本申請(qǐng)是申請(qǐng)人于2013年3月14日提交的題為“預(yù)測(cè)、診斷和治療特發(fā)性肺纖維化的方法”的中國(guó)專利申請(qǐng)201380027564.8的分案申請(qǐng)。對(duì)相關(guān)申請(qǐng)的交叉參考本申請(qǐng)要求2012年3月27日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/616,394和2012年9月28日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/707,411的優(yōu)先權(quán)，將兩個(gè)美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)都在此以其整體并入本文作為參考。序列表本申請(qǐng)包含已通過(guò)電子提交系統(tǒng)(efs-web)以ascii形式提交的序列表，并在此以其整體并入本文作為參考。2013年3月6日創(chuàng)建的該ascii拷貝命名為p4841r1_sequencelisting.txt，大小為22,866字節(jié)。提供用于在患者中評(píng)估特發(fā)性肺纖維化的預(yù)測(cè)的組合物、試劑盒和方法。此外，提供用于診斷特發(fā)性肺纖維化的亞型的組合物、試劑盒和方法。還提供用于治療特發(fā)性肺纖維化的方法。
背景技術(shù)：
：特發(fā)性肺纖維化(ipf)是表征為肺實(shí)質(zhì)的進(jìn)行性間質(zhì)性纖維化的限制性肺疾病，在美國(guó)影響約100,000患者(raghu等,amjrespircritcaremed174:810-816(2006))。這種與ipf相關(guān)的間質(zhì)性纖維化導(dǎo)致肺功能的進(jìn)行性喪失，在大多數(shù)患者中由于引起呼吸衰竭而導(dǎo)致死亡。從診斷的時(shí)間起存活中位數(shù)為2-3年(raghu等,amjrespircritcaremed183:788-824(2011))。ipf的病因?qū)W及關(guān)鍵分子和病理生理學(xué)因素(driver)未知。顯示在ipf患者中延長(zhǎng)存活的唯一治療是肺移植(thabut等,annalsofinternalmedicine151:767-774(2009))。但是，肺移植與很高的發(fā)病率相關(guān)，并非所有ipf患者都是合適的肺移植候選者，且適宜的供體肺相對(duì)稀缺。盡管進(jìn)行了許多嘗試，迄今沒(méi)有藥物治療在ipf患者中的隨機(jī)化、安慰劑對(duì)照干預(yù)試驗(yàn)中顯示實(shí)質(zhì)性延長(zhǎng)存活，但一些干預(yù)似乎在一些患者中降低了肺功能衰退的速率(raghu等,amjrespircritcaremed183:788-824(2011)；richeldi等,thenewenglandj.ofmed.365:1079-1087(2011)；rafii等,j.thorac.dis.5(1):48-73(2013))。雖然所有ipf患者的預(yù)測(cè)都是可怕的，但疾病軌跡存在很大的異質(zhì)性(raghu等,amjrespircritcaremed183:788-824(2011))。一些患者顯示相對(duì)無(wú)痛的病程，在長(zhǎng)達(dá)10年或更長(zhǎng)的時(shí)間內(nèi)以相對(duì)恒定的速率喪失肺功能，而其他患者經(jīng)歷更快速的肺功能衰退，在診斷的一年或兩年內(nèi)死亡。此外，一些患者遭受疾病的急性加重，通常表征為肺功能突然急劇下降。通常，這些患者在急性事件后未完全恢復(fù)，且常在加重期間或加重后短時(shí)間內(nèi)死亡。疾病軌跡的這種異質(zhì)性表明，不同的ipf患者可以具有潛藏在其疾病之下的不同的病理生理學(xué)因素，其可能對(duì)分子靶向治療具有不同的敏感性。僅提出了用幾種臨床或生物學(xué)標(biāo)志作為候選物來(lái)從單個(gè)時(shí)間點(diǎn)預(yù)測(cè)ipf患者的疾病軌跡(ley等,amjrespircritcaremed183:431-440(2011)；ley等,amjrespircritcaremed185:6-7(2012))。已最令人信服地將減少的存活與肺功能隨時(shí)間喪失的速率相聯(lián)系，與具有更穩(wěn)定的用力肺活量(fvc)的患者相比，在6個(gè)月的時(shí)期內(nèi)喪失>10％的fvc的患者具有短得多的后續(xù)存活時(shí)間(collard等,amjrespircritcaremed168:538-542(2003))。將超過(guò)1100名患者招募入隨機(jī)臨床試驗(yàn)的一項(xiàng)更大的研究發(fā)現(xiàn)，5-10％的24周fvc下降與隨后一年中增加的超過(guò)2倍的死亡率風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)，而>10％的下降與隨后一年中增加的近5倍的死亡率風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)(dubois等,amjrespircritcaremed184:1382-1389(2011))。但是，用這種評(píng)估來(lái)分層招募入臨床研究的患者的劣勢(shì)是六個(gè)月的試運(yùn)轉(zhuǎn)期。已報(bào)到了在單個(gè)時(shí)間點(diǎn)測(cè)量的某些外周血生物標(biāo)志可預(yù)測(cè)存活或疾病進(jìn)展，包括mmp7、il-8、icam1、vcam1、s100a12(richards等,amjrespircritcaremed,doi:10.1164/rccm.201101-0058oc(2011))、kl-6(yokoyama等,respirology11:164-168(2006))、ccl18(prasse等,amjrespircritcaremed179:717-723(2009))、ykl-40(korthagen等,respiratorymedicine105:106-113(2011))和表面活性蛋白(kinder等,chest135:1557-1563(2009))。