專利名稱：：用于區(qū)分胰腺癌與正常胰腺功能和/或慢性胰腺炎的方法用于區(qū)分胰腺癌與正常胰腺功能和/或慢性胰腺炎的方法發(fā)明人卡洛·Μ·克勞斯優(yōu)先權(quán)要求本申請要求于2007年4月30日提交的美國臨時專利申請第60/926，933號的優(yōu)先權(quán)，該臨時專利申請以其整體通過引用并入本文。本項目由NIH基金CA081534和CMC的CA128609資助，并且政府對本項目享有一定的權(quán)利。序列表或計算機程序列表光盤附件的引用把以光盤提交的“序列表”、表格或計算機程序列表附件的引用以及通過引用對光盤中的材料包括每個光盤中的副本和文件的并入載入說明書。背景胰腺癌是致命的疾病，且在美國，每年的死亡率接近等于約33，000例。1雖然分期遷移是較少存活的部分起因，但胰腺導管腺癌的生物學是侵襲性局部入侵、早期轉(zhuǎn)移和對化療與輻射的抗性之一。包括TP53、KRAS、⑶KN2A和SMAD42的已知的基因突變在胰腺癌中是重要的，但單獨地并不是胰腺癌的侵襲行為的原因。微小RNA(miRNA)是小的非編碼RNA，其通過RNaseIIIDicer來從細胞質(zhì)中的70個核苷酸至100個核苷酸的發(fā)夾前-miRNA前體切割為它們的19個核苷酸至25個核苷酸的成熟形式。3單鏈的miRNA以完全或接近完全的互補性與潛在地數(shù)百基因的mRNA在3’非翻譯區(qū)結(jié)合，這分別導致靶mRNA的降解或抑制。在人類中，miRNA的異常表達通過促進原癌基因的表達或抑制腫瘤抑制基因的表達而促進致癌作用。4這樣的“致癌miR(onComiR)”已在多種血液惡性腫瘤和實體惡性腫瘤中被證實。5_7對在胰腺癌細胞中差異表達的微小RNA的鑒定可有助于確認胰腺癌(例如，胰腺內(nèi)分泌腫瘤、腺泡癌)中所涉及的特定miRNA。此外，對這些miRNA的推定靶的鑒定可有助于闡明它們的致病作用。本文所描述的是用于胰腺癌的診斷、預后和治療的方法和組合物。本發(fā)明的另外的優(yōu)勢、目的和特征將在后面的描述中部分地闡明，并且對于本領域普通技術(shù)人員來說，在研究了以下內(nèi)容后，所述優(yōu)勢、目的和特征將部分地變得明顯或者可以從本發(fā)明的實施中認識到。本發(fā)明的目的和優(yōu)勢可如所附權(quán)利要求中特別指出的來實現(xiàn)和獲得。概述在一個廣泛的方面中，本文提供了對與胰腺癌細胞中改變的表達水平有關(guān)的特定miRNA的鑒定。在另一個廣泛的方面中，本文提供了一種診斷受試者是否患有胰腺癌或是否處于發(fā)展胰腺癌的風險中的方法，其包括測量來自所述受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變指示該受試者患有胰腺癌或處于發(fā)展胰腺癌的風險中。在另一個廣泛的方面中，本文提供了一種將胰腺癌與人類患者中的正常胰腺組織和慢性胰腺炎中的至少一種區(qū)別開來的方法，其包括檢測來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的至少一個的至少一種miR基因產(chǎn)物在組織樣品中的表達水平；其中差異表達指示胰腺癌而不是正常的胰腺或慢性胰腺炎。仍在另一個廣泛的方面中，本文提供了一種確定患有胰腺癌的受試者的預后的方法，其包括測量來自所述受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中miR基因產(chǎn)物與胰腺癌中的不利的預后相關(guān)；并且胰腺測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變指示不利的預后。因此，一種方法包括診斷受試者是否患有胰腺癌或是否處于發(fā)展胰腺癌的風險中。在一個特定的方面中，將來自受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平與對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平進行比較。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示該受試者患有胰腺癌或處于發(fā)展胰腺癌的風險中。在一個實施方案中，被診斷的胰腺癌是胰腺外分泌腫瘤(例如，腺癌)。在又一個實施方案中，所述方法能夠區(qū)分胰腺內(nèi)分泌腫瘤(PET)和胰腺外分泌腫瘤(例如，腺癌)。仍在另一個實施方案中，診斷方法可用于診斷任何類型的胰腺癌。在一個實施方案中，提供了一種診斷受試者是否患有胰腺腺癌或是否處于發(fā)展胰腺腺癌的風險中的方法。在該方法中，將來自受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平與對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平進行比較。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示該受試者患有胰腺腺癌或處于發(fā)展胰腺腺癌的風險中。在一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在一個實施方案中，提供了一種診斷受試者患有的胰腺癌的類型的方法。在該方法中，將來自該受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平與對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平進行比較。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示胰腺癌的類型。在一個實施方案中，被診斷的胰腺癌的類型選自由腺癌組成的組。在另一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在另一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在一個實施方案中，提供了一種確定患有胰腺癌的受試者的預后的方法。在該方法中，在來自該受試者的測試樣品(例如，胰腺癌樣品)中測量與胰腺癌中不利的預后有關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示不利的預后。在一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在另一個實施方案中，所測量的至少一種miR基因產(chǎn)物為miR-196a-2[SEQIDNO:52]。在又一個實施方案中，胰腺癌與轉(zhuǎn)移和/或高增殖指數(shù)有關(guān)。在一個實施方案中，提供了一種確定受試者中的胰腺癌是否是轉(zhuǎn)移性的方法。在該方法中，在來自受試者的測試樣品(例如，胰腺癌樣品)中測量至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示轉(zhuǎn)移。在一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在一個實施方案中，提供了一種確定受試者中的胰腺癌是否具有高增殖指數(shù)的方法。在該方法中，在來自受試者的測試樣品(例如，胰腺癌樣品)中測量至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如，增加、減少)指示高增殖指數(shù)。在一個實施方案中，測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。在另一個實施方案中，至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-196a-2[SEQIDNO52]或miR_219[SEQIDNO:64]。在一個實施方案中，提供了一種確定患有胰腺癌的受試者的預后的方法。在該方法中，在來自受試者的測試樣品(例如，胰腺癌樣品)中測量PDCD4的水平。測試樣品中的PDCD4的水平相對于對照樣品中的PDCD4的水平的改變(例如，增加、減少)指示不利的預后。在一個實施方案中，測試樣品中的PDCD4的水平小于對照樣品中的PDCD4的水平。在另一個實施方案中，胰腺癌與轉(zhuǎn)移和/或高增殖指數(shù)有關(guān)。可使用本領域技術(shù)人員眾所周知的各種技術(shù)(例如，定量或半定量的RT-PCR、Northern印跡分析、溶液雜交檢測)來測量至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。在一個特定的實施方案中，至少一種miR基因產(chǎn)物的水平通過以下方法來測量將來自從受試者處獲得的測試樣品的RNA逆轉(zhuǎn)錄以提供一組靶寡脫氧核苷酸，使所述靶寡脫氧核苷酸與一種或多種miRNA-特異性探針寡核苷酸(例如，包括miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列)雜交以提供測試樣品的雜交譜(hybridizationprofile)，和將測試樣品的雜交譜與由對照樣品產(chǎn)生的雜交譜進行比較。測試樣品中的至少一種miRNA的信號相對于對照樣品的信號的改變指示該受試者患有胰腺癌或處于發(fā)展胰腺癌的風險中。在一個實施方案中，至少一種miRNA的信號相對于由對照樣品產(chǎn)生的信號是上調(diào)的。在另一個實施方案中，至少一種miRNA的信號相對于由對照樣品產(chǎn)生的信號是下調(diào)的。在一個特定的實施方案中，微陣列包括針對所有已知的人類miRNA中的大部分的miRNA-特異性探針寡核苷酸。還提供了診斷受試者是否患有具有不利的預后的胰腺癌或是否處于發(fā)展具有不利的預后的胰腺癌的風險中的方法。在一個方法中，通過將來自從受試者處獲得的測試樣品的RNA逆轉(zhuǎn)錄以提供一組靶寡脫氧核苷酸，來測量與胰腺癌中的不利的預后有關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。然后將靶寡脫氧核苷酸與一種或多種miRNA-特異性探針寡核苷酸(例如，包括miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列)雜交以提供測試樣品的雜交譜，并將測試樣品的雜交譜與由對照樣品產(chǎn)生的雜交譜進行比較。測試樣品中的至少一種miRNA的信號相對于對照樣品的信號的改變指示該受試者患有具有不利的預后的胰腺癌或處于發(fā)展具有不利的預后的胰腺癌的風險中。還提供了治療受試者中的胰腺癌的方法，其中至少一種miR基因產(chǎn)物在受試者的癌細胞中是失調(diào)的(例如，下調(diào)的、上調(diào)的)。當至少一種分離的miR基因產(chǎn)物在胰腺癌細胞中是下調(diào)的時，所述方法包括施用有效量的分離的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段，使得受試者中的癌細胞的增殖被抑制。當至少一種分離的miR基因產(chǎn)物在癌細胞中是上調(diào)的時，所述方法包括將有效量的用于抑制至少一種miR基因產(chǎn)物的表達的至少一種化合物施用于受試者，使得胰腺癌細胞的增殖被抑制。在一個相關(guān)的實施方案中，治療受試者中的胰腺癌的方法還包括以下步驟首先確定來自受試者的胰腺癌細胞中的至少一種miR基因產(chǎn)物的量，和將該miR基因產(chǎn)物的水平與對照細胞中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平進行比較。如果miR基因產(chǎn)物的表達在胰腺癌細胞中是失調(diào)的(例如，下調(diào)的、上調(diào)的)，那么所述方法還包括改變在胰腺癌細胞中表達的至少一種miR基因產(chǎn)物的量。在一個實施方案中，在癌細胞中表達的miR基因產(chǎn)物的量小于在對照細胞中表達的miR基因產(chǎn)物的量，并將有效量的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段施用于受試者。在另一個實施方案中，在癌細胞中表達的miR基因產(chǎn)物的量大于在對照細胞中表達的miR基因產(chǎn)物的量，并將有效量的用于抑制至少一種miR基因的表達的至少一種化合物施用于受試者。抑制miR基因的表達的合適的miR和化合物包括，例如本文描述的那些。還提供了用于治療胰腺癌的藥物組合物。在一個實施方案中，藥物組合物包括至少一種分離的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段以及藥學上可接受的載體。在一個特定的實施方案中，至少一種miR基因產(chǎn)物對應于這樣的miR基因產(chǎn)物其相對于合適的對照細胞在胰腺癌細胞中具有降低的表達水平(即，它是下調(diào)的)。