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一種基于代謝組學技術(shù)診斷肝癌的模型的制作方法

文檔序號:11824146閱讀:216來源:國知局

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,是一種可用于早期肝癌診斷的模型,為肝癌的早期診斷提供了實驗基礎(chǔ)。



背景技術(shù):

肝癌(liver cancer)即肝臟惡性腫瘤,是死亡率僅次于胃癌、食道癌的第三大常見惡性腫瘤,肝癌起病常隱匿,多在肝病隨訪中或體檢普查中應(yīng)用AFP及B超檢查偶然發(fā)現(xiàn)肝癌。此時病人既無癥狀,體格檢查亦缺乏腫瘤本身的體征,此期稱之為亞臨床期。早期癥狀:肝癌從第一個癌細胞形成發(fā)展到有自覺癥狀,大約需要2年時間,在此期間,病人可無任何癥狀或體征,少數(shù)病人會出現(xiàn)食欲減退,上腹悶脹、乏力等,有些病人可能輕度肝腫大。肝癌一旦出現(xiàn)癥狀,而來就診者其病程大多已進入中晚期。中、晚期癥狀:肝癌的典型癥狀和體征一般出現(xiàn)于中、晚期,主要有肝痛、乏力、消瘦、黃疸、腹水等。臨床上一般采取西醫(yī)的手術(shù)、放化療與中藥結(jié)合療法,但晚期患者因癌細胞擴散而治愈率較低,因此做到肝癌的早期發(fā)現(xiàn)、早期診斷、早期治療具有非常重要的意義。

系統(tǒng)生物學包括基因組學、蛋白質(zhì)組學和代謝組學等。代謝組學是對生物體內(nèi)所有代謝物進行定量分析,并尋找代謝物與生理病理變化的相對關(guān)系的研究方式。其研究對象大都是相對分子質(zhì)量1000以內(nèi)的小分子物質(zhì)。代謝組學的分析技術(shù)包括GC-MS(氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用)、LC-MS(液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用)、NMR(核磁共振)等。

本發(fā)明利用代謝組學技術(shù),建立了一種可用于早期診斷肝癌的模型,為肝癌的早期診斷提供了實驗基礎(chǔ)。



技術(shù)實現(xiàn)要素:

本發(fā)明利用代謝組學平臺,檢測早期肝癌患者和正常人血清的代謝物輪廓,利用軟件分析早期肝癌患者與正常人血清不同的代謝產(chǎn)物,發(fā)現(xiàn)新的早期肝癌相關(guān)性有機物,用于診斷早期肝癌。

本發(fā)明將早期肝癌患者和健康人血清分別利用Agilent公司的GC-MS和NMR進行上機檢測,得到原始數(shù)據(jù),對原始數(shù)據(jù)校正后運用統(tǒng)計學的方法計算每種化合物在不同組樣品中差異的顯著性,以p值0.05,r值0.6做為閾值,判斷p值小于閾值,r值大于閾值的化合物為檢測含量有顯著性差異的化合物,篩選出在兩組中有顯著差異的化學位移PPM值。根據(jù)獲得的PPM值從HMDB庫中找出相匹配的化合物。然后進行多元統(tǒng)計分析,多元統(tǒng)計分析是可以將分散在n維變量上的代謝指紋圖譜信息集中到某幾個綜合指標上的統(tǒng)計分析方法。通過這個分析可以初步判斷樣品之間的關(guān)系,最后確定出差異的標志性代謝峰有5個,其化學位移PPM值分別為1.33、2.12、2.86、7.06、7.83。利用這5種代謝物,將受檢人血清中相應(yīng)的物質(zhì)的濃度與本發(fā)明模型的平均濃度逐一進行比對,可為早期肝癌的診斷提供指導。

模型的檢測方法如下:

1. 樣品采集

分別采集早期肝癌患者和正常人的外周靜脈血,靜置,離心后,取上清液置于-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

2.色譜條件優(yōu)化

包括色譜流動相的選擇,流動相梯度條件的優(yōu)化,以及色譜柱溫度和最佳流速的優(yōu)化,以達到最佳的分離效果。

3.質(zhì)譜條件優(yōu)化

包括離子源類型的選擇及其參數(shù)的設(shè)定,使得峰圖更加優(yōu)化。

4.預(yù)實驗及上樣檢測

取預(yù)處理后的血清樣品注入進樣孔,進行相關(guān)系數(shù)的設(shè)置。

5.測試報告的分析

獲得的原始數(shù)據(jù)經(jīng)數(shù)據(jù)校正后,運用多元統(tǒng)計分析方法,將偏離較大的物質(zhì)剔除掉,最后得到標志性差異代謝物。

具體實施方式

1.材料

1.1 樣品采集

分別使用抗凝管采集正常組和早期肝癌組靜脈血1ml,在4℃冰箱中靜置30min后離心(4000rpm,5min)。取200ul上清液分裝于低吸附離心管中,-80℃冰箱中保存,備用。

1.2 所需主要試劑與儀器

乙腈、氯苯丙氨酸、甲醇、硅烷化衍生試劑等均購自上?;瘜W試劑公司。GC-MS系統(tǒng)和NMR系統(tǒng)購自Agilent公司。

2. 方法

2.1 高豐度蛋白的去除

樣品室溫下融化,加入100ul的乙腈,渦旋混勻1min后超聲波萃取2min。形成的懸浮液再離心14000rpm,10min,10℃。取200ul上清液加入400ul,PH=7.4的磷酸緩存溶液置于核磁檢測管中。

2.2 正式實驗

將樣品一個一個地放入NMR檢測器中,獲得圖譜,得到原始數(shù)據(jù)。

2.3 數(shù)據(jù)分析

對原始數(shù)據(jù)進行校正,以p值0.05和r值0.6為閾值,運用多元統(tǒng)計學方法找出差異明顯的物質(zhì),最后得到5種標志性差異代謝物:PPM值分別為1.33、2.12、2.86、7.06、7.83。利用這5種物質(zhì),將受檢人血清中相應(yīng)的物質(zhì)的濃度與本發(fā)明模型逐一進行比對,可為肝癌的早期診斷提供輔助指導。

實驗實例

取受檢者血清,經(jīng)檢驗得到其代謝產(chǎn)物圖譜,得到PPM值分別為1.33、2.12、2.86、7.06、7.83的特異代謝物的含量,與本實驗中的對應(yīng)樣品的平均含量進行比較,若含量近似為本模型平均含量的2倍,則為早期肝癌組,否則為正常組。

以上是對本發(fā)明的描述而非限定,基于本發(fā)明思想的其它實施方式,均在本發(fā)明的保護范圍之中。

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