專利名稱：：Eg8798和eg9703多核苷酸和其用途的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及用于鑒定祖先植物和培育的植物中相應(yīng)于商業(yè)相關(guān)性狀例如產(chǎn)量的多核苷酸和多肽序列的分子和進(jìn)化技術(shù)、鑒定的多核苷酸和多肽序列以及使用經(jīng)鑒定的多核苷酸和多肽序列的方法。
背景技術(shù)：
：人類已繁育植物和動(dòng)物數(shù)千年，選擇某些具有商業(yè)價(jià)值和/或美學(xué)意義的性狀。培育的植物在這樣的性狀如產(chǎn)量、短日長(zhǎng)開花、蛋白質(zhì)和/或油的含量、收割的容易性、味道、抗病性和抗旱性上與它們的野生型祖先或家族成員不同.馴化的動(dòng)物在這樣的性狀如脂肪和/或蛋白質(zhì)的含量、奶產(chǎn)量、順從性、生殖力和成熟時(shí)間上與它們的野生型祖先或家族成員不同.目前，潛在于上述差異之下的大部分基因是未知的，盡管重要，同樣未知的是已在這些基因中發(fā)生從而提供這些能力的特定改變.理解培育的植物和動(dòng)物與它們的祖先或家族成員之間的這些差異的基礎(chǔ)將為保持和強(qiáng)化這些性狀提供有用的信息。在農(nóng)作物植物的情況下，控制想要的性狀的特定基因的鑒定使得能夠以之前不可能的方式直接和快速地進(jìn)行改善.培育的物種中已進(jìn)化出提供與同源祖先基因相比獨(dú)特的、增強(qiáng)的或改變的功能的基因的鑒定可用于開發(fā)調(diào)節(jié)這些功能的試劑.已進(jìn)化的潛在的培育的物種基因和特定核苷酸的變化以及由這些進(jìn)化的基因編碼的蛋白質(zhì)的物理和生物化學(xué)的改變的進(jìn)一步鑒定可提供關(guān)于想要的性狀的背后機(jī)制的有價(jià)值的信息.該有價(jià)值的信息可用于DNA標(biāo)記輔助育種或DNA標(biāo)記輔助選擇.可選擇地，該信息可用于開發(fā)進(jìn)一步增強(qiáng)靶蛋白質(zhì)的功能的試刑.可選擇地，負(fù)責(zé)基因的進(jìn)一步基因工程改造可改變或增強(qiáng)想要的性狀.此外，可發(fā)現(xiàn)已鑒定的基因在控制其他培育的植物的目標(biāo)性狀中發(fā)揮作用。人，通過(guò)人工選擇，已對(duì)農(nóng)作物植物提供了強(qiáng)選擇壓。該壓力反化意:的變化上，已發(fā)現(xiàn)每物種只有少^例如io-i;^控制培育的農(nóng)作物植物的商業(yè)目標(biāo)性狀。這些少數(shù)基因一直以來(lái)非常難以通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的植物分子生物學(xué)方法來(lái)進(jìn)行鑒定。用于鑒定由于培育而發(fā)生改變的基因的方法描述于上面所列相關(guān)專利和申請(qǐng)中.用于DNA標(biāo)記輔助育種(MAB)和DNA標(biāo)記輔助選樹MAS)的方法對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟知并且已在許多出版物(參見例如Peleman和vanderVoort，BreedingbyDesign,TRENDSinPlantScience8(7):330-334)中進(jìn)行了描述.此類方法可通過(guò)在新的植物變種的發(fā)展過(guò)程中增加選擇和整合與想要的表型相關(guān)的特定等位基因的能力來(lái)更有效地進(jìn)行植物育種.關(guān)于目前普遍使用的標(biāo)記的一個(gè)問題是它們可通過(guò)重組與靶基因或性狀產(chǎn)生分離(參見HollandinProceedingsofthe4thInternationalCropScienceCongress26Sep-lOct2004，Brisbane,Australia),事實(shí)上，Holland引述了其中標(biāo)記的使用好于常規(guī)育種的實(shí)例和其中常規(guī)育種產(chǎn)生比標(biāo)記輔助育種更好的結(jié)果的其他實(shí)例.Holland提出"標(biāo)記將不可能在很短的時(shí)間內(nèi)在操縱復(fù)雜性狀如產(chǎn)量上得到廣泛使用".用于控制復(fù)雜性狀如產(chǎn)量所需要的標(biāo)記是這些復(fù)雜性狀背后的特定基因而不是只在一些時(shí)候與這些復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)的標(biāo)記，發(fā)明概述在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于鑒定與植物的產(chǎn)量相關(guān)的多核苷酸序列方法，其包括步稞將植物多核苷酸序列的至少部分與至少一個(gè)多核苷酸(所述多核苷酸包含選自EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列的多核苷酸的至少部分)比較；和鑒定植物中的至少一個(gè)多核苷酸序列，所述多核普酸序列與包含選自包含EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列的多核苷酸序列的至少部分的多核苷酸序列相比，包含至少一個(gè)多核苷酸的改變，其中所述鑒定的12多核苷酸與植物的產(chǎn)量相關(guān).在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明還提供了來(lái)自普通野生稻(漢/7//7/o《o")、水稻("、普通小麥(r.aes"VwJ7)、大麥(AFfz/gsre)、玉蜀黍(么咖/s鵬j^)、珍珠粟(戶，OvAo/^)兩色蜀黍(&Wco/or)和甘蔗(&oZ77"'/7i"咖)的EG8798和EG9703的多核苷酸和多肽序列，和包括轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞、轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞和包含這些序列的轉(zhuǎn)基因植物.在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括確定植物是否具有任意地使得能夠預(yù)測(cè)植物的產(chǎn)量的特定的EG8798或EG9703多核苷酸或多肽的方法，和使用本發(fā)明的EG8798或EG9703多核苷酸或多肽進(jìn)行標(biāo)記輔助育種的方法.附圖概述圖1顯示就線路效應(yīng)(lineeffect)修正的顯示EG9703或EG8798的等位基因?qū)Ρ硇托誀畹挠绊懙膯我蛩靥砑幽Ｐ?singlefactoradditivemodel)(R2>.20表示主要的基因效應(yīng))。圖2顯示4個(gè)正向選擇的基因(包括EG9703和EG8798)的表達(dá)特征.發(fā)明詳述根據(jù)本發(fā)明，本發(fā)明者已鑒定了相應(yīng)于EG9703(對(duì)于水稻(培育的稻谷)和普通野生稻(祖先稻谷(ancestralrice))的基因、多核苷酸和多肽，和相應(yīng)于EG8798(對(duì)于水稻(培育的稻谷)和普通野生稻(祖先稻谷)、小麥、大麥、髙粱、玉米、珍珠粟和甘蔗)的多核苷酸，本發(fā)明的多核苷酸和多肽用于各種方法例如鑒定與植物的產(chǎn)量相關(guān)的多核苷酸序列的方法；確定植物是否具有一個(gè)或更多個(gè)包含EG8798或EG9703序列的多核苷酸序列的方法；和用于就特定的EG8798或EG9703序列進(jìn)行的植物的標(biāo)記輔助育種的方法。本發(fā)明的多核苷酸和多肽也用于產(chǎn)生植物細(xì)胞、繁殖材料、轉(zhuǎn)基因植物和轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞.13此外，本發(fā)明的多核苷酸和多肽可用作用于改進(jìn)的標(biāo)記輔助選擇或標(biāo)記輔助育種的標(biāo)記.此外，這些多核苷酸和多肽可用于在共有共同祖先或家族成員的其他物種中鑒定同源基因，以在所述其他物種中用作標(biāo)記。例如，玉米、稻谷、小麥、粟、高粱和其他谷類植物共有共同的祖先或家族成員，稻谷中鑒定的基因可直接導(dǎo)致這些其他的草類中的同源基因。同樣，番茄和馬鈴薯共有共同的祖先或家族成員，通過(guò)本方法在番茄中鑒定的基因預(yù)期在馬鈴募中具有同源物，反之亦然。除非另外指出，本發(fā)明的實(shí)踐使用分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和分子進(jìn)化的常規(guī)技術(shù)，所述技術(shù)在本領(lǐng)域技術(shù)人員的能力范圍之內(nèi).在丈獻(xiàn)例如"MolecularCloning:ALaboratoryManual",第2版(Sambrook等人，1989);"OligonucleotideSynthesis"(M.J.Gait,ed.,1984);"CurrentProtocolsinMolecularBiology"(F.M.A訓(xùn)bel等人，eds.，1987);"PCR:ThePolymeraseChainReaction",(Mullis等人，eds.，1994);"MolecularEvolution",(Li,1997)中詳盡地解釋了這些技術(shù)。定義要指出的是，"a"或"an"實(shí)體是指一個(gè)或更多個(gè)該實(shí)體；例如，a基因是指一個(gè)或更多個(gè)基因或至少一個(gè)基因。這樣，術(shù)語(yǔ)"a"(或"an")、"一個(gè)或更多個(gè)"和"至少一個(gè)"此處可互換使用.還要指出術(shù)語(yǔ)"包含"、"包括"和"具有"可互換使用.如此上所用的，"多核普酸"是指任何長(zhǎng)度的核苷酸(核糖核苷酸或脫氣核糖核苷酸)或其類似的聚合物形式.該術(shù)語(yǔ)是指分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)，從而包括雙鏈和單鏈DNA以及雙鏈和單鏈RNA.其還包括經(jīng)修飾的多核苷酸例如甲基化和/或加帽的多核苷酸、包含修飾堿基、主鏈修飾的多核苷酸等.術(shù)語(yǔ)"多核苷酸"和"核苷酸序列"可互換使用，如此處所用的，"基因"涉及包含編碼蛋白質(zhì)的序列的多核普酸或多核苷酸的部分.在本領(lǐng)域內(nèi)，基因也理解為包含非編碼序列，例如5'和3'側(cè)翼序列(例如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、抑制劑和其他調(diào)控序列)和內(nèi)含子。術(shù)語(yǔ)"多肽"、"肽"和"蛋白質(zhì)"此處可互換使用，表示任何長(zhǎng)度的氨基酸聚合物.這些術(shù)語(yǔ)還包括作為通過(guò)包括糖基化、乙?；土姿峄姆磻?yīng)接受翻譯后修飾的蛋白質(zhì).術(shù)語(yǔ)"培育的生物"是指已經(jīng)歷人工選擇壓并且發(fā)展出商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀的個(gè)體活生物或所述個(gè)體的群體、種類、亞種、變種、栽培種或品系.在一些優(yōu)選實(shí)施方案中，培育的生物是選自具有商業(yè)意義的玉米、小麥、稻谷、高粱、番茄或馬鈴薯的植物或任何其他培育的植物，其祖先或家族成員是已知的."植物"是處于任何發(fā)育階段的任何植物特別是種子植物.術(shù)語(yǔ)"野生型祖先或家族成員"或"祖先或家族成員"是指培育的生物、物種、亞種、變種、栽培種或品系從其進(jìn)化而來(lái)的祖先或前輩生物、物種、亞種、變種、栽培種或品系.培育的生物可具有一個(gè)或多個(gè)祖先或家族成員.通常，培育的植物可具有一個(gè)或許多個(gè)祖先或家族成員，然而馴化的動(dòng)物通常只具有單個(gè)祖先或家族成員。術(shù)語(yǔ)"商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀"此處用于指培育的生物例如植物或動(dòng)物中展示的性狀，所述性狀的分析可提供關(guān)于改良的生物或試劑(所述試劑可調(diào)節(jié)負(fù)責(zé)該性狀的多肽或各自的多核苷酸)的開發(fā)的信息(例如物理或生物化學(xué)數(shù)據(jù)).商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀相對(duì)于祖先或家族成員可以是獨(dú)特的、增強(qiáng)的或改變的."改變的"，是指在質(zhì)量或數(shù)量上與在祖先或家族成員中觀察到的性狀不同的相關(guān)性狀.優(yōu)選的商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀是產(chǎn)量.術(shù)語(yǔ)"L/Ks型方法"是指評(píng)估同源基因中非同義置換和同義置換的數(shù)目之間的差異(通過(guò)(但不總是)表示為比率)的方法(包括確定非同義和同義位點(diǎn)(synonymoussite)的更嚴(yán)格的方法).使用幾個(gè)術(shù)語(yǔ)命名系統(tǒng)包括但不限于L/Ks、dN/ds、Dk/Ds命名逸些方法。術(shù)語(yǔ)"進(jìn)化意義的變化(evolutionarilysignificantchange)"和"適應(yīng)進(jìn)化的變化"是指可歸因于選擇壓或正向選擇壓的緩解的兩種生物、物種、亞種、變種、栽培種和/或品系之間的一個(gè)或更多個(gè)核苷酸或肽序列的變化.用于確定進(jìn)化意義的變化存在的一個(gè)方法是使用Ka/Ks型分析法例如測(cè)量Ka/Ks比率。通常，L/Ks比率為1.0或更大被認(rèn)為是進(jìn)化意義的變化。嚴(yán)格地講，正好為1.0的KA/Ks比率表示選擇壓的緩解(中性進(jìn)化(neutralevolution)))，大于1.0的KA/KS比率表示正向選擇,然而，通常接受GenBank和其他公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST通常遭到一定程度的測(cè)序錯(cuò)誤，甚至少數(shù)不正確的核苷酸可以影響Ka/Ks比率.因此，可對(duì)具有低至0.75的KA/Ks比率的多核苷酸仔細(xì)地進(jìn)行再測(cè)序，然后重新評(píng)價(jià)選擇壓的緩解(中性進(jìn)化意義的變化)、正選擇壓(正進(jìn)化意義的變化)或負(fù)選擇壓(進(jìn)化上保守的改變)。術(shù)語(yǔ)"正進(jìn)化意義的變化"是指特定生物、物種、亞種、變種、栽培種或品系中導(dǎo)致與其他相關(guān)生物相比為正的適應(yīng)性改變的進(jìn)化意義的變化。正進(jìn)化意義的變化的實(shí)例是已導(dǎo)致農(nóng)作物植物的增加的產(chǎn)量的改變.如上所述，正選擇用大于l.0的Ka/Ks比率表示。隨著偏向增加，L/Ks值大于1.25、1.5和2.0,術(shù)語(yǔ)"中性進(jìn)化意義的變化"是指相對(duì)于其祖先生物出現(xiàn)在培育的生物中的和在中性條件下發(fā)生的多核苷酸或多肽的改變.中性進(jìn)化變化由大約0.75至1.25，優(yōu)選大約0.9至1.1和最優(yōu)選等于大約1.0的L"s證明.同樣，在中性進(jìn)化的情況下，不能推斷出"方向性"?；蚩梢圆皇芟拗频胤e累改變，因此祖先形式和培育形式相對(duì)彼此都在發(fā)生改變.術(shù)語(yǔ)"同源性"或"同源物"或"直系同源"在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的和被充分理解的，其是指共有共同祖先或家族成員的相關(guān)基因，并且基于序列同一性的程度來(lái)進(jìn)行確定，這些術(shù)語(yǔ)描述了在一個(gè)物種、亞種、變種、栽培種或品系中發(fā)現(xiàn)的基因與另一個(gè)物種、亞種、變種、栽培種或品系中發(fā)現(xiàn)的相應(yīng)的或等同的基因之間的關(guān)系.為了本發(fā)明的目的，比較同源序列.據(jù)認(rèn)為，據(jù)信或已知"同源序列"或"同源物"或"直系同源物"為功能上相關(guān)的.可以以許多方式中的任一種表現(xiàn)功能關(guān)系，所述方式包括但不限(a)序列同一性的程度；(b)相同的或相似的生物學(xué)功能.優(yōu)選(a)和(b)都要表明.序列同一性的程度可以是變化的，但優(yōu)選為至少50%(當(dāng)使用本領(lǐng)域內(nèi)已知的標(biāo)準(zhǔn)序列比對(duì)程序時(shí))，更優(yōu)選至少60%，更優(yōu)選至少大約75%，更優(yōu)選至少大約85%.可使用本領(lǐng)域內(nèi)容易獲得的軟件程序例如Ci/rr加f戶rofoco/s#o/ecw/srA/o/o^7(F.M.Ausubel等人，eds.，1987)增補(bǔ)本30,7.718節(jié)，表7.71中描述的程序來(lái)確定同源性.優(yōu)選比對(duì)程序是MacVector(OxfordMolecularLtd,Oxford,U丄)和ALIGNPlus(ScientificandEducationalSoftware,Pennsylvania),另一個(gè)優(yōu)選比對(duì)程序是Sequencher(GeneCodes,AnnArbor,Michigan),使用缺省參數(shù).