在另一個實施方案中，藥物組合物包括至少一種miR表達-抑制化合物和藥學上可接受的載體。在一個特定的實施方案中，至少一種miR表達-抑制化合物對miR基因產(chǎn)物是特異性的，所述miR基因產(chǎn)物在胰腺癌細胞中的表達大于在對照細胞中的表達(即，其是上調(diào)的)。還提供了鑒定抗胰腺癌劑的方法，其包括將試劑(testagent)提供給細胞以及測量細胞中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。在一個實施方案中，所述方法包括將試劑提供給細胞以及測量與胰腺癌細胞中降低的表達水平有關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。相對于合適的對照細胞，細胞中的miR基因產(chǎn)物的水平的增加指示所述試劑為抗胰腺癌劑。在其他實施方案中，所述方法包括將試劑提供給細胞以及測量與胰腺癌細胞中增加的表達水平有關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。相對于合適的對照細胞，與胰腺癌細胞中增加的表達水平有關(guān)的miR基因產(chǎn)物的水平的降低指示所述試劑為抗胰腺癌劑。附圖簡述可從構(gòu)成本申請的一部分的以下的詳述、附圖和序列描述更充分地理解本發(fā)明。附于此的序列描述和序列表依照如37CFR§§1.821-1.825中提出的專利申請中管理核苷酸和/或氨基酸序列公開內(nèi)容的規(guī)則。序列描述包含如通過引用并入本文的37CFR§§1.821-1.825中所定義的氨基酸的三字母代碼。圖1A、圖IB和圖IC顯示了說明通過組織類型之間的成對比較被發(fā)現(xiàn)是差異表達的多組miRNA之間的關(guān)系的維恩圖；并且顯示了列出通過組織類型之間的成對比較被發(fā)現(xiàn)是差異表達的多組miRNA的表la、表Ib和表lc。圓包括在所示的成對比較中差異表達的miRNA的總數(shù)。相交的區(qū)域表示在每次比較之間共同的差異表達的miRNA的數(shù)目。對每一組列出了共同的miRNA。NP，正常的胰腺；P，胰腺癌；CP，慢性胰腺炎。圖2A和圖2B顯示差異表達的微小RNA的分析。圖2A顯示通過實時RT-PCR測定的微小RNA在胰腺癌中相比于在匹配的正常胰腺對照中的相對表達。圖2B顯示5個新鮮的胰腺癌樣品和2個不匹配的正常胰腺對照的miR-21的Northern印跡。圖3是顯示基于miR-196a-2的相對表達的患有胰腺癌的患者的Kaplan-Meier總存活曲線的圖。圖4A、圖4B和圖4C顯示表2a、表2b和表2c，其中列出對于胰腺癌(P)、慢性胰腺炎(CP)和正常胰腺功能(NP)的差異表達的miRNA和分類預測物(classpredictor)及其相對表達。倍數(shù)變化表示為表達的實際變化。圖5顯示表3，表3包括與24個月內(nèi)死于疾病的那些患者相比，在存活至少24個月的淋巴結(jié)陽性患者中的經(jīng)由SAM確定的差異表達的成熟微小RNA。倍數(shù)變化表示為表達的實際變化。將SAM變量設置為默認值(最低的零倍數(shù)變化，100次置換和0.05的sO百分點)ο發(fā)明詳述現(xiàn)將不時地參考本發(fā)明的具體實施方案來描述本發(fā)明。然而，本發(fā)明可以不同形式來體現(xiàn)，并且不應被解釋為限于本文提出的實施方案。更確切地說，提供這些實施方案，以便本公開內(nèi)容是全面的和完整的，并將本發(fā)明的范圍充分地傳達給本領域技術(shù)人員。除非另外定義，本文使用的所有技術(shù)術(shù)語和科學術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領域的普通技術(shù)人員通常理解的相同的含義。本發(fā)明的描述中使用的術(shù)語在此僅為了描述特定的實施方案，而并非意圖限制本發(fā)明。如本發(fā)明的說明書和所附權(quán)利要求中使用的，單數(shù)形式“一(a)”、“一(an)”和“該(the)”也意圖包括復數(shù)形式，除非上下文明確地另外說明。本文提及的所有出版物、專利申請、專利和其他參考文獻以其整體通過引用并入。除非另外說明，如說明書和權(quán)利要求中使用的，表達各成分的量、諸如分子量的性質(zhì)、反應條件等的所有數(shù)值應被理解為在一切情況下通過術(shù)語“約”來修正。因此，除非另外說明，在以下說明書和權(quán)利要求中提出的數(shù)值性質(zhì)是可隨本文所述的實施方案中試圖獲得的期望的性質(zhì)而變化的近似值。雖然表達本發(fā)明的寬范圍的數(shù)值范圍和參數(shù)是近似值，但在具體實施例中提出的數(shù)值盡可能準確地進行報告。然而，任何數(shù)值固有地包含由在其相應的測量中發(fā)現(xiàn)的誤差必然地導致的某些誤差。貫穿本說明書提及的所有專利、專利申請(和授權(quán)的任何專利，以及任何相關(guān)的、公布的外國專利申請)、GenBank和其他登錄號與相關(guān)數(shù)據(jù)以及出版物的公開內(nèi)容在此通過引用并入本文。然而，明確地不承認，通過引用并入本文的任何文件教導或公開了本發(fā)明。通過參考以下的本發(fā)明實施方案的詳細描述和本文所包括的實施例可更容易地理解本發(fā)明。然而，在公開和描述本方法、化合物和組合物之前，應當理解，本發(fā)明并不限于具體的方法、具體的細胞類型、具體的宿主細胞或具體的條件等，因為這些當然可以改變，并且其中的許多更改和變化對本領域技術(shù)人員來說將是明顯的。還應當理解，本文使用的術(shù)語僅是為了描述具體的實施方案的目的，而不意圖是限制性的。^X“化學敏感性”是指細胞受細胞毒劑影響的傾向，其中細胞對這樣的試劑可在敏感的至抗性的范圍內(nèi)變化。單獨地或與其他因子或基因表達產(chǎn)物結(jié)合的化學敏感性基因的表達可以是化學敏感性的標志物或化學敏感性的指示物。“化學敏感性基因”是指其蛋白產(chǎn)物影響細胞對一種或多種細胞毒劑的化學敏感性的基因。例如，沿著連續(xù)的數(shù)值范圍(scale)，給定的基因在藥物敏感細胞系中相對高的表達被視為正相關(guān)，而在藥物抗性細胞中的高表達被視為負相關(guān)。因此，負相關(guān)表示化學敏感性基因與癌細胞對藥物的抗性相關(guān)，而正相關(guān)表示化學敏感性基因與癌細胞對藥物的敏感性相關(guān)?；瘜W敏感性基因自身可使細胞對一種或多種細胞毒劑的作用更敏感或更具有抗性，或者可以與直接影響化學敏感性的其他因子相關(guān)。換句話說，某些化學敏感性基因可以直接或可以不直接參與使細胞對藥物敏感或具有抗性，但這樣的基因的表達可以與可影響化學敏感性的其他因子的表達相關(guān)?；瘜W敏感性基因的表達能夠與細胞或細胞類型對試劑的敏感性相關(guān)，其中負相關(guān)可表示該基因影響細胞對藥物的抗性，并且正相關(guān)可表示該基因影響細胞對藥物的敏感性。在本文中應當注意，說明書列出了已知基因的登錄號，由此可參考基因的完整序列，并且基因的完整序列在本專利申請?zhí)峤粫r通過引用而明確并入本文?！瓣嚵小被颉拔㈥嚵小笔侵钢T如多核苷酸的可雜交的陣列元件的排列，陣列元件在某些實施方案中可以是在基質(zhì)上。多核苷酸的排列可以是有序的。在某些實施方案中，陣列元件被排列以使得存在至少10個或更多個不同的陣列元件，并且在其他實施方案中，存在至少100個或更多個陣列元件。此外，來自陣列元件中的每一個的雜交信號可以是可單獨地辨別的。在一個實施方案中，陣列元件包括核酸分子。在某些實施方案中，陣列包括針對兩個或更多個化學敏感性基因的探針，并且在其他實施方案中，陣列包括針對10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250個或更多個化學敏感性基因的探針。在某些實施方案中，陣列包括針對編碼不同于化學敏感性蛋白的產(chǎn)物的基因的探針。在某些實施方案中，陣列包括針對5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100個或更多個編碼不同于化學敏感性蛋白的產(chǎn)物的基因的探針。當在本文中使用時，“基因”寬泛地指與生物分子或生物學功能相關(guān)的DNA的任何區(qū)域或區(qū)段。因此，基因包括編碼序列，并且還可以包括其表達所需的調(diào)節(jié)區(qū)域或區(qū)段?；蜻€可包括非表達的DNA區(qū)段，該DNA區(qū)段例如形成其他蛋白的識別序列?；蚩捎啥喾N來源獲得并且可包括編碼所需參數(shù)的序列，所述來源包括從感興趣的來源克隆或從已知的或預測的序列信息合成?！半s交復合物”是指兩個核酸分子之間依靠嘌呤和嘧啶之間形成氫鍵的復合物。當在本文中的兩個或更多個核酸或多肽序列的背景中使用時，“相同的”或“同一性”百分比是指在比較和比對最大一致性時，可能是相同的或具有指定百分比的相同氨基酸殘基或核苷酸的兩個或更多個序列或子序列。為了進行序列比較，一個序列通常作為測試序列與其比較的參考序列。當使用序列比較算法時，將測試序列和參考序列輸入計算機，指定子序列坐標，如果需要，并且指定序列算法程序參數(shù)。然后，序列比較算法基于指定的程序參數(shù)計算測試序列相對于參考序列的序列同一性百分比。當在本文中的核酸或蛋白的背景中使用時，“分離的”表示核酸或蛋白基本上不含在自然狀態(tài)時與其相伴的其他細胞組分。雖然核酸或蛋白可以在無水溶液(drysolution)中或水溶液中，但其優(yōu)選處于均態(tài)。通常使用諸如聚丙烯酰胺凝膠電泳或高效液相色譜法的分析化學技術(shù)來測定純度和均一性。作為存在于制品中的主要分子種類的蛋白被充分地純化。將分離的基因和開放閱讀框分離，所述開放閱讀框在基因側(cè)面并且編碼不同于感興趣的基因的蛋白。如本文在提及化學敏感性基因時使用的，“標志物”或“生物標志物”是指化學敏感性的指示物。標志物可直接地或間接地影響細胞對細胞毒劑的化學敏感性，或其可與影響化學敏感性的其他因子相關(guān)。當在本文中使用時，“核酸”是指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸、核苷酸、寡核苷酸、多核苷酸聚合物及其片段。核酸可以是天然來源或合成來源的、雙鏈或單鏈的，且與糖類、脂類、蛋白、其他核酸或其他物質(zhì)分離或結(jié)合，并且可進行諸如轉(zhuǎn)化的特定活動或形成諸如肽核酸(PNA)的有用的組合物。除非明確限制，該術(shù)語涵蓋包含天然核苷酸的已知類似物的核酸，所述天然核苷酸的已知類似物具有與參考核酸類似的結(jié)合性質(zhì)，并且可以以與天然存在的核苷酸類似的方式代謝。除非另外說明，特定的核酸序列還隱含地包括其保守修飾的變體(例如，簡并密碼子替換)和互補序列，以及明確說明的序列。具體地，簡并密碼子替換可通過產(chǎn)生序列而獲得，在所述序列中，一個或多個所選的(或全部)密碼子的第三位用混合堿基和/或脫氧肌苷殘基替換(Batzer等人(1991)NucleicAcidRes.195081；Ohtsuka等人(1985)J.Biol.Chem.260:2605_2608；Cassol等人(1992)；Rossolini等人(1994)Mol.Cell.Probes8:91-98)。術(shù)語核酸與基因、cDNA和由基因編碼的mRNA可互換使用。“寡核苷酸”或“低聚核苷酸”是核酸，并且與術(shù)語擴增引物、引物、低聚物、元件、靶和探針基本上等價，并且可以是雙鏈的或單鏈的。“多個”是指一組至少2個或更多個的成員?！岸嗪塑账帷笔侵妇哂?5至3，500個核苷酸的長度的核酸。“探針”或“多核苷酸探針”是指能夠在嚴格的條件下與靶序列的靶區(qū)域雜交以形成多核苷酸探針/靶復合物的核酸。探針包括長度為15個連續(xù)的核苷酸的多核苷酸。探針可以是15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100個多核苷酸的長度。在某些實施方案中，探針為70個核苷酸的長度。探針對靶區(qū)域可以小于100%互補，并且與對靶區(qū)域100%互補的探針相比較，可包括以一個或多個缺失、插入或置換的形式的序列改變。當在本文中的核酸或蛋白的背景中使用時，“純化的”表示核酸或蛋白在電泳凝膠中基本上產(chǎn)生一個帶。特別地，這意味著相對于存在的任何其他的核酸或蛋白種類，核酸或蛋白為至少50%,55%,60%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,91%,92%,93%,94%,95%,96%,97%,98%,99%^；100%純的?！皹悠贰笔侵赴怂岱肿拥姆蛛x的物質(zhì)樣品，例如從有機體獲得的物質(zhì)。