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預(yù)測(cè)淋巴瘤對(duì)藥物的反應(yīng)性的方法以及治療淋巴瘤的方法與流程

文檔序號(hào):40406095發(fā)布日期:2024-12-20 12:29閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法,該方法包括:

2.如權(quán)利要求1所述的方法,該方法進(jìn)一步包括向該淋巴瘤患者施用第二癌癥治療。

3.如權(quán)利要求1或2所述的方法,其中步驟(a)包括生成定義這些參考生物樣品中該至少一種基因表達(dá)水平之間關(guān)系的聚類(lèi)信息,并基于該聚類(lèi)信息重新排列熱圖展示。

4.如權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法,其中步驟(a)采用分層方法或非分層方法。

5.如權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法,其中步驟(a)使用iclusterplus方法。

6.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的方法,其中這些參考淋巴瘤患者被聚類(lèi)至2-12個(gè)亞組中。

7.如權(quán)利要求6所述的方法,其中這些參考淋巴瘤患者被聚類(lèi)至7個(gè)亞組中。

8.如權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)所述的方法,其中該方法進(jìn)一步包括使用這些參考生物樣品中該至少一種基因的表達(dá)水平訓(xùn)練分類(lèi)器模型。

9.如權(quán)利要求1-8中任一項(xiàng)所述的方法,其中該至少一種基因選自表1的基因,任選地其中該至少一種基因包含表1的五種或更多種基因。

10.如權(quán)利要求9所述的方法,其中該至少一種基因包含表1的所有基因。

11.如權(quán)利要求8—10中任一項(xiàng)所述的方法,其中該分類(lèi)器模型是分組多項(xiàng)式廣義線性模型(glm)。

12.如權(quán)利要求8—11中任一項(xiàng)所述的方法,其中該分類(lèi)器模型是二元模型。

13.如權(quán)利要求8-12中任一項(xiàng)所述的方法,其中該方法進(jìn)一步包括為步驟(a)的至少一個(gè)亞組設(shè)置閾值置信水平,以從該至少一個(gè)亞組中排除得出較低置信水平聚類(lèi)數(shù)據(jù)的患者。

14.如權(quán)利要求1-13中任一項(xiàng)所述的方法,其中該淋巴瘤選自由以下組成的組:彌漫性大b細(xì)胞淋巴瘤(dlbcl)、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性皮膚型淋巴瘤、蕈樣肉芽腫、慢性淋巴細(xì)胞性白血病和套細(xì)胞淋巴瘤。

15.如權(quán)利要求14所述的方法,其中該淋巴瘤是dlbcl。

16.如權(quán)利要求14所述的方法,其中該淋巴瘤是惰性b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤或慢性淋巴細(xì)胞性白血病。

17.根據(jù)權(quán)利要求1—16中任一項(xiàng)所述的方法,其中該參考患者組中的這些參考患者被聚類(lèi)至亞組a1-a7中,并且其中:

18.如權(quán)利要求1-17中任一項(xiàng)所述的方法,其中該第一癌癥治療是使用利妥昔單抗、環(huán)磷酰胺、多柔比星、長(zhǎng)春新堿和強(qiáng)的松(r—chop)的聯(lián)合治療。

19.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a1時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

20.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a2時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

21.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a3時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

22.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a4時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

23.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a5時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

24.如權(quán)利要求1—18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a6時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

25.如權(quán)利要求1-18中任一項(xiàng)所述的方法,其中當(dāng)確定該淋巴瘤患者屬于亞組a7時(shí),該方法包括預(yù)測(cè)該患者不太可能對(duì)該第一癌癥治療有反應(yīng)。

26.如權(quán)利要求2-25中任一項(xiàng)所述的方法,其中該第二癌癥治療是r-chop。

27.如權(quán)利要求2-25中任一項(xiàng)所述的方法,其中該第二癌癥治療不是r-chop。

28.如權(quán)利要求27所述的方法,其中該第二癌癥治療是溴結(jié)構(gòu)域和超末端(bet)抑制劑或細(xì)胞周期蛋白依賴(lài)性激酶(cdk)抑制劑。

