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41列出基因的一個(gè)或多個(gè)膀胱癌相關(guān)基因的細(xì)胞與候選藥物接觸；(b)檢測(cè)候選藥物對(duì)于來(lái)自a)的細(xì)胞中的一個(gè)或多個(gè)膀胱癌相關(guān)基因的表達(dá)的效應(yīng)；和(C)將不存在候選藥物時(shí)的a)中列舉的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平與存在候選藥物時(shí)的a)中列舉的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平比較；其中存在候選藥物時(shí)的膀胱癌相關(guān)基因表達(dá)的減少指示候選物具有抗御膀胱癌的活性。
[0035]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供顯現(xiàn)膀胱癌腫瘤的方法，包括a)用特異性結(jié)合至癌癥腫瘤的標(biāo)記分子來(lái)靶向一個(gè)或多個(gè)膀胱癌相關(guān)蛋白質(zhì)，其中膀胱癌相關(guān)蛋白質(zhì)選自由選自SEQ ID NO:1-40和/或SEQ ID NO:41列出基因的一個(gè)或多個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)；和
b)檢測(cè)標(biāo)記分子，其中標(biāo)記分子顯現(xiàn)腫瘤。顯現(xiàn)可體內(nèi)或體外完成。
[0036]在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供顯現(xiàn)膀胱癌腫瘤的方法，包括a)用標(biāo)記分子，如特異性結(jié)合至選自SEQ ID NO:1-40中列出基因的癌癥腫瘤基因的核酸來(lái)靶向一個(gè)或多個(gè)膀胱癌相關(guān)基因，例如由SEQ ID NO:1-40編碼的一個(gè)或多個(gè)基因；和b)檢測(cè)標(biāo)記分子，其中標(biāo)記分子顯現(xiàn)腫瘤。顯現(xiàn)可體內(nèi)或體外完成。
【專利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0037]為了更完全地理解本發(fā)明的性質(zhì)和優(yōu)點(diǎn)，應(yīng)結(jié)合附圖來(lái)參考以下的詳述，在所述附圖中:
[0038]圖1展示L0C650517在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0039]圖2展示FCRLB在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0040]圖3展示ILlA在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0041]圖4展示S100A2在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。 [0042]圖5展示MMPll在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0043]圖6展示S100A7A在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0044]圖7展示UGT1A6在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0045]圖8展示FAM83A在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0046]圖9展示SLC1A6在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0047]圖10展示UPK3B在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0048]圖11展示BXl 16033在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0049]圖12展示MMP12在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0050]圖13展示KRT16在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0051]圖14展示UBD在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0052]圖15展示UGT1A6在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0053]圖16展示S100A7在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0054]圖17展示W(wǎng)ISP3在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0055]圖18展示PTHLH在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0056]圖19展示C0L010A1在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0057]圖20展示SERPINB4在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0058]圖21展示UBE2C在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0059]圖22展示SFN在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0060]圖23展示KRT17P3在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0061]圖24展示MMPll在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0062]圖25展示MMP12在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0063]圖26展示C0L10A1在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0064]圖27展示KRT6A在膀胱腫瘤(相比于正常組織)的表達(dá)。
[0065]圖28展示SFN在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。[0066]圖29展示FCRLB在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0067]圖30展示SERPINB5在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0068]圖31展示ILlA在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0069]圖32展示KRT16在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0070]圖33展示SLC1A6在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0071]圖34展示S100A2在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0072]圖35展示S100A7A在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0073]圖36展示DSCR6在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0074]圖37展示UBE2C在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0075]圖38展示MMPll在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0076]圖39展示C0L10A1在膀胱腫瘤(相比于正常組織)中的表達(dá)。
[0077]圖40是顯示C0L10A、MMP11、SFN和FCRLB在膀胱癌患者的尿液中的表達(dá)的瓊脂糖凝膠。
[0078]圖41是免疫熒光顯微術(shù)圖像并且展示MMPll可在膀胱癌樣品中，但是不在正常膀胱組織中檢測(cè)到。
[0079]詳細(xì)描述
[0080]在描述本發(fā)明組合物和方法之前，應(yīng)理解本發(fā)明不限于所描述的具體過(guò)程、組合物或方法，因?yàn)檫@些都可以變化。還應(yīng)理解，在本描述中使用的術(shù)語(yǔ)僅出于描述具體變型或?qū)嵤┓桨傅哪康牟⑶也灰鈭D限制本發(fā)明的范圍，本發(fā)明的范圍將僅由隨附權(quán)利要求書來(lái)限制。除非另有定義，否則本文中使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有與本領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解的含義相同的含義。雖然與本文中所述的那些方法和材料相似或相等的任何方法和材料也可用于實(shí)踐或測(cè)試本公開(kāi)的實(shí)施方案，但是現(xiàn)在描述優(yōu)選方法、裝置和材料。本文的內(nèi)容都不應(yīng)解釋為承認(rèn)本發(fā)明由于在先發(fā)明而被視為先于此類公開(kāi)。
[0081]除非上下文另外明確地指出，否則本文所用的單數(shù)形式“一個(gè)(種)(a/an) ”和“所述(the)”包括復(fù)數(shù)對(duì)象。因此，例如，提及一種“治療劑”是指一種或多種治療劑及本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的它的等效物，等等。
[0082]如本文中使用的術(shù)語(yǔ)“約”意指與它一起使用的數(shù)字的數(shù)值加或減10%。因此，約50%意指在45%至55%的范圍內(nèi)。
[0083]當(dāng)連同治療劑使用時(shí)，“施用”意指直接將治療劑施用到目標(biāo)組織之中或之上或向患者施用治療劑，由此使所述治療劑治療它所靶向的組織。因此，在連同治療劑使用時(shí)，如本文使用的術(shù)語(yǔ)“施用”可包括但是不限于將治療劑提供至目標(biāo)組織之中或之上；通過(guò)例如靜脈內(nèi)注射將治療劑全身提供至患者，由此使治療到達(dá)目標(biāo)組織；將呈其編碼序列形式的治療劑提供至目標(biāo)組織(例如，通過(guò)所謂基因治療技術(shù))?！笆┯谩苯M合物可通過(guò)口腔施用、靜脈內(nèi)注射、腹膜 內(nèi)注射、肌肉內(nèi)注射、皮下注射、經(jīng)皮擴(kuò)散或電泳、局部注射、緩釋輸送裝置(包括局部植入緩釋裝置如可生物蝕解的或基于儲(chǔ)槽的植入物)、作為蛋白質(zhì)治療劑或作為經(jīng)由基因治療載體的核酸治療劑、局部施用，或通過(guò)任何這些方法以及其它已知技術(shù)來(lái)完成。這類組合技術(shù)包括但不限于加熱、輻射和超聲。
[0084]如本文使用，“試劑”是指特異性結(jié)合至癌癥相關(guān)序列或由癌癥相關(guān)序列編碼分子的分子或結(jié)合至由癌癥相關(guān)序列編碼的分子的受體。試劑實(shí)例包括核酸分子，如DNA和蛋白質(zhì)，如抗體。試劑可與如以下描述的標(biāo)記或可檢測(cè)物質(zhì)連接。試劑可與治療劑或毒素連接。
[0085]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”是指產(chǎn)生擴(kuò)增產(chǎn)物，其可包括，例如，額外目標(biāo)分子、或目標(biāo)樣分子或與目標(biāo)分子互補(bǔ)的分子，所述分子由于在樣品中存在目標(biāo)分子而產(chǎn)生。在其中目標(biāo)是核酸的情況下，擴(kuò)增產(chǎn)物可通過(guò)DNA或RNA聚合酶或逆轉(zhuǎn)錄酶，或其任何組合來(lái)酶促制成。
[0086]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“動(dòng)物”、“患者”或“受試者”包括但不限于人、非人靈長(zhǎng)類和非人脊椎動(dòng)物如野生、馴養(yǎng)和農(nóng)畜，包括任何哺乳動(dòng)物，如貓、犬、奶牛、綿羊、豬、馬、兔、嚙齒動(dòng)物如小鼠和大鼠。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“受試者”、“患者”或“動(dòng)物”是指雄性。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“受試者”、“患者”或“動(dòng)物”是指雌性。
[0087]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“抗體”是指免疫球蛋白或其一部分，并且涵蓋包括抗原結(jié)合部位的任何多肽，不論來(lái)源、產(chǎn)生方法或其它特性。此術(shù)語(yǔ)包括例如多克隆、單克隆、單特異性、多特異性、人源化、單鏈、嵌合、合成、重組、雜種、突變和CDR枝接抗體?？贵w的一部分可包括可結(jié)合抗原的任何片段，例如，F(xiàn)ab、F(ab’)2、Fv、scFv。
[0088]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“生物來(lái)源”是指可產(chǎn)生目標(biāo)多核苷酸或蛋白質(zhì)或肽片段的來(lái)源。來(lái)源可為如以下描述的任何形式的“樣品”，包括但不限于細(xì)胞、組織或流體?！安煌飦?lái)源”可涉及同一個(gè)體的不同細(xì)胞/組織/器官，或來(lái)自相同物種的不同個(gè)體的細(xì)胞/組織/器官，或來(lái)自不 同物種的細(xì)胞/組織/器官。
[0089]術(shù)語(yǔ)“捕獲試劑”是指能夠結(jié)合將要在樣品中檢測(cè)的目標(biāo)分子或分析物的試劑，例如抗體或抗原結(jié)合蛋白。
[0090]術(shù)語(yǔ)“基因表達(dá)結(jié)果”是指關(guān)于基因或基因產(chǎn)物的表達(dá)的定性和/或定量結(jié)果。在本領(lǐng)域中已知的任何方法可用于定量基因表達(dá)結(jié)果?；虮磉_(dá)結(jié)果可為一定量或拷貝數(shù)的基因、由基因編碼的RNA、由基因編碼的mRNA、由基因編碼的蛋白質(zhì)產(chǎn)物或其任何組合?；虮磉_(dá)結(jié)果還可相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)來(lái)標(biāo)準(zhǔn)化或比較?；虮磉_(dá)結(jié)果可用于，例如，確定是否基因在兩個(gè)或更多個(gè)樣品中表達(dá)、過(guò)表達(dá)或差異表達(dá)，方法是通過(guò)將來(lái)自2或更多個(gè)樣品或一個(gè)或多個(gè)樣品的基因表達(dá)結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)或?qū)φ者M(jìn)行比較。
[0091]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“同源性”是指一定程度的互補(bǔ)性?？纱嬖诓糠滞葱曰蛲暾葱?。措詞“同一性”可替代措詞“同源性”。至少部分地抑制相同序列雜交至目標(biāo)核酸的部分互補(bǔ)核酸序列被稱為“大致上同源”。完全互補(bǔ)核酸序列雜交至目標(biāo)序列的抑制可使用雜交測(cè)定(DNA印跡或RNA印跡、溶液雜交等)在嚴(yán)格性降低條件下來(lái)檢查。大致上同源序列或雜交探針在嚴(yán)格性降低條件下競(jìng)爭(zhēng)并且抑制完全同源序列結(jié)合至目標(biāo)序列。這并不是說(shuō)嚴(yán)格性降低的條件使得允許非特異性結(jié)合，因?yàn)閲?yán)格性降低條件要求兩個(gè)序列彼此結(jié)合必須是特異性(即，選擇性)相互作用。不存在非特異性結(jié)合可使用沒(méi)有甚至部分程度互補(bǔ)性(例如，小于約30%同源性或同一性)的第二目標(biāo)序列來(lái)測(cè)試。在不存在非特異性結(jié)合的情況下，大致上同源序列或探針不雜交至第二非互補(bǔ)目標(biāo)序列。