樣品可包括體液；細胞；來自細胞的提取物、染色體、細胞器或從細胞分離的膜；在溶液中的或與基質(zhì)結(jié)合的基因組DNA、RNA或cDNA；或生物組織或其活檢物(biopsy)。樣品可以從任何體液(血液、尿、唾液、粘液、胃液等)、培養(yǎng)的細胞、活檢物或其他組織制品中獲得。在諸如Southern雜交和northern雜交的核酸雜交試驗的背景中的“嚴格的雜交條件”和“嚴格的雜交洗滌條件”是序列依賴性的，并且在不同的環(huán)境參數(shù)下是不同的。具有較長序列的核酸特別地在較高溫度下雜交。對于核酸的雜交的大量指導見于Tijssen(1993)LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology-HybridizationwithNucleicAcidProbes(生物化學禾口分子生物學的實驗室技術(shù)-與核酸探針的雜交)第I部分第2章〃Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofnucleicacidprobeassays(雜交原理才既述和核酸探針測定的策略)，"Elsevier,N.Y0通常，高嚴格的雜交和洗滌條件被選擇為比在規(guī)定的離子強度和PH下的具體序列的熱解鏈溫度(thermalmeltingpoint,Tm)低5°C。通常，在“嚴格的條件”下，探針將與它的靶序列雜交，但不與任何其他序列雜交。1是在其下50%靶序列與完全匹配的探針雜交的溫度(在規(guī)定的離子強度和PH下)。非常嚴格的條件被選擇為等于特定探針的Tm。用于具有超過100個互補殘基的互補核酸在Southern或northern印跡中的濾器上雜交的嚴格雜交條件的實例是42°C下、50%甲酰胺與Img肝素，且雜交進行過夜。高嚴格的洗滌條件的實例是72°C下0.15MNaCl達15分鐘。嚴格的洗滌條件的實例是65°C下0.2倍SSC洗滌15分鐘(見Sambrook，下文，對于SSC緩沖液的描述)。通常，在高嚴格的洗滌之前是低嚴格的洗滌，以除去背景探針信號。對于諸如超過100個核苷酸的雙鏈體的示例性中嚴格的洗滌是45°C下1倍SSC達15分鐘。對于諸如超過100個核苷酸的雙鏈體的示例性低嚴格的洗滌是40°C下4-6XSSC達15分鐘。對于短的探針(例如10至50個核苷酸)，嚴格的條件通常涉及小于1.OMNa離子的鹽濃度，通常為pH7.0至8.3下的0.OlM至1.OMNa離子濃度(或其他鹽)，并且溫度通常為至少30°C。還可通過添加諸如甲酰胺的去穩(wěn)定劑來獲得嚴格的條件。通常，2倍(或更高)于對于在特定雜交測定中的不相關(guān)的探針所觀察到的信噪比的信噪比，表示特異性雜交的檢出。如果在嚴格的條件下不互相雜交的核酸所編碼的多肽是基本上類似的，那么所述核酸仍然基本上是類似的。這在例如使用由遺傳密碼所允許的最大密碼子簡并產(chǎn)生核酸的拷貝時出現(xiàn)。“基質(zhì)”是指核酸分子或蛋白應用于其上或與其結(jié)合的諸如剛性或半剛性的支持體的支持體，并且包括膜、濾器、芯片、載玻片、干膠片、纖維、磁性珠或非磁性珠、凝膠、毛細管或其他管、板、聚合物和微粒以及其他類型的支持體，它們可具有多種表面形式，包括孔(well)、溝、針(pin)、通道和小孔(pore)。如本文使用的，“靶多核苷酸”是指多核苷酸探針能夠通過堿基配對與其雜交的并且包括編碼為化學敏感性標志物的蛋白的基因的全部或片段的核酸。在某些情況下，靶和探針的序列在比對時可以是100%互補的(沒有錯配)。在其他情況下，可存在多達10%的錯配。靶多核苷酸表示在樣品中的全部多核苷酸的子集(subset)，所述多核苷酸編碼在由其制備多核苷酸樣品的細胞或組織中轉(zhuǎn)錄的和表達的全部基因的表達產(chǎn)物。靶多核苷酸的基因產(chǎn)物是化學敏感性的標志物；一些可通過介導藥物轉(zhuǎn)運而直接影響化學敏感性?？蛇x擇地，它們可指導或影響細胞特征，所述細胞特征間接地賦予或影響敏感性或抗性。例如，這些蛋白可通過建立或維持電化學梯度、或為細胞提供必要的營養(yǎng)而起作用?；蛘咚鼈兛赡茌^少被直接涉及，而是與直接影響化學敏感性的其他因子一起表達?！鞍袇^(qū)域”是指包括靶序列的全部或一部分的一段連續(xù)的核苷酸，所述靶序列例如編碼作為化學敏感性的標志物的蛋白的基因或寡核苷酸。靶區(qū)域可以是15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、200或更多個多核苷酸的長度。在某些實施方案中，靶區(qū)域為70個核苷酸的長度，并且缺少二級結(jié)構(gòu)?？梢允褂糜嬎銠C軟件程序來鑒別靶區(qū)域，計算機軟件程序例如OLIGO4.06軟件(NationalBiosciences,PlymouthMinn.)、LASERGENE軟件(DNASTAR,MadisonWis.)、MACDNASIS(HitachiSoftwareEngineeringCo.,SanFrancisco,Calif.)等。可按照本領域技術(shù)人員眾所周知的許多方法中的任一種從樣品中分離DNA或RNA。例如，純化核酸的方法在以下文獻中描述Tijssen(1993)LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology:HybridizationWithNucleicAcidProbes(生物化學和分子生物學的實驗室技術(shù)與核酸探針的雜交)第I部分，TheoryandNucleicAcidPr印aration(理論與核酸制備)，Elsevier，NewYorkN.Y.。在一種情況下，使用TRIZOL試劑(LifeTechnologies,GaithersburgMd.)分離總RNA，并且使用oligod(T)柱色譜法或玻璃珠分離mRNA?？蛇x擇地，當多核苷酸樣品源自于mRNA時，該多核苷酸可以是從mRNA逆轉(zhuǎn)錄的cDNA、從該cDNA轉(zhuǎn)錄的RNA、從該cDNA擴增的DNA、從擴增的DNA轉(zhuǎn)錄的RNA等。當多核苷酸源自于DNA時，該多核苷酸可以是從DNA擴增的DNA或從DNA逆轉(zhuǎn)錄的RNA。用于測量多核苷酸樣品中的靶多核苷酸轉(zhuǎn)錄物的相對量的合適方法是Northern印跡、RT-PCR或?qū)崟rPCR或RNase保護測定。為了易于測量靶多核苷酸的轉(zhuǎn)錄物，可使用各種陣列中的任一種?？梢杂靡环N或多種標記部分(labelingmoiety)標記靶多核苷酸，以允許檢測雜交的探針/靶多核苷酸復合物。標記部分可包括可通過光譜手段、光化學手段、生物化學手段、生物電子手段、免疫化學手段、電學手段、光學手段或化學手段來檢測的組合物。標記部分包括放射性同位素(例如P32、P33或S35)、化學發(fā)光化合物、標記的結(jié)合蛋白、重金屬原子、光譜標志物例如熒光標志物和染料、磁性標記、聯(lián)接的酶、質(zhì)譜標簽、自旋標記、電子傳遞供體和受體等。雜交復合物雜交使變性的多核苷酸探針和變性的互補靶多核苷酸通過堿基配對形成穩(wěn)定的雙鏈體。雜交方法是本領域技術(shù)人員眾所周知的(參見，例如，Ausubel(1997;ShortProtocolsinMolecularBiology(精編分子生物學實驗指南)，JohnWiley&Sons,NewYorkN.Y.，單元2.8-2.11,3.18-3.19和4_6_4.9)?？蛇x擇用于雜交的條件，其中精確互補的靶和多核苷酸探針可雜交，即，每個堿基對必須與其互補堿基對相互作用?？蛇x擇地，可選擇這樣的條件，其中靶和多核苷酸探針存在錯配但仍然能夠雜交?？梢岳缤ㄟ^改變在預雜交、雜交和洗滌溶液中的鹽的濃度或者通過改變雜交和洗滌溫度來選擇合適的條件。對于某些膜，可以通過將甲酰胺加入預雜交和雜交溶液中來降低溫度。雜交條件基于核酸結(jié)合復合物或探針的解鏈溫度(Tm)，如Berger和Kimmel(1987)GuidetoMolecularCloningTechniques,MethodsinEnzymology(分子克隆技術(shù)指南，酶學方法)，第152卷，AcademicPress中所描述的。如本文使用的，術(shù)語“嚴格的條件”是發(fā)生在從Tm-5(低于探針的解鏈溫度5°)至低于Tm20°C范圍內(nèi)的“嚴格性”。如本文使用的，“高嚴格的”條件使用至少0.2倍SSC緩沖液和至少65°C。如本領域中公認的，嚴格的條件可通過改變多種因素而獲得，所述因素例如探針的長度和特性(即，DNA或RNA)；靶序列的長度和特性；雜交溶液的鹽和諸如甲酰胺、葡聚糖硫酸酯和聚乙二醇的其他組分的濃度?？筛淖兯羞@些因素以產(chǎn)生等價于以上所列條件的嚴格條件?？稍谟?7°C下采用諸如含有0.005%TritonX-100的6XSSPE的緩沖液的低嚴格性下進行雜交，這允許靶和包含某些錯配的多核苷酸探針之間的雜交以形成靶多核苷酸/探針復合物。在于50°C下采用諸如含有0.005%TritonX-100的0.5XSSPE的緩沖液的較高嚴格性下進行隨后的洗滌，以保持僅包含精確互補序列的靶/探針復合物的雜交?？蛇x擇地，可在60°C下采用諸如5XSSC/0.2%SDS的緩沖液進行雜交，并且洗滌是在2倍SSC/0.2%SDS中且然后在0.IXSSC中進行。背景信號可通過使用諸如十二烷基硫酸鈉、十二烷基肌氨酸鈉或TritonX-100的去污劑或諸如鮭精DNA的封閉劑而減少。陣列構(gòu)建核酸序列可用于諸如微陣列的陣列的構(gòu)建。用于構(gòu)建微陣列的方法以及這樣的微陣列的用途是本領域公知的，其實例可在以下專利中找到美國專利第5，445，934號、第5，744，305號、第5，700,637號和第5，945，334號，所述專利中的每一個的全部公開內(nèi)容在此通過引用并入。微陣列可以是核酸探針陣列、肽或寡肽探針陣列或嵌合探針-肽核酸(PNA)探針陣列。本領域技術(shù)人員將認識到所收集的信息的用途。一個特定的實例，即原位合成的寡核苷酸AffymetrixGeneChip系統(tǒng)，廣泛用于許多具有苛刻的質(zhì)量控制標準的研究應用中。(RouseR.和HardimanG.，‘‘Microarraytechnology-anintellectualpropertyretrospective(微陣列技術(shù)-知識產(chǎn)權(quán)回顧)，“Pharmacogenomics5:623-632(2003))。目前，AffymetrixGeneChip使用了11個25-寡聚體探針對的組，其包含有待在陣列上鑒定的每個基因序列的完全匹配和單核苷酸錯配。使用光引導化學合成法(光刻法技術(shù))，可在作為雜交室的約3X3-cm塑料筒中構(gòu)建高度密集的玻璃寡核苷酸探針陣列組(glassoligoprobearrayset)(>1，000，000個25-寡聚體探針)。將待雜交的核糖核酸分離、擴增、片段化、用熒光報道基團標記并且在溫育后用熒光染料染色。僅在熒光報道基團結(jié)合至探針時，從該熒光報道基團發(fā)出光。在掃描器中檢測從與單堿基對錯配的寡核苷酸探針比較的完全匹配的寡核苷酸探針發(fā)出的光的強度，其又通過生物信息學軟件來分析(http://WWW.affymetrix.com-)。GeneChip系統(tǒng)提供了用于陣列制作和數(shù)據(jù)分析的標準平臺，該標準平臺允許在不同試驗和實驗室之間進行數(shù)據(jù)比較。微陣列因此可用于多種目的，如本文進一步所描述的，目的包括但不限于，基于患者的基因表達譜來篩選患者對藥物的抗性或易感性。預測對治療劑的響應的方法在另一個方面中，本文提供了預測患者對用治療劑治療的響應的方法。該方法包括將從患者處獲得的多核苷酸樣品與多核苷酸探針接觸，以測量一種或在某些實施方案中為多種的靶多核苷酸的表達水平。然后將靶多核苷酸的表達水平用于提供患者的表達譜，然后將該表達譜與藥物-基因相關(guān)性進行比較，其中藥物和在患者中表達的基因之間的正相關(guān)表示患者將對藥物敏感，并且其中藥物和在患者中表達的基因之間的負相關(guān)表示患者將不對藥物響應。鑒定新治療劑的方法本文還提供了用于鑒定和表征調(diào)節(jié)患者中的ACE活性的新藥劑的方法。該方法包括用藥劑處理來自受試者的細胞樣品以及然后確定基因的表達中的任何變化，所述基因例如本文描述的作為化學敏感性的標志物的SNP。所述方法還包括比較對照和處理的細胞的基因表達譜，以確定該藥劑是否改變了化學敏感的基因或化學抗性的基因中的任一種的表達。在某些實施方案中，將分離的細胞培養(yǎng)物暴露于不同劑量的候選藥劑。藥劑改變化學敏感性的能力的有效性可使用標準測定來測試。通過進行測定而測試藥劑，在測定中樣品用新鑒定的藥劑連同先前已知的治療劑一起共處理?；谠谄浔磉_受新藥劑影響的一種或多種基因之間的基因-藥物相關(guān)性來確定先前已知的治療劑的選擇。