術(shù)語(yǔ)"核苷酸變化"是指核苷酸的置換、缺失和/或插入，這在本領(lǐng)域內(nèi)是廣為理解的."管家基因"在本領(lǐng)域內(nèi)被廣為理解，是指與普遍的細(xì)胞功能包括但不限于生長(zhǎng)、分裂、停滯、代謝和/或死亡相關(guān)的基因."管家"基因通常進(jìn)行在多種細(xì)胞類型中發(fā)現(xiàn)的功能.相反地，細(xì)胞特異性基因通常執(zhí)行特定細(xì)胞類型和/或種類中的功能.術(shù)語(yǔ)"試劑"，如此處所用的，是指調(diào)節(jié)多核苷酸或多肽的功能的生物學(xué)或化學(xué)化合物例如簡(jiǎn)單的或復(fù)雜的有機(jī)或無(wú)機(jī)分子、肽、蛋白質(zhì)或寡核苷酸.可分析許多種化合物，例如寡聚物，例如寡肽和寡核苷酸，和基于不同核心結(jié)構(gòu)的合成的有機(jī)或無(wú)機(jī)化合物，這些化合物也包含在術(shù)語(yǔ)"試刑"中.此外，各種天然來(lái)源可提供用于篩選的化合物例如植物或動(dòng)物提取物等.可單一地檢測(cè)化合物或?qū)⑵渑c另一種化合物一起進(jìn)行檢測(cè).術(shù)語(yǔ)"調(diào)節(jié)多核苷酸或多肽的功能"是指當(dāng)與不加入試刑相比時(shí)，多核苷酸或多肽的功能被改變.調(diào)節(jié)可在影響功能的任何水平上發(fā)生.多核苷酸或多肽的功能可以是直接的或是間接的，并且可直接或間接測(cè)量。"多核苷酸的功能"包括但不限于復(fù)制、翻譯、表達(dá)模式.多核苷酸功能不包括與多核苷酸內(nèi)編碼的多肽相關(guān)的功能.例如，作用于多核苷酸和影響蛋白質(zhì)的表達(dá)、構(gòu)象、折疊(或其他物理特性)、對(duì)其他部分(例如配體)的結(jié)合、活性(或其他功能特征)、蛋白質(zhì)結(jié)能。、'''''''"多肽的功能"包括但不限于構(gòu)象、折疊(或其他物理特征)、對(duì)其他部分(例如配體)的結(jié)合、活性(或其他功能特征)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其他方面.例如，作用于多肽并且影響其構(gòu)象、折疊(或其他物理特性)、對(duì)其他部分(例如配體)的結(jié)合、活性(或其了多肽的功能，有效試劑可進(jìn)行調(diào)節(jié)多肽的功能的方式包括但不限于1)改變構(gòu)象、折疊或其他物理特征；2)改變對(duì)其天然配體的結(jié)合強(qiáng)度或改變對(duì)配體的結(jié)合的特異性；和3)改變多肽的活性。術(shù)語(yǔ)"靶位點(diǎn)"是指多肽中可以是單個(gè)氨基酸和/或結(jié)構(gòu)的部分和/或功能性基元的位置，例如，結(jié)合位點(diǎn)、二聚體化結(jié)構(gòu)域或催化活性位點(diǎn)。靶位點(diǎn)可用于與試劑例如治療劑直接或間接相互作用。術(shù)語(yǔ)"分子差異"包括任何結(jié)構(gòu)和/或功能差異.在下面描述檢測(cè)此類差異的方法以及這些差異的實(shí)例，"功能效應(yīng)"是本領(lǐng)域內(nèi)熟知的術(shù)語(yǔ)，其表示在任何活性水平上展示的任何效應(yīng)(無(wú)論是直接還是間接的)。術(shù)語(yǔ)"收割的容易性"是指有利于用于消費(fèi)或其他商業(yè)加工的結(jié)構(gòu)或部分(例如，果實(shí)、葉子、根)的人工或自動(dòng)化采集的植物特征或性質(zhì).術(shù)語(yǔ)"產(chǎn)量"是指可獲得的供人用于食物、醫(yī)療、善醫(yī)或其他市場(chǎng)的植物或動(dòng)物組織或材料的量.術(shù)語(yǔ)"提高的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力"是指調(diào)節(jié)商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀以改善想要的特征的能力.增加的產(chǎn)量和提髙的抗壓性是提高的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力的兩個(gè)實(shí)例，18本領(lǐng)域內(nèi)已知的一般方法為了本發(fā)明的目的，來(lái)自培育的植物或其祖先或家族成員的多核苷酸的來(lái)源可以是任何合適的來(lái)源，例如，基因組序列或cDNA序列。優(yōu)選，比較cDNA序列?？蓮目色@得的私人的、公共的和/或商業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)例如此處描述的數(shù)據(jù)庫(kù)獲得編碼蛋白質(zhì)的序列，這些數(shù)據(jù)庫(kù)用作通過(guò)正在進(jìn)行的研究努力產(chǎn)生的分子序列數(shù)據(jù)的庫(kù).可選擇地，可按照本領(lǐng)域熟知的方法，從例如cDNA(所述cDNA是從細(xì)胞中表達(dá)的mRNA逆轉(zhuǎn)錄的或PCR擴(kuò)增后獲得的)的測(cè)序獲得蛋白質(zhì)編碼序列.可選擇地，基因組序列可用于序列比較?？蓮目色@得的公共、私人和/或商業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)或根據(jù)基因組DNA文庫(kù)的測(cè)序或在PCR后從基因組DNA獲得基因組序列.在一些實(shí)施方案中，從獲自處于確定的發(fā)育階段的組織或在生物已經(jīng)歷某些環(huán)境條件后獲得的組織的mRNA制備cDNA.可使用在本領(lǐng)域的文獻(xiàn)中詳盡解釋的常規(guī)cDNA文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)構(gòu)建用于本發(fā)明的序列比較的cDNA文庫(kù).將總mRNA用作反轉(zhuǎn)錄cDNA的模板，將轉(zhuǎn)錄的cDNA亞克隆入合適的栽體以建立cDNA文庫(kù).可就全長(zhǎng)cDNA的含量最大化已建立的cDNA文庫(kù)，盡管可使用小于全長(zhǎng)的cDNA。此外，可按照例如Bonaldo等人(1996)(7郎o邊e6:791-806標(biāo)準(zhǔn)化序列頻率?？墒褂脴?biāo)準(zhǔn)的自動(dòng)化測(cè)序技術(shù)測(cè)定隨機(jī)選自構(gòu)建的cDNA文庫(kù)的cDNA克隆.優(yōu)選將全長(zhǎng)cDNA克隆用于測(cè)序.可對(duì)全部或大部分來(lái)自cDM文庫(kù)的cDNA克隆測(cè)序，盡管也可能通過(guò)對(duì)少至1個(gè)cDNA克隆或幾個(gè)cDNA克隆進(jìn)行測(cè)序來(lái)實(shí)施本發(fā)明的一些實(shí)施方案.在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，可根據(jù)其表達(dá)的特異性預(yù)先選擇待測(cè)序的cDNA克隆.為了選擇相應(yīng)于特異性表達(dá)的活性基因的cDNA，可使用獲自相同生物的其他器官、組織或細(xì)胞的mRNA對(duì)cDNA進(jìn)行差減雜交(subtractionhybridization)在某些具有合適的嚴(yán)緊度和濃度的雜交條件下，與非組織特異性mRNA雜交，從而可能代表"管家"基因的cDNA將從cDNA文庫(kù)中排除掉.因此，剩余的待測(cè)序的cDNA更可能與組織特異性功能相關(guān).為了進(jìn)行差減雜交，可從一個(gè)19組織或優(yōu)選從不同組織和細(xì)胞的組合獲得非組織特異性mRM。使非組織特性mRNA的量最大化以飽和組織特異性cDNA。可選擇地，可使用在線數(shù)據(jù)庫(kù)的信息來(lái)選擇或給予更可能與特定功能相關(guān)的cDNA優(yōu)先權(quán)。例如，可使用根據(jù)候選培育的生物的cDNA序列設(shè)計(jì)的引物通過(guò)PCR選擇用于測(cè)序的祖先cDNA候選物.候選培育的生物cDNA序列是例如只在植物特定部分發(fā)現(xiàn)的或相應(yīng)于可能在特定功能中是非常重要的基因的cDNA序列?？赏ㄟ^(guò)搜索在線序列數(shù)據(jù)庫(kù)獲得這樣的cDM序列，在所述數(shù)據(jù)庫(kù)中可能詳細(xì)說(shuō)明關(guān)于cDNA序列的表達(dá)特征和/或生物學(xué)活性的信息。可使用本領(lǐng)域內(nèi)的標(biāo)準(zhǔn)方法例如PCR方法(使用例如，GeneAmpPCRSystem9700熱循環(huán)儀(AppliedBiosystems，Inc.))獲得已知的培育的生物的基因的祖先同源物的序列.例如，可使用根據(jù)候選培育的生物的cDNA序列設(shè)計(jì)的引物通過(guò)PCR選擇用以測(cè)序的祖先cDNA候選序列.對(duì)于PCR，可使用本領(lǐng)域內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)的方法(包括公開可獲得的引物設(shè)計(jì)程序例如PRIMER(WhiteheadInstitute))從培育的生物的序列產(chǎn)生引物。然后可使用本領(lǐng)域內(nèi)的標(biāo)準(zhǔn)方法和設(shè)備例如自動(dòng)測(cè)序儀(AppliedBiosystems,Inc.)對(duì)擴(kuò)增的祖先序列進(jìn)行測(cè)序。同樣，可使用祖先或家族成員基因模擬物獲得培育的生物中的相應(yīng)基因.培育的生物中的正選擇的多核苷酸的鑒定在優(yōu)選實(shí)施方案中，可將此處描述的方法用于鑒定在農(nóng)業(yè)上重要的培育的植物中控制目標(biāo)性狀的基因。人類已繁殖培育的植物數(shù)千年而無(wú)控制這些性狀的基因的知識(shí).涉及的特定遺傳機(jī)制的知識(shí)將使得能夠在分子水平上進(jìn)行更快速和直接的干預(yù)，從而產(chǎn)生具有想要的或增強(qiáng)的性狀的植物.人類，通過(guò)人工選擇，已對(duì)農(nóng)作物植物提供了強(qiáng)選擇壓.該壓力反應(yīng)在培育的生物與其野生型祖先或家族成員的基因之前的進(jìn)化意義的變化.已發(fā)現(xiàn)只有少數(shù)基罔例如每物種10至15個(gè)基因控制培育的農(nóng)作物植物中的商業(yè)目標(biāo)性狀.這些少數(shù)基因極其難以通過(guò)植物分子生物學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)方法來(lái)筌定.此處描述的KA/Ks和相關(guān)分析可鑒定控制目20標(biāo)性狀的基因。對(duì)于任何目標(biāo)農(nóng)作物植物，可從培育的物種或亞種和其野生型祖先或家族成員構(gòu)建cDNA文庫(kù).如1999年1月29日提交的USSN09/240,915中所描述的，各自的cDNA文庫(kù)是針對(duì)彼此以鑒定同源多核苷酸的"BLASTed"?？蛇x擇地，本領(lǐng)域技術(shù)人員可進(jìn)入商業(yè)和/或公共可獲得的基因組或cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)而不是構(gòu)建cDNA文庫(kù).然后，可進(jìn)行KA/Ks或相關(guān)分析以鑒定選擇的在選擇壓下已快速進(jìn)化的基因.然后使用標(biāo)準(zhǔn)的分子和轉(zhuǎn)基因植物的方法評(píng)估這些基因以鑒定它們是否在商業(yè)或美學(xué)目的的性狀中起作用.通過(guò)使用本發(fā)明的方法，本發(fā)明者已鑒定了相應(yīng)于基因EG8798或EG9703(其為產(chǎn)量相關(guān)基因)的多核苷酸和多肽.可通過(guò)隨機(jī)或定向誘變操作目標(biāo)基因，從而發(fā)展新的、改良的變種、亞種、品系或栽培種.通常，在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，從培育的生物和野生型祖先或家族成員獲得核苷酸序列。將培育的生物的和祖先或家族成員的核苷酸序列相互之間進(jìn)行比較以鑒定為同源的序列.分析同源序列以鑒定在培育的生物和祖先或家族成員之間具有核酸序列差異的序列，然后進(jìn)行分子進(jìn)化分析以在質(zhì)量和數(shù)量上評(píng)估差異進(jìn)化的意義。對(duì)于正選擇的基因，可進(jìn)行外類群分析(outgroupanalysis)來(lái)鑒定在培育的生物中(或在野生或家族成員中)正選擇的基因.然后，就分子/基因本體和生物學(xué)功能表征序列.最后，可使用該信息鑒定可調(diào)節(jié)由基因編碼的多肽的生物學(xué)功能的試劑.本發(fā)明的一般方法使得比較祖先和培育的生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列成為必需.生物信息學(xué)用于比較，選擇包含為進(jìn)化意義的變化的核苷酸變化的序列.本發(fā)明使得能夠鑒定已進(jìn)化至賦予一些進(jìn)化有利方面的基因和筌定特定的進(jìn)化變化.例如，培育的生物可以是水稻(Oj7W^f/ra)，而野生型祖先或家族成員為普通野生稻(&丁幼ri//7po#o/2).在本發(fā)明的情況下，通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的測(cè)序技術(shù)從植物克隆獲得編碼蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列.將培育的生物和其祖先或家族成員的蛋白質(zhì)編碼序列進(jìn)行比較以鑒定同源序列.本發(fā)明涉及完成該比較的任何合適的機(jī)制.可人工或通過(guò)軟件(合適的比對(duì)軟件的實(shí)例在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的)進(jìn)行比對(duì)。優(yōu)選，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索如BLAST搜索將來(lái)自祖先或家族成員的蛋白質(zhì)編碼序列與培育的物種的序列比較。重新獲得(retrieved)和分析高評(píng)分"擊中(hit)",即，在BLAST分析后顯示顯著相似性的序列.顯示顯著相似性的序列可以是具有至少大約60%、至少大約75%、至少大約80°/。、至少大約85%或至少大約90%的序列同一性的序列.休選，進(jìn)一步分析顯示大于大約80%的同一性的序列.可使用已知的和本領(lǐng)域內(nèi)可獲得的序列比對(duì)方法和程序例如由Higgins等人(1992)"AT^y8:189-191提供的通用的簡(jiǎn)單比對(duì)程序CLUSTALV在整體上比對(duì)通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索鑒定的同源序列.例如，可將從普通野生稻獲得的核苷酸序列在GenBank中進(jìn)行的水稻EST的搜索中用作查尋序列(querysequence)來(lái)鑒定同源序列。應(yīng)當(dāng)指出不需要完全蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列.事實(shí)上，可比較部分cDNA序列.在通過(guò)下面描述的方法鑒定目標(biāo)序列后，可使用進(jìn)一步的克隆和/或生物信息學(xué)方法獲得目標(biāo)基因或蛋白質(zhì)的整個(gè)編碼序列?？蛇x擇地，可通過(guò)使用序列測(cè)定芯片技術(shù)進(jìn)行培育的生物和其祖比較.參見，例如，Rava等人美國(guó)專利5,545,531,分析培育的生物和祖先或家族成員的比對(duì)的蛋白質(zhì)編碼序列以鑒定特定位點(diǎn)上的核苷酸序列的差異.此外，本發(fā)明涉及用于獲得該分析的任何合適的方法.如果不存在核苷酸序列差異，通常不進(jìn)一步分析祖先或家族成員或家族成員蛋白質(zhì)編碼序列.檢測(cè)到的序列變化通常且優(yōu)選地就準(zhǔn)確度進(jìn)行初始檢查.優(yōu)選，初始檢查包括進(jìn)行一個(gè)或更多個(gè)下列步猓(其任何一個(gè)或所有步稞在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的)(a)發(fā)現(xiàn)在祖先和培育的生物序列之間存在變化的位點(diǎn)；(b)檢查序列熒光顯影困(sequencefluorogram)(色謙圖)以確定對(duì)祖先或家族成員或培育的生物表現(xiàn)獨(dú)特的堿基是否相應(yīng)于對(duì)于所述堿基來(lái)說(shuō)是強(qiáng)的、清晰的信號(hào)特異性；(c)檢查培育的生物擊中以判斷是否存在多個(gè)相應(yīng)于22序列變化的培育的生物序列。針對(duì)相同基因的多個(gè)培育的生物的序列的輸入，所述相同基因在一個(gè)位點(diǎn)上具有相同的核苷酸而在祖先或家族成員序列中是不同核苷酸，提供了培育的序列是準(zhǔn)確的獨(dú)立的支持且該變化是很顯著的.