[0092]本文使用的術(shù)語(yǔ)“雜交”意思是互補(bǔ)核苷或核苷酸堿基之間的氫鍵合，所述氫鍵合可以是Watson_Crick、Hoogsteen或反轉(zhuǎn)的Hoogsteen氫鍵合。例如，腺嘌呤與胸腺嘧唳是通過(guò)形成氫鍵配對(duì)的互補(bǔ)核堿基。如本文涉及核酸分子所使用，“互補(bǔ)”是指兩個(gè)核苷酸之間精確配對(duì)的能力。例如，如果寡核苷酸的某一位置處的核苷酸能夠與DNA或RNA分子的相同位置的核苷酸氫鍵合，則認(rèn)為寡核苷酸與DNA或RNA在那一位置彼此互補(bǔ)。當(dāng)每個(gè)分子中足夠數(shù)量的對(duì)應(yīng)位置被可以與彼此氫鍵合的核苷酸占據(jù)時(shí)，寡核苷酸與DNA或RNA彼此互補(bǔ)。因此，“可特異性雜交”和“互補(bǔ)”是用來(lái)表示足夠程度的互補(bǔ)性或精確配對(duì)以使得在寡核苷酸與DNA或RNA目標(biāo)之間發(fā)生穩(wěn)定且特異性的結(jié)合的術(shù)語(yǔ)。在本領(lǐng)域中應(yīng)了解核酸序列不一定與其可特異性雜交的目標(biāo)核酸100%互補(bǔ)。當(dāng)存在分子與目標(biāo)的結(jié)合，并且在需要特異性結(jié)合的條件下，存在足夠程度的互補(bǔ)性以避免分子與非目標(biāo)序列的非特異性結(jié)合，g卩，在體內(nèi)測(cè)定或治療性處理的情況下在生理?xiàng)l件下，并且在體外測(cè)定的情況下，在執(zhí)行測(cè)定的條件下時(shí)，核酸化合物可特異性雜交。
[0093]術(shù)語(yǔ)“抑制”包括施用本公開(kāi)的化合物以預(yù)防癥狀發(fā)作、減輕癥狀或消除疾病、病狀或病癥。術(shù)語(yǔ)“抑制”還可以是指降低基因，如編碼癌癥相關(guān)序列的基因的表達(dá)水平。RNA和/或蛋白質(zhì)的表達(dá)水平可降低。
[0094]術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記”和/或可檢測(cè)物質(zhì)是指能夠產(chǎn)生指示在測(cè)定樣品中的目標(biāo)多核苷酸或多肽或蛋白質(zhì)的存在的可檢測(cè)信號(hào)的組合物。合適標(biāo)記包括放射性同位素、核苷酸發(fā)色團(tuán)、酶、底物、熒光分子、化學(xué)發(fā)光部分、磁性顆粒、生物發(fā)光部分等。因此，標(biāo)記是可通過(guò)裝置或方法，諸如但不限于分光、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)、化學(xué)檢測(cè)裝置或任何其它適當(dāng)裝置來(lái)檢測(cè)的任何組合物。在一些實(shí)施方案中，標(biāo)記可不借助于裝置來(lái)視覺(jué)檢測(cè)。術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記”用于指具有可檢測(cè)物理性質(zhì)的任何化學(xué)基團(tuán)或部分或能夠?qū)е禄瘜W(xué)基團(tuán)或部分展現(xiàn)可檢測(cè)物理性質(zhì)的任何化合物，如催化底物轉(zhuǎn)化成可檢測(cè)產(chǎn)物的酶。術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記”還包括抑制具體物理性質(zhì)的表達(dá)的化合物。標(biāo)記還可以是結(jié)合對(duì)的成員的化合物，另一個(gè)成員具有可檢測(cè)物理性質(zhì)。
[0095]“微陣列”是在固體載體的表面上形成的例如離散區(qū)域的線性或二維陣列，每個(gè)區(qū)域具有限定面積。微陣列上的離散區(qū)域的密度通過(guò)單一固相載體的表面上檢測(cè)的目標(biāo)多核苷酸的總數(shù)來(lái)確定，優(yōu) 選地至少約50/cm2更優(yōu)選地至少約100/cm2、甚至更優(yōu)選地至少約500/cm2并且仍然更優(yōu)選地至少約1，000/cm2。如本文使用，DNA微陣列是安置于用于識(shí)別、擴(kuò)增、檢測(cè)或克隆目標(biāo)多核苷酸的芯片或其它表面上的寡核苷酸引物的陣列。因?yàn)殛嚵兄械拿恳唤M具體引物的位置是已知的，所以目標(biāo)多核苷酸的特性可基于其結(jié)合至微陣列中的具體位置來(lái)確定。
[0096]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“天然存在”是指可呈通常在自然界中發(fā)現(xiàn)的形式的序列或結(jié)構(gòu)?！疤烊淮嬖凇笨砂ǔ释ǔＴ谌魏蝿?dòng)物中發(fā)現(xiàn)的形式的序列。
[0097]在本文中“核酸”、“多核苷酸”或“寡核苷酸”或等效物的使用是指共價(jià)連接一起的至少兩個(gè)核苷酸。在一些實(shí)施方案中，寡核苷酸是6、8、10、12、20、30或多達(dá)100個(gè)核苷酸的寡聚物。在一些實(shí)施方案中，寡核苷酸是至少6、8、10、12、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400或500個(gè)核苷酸的寡聚物?！岸嗪塑账帷被颉肮押塑账帷笨砂―NA、RNA、PNA或通過(guò)磷酸二酯和/或任何替代鍵連接的核苷酸的聚合物。
[0098]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“任選”或“任選地”是指其中隨后描述的結(jié)構(gòu)、事件或環(huán)境可發(fā)生或可不發(fā)生的實(shí)施方案，并且此描述包括其中事件發(fā)生的情況和其中事件不發(fā)生的情況。
[0099]短語(yǔ)“同源性百分比”、“同源性％”、“同一性百分比”或“同一性是指在兩個(gè)或更多個(gè)氨基酸或核酸序列的比較中發(fā)現(xiàn)的序列相似性的百分比。同一性百分比可以電子方式確定，例如，使用MEGALIGN程序(LASERGENE軟體包，DNASTAR)。MEGALIGN程序可根據(jù)不同方法，例如，Clustal方法來(lái)產(chǎn)生兩個(gè)或更多個(gè)序列之間的比對(duì)(Higgins, D.G.和P.M.Sharp (1988) Gene73:237-244.)。Clustal算法通過(guò)檢查所有對(duì)之間的距離來(lái)將序列分組成集群。集群以成對(duì)的方式比對(duì)，然后分組比對(duì)。兩個(gè)氨基酸序列，例如，序列A和序列B之間的相似性百分比的計(jì)算方法是將序列A的長(zhǎng)度，減去序列A中的空位殘基的數(shù)目，減去序列B中的空位殘基的數(shù)目，除以序列A與序列B之間匹配殘基的總和，乘以一百。在確定相似性百分比中，不包括兩個(gè)氨基酸序列之間的低或無(wú)同源性的空位。核酸序列之間的同一性百分比還可通過(guò)Clustal方法，或在本領(lǐng)域中已知的其它方法，如Jotun Hein方法來(lái)計(jì)算(參見(jiàn)例如Hein, J.(1990)Methods Enzymol.183:626-645.)。序列之間的同一性還可通過(guò)在本領(lǐng)域中已知的其它方法，例如，改變雜交條件來(lái)確定。
[0100]“藥學(xué)上可接受的”是指載體、稀釋劑或賦形劑必須與制劑的其它成分相容并且對(duì)
于其接受者無(wú)害。
[0101]如本文使用，“重組蛋白”是指使用重組技術(shù)，例如但是不限于如以下描述，經(jīng)由表達(dá)重組核酸來(lái)制得蛋白質(zhì) 。重組蛋白可通過(guò)至少一個(gè)或更多個(gè)特性而不同于天然存在的蛋白質(zhì)。舉例來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)可從通常在其野生型宿主中締合在一起的一些或所有蛋白質(zhì)和化合物分離或純化出，并且因而可大致上純的。舉例來(lái)說(shuō)，分離蛋白質(zhì)不伴有通常在其天然狀態(tài)下締合在一起的至少一些材料，所述材料優(yōu)選地構(gòu)成給定樣品中的總蛋白質(zhì)重量的至少約0.5%、更優(yōu)選地至少約5%。大致上純的蛋白質(zhì)占約50-75%、約80%或約90%。在一些實(shí)施方案中，大致上純的蛋白質(zhì)占總蛋白質(zhì)重量的約80-99%、85-99%、90-99%、95-99%或97-99%。重組蛋白還可包括來(lái)自一個(gè)有機(jī)體(例如人)的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)在不同有機(jī)體(例如酵母、大腸桿菌等)或宿主細(xì)胞中產(chǎn)生?；蛘?，蛋白質(zhì)可以與通常所見(jiàn)濃度相比顯著較高的濃度來(lái)制得，方法是經(jīng)由使用可誘導(dǎo)啟動(dòng)子或高表達(dá)啟動(dòng)子，以使得蛋白質(zhì)在增加濃度水平下制得。或者，蛋白質(zhì)可呈通常在自然界中不存在的形式，如添加表位標(biāo)記或氨基酸取代、插入和缺失，如本文論述。
[0102]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“樣品”是指用試劑、藥劑、捕獲試劑、結(jié)合配偶體等測(cè)試或處理的組合物。樣品可從受試者獲得。在一些實(shí)施方案中，樣品可為血液、血漿、血清或其任何組合。樣品可從血液、血漿、血清或其任何組合獲得。其它典型樣品包括但不限于從哺乳動(dòng)物受試者、組織活檢、唾液、淋巴液、血細(xì)胞(例如外周血單核細(xì)胞)、組織或細(xì)針活檢樣品、尿液、腹膜液、初乳、母乳、胎液、糞便、眼淚、胸膜液或來(lái)自其中的細(xì)胞獲得的任何體液。樣品可在用于本文所述方法之前以某種方式處理，例如具體組分根據(jù)以下描述的任何方法來(lái)分析或測(cè)試。一個(gè)或多個(gè)分子可從樣品分離。
[0103]術(shù)語(yǔ)“特異性結(jié)合”、“特異性地結(jié)合”等是指其中兩個(gè)或更多個(gè)分子形成可在生理或測(cè)定條件下測(cè)量并且具有選擇性的復(fù)合物的情況?？贵w或抗原結(jié)合蛋白或其它分子被認(rèn)為“特異性結(jié)合”至蛋白質(zhì)、抗原或表位，只要在適當(dāng)選擇條件下，這類結(jié)合大致上不被抑制，同時(shí)非特異性結(jié)合被抑制。特異性結(jié)合的特征為高親和力，并且對(duì)于化合物、蛋白質(zhì)、表位或抗原具有選擇性。非特異性結(jié)合通常具有低親和力。特異性結(jié)合的實(shí)例包括酶和底物、抗體和其抗原表位、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分子和其相應(yīng)細(xì)胞受體的結(jié)合。
[0104]如本文使用，從指定序列“獲得”的多核苷酸是指由近似至少約6個(gè)核苷酸、優(yōu)選地至少約8個(gè)核苷酸、更優(yōu)選地至少約10-12個(gè)核苷酸，并且甚至更優(yōu)選地至少約15-20個(gè)核苷酸的序列組成的多核苷酸序列，其對(duì)應(yīng)于指定核苷酸序列的區(qū)域?！皩?duì)應(yīng)”是指與指定序列同源或互補(bǔ)。優(yōu)選地，產(chǎn)生多核苷酸的區(qū)域的序列與癌癥相關(guān)基因獨(dú)有的序列同源或互補(bǔ)。
[0105]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記”、“序列標(biāo)記”或“引物標(biāo)記序列”是指具有特異性核酸序列的寡核苷酸，此序列用來(lái)識(shí)別在其中攜帶這類標(biāo)記的一批多核苷酸。來(lái)自相同生物來(lái)源的多核苷酸以特異性序列標(biāo)記共價(jià)加標(biāo)記以使得在后續(xù)分析中，多核苷酸可根據(jù)其來(lái)源來(lái)識(shí)別。序列標(biāo)記也充當(dāng)核酸擴(kuò)增反應(yīng)的引物。
[0106]術(shù)語(yǔ)“載體”是指常規(guī)載體如珠粒、顆粒、試紙、纖維、過(guò)濾器、膜和硅烷或硅酸鹽載體如載玻片。
[0107]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“治療劑(therapeutic) ”或“治療劑”是指可用于治療、抗擊、改善、預(yù)防或改進(jìn)患者的不需要的病狀或疾病的試劑。部分地，本公開(kāi)的實(shí)施方案針對(duì)治療癌癥或減少細(xì)胞增殖。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“治療劑(therapeutic)”或“治療劑”可涉及關(guān)聯(lián)與或影響以下公開(kāi)的目標(biāo)標(biāo)志物或癌癥相關(guān)序列、其表達(dá)或其功能的任何分子。在各種實(shí)施方案中，這類治療劑可包括分子例如治療性細(xì)胞、治療性肽、治療性基因、治療性化合物等，其關(guān)聯(lián)與或影響以下公開(kāi)的目標(biāo)標(biāo)志物或癌癥相關(guān)序列、其表達(dá)或其功能。
[0108]組合物的“治療有效量”或“有效量”是計(jì)算獲得所需效應(yīng)，即，抑制、阻斷或逆轉(zhuǎn)細(xì)胞的活化、遷移、轉(zhuǎn)移或增殖的預(yù)定量。在一些實(shí)施方案中，有效量是預(yù)防量。在一些實(shí)施方案中，有效量是用于醫(yī)學(xué)上治療疾病或病狀的量。當(dāng)然，根據(jù)本發(fā)明來(lái)施用以獲得治療性和/或預(yù)防性作用的化合物的具體劑量將通過(guò)圍繞病例的具體情況來(lái)確定，所述具體情況包括例如所施用的化合物、施用途徑以及正被治療的病狀。應(yīng)了解所施用的有效量由醫(yī)師按照相關(guān)情況包括將要治療的病狀，將要施用的組合物的選擇，和所選擇的施用途徑來(lái)確定。本發(fā)明的組合物的治療有效量通常是如下量，這種量使得在它在生理可耐受賦形劑組合物中施用，它足以在目標(biāo)組織中獲得有效全身濃度或局部濃度。
[0109]如本文中使用的術(shù)語(yǔ)“治療”、“經(jīng)過(guò)治療的”或“正治療的”是指治療性治療和/或預(yù)防性或防止性措施，其中目標(biāo)是為了預(yù)防或減慢(減少)不希望的生理病狀、癥狀、病癥或疾病，或?yàn)榱双@得有益或所需臨床結(jié)果。在一些實(shí)施方案中，此術(shù)語(yǔ)可意指治療和預(yù)防。出于本發(fā)明的目的，有益或所需臨床結(jié)果包括但不限于:癥狀的減輕；病狀、病癥或疾病的程度減小；病狀、病癥或疾病的狀態(tài)穩(wěn)定(即，沒(méi)有惡化)；病狀、病癥或疾病的發(fā)作延遲或病狀、病癥或疾病的進(jìn)展減慢；病狀、病癥或疾病狀態(tài)的改善(amelioration);以及病狀、病癥或疾病的緩解(無(wú)論部分或全部)(無(wú)論可檢測(cè)或不可檢測(cè))或增強(qiáng)或改善。治療包括在沒(méi)有過(guò)度水平的副作用的情況下引出臨床上顯著的反應(yīng)。治療可包括與不接受治療時(shí)的預(yù)期存活相比延長(zhǎng)的存活。
[0110]術(shù)語(yǔ)“組織”是指在具體的功能執(zhí)行中聯(lián)合在一起的類似特化細(xì)胞的任何聚集體。
[0111]癌癥相關(guān)序列
[0112] 在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供與癌癥相關(guān)的核酸和蛋白質(zhì)序列，在本文中被稱為“癌癥相關(guān)”或“CA”序列。在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供與膀胱癌或如下癌癥相關(guān)的核酸和蛋白質(zhì)序列，這些癌癥例如不限于尿路上皮癌、移行細(xì)胞癌、非移行細(xì)胞癌，例如不限于鱗狀細(xì)胞癌、腺癌、橫紋肌肉瘤、神經(jīng)細(xì)胞腫瘤、宮頸癌或淋巴瘤、復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移性膀胱癌或其組合。診斷方法可包括測(cè)量本文公開(kāi)的癌癥相關(guān)標(biāo)志物的表達(dá)水平。此方法可進(jìn)一步包括將癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平與標(biāo)準(zhǔn)和/或?qū)φ毡容^。標(biāo)準(zhǔn)可來(lái)自已知含有膀胱癌細(xì)胞的樣品。對(duì)照可包括已知膀胱癌細(xì)胞和/或非癌細(xì)胞，如從膀胱組織獲得的非癌細(xì)胞。
[0113]癌癥相關(guān)序列可包括在癌癥中的上調(diào)(即在較高水平下表達(dá))，以及下調(diào)(即在較低水平下表達(dá))的序列。癌癥相關(guān)序列還可包括如下序列，這些序列已經(jīng)改變(即，易位、截短序列或具有取代、缺失或插入的序列，包括但不限于點(diǎn)突變)并且展示相同表達(dá)譜或變化譜。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列來(lái)自人；然而，如本領(lǐng)域技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到，來(lái)自其它生物體的癌癥相關(guān)序列可適用于疾病和藥物評(píng)估的動(dòng)物模型；因而，其它癌癥相關(guān)序列可為適用的，包括從任何受試者獲得的序列，例如不限于來(lái)自脊椎動(dòng)物，包括哺乳動(dòng)物，如嚙齒動(dòng)物(大鼠、小鼠、倉(cāng)鼠、豚鼠等)、靈長(zhǎng)類和農(nóng)畜(包括綿羊、山羊、豬、奶牛、馬等)的序列。來(lái)自其它生物體的癌癥相關(guān)序列可使用在本文中概述的技術(shù)來(lái)獲得。
[0114]癌癥相關(guān)序列的實(shí)例包括SEQ ID N0:l-41。