還提供了用于鑒定和表征新藥劑的方法，所述新藥劑調(diào)節(jié)對ACE的化學敏感性。該方法包括用藥劑處理來自受試者的細胞樣品，這能夠抑制化學敏感性中所牽涉的ACE活性(通過基因表達與藥效之間的相關(guān)分析)。能夠被保持在培養(yǎng)物中的任何細胞系可用于本方法中。在某些實施方案中，所述細胞系是人類細胞系。根據(jù)一個方法，將RNA從這樣的細胞中提取出來、轉(zhuǎn)化為cDNA并應用于陣列，其中探針已應用于所述陣列，如上所述的。胰腺腺癌中的miRNA表汰樽式在一個特定的方面中，本文提供了對胰腺腺癌中的miRNA表達的全局模式(globalpattern)的鑒定，所述全局模式實現(xiàn)若干目的。定義能夠區(qū)分胰腺癌與正常胰腺的miRNA。由于胰腺癌通常在慢性胰腺炎的背景下出現(xiàn)，所以使用慢性胰腺炎樣本作為第二對照。單獨的miRNA表達的模式用于勾畫出具有較短存活的患者和更可能獲得長期存活的患者。鑒定了其表達與存活相關(guān)的miRNA。如本文可互換使用的，“miR基因產(chǎn)物”、“微小RNA”、“miR”或“miRNA”是指來自miR基因的未加工的或加工的RNA轉(zhuǎn)錄物。由于miR基因產(chǎn)物不被翻譯為蛋白，所以術(shù)語“miR基因產(chǎn)物”并不包括蛋白。未加工的miR基因轉(zhuǎn)錄物還被稱為“miR前體”，并且通常包括長度為約70-100個核苷酸的RNA轉(zhuǎn)錄物。miR前體可通過用RNase(例如Dicer、Argonaut、RNaseIII(例如，大腸桿菌RNaseIII))消化為具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子而加工。該具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子還被稱為“加工的”miR基因轉(zhuǎn)錄物或“成熟的”miRNA。具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子能夠經(jīng)過自然加工途徑(例如，使用完整細胞或細胞裂解液)或通過合成加工途徑(例如，使用分離的加工酶，如分離的Dicer、Argonaut或RNaseIII)從miR前體獲得。應當理解，具有活性的19-25個核苷酸的RNA分子還能夠直接通過生物合成或化學合成制備，而不必從miR前體加工。當本文通過名稱提及微小RNA時，該名稱對應于前體和成熟形式，除非另外說明。本文還提供了診斷受試者是否患有胰腺癌或是否處于發(fā)展胰腺癌的風險中的方法，其包括測量來自受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，并且將測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平與對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平進行比較。如本文使用的，“受試者”可以是患有或被懷疑患有胰腺癌的任何哺乳動物。在一個優(yōu)選實施方案中，受試者是患有或被懷疑患有胰腺癌的人。胰腺癌可以是任何形式的胰腺癌，例如不同組織學的胰腺癌(例如，外分泌腫瘤、內(nèi)分泌腫瘤、癌、淋巴瘤)。在一個實施方案中，被診斷的胰腺癌是胰腺腺癌)。在又一個實施方案中，被診斷的胰腺癌選自由胰腺內(nèi)分泌腫瘤(PET)和胰腺外分泌腫瘤(例如，腺癌)組成的組。此外，如本文所述，胰腺癌可與特定預后(例如，低存活率、快速進展)相關(guān)。實施例為了本文公開的發(fā)明可以被更有效地理解，以下提供了實施例。應當理解，這些實施例僅是為了說明的目的，而不應當被解釋為以任何方式限制本發(fā)明。在所有這些實施例中，使用商業(yè)可得的試劑，根據(jù)在Maniatis等人，MolecularCloning-ΑLaboratoryManual(分子克隆-實驗室手冊)，第2版，ColdSpringHarborPress(1989)中描述的方法進行分子克隆反應及其他標準重組DNA技術(shù)，除非另外說明。提供了用于改變靶細胞中的基因組數(shù)量的方法和組合物。在題述方法中，miRNA的活性以足以改變靶細胞中基因組數(shù)量的方式來改變；例如，通過將miRNA調(diào)節(jié)劑引入靶細胞中。還提供了用于實施題述方法的藥物組合物、試劑盒和系統(tǒng)。題述發(fā)明在多種應用中發(fā)現(xiàn)用途，包括治療遭受胰腺疾病狀況的受試者。在進一步描述本發(fā)明之前，應當理解，本發(fā)明并不限于所描述的特定的實施方案，因為這些當然可以改變。還應當理解，本文使用的術(shù)語僅是為了描述特定實施方案的目的，而并不意圖是限制性的，因為本發(fā)明的范圍僅由所附權(quán)利要求限定。當提供數(shù)值范圍時應當理解，在該范圍的上限和下限之間的每個居中值以及在所述范圍中的任何其他所述數(shù)值或居中值，都以下限單位的十分之一(除非上下文另外明確地說明)誤差的程度被包括在本發(fā)明內(nèi)。這些較小范圍的上限和下限可獨立地被包括在較小范圍中并且也被包括在本發(fā)明內(nèi)，以所述范圍中任何特別排除的界限為條件。當所述范圍包括界限中的一個或兩個時，排除所包括的界限中的任一個或兩個的范圍也被包括在本發(fā)明中。本文所敘述的方法可按照所敘述事件的任何邏輯上可能的順序以及所敘述的事件順序而進行。除非另外定義，本文使用的所有技術(shù)術(shù)語和科學術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領域的普通技術(shù)人員通常理解的相同的含義。雖然與本文描述的那些方法和材料類似或等價的任何方法和材料也能夠用于本發(fā)明的實施或測試，但現(xiàn)在描述優(yōu)選的方法和材料。本文提及的所有出版物通過引用并入本文，以公開和描述與被引用的出版物相關(guān)的方法和/或材料。必須注意，如本文中和所附權(quán)利要求中使用的，單數(shù)形式“一(a)”、“一(an)”和“該(the)”包括復數(shù)指示物，除非上下文另外明確地說明。還應當注意，權(quán)利要求可以被設計為排除任何可選擇的元素。因而，本陳述意圖作為與權(quán)利要求元素的引述相關(guān)的如“只”、“僅”等的這樣的排他性術(shù)語的使用的前置基礎，或“否定的”限制的使用的前置基礎。只提供在本申請的申請日之前的本文所討論的出版物的公開內(nèi)容。本文不應被解釋為，承認本發(fā)明沒有資格使依賴于先前發(fā)明的這樣的出版物提前。此外，所提供的公布日期可能與實際的公布日期不同，實際的公布日期可能需要單獨地確認。如以上所概述，題述發(fā)明提供了改變靶細胞中的靶基因組的量的方法和組合物。在進一步描述題述發(fā)明中，首先更詳細地描述題述方法，然后是綜述題述發(fā)明在其中找到用途的各種代表性應用以及在實施題述發(fā)明中找到用途的試劑盒。導管腺癌中的miRNA雖然已經(jīng)描述了許多胚胎學過程、生理學過程和致癌過程(oncogenicprocess)的全局微小RNA(miRNA)表達模式，但缺乏對miRNA在胰腺的導管腺癌中的作用的描述。因此，在一個方面中，提供了miRNA在胰腺癌中的表達模式的定義并將其與正常胰腺和慢性胰腺炎的那些表達模式進行比較。一般地，從切除的胰腺癌試樣和所匹配的鄰近的正常胰腺及慢性胰腺炎試樣中收獲的RNA與miRNA微陣列雜交。微陣列顯著性分析(SAM)和微陣列預測分析(PredictionofAnalysisofMicroarray,PAM)用于鑒定對組織類型和預后具有預測性的miRNA，并且通過使用被調(diào)整用于多重檢驗的t檢驗來計算ρ-值。以平均miRNA表達為閾值(高對低)構(gòu)建Kaplan-Meier存活曲線，并通過log-rank分析進行比較?；颊呷后w由患有胰腺導管腺癌(N=65)或慢性胰腺炎(N=42)的連續(xù)患者(consecutivepatient)組成。在所有患者中進行包括介入的治療性根治性胰切除術(shù)(curativeradicalpancreatectomy)?；加幸认侔┑幕颊呤俏唇?jīng)歷過化療的。鑒定了差異表達的miRNA，其能夠區(qū)分胰腺癌與正常胰腺功能和/或慢性胰腺炎以及鑒定了預測長期(即>24個月)存活的miRNA表達的模式。鑒定了21個表達增加的miRNA和4個表達減少的miRNA，其通過交叉驗證在90%的樣品中正確地歸類胰腺癌與正常的胰腺。15個過表達的miRNA和9個表達不足的(underexpressed)miRNA區(qū)分胰腺癌和慢性胰腺炎，準確率為93%。6個miRNA的子群能夠區(qū)分患有淋巴結(jié)陽性疾病的長期(即>24個月)存活者與在24個月內(nèi)死亡的存活者。最后，發(fā)現(xiàn)miR-196a-2的高表達預示差的存活(中值14.3個月[95%CI12.4至16.2]對26.5[95%CI23.4至29.6]，ρ=0.009)。胰腺癌可能具有獨特的miRNA表達模式，該獨特的miRNA表達模式可以將胰腺癌與正常的胰腺功能和慢性胰腺炎區(qū)分開。該獨特的miRNA表達模式可用于區(qū)分長期存活者和短期存活者。材料和方法組織樣品在由俄亥俄州立大學的倫理審查委員會同意免除法律狀況之后，從俄亥俄州立大學病理學系的檔案文件中確定2000年1月至2005年12月的試樣，所述試樣來自經(jīng)過胰腺導管腺癌切除術(shù)的65個連續(xù)患者和42個患有慢性胰腺炎的患者。由一個病理學者檢查了所有病例并確認了診斷。從胰腺癌和匹配的鄰近的良性胰腺的或從慢性胰腺炎的、顯微解剖的石蠟塊獲得三個2毫米的核芯(core)。鄰近的良性胰腺可從所有胰腺癌試樣得到。微小RNA微陣列用二甲苯在50°C下將組織核芯脫蠟(cbparaffinize)3分鐘。總RNA提取使用RecoverAll試劑盒(Ambion，Inc.，Austin,TX)按照制造商說明書進行。如先前所述進行RNA標記和在miRNA微陣列芯片上的雜交。7簡單地說，通過使用生物素末端_標記的隨機八聚體寡核苷酸引物對來自每個樣品的5μg總RNA進行逆轉(zhuǎn)錄。在定做的miRNA微陣列芯片(0SU_CCC版本3.0)上進行生物素-標記的cDNA的雜交，所述微陣列芯片包括1100個miRNA探針，包括326個人類的和249個小鼠的miRNA基因，重復點樣。洗滌并處理雜交的芯片，以通過鏈霉親和素-AleXa647綴合物檢測包含生物素的轉(zhuǎn)錄物，并在Axon4000B(AxonInstruments,Sunnyvale,CA)上掃描。統(tǒng)計分析和生物信息學分析通過使用GENEPLXPRO6.0(AxonInstruments)分析微陣列圖像。每個miRNA的平行測定點(implicatespot)的平均值經(jīng)過減去背景、標準化并經(jīng)過進一步分析。通過使用每個芯片中值標準化法和中值陣列而進行標準化。8最后，我們選擇在至少與數(shù)據(jù)集中最小分類一樣多的樣品中測量為存在的miRNA(25%)。在統(tǒng)計分析前將不存在信號(absentcall)的閾值定為4.5(log2標尺)，表示在系統(tǒng)中可檢測的平均最小強度水平。大于95%的空白探針(即陰性對照)落在4.5的閾值以下。通過使用微陣列顯著性分析(SAM)3.O應用(其中表達的閾值差異設置為2，sO百分點設置為0.05(默認值)并且置換次數(shù)設置為100(默認值))來鑒定胰腺癌與正常的胰腺之間、胰腺癌與慢性胰腺炎之間以及慢性胰腺炎與正常胰腺之間的差異表達的miRNA。9SAM以相對于所有測量的標準偏差的表達變化為基礎計算每個基因的分數(shù)。僅報導了差異表達的成熟miRNA。通過微陣列預測分析(PAM)確定miRNA特征(signature)，所述微陣列預測分析執(zhí)行最近收縮質(zhì)心法(nearestshrunkencentroids)01(1通過10_倍交叉驗證計算預測誤差。對于層次分析，我們使用在正常胰腺和胰腺癌之間由SAM和PAM鑒定的微小RNA的平均連接聚類法(Cluster3.0)。JavaTreeview1.0用于樹狀結(jié)構(gòu)可視化(treevisualization)。為了進行存活分析并生成Kaplan-Meier存活曲線，使用miRNA表達的各自的平均水平作為閾值，通過將樣品分為兩類(高表達和低表達)而將在miRNA芯片上測量的miRNA水平轉(zhuǎn)化為離散變量。通過log-rank分析比較存活曲線。接受具有95%的置信度的顯著性。定量RT-PCR按照制造商說明書(AppliedBiosystems,FosterCity,CA)使用單管TaqManmiRNA測定在AppliedBiosystemsReal-TimePCR儀器上檢測并量化成熟miRNA。