使用數(shù)據(jù)庫(kù)信息和遺傳密碼檢查這些變化以確定這些核苷酸序列變化是否導(dǎo)致編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列的變化。正如"核苷酸變化"的定義明確表示的，本發(fā)明包括培育的生物的蛋白質(zhì)編碼多核苷酸序列中的至少一個(gè)核苷酸變化(與來(lái)自祖先或家族成員的相應(yīng)序列相比)，置換、缺失或插入。優(yōu)選，變化是核苷酸置換.更優(yōu)選，多個(gè)置換存在于已鑒定的序列中并接受分子進(jìn)化分析.在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于鑒定與植物的產(chǎn)量相關(guān)的多核苷酸序列。該方法包括將植物的多核苷酸序列的至少部分與至少一個(gè)EG8798多核苷酸序列和/或EG9703多核苷酸序列比較的步驟.該方法還包括在植物中鑒定至少一個(gè)多核苷酸序列，所述多核普酸序列與選自EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列的多核苷酸相比，包含至少一個(gè)核苷酸變化，其中所述鑒定的多核苷酸序列與植物的產(chǎn)量相關(guān).優(yōu)選EG9703和EG8798多核苷酸序列包括包含下列序列的至少部分的多核苷酸序列，所述下列序列是SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDN0:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SBQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有與上迷SEQIDNos中的任一序列至少70%的序列同一性的多核苷酸.優(yōu)選植物多核苷酸序列包括來(lái)源于基因組DNA或來(lái)源于植物的表.達(dá)基因即為cDNA的植物序列.進(jìn)行該鑒定的方法在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的并且在本說(shuō)明書的其他部分進(jìn)行了描述.優(yōu)選，EG9703或EG8798多核苷酸序列與植物中增加的產(chǎn)量相關(guān)。確定和定量產(chǎn)量的方法在本領(lǐng)域是已知的，并且在本說(shuō)明書的其他地方進(jìn)行了描述.最優(yōu)選，可通過(guò)確定相對(duì)于第二植物產(chǎn)量是否增加來(lái)定量產(chǎn)量，所述第二植物來(lái)自共同祖先、屬或家族成員植物，更優(yōu)選相同物種，更優(yōu)選相同栽培種，其具有相對(duì)于來(lái)自植物的EG9703或EG8798多核苷酸序列具有至少一個(gè)核苷酸變化的第二EG9703或EG8798多核苷酸序列.在本發(fā)明的所有實(shí)施方案中，優(yōu)選多核苷酸序列包括對(duì)具有本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸至少大約60%的序列同一性的多核苷酸并且具有基本上與此處命名的SEQIDNO相同的對(duì)產(chǎn)量的效應(yīng).優(yōu)選，本發(fā)明的多核苷酸將具有對(duì)包含SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SBQIDNO:40和SEQIDNO:41的至少部分的多核苷酸序列中的任一序列至少大約65%的同一性、至少大約66%的同一性、至少大約67%的同一性、至少大約68%的同一性、至少大約69%的同一性、至少大約70%的同一性、至少大約71%的同一性、至少大約72%的同一性、至少大約73%的同一性、至少大約74%的同一性、至少大約75%的同一性、至少大約76%的同一性、至少大約77%的同一性、至少大約78%的同一性、至少大約79%的同一性、至少大約80%的同一性、至少大約81%的同一性、至少大約82%的同一性、至少大約83%的同一性、至少大約84%的同一性、至少大約85%的同一性、至少大約86%的同一性、至少大約87%的同一性、至少大約88%的同一性、至少大約89%的同一性、至少大約90%的同一24性、至少大約91%的同一性，更優(yōu)選至少大約92%的同一性、至少大約93%的同一性、至少大約94%的同一性、至少大約95°/。的同一性和更優(yōu)選至少大約95.5%的同一性、至少大約96%的同一性、至少大約96.5%的同一性、至少大約97%的同一性、至少大約97.5%的同一性、至少大約98%的同一性、至少大約98.5%的同一性、至少大約99%的同一性、至少大約99.5%的同一性，或與所述多核苷酸相同。在本發(fā)明的所有實(shí)施方案中，優(yōu)選多肽序列包括具有對(duì)本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽至少大約60%的序列同一性的多肽并且具有基本上與此處命名的SEQIDNO相同的對(duì)產(chǎn)量的效應(yīng).優(yōu)選，本發(fā)明的多肽具有對(duì)包含SEQIDNO:3、SEQIDNO:6、SEQIDNO:9和SEQIDNO:12的至少部分的多肽序列中的任一多肽序列至少大約65%的同一性、至少大約66。/。的同一性、至少大約67%的同一性、至少大約68%的同一性、至少大約69%的同一性、至少大約70%的同一性、至少大約71。/。的同一性、至少大約72%的同一性、至少大約73%的同一性、至少大約74%的同一性、至少大約75%的同一性、至少大約76%的同一性、至少大約77%的同一性、至少大約78%的同一性、至少大約79%的同一性、至少大約80%的同一性、至少大約81%的同一性、至少大約82%的同一性、至少大約83%的同一性、至少大約84%的同一性、至少大約85%的同一性、至少大約86%的同一性、至少大約87%的同一性、至少大約88%的同一性、至少大約89%的同一性、至少大約90%的同一性、至少大約91%的同一性，更優(yōu)選至少大約至少大約92%的同一性、至少大約93%的同一性、至少大約94%的同一性、至少大約95%的同一性，和更優(yōu)選至少大約95.5%的同一性、至少大約96%的同一性、至少大約96.5%的同一性、至少大約97%的同一性、至少大約97.5%的同一性、至少大約98%的同一性、至少大約98.5%的同一性、至少大約99%的同一性、至少大約99.5%的同一性，或與所述多肽序列相同.在本發(fā)明的所有實(shí)施方案中，本發(fā)明的培育的植物優(yōu)選包括玉蜀黍(Zeamaysmays)、水稻(0ryzasativa)、普通小麥(Triticumaestivum)、大麥(Hordeumvulgare)、甘廉(Saccharumofficinarum)、兩色蜀黍(Sorghumbicolor)和珍珠粟(Pennisetumtyphoides),在本發(fā)明的所有實(shí)施方案中，野生型祖先或家族成員植物優(yōu)選包括選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟的培育的植物的野生型祖先或家族成員植物.特別優(yōu)選的野生型祖先或家族成員植物是普通野生稻。任何植物EG9703或EG8798多肽是本發(fā)明的合適的多肽.從其分離EG9703或EG8798多肽(包括分離天然多肽或通過(guò)重組或合成的技術(shù)產(chǎn)生多肽)的合適的植物包括玉米、小麥、大麥、棵麥、粟、鷹嘴豆、小扁豆、亞麻、橄欖、無(wú)花果、杏仁、阿月渾子樹、胡桃、甜菜、歐洲防風(fēng)根、柑橘屬水果包括但不限于橙、檸檬、酸柚、葡萄柚、紅橘、橘柚(minneola)和蜜柑與柚子雜交所產(chǎn)生的植物或其果實(shí)(tangelo)、甘薯、大豆、豌豆、菊苣、萵苣、巻心菜、花椰菜、西蘭花、蘿卜、小紅蘿卜、菠菜、蘆筍、洋蔥、大蒜、胡椒、斧菜、南瓜、西葫聲、大麻、西葫蘆、蘋果、梨、溫悖、甜瓜、梅、櫻桃、桃、蜜桃、杏、草莓、葡萄、覆盆子、黑莓、菠蘿、酪梨、木瓜、芒果、香蕉、大豆、西紅柿、高梁、甘蔗、甜菜、向日葵、油菜籽、三葉草、煙草、胡蘿卜、棉花、苜蓿、稻谷、馬鈴薯、茄子、黃瓜、擬南芥和木本植物例如針葉樹和闊葉樹，玉米、高粱、甘蔗和小麥?zhǔn)翘貏e想要的.本發(fā)明的實(shí)施方案包括用于鑒定本發(fā)明的序列的等位基因變體的方法.如此處所用的，"標(biāo)記"包括染色體上用于鑒定染色體上的獨(dú)特位置的基因座.本發(fā)明的該實(shí)施方案包括用于鑒定本發(fā)明的序列的等位基因變體的方法.如此處所用的，"標(biāo)記"包括染色體上用于鑒定染色體上的獨(dú)特的位置的基因座。"多態(tài)性標(biāo)記"包括以多個(gè)形式(等位基因)呈現(xiàn)的標(biāo)記，從而當(dāng)它們存在于同源對(duì)(homologouspair)上時(shí)，使得該同源對(duì)中的染色體中的每一個(gè)染色體的傳遞能夠被跟蹤.可通過(guò)使用一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記定義基因型.本發(fā)明還提供了包含在基因轉(zhuǎn)錄的檢測(cè)、定量或分離中用作探針或擴(kuò)增引物的分離的核酸，所述核酸包含長(zhǎng)度足夠且對(duì)本發(fā)明的基因26互補(bǔ)的多核苷酸，例如，本發(fā)明的分離的核酸可用作探針，所述探針用于在篩選想要的轉(zhuǎn)基因植物中檢測(cè)mRNA的水平的不足,檢測(cè)基因中的突變(例如，置換、缺失或添加)，監(jiān)測(cè)表達(dá)的上調(diào)或化合物的篩選實(shí)驗(yàn)中酶活性的變化、檢測(cè)基因的許多等位基因變體(多態(tài)性)或在植物育種程序中用作分子標(biāo)記。此外，本發(fā)明還提供了分離的核酸，所述分離的核酸包含編碼多肽/多核苷酸的一個(gè)或多個(gè)多態(tài)性(等位基因)變體的多核苷酸.多態(tài)性變體經(jīng)常用于在例如用于農(nóng)作物改良的標(biāo)記輔助選擇方法中跟蹤染色體區(qū)域的分離.本發(fā)明提供了確定利用本發(fā)明的多核苷酸的植物的基因型的方法.確定基因型提供了區(qū)分染色體對(duì)的同源物的方法，其可用于區(qū)分植物群體中的分離子.分子標(biāo)記方法可用于系統(tǒng)發(fā)育研究，表征農(nóng)作物變種間的遺傳關(guān)系，鑒定雜種或體細(xì)胞雜交體，定位影響單基因性狀的染色體片段、基于克隆的作圖和數(shù)量遺傳學(xué)的研究.參見，例如，PELEMAN和VANDERV00RT，(2003)TRENDSINPLANTSCIENCEV0L8(7):330-334ANDHOLLAND(2004)PROCEEDINGSOFTHE4thINTERNATIONALCROPSCIENCECONGRESS26SEP-1OCT2004，BRISBANE,AUSTRALIA,本發(fā)明中確定基因型的特定方法可使用許多分子標(biāo)記分析技術(shù)例如但不限于限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP).RFLP是由核苷酸序列變異造成的DNA限制性片段之間的等位基因差異的產(chǎn)物.正如對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟知的，通常通過(guò)基因組DNA的提取和使用限制性酶的降解來(lái)檢測(cè)RFLP.—般地，根據(jù)大小分離所得的片段，然后將其與探針雜交；單拷貝探針是適合的.顯示來(lái)自同源染色體的限制性片段.等位基因間片段大小的差異代表RFLP.因此，本發(fā)明還提供了通過(guò)使用技術(shù)例如RFLP分析跟蹤本發(fā)明的基因或核酸以及在遣傳學(xué)上與這些基因或核酸遺傳連鎖的染色體序列的分離.連鎖的染色體序列在本發(fā)明的基因的50厘摩(cM)之內(nèi)，通常在40或30cM之內(nèi)，在一些情況下在20或10cM之內(nèi)，和在一些情況下在5、3、2或lcM之內(nèi).在本發(fā)明中，用于植物細(xì)胞核基因組的分子標(biāo)記作圍的核酸探針27在選擇的雜交條件下選擇性地與編碼本發(fā)明的多核苷酸的基因雜交.在一些實(shí)施方案中，探針選自本發(fā)明的多核苷酸.通常，這些探針是cDNA探針或PstI基因組克隆.對(duì)探針的長(zhǎng)度將進(jìn)行更詳細(xì)的描述，同上，但長(zhǎng)度通常為至少15個(gè)堿基，在一些情況下長(zhǎng)度為至少20、25、30、35、40或50個(gè)堿基。然而，通常探針在長(zhǎng)度上小于大約1千堿基。在一些實(shí)施方案中，探針是與單倍染色體組中的唯一基因座雜交的單拷貝探針。用于RFLP作圖的一些示例性限制性內(nèi)切酶是EcoRI、EcoRV和Sstl.如此處所用的，術(shù)語(yǔ)"限制性內(nèi)切酶"包括識(shí)別和單獨(dú)地或與另一種組合物一起在特定的核苷酸序列上進(jìn)行切割的組合物。檢測(cè)RFLP的方法包括步猓(a)用限制性酶降解植物的基因組DNA;(b)在選擇的雜交條件下將核酸探針雜交至所述基因組DNA的存在的多核苷酸的序列；(c)由此檢測(cè)RFLP.可通過(guò)使用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的分子標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行區(qū)分本發(fā)明的多核苷酸的多態(tài)性(等位基因)變體的其他方法，所述分子標(biāo)記技術(shù)包括技術(shù)例如l)單鏈構(gòu)象分析(SSCP);2)變性梯度凝膠電泳法(DGGE);3)核糖核酸酶保護(hù)測(cè)定；4)等位基因特異性寡核苷酸(AS0s);5)識(shí)別核苷酸錯(cuò)配的蛋白例如大腸桿菌(E.coli)咖tS蛋白的使用；和6)等位基因特異性PCR?；趦蓚€(gè)互補(bǔ)DNA鏈之間的錯(cuò)配的檢測(cè)的其他方法包括箝位(clamped)變性凝膠電泳(CDGE);異源雙鏈分析(HA);和化學(xué)錯(cuò)配裂解法(CMC).因此，本發(fā)明還提供了確定基因型的方法，其包括在嚴(yán)緊雜交條件下將懷疑包含本發(fā)明的多核苷酸的樣品與核酸探針接觸.通常樣品是植物樣品；懷疑包含本發(fā)明的多核香酸的樣品(例如，基因、mRNA或EST).核酸探針在嚴(yán)緊條件下對(duì)本發(fā)明的多核苷酸的亞序列雜交，所述亞序列包舍多態(tài)性標(biāo)記.核酸探針對(duì)多態(tài)性標(biāo)記核酸序列的選擇性雜交產(chǎn)生雜交復(fù)合物.雜交復(fù)合物的檢測(cè)表明該多態(tài)性標(biāo)記存在于雜交復(fù)合物中.在一些實(shí)施方案中，核酸探針包括本發(fā)明的多核苷酸.對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員技術(shù)人員很明顯的是可通過(guò)測(cè)定這些基因的序列鑒定EG9703和EG8798的多態(tài)性變體.對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員很清楚的是可通過(guò)測(cè)定更多玉米品系和雜種、更多稻谷品系和雜種、更多高粱、大麥、小麥品系、粟或甘蔗品系的序列來(lái)鑒定EG9703和EG8798的其他多態(tài)性變體或等位基因，可進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析(associationtest)來(lái)發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)基因的各基因的等位基因，所述等位基因與產(chǎn)量性狀(例如總產(chǎn)量、粒重、粒長(zhǎng)或其他產(chǎn)量相關(guān)性狀)或質(zhì)量性狀(例如ASV、白堊(chalk)、或其他質(zhì)量性狀)的最佳表型相關(guān).這些額外的等位基因的關(guān)聯(lián)性分析將指出與特定性狀的想要的表型相關(guān)的等位基因.然后就等位基因(或被診斷的想要的等位基因的部分)的存在篩選有想要的親本近交系，所述等位基因與產(chǎn)量性狀(例如產(chǎn)量、粒重、粒長(zhǎng)或每植物粒數(shù)等)的最佳表現(xiàn)或數(shù)量性狀(例如ASV或白堊等)的最佳表現(xiàn)相關(guān).與產(chǎn)量性"想要的等位基因".；在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了用于在農(nóng)作物物種中鑒定EG9703或EG8798的等位基因的方法；用于確定植物是否包含EG9703或EG8798的優(yōu)選等位基因的方法和用于就EG9703或EG8798的等位基因篩選植物的方法.EG9703和EG8798的等位基因包括例如多核苷酸，所述多核苷酸包含下列序列中的任一序列的至少部分SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有對(duì)上述SEQIDNos中任一序列至少大約70%的序列同一性的多核苷對(duì)于鑒定EG9703或EG8798的其他等位基因的方法，方法包括一個(gè)步驟，使用來(lái)自本發(fā)明的多核苷酸序列的任何序列的至少部分?jǐn)U增農(nóng)作物物種中的一種或更多種植物中相應(yīng)的EG9703或EG8798序列.在另一個(gè)步驟中，這些方法包括確定擴(kuò)增序列的核苷酸序列.