[0115]在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列是核酸。如本領(lǐng)域技術(shù)人員了解并且如本文描述，本文中的實(shí)施方案的癌癥相關(guān)序列可適用于各種應(yīng)用，包括檢測(cè)受試者的核酸或其表達(dá)水平的診斷應(yīng)用，治療應(yīng)用或其組合。進(jìn)一步，本文中的實(shí)施方案的癌癥相關(guān)序列可用于篩選應(yīng)用；例如，產(chǎn)生包括癌癥相關(guān)序列的核酸探針的生物芯片。
[0116]本公開(kāi)的核酸可包括磷酸二酯鍵，但是在一些情況下，如以下概述(例如，在反義應(yīng)用中或在核酸是候選藥物試劑時(shí))，核酸類似物可具有替代骨架，包括例如氨基磷酸酯(Beaucage 等人 Tetrahedron49 (10): 1925 (1993)和其中的參考文獻(xiàn)；Letsinger, J.0rg.Chem.35:3800(1970) ；Sprinzl 等人 Eur.J.Bioche.81: 579 (1977) ；Letsinger 等人 Nucl.Acids Re s.14:3487(1986) ；Sawai 等人 Chem.Lett.805(1984), Letsinger 等人J.Am.Client.Soc.110:4470 (1988)；以及 Pauwels 等人 Chemica Scripta26:14191986))、硫代磷酸酯(Mag 等人，Nucleic Acids Res.19:1437 (1991);和美國(guó)專利號(hào) 5，644，048)、二硫代磷酸酯(Briu等人J.Am.Chem.Soc.111:2321 (1989)、O-甲基亞磷酰胺鍵合(參見(jiàn) Eckstein, Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach, OxfordUniversity Press)和妝核酸骨架和鍵合(參見(jiàn) Egholm, J.Am.Chem.Soc.114:1895 (1992)；Meier 等人 Chem.1nt.Ed.Engl.31:1008(1992) ；Nielsen, Nature, 365:566(1993)；Carlsson等人Nature380:207(1996),)。其它類似核酸包括具有正性骨架(Denpcy等人 Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:6097 (1995);非離子骨架(美國(guó)專利號(hào) 5，386，023，5，637，684，5，602，240，5，216，141 和 4，469，863 ；Kiedrowshi 等人 Angew.Chem.1ntl.Ed.English30:423 (1991) ；Letsinger 等人 J.Am.Chem.Soc.110:4470 (1988)；Letsinger 等人 Nucleoside&Nucleotidel3:1597 (1994)；第 2 和 3 章，ASC SymposiumSeries580,"Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Y.S.Sanghui 和P.Dan Cook 編；Mesmaeker 等人 Bioorganic&Medicinal Chem.Lett.4:395 (1994) ；Jeffs等人 J.Biomolecular NMR34:17 (1994) ；Tetrahedron Lett.37:743 (1996))和非核糖骨架的核酸，包括那些在美國(guó)專利號(hào)5，235，033和5，034，506，和第6和7章，ASC SymposiumSeries580,"Carbohydrate Modifications in Antisense Research", Y.S.Sanghui 和P.Dan Cook編中描述的核酸。含有一個(gè)或多個(gè)碳環(huán)糖的核酸也包括于核酸的一個(gè)定義內(nèi)(參見(jiàn)Jenkins等人Chem.Soc.Rev.(1995)第169-176頁(yè))。若干核酸類似物描述于Rawls, C&ENews Jun.2，1997第35頁(yè)中。核糖磷酸骨架的這些修飾可出于各種原因來(lái)完成，例如增加這類分子在用于反義應(yīng)用的生理環(huán)境中或作為生物芯片的探針的穩(wěn)定性和半衰期。
[0117]如本領(lǐng)域技術(shù)人員了解，這類核酸類似物可用于本公開(kāi)的一些實(shí)施方案。另外，可產(chǎn)生天然存在的核酸和類似物的混合物；替代地，可產(chǎn)生不同核酸類似物的混合物，和天然存在的核酸和類似物的混合物。
[0118]在一些實(shí)施方案中，核酸可為單鏈或雙鏈或可含有雙鏈或單鏈序列的一部分。如本領(lǐng)域技術(shù)人員了解，單一鏈的描述也定義另一個(gè)鏈的序列；因而本文描述的序列也包括序列的補(bǔ)體。核酸可為DNA、基因組和cDNA、RNA或雜種，其中核酸含有脫氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的任何組合，和堿基的任何組合，包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鳥(niǎo)嘌呤、肌苷、黃嘌呤、次黃嘌呤、異胞嘧啶、異鳥(niǎo)嘌呤等。如本文使用，術(shù)語(yǔ)“核苷”包括核苷酸和核苷和核苷酸類似物，和修飾核苷如氨基修飾核苷。另外，“核苷”包括非天然存在的類似結(jié)構(gòu)。因此，例如，各自含有堿基的肽核酸的主題單元在本文中稱為核苷。
[0119]在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可包括核酸和氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可包括與公開(kāi)序列具有至少約60%同源性的序列。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可與公開(kāi)序列具有至少約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約97%、約99%、約99.8%同源性。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可為“突變型核酸"。如本文使用，“突變型核酸”是指缺失突變體、插入、點(diǎn)突變、取代、易位。
[0120]在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可為重組核酸。本文中的術(shù)語(yǔ)“重組核酸”是指總體上通過(guò)用聚合酶和核酸內(nèi)切酶處理核酸而最初在體外形成的核酸分子，其呈通常在自然界中不存在的形式。因此重組核酸還可為呈線性形式的分離核酸，或通過(guò)連接通常不連接的DNA分子在體外形成的載 體中克隆，出于本發(fā)明目的，其均被認(rèn)為是重組的。應(yīng)了解一旦重組核酸制成并且重新引入宿主細(xì)胞或有機(jī)體中，它可使用宿主細(xì)胞的體內(nèi)細(xì)胞機(jī)制而非體外操作來(lái)復(fù)制；然而，這類核酸，一旦重組產(chǎn)生，雖然隨后在體內(nèi)復(fù)制，但是出于本發(fā)明目的，仍然被認(rèn)為重組或分離。如本文使用，“多核苷酸”或“核酸”為聚合物形式的任何長(zhǎng)度的核苷酸，核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸。此術(shù)語(yǔ)包括雙鏈和單鏈DNA和RNA。它也包括已知類型的修飾，例如，本領(lǐng)域中已知的標(biāo)記、甲基化、“帽”、用類似物來(lái)取代一個(gè)或多個(gè)天然存在的核苷酸、核苷酸間修飾，例如，具有不帶電鍵合(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修飾、含有懸垂部分例如蛋白質(zhì)(包括例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚-L-賴氨酸等)的修飾、具有插入劑(例如，吖啶、補(bǔ)骨脂素等)的修飾、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬等)的修飾、含有烷化劑的修飾、具有修飾鍵合(例如，α異頭核酸等)的修飾，以及未修飾形式的多核苷酸。
[0121]使用基因表達(dá)的微陣列分析允許識(shí)別與膀胱癌相關(guān)的宿主序列。然后，這些序列可以多個(gè)不同方法來(lái)使用，包括診斷、預(yù)后、篩選調(diào)節(jié)劑(包括激動(dòng)劑和拮抗劑)、抗體產(chǎn)生(用于免疫療法和成像)等。然而，如本領(lǐng)域技術(shù)人員了解，在一種類型的癌癥中識(shí)別的序列可具有也涉及其它類型癌癥的較強(qiáng)可能性。因此，雖然在本文中概述的序列最初識(shí)別為與膀胱癌相關(guān)聯(lián)，但是其還可發(fā)現(xiàn)于其它類型癌癥中。
[0122]本文描述的一些實(shí)施方案可針對(duì)使用癌癥相關(guān)序列來(lái)診斷和治療膀胱癌。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可選自:L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16, UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其組合。在一些實(shí)施方案中，這些癌癥相關(guān)序列可與膀胱癌相關(guān)，包括不限于尿路上皮癌、移行細(xì)胞癌、非移行細(xì)胞癌，例如不限于鱗狀細(xì)胞癌、腺癌、橫紋肌肉瘤、神經(jīng)細(xì)胞腫瘤、宮頸癌或淋巴瘤、復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移性膀胱癌或其組合。
[0123] 在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可為編碼上述mRNA的DNA序列或由上述mRNA或其同源物表達(dá)的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)或癌癥相關(guān)多妝。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可為以上公開(kāi)序列的突變型核酸。在一些實(shí)施方案中，同源物可與公開(kāi)多肽序列具有至少約60 %、至少約65 %、至少約70 %、至少約75 %、至少約80 %、至少約85 %、至少約90 %、至少約95%、至少約97%、至少約98%、至少約99%、至少約99.5%同一性。
[0124]在一些實(shí)施方案中，分離核酸包括選自由SEQ ID N01-40中公開(kāi)的癌癥相關(guān)多核苷酸序列組成的組的序列的至少10、12、15、20或30個(gè)鄰接核苷酸。
[0125]在一些實(shí)施方案中，多核苷酸，或其補(bǔ)體或其片段進(jìn)一步包括可檢測(cè)標(biāo)記，其連接至固體載體、至少部分地通過(guò)化學(xué)合成來(lái)制備、是反義片段、是單鏈、是雙鏈或包括微陣列。
[0126]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供在選自SEQ ID N01-40中展示的多核苷酸序列或其補(bǔ)體的癌癥相關(guān)序列的開(kāi)放閱讀框內(nèi)編碼的分離多肽。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離多肽，其中所述多肽包括選自由SEQ ID N01-40中公開(kāi)的序列組成的組的多核苷酸編碼的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離多肽，其中所述多肽包括由如以下描述的癌癥相關(guān)多肽編碼的氨基酸序列。
[0127]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明進(jìn)一步提供分離多肽，其包括以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)多肽的氨基酸序列的表位的氨基酸序列。多肽或其片段可連接至固體載體。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供結(jié)合至這類多肽的分離抗體(單克隆或多克隆)或其抗原結(jié)合片段。分離抗體或其抗原結(jié)合片段可連接至固體載體。分離抗體或其抗原結(jié)合片段可進(jìn)一步包括可檢測(cè)物質(zhì)。
[0128]一些實(shí)施方案也提供與作為診斷和/或治療抗體的目標(biāo)的各種癌癥，例如膀胱癌相關(guān)的抗原(例如，癌癥相關(guān)多肽)。這些抗原還可適用于藥物發(fā)現(xiàn)(例如，小分子)并且用于進(jìn)一步表征細(xì)胞調(diào)控、生長(zhǎng)和分化。
[0129]檢測(cè)和診斷膀胱癌的方法
[0130]在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)或診斷膀胱癌的方法可包括測(cè)定有需要的受試者的基因表達(dá)。在本領(lǐng)域中已知的任何方法可用于測(cè)定以下公開(kāi)的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的基因表達(dá)。在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)癌癥相關(guān)序列水平可包括技術(shù)諸如但不限于PCR、質(zhì)譜分析、微陣列、凝膠電泳、使用特異性結(jié)合編碼以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的核酸的一個(gè)更多個(gè)探針的雜交。關(guān)于受體表達(dá)的信息還可適用于確定旨在使用激動(dòng)劑或拮抗劑來(lái)上調(diào)或下調(diào)癌癥相關(guān)序列的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的療法。
[0131]在一些實(shí)施方案中，診斷膀胱癌的方法可包括檢測(cè)受試者的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的水平。在一些實(shí)施方案中，篩選癌癥的方法可包括檢測(cè)癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的水平。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)由選自SEQ ID N01-40公開(kāi)的序列、其片段或其互補(bǔ)序列的核苷酸序列來(lái)編碼。在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)樣品中的癌癥的方法可包括使從受試者獲得的樣品與特異性結(jié)合蛋白質(zhì)的抗體接觸。在一些實(shí)施方案中，抗體可為單克隆抗體或多克隆抗體。在一些實(shí)施方案中，抗體可為人源化或重組抗體。可使用已知方法來(lái)產(chǎn)生特異性結(jié)合至此區(qū)域的抗體并且任何方法為合適的。在一些實(shí)施方案中，抗體特異性結(jié)合至由以下公開(kāi)的一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)序列編碼的一個(gè)或多個(gè)分子，如蛋白質(zhì)或肽。
[0132]在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合至SEQ ID NO:1_40中公開(kāi)的核苷酸序列編碼的蛋白質(zhì)的表位，其中抗體抗御所述蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，表位是由以下公開(kāi)的任何癌癥相關(guān)序列的核苷酸序列編碼的蛋白質(zhì)序列的片段。在一些實(shí)施方案中，表位包括癌癥相關(guān)序列的約1-10、1-20、1-30、3-10或3-15個(gè)殘基。在一些實(shí)施方案中，表位是非線性的。
[0133]在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合至本文描述的區(qū)域或與所述區(qū)域具有至少90、95或99%同源性或同一性的肽。在一些實(shí)施方案中，本文描述區(qū)域的片段是5-10個(gè)殘基長(zhǎng)度。在一些實(shí)施方案中，本文描述的區(qū)域(例如表位)的片段是3-5個(gè)殘基長(zhǎng)度。片段基于所提供的長(zhǎng)度來(lái)描述。在一些實(shí)施方案中，表位為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或20個(gè)殘基長(zhǎng)度。
[0134]在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合的序列可包括核酸和氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合的序列可包括與公開(kāi)序列具有至少約60%同源性的序列。在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合的序列可與公開(kāi)序列具有至少約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90 %、約95 %、約97 %、約99 %約99.8 %同源性。在一些實(shí)施方案中，序列可被稱為“突變型核酸”或“突變型肽序列”。