但是，這些生物標(biāo)志研究中的許多是在無(wú)重復(fù)的小群組中進(jìn)行的，且利用了次優(yōu)、不一致和/或未驗(yàn)證的生物標(biāo)志檢測(cè)技術(shù)。由于對(duì)可靶向的分子機(jī)制的理解有限、疾病軌跡的可變性及在未經(jīng)選擇的ipf患者群體中進(jìn)行存活研究的時(shí)間和花費(fèi)，設(shè)計(jì)適當(dāng)有力的臨床研究來(lái)評(píng)估候選治療劑在ipf中延長(zhǎng)存活的潛力極具挑戰(zhàn)。鑒定潛在的可靶向途徑的活性并提供對(duì)隨后的疾病進(jìn)展的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)的生物標(biāo)志將有助于適當(dāng)?shù)胤謱痈深A(yù)試驗(yàn)中的招募者，以更好地評(píng)估研究的藥物候選物的治療價(jià)值。因此，存在對(duì)更有效的方法的需要，所述方法用于確定哪些患者將比其他患者更快地進(jìn)展或哪些患者與中位數(shù)相比將具有縮短的存活時(shí)間，及用于將這些測(cè)定結(jié)果并入更有效的臨床試驗(yàn)設(shè)計(jì)和ipf患者的治療方案。因此，具有其他預(yù)測(cè)和診斷方法(包括基于分子的預(yù)測(cè)和診斷方法)將高度有利，該方法可以用來(lái)客觀地鑒定疾病在患者中的存在和/或?qū)颊咧械募膊》诸?，限定ipf的病理生理方面、臨床活性和預(yù)測(cè)，包括存活的預(yù)測(cè)。此外，具有與疾病的多種臨床指示劑(indicator)和/或病理生理指示劑和/或其他生物學(xué)指示劑相關(guān)的基于分子的診斷和預(yù)測(cè)標(biāo)志將是有利的。因此，存在鑒定與ipf以及其他限制性肺病癥相關(guān)的新的分子生物標(biāo)志的持續(xù)需要。本文所述的發(fā)明滿足上述需要，并提供其他益處。白細(xì)胞介素(il)-13是多效t輔助細(xì)胞亞類2(th2)細(xì)胞因子。與il4一樣，il13隸屬于i型細(xì)胞因子家族，該家族共有由4α-螺旋疏水束核心限定的三級(jí)結(jié)構(gòu)。il13與il4具有約30％氨基酸序列同源性，且共有il4的許多特性(wynn,ann.rev.immunol.,21:425(2003))。il4和il13的功能相似性歸因于這樣的事實(shí)，il13可以在與il13受體α鏈-1(il13rα1)結(jié)合后結(jié)合il4受體α鏈(il4r-α)(hershey,j.allergyclin.immunol.,111:677(2003))。il4和il13激活il4rα，導(dǎo)致jak1依賴性stat6磷酸化。il4和il13與cd40/cd40l共刺激組合促進(jìn)b細(xì)胞增殖，并誘導(dǎo)類別轉(zhuǎn)換至igg4和ige(punnonen等,proc.natl.acad.sci.usa,90:3730(1993)；oettgen等,j.allergyclin.immunol.,107:429(2001))。但是，與il4不一樣，il13不涉及幼稚t細(xì)胞分化為th2細(xì)胞(zurawski等,immunol.today,15:19(1994))。il13上調(diào)fcεri，從而有助于肥大細(xì)胞的ige引發(fā)(devries,allergyclin.immunol.102:165(1998)。在單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞中，il13上調(diào)cd23及mhci類和ii類抗原的表達(dá)，下調(diào)fcγ和cd14的表達(dá)，并抑制抗體依賴性細(xì)胞毒性(dewaalmalefyt等,j.immunol.,151:6370(1993)；chomarat等,int.rev.immunol.,17:1(1998))。il13(而不是il4)促進(jìn)嗜酸性粒細(xì)胞存活、活化和募集(horie等,intern.med.,36:179(1997)；luttmann等,j.immunol.157:1678(1996)；pope等,j.allergyclin.immunol.,108:594(2001))。il13還表現(xiàn)對(duì)非造血細(xì)胞，諸如平滑肌細(xì)胞、上皮細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞和成纖維細(xì)胞的重要作用。il13增強(qiáng)平滑肌的增殖和膽堿能誘導(dǎo)的收縮(wills-karp,j.allergyclin.immunol.,107:9(2001)。在上皮細(xì)胞中，il13是趨化因子產(chǎn)生的有效誘導(dǎo)物(li等,j.immunol.,162:2477(1999))，改變黏膜纖毛分化(laoukilietal.,j.clin.invest.,108:1817(2001))，減小纖毛上皮細(xì)胞的纖毛擺動(dòng)頻率(laoukili等,j.clin.invest.,108:1817(2001))，并導(dǎo)致杯形細(xì)胞組織轉(zhuǎn)化(zhu等,j.clin.invest.,103:779(1999)；grunig等,science,282:2261(1998))。在內(nèi)皮細(xì)胞中，il13是對(duì)募集嗜酸性粒細(xì)胞重要的血管細(xì)胞黏附分子1(vcam-1)的有效誘導(dǎo)物(bochner等,j.immunol.,154:799(1995))。在人皮膚成纖維細(xì)胞中，il13在人皮膚成纖維細(xì)胞中誘導(dǎo)1型膠原合成(roux等,j.invest.dermatol.,103:444(1994))。