在另一個(gè)步驟中，這些方法包括將擴(kuò)增序列與本發(fā)明的多核苷酸序列比較，從而在農(nóng)作物物種的受試植物中鑒定EG9703或EG8798的任何等位基因。一般地，這些方法還包括用于鑒定或確定優(yōu)選等位基因(例如，與想要的性狀相關(guān)的等位基因)的方法.在一個(gè)步稞中，使用來(lái)自本發(fā)明的多核苷酸的任何序列的至少部分?jǐn)U增至少兩種植物中的相應(yīng)的EG9703或EG8798序列，對(duì)于所迷植物已測(cè)量或可測(cè)量性狀的特定參數(shù).所述性狀包括例如產(chǎn)量.在另一個(gè)步猓中，這些方法包括確定各植物中的EG9703或EG8798的序列。在另一個(gè)步驟中，這些方法包括鑒定EG9703或EG8798的優(yōu)選等位基因或多核苷酸序列.可通過(guò)確定位基因。可在實(shí)施例中發(fā)現(xiàn)此類確定基因型的分析的實(shí)例.一般地，這些方法還包括就優(yōu)選等位基因或多核苷酸序列篩選植物的方法.此類方法包括使用優(yōu)選等位基因(例如，與想要的性狀相關(guān)的等位基因)的至少部分?jǐn)U增植物中相應(yīng)的EG9703或EG8798序列，和選擇包含想要的等位基因(或多核苷酸序列)的植物.本發(fā)明還提供了產(chǎn)生EG9703或EG8798多舦的方法，其包括a)提供用編碼定位在細(xì)胞中表達(dá)的EG9703或EG8798多肽的多核苷酸轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；b)在適合表達(dá)多核苷酸的條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和c)分離EG9703或EG8798多肽.本發(fā)明還提供了從重組植物細(xì)胞庫(kù)分離產(chǎn)量相關(guān)基因的方法.方法包括提供植物細(xì)胞DNA的制刑或重組植物細(xì)胞庫(kù)；在假定檢測(cè)具有50%或更大的序列同一性的基因的雜交條件下將所迷制刑或植物細(xì)胞庫(kù)與可檢測(cè)地標(biāo)記的EG9703或EG8798的保守寡核苷酸(如本說(shuō)明書中其他部分所描述的，從本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸序列產(chǎn)生的)接觸；和通過(guò)其與可檢測(cè)的標(biāo)記的結(jié)合來(lái)分離產(chǎn)量相關(guān)基因.本發(fā)明還提供了從植物細(xì)胞DNA分離產(chǎn)量相關(guān)基因的方法.方法包括提供植物細(xì)胞DNA的樣品；提供成對(duì)的具有對(duì)EG9703或EG8798基因的寡核苷酸(如本說(shuō)明書中他部分所描述的，從本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸序列產(chǎn)生的)的保守區(qū)域的序列同源性的寡核普酸；在適合于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)介導(dǎo)的DNA擴(kuò)增的條件下將寡核苷酸對(duì)與植物細(xì)胞DNA樣品混合；然后分離擴(kuò)增的產(chǎn)量相關(guān)基因或其片段.由此處描述的方法鑒定的序列可用于鑒定試劑，所述試劑用于調(diào)節(jié)培育的生物的獨(dú)特的、增強(qiáng)的或政變的功能能力和/或使用這些序列矯治這些能力的缺陷，這些方法使用例如本領(lǐng)域已知的篩選技術(shù)例如體外系統(tǒng)、基于細(xì)胞表達(dá)的系統(tǒng)和轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物。由本發(fā)明提供的方法不僅快速鑒定進(jìn)化的基因而且還顯示可對(duì)蛋白進(jìn)行的調(diào)控，因?yàn)樗龅鞍状嬖谟诹硪环N品種中所以其毒性不可能太大。本發(fā)明還提供了產(chǎn)生EG9703或EG8798多肽的方法.步驟包括提供用編碼定位在細(xì)胞中表達(dá)的EG9703或EG8798多肽的多核苷酸轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和在適合表達(dá)多核苷酸的條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和c)分離EG9703或EG8798多肽.本發(fā)明還提供了檢測(cè)植物細(xì)胞中增加產(chǎn)量的基因或增加產(chǎn)量的等位基因的變體的方法，其包括下列步驟.步驟包括將EG9703或EG8798多核苷酸或其大于12個(gè)核苷酸(在一些情況下長(zhǎng)度大于30個(gè)核苷酸)的部分與來(lái)自植物細(xì)胞的基因組DNA的制劑在假定檢測(cè)具有對(duì)本發(fā)明的EG9703或EG8798多核脊酸大約50%或更大的序列同一性的核酸分子序列的雜交條件下接觸，所迷本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸是例如包含選自下列序列的多核苷酸的至少部分的多核苷酸，所迷下列序列是SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQID31NO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41;和具有對(duì)上述SEQIDNo中的任一序列至少大約70%的序列同一性的多核苷酸；然后檢測(cè)雜交，由此可鑒定增加產(chǎn)量的基因。本發(fā)明還提供了檢測(cè)植物細(xì)胞中增加產(chǎn)量的基因或基因的特定的增加產(chǎn)量的等位基因變體的方法.該方法包括將增加產(chǎn)量的基因EG9703或EG8798或這些基因中的任一基因的大于12個(gè)核苷酸的部分(在一些情況下長(zhǎng)度大于30個(gè)核苷酸)與來(lái)自植物的基因組DNA的制述的)大約50%或更大的序列同一性的核酸分子序列的雜交條件下接觸；然后檢測(cè)雜交，由此鑒定增加產(chǎn)量的基因或基因的特定的增加產(chǎn)量的等位基因變體.通過(guò)此處描述的方法鑒定的序列可用于鑒定試劑，所述試劑用于調(diào)節(jié)培育的生物的獨(dú)特的、增強(qiáng)的或改變的功能能力和/或使用這些序列矯治這些能力中的缺陷.這些方法使用例如本領(lǐng)域內(nèi)已知的篩選技術(shù)例如體外系統(tǒng)、基于細(xì)胞的表達(dá)系統(tǒng)和轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物.由本發(fā)明提供的方法不僅鑒定了快速進(jìn)化的基因，而且顯示了可對(duì)蛋白進(jìn)行的調(diào)節(jié)，所述蛋白毒性不可能太大，因?yàn)樗鼈兇嬖谟诹硗獾钠贩N中.在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括確定植物是否具有包含EG9703序列的特定的多核苷酸序列的方法.該方法包括下列步稞.一個(gè)步驟包括將所述植物的編碼多肽的核苷酸序列的至少大約部分與本發(fā)明的EG9703多核苷酸的多核苷酸序列的至少部分接觸，所述EG9703多核苷酸是例如包含選自下列序列的多核苷酸的至少部分的多核苷酸，所述下列序列是(i)選自SEQIDNO:l、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDN0:5的多核苷酸;和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且提供與(i)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸.可選擇上面列舉的多核苷酸中的一個(gè)作為特定的多核苷酸(即，目標(biāo)多核苷酸，用于確定植物是否包含該多核苷酸或相關(guān)的多核苷酸).在另一個(gè)步驟中，方法包括鑒定植物是否包含特定的多核苷酸。優(yōu)選，植物多核苷酸序列是基因組DNA或cDNA。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括確定植物是否具有包含EG8798序列的特定多核苷酸序列的方法，該方法包括步驟將所述植物的多核苷酸序列的至少大約部分與本發(fā)明的EG8798多核苷酸序列的至少部分進(jìn)行比較，所述EG8798多核苷酸序列是例如包含選自下列序列的多核苷酸的多核苷酸，所述下列序列是(i)包含選自SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDN0:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸，和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且提供與(i)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸的至少部分.可選擇上面列舉的一個(gè)多核苷酸作為特定的多核苷酸(即，目標(biāo)多核苷酸，用于確定植物是否包含該多核苷酸或相關(guān)多核苷酸).在另一個(gè)步驟中，方法包括鑒定植物是否包含特定的多核苷酸。優(yōu)選，植物多核苷酸序列是基因組DNA或cDNA.優(yōu)選，EG9703或EG8798多核苷酸序列與植物中增加的產(chǎn)量相關(guān).確定和定量產(chǎn)量的方法在本領(lǐng)域內(nèi)是已知的，并且在本說(shuō)明書中的其他地方進(jìn)行了描述.例如，增加的產(chǎn)量可以是相對(duì)于來(lái)自具有第二EG9703多核苷酸序列的共同祖先、屬或家族成員植物的笫二植物的增加的產(chǎn)量，所迷笫二EG9703多核苷酸序列與來(lái)自植物的EG9703多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化.本發(fā)明還提供了改變植物群體中谷粒產(chǎn)量基因的頻率的方法，和用于標(biāo)記輔助育種或標(biāo)記輔助選擇、包括下列步稞的方法.一個(gè)步驟包括使用寡核苷酸作為標(biāo)記以確定個(gè)體植物中存在或不存在谷粒飽滿基因(grainfillinggene)來(lái)篩選大量植物，寡核苷酸由包含選自下列序列的多核苷酸序列的至少部分的多核苷酸序列的不超過(guò)300個(gè)堿基組成，所述下列序列是SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有對(duì)上述SEQIDNo至少大約70%的序列同一性的多核苷酸的至少部分。另一個(gè)步驟包括基于谷粒產(chǎn)量基因的存在或不存在選擇至少一個(gè)用于育種的個(gè)體植物；和另一個(gè)步驟包括培育至少一林所選擇的植物以產(chǎn)生具有改變的谷粒產(chǎn)量基因的頻率的植物群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，用于標(biāo)記輔助育種的方法包括就針對(duì)特定的EG8798多核苷酸序列進(jìn)行的植物的標(biāo)記輔助育種的方法.該實(shí)施方案包括下列步驟.一個(gè)步驟包括將至少一株植物、所述植物的核苷酸序列的至少部分與本發(fā)明的特定EG8798多核苷酸序列進(jìn)行比較，所述特定的EG8798多核苷酸序列是例如選自下列序列的多核苷酸序列的至少部分，所述下列序列是(i)包含選自SEQIDNO:7;SEQIDNO:8;SEQIDNO:10;SEQIDNO:11;SEQIDNO:13;SEQIDNO:14;SEQIDNO:15;SEQIDNO:16;SEQIDNO:17;SEQIDNO:18;SEQIDNO:19;SEQIDNO:20;SEQIDNO:21;SEQIDNO:22;SEQIDNO:23;SEQIDNO:24;SEQIDNO:25;SEQIDNO:26;SEQIDNO:27;SEQIDNO:28;SEQIDNO:29;SEQIDNO:30;SEQIDNO:31;SEQIDNO:32;SEQIDNO:33;SEQIDNO:34;SEQIDNO:35;SEQIDNO:36;SEQIDNO:37;SEQIDNO:38;SEQIDNO:39;SEQIDNO:40和SEQIDNO:41的多34核苷酸的多核苷酸；和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且提供與(i)的多核普酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸.該方法還包括鑒定植物是否包含特定的多核苷酸序列的步驟；和培育包含特定多核苷酸序列的植物從而產(chǎn)生后代的步驟.用于標(biāo)記輔助育種的方法還包括針對(duì)特定的EG9703多核苷酸序列的植物的標(biāo)記輔助育種的方法。步驟包括將至少一林植物、所述植物的核苷酸序列的至少部分與本發(fā)明的特定EG9703進(jìn)行比較，所述特定的EG9703是例如選自下列序列的多核苷酸序列的至少部分，所述下列序列是(i)包含選自SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4和SEQIDN0:5的多核苷酸的多核苷酸;和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且提供與(i)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸，鑒定植物是否包含特定的多核苷酸序列的步驟；和培育包含特定多核苷酸序列的植物以產(chǎn)生后代的步驟.這些標(biāo)記輔助育種方法包括選擇具有改變的產(chǎn)量的植物例如谷類(包括，但不限于玉米、小麥、大麥和禾本科植物的其他成員)或豆科植物(例如，大豆)的方法，其包括從待逸擇的植物獲得核酸分子，將所述核酸分子與在嚴(yán)緊或高度嚴(yán)緊條件下與包含本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸的核酸序列選擇性雜交的一種或多種探針接觸；檢測(cè)一種或多種探針對(duì)核酸序列的雜交，其中雜交的存在表明與改變的產(chǎn)量相關(guān)的基因存在；和基于該雜交的存在或不存在選擇植物.在一個(gè)實(shí)施方案中在稻谷中進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇.在另一個(gè)實(shí)施方案中，使用一種或更多種在嚴(yán)緊或高度嚴(yán)緊條件下對(duì)包含本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸的序列選擇性雜交的探針在小麥中進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇.在另一個(gè)實(shí)施方案中，使用一種或更多種在嚴(yán)緊或高度嚴(yán)緊條件下對(duì)包舍本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸的多核苷酸序列選擇性雜交的探針在玉米(maize)或谷物中進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇.在另一個(gè)實(shí)施方案中，使用一種或更多種在嚴(yán)緊或高度嚴(yán)緊條件下對(duì)包含本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸的序列選擇性雜交的探針在高粱中進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇.在另一個(gè)實(shí)施方案中，使用一種或更多種在嚴(yán)緊或高度嚴(yán)緊條件下對(duì)包含本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸的序列選擇性雜交的探針在大麥中進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇.在各情況下，可使用針對(duì)單一序列或多個(gè)序列的探針進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇，如果使用多個(gè)序列，可同時(shí)或順序地使用它們.也可在育種過(guò)程中使用分子標(biāo)記進(jìn)行質(zhì)量性狀的選擇。例如，可使用與等位基因緊密連鎖的標(biāo)記或包含實(shí)際的目標(biāo)等位基因內(nèi)的序列的標(biāo)記選擇植物，所述植物在回交育種程序期間包含目標(biāo)等位基因。標(biāo)記還可用于針對(duì)供方親本的標(biāo)記選擇輪回親本的基因組。使用該方法可使保留在選擇的植物內(nèi)的來(lái)自供方親本的基因的量減少至最少。其還可用于減少回交程序所需的輪回親本的回交次數(shù).選擇過(guò)程中分子標(biāo)記的使用通常稱為遺傳標(biāo)記增強(qiáng)選擇(GeneticMarkerEnhancedSelection)e在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括分離的多核苷酸，所述多核普酸包含含有一個(gè)或更多個(gè)下列多核苷酸的多核苷酸SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有對(duì)上面列舉的多核苷酸序列(即，任何序列)至少大約70%的序列同一性并且提供與上面列舉的任何多核苷酸序列相同的產(chǎn)量的多核苷酸序列.