[0135]在一些實(shí)施方案中，受試者可通過(guò)檢測(cè)從受試者獲得的樣品的癌癥相關(guān)序列(例如SEQ ID NO:1-40)的存在來(lái)診斷患有膀胱癌。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括檢測(cè)選自SEQ ID N01-40中公開(kāi)序列的癌癥相關(guān)序列的存在或不存在，其中不存在癌癥相關(guān)序列指示不存在膀胱癌。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括以抗體來(lái)治療診斷患有膀胱癌的受試者，所述抗體結(jié)合至以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列并且抑制膀胱癌的生長(zhǎng)或進(jìn)展。如討論，可在任何類型樣品，包括但不限于血清、血液腫瘤等中檢測(cè)膀胱癌。樣品可為本文描述的任何類型的樣品。
[0136]在本領(lǐng)域中已知的任何測(cè)定可用于篩選以下描述的癌癥相關(guān)序列編碼的一個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)的存在、不存在或表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定可例如為ELISA、放射免疫測(cè)定、蛋白質(zhì)印跡、流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定等。
[0137]在一些實(shí)施方案中，診斷受試者患有膀胱癌的方法包括獲得樣品并且檢測(cè)選自SEQ ID NO:1-41中公開(kāi)序列的癌癥相關(guān)序列的存在，其中存在癌癥相關(guān)序列指示受試者患有膀胱癌。在一些實(shí)施方案中，檢測(cè)選自以下公開(kāi)序列的癌癥相關(guān)序列的存在包括使樣品與特異性結(jié)合至癌癥相關(guān)序列蛋白質(zhì)的抗體或其它類型捕獲試劑或特異性結(jié)合配偶體接觸并且檢測(cè)樣品中的癌癥相關(guān)序列蛋白質(zhì)結(jié)合的存在或不存在。
[0138]在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供診斷受試者的膀胱癌或腫瘤病狀的方法，所述方法包括獲得從受:試者獲得的樣品的選自以下公開(kāi)序列的癌癥相關(guān)序列的癌癥相關(guān)序列基因表達(dá)結(jié)果；并且基于癌癥相關(guān)序列基因表達(dá)結(jié)果來(lái)診斷受試者的膀胱癌或腫瘤病狀，其中如果癌癥相關(guān)序列以一定水平表達(dá)，那么受試者被診斷為患有膀胱癌或腫瘤病狀，所述水平I)高于陰性對(duì)照 諸如非癌膀胱組織或細(xì)胞樣品和/或2)高于或等于標(biāo)準(zhǔn)或陽(yáng)性對(duì)照中的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平，其中標(biāo)準(zhǔn)或陽(yáng)性對(duì)照已知含有膀胱癌細(xì)胞。
[0139]—些實(shí)施方案針對(duì)包括編碼一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的一個(gè)或多個(gè)核酸序列的生物芯片。在一些實(shí)施方案中，生物芯片包括編碼至少一部分癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)由選自SEQ ID N01-40的序列、其同源物、其組合或其片段來(lái)編碼。在一些實(shí)施方案中，核酸分子與選自SEQ ID N01-40的核酸序列特異性雜交。在一些實(shí)施方案中，生物芯片包括第一和第二核酸分子，其中第一核酸分子與選自以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的第一序列特異性雜交，并且第二核酸分子與選自以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的第二序列特異性雜交，其中第一和第二序列并非相同序列。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供檢測(cè)或診斷癌癥，如膀胱癌的方法，包括檢測(cè)選自SEQ ID NO:1-40中公開(kāi)的序列的核酸序列的表達(dá)，其中樣品與包括選自SEQ ID NO:1-40中公開(kāi)的序列的序列、其同源物、其組合或其片段的生物芯片接觸。
[0140]本文還提供診斷或確定癌癥(例如膀胱癌)傾向的方法，通過(guò)測(cè)量樣品中的一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平并且將樣品中的一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平與非癌細(xì)胞中的相同癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平比較。與非癌細(xì)胞相比，一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的較高表達(dá)水平指示患上癌癥，例如，膀胱癌的傾向。
[0141]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供通過(guò)試樣中的多肽的表達(dá)來(lái)檢測(cè)癌癥相關(guān)序列的方法，包括檢測(cè)至少一個(gè)多肽例如不限于，由以下公開(kāi)的序列編碼的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)，或其片段的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括將試樣中的多肽的表達(dá)水平與正常樣品即非癌樣品中的多肽的表達(dá)水平比較，其中相對(duì)于正常樣品中的多肽表達(dá)水平，試樣中的多肽的改變表達(dá)水平指示試樣中的癌癥的存在。在一些實(shí)施方案中，多肽表達(dá)與癌癥樣品相比，其中表達(dá)水平至少與癌癥相同指示試樣中的癌癥的存在。在一些實(shí)施方案中，試樣與正常，例如非 癌樣品相比，其中試樣中的表達(dá)水平大于正常樣品中發(fā)現(xiàn)的表達(dá)水平指示試樣中的癌癥的存在。在一些實(shí)施方案中，樣品是細(xì)胞樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是組織樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是體液。合適體液的實(shí)例包括但不限于血液、血清、唾液或尿液。在一些實(shí)施方案中，樣品是血液樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是血清樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是尿樣。
[0142]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供通過(guò)檢測(cè)測(cè)試血清樣品中的抗體的存在來(lái)檢測(cè)癌癥的方法。在一些實(shí)施方案中，抗體識(shí)別本文公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的多肽或表位。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括檢測(cè)抗御抗原性多肽例如不限于癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)如以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的蛋白質(zhì)，或其抗原性片段的抗體的水平。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括將試樣中的抗體水平與對(duì)照樣品中的抗體水平比較，其中相對(duì)于對(duì)照樣品中的抗體水平，所述試樣中的改變抗體水平指示試樣中的癌癥的存在。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照樣品是來(lái)自非癌樣品例如從無(wú)癌癥的受試者獲得的血液或血清的樣品。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照來(lái)自癌癥樣品，并且因此，在一些實(shí)施方案中，所述方法包括比較樣品中的結(jié)合水平和/或抗體量，其中當(dāng)水平或量與癌癥對(duì)照樣品相同時(shí)指示試樣中的癌癥的存在。
[0143]在一些實(shí)施方案中，診斷癌癥或腫瘤病狀的方法包括a)在第一個(gè)體的第一樣品類型(例如組織、體液等)中，確定包括選自由SEQ ID NO:1-40中描述的人基因組和mRNA序列組成的組的核酸序列的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)；和b)比較來(lái)自所述第一個(gè)體或第二未患病個(gè)體的第二正常樣品類型的所述基因的所述表達(dá)；其中所述表達(dá)的差異指示第一個(gè)體患有癌癥。在一些實(shí)施方案中，與正常樣品相比，表達(dá)增加。
[0144]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明還提供檢測(cè)受試者的癌細(xì)胞的存在或不存在的方法。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括使受試者的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞與如本文描述的抗體接觸?？贵w可偶聯(lián)至可檢測(cè)物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，結(jié)合至由以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的蛋白質(zhì)的抗體可結(jié)合至第二抗體，其中第二抗體偶聯(lián)至可檢測(cè)物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，結(jié)合至由以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的蛋白質(zhì)的抗體結(jié)合至固體載體。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括檢測(cè)癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)與抗體的復(fù)合物，其中復(fù)合物的檢測(cè)指示受試者中的癌細(xì)胞的存在。復(fù)合物可包括如以下描述的可檢測(cè)物質(zhì)。復(fù)合物可包括固體載體，如珠粒、芯片、磁鐵、多孔板等。
[0145]在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供檢測(cè)試樣的癌癥的方法，包括:(i)檢測(cè)為基因產(chǎn)物的至少一個(gè)多肽的活性水平；和(ii)將試樣中的多肽的活性水平與正常樣品中的多肽的活性水平比較，其中相對(duì)于正常樣品中的多肽活性水平，試樣中的多肽的改變活性水平指不試樣中的癌癥的存在，其中所述基因廣物是選自以下提供的一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)序列的基因的產(chǎn)物。
[0146]捕獲試劑和具體結(jié)合配偶體
[0147]本發(fā)明提供特異性結(jié)合配偶體和捕獲試劑，其特異性結(jié)合至以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列和由那些序列編碼的多肽或蛋白質(zhì)。捕獲試劑和特異性結(jié)合配偶體可用于如以下公開(kāi)的診斷測(cè)定和/或以下描述的治療方法以及以下公開(kāi)的藥物篩選測(cè)定。捕獲試劑包括例如核酸和蛋白質(zhì)。合適蛋白質(zhì)包括抗體。
[0148]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“特異性結(jié)合”是指可測(cè)量地不同于非特異性相互作用的結(jié)合。特異性結(jié)合可例如通過(guò)測(cè)定分子的結(jié)合相較于對(duì)照分子的結(jié)合來(lái)測(cè)量，所述對(duì)照分子一般為不具有結(jié)合活性的結(jié)構(gòu)類似分子。舉例來(lái)說(shuō)，如果與不表達(dá)由以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的蛋白質(zhì)的細(xì)胞相比，分子對(duì)于表達(dá)由以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的相同蛋白質(zhì)的細(xì)胞具有可測(cè)量地較高親和力，那么指示特異性結(jié)合。特異性結(jié)合可例如通過(guò)已知結(jié)合分子的競(jìng)爭(zhēng)抑制來(lái)確定。
[0149]如本文使用，術(shù)語(yǔ)“特異性結(jié)合”包括低和高親和力特異性結(jié)合。特異性結(jié)合可由例如具有至少約10_4m的Kd的低親和力歸巢分子來(lái)展示。特異性結(jié)合也可由高親和力歸巢分子，例如，具有至少約10_5m的Kd的歸巢分子來(lái)展示。這類分子可具有例如至少約10_6m、至少約10-7Μ、至少約10-8Μ、至少約10-9Μ、至少約ΙΟ,Μ的kD或可具有至少約10-ηΜ或10-12Μ或更大的kD。低和高親和力歸巢分子是適用的并且由本發(fā)明涵蓋。低親和力歸巢分子適用于靶向例如多價(jià)偶聯(lián)物。高親和力歸巢分子適用于靶向例如多價(jià)和單價(jià)偶聯(lián)物。
[0150] 在一些實(shí)施方案中，特異性結(jié)合配偶體或捕獲試劑是抗體。IgG抗體中的結(jié)合例如總體上由至少約KT7M或更高如至少約10-8Μ或更高或至少約KT9M或更高或至少約1(T1qM或更高或至少約IO-11M或更高或至少約IO-12M或更高的親和力來(lái)表征。當(dāng)例如抗原結(jié)合域?qū)τ谖从稍S多抗原攜帶的具體表位具有特異性時(shí)，此術(shù)語(yǔ)也可為適用的，在此情況下攜帶抗原結(jié)合域的抗體或抗原結(jié)合蛋白總體上不結(jié)合其它抗原。在一些實(shí)施方案中，捕獲試劑具有針對(duì)其結(jié)合配偶體(例如抗原)的等于或小于Κ^Μ'ΙΟ,Μ、或10_ηΜ的kD。在一些實(shí)施方案中，捕獲試劑具有針對(duì)其結(jié)合配偶體的大于或等于IO9M4的Ka。捕獲試劑還可意指例如抗體。完整抗體，也稱為免疫球蛋白，是通常四聚體糖基化蛋白質(zhì)，其主要由各自近似25kDa的兩個(gè)輕(L)鏈,和各自近似50kDa的兩個(gè)重(H)鏈組成。兩種類型的輕鏈，被稱為λ和K，存在于抗體中。取決于重鏈的恒定域的氨基酸序列，免疫球蛋白分成五個(gè)主要類別:A、D、E、G和M，并且這些類別中的幾個(gè)可進(jìn)一步劃分成子類(同種型)，例如，IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2。每個(gè)輕鏈主要由N-末端可變(V)域(VL)和恒定(C)域(CL)組成。每個(gè)重鏈主要由N-末端V域(VH)、三個(gè)或四個(gè)C域(CHs)和鉸鏈區(qū)組成。最接近于VH的CH域稱為CHl。VH和VL域由被稱為框架區(qū)的四個(gè)相對(duì)保守序列區(qū)域(FR1、FR2、FR3和FR4)組成，這些區(qū)域形成三個(gè)高變序列區(qū)域(互補(bǔ)決定區(qū)，⑶R)的支架。⑶R含有負(fù)責(zé)抗體或抗原結(jié)合蛋白與抗原的特異性相互作用的大多數(shù)殘基。CDR被稱為CDR1、CDR2和⑶R3。因此，重鏈上的⑶R成分被稱為H1、H2和H3，而輕鏈上的⑶R成分被稱為L(zhǎng)1、L2和L3。CDR3是抗體或抗原結(jié)合蛋白結(jié)合部位內(nèi)的分子多樣性的最大來(lái)源。H3，例如，可短至兩個(gè)氨基酸殘基或大于26個(gè)氨基酸。不同類別免疫球蛋白的亞單位結(jié)構(gòu)和三維構(gòu)造在本領(lǐng)域中是熟知的。關(guān)于抗體結(jié)構(gòu)的綜述，參見(jiàn)Antibodies:A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, Harlow等人編，1988。本領(lǐng)域技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到每個(gè)亞單位結(jié)構(gòu)，例如，CH、VH、CL、VL、⑶R和/或FR結(jié)構(gòu)包括活性片段。舉例來(lái)說(shuō)，活性片段可由結(jié)合抗原的VH、VL或CDR亞單位的一部分，即，抗原結(jié)合片段，或結(jié)合至和/或活化Fe受體和/或補(bǔ)體的CH亞單位的一部分組成。
