1.一種無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前胎兒α型地貧基因突變檢測(cè)文庫(kù)構(gòu)建方法,所述文庫(kù)用于通過高通量測(cè)序進(jìn)行無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前胎兒α型地貧基因突變的檢測(cè),其特征在于,所述方法包括:
(a)對(duì)母體外周血游離DNA連接帶有特異標(biāo)簽序列和任選的樣本標(biāo)簽序列的接頭序列;
(b)使用預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增引物序列對(duì)上一步的連接產(chǎn)物進(jìn)行預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增,其中所述預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增引物序列與所述接頭序列互補(bǔ)結(jié)合;
(c)將上一步得到的預(yù)文庫(kù)分為上游預(yù)文庫(kù)和下游預(yù)文庫(kù),分別使用上游特異性引物組1和下游特異性引物組1對(duì)所述上游預(yù)文庫(kù)和下游預(yù)文庫(kù)進(jìn)行特異性擴(kuò)增,分別得到上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1,
其中,所述上游特異性引物組1包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組1以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組1;所述下游特異性引物組1包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組1以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組1;
(d)對(duì)所述上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1,分別使用上游特異性引物組2和下游特異性引物組2進(jìn)行特異性擴(kuò)增,分別得到上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2,
其中,所述上游特異性引物組2包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組2以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組2;所述下游特異性引物組2包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組2以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組2;
并且,所述上游特異性引物組2相比所述上游特異性引物組1更靠近對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增目標(biāo)位點(diǎn),所述下游特異性引物組2相比所述下游特異性引物組1更靠近對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增目標(biāo)位點(diǎn);所述上游特異性引物組2和所述下游特異性引物組2的5’端含有用于高通量測(cè)序文庫(kù)的接頭序列;
(e)將所述上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2混合后,使用兩端的通用引物進(jìn)行擴(kuò)增,得到可上機(jī)測(cè)序的文庫(kù)。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的文庫(kù)構(gòu)建方法,其特征在于,所述上游特異性引物組1和下游特異性引物組1的5'端帶有用于分離擴(kuò)增產(chǎn)物的修飾,優(yōu)選帶有生物素修飾。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的文庫(kù)構(gòu)建方法,其特征在于,所述上游特異性引物組1中針對(duì)特定目標(biāo)位點(diǎn)的引物的3’端,與所述上游特異性引物組2中針對(duì)該目標(biāo)位點(diǎn)的引物的5’端有10-15個(gè)堿基的重合;所述下游特異性引物組1中針對(duì)特定目標(biāo)位點(diǎn)的引物的3’端,與所述下游特異性引物組2中針對(duì)該目標(biāo)位點(diǎn)的引物的5’端有10-15個(gè)堿基的重合。
4.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的文庫(kù)構(gòu)建方法,其特征在于,所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組1序列如SEQ ID NO:1-7所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組1序列如SEQ ID NO:8-17所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組1序列如SEQ ID NO:18-23所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組1序列如SEQ ID NO:24-33所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組2序列如SEQ ID NO:34-40所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組2序列如SEQ ID NO:41-50所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組2序列如SEQ ID NO:51-56所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組2序列如SEQ ID NO:57-66所示。
5.一種無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前胎兒α型地貧基因突變檢測(cè)方法,其特征在于,所述方法包括對(duì)權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)構(gòu)建的文庫(kù)進(jìn)行高通量測(cè)序得到測(cè)序讀長(zhǎng);然后,根據(jù)位點(diǎn)的唯一的特異標(biāo)簽序列的總深度和突變等位基因的深度,計(jì)算胎源DNA含量并對(duì)地貧相關(guān)的突變進(jìn)行分型以分析α型地貧基因突變情況。
6.一種無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前胎兒α型地貧基因突變檢測(cè)文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,所述文庫(kù)用于通過高通量測(cè)序進(jìn)行無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前胎兒α型地貧基因突變的檢測(cè),其特征在于,所述試劑盒包括:
(a)上游特異性引物組1和下游特異性引物組1,分別用于對(duì)上游預(yù)文庫(kù)和下游預(yù)文庫(kù)進(jìn)行特異性擴(kuò)增,以分別得到上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1,
其中,所述上游特異性引物組1包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組1以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組1;所述下游特異性引物組1包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組1以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組1;
(b)上游特異性引物組2和下游特異性引物組2,分別用于對(duì)所述上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物1進(jìn)行特異性擴(kuò)增,以分別得到上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2,
其中,所述上游特異性引物組2包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組2以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組2;所述下游特異性引物組2包括用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組2以及用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組2;
并且,所述上游特異性引物組2相比所述上游特異性引物組1更靠近對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增目標(biāo)位點(diǎn),所述下游特異性引物組2相比所述下游特異性引物組1更靠近對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增目標(biāo)位點(diǎn);所述上游特異性引物組2和所述下游特異性引物組2的5’端含有用于高通量測(cè)序文庫(kù)的接頭序列。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述上游特異性引物組1和下游特異性引物組1的5'端帶有用于分離擴(kuò)增產(chǎn)物的修飾,優(yōu)選帶有生物素修飾。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述上游特異性引物組1中針對(duì)特定目標(biāo)位點(diǎn)的引物的3’端,與所述上游特異性引物組2中針對(duì)該目標(biāo)位點(diǎn)的引物的5’端有10-15個(gè)堿基的重合;所述下游特異性引物組1中針對(duì)特定目標(biāo)位點(diǎn)的引物的3’端,與所述下游特異性引物組2中針對(duì)該目標(biāo)位點(diǎn)的引物的5’端有10-15個(gè)堿基的重合。
9.根據(jù)權(quán)利要求6-8任一項(xiàng)所述的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組1序列如SEQ ID NO:1-7所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組1序列如SEQ ID NO:8-17所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組1序列如SEQ ID NO:18-23所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組1序列如SEQ ID NO:24-33所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的上游引物組2序列如SEQ ID NO:34-40所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的上游引物組2序列如SEQ ID NO:41-50所示;
所述用于擴(kuò)增α型地貧基因的下游引物組2序列如SEQ ID NO:51-56所示;
所述用于計(jì)算胎兒游離DNA比例的多個(gè)SNP位點(diǎn)的下游引物組2序列如SEQ ID NO:57-66所示。
10.根據(jù)權(quán)利要求6-8任一項(xiàng)所述的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,其特征在于,所述試劑盒還包括:
(c)接頭序列,其帶有特異標(biāo)簽序列和任選的樣本標(biāo)簽序列,用于連接母體外周血游離DNA,以得到連接產(chǎn)物;
(d)預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增引物序列,其與所述接頭序列互補(bǔ)結(jié)合,用于對(duì)所述連接產(chǎn)物進(jìn)行預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增;
(e)通用引物,用于在所述上游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2和下游特異性擴(kuò)增產(chǎn)物2混合后,對(duì)混合產(chǎn)物進(jìn)行擴(kuò)增,以得到可上機(jī)測(cè)序的文庫(kù);
優(yōu)選地,
所述接頭序列如SEQ ID NO:67-68所示;
所述預(yù)文庫(kù)擴(kuò)增引物序列如SEQ ID NO:69-70所示;
所述通用引物如SEQ ID NO:71-72所示。