本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是在嚴(yán)緊雜交條件下與至少一個(gè)下列基因EG9703或EG8798基因的至少部分雜交的分離的植物多核苷酸.迄今描迷了鑒定此類基因的特征.本發(fā)明的多核苷酸可包括分離的天然植物EG9703或EG8798基因或其片段，在下面更詳細(xì)地描述其后者.36本發(fā)明的多核苷酸可包括一個(gè)或更多個(gè)調(diào)控區(qū)、全長(zhǎng)或部分編碼區(qū)或其組合。本發(fā)明的多核苷酸的最小大小是可與上述基因中的一個(gè)基因在嚴(yán)緊雜交條件下形成穩(wěn)定的雜交體的最小大小.上面公開了合適的植物。根據(jù)本發(fā)明，分離的多核苷酸是已從其天然環(huán)境中取出的(即，已接受了人工操作的)多核苷酸.這樣，"分離的"不反映多核苷酸已純化達(dá)到的程度。分離的多核苷酸可包括DNA、RNA或DNA或RNA的衍生物.本發(fā)明的分離的植物EG9703或EG8798多核苷酸可以以整個(gè)(即，完整的)基因或其的能夠與該基因形成形成穩(wěn)定的雜交體的部分從其天然來(lái)源獲得.還可使用重組DNA技術(shù)(例如，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增，克隆)或化學(xué)合成產(chǎn)生分離的植物EG9703或EG8798多核苷酸.包括但不限于其中以這樣的方式插入、缺失、置換和/或顛換核苷酸的天然等位基因變體或經(jīng)修飾的多核苷酸，即該修飾不顯著干擾多核苷酸編碼本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽的能力或與天然基因分離物在嚴(yán)緊條件下形成穩(wěn)定的雜交體.在已分離想要的DNA后，可用已知的方法對(duì)其進(jìn)行測(cè)序.在本領(lǐng)域認(rèn)識(shí)到此類方法會(huì)發(fā)生錯(cuò)誤，這樣相同區(qū)域的多次測(cè)序是常規(guī)的，并且仍然預(yù)期在所得的推導(dǎo)序列中，特別是在具有重復(fù)的結(jié)構(gòu)域、大量的二級(jí)結(jié)構(gòu)或稀有堿基組成(例如具有高GC堿基含量的區(qū)域)的區(qū)域中導(dǎo)致可測(cè)量的錯(cuò)誤率.當(dāng)差異產(chǎn)生時(shí)，可進(jìn)行重新測(cè)序，重新測(cè)序列可使用專門的方法.專門的方法可包括通過(guò)使用不同的溫度、不同的酶、改變寡核苷酸形成高能結(jié)構(gòu)的能力的蛋白、改變的核苷酸例如ITP或甲基化的dGTP、不同的凝膠組合物例如加入甲酖胺、位于與問題區(qū)域不同距離的不同引物或不同的模板例如單鏈DNA來(lái)改變測(cè)序條件.還可使用mRNA的測(cè)序.可使用許多本領(lǐng)域內(nèi)技術(shù)人員已知的方法(參見，例如Sambrook等人，同上)產(chǎn)生植物EG9703或EG8798多核苷酸同源物.例如，可使37用多種技術(shù)包括但不限于經(jīng)典誘變技術(shù)和重組DNA技術(shù)修飾多核苷酸，所述技術(shù)是例如定向誘變、誘導(dǎo)突變的對(duì)多核苷酸的化學(xué)處理、核酸片段的限制性酶的切割、核酸片段的連接、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增和/或核酸序列的選擇區(qū)域的誘變、寡核苷酸混合物的合成和混合物組群的連接(以"建立"多核苷酸的混合物)和其組合.可通過(guò)篩選由核酸編碼的多肽的功能(例如，引發(fā)針對(duì)EG9703或EG8798多肽的至少一個(gè)表位的免疫應(yīng)答的能力、增加包含EG9703或EG8798基因來(lái)選擇多核苷酸同源物。本發(fā)明的分離的多核苷酸可包括編碼至少一種本發(fā)明的植物EG9703或EG8798多肽，此處公開此類多肽的實(shí)例.盡管短語(yǔ)"多核苷酸"主要是指物理多核苷酸，短語(yǔ)"核酸序列"主要是指多核苷酸上的核苷酸的序列，但兩個(gè)短語(yǔ)可互換使用，特別是對(duì)于能夠編碼EG9703或EG8798多肽的多核苷酸或核酸序列.如迄今已公開的本發(fā)明的植物EG9703或EG8798多肽包括但不限于具有全長(zhǎng)植物EG9703或EG8798編碼區(qū)的多肽、具有部分植物EG9703或EG8798編碼區(qū)的多肽、融合多肽、多價(jià)體保護(hù)性多肽和其組合本發(fā)明的至少某些多核苷酸編碼可對(duì)來(lái)源于動(dòng)物的免疫血清選擇性結(jié)合的多肽，所述動(dòng)物已用其多核苷酸已被分離的EG9703或EG8798多肽免疫.包含本發(fā)明的多核苷酸的多核苷酸，當(dāng)在合適的植物中表達(dá)時(shí)，能夠增加植物的產(chǎn)量.如下面更詳細(xì)公開的，這樣的多核苷酸可以是或可編碼反義RNA、能夠形成三螺旋的分子、核酶或或其他基于核酸的化合物，本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是在嚴(yán)緊雜交條件下與本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸雜交的或與EG9703或EG8798多核苷酸的同源物雜交的、或與所述多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交的植物EG9703或EG8798多核苷酸.本發(fā)明的任何核酸序列的多核苷酸互補(bǔ)序列是指與其序列被引用的鏈互補(bǔ)(即，可與形成雙螺旋的)的多核苷酸的核酸序38列.要指出的是，已確定了其中一條單鏈的核酸序列(由SEQIDNO表示)的本發(fā)明的雙鏈核酸分子還包含具有為該SEQIDNO的互補(bǔ)序列的序列的互補(bǔ)鏈.這樣，可以是雙鏈或單鏈的本發(fā)明的多核普酸包括在嚴(yán)緊雜交條件下與此處指出的給定的SEQIDNO和/或可在此處指出或不指出的該SEQIDNO的互補(bǔ)序列形成穩(wěn)定的雜交體的多核苷酸。推導(dǎo)互補(bǔ)序列的方法對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是已知的。在一些實(shí)施方案中，EG9703或EG8798多核苷酸能夠編碼天然存在于植物中的EG9703或EG8798多肽的至少部分。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸在嚴(yán)緊雜交條件下與至少一個(gè)下列多核苷酸的至少部分雜交，所述下列多核苷酸是SEQIDN0:1、SBQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有對(duì)上述SEQIDNo中的任一序列或?qū)υ摱嗪塑账岬耐次锘蚧パa(bǔ)物至少大約70%的序列同一性的多核苷酸.知道本發(fā)明的某些植物EG9703或EG8798多核苷酸的核酸序列允許本領(lǐng)域扶術(shù)人員例如(a)產(chǎn)生這些多核苷酸的拷貝，(b)獲得包含此類多核苷酸(例如，包括全長(zhǎng)基因、全長(zhǎng)編碼區(qū)、調(diào)控序列、截短的編碼區(qū)的多核苷酸)，和(c)獲得其他植物的EG9703或BG8798多核苷酸.可以各種方法獲得此類多核苷酸，所述方法包括用本發(fā)明的抗體篩選合適的表達(dá)文庫(kù)；使用本發(fā)明的寡核苷酸探針篩選合適的文庫(kù)或DM的常規(guī)克隆技術(shù)；和使用本發(fā)明的寡核苷酸引物PCR擴(kuò)增合適的文庫(kù)或DNA.篩選或從其擴(kuò)增多核苷酸的的合適的文庫(kù)包括文庫(kù)例如從分離的植物組織制備的基因組DNA文庫(kù)、BAC文庫(kù)、YAC文庫(kù)、cDNA文庫(kù)，所述組織包括但不限于莖、生殖結(jié)構(gòu)/組織、葉、根和分萊；以及從混合的cDM(來(lái)自上面列舉的任一組織或所有組織)構(gòu)建的文庫(kù).在稻谷和玉米的情況下，可使用可從ClemsonUniversity獲得的BAC文庫(kù).類似地，篩選或從其擴(kuò)增多核苷酸的DNA來(lái)源包括植物基因組DNA。在例如Sambrook等人，同上和在Galun&Brei邁an，TransgenicPlants,ImperialCollegePress,1997中'>開了克隆和擴(kuò)增基因的技術(shù)。本發(fā)明還包括多核苷酸，所述多核苷酸是能夠在嚴(yán)緊雜交條件下與本發(fā)明的其他(有時(shí)更長(zhǎng)的)多核苷酸(例如包含植物EG9703或EG8798基因或其他植物的EG9703或EG8798多核苷酸的多核香酸)的互補(bǔ)區(qū)域雜交的多核苷酸.本發(fā)明的寡核苷酸可以是RNA、DNA或任一種的衍生物.該寡核苷酸的最小大小是形成給定的寡核苷酸和本發(fā)明的另一個(gè)多核苷酸上的互補(bǔ)序列之間的穩(wěn)定雜交體所需的大小.此處描述了最小的大小的特征.寡核苷酸的大小必須對(duì)于本發(fā)明的遙寡核苷酸的用途也是足夠的.可以以多種用途(包括但不限于作為鑒定另外的多核苷酸的探針、作為擴(kuò)增或延伸多核苷酸的引物、作為表達(dá)分析的靶、作為被靶向誘變和/或回收的候選物或在農(nóng)業(yè)用途中改變EG9703或BG8798多肽產(chǎn)量或活性)使用本發(fā)明的寡核苷酸.所述農(nóng)業(yè)用途包括所述寡核苷酸在例如基于反義、基于三螺旋形成(triplexformation)、基于核糖體和/或基于RNA藥物的技術(shù)中的用途.因此，本發(fā)明包括所述寡核苷酸和通過(guò)使用一種或更多種所述技術(shù)增加植物的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)率的方法.本發(fā)明還包括分離的多肽，所迷多肽包含(舍有)一種或更多種由多核苷酸編碼的多肽的至少部分，所述多核苷酸是SEQIDN0:1、SEQIDN0:2、SEQIDN0:4、SEQIDN0:5、SEQIDN0:7、SEQIDN0:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和具有對(duì)上述SEQIDNo中任一序列至少大約70%的序列同一性的多核苷酸；和由對(duì)上面列舉的多核苷酸至少大約70%的序列同一性的并且提供與上面列舉的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量的多核苷酸編碼的多肽，本發(fā)明的分離的多肽還包含SEQIDNO:3、SEQIDNO:6、SEQIDNO:9和SEQIDNO:12;和具有對(duì)上面舉例的任何多肽至少大約75%的序列同一性和賦予與上面列舉的任一多肽基本相同的產(chǎn)量的多肽，根據(jù)本發(fā)明，分離的或生物學(xué)上純的多肽是已從其天然環(huán)境中取出的多肽，這樣，"分離的"和"生物學(xué)上純的"不必反映多肽被純化的程度。本發(fā)明的分離的EG9703或EG8798多肽可從其天然來(lái)源獲得，可使用重組DNA技術(shù)產(chǎn)生或可通過(guò)化學(xué)合成產(chǎn)生.可通過(guò)其在功能測(cè)定中進(jìn)行天然EG9703或EG8798的功能來(lái)鑒定本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽."天然EG9703或EG8798多肽"，其是指全長(zhǎng)EG9703或EG8798多肽.短語(yǔ)"能夠在功能測(cè)定中進(jìn)行天然EG9703或EG8798的功能"意指多肽在功能測(cè)定中具有至少大約10%的天然多肽的活性.在其他實(shí)施方案中，EG9703或EG8798多肽在功能測(cè)定中具有至少大約20%的天然多肽的活性.在一個(gè)實(shí)施方案中，EG9703或EG8798多肽在功能測(cè)定中具有至少大約30%的天然多肽的活性，在其他實(shí)施方案中，EG9703或EG8798多肽在功能測(cè)定中具有至少大約40%的天然多肽的活性.在其他實(shí)施方案中，EG9703或EG8798多肽在功能測(cè)定中具有至少大約50%的天然多肽的活性.在其他實(shí)施方案中，多肽在功能測(cè)定中具有至少大約60%的天然多肽的活性。在其他實(shí)施方案中，多肽在功能測(cè)定中具有至少大約70%的天然多肽的活性.在其他實(shí)施方案中，多肽在功能測(cè)定中具有至少大約80%的天然多肽的活性.在其他實(shí)施方案中，多肽在功能測(cè)定中具有至少大約90%的天然多肽的活性.功能測(cè)定的實(shí)例包括本說(shuō)明書中其他地方詳細(xì)描述的抗體結(jié)合測(cè)定或產(chǎn)量增加測(cè)定.如此處所用的，分離的植物EG9703或EG8798多肽可以是全長(zhǎng)多肽或所述多肽的任何同源物.EG9703或EG8798同源物的實(shí)例包括這樣的EG9703或EG8798多肽，即在所述EG9703或EG8798多肽中氨基酸發(fā)生缺失(例如，多肽的截短形式，例如肽)、插入、顛換、置換和/或衍生(例如，通過(guò)糖基化、磷酸化、乙?；?、十四烷基化、異戊烯化、棕櫚?；Ⅴ０坊?或甘油磷脂酰肌醇的加入)從而使同源物具有天然的EG9703或EG8798活性.在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)將同源物作為免疫原對(duì)動(dòng)物施用時(shí)，動(dòng)物將產(chǎn)生抗EG9703或EG8798多肽的至少一個(gè)表位的體液和/或細(xì)胞免疫應(yīng)答.還可通過(guò)其在功能測(cè)定中進(jìn)行EG9703或EG8798的功能的能力選擇EG9703或EG8798同源物。植物EG9703或EG8798多肽同源物可以是天然等位基因變異或天然突變的結(jié)果.還可使用本領(lǐng)域內(nèi)已知的技術(shù)產(chǎn)生本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽同源物，所述技術(shù)包括，但不限于對(duì)多肽的直接修飾或使用例如經(jīng)典的或重組DNA技術(shù)進(jìn)行隨機(jī)或定向突變進(jìn)行的對(duì)編碼多肽的基因的修飾.根據(jù)本發(fā)明，模擬表位(mi邁etope)是指能夠模擬本發(fā)明的分離的植物EG9703或EG8798多肽在功能測(cè)定中進(jìn)行本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽的功能的能力的任何化合物.模擬表位的實(shí)例包括抗獨(dú)特型抗體或其片段，所述抗獨(dú)特型抗體或其片段包含但不限于包含至少一個(gè)模擬本發(fā)明的分離的多肽的一個(gè)或多個(gè)表位的結(jié)合位點(diǎn)；分離的多肽的non-polypeptideaceous免疫原部分(例如,糖結(jié)構(gòu))j和合成的或天然的有機(jī)分子包括核酸，所述分子具有與本發(fā)明的分離的多肽的至少一個(gè)表位相似的結(jié)構(gòu).可使用計(jì)算機(jī)產(chǎn)生的本發(fā)明的多肽的結(jié)構(gòu)來(lái)設(shè)計(jì)所i^擬表位.還可通過(guò)產(chǎn)生分子例如寡核苷酸、肽或其他有機(jī)分子的隨機(jī)樣品，然后使用相應(yīng)的結(jié)合模式通過(guò)親和層析技術(shù)篩選所述樣品來(lái)獲得模擬表位.本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽同源物的最小大小是足以由多核苷酸編碼的大小，所述多核苷酸能夠與編碼相應(yīng)的天然多肽的多核苷42酸的互補(bǔ)序列形成穩(wěn)定的雜交體.這樣，編碼此類多肽同源物的多核苷酸的大小依賴于核酸組合物和多核苷酸與互補(bǔ)序列之間的百分?jǐn)?shù)同源性以及依賴于本身的雜交條件(例如溫度、鹽濃度和甲酰胺濃度)。也應(yīng)當(dāng)指出，形成穩(wěn)定的雜交體所需的同源性的程度可視同源序列是分散在整個(gè)多核苷酸上還是在多核苷酸上的不同區(qū)域中簇集(即，局部化)而變化。所述多核苷酸的最小大小通常是長(zhǎng)度至少大約12至大約15個(gè)核酸(如果多核苷酸是富含GC的)和長(zhǎng)度至少大約15至17個(gè)堿基(如果它們是富含AT的)，在一些實(shí)施方案中，多核苷酸長(zhǎng)度為至少12個(gè)堿基.本發(fā)明的植物EG9703或EG8798多核苷酸是當(dāng)在植物中表達(dá)或調(diào)節(jié)時(shí)能夠增加植物的產(chǎn)量的化物。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是包含附著至融合片段的包含BG9703或EG8798多肽的結(jié)構(gòu)域的整合多肽，以本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽的部分的形式包含融合片段可增強(qiáng)多肽在生產(chǎn)、貯存和/或使用期間的穩(wěn)定性.