之前已描述過(guò)il-13拮抗劑，包括抗-il-13抗體。見(jiàn)例如國(guó)際專利申請(qǐng)公開(kāi)號(hào)wo2005/062967。已將這類抗體發(fā)展為人類治療劑。用一種抗-il-13抗體lebrikizumab進(jìn)行的一項(xiàng)臨床研究的結(jié)果已描述于corren等,newengl.j.med.365:1088-1098(2011)中。本文引用的所有參考文獻(xiàn)(包括專利申請(qǐng)和公開(kāi))為了所有目的以其整體并入本文作為參考。發(fā)明概述本發(fā)明的組合物和方法至少部分基于特發(fā)性肺纖維化(ipf)的至少三種新且不同的分子表型(本文中也稱為分子亞型)。本文所述的ipf分子亞型根據(jù)亞型間的差別基因表達(dá)來(lái)定義。此外，本發(fā)明的組合物和方法至少部分基于可預(yù)測(cè)ipf患者的存活的血清或血液生物標(biāo)志的鑒定。這類生物標(biāo)志尤其用于鑒定和選擇按照本發(fā)明的方法進(jìn)行治療性處理的ipf患者。術(shù)語(yǔ)“分子表型”和“分子亞型”在本文中可互換使用。因此，在一方面，提供預(yù)測(cè)或輔助預(yù)測(cè)特發(fā)性肺纖維化(ipf)的方法。在某些實(shí)施方案中，從該患者獲得生物樣品，并測(cè)量基因或基因組合的表達(dá)，或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合的表達(dá)。在某些實(shí)施方案中，該基因或基因組合提高的表達(dá)水平或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合提高的表達(dá)指示與存活中位數(shù)相比縮短的存活的預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，該基因或基因組合降低的表達(dá)或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合降低的表達(dá)指示與存活中位數(shù)相比增加的存活的預(yù)測(cè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自表2、表3、表4或表5中的任一個(gè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自mucl1、muc4、muc20、prr7、prr15、sprr1b、sprr2d、krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17、serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13、clca2、trpv4、bbs5、mmp3和saa4。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自cxcr3、cxcr5、cxcl13、ccr6、ccr7、cd19、ms4a1(cd20)、blk、blnk、fcrla、fcrl2、fcrl5、cd79a、cd79b、cd27、cd28、cd1a、cd1b、cd1c、cd1e、ighv1-69、iglj3、igj、ighv3-48、iglv3-21、igkv1-5、ighg1、igkc、iglv6-57、igk@、igha1、igkv2-24、igkv1d-8和ighm。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1、hgf、igfbp7、scgf(clec11a)；loxl1、loxl2；gli1、gli2、smo；sfrp2、dio2、cdh11、postn和tgfb3。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)定mrna水平來(lái)測(cè)量基因表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，該測(cè)定包括pcr法和/或使用微列陣芯片。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。在某些實(shí)施方案中，試劑盒包括至少一種選自核酸酶、連接酶和聚合酶的酶。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由上文鑒定的基因之一編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在以上方法的另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自chi3l1(ykl-40)、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、comp、cxcl13、mmp3、mmp7、saa4(組成型saa)、postn和andspp1(opn)。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自ykl-40、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、mmp7、cxcl13、comp、saa和opn。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自saa、mmp3、cxcl13、opn、comp和ykl-40。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自postn、mmp3和cxcl13。在另一實(shí)施方案中，測(cè)量ykl-40的表達(dá)水平或ccl18的表達(dá)水平和/或cxcl13的表達(dá)水平。