29.一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法,該方法包括:

30.一種用于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法,該方法包括:

31.一種治療淋巴瘤患者的方法,該方法包括:

32.一種治療淋巴瘤患者的方法,該方法包括:

33.如權(quán)利要求30-32中任一項(xiàng)所述的方法,其中該癌癥治療是r-chop。

34.根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法,其中該替代癌癥治療是bet抑制劑或cdk抑制劑。

35.如權(quán)利要求28-34中任一項(xiàng)所述的方法,其中該淋巴瘤選自由以下組成的組:dlbcl、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性皮膚型淋巴瘤、蕈樣肉芽腫、慢性淋巴細(xì)胞性白血病和套細(xì)胞淋巴瘤。

36.如權(quán)利要求35所述的方法,其中該淋巴瘤是dlbcl。

37.如權(quán)利要求35所述的方法,其中該淋巴瘤是dlbcl、惰性b細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、淋巴結(jié)邊緣區(qū)b細(xì)胞淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤或慢性淋巴細(xì)胞性白血病。

38.如權(quán)利要求29-37中任一項(xiàng)所述的方法,其中表1的全部基因的表達(dá)水平在(a)中確定并在(b)中進(jìn)行比較。

39.如權(quán)利要求1—38中任一項(xiàng)所述的方法,其中這些生物樣品是腫瘤活檢樣品。

40.如權(quán)利要求1-39中任一項(xiàng)所述的方法,其中確定該至少一種基因的表達(dá)水平包括檢測(cè)這些生物樣品中的至少一種復(fù)合物的存在或量,其中該至少一種復(fù)合物的存在或量指示該至少一種基因的表達(dá)水平。

41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法,其中該至少一種復(fù)合物是雜交復(fù)合物。

42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法,其中該至少一種復(fù)合物被可檢測(cè)地標(biāo)記。

43.如權(quán)利要求1-39中任一項(xiàng)所述的方法,其中確定該至少一種基因的表達(dá)水平包括檢測(cè)這些生物樣品中的至少一種反應(yīng)產(chǎn)物的存在或量,其中該至少一種反應(yīng)產(chǎn)物的存在或量指示該至少一種基因的表達(dá)水平。

44.如權(quán)利要求43所述的方法,其中該至少一種反應(yīng)產(chǎn)物被可檢測(cè)地標(biāo)記。

45.如權(quán)利要求1-44中任一項(xiàng)所述的方法,其中該參考淋巴瘤患者是難治性dlbcl患者、復(fù)發(fā)性dlbcl患者或新診斷的dlbcl患者。

46.如權(quán)利要求1-45中任一項(xiàng)所述的方法,其中該淋巴瘤患者是難治性dlbcl患者、復(fù)發(fā)性dlbcl患者或新診斷的dlbcl患者。

47.如權(quán)利要求1-46中任一項(xiàng)所述的方法,其中該淋巴瘤患者是gcb?dlbcl患者或abcdlbcl患者。

48.如權(quán)利要求1-47中任一項(xiàng)所述的方法,其中該淋巴瘤患者是dhitsig+dlbcl患者或dhitsig-dlbcl患者。


技術(shù)總結(jié)
本文提供了預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性的方法,該方法包括使用基因表達(dá)水平將患者聚類(lèi)至患者亞組中。本文還提供了基于預(yù)測(cè)淋巴瘤患者對(duì)癌癥治療的反應(yīng)性來(lái)治療該淋巴瘤患者的方法。

技術(shù)研發(fā)人員:M·斯托克斯,A·甘地,C·C·黃
受保護(hù)的技術(shù)使用者:新基公司
技術(shù)研發(fā)日:
技術(shù)公布日:2024/12/19
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