使用小核RNAU6(RNU6B；AppliedBiosystems)進行標準化。在GeneAmpPCR9700Thermocycler(AppliedBiosystems)上運行所有的RT反應，包括無-模板的對照和RT負對照(minuscontrol)。使用ABIPrism7900HT序列檢測系統(tǒng)(AppliedBiosystems)量化基因表達水平。以一式三份進行比較實時PCR，包括無-模板的對照。使用比較Ct法計算相對表達。類似地，使用從AppliedBiosystems得到的用于KRAS表達測定的引物和探針(預先設計的，預先最優(yōu)化的)進行TaqMan基因表達測定。每個樣品使用150納克RNA用于測定，并且使用18S標準化所有RNA樣品。組織微陣列(TMA)已描述了我們制作TMA的方法。11簡單地說，從每個石蠟塊壓出兩個組織核芯(每個直徑為2mm)并使用精密儀器(Beecherlnstruments,SilverSpring,MD)轉(zhuǎn)移至每一個受者TMA塊(recipientTMAblock)，所述石蠟塊用于獲得進行微小RNA分析的RNA。石蠟包埋的組織以4微米切片并置于帶正電的載玻片上，然后加熱至40°C達30分鐘。在均染石蠟和核芯后，將陣列冷至4°C達15分鐘。免疫組織化學(IHC)已描述了免疫組織化學的方法。11分別以150、120和1100的稀釋度使用TP53(目錄#Μ7001，克隆D0-7,Dako,Carpinteria,CA)、CDKN2(目錄#CMC802，克隆JC2,CellMarqueCorp.，Rocklin,CA)和SMAD4/DPC4(目錄#sc_7966，克隆B_8，SantaCruzBiotechnology,Inc.,SantaCruz,CA)的一抗。將載玻片在RichardAllen蘇木精中復染、經(jīng)分級的乙醇溶液脫水并蓋片。對陽性對照和陰性對照適當?shù)厝旧?。如果在至?%的細胞中觀察到核染色，則TP53的染色被視為陽性的。對于⑶KN2，在至少5%的細胞中的核染色和細胞質(zhì)染色被視為陽性的，并且對于SMAD4/DPC4，小于10%的細胞的核染色與細胞質(zhì)染色被視為缺少表達。所有的染色由對腫瘤階段和臨床特征不知情的單個病理學者(WLF)讀取。結(jié)果利用miRNA微陣列8，鑒定在胰腺癌與匹配的鄰近的正常胰腺之間、胰腺癌與慢性胰腺炎之間以及慢性胰腺炎與正常胰腺之間的差異表達的miRNA。SAM鑒定了在胰腺癌中上調(diào)的31個miRNA和相比于正常胰腺下調(diào)的3個miRNA。當將胰腺癌樣品與慢性胰腺炎比較時，3個miRNA被過表達，并且4個miRNA在癌癥中表達不足。最后，與正常胰腺相比，16個miRNA顯示了在慢性胰腺炎中增加的表達，1個miRNA顯示了減少的表達。表2a、表2b和表2c(分別在圖4A、圖4B和圖4C中顯示)列出通過SAM確定的具有至少兩倍的表達變化的差異表達的miRNA和通過PAM鑒定為分類預測物的另外的miRNA(見下)。被發(fā)現(xiàn)區(qū)分胰腺癌與正常胰腺的miRNA中有三分之一也區(qū)分癌癥與慢性胰腺炎(還顯示表la、表lb、表Ic的圖1A-C)。在所有的三組樣品之間沒有共同的miRNA。圖1A、圖IB和圖IC顯示了說明通過組織類型之間的成對比較被發(fā)現(xiàn)是差異表達的多組miRNA之間的關(guān)系的維恩圖；并且顯示了列出通過組織類型之間的成對比較被發(fā)現(xiàn)是差異表達的多組miRNA的表la、表Ib和表lc。圓包括在所示的成對比較中差異表達的miRNA的總數(shù)。相交的區(qū)域表示在每次比較之間共同的差異表達的miRNA的數(shù)目。對每一組列出了共同的miRNA。NP，正常的胰腺；P，胰腺癌；CP，慢性胰腺炎?；谠诼砸认傺?、正常的胰腺和胰腺癌之間差異表達的miRNA的聚類分析表明了每種樣品類型之間的一般差別(數(shù)據(jù)未顯示)。表達模式看起來在慢性胰腺炎與正常胰腺之間最相似，且在這些良性組織與胰腺癌之間具有較明顯的差別。胰腺癌的大部分聚簇在一起，且某些例外包括在正常胰腺和慢性胰腺炎樣品之間聚簇的一組8個癌。后一組與具有50%更長但統(tǒng)計學上不顯著的存活的剩余的癌具有類似的臨床病理學特征(中值23.1個月[95%CI19.6至26.6]對15.2[95%CI10.9至19.5]，ρ=0.15)。8個腫瘤的這個組與其他胰腺癌相比具有顯著更低水平的miR-21表達(中值10.9對8.3，ρ=0.0003)。PAM允許每個樣品基于miRNA表達水平通過組織類型分類(顯示表2a、表2b、表2c的圖4A、圖4B、圖4C)。鑒定了21個過表達的miRNA和4個表達不足的miRNA的子集，其能夠在90%的樣品中通過交叉驗證測試正確地區(qū)分胰腺癌與正常胰腺。當在慢性胰腺炎與胰腺癌之間進行比較時，基于癌中15個過表達的miRNA和9個表達不足的miRNA，93%的樣品被正確地分類。在慢性胰腺炎與正常胰腺之間的比較鑒定了15個表達增加的miRNA和2個表達減少的miRNA。該表達模式在所有樣品中正確地區(qū)分了慢性胰腺炎與正常胰腺。最后，當與慢性胰腺炎和正常胰腺一起比較時，95%的胰腺癌樣品被正確分類。為了證實微陣列研究結(jié)果，在8個胰腺癌樣品和8個匹配的正常胰腺對照中對miR-21、miR-155、miR-221、miR-222、miR_181a、miR-181b和miR_181d進行定量實時PCR。所有這些miRNA在腫瘤樣品中相對于正常胰腺被過表達(圖2A)。對miR-21的Northern印跡分析也證實，相對于兩個不匹配的新鮮的正常的胰腺對照，在5個另外的新鮮的胰腺癌樣品中表達增加(圖2B)。為了確定miRNA表達對存活的影響，我們使用兩種方法分析我們的微陣列數(shù)據(jù)。首先，我們需要確定miRNA表達的絕對水平是否能夠區(qū)分患有淋巴結(jié)陽性疾病的短期存活者和長期存活者。已知患有轉(zhuǎn)移至局部淋巴結(jié)的胰腺癌且在切除術(shù)以后2年仍存活的患者通常被視為長期存活者，我們比較了具有大于24個月的存活的淋巴結(jié)陽性患者的微陣列數(shù)據(jù)與在24個月內(nèi)死于疾病的淋巴結(jié)陽性患者的微陣列數(shù)據(jù)。SAM鑒定了在具有較長存活的患者中差異地過表達的6個miRNA，如圖5中的表3中所示。然后，我們需要基于miRNA的相對表達確定存活。生成Kaplan-Meier存活曲線，并使用高表達或低表達(相對于微陣列上的每個miRNA的平均表達)的二項變量，通過Log-Rank分析進行比較?；诖?，鑒定了兩個感興趣的miRNA:miR-196a-2[SEQIDNO62]和miR-219[SEQIDNO:64]。具有高miR-196a-2表達的腫瘤具有14.3個月(95%CI12.4至16.2)的中值存活，與具有低表達的腫瘤的26.5個月(95%CI23.4至29.6)相對比(ρ=0.009)。在75%的腫瘤中觀察到的高miR-196a-2表達導致17%的2-年存活，與低表達的64%相對比(圖3)。在具有高miR-219表達的患者中的中值存活為13.6個月(95%CI11.8至15.4)，與具有低表達的患者的23.8個月(95%CI18.7至28.9)相對比，二者分別具有25%和49%的2-年存活(ρ=0.067)。所有患者的中值存活為15.5個月(95%CI9.9至21.1)，2-年和5-年存活分別為33%和12.5%。眾所周知地，淋巴結(jié)狀況、T分期和組織學級別(histologicgrade)不預測存活(數(shù)據(jù)未顯示)。我們接下來設法使在胰腺癌中觀察到的常見的基因異常的表達與存活和微小RNA表達相關(guān)聯(lián)。在54個腫瘤中的31個(57%)中觀察到增加的TP53表達。在56個腫瘤中的49個(88%)中觀察到⑶KN2表達的缺失，而在56個腫瘤中的39個(70%)中觀察到SMAD4/DPC4表達缺失。未發(fā)現(xiàn)與存活或在表3(圖5中所示)中列出的微小RNA中的任一種(包括miR-196a-2)的相關(guān)性。此外，在通過基因表達分析評價的10個腫瘤中的8個(80%)中鑒定了KRAS突變，但KRAS突變不與微小RNA表達相關(guān)。討論已描述了在多種血液學和實體器官惡性腫瘤中的異常miRNA表達模式。所鑒定的是能夠以95%的準確度區(qū)分胰腺的導管腺癌與正常胰腺和慢性胰腺炎的miRNA的全局表達模式。同樣地，我們已鑒定了可顯著影響存活的一種miRNA，miR-196a-2。對于該一系列的試驗，選擇兩個對照用于比較相鄰的正常的胰腺和慢性胰腺炎。雖然我們的腫瘤樣品是顯微切割的，但被在胰腺癌中常見的周圍炎性變化所污染是不可避免的。仍然地，僅7個被發(fā)現(xiàn)相對于正常胰腺在癌中過表達的miRNA(miR-99、miR-100、miR-100-l/2、miR-125a、miR-125b-l、miR-199a-l、miR-199a-2)也在慢性胰腺炎中過表達。雖然這些miRNA在癌和慢性胰腺炎中的過表達可提示對于腫瘤生長的共同誘發(fā)事件(commonincitingevent)，但不能排除污染的可能性。通常，正常的胰腺功能和慢性胰腺炎傾向于聚簇在一起，同時與胰腺癌保持很大程度地分離，極少例外。有趣的是，一組8個癌確實與良性胰腺樣品聚簇。雖然這組患者相對于其他患者在存活上不具有顯著改善，但他們將近2-年的中值存活長于大部分胰腺癌的報導。在該較小的組中值得注意的是miR-23、miR-103和miR-107的簇，所述簇在這8個癌中比在剩余的癌或大部分良性胰腺中觀察到的少(數(shù)據(jù)未顯示)。這些miRNA以及其他miRNA,目前已顯示被癌細胞中的缺氧通過依賴于缺氧誘導因子(HIF)的機制所誘導。12事實上，大部分描述的缺氧相關(guān)的miRNA在我們的胰腺癌中被差異地過表達。假定HIF與胰腺癌攻擊性相關(guān)，那么可以證明這些缺氧相關(guān)的miRNA的減少的表達對患者亞組中的存活是重要的。通常與惡性腫瘤相關(guān)的若干miRNA在我們的胰腺癌中被鑒定為顯著失調(diào)的。最顯著地，miR-21和miR-155在胰腺癌中相對于正常胰腺和慢性胰腺炎被獨特地過表達。已認為miR-21在預防細胞凋亡中起重要作用，由此作為原癌基因起作用13，并且miR-21已顯示在肺癌、胃癌、乳腺癌、結(jié)腸癌和前列腺癌中被過表達以及在胰腺的神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤中被表達。4'7雖然miR-21在瘤形成中的作用還未被完全闡明，但使用miRNA特異性反義寡核苷酸對其的抑制作用增加了膽管癌細胞對吉西他濱的體外易感性。14盡管miR-155與彌漫性大B-細胞淋巴瘤以及霍奇金淋巴瘤和伯基特氏淋巴瘤15’16的活化的B-細胞類型相關(guān)，但是其也在諸如結(jié)腸癌、肺癌和乳腺癌的實體瘤中被過表達4’7。還顯示其在轉(zhuǎn)基因小鼠中參與引起白血病。17當與正常胰腺和慢性胰腺炎比較時，在我們的胰腺癌中最一致地高表達的miRNA是miR-221。雖然該關(guān)聯(lián)先前未顯示在腸胃道腫瘤中，但miR-221表達在甲狀腺癌中是重要的，并且被認為在血管形成中起作用。18’19通過與miR-222合作，miR-221靶向干細胞因子受體KIT，miR-222在我們所研究的胰腺癌中也被發(fā)現(xiàn)過表達。少得多的miRNA在胰腺癌中是下調(diào)的。在這些中值得注意的是miR-375，其在胰島中但不在外分泌胰腺中大量存在。2°理所當然地，該miRNA在我們的胰腺癌中將是顯著地表達不足的，因為它們?nèi)吭醋酝夥置谝认?導致所干預的島(interveningislet)的去除)。將40個胰腺內(nèi)分泌腫瘤(PET)和4個腺泡癌的miRNA表達模式與正常胰腺進行比較。21在該研究中，87個miRNA在腫瘤中被差異地過表達，并且8個miRNA相對于正常胰腺表達不足。這明顯多于在導管源的胰腺腺癌中鑒定的31個過表達的miRNA和3個表達不足的miRNA。鑒于PET相比于導管腺癌其起源不同，所以在miRNA表達中的該寬泛的變化并不意外。已報導了利用Affymetrix基因陣列的類似的研究結(jié)果。22類似于我們在導管腺癌中的研究結(jié)果，miR-21看起來在PET中是重要的。然而，在內(nèi)分泌腫瘤中，miR-21與更具攻擊性的腫瘤相關(guān)，如由Ki67的增加的增殖指數(shù)和肝轉(zhuǎn)移的存在所表明的。類似地，miR-21表達在本文報導的與良性胰腺試樣聚簇的8個癌中顯著較低，表明其在腫瘤攻擊性中的作用。另一個方面，miR-155在PET中相對于正常胰腺是表達不足的，而我們發(fā)現(xiàn)它在導管腺癌中是過表達的。該差異再次強調(diào)了在兩個腫瘤類型之間的細胞起源的不同。已知不良預后通常與胰腺癌相關(guān)，我們設法鑒定了能夠區(qū)分可被視為長期(即大于24個月)存活者與短期存活者的高風險患者的miRNA表達譜。