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一種鑒定雞細小病毒和禽呼腸孤病毒的引物組合及其應用_3

文檔序號:9804676閱讀:來源:國知局
為 0 · 4pmol/iiL〇
[0120] 反應體系VI:ChPV-F和ChPV-R的濃度均為0.48?111〇1/^41^4和八1^-1?的濃度均為 0.32pmol/yL〇
[0121] 反應體系VII:ChPV-F和ChPV-R的濃度均為0.56口111〇1/^1^41^-?和厶1^-1?的濃度均 為0.24pmolAiL。
[0122] 反應體系VIII:ChPV-F和ChPV-R的濃度均為0.64口111〇1/^41^4和41^-1?的濃度均 為0·16pmol/yL。
[0123] 反應體系IX: ChPV-F和ChPV-R的濃度均為0.72pmolAiL,ARV-F和ARV-R的濃度均為 0.08pmol/yL〇
[0124] 二重 PCR 的反應程序:95°C 預變性 51^11;95°(:1111丨11、56.1°(:1111丨11、72°(:1111丨11,進行35 個循環(huán);72°C延伸lOmin。
[0125] 將二重PCR的擴增產物進行1.2%瓊脂糖凝膠電泳并拍照。
[0126] 設置用等體積水代替混合樣本的陰性對照;陰性對照相應的反應體系中,ChPV-F 和 ChPV-R 的濃度均為 0.4pmolAiL,ARV-F 和 ARV-R 的濃度均為 0.4pmolAiL。
[0127] 結果見圖1。圖1中,泳道1-9依次對應采用反應體系I-IX時得到的二重PCR的擴增 產物,Μ對應100bp DNA Marker,N對應陰性對照的二重PCR的擴增產物。綜合考慮引物對I和 引物對Π 的擴增效果,最佳引物濃度組合為:ChPV-F和ChPV-R的濃度均為0.4pmolAiL,ARV-F和ARV-R的濃度均為0.4pmolAiL。
[0128] 三、退火溫度的優(yōu)化
[0129] 取步驟一得到的混合樣本,作為模板,采用實施例1制備的引物組合進行二重PCR。 [0130] 二重PCR的反應體系(25.0yL):包含2XPCR Mix 12.5yL,步驟一得到的混合樣本 2.0yL(2. OyL混合樣本中,雞細小病毒的基因組DNA的含量為0.58ng,禽呼腸孤病毒的cDNA 的含量為〇.53ng),引物對I和引物對II,最后用ddH20補足至25.0yL。二重PCR的反應體系 中,ChPV-F 和 ChPV-R 的濃度均為 0 · 4pmolAiL,ARV-F 和 ARV-R 的濃度均為 0 · 4pmol/yL。
[0131] 二重 PCR 的反應程序:95 °C 預變性 5min; 95 °C lmin、退火 lmin、72 °C lmin,進行 35 個 循環(huán);72°C延伸lOmin。
[0132] 分別設置如下退火溫度:
[0133] 退火溫度 I:50.0°C;
[0134] 退火溫度II :50.7°C;
[0135] 退火溫度III :51.9°C;
[0136] 退火溫度 IV:53.8°C;
[0137] 退火溫度 V:56.1°C;
[0138] 退火溫度VI :58.0°C;
[0139] 退火溫度VII :59.2°C;
[0140] 退火溫度 VII 1:60. (TC。
[0141] 將二重PCR的擴增產物進行1.2%瓊脂糖凝膠電泳并拍照。
[0142] 設置用等體積水代替混合樣本的陰性對照,其相應的退火溫度為56.1°C。
[0143] 結果見圖2,圖2中,泳道1-8依次對應退火溫度I-VIII時得到的二重PCR的擴增產 物,Μ對應100bp DNA Marker,N對應陰性對照的二重PCR的擴增產物。綜合考慮引物對I和引 物對II的擴增效果,最佳退火溫度為56.1°C。
[0144] 綜合步驟二和步驟三,得到如下結論:二重PCR反應體系中,ChPV-F和ChPV-R的優(yōu) 選濃度均為〇. 4pmolAiL,ARV-F和ARV-R的優(yōu)選濃度均為0.4pmolAiL;二重PCR的優(yōu)選反應程 序為:95°C 預變性 5min;95°C lmin、56 · 1 °C lmin、72°C lmin,進行 35 個循環(huán);72°C 延伸 10min。
[0145] 實施例3、特異性
[0146] 1、提取待測樣本的基因組DNA。待測樣本分別為:雞細小病毒(ChPV)、馬立克病毒 (MDV)、傳染性喉氣管炎病毒(ILTV)。
[0147] 2、提取待測樣本的總RNA,并反轉錄成cDNA。待測樣本分別為:禽呼腸孤病毒 (ARV)、雞新城疫病毒(NDV)、H9亞型禽流感病毒(AIV H9)、傳染性支氣管炎病毒(IBV)。
[0148] 3、分別將步驟1得到的各個基因組DNA樣本、步驟2得到的各個cDNA樣本以及實施 例2的步驟一得到的混合樣本作為模板,采用實施例1制備的引物組合進行二重PCR。
[0149] 二重PCR的反應體系(25.0yL):包含2XPCR Mix 12.5yL,模板2.0yL,引物對I和引 物對II,最后用ddH20補足至25. OyL。二重PCR的反應體系中,ChPV-F和ChPV-R的濃度均為 0.4pmolAiL,ARV-F和ARV-R的濃度均為0.4pmolAiL。設置用等體積水代替混合樣本的陰性 對照。