[0151]術(shù)語(yǔ)“抗原結(jié)合抗體”內(nèi)涵蓋的結(jié)合片段的非限制性實(shí)例包括(i)Fab片段，一種由VL、VH、CL和CHl結(jié)構(gòu)域組成的單價(jià)片段；(ii) F (ab’)2片段，一種由兩個(gè)通過(guò)二硫橋鍵在鉸鏈區(qū)連接的Fab片段組成的二價(jià)片段；(iii)由VH和CHl結(jié)構(gòu)域組成的Fd片段；(iv)由抗體的單一臂的VL和VH結(jié)構(gòu)域組成的Fv片段；(V)由VH結(jié)構(gòu)域組成的dAb片段；和(vi)分離的CDR。此外，雖然Fv片段的兩個(gè)域，VL和VH，由單獨(dú)基因編碼，但是其可通過(guò)合成接頭來(lái)重組連接，產(chǎn)生VL和VH域配對(duì)以形成一價(jià)分子的單一蛋白質(zhì)鏈(稱為單鏈Fv(ScFv))。最通常使用的接頭是15-殘基(Gly4Ser)3肽，但是其它接頭在本領(lǐng)域中也是已知的。單鏈抗體也意欲涵蓋于術(shù)語(yǔ)“抗體或抗原結(jié)合蛋白”或抗體的“抗原結(jié)合片段”內(nèi)。抗體還可為多克隆抗體、 單克隆抗體、嵌合抗體、抗原結(jié)合片段、Fe片段、單鏈抗體或其任何衍生物。
[0152]抗體可使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的常規(guī)技術(shù)獲得，并且以與完整抗體相同的方式針對(duì)效用來(lái)篩選片段?？贵w多樣性由編碼可變域和各種體細(xì)胞事件的多個(gè)種系基因來(lái)產(chǎn)生。體細(xì)胞事件包括可變基因節(jié)段與多樣性(D)和連接(J)基因節(jié)段重組以產(chǎn)生完整VH域，以及可變與連接基因節(jié)段重組以產(chǎn)生完整VL域。重組過(guò)程本身是不精確的，導(dǎo)致V(D) J結(jié)點(diǎn)處損失或添加氨基酸。這些多樣性機(jī)制在抗原暴露之前在發(fā)育B細(xì)胞中出現(xiàn)。在抗原性刺激之后，B細(xì)胞中的表達(dá)抗體基因經(jīng)歷體細(xì)胞突變?；诜N系基因節(jié)段的估計(jì)數(shù)量、這些節(jié)段的隨機(jī)重組，和隨機(jī)VH-VL配對(duì)，可產(chǎn)生多達(dá)1.6X IO7個(gè)不同抗體(Fundamental Immunology,第 3 版(1993), Paul 編，Raven Press, New York, N.Y.)。當(dāng)考慮到促成抗體多樣性的其它過(guò)程(如體細(xì)胞突變)時(shí)，認(rèn)為可產(chǎn)生多達(dá)IXIO10個(gè)不同抗體(Immunoglobulin Genes,第 2版(1995)，eds.Jonio 等人，Academic Press, SanDiego, Calif.)。因?yàn)樵S多過(guò)程涉及產(chǎn)生抗體多樣性，具有相同抗原特異性的獨(dú)立獲得的單克隆抗體不可能具有相同氨基酸序列。
[0153]能夠與抗原、表位或本文描述的其它分子特異性相互作用的抗體或抗原結(jié)合蛋白分子可通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的方法來(lái)產(chǎn)生。舉例來(lái)說(shuō)，單克隆抗體可根據(jù)已知方法生成雜交瘤細(xì)胞來(lái)產(chǎn)生。然后，用這種方式形成的雜交瘤細(xì)胞可使用標(biāo)準(zhǔn)方法來(lái)篩選，如酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)和Biacore分析，以識(shí)別產(chǎn)生與所感興趣的分子或化合物特異性相互作用的抗體的一個(gè)或多個(gè)雜交瘤細(xì)胞。如制備單克隆抗體分泌雜交瘤細(xì)胞的替代方案，本公開(kāi)的多肽的單克隆抗體可被識(shí)別并且分離，方法是用本公開(kāi)的多肽來(lái)篩選重組組合免疫球蛋白文庫(kù)(例如，抗體噬菌體展示文庫(kù))，從而分離結(jié)合至多肽的免疫球蛋白文庫(kù)成員。產(chǎn)生并且篩選噬菌體展示文庫(kù)的技術(shù)和可購(gòu)得試劑盒是本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。另外，尤其適合用于產(chǎn)生并且篩選抗體或抗原結(jié)合蛋白展示文庫(kù)的方法和試劑的實(shí)例可發(fā)現(xiàn)于文獻(xiàn)中。
[0154]嵌合抗體的實(shí)例包括但不限于人源化抗體。本文描述的抗體還可為人抗體。在一些實(shí)施方案中，捕獲試劑包括檢測(cè)試劑。檢測(cè)試劑可為可用于檢測(cè)結(jié)合至其特異性結(jié)合配偶體的捕獲試劑的存在的任何試劑。捕獲試劑可直接包括檢測(cè)試劑或捕獲試劑可包括包含檢測(cè)試劑的顆粒。在一些實(shí)施方案中，捕獲試劑和/或顆粒包括顏色、膠體金、放射性標(biāo)記、熒光標(biāo)記或化學(xué)發(fā)光底物。顆?？蔀?，例如，病毒顆粒、膠乳顆粒、脂質(zhì)顆粒或熒光顆粒。
[0155]本公開(kāi)的捕獲試劑(例如抗體)還可包括抗-抗體，即識(shí)別另一個(gè)抗體但是對(duì)于抗原不具有特異性的抗體，諸如但不限于抗-1gG、抗-1gM或抗-1gE抗體。此非特異性抗體可用作陽(yáng)性對(duì)照以檢測(cè)是否抗原特異性抗體存在于樣品中。
[0156]核酸捕獲試劑包括例如DNA、RNA和PNA分子。核酸可為約5核苷酸長(zhǎng)、約10核苷酸長(zhǎng)、約15核苷酸長(zhǎng)、約核苷酸長(zhǎng)、約20核苷酸長(zhǎng)、約25核苷酸長(zhǎng)、約30核苷酸長(zhǎng)、約35核苷酸長(zhǎng)約40核苷酸 長(zhǎng)。核酸可大于30核苷酸長(zhǎng)。核酸可小于30核苷酸長(zhǎng)。
[0157]治療膀胱癌
[0158]在一些實(shí)施方案中，表達(dá)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列之一的膀胱癌可通過(guò)拮抗癌癥相關(guān)序列的活性來(lái)治療。在一些實(shí)施方案中，治療膀胱癌的方法可包括施用治療劑，例如不限于拮抗配體結(jié)合至癌癥相關(guān)序列的抗體、抑制癌癥相關(guān)序列的表達(dá)或活性的小分子、針對(duì)癌癥相關(guān)序列的siRNA等。
[0159]在一些實(shí)施方案中，治療癌癥(例如膀胱或其它類型的癌癥)的方法包括檢測(cè)癌癥相關(guān)序列的受體的存在并且施用癌癥療法。所述療法可特異性結(jié)合至癌癥相關(guān)序列的受體。癌癥療法可以為任何癌癥療法或?qū)τ谝种瓢┌Y相關(guān)序列的作用具有特異性的療法。舉例來(lái)說(shuō)，在給出癌癥治療之前，測(cè)試各種癌癥以確定是否特異性分子存在。因此，在一些實(shí)施方案中，從患者獲得樣品并且針對(duì)癌癥相關(guān)序列的存在或如本文描述的癌癥相關(guān)序列的過(guò)表達(dá)來(lái)進(jìn)行測(cè)試。在一些實(shí)施方案中，如果發(fā)現(xiàn)癌癥相關(guān)序列過(guò)表達(dá)，那么將膀胱癌療法或治療劑施用至受試者。膀胱癌治療可為常規(guī)非特異性療法，如化學(xué)療法，或所述療法可包括只針對(duì)癌癥相關(guān)序列或癌癥相關(guān)序列所結(jié)合的受體的活性的特異性療法。這些療法可為例如特異性結(jié)合至癌癥相關(guān)序列并且抑制其活性的抗體。療法可為下調(diào)或沉默癌癥相關(guān)序列的表達(dá)的核酸。
[0160]本文中的一些實(shí)施方案描述治療癌癥或腫瘤病狀的方法，包括將抗御癌癥相關(guān)序列的抗體施用至受試者。在一些實(shí)施方案中，抗體可為單克隆或多克隆。在一些實(shí)施方案中，抗體可為人源化或重組抗體。在一些實(shí)施方案中，抗體可通過(guò)結(jié)合至且/或干擾癌癥相關(guān)序列的受體來(lái)中和癌癥相關(guān)序列的生物活性。在一些實(shí)施方案中，抗體可結(jié)合至由并非受體的癌癥相關(guān)DNA序列編碼的蛋白質(zhì)上的部位。在一些實(shí)施方案中，抗體可施用至生物流體或組織，例如不限于，血液、尿液、血清、腫瘤組織等。[0161]在一些實(shí)施方案中，治療癌癥的方法可包括施用干擾癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)或其受體的合成、分泌、受體結(jié)合或受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的試劑。在一些實(shí)施方案中，癌癥可選自包括但不限于尿路上皮癌、移行細(xì)胞癌、非移行細(xì)胞癌，例如不限于鱗狀細(xì)胞癌、腺癌、橫紋肌肉瘤、神經(jīng)細(xì)胞腫瘤、宮頸癌或淋巴瘤、復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移性膀胱癌或其組合。
[0162]在一些實(shí)施方案中，癌細(xì)胞可基于差異表達(dá)基因或基因產(chǎn)物來(lái)用治療劑特異性靶向。舉例來(lái)說(shuō)，在一些實(shí)施方案中，差異表達(dá)基因產(chǎn)物可為酶，其可將抗癌前藥轉(zhuǎn)化成其活性形式。因此，在其中差異表達(dá)基因產(chǎn)物未表達(dá)或以顯著較低水平表達(dá)的正常細(xì)胞中，前藥可未活化或以較小量活化，并且可因此對(duì)于正常細(xì)胞具有較小毒性。因此，在一些實(shí)施方案中，癌癥前藥可以較高劑量給出以使得癌細(xì)胞可代謝前藥，所述前藥例如殺滅癌細(xì)胞，并且正常細(xì)胞也不代謝前藥，并且因此對(duì)于患者具有較小毒性。此實(shí)例是其中腫瘤細(xì)胞過(guò)表達(dá)金屬蛋白酶，其描述于Atkinson等人British Journal ofPharmacology (2008) 153, 1344-1352中。使用蛋白酶來(lái)革巴向癌細(xì)胞也描述于Carl等人PNAS,第77卷，第4期，第2224-2228頁(yè)，1980年4月中。舉例來(lái)說(shuō)，多柔比星或其它類型的化學(xué)治療劑可連接至由差異表達(dá)基因產(chǎn)物特異性裂解或辨識(shí)的肽序列。然后，多柔比星或其它類型的化學(xué)治療劑從肽序列上裂解并且活化以使得它可殺滅或抑制癌細(xì)胞的生長(zhǎng)，而在正常細(xì)胞中，化學(xué)治療劑永不內(nèi)化至細(xì)胞中或未有效地代謝，并且因此具有較小毒性。
[0163]在一些實(shí)施方案中，治療膀胱癌的方法可包括本文描述的一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)序列的基因敲除?；蚯贸侵附逡詼p少一個(gè)或多個(gè)有機(jī)體的基因的表達(dá)的技術(shù)，其實(shí)現(xiàn)方法是經(jīng)由遺傳修飾(改變有機(jī)體的染色體例如不限于編碼癌癥相關(guān)序列染色體之一的DNA)或通過(guò)用具有與mRNA轉(zhuǎn)錄物或基因互補(bǔ)的序列的試劑如短DNA或RNA寡核苷酸來(lái)治療。在一些實(shí)施方案中，所使用的寡核苷酸可選自RNA酶-H感受態(tài)反義,例如不限于ssDNA寡核苷酸、ssRNA寡核苷酸、硫代磷酸酯寡核苷酸或嵌合寡核苷酸；RNA酶獨(dú)立反義，如嗎啉代寡核苷酸、2’ -O-甲基硫代磷酸酯寡核苷酸、鎖核酸寡核苷酸或肽核酸寡核苷酸；RNAi寡核苷酸，例如不限于siRNA雙鏈寡核苷酸或shRNA寡核苷酸；或其任何組合。在一些實(shí)施方案中，質(zhì)?？梢爰?xì)胞中，其中質(zhì)粒表達(dá)反義RNA轉(zhuǎn)錄物或shRNA轉(zhuǎn)錄物。所引入的寡核苷酸或所表達(dá)的轉(zhuǎn)錄物可通過(guò)互補(bǔ)堿基配對(duì)(正義-反義相互作用)來(lái)與目標(biāo)mRNA (例如表I中公開(kāi)的序列)相互作用。
[0164]具體機(jī)制沉默可隨著寡核苷酸化學(xué)而變化。在一些實(shí)施方案中，本文描述的寡核苷酸結(jié)合至活性基因或其轉(zhuǎn)錄物可導(dǎo)致經(jīng)由以下作用來(lái)降低表達(dá):阻斷轉(zhuǎn)錄、降級(jí)mRNA轉(zhuǎn)錄物(例如通過(guò)小干擾RNA(SiRNA)或RNA酶-H依賴性反義)或阻斷mRNA翻譯、用于使其它功能性RNA如miRNA成熟(例如通過(guò)嗎啉代寡核苷酸或其它RNA酶-H獨(dú)立反義)的預(yù)mRNA剪接部位或核酸酶裂解部位。舉例來(lái)說(shuō)，RNA酶-H感受態(tài)反義寡核苷酸(和反義RNA轉(zhuǎn)錄物)可與裂解RNA鏈的酶RNA酶-H所辨識(shí)的RNA形成雙鏈。作為另一個(gè)實(shí)例，RNA酶獨(dú)立寡核苷酸 可結(jié)合至mRNA并且阻斷翻譯過(guò)程。在一些實(shí)施方案中，寡核苷酸可結(jié)合于5’ -UTR并且當(dāng)其從5’ -帽行進(jìn)至起始密碼子時(shí)停止起始復(fù)合物，從而阻止核糖體組裝。RNAi寡核苷酸的單一鏈可負(fù)載至RISC復(fù)合物中，所述復(fù)合物催化性裂解互補(bǔ)序列并且抑制攜帶部分互補(bǔ)序列的一些mRNA的翻譯。寡核苷酸可通過(guò)任何技術(shù)來(lái)引入細(xì)胞中，所述技術(shù)包括但不限于電穿孔、顯微注射、鹽休克方法例如CaCl2休克；通過(guò)陽(yáng)離子脂質(zhì)例如Lipofectamine來(lái)轉(zhuǎn)染陰離子寡核苷酸；通過(guò)內(nèi)含體釋放劑例如Endo-Porter來(lái)轉(zhuǎn)染不帶電的寡核苷酸；或其任何組合。在一些實(shí)施方案中，寡核苷酸可使用選自納米顆粒復(fù)合物、病毒介導(dǎo)轉(zhuǎn)染、連接至八胍鹽樹(shù)形化合物的寡核苷酸(嗎啉代寡核苷酸)或其任何組合的技術(shù)來(lái)從血液傳輸至細(xì)胞溶質(zhì)。
[0165]在一些實(shí)施方案中，治療膀胱癌的方法可包括用合適試劑治療受試者以敲除或抑制編碼SEQ ID NO:1-40中公開(kāi)的mRNA或SEQ ID NO:41中公開(kāi)的蛋白質(zhì)或其組合的基因的表達(dá)。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供例如在體外培養(yǎng)細(xì)胞或從受試者獲得的樣品獲得的細(xì)胞中，SEQ ID NO:1-40中公開(kāi)的一個(gè)或多個(gè)基因或編碼SEQ ID NO:41中公開(kāi)的蛋白質(zhì)的基因的表達(dá)的體外敲除。
[0166]所述方法可包括將hES細(xì)胞源性克隆胚胎祖細(xì)胞系CM02和EN13(參見(jiàn)題為“Methods to accelerate the isolation of novel cell strains from pluripotentstem cells and cells obtained thereby” 的美國(guó)專利公布 2008/0070303 ;和 2009 年
7月 16 日提交并且標(biāo)題為 “Methods to Accelerate the Isolation of Novel CellStrains from Pluripotent Stem Cells and Ceils Obtained Thereby，，的美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?2/504，630)與表達(dá)針對(duì)癌癥相關(guān)序列的沉默RNA的逆轉(zhuǎn)錄病毒一起培養(yǎng)。在一些實(shí)施方案中，所述方法可進(jìn)一步包括通過(guò)qPCR來(lái)證實(shí)下調(diào)。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括冷凍保存細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括將細(xì)胞重編程序。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括在兩天內(nèi)通過(guò)外源性施用0CT4、MYC、KLF4和S0X2 (參見(jiàn)Takahashi 和 Yamanaka2006 年 8 月 25 日；126(4):663-76 ;公開(kāi)為 US2009/0068742 并且題為“Nuclear Reprogramming Factor”的美國(guó)專利申請(qǐng)序列號(hào)12/086，479)并且通過(guò)公開(kāi)為W0/2007/019398并且 題為“Improved Methods of Reprogramming Animal Somatic Cells”的PCT/US06/30632中描述的方法來(lái)將細(xì)胞冷凍保存或重編程序。在一些實(shí)施方案中，所述方法可包括在促進(jìn)ES細(xì)胞繁殖的條件下培養(yǎng)哺乳動(dòng)物分化細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，任何便利的ES細(xì)胞繁殖條件可例如在饋給器上或沒(méi)有能夠繁殖ES細(xì)胞的培養(yǎng)基的饋給器中使用。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括識(shí)別來(lái)自培養(yǎng)物中的ES集落的細(xì)胞。然后，來(lái)自所識(shí)別的ES集落的細(xì)胞可針對(duì)ES標(biāo)志物例如0ct4、TRAl-60、TRAl-81、SSEA4等來(lái)進(jìn)行評(píng)估，并且具有ES細(xì)胞表型的那些細(xì)胞可加以擴(kuò)增。未通過(guò)敲除來(lái)預(yù)處理的對(duì)照譜系可并行重新編程以證明預(yù)處理的有效性。