一組6個miRNA被鑒定(圖5，表3)。miR-127是有趣的，因為它位于染色體14的CpG島內(nèi)，并且在前列腺癌和結(jié)腸癌中顯示為沉默的。23在我們的胰腺癌中，miR-127表達在近半腫瘤中增加，而在另一半中減少。雖然單獨的miR-127表達并不顯著影響存活，但當與圖5-表3中列出的其他miRNA—起時，它可用于預測長期存活者。僅鑒定了一個顯著預測存活期的miRNA，即miR-196a-2。該miRNA不被SAM鑒定為區(qū)分“長期”存活者和“短期”存活者的質(zhì)的區(qū)別。雖然miR-196與惡性腫瘤的直接關(guān)聯(lián)還未被描述，但其確實看起來與H0XB8完美地相互作用并使H0XB8降解，H0XB8是涉及動物中多種至關(guān)重要的發(fā)育程序的同源框家族簇(homeoboxfamilycluster)的成員24，所述發(fā)育程序包括內(nèi)分泌胰腺。25在我們的患者中，75%的腫瘤以高于該組的平均值的水平表達miR-196a-2。雖然該miRNA并未幫助區(qū)分胰腺癌與正常胰腺或慢性胰腺炎，但它可以是有用的存活預測物。所使用的樣品代表典型的導管腺癌，如通過對在胰腺癌中觀察到的4個最常見的基因異常的分析試驗所說明的TP53、⑶ΚΝ2、SMAD4和KRAS。在我們的腫瘤中觀察到的這些感興趣的基因的改變與在文獻中描述的改變類似。26_28與早期的報導類似，這些腫瘤抑制劑和致癌基因并不與我們的患者的存活相關(guān)，它們也不與miRNA表達相關(guān)。認為這些結(jié)果現(xiàn)在顯示了胰腺腺癌中的miRNA的全局表達模式。這樣的模式可用于指導對患有未知原發(fā)性的轉(zhuǎn)移性腫瘤的患者的治療，或幫助區(qū)分良性腫瘤和惡性腫瘤(其通過常規(guī)組織學分析和免疫組織化學分析難以確定)。這樣的數(shù)據(jù)還可用于區(qū)分具有較好預后或較差預后的患者，以在決定誰將接受或?qū)⒉唤邮芄粜辕煼〞r幫助指導臨床醫(yī)生。除了微小RNA表達模式如何能被臨床應用的這些診斷實例和預測實例以外，微小RNA以多種途徑影響多個基因的能力使它們可用于抗腫瘤治療。^M上述方法在多種不同應用中發(fā)現(xiàn)了用途，典型的應用類型在本文中描述。效用本題述方法在治療多種不同的狀況中發(fā)現(xiàn)了用途，在所述的狀況中，靶細胞或包括靶細胞的宿主中的靶基因組的量的減少是所期望的。在許多實施方案中，本題述方法在治療患有胰腺癌介導的疾病狀況的宿主中發(fā)現(xiàn)了用途。治療是指至少獲得了與折磨宿主的狀況相關(guān)的癥狀的改善，其中改善在廣義上用于指至少與待治療的狀況相關(guān)的參數(shù)例如癥狀的量級的減少。因而，治療還包括這樣的情形其中病理狀況或至少與病理狀況相關(guān)的癥狀被完全抑制(例如防止發(fā)生)或停止(例如終止)使得宿主不再遭受狀況或至少表征該狀況的癥狀。多種宿主可根據(jù)本題述方法進行治療。通常，這樣的宿主是“哺乳動物(mammal)，，或“哺乳動物(mammalian)”，其中這些術(shù)語被廣泛地用于描述在哺乳動物綱內(nèi)的生物，包括食肉動物目(例如，狗和貓)、嚙齒目(例如，小鼠、豚鼠和大鼠)和靈長目(例如，人類、黑猩猩和猴子)。在許多實施方案中，宿主將是人類。本發(fā)明通過研究來自正常胰腺、轉(zhuǎn)移的惡性胰腺癌(metastaticmalignantpancreaticcancer)和慢性胰腺炎的組織中的基因表達鑒定了與胰腺癌相關(guān)的基因表達的全局變化。本發(fā)明還鑒定了作為有用的診斷標志物以及作為能夠用于監(jiān)測疾病狀態(tài)、疾病進展、藥物毒性、藥物功效和藥物代謝的標志物的表達譜。本發(fā)明包括診斷患者中胰腺癌的存在或不存在的方法，其包括以下步驟檢測來自表1-2的2種或更多種基因在組織樣品中的表達水平，其中，表1-2中的基因的差異表達指示胰腺癌。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表2中列出的基因組成的組。本發(fā)明還包括檢測胰腺癌的進展和/或區(qū)分癌性疾病與慢性炎癥的方法。例如，本發(fā)明的方法包括檢測患者中胰腺癌的進展，所述方法包括以下步驟檢測來自表1-2的2種或更多種基因在組織樣品中的表達水平；其中，表1-2中的基因的差異表達指示胰腺癌進展。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表2中列出的基因組成的組。在某些方面中，本發(fā)明提供了監(jiān)測患有胰腺癌的患者的治療的方法，其包括將藥物組合物施用于患者；從來自患者的細胞或組織樣品制作基因表達譜；和將患者的基因表達譜與來自包括正常胰腺細胞的細胞群體的基因表達或與來自包括胰腺癌細胞的細胞群體的基因表達譜進行比較或與兩者進行比較。在某些實施方案中，基因譜將包括表1-3中的一種或多種基因的表達水平。在其他實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。在另一個方面中，本發(fā)明提供了治療患有胰腺癌的患者的方法，其包括將藥物組合物施用于患者，其中所述組合物改變了表1-3中的至少一種基因的表達；從來自患者的包括腫瘤細胞的細胞或組織樣品制作基因表達譜；和將患者的表達譜與來自包括胰腺癌細胞的未經(jīng)治療的細胞群體的基因表達譜進行比較。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。在一個方面中，本發(fā)明提供了診斷患者中的胰腺癌的方法，其包括檢測來自表1-3的2種或更多種基因在組織樣品中的表達水平，其中表1-3中的基因的差異表達指示胰腺癌。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。在另一個方面中，本發(fā)明提供了檢測患者中胰腺癌的進展的方法，其包括檢測來自表1-3的2種或更多種基因在組織樣品中的表達水平；其中表1-3中的基因的差異表達指示胰腺癌進展。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。在一個相關(guān)的方面中，本發(fā)明提供了監(jiān)測患有轉(zhuǎn)移性胰腺腫瘤(metastaticpancreatictumor)的患者的治療的方法，其包括將藥物組合物施用于患者；從來自患者的細胞或組織樣品制作基因表達譜；和將患者的基因表達譜與來自包括正常胰腺細胞的細胞群體的基因表達或與來自包括轉(zhuǎn)移性胰腺腫瘤細胞的細胞群體的基因表達譜進行比較或與兩者進行比較。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法可包括檢測選自表1-3中列出的基因的一種或多種基因的表達水平。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。在某些實施方案中，本發(fā)明提供了治療患有轉(zhuǎn)移性胰腺腫瘤的患者的方法，其包括將藥物組合物施用于患者，其中所述組合物改變了表1-3中的至少一種基因的表達；從來自患者的包括轉(zhuǎn)移性胰腺腫瘤細胞的細胞或組織樣品制作基因表達譜；和將患者的表達譜與來自包括轉(zhuǎn)移性胰腺腫瘤細胞的未經(jīng)治療的細胞群體的基因表達譜進行比較。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。本發(fā)明還包括區(qū)分患者中的胰腺癌與其他胰腺病癥的方法，其包括以下步驟檢測來自表1-3的2種或更多種基因在組織樣品中的表達水平；其中表1-3中的基因的差異表達指示胰腺癌而不是另一種胰腺病癥。本發(fā)明還包括篩選能夠調(diào)節(jié)胰腺癌的發(fā)作或進展的藥劑的方法，其包括以下步驟將細胞暴露于該藥劑；和檢測來自表1-3的2種或更多種基因的表達水平。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。以上描述的本發(fā)明方法中的任一種可包括檢測來自表中的至少2種基因。在某些實施方案中，所述方法可檢測表中的全部或幾乎全部的基因。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表1-3中列出的基因組成的組。本發(fā)明還包括包含至少兩種寡核苷酸以及固相支持體的組合物，其中所述寡核苷酸中的每一種包括特異性地與表1-3中的基因雜交的序列，所述固相支持體包含至少兩種探針，其中所述探針中的每一種包括特異性地與表1-3中的基因雜交的序列。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。本發(fā)明還包括計算機系統(tǒng)，其包括數(shù)據(jù)庫和用戶界面，所述數(shù)據(jù)庫包含確定包括表1-3中的至少兩種基因的一組基因在胰腺組織中的表達水平的信息；所述用戶界面用于查看所述信息。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。所述數(shù)據(jù)庫還可包括基因的序列信息、確定一組基因在正常胰腺組織和惡性組織(轉(zhuǎn)移性的和非轉(zhuǎn)移性的)中的表達水平的信息，并且可包括至諸如GenBank的外部數(shù)據(jù)庫的鏈接；所述GenBank數(shù)據(jù)庫由國家生物技術(shù)信息中心或NCBI(ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/)維護?？捎糜诒景l(fā)明的其他外部數(shù)據(jù)庫包括由化學文摘社(stnweb.cas.org/)和IncyteGenomics(incyte.com/sequence/index,shtml)提供的數(shù)據(jù)庫。本發(fā)明還包括可用于本發(fā)明方法中的一種或多種的實施的試劑盒。在某些實施方案中，試劑盒可包含已連接有一種或多種寡核苷酸的一種或多種固相支持體。固相支持體可以是高密度寡核苷酸陣列。試劑盒還可包括與所述陣列一起使用的一種或多種試劑、一種或多種信號檢測和/或陣列處理儀器、一種或多種基因表達數(shù)據(jù)庫和一種或多種分析與數(shù)據(jù)庫管理軟件包。本發(fā)明還包括使用數(shù)據(jù)庫的方法，例如使用所公開的計算機系統(tǒng)以呈現(xiàn)確定表1-3中的至少一種基因在組織或細胞中的表達水平的信息的方法，所述使用數(shù)據(jù)庫的方法包括以下步驟將表1-3中的至少一種基因在組織或細胞中的表達水平與數(shù)據(jù)庫中的基因的表達水平進行比較。在某些實施方案中，一種或多種基因可選自由表3中列出的基因組成的組。本發(fā)明提供了檢測基因的表達水平的組合物和方法，取決于細胞狀態(tài)(S卩，正常的對癌性的)，所述基因可以是差異表達的。如本文使用的，短語“檢測表達水平”包括測定表達水平的量的方法以及確定感興趣的基因是否被表達的方法。因此，提供是或否的結(jié)果而不必提供表達的量的量化的測定是需要“檢測表達水平”的測定，正如該短語在本文使用的。藥物組合物還提供的是包含用于本題述方法的miRNA化合物的藥物組合物。因此，可配制適于口服或胃腸外施用的例如以藥學上可接受的鹽的形式的化合物，以便用在本題述方法中，如上所述。作為實例，所述化合物可與常規(guī)的藥物載體和賦形劑(即，媒介物)混合并以以下形式使用水溶液、片劑、膠囊、酏劑、懸浮液、糖漿劑、干膠片等。在某些實施方案中，這樣的藥物組合物包含按重量計約0.至約90%的活性化合物，并且更通常地按重量計約至約30%的活性化合物。所述藥物組合物可包含常見的載體和賦形劑。非限制性的實例包括玉米淀粉或明膠、乳糖、右旋糖、蔗糖、微晶纖維素、高嶺土、甘露醇、磷酸二鈣、氯化鈉和海藻酸。通常在本發(fā)明的制劑中使用的崩解劑包括交聯(lián)羧甲纖維素、微晶纖維素、玉米淀粉、羥基乙酸淀粉鈉和海藻酸。液體組合物通常由所述化合物或藥學上可接受的鹽在合適的液體載體中的懸浮液或溶液組成。非限制性的實例包括乙醇、甘油、山梨醇、諸如聚乙二醇的非水溶劑、油或水，連同懸浮劑、防腐劑、表面活性劑、潤濕劑、調(diào)味劑或著色劑?？蛇x擇地，液體制劑可以從可重新構(gòu)建的粉末(reconstitutablepowder)制備。例如，包含活性化合物、懸浮劑、蔗糖和增甜劑的粉末可用水重新構(gòu)建以形成懸浮液；并且糖漿劑可由包含活性成分、蔗糖和增甜劑的粉末制備。可使用常規(guī)用于制備固體組合物的任何合適的藥物載體來制備片劑形式的組合物。這樣的載體的非限制性的實例包括硬脂酸鎂、淀粉、乳糖、蔗糖、微晶纖維素和粘合劑，例如聚乙烯吡咯烷酮。片劑還可提供有彩色膜包衣(colorfilmcoating)，或者包含為載體的一部分的顏色。