依賴于片段的特征，融合片段還可用作免疫增強(qiáng)刑以增強(qiáng)由用包含該融合片段的EG9703和EG8798多肽免疫的動(dòng)物產(chǎn)生的免疫應(yīng)答.此外，融合片段可用作簡(jiǎn)化EG9703或EG8798多肽的純化(例如使得能夠使用親和層析純化所得的融合多肽)的工具。合適的融合片段可以是任何大小的具有想要的功能(例如，賦予增加的穩(wěn)定性、賦予增加的對(duì)多肽的免疫原性和/或簡(jiǎn)化多肽的純化)的結(jié)構(gòu)域.使用一個(gè)或多個(gè)融合片段在本發(fā)明的范閨之內(nèi).可將融合片段與多肽的包含EG9703或EG8798的結(jié)構(gòu)域的氨基和/或羧基末端連接，融合片段和融合多肽的包含EG9703或EG8798的結(jié)構(gòu)域之間的連接可以易于切割以使能夠直接回收所述多肽的包含BG9703或BG8798的結(jié)構(gòu)城.在一些實(shí)施方案中通過(guò)培養(yǎng)用融合多核苷酸轉(zhuǎn)化的重組細(xì)胞來(lái)產(chǎn)生融合多肽，所迷融合多核苷酸編碼多肽，所迷多肽包含附著至包舍EG9703或EG8798的結(jié)構(gòu)域的羧基和/或氛基末端的融合片段.用于本發(fā)明的一些融合片段包括谷胱苷肽結(jié)合結(jié)構(gòu)域、金屬結(jié)合結(jié)構(gòu)域例如能夠結(jié)合二價(jià)金屬離子的多聚組氨酸片段、免疫球蛋白結(jié)合結(jié)構(gòu)域例如多肽A(PolypeptideA)、多舦G、T細(xì)胞、B細(xì)胞、Fc受體或補(bǔ)體多肽抗體結(jié)合結(jié)構(gòu)域、糖結(jié)合結(jié)構(gòu)域例如來(lái)自麥芽糖結(jié)合多肽的麥芽糖結(jié)合結(jié)構(gòu)域，和/或"標(biāo)簽"結(jié)構(gòu)域(例如，p-半乳糖苷酶的至少部分、strep標(biāo)簽肽、可使用結(jié)合所述結(jié)構(gòu)域的化合物例如單克隆抗體純化的其他結(jié)構(gòu)域).其他融合片段包括金屬結(jié)合結(jié)構(gòu)域例如多聚組氨酸片段、麥芽糖結(jié)合結(jié)構(gòu)域、str印標(biāo)簽肽，如此處所用的，多核苷酸或多肽的"至少部分"意指具有此處描述的所述序列的最小大小特征的部分或全長(zhǎng)分子的任何更大的片段(多至包含全長(zhǎng)分子)。例如，多核苷酸的部分可以是12個(gè)核苷酸、13個(gè)核苷酸、14個(gè)核苷酸、15個(gè)核香酸等，多至全長(zhǎng)多核苷酸.類似地，多肽的部分可以是4個(gè)氨基酸、5個(gè)氨基酸、6個(gè)氨基酸、7個(gè)氨基酸等，多至全長(zhǎng)多肽.使用的部分的長(zhǎng)度將依賴于特定的用途.如上所述，用作雜交探針的多核苷酸的部分可短至12個(gè)核苷酸.用作表位的多肽的部分可短至4個(gè)氨基酸.進(jìn)行全長(zhǎng)多肽的功能的多肽的部分長(zhǎng)度通常超過(guò)4個(gè)氨基酸，本發(fā)明的其他植物EG9703或EG8798多肽是這樣的多肽，即所述多肽包括但不限于編碼的多肽、全長(zhǎng)多肽、加工的多肽、融合多肽和其多價(jià)體多肽以及作為多肽的截短同源物的多肽，所述截短的同源物包含上述SEQIDNO的至少部分.本發(fā)明的命名的序列描述于表I中.表I顯示序列識(shí)別號(hào)碼、基因、從其分離基因的物種.本申請(qǐng)中所有命名的序列是產(chǎn)量相關(guān)基因并且能夠改變植物的產(chǎn)量，例如，命名的序列能夠增加植物的產(chǎn)量和/或減少植物的產(chǎn)量.估量產(chǎn)量的方法描述于本說(shuō)明書的其他地方.表I<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>關(guān)于EG9703或EG8798，一些重組細(xì)胞是植物細(xì)胞."植物細(xì)胞"是指任何由半透膜包圍的并且包含質(zhì)體的自我繁殖的細(xì)胞.如果希望進(jìn)一步的增殖，則所述細(xì)胞也需要細(xì)胞壁.此處所用的植物細(xì)胞包括但不限于藻類、藍(lán)細(xì)菌(cyanobacteria)、種子、懸浮培養(yǎng)物、胚胎、分生組織區(qū)、愈傷組織、葉、根、枝條(shoot)、配子體、孢子體、花粉和小孢子.重組細(xì)胞和轉(zhuǎn)基因植物的特征和合適的方法描述于WO03/062382以及美國(guó)專利6，040，497，它們均以其全文在此引用作為參考.例如，玉米中基因的表達(dá)在本領(lǐng)域是已知的，合適的啟動(dòng)子是已知的并且可由有知識(shí)的本領(lǐng)域技術(shù)人員選擇.例如，使用已知的玉米表達(dá)栽體例如可從RhonePoulencAgrochimie獲得的表達(dá)栽體構(gòu)建植物表達(dá)栽體.構(gòu)建表達(dá)構(gòu)建體和轉(zhuǎn)化栽體的方法包括標(biāo)準(zhǔn)的體內(nèi)基因重組和操作。參見，例如，Weissbach和Weissbach，1988，MethodsForPlantMolecularBiology,AcademicPress,Chapters26—28中描述的技術(shù).可從本領(lǐng)域內(nèi)已知的任何植物轉(zhuǎn)化栽體產(chǎn)生本發(fā)明的轉(zhuǎn)化栽體，所述植物轉(zhuǎn)化栽體包括但不限于眾所周知的來(lái)負(fù)土壤桿菌(Agrobacterium)的Ti質(zhì)粒家族和其衍生物，包括整合載體和二元栽體，包括但不限于pBIB-KAN、pGA471、pEND4K、pGV38SO和pM0NS0S。還包括DNA和RNA植物病毒，包括但不限于CaMV、復(fù)染色體病毒(geminiviruse)、煙草花葉病毒，和它們的通過(guò)基因工程改造的衍生物，其中的任一種可有效地用作栽體以將編碼序列或其功能等同物和相關(guān)調(diào)控元件一起遞送入植物細(xì)胞和/或自主地保持轉(zhuǎn)移的序列。此外，轉(zhuǎn)座因子可與任何栽體一起使用以將編碼序列和調(diào)控序列轉(zhuǎn)移入植物細(xì)胞。為幫助轉(zhuǎn)化子和轉(zhuǎn)染子的選擇，優(yōu)選可修飾轉(zhuǎn)化栽體以包含受體基因產(chǎn)物或選擇標(biāo)記的編碼序列。這樣的受體或選擇標(biāo)記的編碼序列應(yīng)當(dāng)優(yōu)選與上文中描述的調(diào)控元件編碼序列有效連接.可用于本發(fā)明的報(bào)告基因包括但不限于'3-葡糖苷酸酶(GUS)基因(Jefferson等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,83:8447(1986))和熒光素酶基因(Ow等人，Science234:856(1986))。編碼可用于本發(fā)明的選擇標(biāo)記的編碼序列包括但不限于編碼賦予對(duì)抗生素、抗代謝物或除草劑(包括但不限于卡那審素、潮審素、鏈霉素、膦絲菌素、慶大霉素、氨甲喋呤、草甘辨和磺酰脲類除草劑)的抗性的基因產(chǎn)物的序列，包括但不限于編碼酶例如新霉素磷酸轉(zhuǎn)移酶II(NPTII)、氯霉素乙跣轉(zhuǎn)移酶(CAT)和潮霉素磷酸轉(zhuǎn)移酶I(HPT，HYG)的編碼序列.46可使用許多種植物表達(dá)系統(tǒng)表達(dá)編碼序列或其功能等同物.特定的植物物種可選自任何雙子葉、單子葉物種、裸子植物、低等維管束植物或無(wú)維管植物，包括任何谷類農(nóng)作物或其他農(nóng)業(yè)上重要的農(nóng)作物。此類植物包括，但不限于，苜蓿、擬南芥、小麥、甘蔗、珍珠粟(pearlmillet)、髙粱、大麥、巻心茱、胡蘿卜、芽菜、玉米、棉花、黃瓜、亞麻、萵苣、油菜、梨、豌豆、牽?；?、白楊、馬鈴薯、稻谷、甜菜、向日葵、煙草、番茄、小麥和白三葉草.借以轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染植物的方法對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟知的.參見，例如，PlantBiotechnology:1989，Kung&Arntzen,eds.，ButterworthPublishers,ch.1，2?？捎行в糜诒景l(fā)明的轉(zhuǎn)化方法的實(shí)例包括但不限于土壤桿菌介導(dǎo)的葉盤或其他植物組織的轉(zhuǎn)化、DNA直接至植物細(xì)胞內(nèi)的顯微注射、DM至植物細(xì)胞原生質(zhì)體內(nèi)的電穿孔、脂質(zhì)體或質(zhì)體融合、微粒轟擊和使用合適的基因工程改造的植物病毒進(jìn)行的植物細(xì)胞或組織的轉(zhuǎn)染.實(shí)施本發(fā)明所必需的植物組織培養(yǎng)方法對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟知的，參見，例如,Dixon,1985，PlantCellCulture:APracticalApproach,IRLPress.可有效用于實(shí)施本發(fā)明的組織培養(yǎng)方法包括植物原生質(zhì)體和細(xì)胞懸浮液的產(chǎn)生和培養(yǎng)、葉盤或其他植物組織在包含經(jīng)基因工種改造的轉(zhuǎn)染劑林系(例如土壤桿菌或植物病毒林系)的培養(yǎng)基上的無(wú)菌培養(yǎng)增殖以及從原生質(zhì)體、細(xì)胞懸浮液和愈傷組織再生整個(gè)轉(zhuǎn)化的植物.通過(guò)用包含表達(dá)構(gòu)建體(包含序列的編碼序列)的轉(zhuǎn)化栽體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染植物或植物細(xì)胞，然后選擇表達(dá)該序列的轉(zhuǎn)化子或轉(zhuǎn)染子來(lái)實(shí)施本發(fā)明.可通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的技術(shù)選擇轉(zhuǎn)化的或轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞，所述技術(shù)包括但不限于檢測(cè)報(bào)告基因產(chǎn)物或基于上文中描述的選擇標(biāo)記中的一種的存在來(lái)進(jìn)行選擇.然后培養(yǎng)轉(zhuǎn)化的或轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞或組織，從其再生整個(gè)植物.可使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)例如使用Southern雜交分析、PCR分析(包括逆轉(zhuǎn)錄酶PCR(RT-PCR))或?qū)︻A(yù)期的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的免疫學(xué)測(cè)定來(lái)確認(rèn)編碼序列在植物基因組中的整合和保持.當(dāng)所述植物轉(zhuǎn)化子或轉(zhuǎn)染子被鑒定后，本發(fā)明的非限定性實(shí)施方案包括克隆表達(dá)和將該轉(zhuǎn)化子或轉(zhuǎn)染子用于序列的產(chǎn)生.47可用于表達(dá)構(gòu)建體的調(diào)控元件包括對(duì)于植物細(xì)胞可以是異源的或同源的啟動(dòng)子。啟動(dòng)子可以是能夠驅(qū)動(dòng)植物細(xì)胞和植物中的連鎖序列的高水平轉(zhuǎn)錄的植物啟動(dòng)子或非植物啟動(dòng)子.可有效用于實(shí)施本發(fā)明的植物啟動(dòng)子的非限定性例子包括花椰菜花葉病毒(CaMV)19S或35S、rbcS、葉綠素a/b結(jié)合蛋白、Adhl、N0S和HMG2的啟動(dòng)子或其修飾物或衍生物，啟動(dòng)子可以是組成型的或誘導(dǎo)型的.例如，非限制性地，誘導(dǎo)型啟動(dòng)子可以是在植物、植物組織或植物細(xì)胞的機(jī)械基因激活(mechanicalgeneactivation)(MGA)后啟動(dòng)本發(fā)明的多核普酸的表達(dá)或增加的表達(dá)的啟動(dòng)子.這樣的MGA誘導(dǎo)型植物啟動(dòng)子的實(shí)例是MeGA.可按照本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法額外地修飾表達(dá)栽體以增強(qiáng)或最優(yōu)化異源基因在植物或植物細(xì)胞中的表達(dá)，所述修飾包括但不限于突變DNA調(diào)控元件以增加啟動(dòng)子的強(qiáng)度或改變編碼序列本身.其他修飾包括缺失內(nèi)含子序列或來(lái)自編碼序列的5'和/或3'末端的過(guò)剩非編碼序列，從而通過(guò)使信使失穩(wěn)序列減少至最小或消除來(lái)使對(duì)蛋白質(zhì)表達(dá)的序列或距離相關(guān)性負(fù)效應(yīng)減少至最低.還可按照本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法加入、除去或修飾肽信號(hào)序靶向來(lái)修飾表達(dá)構(gòu)建體.例如，但不限于，可對(duì)表達(dá)構(gòu)建體進(jìn)行特定基因工程改造來(lái)將多肽靶向分泌或液泡定位(vacuolarlocalization)或保留在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(ER).本發(fā)明還包括能夠選擇性結(jié)合本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽的至少部分或其模擬表位的分離的抗體.重組細(xì)胞和轉(zhuǎn)基因植物的特征和合適的方法描述于WO03/062382,本發(fā)明還包括包含編碼EG8798或EG9703多舦的至少部分的異源DNA的植物細(xì)胞.此類多肽能夠改變植物的產(chǎn)量.例如，最優(yōu)選多肽能夠增加植物的產(chǎn)量，較不優(yōu)逸多肽能夠減少植物的產(chǎn)量.植物細(xì)胞包含本說(shuō)明書中其他地方描述的本發(fā)明的多肽.此外，本發(fā)明包括包含上迷轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞的轉(zhuǎn)基因植物的繁殖材料.本發(fā)明還包括包含異源DNA的轉(zhuǎn)基因植物，所述異源DNA編碼在植物組織中表達(dá)的EG8798或EG9703多肽，所述多肽能夠改變植物的產(chǎn)量。轉(zhuǎn)基因植物包括本說(shuō)明書中其他地方描述的本發(fā)明的多肽.本發(fā)明還包括包含分離的多核苷酸，所述多核苷酸包含與編碼植物組織中的EG8798或EG9703多肽的至少部分的多核苷酸有效連接的啟動(dòng)子.所述多肽能夠改變植物的產(chǎn)量.轉(zhuǎn)基因植物包含本說(shuō)明書中其他地方描述的本發(fā)明的多肽。所述多核苷酸可以是重組多核苷酸，和可以包含任何啟動(dòng)子包括對(duì)于EG8798或EG9703基因是天然的啟動(dòng)子。本發(fā)明還包括轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，所述宿主細(xì)胞包括用構(gòu)建體轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，所述構(gòu)建體包含與編碼報(bào)告蛋白的多核苷酸有效連接的來(lái)自EG8798或EG9703多核苷酸的啟動(dòng)子、增強(qiáng)子或內(nèi)含子多核苷酸或任何組合。所述構(gòu)建體能夠改變植物的產(chǎn)量.轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞包括本說(shuō)明書中其他地方描述的本發(fā)明的多肽.本發(fā)明還包括重組載體，所述栽體包含插入能夠?qū)⒍嗪塑账徇f送入宿主細(xì)胞的任何載體的至少一種本發(fā)明的植物EG9703或EG8798多核苷酸的至少部分.在WO03/062382中描述了重組分子的特征和合適的方法.包含在本發(fā)明的重組表達(dá)栽體內(nèi)的合適的多核苷酸是此處公開的合適的植物EG9703或EG8798多核普酸本身的多核苷酸.包含在重組栽體中，特別是本發(fā)明的重組分子中的多核苷酸包括本發(fā)明的EG9703和EG8798多核苷酸。如此處所用的，嚴(yán)緊雜交條件是指這樣的標(biāo)準(zhǔn)雜交條件，即在該雜交條件下使用多核苷酸包括寡核苷酸鑒定具有相似核酸序列的分子，在夯ij如Sambrook等人，MolecularCloning:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborLabsPress,1989中公開了這樣的標(biāo)準(zhǔn)條件.在本申請(qǐng)的實(shí)施例部分提供所述條件的實(shí)例.如此處所用的，來(lái)自植物的特定物種的EG9703或EG8798基因包括涉及天然的EG9703或EG8798基因的所有核酸序列，例如控制由該基因編碼的EG9703或EG8798多肽的產(chǎn)生的調(diào)控區(qū)(例如但不限于轉(zhuǎn)錄、翻譯或翻譯后控制區(qū))以及編碼序列本身.