在另一實(shí)施方案中，測(cè)量mmp3的表達(dá)水平和/或saa的表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)定mrna水平來(lái)測(cè)量該基因表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，該測(cè)定包括pcr法和/或使用微列陣芯片。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。在某些實(shí)施方案中，試劑盒包括至少一種選自核酸酶、連接酶和聚合酶的酶。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由上文鑒定的基因之一編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在上述方法的某些實(shí)施方案中，該患者正進(jìn)行免疫調(diào)節(jié)治療。在另一實(shí)施方案中，該生物樣品選自肺組織、血清和血漿。在一方面，通過(guò)微列陣來(lái)測(cè)量上述方法的基因表達(dá)。在另一方面，通過(guò)實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)(qpcr)來(lái)測(cè)量基因表達(dá)。在另一方面，通過(guò)多重pcr來(lái)測(cè)量基因表達(dá)。根據(jù)另一實(shí)施方案，通過(guò)觀察上述基因中的一個(gè)或多個(gè)的蛋白質(zhì)表達(dá)水平來(lái)測(cè)量基因表達(dá)。根據(jù)另一實(shí)施方案，如果目的基因的相對(duì)mrna水平比健康對(duì)照或參照基因mrna水平高2倍，則認(rèn)為與健康對(duì)照或參照個(gè)體相比，目的基因的表達(dá)提高。根據(jù)另一實(shí)施方案，與健康對(duì)照或參照基因表達(dá)水平相比，目的基因的相對(duì)mrna水平高3倍、10倍、15倍、20倍、25倍或30倍。在一方面，通過(guò)選自pcr法、微列陣法或免疫測(cè)定法的方法來(lái)測(cè)量該基因表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，該微列陣法包括使用微列陣芯片，該微列陣芯片具有一種或多種可以在嚴(yán)格條件下與編碼上文提到的基因的核酸分子雜交，或具有一種或多種多肽(如肽或抗體)，其可以與由上文提到的基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該免疫測(cè)定法包括使抗體與在患者樣品中的從上文提到的基因表達(dá)的蛋白質(zhì)結(jié)合，并測(cè)定來(lái)自該患者樣品的蛋白質(zhì)水平是否提高。在某些實(shí)施方案中，該免疫測(cè)定法是酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(elisa)。在另一方面，提供在患者中預(yù)測(cè)或輔助預(yù)測(cè)ipf的方法，其中從該患者獲得生物樣品，并測(cè)定總基線生物標(biāo)志得分。在某些實(shí)施方案中，該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定包括測(cè)量cxcl13、opn和comp中至少一個(gè)的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果該表達(dá)水平分別低于cxcl13、opn和comp的中位數(shù)，則指定0的得分，如果該表達(dá)水平分別高于cxcl13、opn和comp的中位數(shù)，則指定1的得分，其中該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定進(jìn)一步包括測(cè)量ykl-40的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果該表達(dá)水平低于ykl-40的中位數(shù)，則指定0的得分，如果該表達(dá)水平高于ykl-40的中位數(shù)，則指定1的得分，其中該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定進(jìn)一步包括將每一單個(gè)得分相加來(lái)獲得總基線生物標(biāo)志得分。在某些實(shí)施方案中，2或2以上的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比縮短的存活的預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，0或1的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比增加的存活的預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由cxcl13、opn、comp和/或ykl-40編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。還在另一方面，如果按上文所述測(cè)定的患者的總基線生物標(biāo)志得分為2或2以上，則在臨床研究中選擇用候選治療劑治療該患者。在某些實(shí)施方案中，該候選治療劑選自抗-il-13劑、抗-il-4劑、抗-il-13/抗-il-4劑的組合、吡非尼酮、抗-loxl2抗體(gs-6624)、n-乙酰半胱氨酸、抗-tgf-β抗體(gc1008)、抗-αvβ6整聯(lián)蛋白抗體(stx-100)、抗-ctgf抗體(fg-3019)、抗-ccl2抗體(cnto888)、生長(zhǎng)抑素類似物(som230，奧曲肽)、antiotensinii抑制劑(氯沙坦)、一氧化碳、沙利度胺、四硫鉬酸鹽、多西環(huán)素、米諾環(huán)素和酪氨酸激酶抑制劑(bibf1120)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是lebrikizumab。