[0167]在一些實(shí)施方案中，癌癥通過(guò)調(diào)節(jié)表1和或SEQ ID NO:1_41中公開(kāi)的序列或其基因產(chǎn)物的活性或表達(dá)來(lái)治療。
[0168]在一些實(shí)施方案中，治療癌癥方法包括施用特異性結(jié)合至在細(xì)胞表面上表達(dá)的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的抗體(例如單克隆抗體、人抗體、人源化抗體、重組抗體、嵌合抗體等)。在一些實(shí)施方案中，抗體結(jié)合至癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的細(xì)胞外域。在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于正常細(xì)胞表面，抗體結(jié)合至差異地表達(dá)于癌細(xì)胞表面上的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)，或在一些實(shí)施方案中，結(jié)合至至少一個(gè)人癌細(xì)胞系。在一些實(shí)施方案中，抗體連接至治療劑或毒素。
[0169]在一些實(shí)施方案中，治療、減少癌癥或腫瘤的癥狀或預(yù)防癌癥或腫瘤的免疫療法策略的實(shí)行方案(例如，疫苗)可使用本領(lǐng)域技術(shù)人員可獲得的許多不同技術(shù)來(lái)獲得。
[0170]免疫療法或用于治療用途的抗體的使用最近幾年中已經(jīng)用于治療癌癥。被動(dòng)的免疫療法涉及在癌癥治療中使用單克隆抗體。參見(jiàn)例如Cancer:Principles and Practiceof Oncology,第6版(2001)第20章第495-508頁(yè)。這些抗體的內(nèi)在治療生物活性包括直接抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)或存活，和募集身體免疫系統(tǒng)的天然細(xì)胞殺滅活性的能力。這些試劑可單獨(dú)或結(jié)合輻射或化學(xué)治療劑來(lái)施用?；蛘撸贵w可用于產(chǎn)生抗體偶聯(lián)物，其中抗體連接至毒性劑并且通過(guò)特異性結(jié)合至腫瘤來(lái)將所述試劑引導(dǎo)至腫瘤。
[0171] 篩選癌癥治療劑
[0172]本發(fā)明提供篩選測(cè)定以確定是否候選分子對(duì)于膀胱癌細(xì)胞的生長(zhǎng)和或轉(zhuǎn)移具有抑制效應(yīng)。合適候選物包括蛋白質(zhì)、肽、核酸如DNA、RNA shRNA sm RNA等、小分子包括小有機(jī)分子和小無(wú)機(jī)分子。小分子可包括小于50kd的分子。
[0173]在一些實(shí)施方案中，提供識(shí)別抗癌劑的方法，其中所述方法包括使候選試劑與樣品接觸；和確定樣品中的癌癥相關(guān)序列的活性。在一些實(shí)施方案中，如果在接觸之后，樣品中的癌癥相關(guān)序列的活性減少，那么候選試劑識(shí)別為抗癌劑。在其它實(shí)施方案中，候選試劑減少一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平。
[0174]在一些實(shí)施方案中，候選試劑是抗體。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括使結(jié)合至癌癥相關(guān)序列的候選抗體與樣品接觸，和測(cè)定癌癥相關(guān)序列的活性，其中如果在接觸之后，樣品中的癌癥相關(guān)序列的活性減少，那么候選試劑識(shí)別為抗癌劑。癌癥相關(guān)序列的活性可為癌癥相關(guān)序列的任何活性?；钚缘膶?shí)例可包括抑制癌癥相關(guān)序列本身或酶的酶活性，所述酶在核酸水平或蛋白質(zhì)水平與癌癥相關(guān)序列相互作用或受其調(diào)節(jié)。
[0175]在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供識(shí)別抗癌(例如膀胱癌)試劑的方法，包括使候選試劑與細(xì)胞樣品接觸；和確定癌癥相關(guān)序列的活性，其中如果在接觸之后，細(xì)胞樣品中的癌癥相關(guān)序列的活性減少，那么候選試劑識(shí)別為抗癌劑。在一些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供識(shí)別抗癌劑的方法，所述方法包括使結(jié)合至選自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlUS100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其組合的癌癥相關(guān)序列的候選試劑與細(xì)胞樣品接觸，和測(cè)定癌癥相關(guān)序列的活性或表達(dá)水平，其中如果在接觸之后，細(xì)胞樣品中的癌癥相關(guān)序列的活性減少，那么候選試劑識(shí)別為抗癌劑。
[0176]在一些實(shí)施方案中，篩選候選藥物的方法包括將不存在候選藥物時(shí)的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平與存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平比較。
[0177]一些實(shí)施方案針對(duì)篩選能夠結(jié)合癌癥相關(guān)序列(核酸或蛋白質(zhì))的治療劑的方法，所述方法包括將癌癥相關(guān)序列與候選治療劑組合，和確定候選試劑結(jié)合至癌癥相關(guān)序列。
[0178]本文進(jìn)一步提供篩選能夠調(diào)節(jié)癌癥相關(guān)序列的活性的治療劑的方法。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括將癌癥相關(guān)序列與候選治療劑組合，和確定候選試劑對(duì)于癌癥相關(guān)序列的生物活性的效應(yīng)。調(diào)節(jié)癌癥相關(guān)序列的生物活性的試劑可用作能夠調(diào)節(jié)癌癥相關(guān)序列的活性的治療劑。
[0179]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供篩選抗癌活性的方法，包括:(a)使表達(dá)選自一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列、其同源物、其組合或其片段的癌癥相關(guān)基因的細(xì)胞與抗癌候選藥物接觸；(b)檢測(cè)抗癌候選藥物對(duì)于癌癥相關(guān)序列在細(xì)胞(在核酸或蛋白質(zhì)水平下)中的表達(dá)的效應(yīng)；和(C)將不存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平與存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平比較；其中對(duì)于癌癥相關(guān)多核苷酸的表達(dá)的效應(yīng)指示候選物具有抗癌活性。舉例來(lái)說(shuō)，候選藥物可降低細(xì)胞中的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)水平。
[0180]在一些實(shí)施方案中，評(píng)估候選癌癥藥物的效應(yīng)的方法可包括將藥物施用至患者和從患者移除細(xì)胞樣品。然后確定細(xì)胞的表達(dá)譜。在一些實(shí)施方案中，所述方法可進(jìn)一步包括將患者的表達(dá)譜與健康個(gè)體的表達(dá)譜比較。在一些實(shí)施方案中，表達(dá)譜包括測(cè)量本文公開(kāi)的序列的一個(gè)或多個(gè)或其任何組合的表達(dá)。在一些實(shí)施方案中，其中本文公開(kāi)序列的一個(gè)或多個(gè)或其任何組合的表達(dá)譜變化(增加或降低)，候選癌癥藥物被認(rèn)為是有效的。
[0181]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供篩選抗癌活性的方法，包括:(a)提供表達(dá)編碼核酸序列的癌癥相關(guān)基因的細(xì)胞，所述核酸序列選自由SEQ ID N01-40中展示的癌癥相關(guān)序列或編碼SEQ ID NO:41的基因或其片段的組成的組，(b)使可從癌細(xì)胞獲得的細(xì)胞與抗癌候選藥物接觸；(c)監(jiān)測(cè)抗癌候選藥物對(duì)于樣品中的癌癥相關(guān)序列細(xì)胞的表達(dá)的效應(yīng)，和任選地(d)將不存在所述候選藥物時(shí)的表達(dá)水平與存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平比較。
[0182]合適候選藥物包括但不限于轉(zhuǎn)錄抑制劑、G-蛋白質(zhì)偶聯(lián)受體拮抗劑、生長(zhǎng)因子拮抗劑、絲氨酸-蘇氨酸激酶拮抗劑、酪氨酸激酶拮抗劑。在一些實(shí)施方案中，其中候選調(diào)節(jié)癌癥相關(guān)序列的表達(dá)，候選物被認(rèn)為具有抗癌活性。在一些實(shí)施方案中，抗癌活性通過(guò)測(cè)量細(xì)胞生長(zhǎng)來(lái)確定。在一些實(shí)施方案中，候選物抑制或減慢細(xì)胞生長(zhǎng)并且被認(rèn)為具有抗癌活性。在一些實(shí)施方案中，候 選物導(dǎo)致細(xì)胞死亡，并且因而，候選物被認(rèn)為具有抗癌活性。
[0183]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供篩選抗御膀胱癌的活性的方法。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括使過(guò)度表達(dá)與選自以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列、其同源物、其組合或其片段的癌癥相關(guān)序列互補(bǔ)的癌癥相關(guān)基因的細(xì)胞與膀胱癌候選藥物接觸。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括檢測(cè)膀胱癌候選藥物對(duì)于細(xì)胞中的癌癥相關(guān)多核苷酸的表達(dá)效應(yīng)或?qū)τ诩?xì)胞生長(zhǎng)或生存力的效應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括將不存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平、細(xì)胞生長(zhǎng)或生存力與存在候選藥物時(shí)的表達(dá)水平、細(xì)胞生長(zhǎng)或生存力比較；其中對(duì)于癌癥相關(guān)多核昔酸的表達(dá)、細(xì)胞生長(zhǎng)或生存力的效應(yīng)指不候選物具有抗御過(guò)度表達(dá)癌癥相關(guān)基因的膀胱癌細(xì)胞的活性，其中所述基因包括序列，所述序列選自SEQ ID NO:1-40中公開(kāi)的序列或編碼SEQ ID NO:41的基因，或其互補(bǔ)物、其同源物、其組合或其片段。在一些實(shí)施方案中，候選藥物可包括，例如，轉(zhuǎn)錄抑制劑、G-蛋白質(zhì)偶聯(lián)受體拮抗劑、生長(zhǎng)因子拮抗劑、絲氨酸-蘇氨酸激酶拮抗劑或酪氨酸激酶拮抗劑。
[0184]確定膀胱癌標(biāo)記的方法
[0185]具體活細(xì)胞中的基因表達(dá)模式可為其當(dāng)前狀態(tài)所特有的。細(xì)胞狀態(tài)或類型的幾乎所有差異反映于一個(gè)或多個(gè)基因的RNA水平的差異中。未表征基因的表達(dá)模式的比較可提供其功能的線索。數(shù)百或數(shù)千基因的表達(dá)的高通量分析可幫助(a)識(shí)別復(fù)雜遺傳疾病，(b)分析組織與疾病狀況之間隨著時(shí)間的推移的差異基因表達(dá)，和(C)藥物發(fā)現(xiàn)和毒理學(xué)研究。某些基因的表達(dá)水平的增加或降低與癌癥生物學(xué)相關(guān)。舉例來(lái)說(shuō)，癌基因是腫瘤形成的正調(diào)控劑，而腫瘤抑制基因是腫瘤形成的負(fù)調(diào)控劑。(Marshall，Cell, 64:313-406 (1991)；Weinberg, Science, 254:1138-1146 (1991))。因此，本文中的一些實(shí)施方案提供多核苷酸和涉及癌癥，尤其瘤形成的多肽序列。
[0186]癌基因是可導(dǎo)致癌癥的基因。癌形成可通過(guò)多種機(jī)制來(lái)發(fā)生，包括用含有癌基因的病毒來(lái)感染細(xì)胞、原癌基因在宿主基因組中的活化，和原癌基因和腫瘤抑制基因的突變。癌形成基本上通過(guò)體細(xì)胞演化(即逐漸喪失生長(zhǎng)控制的變體的突變和自然選擇)來(lái)驅(qū)動(dòng)。充當(dāng)這些體細(xì)胞突變的目標(biāo)的基因歸類為原癌基因或腫瘤抑制基因，取決于是否其突變表型分別是顯性或隱性的。
[0187]本發(fā)明的一些實(shí)施方案針對(duì)癌癥相關(guān)序列(“目標(biāo)標(biāo)志物”)。一些實(shí)施方案針對(duì)識(shí)別適用于診斷和治療癌癥的新穎目標(biāo)標(biāo)志物的方法，其中包括但不限于磷酸化和SUMO化的mRNA、miRNA、蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)翻譯后修飾的表達(dá)水平在五個(gè)類別的細(xì)胞類型之間比較:(I)永生多能干細(xì)胞(如胚胎干(“ES”)細(xì)胞、誘導(dǎo)多能干(“iPS”)細(xì)胞，和生殖系細(xì)胞如胚胎性癌(“EC”)細(xì)胞)或性腺組織；(2) ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖細(xì)胞(“EP”)細(xì)胞系，⑶成核血細(xì)胞，包括但不限于CD34+細(xì)胞和CD133+細(xì)胞；(4)正常必死體細(xì)胞成人源性組織和培養(yǎng)細(xì)胞，包括:皮膚成纖維細(xì)胞、血管內(nèi)皮細(xì)胞、正常非淋巴和非癌組織等，和(5)惡性癌細(xì)胞，包括培養(yǎng)癌細(xì)胞系或人腫瘤組織?？傮w上在類別1、3和5中，或在類別I和5中表達(dá)(或不表達(dá))但是在類別2和4中不表達(dá)(或表達(dá))的mRNA、miRNA或蛋白質(zhì)是癌癥診斷和治療的候選目標(biāo)。本文中的一些實(shí)施方案針對(duì)人應(yīng)用、非人獸醫(yī)應(yīng)用或其組合。
[0188]在一些實(shí)施方案中，識(shí)別目標(biāo)標(biāo)志物的方法包括以下步驟:1)獲得永生多能干細(xì)胞(如胚胎干(“ES”)細(xì)胞、誘導(dǎo)多能干(“iPS”)細(xì)胞和生殖系細(xì)胞如胚胎性癌(“EC”)細(xì)胞)的mRNA、miRNA、蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)修飾的分子譜；2)ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖(“EF”)細(xì)胞系惡性癌細(xì)胞，包括培養(yǎng)癌細(xì)胞系或人腫瘤組織，并且將那些分子與存在于必死的體細(xì)胞類型如培養(yǎng)克隆人胚胎祖細(xì)胞、來(lái)自胎兒或成人來(lái)源的培養(yǎng)體細(xì)胞，或惡性癌細(xì)胞的正常組織對(duì)應(yīng)物的分子進(jìn)行比較。在多能干細(xì)胞如hES細(xì)胞和惡性癌細(xì)胞之間共用，但是不存在于大部分體細(xì)胞類型中的目標(biāo)標(biāo)志物可為候選診斷標(biāo)志物和治療目標(biāo)。
[0189]本文中的實(shí)施方案的癌癥相關(guān)序列公開(kāi)于例如SEQ ID N01-41中。這些序列從倍數(shù)變化和過(guò)濾器分析中提取。正常和膀胱腫瘤組織中的癌癥相關(guān)序列的表達(dá)在以下公開(kāi)。
[0190]一旦表達(dá)確定，基因序列結(jié)果可考慮到癌細(xì)胞系相比于正常組織中的倍數(shù)變化；一般特異性；分泌與否、癌細(xì)胞系中的表達(dá)水平；和信噪比來(lái)進(jìn)一步過(guò)濾。