此外，活性化合物可以被配制為控釋劑型，如包含親水的或疏水的基質(zhì)的片劑?？墒褂贸Ｒ?guī)的封裝過程制備膠囊形式的組合物，例如，通過將活性化合物和賦形劑加入硬明膠膠囊中?？蛇x擇地，可制備活性化合物和高分子量聚乙二醇的半固體基質(zhì)并將其填充進硬明膠膠囊中；或者可制備活性化合物在聚乙二醇中的溶液或在諸如液體石蠟或分餾的椰子油的食用油中的懸浮液并將其填充進軟明膠膠囊中?？砂钠瑒┱澈蟿┦前⒗畼淠z、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、聚乙烯吡咯烷酮(聚維酮)、羥丙基甲基纖維素、蔗糖、淀粉和乙基纖維素?？墒褂玫臐櫥瑒┌ㄓ仓徭V或其他金屬硬脂酸鹽、硬脂酸、硅油、滑石、蠟、油和膠態(tài)二氧化硅。還可使用諸如薄荷、冬青油、櫻桃調(diào)味品等的調(diào)味劑。此外，添加著色劑以使劑型在外觀上更有吸引力或幫助識別產(chǎn)品可能是所期望的?？蓪⒈景l(fā)明的化合物及其在胃腸外給予時是活性的藥學上可接受的鹽配制用于肌肉內(nèi)施用、鞘內(nèi)施用或靜脈內(nèi)施用。用于肌肉內(nèi)施用或鞘內(nèi)施用的典型組合物將是活性成分在諸如花生油或芝麻油的油中的懸浮液或溶液。用于靜脈內(nèi)施用或鞘內(nèi)施用的典型組合物將是包含諸如活性成分以及右旋糖或氯化鈉或右旋糖與氯化鈉的混合物的無菌等滲水溶液。其他實例為乳酸林格注射液、乳酸林格注射液加右旋糖注射液、Normosol-M和右旋糖、IsolyteE、?；牧指褡⑸湟旱?。任選地，諸如聚乙二醇的共溶劑、諸如乙二胺四乙酸的螯合劑和諸如焦亞硫酸鈉的抗氧化劑可以被包括在制劑中?？蛇x擇地，溶液可被凍干并然后緊在施用前用合適的溶劑重新構(gòu)建。本發(fā)明的化合物及其在直腸施用時是活性的藥學上可接受的鹽可被配制為栓劑。典型的栓劑制劑將通常由活性成分與粘合劑和/或潤滑劑(例如明膠或可可油或其他低熔點的植物的或合成的蠟或脂肪)組成。本發(fā)明的化合物及其在局部施用時是活性的藥學上可接受的鹽可被配制為透皮組合物或透皮遞送裝置(“貼片(patch)”)。這樣的組合物包括，例如，背襯、活性化合物貯庫、控制膜(controlmembrane)、襯墊和接觸型膠粘劑。這樣的透皮貼片可用于以控制的量提供本發(fā)明化合物的連續(xù)或不連續(xù)的輸入。貼片可被構(gòu)建為連續(xù)的、脈動的或在需求時遞送的藥劑。任選地，藥物組合物可包含其他藥學上可接受的組分，例如緩沖劑、表面活性劑、抗氧化劑、粘度調(diào)節(jié)劑、防腐劑等。適于在本發(fā)明的制劑中使用的其他組分可在Remington'sPharmaceuticalSciences(雷明頓藥物禾斗學)，MacePub1ishingCompany,Philadelphia,Pa.，第17版(1985)中找到。試劑盒還提供的是用于實施上述方法中的一種或多種的試劑及其試劑盒。題述試劑及其試劑盒可變化很大。通常，試劑盒至少包括如上所述的miRNA劑。試劑盒還可包括藥學上可接受的遞送媒介物，所述遞送媒介物可與試劑盒中的miRNA劑結(jié)合或者分開，例如，這兩種組分可在試劑盒中的相同容器中或單獨的容器中。除了以上的組分，題述試劑盒還將包括用于實施題述方法的說明書。這些說明書可以多種形式存在于題述試劑盒中，所述形式中的一種或多種可以存在于試劑盒內(nèi)。這些說明書可以存在的一種形式是作為在合適的介質(zhì)或基材上(例如，該信息印刷于其上的一張或多張紙)、在試劑盒的包裝中、在包裝說明書中等的印刷的信息。又一種方式將是計算機可讀介質(zhì)，例如，信息已被記錄在其上的磁盤、CD等。可存在的又一種方式是可經(jīng)因特網(wǎng)使用以訪問在遠處的信息的網(wǎng)址。任何方便的方式可存在于試劑盒中。系統(tǒng)還提供的是在實施題述方法中找到用途的系統(tǒng)，如上所述。例如，用于實施題述方法的系統(tǒng)可包括包含miRNA劑的一種或多種藥物制劑。如本文使用的，術(shù)語“系統(tǒng)”是指為了實施題述方法的目的而被組合在一起的組分(例如，存在于單一組合物中或作為完全不同的組合物的活性劑、遞送媒介物等)的集合。例如，根據(jù)本發(fā)明，分別獲得的、組合在一起并共同施用于受試者的活性劑和遞送媒介物是根據(jù)本發(fā)明的系統(tǒng)。前述實施方案和優(yōu)勢僅為示例性的，并且不應當被解釋為限制本發(fā)明。本教導可容易地應用于其他類型的設備。本發(fā)明的描述意欲是示例性的，而不是限制權(quán)利要求的范圍。許多可選方案、修改和變化對本領域技術(shù)人員來說將是明顯的。在權(quán)利要求中，方式-加-功能的語句意圖涵蓋本文所描述的進行所述功能的構(gòu)成以及不僅構(gòu)成上的等價物還有等價的構(gòu)成。本文引用的所有科學出版物和專利公布據(jù)此通過引用并入。現(xiàn)已經(jīng)過書面的說明書和實施例描述了本發(fā)明，本領域技術(shù)人員將認識到，本發(fā)明可以多種實施方案來實施，前述說明書和實施例是為了說明的目的，而不是限制以下權(quán)利要求。參考文獻1.JemalA,SiegelR,WardΕ,etal.Cancerstatistics,2006.CACancerJClin.Mar-Apr2006；56(2)106-130.2.CowgillSM,MuscarellaP.Thegeneticsofpancreaticcancer.AmJSurg.S印2003；186(3)279-286.3.BartelDP.MicroRNAs:genomics,biogenesis,mechanism,andfunction.Cell.Jan232004；116(2):281_297·4.IorioMV,FerracinΜ,LiuCG,etal.MicroRNAgeneexpressionderegulationinhumanbreastcancer.CancerRes.Aug152005；65(16):7065_7070·5.CalinGA,FerracinΜ,CimminoA,etal.AMicroRNAsignatureassociatedwithprognosisandprogressioninchroniclymphocyticleukemia.NEnglJMed.Oct272005；353(17):1793_1801.6.Esquela-KerscherA，SlackFJ,Oncomirs-microRNAswitharoleincancer.NatRevCancer.Apr2006；6(4):259_269.7.VoliniaS，CalinGA,LiuCG,etal.AmicroRNAexpressionsignatureofhumansolidtumorsdefinescancergenetargets.ProcNatlAcadSciUSA.Feb142006；103(7):2257_2261·8.LiuCG,CalinGA,MeloonB，etal.Anoligonucleotidemicrochipforgenome-widemicroRNAprofilinginhumanandmousetissues.ProcNatlAcadSciUSA.Jun292004；101(26):9740_9744.9.TusherVG,TibshiraniR，ChuG.Significanceanalysisofmicroarraysappliedtotheionizingradiationresponse.ProcNatlAcadSciUSA.Apr242001；98(9):5116-5121.10.TibshiraniR，HastieT，NarasimhanB，ChuG.Diagnosisofmultiplecancertypesbyshrunkencentroidsofgeneexpression.ProcNatlAcadSciUSA.May142002；99(10):6567_6572.ll.DeLottLB，MorrisonC，SusterS，CohnDE，F(xiàn)rankelWL.CDX2isausefulmarkerofintestinal-typedifferentiation:atissuemicroarray-basedstudyof629tumorsfromvarioussites.ArchPatholLabMed.Sep2005；129(9):1100_1105·12.KulshreshthaR,FerracinM，WojcikSE,etal.AMicroRNASignatureofHypoxia.Mol.Cell.Biol.December28,20062006:MCB.01395-01306.13.ChanJA,KrichevskyAM,KosikKS.MicroRNA-21isanantiapoptoticfactorinhumanglioblastomacells.CancerRes.Jul152005；65(14):6029_6033·14.MengF，HensonR，LangM，etal.Involvementofhumanmicro-RNAingrowthandresponsetochemotherapyinhumancholangiocarcinomacelllines.Gastroenterology.Jun2006；130(7):2113_2129.15.KluiverJ，HaralambievaE，deJongD，etal.LackofBICandmicroRNAmiR-155expressioninprimarycasesofBurkittlymphoma.GenesChromosomesCancer.Feb2006；45(2):147-153.16.KluiverJ，PoppemaS，deJongD，etal.BICandmiR-155arehighlyexpressedinHodgkin，primarymediastinalanddiffuselargeBcelllymphomas.JPathol.0ct2005；207(2):243_249.17.CostineanS，ZanesiN，PekarskyY，etal.Pre-Bcellproliferationandlymphoblasticleukemia/high-gradelymphomainE(mu)_miR155transgenicmice.ProcNatlAcadSciUSA.May22006；103(18):7024_7029.18.PallanteP，VisoneRiFerracinM，etal.MicroRNAderegulationinhumanthyroidpapi11arycarcinomas.EndocrRelatCancer.Jun2006；13(2):497_508·19.PolisenoL，TuccoliA，MarianiL，etal.MicroRNAsmodulatetheangiogenicpropertiesofHUVEC.Blood.Jul182006.20.PoyMN,EliassonL，KrutzfeldtJ，etal.Apancreaticislet-specificmicroRNAregulatesinsulinsecretion.Nature.Nov112004；432(7014):226_230·21.RoldoC，MissiagliaE，HaganJP,etal.MicroRNAexpressionabnormalitiesinpancreaticendocrineandacinartumorsareassociatedwithdistinctivepathologicfeaturesandclinicalbehavior.JClinOncol.Oct102006；24(29)4677-4684.22.BloomstonM，DurkinA，YangI，etal.Identificationofmolecularmarkersspecificforpancreaticneuroendocrinetumorsbygeneticprofilingofcorebiopsies.AnnSurgOncol.Apr2004；11(4)413-419.23.SaitoY，LiangG，EggerG，etal.SpecificactivationofmicroRNA-127withdownregulationoftheproto—oncogeneBCL6bychromatin-modifyingdrugsinhumancancercells.CancerCell.Jun2006；9(6)435-443.24.YektaS，ShihIh，BartelDP.MicroRNA-DirectedCleavageofH0XB8mRNA.Science.April23,20042004；304(5670):594_596.25.MizusawaN，HasegawaT，OhigashiI，etal.Differentiationphenotypesofpancreaticislet[beta]-and[alpha]-cellsarecloselyrelatedwithhomeoticgenesandagroupofdifferentiallyexpressedgenes.Gene.2004；331:53_63·26.GarceaG，NealCP，PattendenCJ，StewardWP,BerryDP.Molecularprognosticmarkersinpancreaticcancer:asystematicreview.EurJCancer.Oct2005；4(15):2213-2236.27.GhanehP，KaweshaA，EvansJD,NeoptolemosJP.Molecularprognosticmarkersinpancreaticcancer.JHepatobiliaryPancreatSurg.2002；9(1):1_1L28.HezelAF,KimmelmanAC，StangerBZ,BardeesyN，DepinhoRA.Geneticsandbiologyofpancreaticductaladenocarcinoma.GenesDev.May152006；20(10)1218-1249.