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13/抗-il-4劑是雙特異性抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr的抗-il-13抗體，所述三個(gè)重鏈cdr是具有seqidno.:1的氨基酸序列的cdr-h1、具有seqidno.:2的氨基酸序列的cdr-h2和具有seqidno.:3的氨基酸序列的cdr-h3，所述三個(gè)輕鏈cdr是具有seqidno.:4的氨基酸序列的cdr-l1、具有seqidno.:5的氨基酸序列的cdr-l2和具有seqidno.:6的氨基酸序列的cdr-l3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:7的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)和具有seqidno.:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:10的氨基酸序列的重鏈和具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在某些實(shí)施方案中，提供治療ipf患者的方法，如果該患者具有按照上述方法測(cè)定的2或2以上的基線得分，那么施用有效量的上文提供的ipf治療劑。在另一方面，提供在患者中預(yù)測(cè)或輔助預(yù)測(cè)ipf的方法，其中從該患者獲得生物樣品并測(cè)定總基線生物標(biāo)志得分，其中該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定包括測(cè)量mmp3和comp中至少一個(gè)的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果該表達(dá)水平分別低于mmp3和comp的中位數(shù)，則指定0的得分，如果該表達(dá)水平分別高于mmp3和comp的中位數(shù)，則指定1的得分，其中該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定進(jìn)一步包括測(cè)量ykl-40的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果該表達(dá)水平低于ykl-40的中位數(shù)，則指定0的得分，如果該表達(dá)水平高于ykl-40的中位數(shù)，則指定1的得分，且其中該總基線生物標(biāo)志得分的測(cè)定進(jìn)一步包括將每一單個(gè)得分相加來(lái)獲得總基線生物標(biāo)志得分。在某些實(shí)施方案中，1或1以上的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比縮短的存活的預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，0的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比增加的存活的預(yù)測(cè)。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由mmp3、comp和/或ykl-40編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。還在另一方面，如果按上文所述測(cè)定mmp3、comp和/或ykl-40的表達(dá)的患者的總基線生物標(biāo)志得分為1或1以上，那么在臨床研究中選擇用候選治療劑治療該患者。在某些實(shí)施方案中，該候選治療劑選自抗-il-13劑、抗-il-4劑、抗-il-13/抗-il-4劑的組合、吡非尼酮、抗-loxl2抗體(gs-6624)、n-乙酰半胱氨酸、抗-tgf-β抗體(gc1008)、抗-αvβ6整聯(lián)蛋白抗體(stx-100)、抗-ctgf抗體(fg-3019)、抗-ccl2抗體(cnto888)、生長(zhǎng)抑素類似物(som230，奧曲肽)、antiotensinii抑制劑(氯沙坦)、一氧化碳、沙利度胺、四硫鉬酸鹽、多西環(huán)素、米諾環(huán)素和酪氨酸激酶抑制劑(bibf1120)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是lebrikizumab。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13/抗-il-4劑是雙特異性抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr的抗-il-13抗體，所述三個(gè)重鏈cdr是具有seqidno.:1的氨基酸序列的cdr-h1、具有seqidno.:2的氨基酸序列的cdr-h2和具有seqidno.:3的氨基酸序列的cdr-h3，所述三個(gè)輕鏈cdr是具有seqidno.:4的氨基酸序列的cdr-l1、具有seqidno.:5的氨基酸序列的cdr-l2和具有seqidno.:6的氨基酸序列的cdr-l3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:7的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)和具有seqidno.:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:10的氨基酸序列的重鏈和具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在某些實(shí)施方案中，提供治療ipf患者的方法，如果該患者具有按照上述方法測(cè)定的1或1以上的基線得分，那么施用有效量的上文提供的ipf治療劑。另一方面，提供在個(gè)體中診斷ipf的分子亞型的方法。在某些實(shí)施方案中，該方法包括測(cè)量從所述受試者獲得的生物樣品中基因或基因組合的表達(dá)，或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合的表達(dá)。