[0191]應(yīng)認(rèn)識(shí)到存在獲得表達(dá)數(shù)據(jù)和使用表達(dá)數(shù)據(jù)的各種方法。舉例來(lái)說(shuō)，可用于檢測(cè)或診斷患有癌癥的受試者的表達(dá)數(shù)據(jù)可實(shí)驗(yàn)上獲得。在一些實(shí)施方案中，獲得表達(dá)數(shù)據(jù)包括獲得樣品并且處理樣品以實(shí)驗(yàn)上確定表達(dá)數(shù)據(jù)。表達(dá)數(shù)據(jù)可包括本文描述的一個(gè)或多個(gè)癌癥相關(guān)序列的表達(dá)數(shù)據(jù)。表達(dá)數(shù)據(jù)可例如使用微陣列或定量擴(kuò)增方法諸如但不限于那些本文所述微陣列或定量擴(kuò)增方法來(lái)實(shí)驗(yàn)上確定。在一些實(shí)施方案中，獲得與樣品相關(guān)的表達(dá)數(shù)據(jù)包括從處理樣品以實(shí)驗(yàn)上確定表達(dá)數(shù)據(jù)的第三方接收表達(dá)數(shù)據(jù)。
[0192]檢測(cè)表達(dá)水平或本文描述的類似步驟可實(shí)驗(yàn)上完成或如本文描述由第三方提供。因此，例如，“檢測(cè)表達(dá)水平”可意指實(shí)驗(yàn)上測(cè)量數(shù)據(jù)和/或獲得由處理樣品以確定和檢測(cè)表達(dá)水平數(shù)據(jù)的另一方所提供的數(shù)據(jù)。
[0193] 可使用對(duì)于mRNA水平的基因表達(dá)比較,這一比較利用雜化至RNA探針序列的Illumina基因表達(dá)微陣列。舉例來(lái)說(shuō)，樣品可由不同類別的細(xì)胞類型來(lái)制備:1)人胚胎干(“ES”)細(xì)胞，或性腺組織2)ES、iPS或EC源性克隆胚胎祖(“EP”)細(xì)胞系，3)成核血細(xì)胞，包括但不限于CD34+細(xì)胞和CD133+細(xì)胞；4)正常必死的成人體細(xì)胞獲得的組織和培養(yǎng)細(xì)胞，包括:皮膚成纖維細(xì)胞、血管內(nèi)皮細(xì)胞、正常非淋巴和非癌組織等，和5)惡性癌細(xì)胞，包括培養(yǎng)癌細(xì)胞系或人腫瘤組織，并且執(zhí)行過(guò)濾以檢測(cè)總體上在類別1、3和5，或類別I和5中表達(dá)(或不表達(dá))但是在類別2和4中不表達(dá)(或表達(dá))的基因?；谶@一觀察結(jié)果的這些癌癥的治療基于減少在癌癥中上調(diào)的上述轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)，或以其它方式減少基因廣物的表達(dá)。
[0194]分析樣品的技術(shù)
[0195]在本領(lǐng)域中已知的任何技術(shù)可用于根據(jù)以下公開(kāi)的方法來(lái)分析樣品，所述方法如檢測(cè)或診斷樣品中的癌癥或識(shí)別新癌癥相關(guān)序列的方法。示例性技術(shù)提供如下:
[0196]基因表達(dá)測(cè)定:測(cè)量基因表達(dá)水平可在本領(lǐng)域中的任何已知方法來(lái)執(zhí)行，包括但不限于定量PCR，或微陣列基因表達(dá)分析、珠粒陣列基因表達(dá)分析和RNA印跡分析。基因表達(dá)水平可以相對(duì)于ADPRT (登錄號(hào)NM_001618.2)、GAPD (登錄號(hào)NM_002046.2)或在本領(lǐng)域中已知的其它管家基因來(lái)標(biāo)準(zhǔn)化的相對(duì)表達(dá)來(lái)表示。在mRNA表達(dá)的微陣列探針的情況下，基因表達(dá)數(shù)據(jù)也可通過(guò)中位數(shù)的中位數(shù)方法來(lái)標(biāo)準(zhǔn)化。在此方法中，每個(gè)陣列給出不同總強(qiáng)度。使用中位數(shù)值是在實(shí)驗(yàn)中比較細(xì)胞系(陣列)的穩(wěn)健方法。舉例來(lái)說(shuō)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)細(xì)胞系的中位數(shù)，然后那些中位數(shù)的中位數(shù)變?yōu)闃?biāo)準(zhǔn)化值。來(lái)自每個(gè)細(xì)胞系的信號(hào)相對(duì)于每個(gè)其它細(xì)胞系來(lái)產(chǎn)生。
[0197]RNA提取:本公開(kāi)的細(xì)胞可與0.05%胰蛋白酶和0.5mM EDTA —起孵育，隨后收集于具有 0.5% BSA 的 DMEM(Gibco, Gaithersburg, MD)中。總 RNA 可從細(xì)胞使用 RNeasy 微型試劑盒(Qiagen, Hilden, Germany)來(lái)純化。
[0198]從細(xì)胞分離總RNA和miRNA:富集小RNA物質(zhì)的總RNA或樣品可從細(xì)胞培養(yǎng)物中分離，所述培養(yǎng)物在收獲RNA之前經(jīng)歷血清饑餓以近似在許多成熟組織中觀察到的細(xì)胞生長(zhǎng)停滯。細(xì)胞生長(zhǎng)停滯可通過(guò)更換至含有0.5%血清的培養(yǎng)基5天來(lái)執(zhí)行，其中在首先添加低血清培養(yǎng)基之后2-3天更換一份培養(yǎng)基。RNA可根據(jù)分離總RNA的Qiagen RNEasy試劑盒或分離富集小RNA物質(zhì)的RNA的Ambion mirVana試劑盒的供應(yīng)商說(shuō)明書來(lái)收獲。RNA濃度可通過(guò)分光光度測(cè)定法來(lái)確定并且RNA質(zhì)量可通過(guò)使瓊脂糖凝膠電泳變性以顯現(xiàn)28S和18S RNA來(lái)確定。具有不帶有降解跡象和近似2:1、28S:18S比率的明顯可見(jiàn)的28S和18S條帶的樣品可用于后續(xù)miRNA分析。
[0199]從人細(xì)胞分離的樣品中的miRNA測(cè)定:miRNA可使用來(lái)自AppliedBiosystems, Inc.的 Human Panel TaqMan MicroRNA 測(cè)定來(lái)定量。這是使用反轉(zhuǎn)錄(RT)
的莖環(huán)引物、隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)TaqMan?的兩步測(cè)定。測(cè)定包括兩個(gè)步驟，反轉(zhuǎn)錄(RT)和定量PCR0實(shí)時(shí)PCR可在Applied Biosystems7500實(shí)時(shí)PCR系統(tǒng)上執(zhí)行。每個(gè)細(xì)胞的拷貝數(shù)可基于合成mir-16miRNA的標(biāo)準(zhǔn)曲線并且假定近似15pg/細(xì)胞的總RNA質(zhì)量來(lái)估計(jì)。
[0200]反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)可使用5 μ L最終體積的I X cDNA歸檔緩沖液、3.35單位MMLV反轉(zhuǎn)錄酶、5mM每個(gè)dNTP、l.3單位AB RNA酶抑制劑、2.5nM330重反向引物(RP)、3ng細(xì)胞RNA來(lái)執(zhí)行。反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)可在BioRad或MJ溫度循環(huán)器上執(zhí)行，所述溫度循環(huán)器具有以下循環(huán)曲線:20°C歷時(shí)30秒；42°C歷時(shí)30秒；50°C歷時(shí)I秒歷經(jīng)60個(gè)循環(huán)，隨后在85°C下歷時(shí)5分鐘的一個(gè)循環(huán)。
[0201]實(shí)時(shí)PCR。兩微升1:400稀釋預(yù)PCR產(chǎn)物可用于20ul反應(yīng)。所有反應(yīng)可重復(fù)兩次。因?yàn)榇朔椒ǚ浅７€(wěn)健，所以重復(fù)兩次樣品可為足夠的并且精確到足以獲得miRNA表達(dá)水平值。ABI的TaqMan通用PCR預(yù)混液可根據(jù)制造商建議來(lái)使用。簡(jiǎn)單地說(shuō)，I X TaqMan通用預(yù)混液(ABI)、1 μ M正向引物、I通用反向引物和0.2μΜ TaqMan探針可用于每個(gè)實(shí)時(shí)PCR0所使用的條件可如下:95°C歷時(shí)10分鐘，隨后是95°C歷時(shí)15秒，和60°C歷時(shí)I分鐘的40個(gè)循環(huán)。所有反應(yīng)可在ABI Prism7000序列檢測(cè)系統(tǒng)上進(jìn)行。
[0202]微陣列雜交和數(shù)據(jù)處理。cDNA樣品和細(xì)胞總RNA(八個(gè)個(gè)別試管中各自5 μ g)可經(jīng)受一個(gè)循環(huán)目標(biāo)標(biāo)記程序以通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄(IVT) (Affymetrix, Santa Clara, CA)或使用Illumina Total Prep RNA標(biāo)記試劑盒來(lái)生物素標(biāo)記。對(duì)于關(guān)于Affymetix基因芯片的分析，cRNA可隨后根據(jù)制造商說(shuō)明書來(lái)分割并且雜化至人基因組U133Plus2.0陣列(Affymetrix)。微陣列圖像數(shù)據(jù)可用 GeneChip Scanner3000 (Affymetrix)處理以產(chǎn)生 CEL數(shù)據(jù)。然后，CEL數(shù)據(jù)可經(jīng)受dChip軟件的分析，所述軟件具有同時(shí)標(biāo)準(zhǔn)化和處理多個(gè)數(shù)據(jù)集的優(yōu)勢(shì)。從來(lái)自細(xì)胞的八個(gè)非擴(kuò)增對(duì)照、來(lái)自稀釋細(xì)胞RNA的八個(gè)獨(dú)立擴(kuò)增樣品，和來(lái)自20個(gè)單一細(xì)胞的擴(kuò)增cDNA樣品獲得的數(shù)據(jù)可根據(jù)程序的默認(rèn)配置個(gè)別地在相應(yīng)組內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)化?；谀Ｐ偷谋磉_(dá)指數(shù)(MBEI)可使用PM/MM差異模式來(lái)計(jì)算，所述模式具有信號(hào)強(qiáng)度的對(duì)數(shù)-2轉(zhuǎn)化和低值截?cái)嘀亮?。絕對(duì)調(diào)用(當(dāng)前、邊緣和缺失)可通過(guò)Affymetrix微陣列軟件5.0(MAS5.0)算法使用dChip默認(rèn)配置來(lái)計(jì)算。對(duì)于以下描述的所有定量分析，可考慮僅當(dāng)前探針的表達(dá)水平。微陣列數(shù)據(jù)的GEO登錄號(hào)是GSE4309。對(duì)于關(guān)于Illumina人HT-12v4表達(dá)珠粒晶片的分析,標(biāo)記cRNA可根據(jù)制造商說(shuō)明書來(lái)雜化。
[0203]計(jì)算覆蓋度和精度。真陽(yáng)性定義為八個(gè)非擴(kuò)增對(duì)照中的至少六個(gè)對(duì)照中有稱為當(dāng)前的探針，并且真實(shí)表達(dá)水平定義為當(dāng)前探針的對(duì)數(shù)平均表達(dá)水平。覆蓋度的定義是(擴(kuò)增樣品中檢測(cè)到的真陽(yáng)性探針的數(shù)目)/(真陽(yáng)性探針的數(shù)目)。精度定義是(擴(kuò)增樣品中檢測(cè)到的真陽(yáng)性探針的數(shù)目)/(擴(kuò)增樣品中檢測(cè)到的探針的數(shù)目)。擴(kuò)增和非擴(kuò)增樣品的表達(dá)水平可除以20.5(20、20.5,21,21.5...)的組距，其中計(jì)算精度和覆蓋度。這些表達(dá)水平區(qū)間可也用于分析檢測(cè)探針的頻率分布。
[0204]細(xì)胞基因表達(dá)譜的分析:來(lái)自細(xì)胞的微陣列數(shù)據(jù)的無(wú)監(jiān)督聚類和類別鄰近分析可使用 GenePattern 軟件(http://\v\vw.broad, mit.edu/cancer/software/genepattern/)來(lái)執(zhí)行，所述軟件執(zhí)行信噪比分析/T-測(cè)試以及排列試驗(yàn)以排除包括來(lái)自方法和/或活檢的變異性的任何樣品變異性對(duì)于高置信度的影響。分析可對(duì)于14，128個(gè)探針來(lái)進(jìn)行，20個(gè)單一細(xì)胞中的至少6個(gè)細(xì)胞提供當(dāng)前調(diào)用并且20個(gè)樣品中的至少I個(gè)樣品提供>20拷貝/細(xì)胞的表達(dá)水平。對(duì)于具有缺失/邊緣調(diào)用的探針?biāo)?jì)算的表達(dá)水平可截短至零。為了計(jì)算相對(duì)基因表達(dá)水平，以Q-PCR分析獲得的Ct值可使用使用全人基因組(BD Biosciences)或含有基因片段的質(zhì)粒來(lái)量化的個(gè)別引物對(duì)的效率來(lái)校正。相對(duì)表達(dá)水平可使用校準(zhǔn)線來(lái)進(jìn)一步轉(zhuǎn)化成拷貝數(shù)，所述校準(zhǔn)線使用反應(yīng)混合物中包含的峰值RNA來(lái)計(jì)算(1gltl[表達(dá)水平]=1.05X 1gltl[拷貝數(shù)]+4.65)?？蓤?zhí)行獨(dú)立性的卡方檢驗(yàn)以評(píng)估基因表達(dá)與Gata4的關(guān)聯(lián)，所述Gata4代表由無(wú)監(jiān)督聚類確定的聚類I與聚類2之間的差異并且限于較晚階段的PE。用Q-PCR測(cè)量的個(gè)別基因的表達(dá)水平可歸類成三個(gè)類別:高(>100拷貝/細(xì)胞)、中(10-100拷貝/細(xì)胞)和低(〈10拷貝/細(xì)胞)。來(lái)自Gata4表達(dá)的獨(dú)立性的卡方和P-值可基于此分類來(lái)計(jì)算?？ǚ蕉x如下:χ2=ΣΣ (n fij-fi fj)2/n fi fj，其中i和j分別代表參考(Gata4)和目標(biāo)基因的表達(dá)水平類別(高、中或低)；f1、f j和fij分別代表類別1、j和ij的觀察頻率；并且η代表樣品數(shù)(η = 24)。自由度可定義為(r_l) x (c_l)，其中r和c分別代表Gata4和目標(biāo)基因的表達(dá)水平類別的可獲得數(shù)目。
[0205]產(chǎn)生針對(duì)膀胱癌的免疫反應(yīng)
[0206]在一些實(shí)施方案中，抗原呈遞細(xì)胞(APC)可用于體內(nèi)或離體活化T淋巴細(xì)胞，以引起針對(duì)表達(dá)癌癥相關(guān)序列的細(xì)胞的免疫反應(yīng)。APC是高度特殊細(xì)胞并且可包括但不限于巨噬細(xì)胞、單核細(xì)胞和樹(shù)突狀細(xì)胞(DC)。APC可處理抗原并且將其肽片段與淋巴細(xì)胞活化所需要的分子一起展示于細(xì)胞表面上。在一些實(shí)施方案中，APC可為樹(shù)突狀細(xì)胞。DC可分類成子組，包括，例如濾泡樹(shù)突狀細(xì)胞、朗格漢斯樹(shù)突狀細(xì)胞和表皮樹(shù)突狀細(xì)胞。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供誘導(dǎo)對(duì)于一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列的抗體反應(yīng)的方法。所述方法可包括將由一個(gè)或多個(gè)以下公開(kāi)的癌癥相關(guān)序列編碼的蛋白質(zhì)或肽片段施用至受試者。
[0207]—些實(shí)施方案針對(duì)使用編碼癌癥相關(guān)序列、其片段或其突變體的癌癥相關(guān)多肽和多核苷酸，和抗原呈遞細(xì)胞(例如不限于樹(shù)突狀細(xì)胞)，以在受試者體內(nèi)引起針對(duì)表達(dá)癌癥相關(guān)多肽序列的細(xì)胞，例如不限于，癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，誘導(dǎo)針對(duì)表達(dá)癌癥相關(guān)序列的細(xì)胞的免疫反應(yīng)的方法包括(I)分離造血干細(xì)胞，(2)遺傳修飾細(xì)胞以表達(dá)癌癥相關(guān)序列，(3)將細(xì)胞分化成DC;和(4)將DC施用至受試者(例如，人患者)。在一些實(shí)施方案中，誘導(dǎo)免疫反應(yīng)的方法包括(I)分離DC (或分離和分化DC前驅(qū)細(xì)胞)，(2)將癌癥相關(guān)序列脈沖輸送至細(xì)胞，和；(3)將DC施用至受試者。這些方法在以下更詳細(xì)討論。在一些實(shí)施方案中，脈沖輸送或表達(dá)的DC可用于離體活化T淋巴細(xì)胞。這些一般技術(shù)和其變化可本領(lǐng)域技術(shù)人員的技能范圍內(nèi)(參見(jiàn)，例如，W097/29182 ；W097/04802 ；W097/22349 ；W096/23060 ；W098/01538 ;Hsu 等人 1996，Nature Med.2:52-58)，并且仍然其它變化可在將來(lái)發(fā)現(xiàn)。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列與受試者接觸以刺激免疫反應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，免疫反應(yīng)是治療性免疫反應(yīng)以如以下描述來(lái)治療受試者。在一些實(shí)施方案中，免疫反應(yīng)是預(yù)防性免疫反應(yīng)。舉例來(lái)說(shuō)，癌癥相關(guān)序列可在有效刺激免疫反應(yīng)的條件下與受試者接觸。癌癥相關(guān)序列可以例如DNA分子(例如DNA疫苗)、RNA分子或多肽或其任何組合形式施用。施用序列以刺激免疫反應(yīng)是已知的，但是在本公開(kāi)之前，將要使用的序列的身份是未已知的。本文公開(kāi)的任何序列或序列組合或其同源物可施用至受試者以刺激免疫反應(yīng)。