在一個(gè)實(shí)施方案中，EG9703或EG8798基因包含多核苷酸序列例如SEQIDNO:l、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SBQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和對(duì)上述SEQIDNO中任一序列至少大約70%的序列同一性的多核苷酸的至少部分.在另一個(gè)實(shí)施方案中，EG9703或EG8798基因可以是包含與本發(fā)明的EG9703或EG8798相似但不相同的序列的等位基因變體，可以是基于與包括本發(fā)明的EG9703或EG8798基因的基因基本上相同的基因座上的基因，但是由于例如突變或重組導(dǎo)致的天然變異的原因，其具有相似但不相同的序列.因?yàn)榛蚪M可進(jìn)行重排，所以等位基因的物理排列并不總是相同.等位基因變體通常編碼具有與由基因(所述基因是與所迷等位基因變體進(jìn)行比較的基因)編碼的多肽相似的活性的多肽.等位基因變體還可包含基因的5'或3'非翻譯區(qū)(例如，在調(diào)控區(qū))的變化。等位基因變體對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)是熟知的并且預(yù)期在給定的栽培種或品系中發(fā)現(xiàn)，因?yàn)榛蚪M是多倍體和/或在群體中包含2個(gè)或更多個(gè)栽培種或品系.等位基因可定義為與第二EG8798或EG9703多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化的EG8798或EG9703多核苷酸序列.同樣，用于編碼本發(fā)明的EG9703或EG8798多肽同源物的多核苷酸的最小大小為長(zhǎng)度大約12至大約18個(gè).除了實(shí)踐的限制外，對(duì)所述多核苷酸的最大大小沒有限制，因?yàn)槎嗪塑账峥砂虻牟糠?、整個(gè)基因或多個(gè)1^因或其部分.類似地，本發(fā)明的EG9703或EG879850多肽同源物的最小大小為長(zhǎng)度大約4至大約6個(gè)氨基酸，想要的大小依賴于所述多肽的全長(zhǎng)多肽、融合體、多價(jià)體或功能性部分是否是想要的。在一些實(shí)施方案中，多肽長(zhǎng)度至少為30個(gè)氨基酸.如此處所用的，EG9703或EG8798基因包括涉及天然EG9703或EG8798基因的所有核酸序列例如控制由基因編碼的EG9703或EG8798多肽的產(chǎn)生的調(diào)控區(qū)(例如但不限于，轉(zhuǎn)錄、翻譯或翻譯后控制區(qū))以及編碼區(qū)本身。在一個(gè)實(shí)施方案中，EG9703或EG8798基因包括本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸.在另一個(gè)實(shí)施方案中，玉米EG9703但不相同的等位基因變體.如此處所用的，EG9703或EG8798基因包括涉及天然EG9703或EG8798基因的所有核酸序列，例如控制由基因編碼的EG9703或BG8798多肽的產(chǎn)生的調(diào)控區(qū)(例如但不限于，轉(zhuǎn)錄、翻譯或翻譯后控制區(qū))以及編碼區(qū)本身.EG9703或EG8798基因可以優(yōu)選包含本發(fā)明的EG9703或EG8798多核苷酸.在檢查其的下列不希望受限定的實(shí)施方案后，本發(fā)明的另外的目的、有利方面和新特性對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)變得更顯然.實(shí)施例1.EG9703的發(fā)現(xiàn)從普通野生稻組織的mRNA的組織制備cDNA文庫(kù)，^f吏用Amersham4000測(cè)序系統(tǒng)以高通量方式測(cè)定隨機(jī)cDNA的序列.將來(lái)自該測(cè)序努力的EST對(duì)公共可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)例如GenBank中的稻谷DNA序列進(jìn)行BLASTed.進(jìn)行在美國(guó)專利6，274，319中更詳盡描述的使用Ka/Ks分析的配對(duì)比較.發(fā)現(xiàn)一個(gè)同源對(duì)，普通野生稻EST克隆編號(hào)9703和已知的數(shù)據(jù)庫(kù)中的稻谷，具有為1.5的Ka/Ks比率，表明為正選擇.相應(yīng)于普通野生稻克隆編號(hào)BG9703的多核苷酸編碼序列是核酸序列SEQIDNO:1,稱為普通野生稻EG9703多核苷酸，也稱為BG9703的祖先等位基因.同源物稻谷多核苷酸的多核苷酸編碼序列是核酸序列SEQIDNO:2,稱為稻谷多核苷酸，也在下面的實(shí)施方案中和本申請(qǐng)的其他地方稱為EG9703的衍生的等位基因或培育的等位基因.預(yù)測(cè)的由SEQIDN0:1編碼的多肽序列是多肽SEQIDNO:3，同源性稻谷多肽是多肽SEQIDNO:6.GenBank中發(fā)現(xiàn)的部分玉米EST顯示為SBQIDNO:41。實(shí)施例2.EG8798的發(fā)現(xiàn)。鑒定為實(shí)施例1中描述的正選擇的另一個(gè)同源序列對(duì)是普通野生稻EST克隆編號(hào)8798和已知的數(shù)據(jù)庫(kù)中的稻谷，發(fā)現(xiàn)其具有為3.7的Ka/Ks比率.相應(yīng)于普通野生稻克隆編號(hào)8798的部分基因的多核苷酸編碼序列是核酸序列SEQIDNO:7,稱為普通野生稻EG8798多核苷酸，也在下面的實(shí)施例中稱為祖先等位基因.編碼序列發(fā)現(xiàn)為SEQIDNO:8，相應(yīng)的多肽為SEQIDNO:9,同源稻谷多核苷酸的多核苷酸編碼序列是核酸序列SEQIDNO:10，稱為水稻EG8798多核苷酸，也在下面的實(shí)施方案中和本申請(qǐng)的其他地方稱為衍生的等位基因或培育的等位基因.相應(yīng)于SEQIDNO:10的編碼序列是SEQIDNO:11，相應(yīng)的肽是多肽SEQIDNO:12.實(shí)施例3.進(jìn)行BLAST以鑒定另外的同源物。將普通野生稻和稻谷的EG8798多核苷酸用于進(jìn)一步的BLASTGenBank以鑒定其他植物中的同源基因.通過(guò)該方法，鑒定了普通小麥EG8798基因、栽培大麥(AEG8798基因、高粱EG8798基因、甘蔗EG8798基因和珍珠栗EG8798基因.實(shí)施例4.確定稻谷品系和雜種中的EG9703和EG8798的基因型和統(tǒng)計(jì)分析從稻谷品系和雜種PCR擴(kuò)增EG9703和EG8798多核苷酸，確定其核酸序列.通常，發(fā)現(xiàn)高產(chǎn)品系和雜種具有EG9703的衍生等位基因，發(fā)現(xiàn)低產(chǎn)品系和雜種具有EG9703的祖先等位基因.發(fā)現(xiàn)被分析的所有品系和雜種具有EG8798的衍生的等位基因，表明該等位基因已固定在稻谷的培育的品系和雜種中.亊實(shí)上，除了普通野生稻外我們發(fā)現(xiàn)具有祖先等位基因的唯一的稻谷品種是非洲栽培稻(0.Wa6e/r/鵬)，該品種是在非洲培育的，獨(dú)立于基于亞洲水稻培育的。實(shí)施例5.統(tǒng)計(jì)學(xué)計(jì)算我們計(jì)算R2，通過(guò)就線路效應(yīng)(lineeffect)修正的單因素添加模型解釋的變異的比例。對(duì)于主要的正效應(yīng)，112對(duì)于產(chǎn)量在60%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于高度在46%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于倒伏在37%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于整粒在45%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于脫殼粒重在34%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于寬度在18%的范圍內(nèi)變化，對(duì)于ASV在30%(堿性擴(kuò)散值，當(dāng)與％直鏈淀粉酶組合時(shí)，產(chǎn)生淀粉指數(shù))和對(duì)于白堊在22%的范圍內(nèi)變化。這提供證據(jù)^^7W確實(shí)影響產(chǎn)量，即其是所謂的"產(chǎn)量"基因。實(shí)施例6.小麥、大麥、高粱、珍珠粟和甘蔗中EG8798的鑒定使用水稻EG8798序列通過(guò)BLAST在GenBank中搜索小麥、大麥、高粱和甘蔗基因組序列鑒定了表現(xiàn)為同源的至少7個(gè)小麥EST(包括目錄號(hào)CA742308、AL827514、CV762022、CA655855、CA689037、CA681856和CA734626)、幾個(gè)大麥EST(包括目錄號(hào)CD057439、BI950276、CA007363和BE216284)、6個(gè)高粱EST(包括目錄號(hào)CF431925、BM323835、BG605827、CD428819、C429277和BG412520)、一個(gè)珍珠粟EST(目錄號(hào)CD725289)和5個(gè)甘蔗EST(目錄號(hào)CA268008、CA181888、CA281730、CA264659和CA275998)。通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)方法設(shè)計(jì)允許成功擴(kuò)增小麥、大麥、高梁和甘蔗同源物的引物。小麥、大麥、高粱和甘蔗和玉米同源物的序列提供為SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDNO:41。現(xiàn)代面包小麥(Modernbreadwheat)是由3個(gè)基因組組成六倍體，因此可檢測(cè)到多于1個(gè)的EG8798表達(dá)拷貝。實(shí)施例7.表達(dá)特征通過(guò)使用RTPCR，我們?cè)趤?lái)自在生長(zhǎng)過(guò)程中22個(gè)時(shí)間點(diǎn)上采集的稻谷植物的葉子樣品中測(cè)量了相應(yīng)于EG9703、EG8798、EG307和EG1117的mRNA水平。圖1顯示許多正性狀例如產(chǎn)量、高度、倒伏、整粒(wholemill)、粒重、ASV、直鏈淀粉酶、白堊、寬度、開花期、L/W與EG9703和EG8798相關(guān)。圖2顯示在這些基因的表達(dá)在生長(zhǎng)的圓錐花序初始期期間協(xié)同增加，此時(shí)谷粒正在形成。圖2.4個(gè)正選擇的基因的表達(dá)特征。在圖2中，x軸代表植物生長(zhǎng)期(丫=營(yíng)養(yǎng)期，PI-圓錐花序初始期或生殖期)。y軸代表相對(duì)表達(dá)水平。這4個(gè)正選擇的基因的表達(dá)在生殖期期間最高，此時(shí)谷粒正在形成。該發(fā)現(xiàn)與這些基因在統(tǒng)計(jì)學(xué)上與谷粒產(chǎn)量相關(guān)以及它們是產(chǎn)量基因相符。實(shí)施例8.確定稻谷品系和雜種中的EG9703和EG8798的基因型和統(tǒng)計(jì)學(xué)分析從稻谷品系和雜種對(duì)EG9703和EG8798多核苷酸進(jìn)行PCR擴(kuò)增，確定其核酸序列。通常，發(fā)現(xiàn)高產(chǎn)品系和雜種具有EG9703的衍生等位基因，發(fā)現(xiàn)低產(chǎn)品系和雜交具有EG9703的祖先等位基因。發(fā)現(xiàn)被分析的所有品系和雜種具有EG8798的衍生等位基因，表明該等位基因已固定在稻谷的培育的品系和雜種中。事實(shí)上，除了普通野生稻外，我們發(fā)現(xiàn)具有祖先等位基因的的唯一稻谷品種是非洲栽培稻，其是在非洲培育的，獨(dú)立于基于亞洲的稻谷培育的。數(shù)據(jù)顯示于表II中。下列縮寫用于表II:Sdwtplot種子重量/plotpltcount植物計(jì)數(shù)(plantcount)Wtfilsd飽滿種子的重量Panclp圓錐花序/植物Til,分蘗數(shù)/植物Paneltil圓錐花序/分蘗Wtsd種子重量Fillsd飽滿種子的％sdwtlOOOiooo粒種子重量Totsd總種子Pctsd種子計(jì)數(shù)/圓錐花序Plength圓錐花序長(zhǎng)度sdlOOOdh1000粒種子重量(脫粒的)height植物高度adjyield調(diào)整的產(chǎn)量totwgt總重量tomilyld總的粒產(chǎn)量wmilyld整粒產(chǎn)量ERGT是指稻谷品系名稱。實(shí)施例9.確認(rèn)產(chǎn)量候選基因的有效性稻谷中的關(guān)聯(lián)分析。(重復(fù)的田間試驗(yàn))如W003/062382的實(shí)施例17中所描述的，關(guān)聯(lián)分析包括測(cè)定大量詳盡表征的稻谷品系中的各候選基因的序列以了解基因的某些等位基因是否與表型性狀相關(guān)。在104個(gè)稻谷品系中確定4個(gè)基因EG307、EG1117、EG9703和EG8798的基因型。所有104個(gè)稻谷品系和雜種以一式三份重復(fù)在一個(gè)生長(zhǎng)季節(jié)種植在一塊田中，經(jīng)歷相同的天氣和生長(zhǎng)條件。機(jī)械化收割植物。通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法計(jì)算^值以確定各基因的特定等位基因與性狀的相關(guān)性。數(shù)據(jù)示于表II中。實(shí)施例10.使用基因型作為標(biāo)記以進(jìn)行標(biāo)記輔助育種55在雜交中，使用當(dāng)?shù)仄贩N(landrace)品系以試圖將更好的抗旱性或抗蟲性引入優(yōu)良雜種(elitehybrid)，但不損失產(chǎn)量，篩選來(lái)自所述雜交的秧苗，只選擇包含EG8798或EG9703的最佳等位基因的秧苗。在低產(chǎn)近交系和高產(chǎn)近交系的雜交中，篩選來(lái)自該雜交的秧苗并且只選擇包含EG8798、EG9703的最佳等位基因的秧苗。表II<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table>輸入#白堊開花期:高度倒伏產(chǎn)量總的粒*，整粒9,00083,60095.200o，ooo8877.0000，625EGRT-2012,00083，50D86,900o，ooo日5B2，0310，632EGRT-212-66*776，667104.333o，ooo10218.3330,70B0，630EGRT-220,0008C，667103，0000,0008421，3330，7080，633EGRT-236，40090，00096，8570.0007501.B750-5S8EGRT"24EGRT-25EGRT-260.00078-66783*3330,0008009*3330,7050，6S7EGHT-27EGRT-28EGRT-2S28.00076,25090,000o,ooo852CK2S00.7050.566EGRT-30EGRT-3159.00088,333105,00063,0008209,7500.S390.457EGRT-322，6€7100-6670.00010931,3330，SB90*559EGRT-3325,33376,333108.33375.0008634，OOO0，7050*576EGRT-34is，ooo82.667116.33330.0007921，0000JO60-622EGRT-350.000S4,5€739-333O，OOO10094,000(KS800.635EGRT-36B0，S6710S.667o，ooo10387，6670，7150-57066<table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table>67輸入#>白堊開花期高度.倒伏，產(chǎn)量'總的粒，整粒EGRT-554*OO073,66778*33312.0004266,6670-6"0,51760.SOOBS，OOO84，5000*0000,6150，"7EGRT-57"，42985，S0074，0000,0005337-S450，576"76，20t)*70,&00o，ooo5109，45S0，7100，594EGRT-599*33373-66731，5007702，6670,590EC5RT-603"8682，6S77B-8330.0000-S97O，SOlEGRT-61103，00336，481S020,7140，6730.521EGRT-621S*S1276-617113，SSS13，B759654，3650-527EGRT-63lfl*73882，424104，7773，3123S64，B300.70S0，572EGRT-6420*26782，643107，50010，154115S1*7BSo，*m0.583EGRT-6527,93885*03110S，2673*41510842,8840.554EGRT-6615，12273,5737，1028310，7920,6340.5861B-"484，2524,27610585，右060,7020.60368輸々#白堊開花期高度.