在某些實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自mucl1、muc4、muc20、prr7、prr15、sprr1b、sprr2d、krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17、serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13、clca2、trpv4、bbs5、mmp3和saa4，該基因或基因組合提高的表達(dá)或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合提高的表達(dá)指示ipf分子亞型。在某些實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自cxcr3、cxcr5、cxcl13、ccr6、ccr7、cd19、ms4a1(cd20)、tnfrsf17(bcma)、blk、blnk、fcrla、fcrl2、fcrl5、cd79a、cd79b、cd27、cd28、cd1a、cd1b、cd1c、cd1e、ighv1-69、iglj3、igj、ighv3-48、iglv3-21、igkv1-5、ighg1、igkc、iglv6-57、igk@(免疫球蛋白κ基因座)、igha1、igkv2-24、igkv1d-8和ighm，該基因或基因組合提高的表達(dá)或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合提高的表達(dá)指示ipf分子亞型。在某些實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1、hgf、igfbp7、scgf(clec11a)、loxl1、loxl2；gli1、gli2、smo、sfrp2、dio2、cdh11、postn和tgfb3，該基因或基因組合提高的表達(dá)或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合提高的表達(dá)指示ipf分子亞型。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)定mrna水平來(lái)測(cè)量該基因表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，該測(cè)定包括pcr法和/或使用微列陣芯片。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。在某些實(shí)施方案中，試劑盒包括至少一種選自核酸酶、連接酶和聚合酶的酶。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由上文鑒定的基因之一編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在另一方面，用于以上方法中任一種的生物樣品是肺組織、全血或血清。在某些實(shí)施方案中，該生物樣品是肺組織或全血，用pcr法或微列陣芯片測(cè)量該基因或基因組合的表達(dá)。在某些實(shí)施方案中，該生物樣品是血清，用免疫測(cè)定法測(cè)量該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合的表達(dá)。還在另一方面，提供在患者中治療ipf的方法。在某些實(shí)施方案中，如果在從該患者獲得的生物樣品中檢測(cè)到基因或基因組合提高的表達(dá)，或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合的提高的表達(dá)，那么該方法包括對(duì)該患者施用有效量的ipf治療劑來(lái)治療ipf。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自mucl1、muc4、muc20、prr7、prr15、sprr1b、sprr2d、krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17、serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13、clca2、trpv4、bbs5、mmp3和saa4。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自cxcr3、cxcr5、cxcl13、ccr6、ccr7、cd19、ms4a1(cd20)、tnfrsf17(bcma)、blk、blnk、fcrla、fcrl2、fcrl5、cd79a、cd79b、cd27、cd28、cd1a、cd1b、cd1c、cd1e、ighv1-69、iglj3、igj、ighv3-48、iglv3-21、igkv1-5、ighg1、igkc、iglv6-57、igk@(免疫球蛋白κ基因座)、igha1、igkv2-24、igkv1d-8和ighm。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1、hgf、igfbp7、scgf(clec11a)；loxl1、loxl2；gli1、gli2、smo、sfrp2、dio2、cdh11、postn和tgfb3。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自chi3l1(ykl-40)、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、comp、cxcl13、mmp3、mmp7、saa4(組成型saa)、postn和andspp1(opn)。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自ykl-40、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、mmp7、cxcl13、comp、saa和opn。