[0208]在一些實(shí)施方案中，分離樹(shù)突狀細(xì)胞前驅(qū)細(xì)胞以用癌癥相關(guān)序列來(lái)轉(zhuǎn)導(dǎo)，并且對(duì)其進(jìn)行誘導(dǎo)以分化成樹(shù)突狀細(xì)胞?；蛐揎桪C表達(dá)癌癥相關(guān)序列，并且將肽片段可展示于細(xì)胞表面上。
[0209]在一些實(shí)施方案中，所表達(dá)的癌癥相關(guān)序列包括天然存在的蛋白質(zhì)的序列。在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列不包括天然存在的序列。如已經(jīng)提及，可使用天然存在的蛋白質(zhì)的片段；另外，當(dāng)與天然存在的多肽相比，所表達(dá)的多肽可包括突變?nèi)缛笔А⒉迦牖虬被崛〈?，只要至少一個(gè)肽表位可由DC處理并且呈現(xiàn)于MHC I或II類表面分子上。在一些實(shí)施方案中，可需要使用除了“野生型”以外的序列以便，例如，增加肽的抗原性或增加肽表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，所引入的癌癥相關(guān)序列可編碼變體如多形變體(例如，由具體人患者表達(dá)的變體)或具體癌癥(例如，具體受試者中的癌癥)特有的變體。
[0210]在一些實(shí)施方案中，癌癥相關(guān)序列可以任何各種標(biāo)準(zhǔn)方法來(lái)引入(轉(zhuǎn)導(dǎo))至DC或干細(xì)胞中，包括轉(zhuǎn)染、重組牛痘病毒、腺病毒相關(guān)病毒(AAV)、逆轉(zhuǎn)錄病毒等。 [0211]在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的轉(zhuǎn)化DC可引入受試者(例如不限于人患者)中，其中DC可誘導(dǎo)免疫反應(yīng)。典型地，免疫反應(yīng)包括針對(duì)攜帶抗原性肽(例如，在MHC I類/肽復(fù)合物中)的目標(biāo)細(xì)胞的細(xì)胞毒性T-淋巴細(xì)胞(CTL)反應(yīng)。這些目標(biāo)細(xì)胞通常是癌細(xì)胞。
[0212]在一些實(shí)施方案中，當(dāng)DC施用至受試者時(shí)，其可優(yōu)選地從受試者中分離，或從所述受試者的前驅(qū)細(xì)胞中獲得(即，DC可施用至自體受試者)。然而，細(xì)胞可輸注至HLA-匹配同種異體或HLA-不匹配同種異體受試者中。在后一種情況下，免疫抑制藥物可施用至受試者。
[0213]在一些實(shí)施方案中，細(xì)胞可以任何合適方式施用。在一些實(shí)施方案中，細(xì)胞可與藥學(xué)上可接受的載體(例如，鹽水)一起施用。在一些實(shí)施方案中，細(xì)胞可經(jīng)由靜脈內(nèi)、關(guān)節(jié)內(nèi)、肌肉內(nèi)、真皮內(nèi)、腹膜內(nèi)或皮下途徑施用。施用(即，免疫接種)可以時(shí)間間隔重復(fù)。輸注DC可與施用用于保持DC數(shù)量和活性的細(xì)胞因子(例如，GM-CSF、IL-12)組合。
[0214]在一些實(shí)施方案中，施用至受試者的劑量可為如測(cè)定檢測(cè)足以誘導(dǎo)免疫反應(yīng)的劑量，所述測(cè)定測(cè)量T細(xì)胞增殖、T淋巴細(xì)胞細(xì)胞毒性，且/或隨著時(shí)間的推移在患者中實(shí)現(xiàn)有利治療反應(yīng)，例如，抑制癌細(xì)胞生長(zhǎng)或?qū)е掳┘?xì)胞數(shù)量或腫瘤大小減少。
[0215]在一些實(shí)施方案中，(從患者中或通過(guò)前驅(qū)細(xì)胞的體外分化)獲得DC并且用具有癌癥相關(guān)序列的抗原性肽來(lái)脈沖處理。脈沖處理導(dǎo)致肽呈遞至細(xì)胞的表面MHC分子上。展示于細(xì)胞表面上的肽/MHC復(fù)合物可能夠誘導(dǎo)針對(duì)表達(dá)癌癥相關(guān)多肽的目標(biāo)細(xì)胞(例如，不限于癌細(xì)胞)的MHC-限制 細(xì)胞毒性T-淋巴細(xì)胞反應(yīng)。
[0216]在一些實(shí)施方案中，用于脈沖處理的癌癥相關(guān)序列可具有至少約6或8個(gè)氨基酸和少于約30個(gè)氨基酸或少于約50個(gè)氨基酸殘基長(zhǎng)度。在一些實(shí)施方案中，免疫原性肽序列可具有約8至約12個(gè)氨基酸。在一些實(shí)施方案中，可使用人蛋白質(zhì)片段的混合物；或者可使用限定序列的具體肽。肽抗原可通過(guò)以下方法來(lái)產(chǎn)生:重新肽合成、純化或重組人肽的酶消化、純化來(lái)自天然來(lái)源(例如，受試者或來(lái)自受試者的腫瘤細(xì)胞)的肽序列，或表達(dá)編碼人肽片段的重組多核苷酸。
[0217]在一些實(shí)施方案中，用于脈沖處理DC的肽的量可取決于肽或多肽的性質(zhì)、大小和純度。在一些實(shí)施方案中，可使用量約0.05 μ g/mL至約lmg/mL、約0.05 μ g/mL至約500 μ g/mL、約 0.05 μ g/mL 至約 250 μ g/mL、約 0.5 μ g/mL 至約 lmg/mL、約 0.5 μ g/mL 至約500 μ g/mL、約0.5 μ g/mL至約250 μ g/mL或約I μ g/mL至約100 μ g/mL肽。將肽抗原添加至培養(yǎng)DC之后，然后可允許細(xì)胞充分時(shí)間來(lái)吸收和處理抗原并且將抗原肽表達(dá)于與I類或II類MHC相聯(lián)系的細(xì)胞表面上。在一些實(shí)施方案中，吸收和處理抗原的時(shí)間可為約18至約30小時(shí)、約20至約30小時(shí)或約24小時(shí)。
[0218]已經(jīng)描述預(yù)測(cè)不同MHC I類和II類分子的肽結(jié)合基序的系統(tǒng)和方法的許多實(shí)例。這類預(yù)測(cè)可用于預(yù)測(cè)結(jié)合至所需MHC I類和II類分子的肽基序。為此目的本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以查閱的這類方法、系統(tǒng)和數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)例包括:
[0219]1.Peptide Binding Motifs for MHC Class I and 11 Molecules ；William E.Biddison,Roland Martin,Current Protocols in Immunology,UnitII(D01:10.1002/0471142735.1ma01is36 ;在線發(fā)布日期:2001 年 5 月)。
[0220]上述參考文獻(xiàn)I提供使用肽結(jié)合基序來(lái)預(yù)測(cè)與特異性MHC I類或II類等位基因相互作用的概述，并且給出使用MHC結(jié)合基序來(lái)預(yù)測(cè)T-細(xì)胞識(shí)別的實(shí)例。
[0221]表3提供在NIH中心信息技術(shù)網(wǎng)站，生物信息學(xué)和分子分析部分中進(jìn)行HLA肽基序搜索的示例性結(jié)果。
[0222]表3 =HLA肽基序搜索的示例性結(jié)果
[0223]
用戶參數(shù)和評(píng)分信息:叫確數(shù)7.所選擇的模擬結(jié)果數(shù)量的方法
所請(qǐng)求的結(jié)果數(shù)量20
所選擇的HLA分子類型 A_0201
將要評(píng)分的子序列所選擇的長(zhǎng)度9
輸入序列所選擇的響應(yīng)模式Y(jié)
響應(yīng)方式編U譜系
用戶的輸入肽序列的長(zhǎng)度369
所計(jì)算的子序列評(píng)分的數(shù)字361
評(píng)分最高子序列的數(shù)目20 在評(píng)分輸出表中返回報(bào)告
[0224]
【權(quán)利要求】
1.一種檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，包括a)從受試者獲得樣品b)使從所述受試者獲得的樣品與檢測(cè)由基因 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AIM2, NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體編碼的一組標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的所述一種或多種試劑接觸；和d)將從所述受試者獲得的樣品中的由基因L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、GJB2、T H、GSTMl、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的所述一組標(biāo)志物的表達(dá)水平與所述非癌細(xì)胞中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH, C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLL1、CDH3、CXCLIO、S100A9、G JB2、TH、GSTMl、AM2、NMU、MAGEAIO、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體編碼的所述一組標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與所述非癌細(xì)胞相比，所述樣品中的由基因L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體編碼的所述一組標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示所述受試者患有膀胱癌。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述受試者是人。
3.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品是體液。
4.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述體液是血液。
5.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述體液是血清。
6.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述體液是尿液。
7.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品是組織樣品。
8.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品由細(xì)胞組成。
9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述一種或多種試劑是核酸。
10.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述一種或多種試劑是蛋白質(zhì)。
11.如權(quán)利要求10所述的方法，其中所述蛋白質(zhì)是抗體。
12.—種檢測(cè)受試者的膀胱癌的方法，所述方法包括a)從受試者獲得樣品b)使從所述受試者獲得的樣品與檢測(cè)由選自L0C650517、FCRLB, ILIA、S100A2、MMPlU S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)的一種或多種試劑接觸；c)使非癌細(xì)胞與來(lái)自b)的一種或多種試劑接觸；和d)將所述非癌細(xì)胞中的由選自L0C650517、FCRLB、ILIA、S100A2、MMPl1、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO、S100A9、GJB2、TH、GSTMl、AM2、NMU, MAGEA10、DSCR8、GTSFl、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的表達(dá)水平比較，其中與所述非癌細(xì)胞相比，從所述受試者獲得的樣品中的由選自L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BXl 16033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16、SFN、KRT17P3、VGLLU CDH3、CXCL10,S100A9、GJB2、TH、GSTM1、AM2、NMU、MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6或其補(bǔ)體的基因編碼的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)志物的較高表達(dá)水平指示所述受試者患有膀胱癌。
13.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述受試者是人。
14.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述樣品是體液。
15.如權(quán)利要求14所述的方法，其中所述體液是血液。
16.如權(quán)利要求14所述的方法，其中所述體液是血清。
17.如權(quán)利要求14所述的方法，其中所述體液是尿液。
18.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述樣品是組織樣品。
19.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述樣品由細(xì)胞組成。
20.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述一種或多種試劑是核酸。
21.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述一種或多種試劑是蛋白質(zhì)。
22.如權(quán)利要求21所述的方法，其中所述蛋白質(zhì)是抗體。
23.一種用于檢測(cè)樣品中的膀胱癌的試劑盒，所述試劑盒包括一種或多種試劑，所述試劑結(jié)合至由選自 L0C650517、FCRLB、IL1A、S100A2、MMP11、S100A7A、UGT1A6、FAM83A、SLC1A6、UPK3B、BX116033、MMP12、KRT16、UBD、UGT1A6、S100A7、WISP3、PTHLH、C0L10A1、SERPINB4、UBE2C、BTBD16, SFN、KRT17P3、VGLLl、CDH3、CXCLlO, S100A9、GJB2、TH、GSTMl、A頂2、NMU,MAGEA10、DSCR8、GTSF1、KRT6A、CXCL9、SERPINB5、DSCR6 的一個(gè)或多個(gè)基因編碼的標(biāo)志物。
24.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述一種或多種試劑是核酸。
25.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述一種或多種試劑是蛋白質(zhì)。
26.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述蛋白質(zhì)是抗體。
27.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述樣品從人獲得。
28.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述樣品是體液。
29.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述體液是血液。
30.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述體液是血清。
31.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述樣品是組織。
32.如權(quán)利要求23所述的試劑盒，其中所述樣品由細(xì)胞組成。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103975078SQ201280060938
【公開(kāi)日】2014年8月6日 申請(qǐng)日期:2012年11月15日 優(yōu)先權(quán)日:2011年11月15日
【發(fā)明者】克倫·查普曼, 約瑟夫·瓦格納, 邁克爾·韋斯特, 馬庫(kù)斯·拉徹, 詹妮弗·洛麗·基德, 瑪麗亞·J·普倫德斯 申請(qǐng)人:昂科賽特公司