倒伏總的粒整粒；EGRT-6817.63480.003101.3803,74010482*2860.6940,547EGRT-S9EGRT-7022，13776-578103,3598，39610"5，47Q0,6950,560EGRT-7118，13180,042107.8613，2161065B，43S0，7110.601EGRT-723，808100，4664,4087SS1，0470*6790.580EGRT-73EGRT-74EGRT-75EGRT-76EGRT-7715，13379.543110，25911380.0230*7090-609EGRT-7B69<table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table>輸入#1白堊開花期高度倒伏產(chǎn)量總的粒，整粒.EGRT、30EGRT-31EGRT-$5EGRT-S6EGRT-S7EGRT-9BEGRT-9SEGRT-10071<table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table>權(quán)利要求1.用于鑒定與植物的產(chǎn)量相關(guān)的多核苷酸序列的方法，其包括步驟a)將植物多核苷酸序列的至少部分與至少一個(gè)包含選自EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列的多核苷酸的至少部分的多核苷酸進(jìn)行比較；和b)鑒定植物中的至少一個(gè)多核苷酸序列，所述多核苷酸序列與包含選自EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列的多核苷酸的至少部分的多核苷酸相比，具有至少一個(gè)核苷酸變化，其中所述鑒定的多核苷酸序列與植物的產(chǎn)量相關(guān)。2.權(quán)利要求1的方法，其中EG8798多核苷酸序列和EG9703多核苷酸序列選自a)SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41和b)具有對(duì)a)中的多核苷酸序列至少大約70%的序列同一性的多核苷酸.3.權(quán)利要求l的方法，其中植物多核苷酸序列是基因組DNA。4.權(quán)利要求l的方法，其中植物多核苷酸序列是cDNA,5.權(quán)利要求1的方法，其中EG9703或EG8798多核苷酸序列與植物的增加的產(chǎn)量相關(guān).6.權(quán)利要求5的方法，其中所迷增加的產(chǎn)量是相對(duì)于來(lái)自相同屬的具有第二EG9703或EG8798多核苷酸序列的第二植物的增加的產(chǎn)量，所述笫二EG9703或EG8798多核苷酸序列與來(lái)自植物的EG9703或EG8798多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化，7.權(quán)利要求l的方法，其中植物選自玉蜀黍(Zeamaysmays)、水稻(Oryzasativa)、普通小麥(Triticumaestivum)、大麥(Hordeumvulgare)、甘蘼(Saccharumofficinarum)、兩色蜀黍(Sorghumbicolor)和珍珠栗(Pennisetumtyphoides),8.權(quán)利要求l的方法，其中植物選自培育的植物的野生型祖先植物，所述培育的植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠栗.9.權(quán)利要求8的方法，其中植物是普通野生稻(Oryzarufipogon)。10.—種分離的多核苷酸，其選自a)包含選自SEQIDNO:1、SEQIDN0:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸，和b)具有對(duì)a)的多核苷酸至少大約70%的同源性、并且賦予與a)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸.11.一種分離的多舦，其選自a)由包含選自SEQIDNO:1;SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDNO:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸編碼的多肽；b)由具有對(duì)a)中的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列同一性、并且賦予與a)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸編碼的多肽；c)包含選自SEQIDNO:3、SEQIDNO:6、SEQIDNO:9和SEQIDNO:12的多肽的至少部分的多肽；和d)包含具有對(duì)c)的多肽至少大約75%的序列同一性的多肽的至少部分并且賦予與c)的多肽基本上相同的產(chǎn)量的多肽.12.植物細(xì)胞，其包含編碼EG8798或EG9703多肽的異源DNA，其中所述多肽能夠增加植物的產(chǎn)量，其中所述多肽選自a)包含由選自SEQIDNO:1;SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDNO:41的多核苷酸編碼的多肽的至少部分的多肽；b)由具有對(duì)a)中的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列同一性的多核苷酸編碼的多肽；c)包含選自SEQIDNO:3、SEQIDNO:6、SEQIDNO:9和SEQIDNO:12的多肽的至少部分的多肽；和d)包含具有對(duì)c)的多肽的至少部分至少大約75%的序列同一性的多肽的多肽.13.包含權(quán)利要求12的轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞的轉(zhuǎn)基因植物的繁殖材料。14.包含編碼在植物組織中表達(dá)的EG8798或EG9703多肽的異源DNA的轉(zhuǎn)基因植物，其中所述多核苷酸能夠增加植物的產(chǎn)量，其中所述多肽選自；a)包含由選自SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDNO:41的多核苷酸編碼的多肽的至少部分的多肽；b)由具有對(duì)a)中的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列同一性的多核苷酸編碼的多肽；c)包含選自SEQIDNO:3、SEQIDNO:6、SEQIDNO:9和SEQIDNO:12的多肽的至少部分的多肽；和d)包舍具有對(duì)c)的多肽的至少部分至少大約75%的序列同一性的多肽的多肽.15.包含與編碼植物組織中的EG8798或EG9703基因的多核苷酸有效連接的啟動(dòng)子的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸能夠增加植物的產(chǎn)量，其中所述多核苷酸選自a)包含選自SEQIDNO:1;SEQIDNO:2;SEQIDNO:4;SEQIDNO:5;SEQIDNO:7;SEQIDNO:8;SEQIDNO:10;SBQIDNO:11;SEQIDNO:13;SEQIDNO:14;SEQIDNO:15;SEQIDNO:16;SEQIDNO:17;SEQIDNO:18;SEQIDNO:19;SEQIDNO:20;SEQIDNO:21;SEQIDNO:22;SEQIDNO:23;SEQIDNO:24;SEQIDNO:25;SEQIDNO:26;SEQIDNO:27;SEQIDNO:28;SEQIDNO:29;SEQIDNO:30;SEQIDNO:31;SEQIDNO:32;SEQIDNO:33;SEQIDNO:34;SEQIDNO:35;SEQIDNO:36;SEQIDNO:37;SEQIDNO:38;SEQIDNO:39;SEQIDNO:40;SEQIDNO:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸；和b)具有對(duì)a)中的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列一致性的多核苷酸。16.權(quán)利要求15的分離的多核苷酸，其中所述多核苷酸是重組多核普酸。17.權(quán)利要求16的多核苷酸，其進(jìn)一步包含對(duì)于EG8798或EG9703基因是天然的啟動(dòng)子.18.轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，其包括用構(gòu)建體轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，所述構(gòu)建體包含與編碼報(bào)告蛋白的多核苷酸有效連接的、來(lái)自EG8798或EG9703多核苷酸的啟動(dòng)子、增強(qiáng)子或內(nèi)含子多核苷酸或其任何組合，其中所述EG8798和EG9703多核苷酸能夠增加植物的產(chǎn)量，其中所述EG8798或EG9703多核苷酸選自a)包含選自SBQIDNO:l、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸，和b)具有對(duì)a)中的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列同一性的多核苷酸.19.確定植物是否具有包含EG8798序列的特定多核苷酸序列的方法，其包括步驟a)將所述植物的多核苷酸序列的至少部分與包含選自下列序列的多核苷酸的多核苷酸比較，所述下列序列是(i)包含選自SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SBQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40和SEQIDNO:41的多核苷酸的至少部分的多核苷酸；和(ii)包含具有對(duì)(i)的多核苷酸的至少部分至少大約70%的序列同一性的多核苷酸并且賦予與(i)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸，其中一種或更多種a)的多核苷酸是特定的多核苷酸；和b)鑒定植物是否包含特定的多核苷酸。20.權(quán)利要求19的方法，其中植物多核苷酸序列是基因組DNA.21.權(quán)利要求19的方法，其中植物多核苷酸序列是cDNA,22.權(quán)利要求19的方法，其中EG8798多核苷酸序列與植物的增加的產(chǎn)量相關(guān).23.權(quán)利要求22的方法，其中所述增加的產(chǎn)量是相對(duì)于來(lái)自相同屬的具有笫二EG8798多核苷酸序列的第二植物的增加的產(chǎn)量，所述第二EG8798多核苷酸序列與來(lái)自植物的EG8798多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化.24.權(quán)利要求22的方法，其中植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟.25.權(quán)利要求23的方法，其中第二植物選自培育的植物的野生型祖先植物，所述培育的植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟.26.確定植物是否具有包含EG9703序列的特定多核苷酸序列的方法，其包括步猓a)將所述植物的多肽編碼核苷酸序列的至少大約部分與選自下列序列的多核苷酸序列比較以獲得特定的多核苷酸序列，所述下列序列是(i)包含選自SEQIDN0:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5的多核苷酸的至少部分的多核苷酸；和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸的至少部分至少大約70。/。的序列同一性并且賦予與(i)的多核苷酸基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸；和b)鑒定植物是否包含特定的多核苷酸。27.權(quán)利要求26的方法，其中植物多核苷酸序列是基因組DM。28.權(quán)利要求26的方法，其中植物多核苷酸序列是cDNA。29.權(quán)利要求26的方法，其中EG9703多核苷酸序列與植物的增加的產(chǎn)量相關(guān).30.權(quán)利要求29的方法，其中所述增加的產(chǎn)量是相對(duì)于來(lái)自相同屬的具有笫二EG9703多核苷酸序列的第二植物的增加的產(chǎn)量，所述第二EG9703多核苷酸與來(lái)自植物的EG9703多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化.31.權(quán)利要求26的方法，其中植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟。32.權(quán)利要求31的方法，其中笫二植物選自培育的植物的野生型祖先植物，所述培育的植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟。33.就特定的EG8798多核苷酸序列進(jìn)行的植物的標(biāo)記輔助育種的方法，其包括步猓a)對(duì)于至少一林植物，將所述植物的核苷酸序列的至少部分與特定的BG8798多核脊酸序列的至少部分比較，所述EG8798多核苷酸序列包含選自下列序列的多核苷酸序列(U選自SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41的多核苷酸，和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且賦予與(i)的多肽基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸；b)鑒定植物是否包含特定的多核苷酸序列；和c)培育包含特定的多核苷酸序列的植物以產(chǎn)生后代.34.權(quán)利要求33的方法，其中植物多核苷酸序列是基因組DNA。35.權(quán)利要求33的方法，其中植物多核苷酸序列是cDM.36.權(quán)利要求33的方法，其中EG8798多核苷酸序列與植物的增加的產(chǎn)量相關(guān).37.權(quán)利要求36的方法，其中所述增加的產(chǎn)量是相對(duì)于來(lái)自相同屬的具有笫二EG8798多核苷酸序列的第二植物的增加的產(chǎn)量，所述笫二EG8798多核苷酸序列與來(lái)自植物的EG8798多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化。38.權(quán)利要求33的方法，其中植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟.39.權(quán)利要求37的方法，其中第二植物選自培育的植物的野生型祖先植物，所述培育的植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟，40.針對(duì)特定的EG9703多核苷酸序列的植物的標(biāo)記輔助育種的方法，其包括步驟a)對(duì)于至少一林植物，將所迷植物的核苷酸序列的至少部分與特定的EG9703多核苷酸序列的至少部分比較，所述EG9703多核苷酸序列選自(i)包含選自SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5的多核苷酸的多核苷酸;和(ii)具有對(duì)(i)的多核苷酸至少大約70%的序列同一性并且賦予與(i)的多肽基本上相同的產(chǎn)量的多核苷酸；b)鑒定植物是否包含特定的多核苷酸；和c)培育包含特定的多核苷酸序列的植物以產(chǎn)生后代.41.權(quán)利要求38的方法，其中植物多核苷酸序列是基因組DNA.42.權(quán)利要求38的方法，其中植物多核苷酸序列是cDM。43.權(quán)利要求38的方法，其中EG9703多核苷酸序列與植物的增加的產(chǎn)量相關(guān).44.權(quán)利要求41的方法，其中所述增加的產(chǎn)量是相對(duì)于來(lái)自相同屬的具有第二EG9703多核苷酸序列的笫二植物的增加的產(chǎn)量，所述第二EG9703多核苷酸與來(lái)自植物的EG9703多核苷酸序列相比具有至少一個(gè)核苷酸變化。45.權(quán)利要求38的方法，其中植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟.46.權(quán)利要求14的方法，其中第二植物選自培育的植物的野生型祖先植物，所述培育的植物選自玉蜀黍、水稻、普通小麥、大麥、甘蔗、兩色蜀黍和珍珠粟。全文摘要本發(fā)明提供了用于鑒定可以與植物的商業(yè)相關(guān)性狀相關(guān)的多核苷酸和多肽序列(特別地，所鑒定的稻谷、玉米、小麥、大麥、高粱和甘蔗的產(chǎn)量相關(guān)基因EG9703和EG8798的多核苷酸和多肽序列)的方法。所鑒定的序列用于增強(qiáng)培育的植物或野生型祖先植物的商業(yè)想要的性狀、鑒定相關(guān)的多核苷酸序列、確定植物的基因型和標(biāo)記輔助育種。所鑒定的序列還可用于產(chǎn)生異源DNA、轉(zhuǎn)基因植物和轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞。文檔編號(hào)C12N15/113GK101501192SQ200680040699公開日2009年8月5日申請(qǐng)日期2006年9月5日優(yōu)先權(quán)日2005年9月2日發(fā)明者W·梅西爾申請(qǐng)人:進(jìn)化基因組學(xué)公司