權(quán)利要求一種診斷受試者是否患有胰腺癌或是否處于發(fā)展胰腺癌的風險中的方法，其包括測量來自所述受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中測試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變指示受試者患有胰腺癌或處于發(fā)展胰腺癌的風險中。2.一種在人類患者中將胰腺癌與正常胰腺組織和慢性胰腺炎中的至少一種區(qū)別開來的方法，其包括檢測來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的至少一個的至少一種miR基因產(chǎn)物在組織樣品中的表達水平；其中差異表達指示胰腺癌而不是正常的胰腺或慢性胰腺炎。3.一種確定患有胰腺癌的受試者的預后的方法，其包括測量來自所述受試者的測試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中所述miR基因產(chǎn)物與胰腺癌中的不利的預后相關(guān)；并且胰腺測試樣品中的所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平相對于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平的改變指示不利的預后。4.一種診斷人類患者中的胰腺癌的方法，其包括a)檢測來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的至少一個的一種或多種miR基因產(chǎn)物在來自患者的組織樣品中的表達水平；和b)將在步驟(a)中檢測的基因表達與包括表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的數(shù)據(jù)的一部分的數(shù)據(jù)庫進行比較；其中在步驟(a)中檢測的所述miR基因產(chǎn)物的差異表達指示胰腺癌。5.一種診斷人類患者中的胰腺癌的方法，其包括a)檢測來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的至少一個的一種或多種miR基因產(chǎn)物在胰腺組織樣品中的表達水平；和b)將檢測的表達水平與胰腺癌組織樣品中的所述一種或多種miR基因產(chǎn)物的表達水平進行比較，從而診斷患者中的胰腺癌。6.一種診斷受試者是否患有胰腺癌或是否處于發(fā)展胰腺癌的風險中的方法，其包括(1)將來自從受試者處獲得的測試樣品的RNA逆轉(zhuǎn)錄以提供一組靶寡脫氧核苷酸；(2)使所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供所述測試樣品的雜交譜；和(3)將所述測試樣品的雜交譜與由對照樣品產(chǎn)生的雜交譜進行比較，其中至少一種miRNA的信號的改變指示受試者患有胰腺癌或處于發(fā)展胰腺癌的風險中。7.—種診斷受試者是否患有在受試者中具有不利的預后的胰腺癌或是否處于發(fā)展在受試者中具有不利的預后的胰腺癌的風險中的方法，其包括(1)將來自從受試者處獲得的測試樣品的RNA逆轉(zhuǎn)錄以提供一組靶寡脫氧核苷酸；(2)使所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA-特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供所述測試樣品的雜交譜；和(3)將所述測試樣品的雜交譜與由對照樣品產(chǎn)生的雜交譜進行比較，其中信號的改變指示受試者患有具有不利的預后的胰腺癌或處于發(fā)展具有不利的預后的胰腺癌的風險中。8.一種治療患有胰腺癌的受試者中的胰腺癌的方法，在所述胰腺癌中至少一種miR基因產(chǎn)物在受試者的癌細胞中相對于對照細胞是下調(diào)的或上調(diào)的，所述方法包括(1)當所述至少一種miR基因產(chǎn)物在所述癌細胞中是下調(diào)的時，將有效量的至少一種分離的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段施用于受試者，使得受試者中的癌細胞的增殖被抑制；或(2)當所述至少一種miR基因產(chǎn)物在所述癌細胞中是上調(diào)的時，將有效量的用于抑制所述至少一種miR基因產(chǎn)物的表達的至少一種化合物施用于受試者，使得受試者中的癌細胞的增殖被抑制。9.一種治療受試者中的胰腺癌的方法，其包括a)確定相對于對照細胞，胰腺癌細胞中的至少一種miR基因產(chǎn)物的量；和b)通過以下方法改變在所述胰腺癌細胞中表達的miR基因產(chǎn)物的量(i)如果在所述癌細胞中表達的所述miR基因產(chǎn)物的量小于在對照細胞中表達的所述miR基因產(chǎn)物的量，則將有效量的至少一種分離的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段施用于受試者；或(ii)如果在所述癌細胞中表達的所述miR基因產(chǎn)物的量大于在對照細胞中表達的所述miR基因產(chǎn)物的量，則將有效量的用于抑制所述至少一種miR基因產(chǎn)物的表達的至少一種化合物施用于受試者。10.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中測試樣品中的所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平小于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。11.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中測試樣品中的所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平大于對照樣品中的相應的miR基因產(chǎn)物的水平。12.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中檢測了來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的一個或多個的一種或多種miR基因產(chǎn)物的表達水平。13.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中將所述表達水平與在表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中的一個或多個中的基因信息進行比較。14.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中所述數(shù)據(jù)庫包含來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3的所有數(shù)據(jù)。15.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中所述數(shù)據(jù)庫包含來自表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3的所有miR基因產(chǎn)物的基因表達信息。16.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物包括miR-21、miR-221、miR-222、miR_181a、miR_181b、miR_181d和miR-155及其組合。17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的方法，其中一種或多種miR基因產(chǎn)物用于區(qū)分長期存活者。18.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物包括miR-196a-2和miR-219中的一種或多種。19.根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法，其中miR-196a-2和miR-219中的至少一種的信號的改變指示受試者患有具有不利的預后的胰腺癌或處于發(fā)展具有不利的預后的胰腺癌的風險中。20.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中微陣列包含針對miR-196a-2、miR-219及其組合的至少一種miRNA-特異性探針寡核苷酸。21.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其用于區(qū)分胰腺內(nèi)分泌腫瘤與胰腺外分泌腫瘤。22.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中所述胰腺癌是胰腺腺癌。23.根據(jù)前述權(quán)利要求所述的方法，其中所述胰腺癌是導管腺癌。24.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中至少一種miRNA的所述信號相對于由對照樣品產(chǎn)生的信號是下調(diào)的。25.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中至少一種miRNA的所述信號相對于由對照樣品產(chǎn)生的信號是上調(diào)的。26.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的方法，其中所述miR基因產(chǎn)物包括與所述miR基因產(chǎn)物互補的反義寡核苷酸。27.一種用于治療胰腺癌的藥物組合物，其包含至少一種分離的miR基因產(chǎn)物或其分離的變體或生物學活性片段以及藥學上可接受的載體。28.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的藥物組合物，其中所述至少一種分離的miR基因產(chǎn)物對應于相對于對照細胞是下調(diào)的miR基因產(chǎn)物。29.一種用于治療胰腺癌的藥物組合物，其包含至少一種miR表達抑制劑化合物和藥學上可接受的載體。30.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項所述的藥物組合物，其中所述至少一種miR表達抑制劑化合物對相對于對照細胞在胰腺癌細胞中是上調(diào)的miR基因產(chǎn)物是特異性的。31.一種鑒定抗胰腺癌劑的方法，其包括將試劑提供給細胞和測量與胰腺癌細胞中改變的表達水平相關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對于對照細胞，所述細胞中的所述miR基因產(chǎn)物的水平的改變指示所述試劑為抗胰腺癌劑。32.miRNA的全局表達模式的生物標記物，其用于區(qū)分胰腺的導管腺癌與正常胰腺和慢性胰腺炎中的一種或多種，如表la、表lb、表lc、表2a、表2b、表2c和表3中所示的。全文摘要本文提供了用于診斷、預后和治療胰腺癌的方法和組合物，以及鑒定抗胰腺癌劑的方法。文檔編號C12P19/34GK101827941SQ200880022612公開日2010年9月8日申請日期2008年4月29日優(yōu)先權(quán)日2007年4月30日發(fā)明者C·M·克羅斯申請人:俄亥俄州立大學研究基金會