[0150] 模板為步驟1得到的各個基因組DNA樣本時,2. OyL模板中的DNA含量0.58ng;
[0151] 模板為步驟2得到的各個cDNA樣本時,2. OyL模板中的DNA含量0.53ng;
[0152] 模板為實施例2的步驟一得到的混合樣本時,2 . OyL模板中雞細小病毒的基因組 DNA的含量為0.58ng、禽呼腸孤病毒的cDNA的含量為0.53ng。
[0153] 二重 PCR 的反應程序:95°C 預變性 51^11;95°(:1111丨11、56.1°(:1111丨11、72°(:1111丨11,進行35 個循環(huán);72°C延伸lOmin。
[0154] 將二重PCR的擴增產物進行1.2%瓊脂糖凝膠電泳并拍照。
[0155] 結果見圖3。圖3中,1為混合樣本的二重PCR的擴增產物,2為ARV的cDNA的二重PCR 的擴增產物,3為ChPV的基因組DNA的二重PCR的擴增產物,4為NDV的cDNA的二重PCR的擴增 產物,5為MDV的基因組DNA的二重PCR的擴增產物,6為AIV H9的cDNA的二重PCR的擴增產物, 7為IBV的cDNA的二重PCR的擴增產物,8為ILTV的基因組DNA的二重PCR的擴增產物,Μ對應 100bp DNA Marker,N對應陰性對照的二重PCR的擴增產物。結果表明,ChPV擴增出204bp的 特異性條帶(經測序,如序列表的序列5所示),ARV擴增出405bp的特異性條帶(經測序,如序 列表的序列6所示),而NDV、MDV、AIV H9、IBV、ILTV均無特異性條帶出現(xiàn)。
[0156] 實施例4、敏感性
[0157] -、制備模板
[0158] 1、提取雞細小病毒的基因組DNA,得到DNA濃度為58.2ng/yL的DNA溶液。
[0159] 2、提取禽呼腸孤病毒的總RNA,并反轉錄成cDNA,得到DNA濃度為53.0ngAiL的DNA 溶液。
[0160] 3、將步驟1得到的DNA溶液和步驟2得到的DNA溶液混合。
[0161 ] 4、用ddH20 10倍梯度稀釋步驟3得到的混合液,得到各個稀釋液。
[0162] 二、敏感性的檢測
[0163] 將步驟一得到的稀釋液作為模板,采用實施例1制備的引物組合進行二重PCR。
[0164] 二重PCR的反應體系(25.0yL):包含2XPCR Mix 12.5yL,步驟一得到的稀釋液1μ L,引物對I和引物對II,最后用ddH20補足至25.OyL。二重PCR的反應體系中,ChPV-F和ChPV-R的濃度均為〇.4pmolAiL,ARV-F和ARV-R的濃度均為0.4pmolAiL。設置用等體積水代替混合 樣本的陰性對照。
[0165] 由于采用的稀釋液的稀釋度不同,形成如下不同的反應體系:
[0166] 反應體系1中,雞細小病毒DNA的初始含量為58.2ng、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為53.0ng;
[0167] 反應體系2中,雞細小病毒DNA的初始含量為5.8ng、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為5.3ng;
[0168] 反應體系3中,雞細小病毒DNA的初始含量為582pg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為530pg;
[0169] 反應體系4中,雞細小病毒DNA的初始含量為58pg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量為 53pg;
[0170] 反應體系5中,雞細小病毒DNA的初始含量為5.8pg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為5.3pg;
[0171] 反應體系6中,雞細小病毒DNA的初始含量為582fg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為530fg;
[0172] 反應體系7中,雞細小病毒DNA的初始含量為58fg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量為 53fg;
[0173] 反應體系8中,雞細小病毒DNA的初始含量為5.8fg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為5.3fg;
[0174] 反應體系9中,雞細小病毒DNA的初始含量為0.58fg、禽呼腸孤病毒DNA的初始含量 為0.53fg。
[0175] 二重 PCR 的反應程序:95°C 預變性 51^11;95°(:1111丨11、56.1°(:1111丨11、72°(:1111丨11,進行35 個循環(huán);72°C延伸lOmin。
[0176] 將二重PC
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