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自saa、mmp3、cxcl13、opn、comp和ykl-40。在另一實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自postn、mmp3和cxcl13。在另一實(shí)施方案中，測(cè)量ykl-40的表達(dá)水平或ccl18的表達(dá)水平和/或cxcl13的表達(dá)水平。在另一實(shí)施方案中，測(cè)量mmp3的表達(dá)水平和/或saa的表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)定mrna水平來(lái)測(cè)量該基因表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，該測(cè)定包括pcr法和/或使用微列陣芯片。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。在某些實(shí)施方案中，試劑盒包括至少一種選自核酸酶、連接酶和聚合酶的酶。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體,其與由上文鑒定的基因之一編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在某些實(shí)施方案中，ipf治療劑選自抗-il-13劑、抗-il-4劑、抗-il-13/抗-il-4劑的組合、吡非尼酮、抗-loxl2抗體(gs-6624)、n-乙酰半胱氨酸、抗-tgf-β抗體(gc1008)、抗-αvβ6整聯(lián)蛋白抗體(stx-100)、抗-ctgf抗體(fg-3019)、抗-ccl2抗體(cnto888)、生長(zhǎng)抑素類似物(som230，奧曲肽)、antiotensinii抑制劑(氯沙坦)、一氧化碳、沙利度胺、四硫鉬酸鹽、多西環(huán)素、米諾環(huán)素和酪氨酸激酶抑制劑(bibf1120)。在某些實(shí)施方案中，ipf治療劑是抗-il-13抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr的抗-il-13抗體，所述三個(gè)重鏈cdr是具有seqidno.:1的氨基酸序列的cdr-h1、具有seqidno.:2的氨基酸序列的cdr-h2和具有seqidno.:3的氨基酸序列的cdr-h3，所述三個(gè)輕鏈cdr是具有seqidno.:4的氨基酸序列的cdr-l1、具有seqidno.:5的氨基酸序列的cdr-l2和具有seqidno.:6的氨基酸序列的cdr-l3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:7的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)和具有seqidno.:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體(lebrikizumab)包含具有seqidno.:10的氨基酸序列的重鏈和具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在某些實(shí)施方案中，按選自125mg、250mg和500mg的單調(diào)劑量(flatdose)每四周皮下施用lebrikizumab一次。在一個(gè)實(shí)施方案中，按250mg的單調(diào)劑量每四周皮下施用lebrikizumab一次。在另一方面，按以上方法測(cè)定預(yù)測(cè)為具有縮短的存活的ipf患者之后，提供治療該ipf患者的方法。在某些這類實(shí)施方案中，施用有效量的ipf治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，ipf治療劑選自抗-il-13劑、抗-il-4劑、抗-il-13/抗-il-4劑的組合、吡非尼酮、抗-loxl2抗體(gs-6624)、n-乙酰半胱氨酸、抗-tgf-β抗體(gc1008)、抗-αvβ6整聯(lián)蛋白抗體(stx-100)、抗-ctgf抗體(fg-3019)、抗-ccl2抗體(cnto888)、生長(zhǎng)抑素類似物(som230，奧曲肽)、antiotensinii抑制劑(氯沙坦)、一氧化碳、沙利度胺、四硫鉬酸鹽、多西環(huán)素、米諾環(huán)素和酪氨酸激酶抑制劑(bibf1120)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr的抗-il-13抗體，所述三個(gè)重鏈cdr是具有seqidno.:1的氨基酸序列的cdr-h1、具有seqidno.:2的氨基酸序列的cdr-h2和具有seqidno.:3的氨基酸序列的cdr-h3，所述三個(gè)輕鏈cdr是具有seqidno.:4的氨基酸序列的cdr-l1、具有seqidno.:5的氨基酸序列的cdr-l2和具有seqidno.:6的氨基酸序列的cdr-l3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:7的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)和具有seqidno.:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體(lebrikizumab)包含具有seqidno.:10的氨基酸序列的重鏈和具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在一個(gè)實(shí)施方案中，按選自125mg、250mg和500mg的單調(diào)劑量(flatdose)每四周皮下施用抗-il-13抗體一次。在一個(gè)實(shí)施方案中，按250mg的單調(diào)劑量每四周皮下施用抗-il-13抗體一次。生長(zhǎng)抑素類似物還在另一方面，與無(wú)治療相比，上述用抗-il-13抗體或lebrikizumab治療ipf患者的方法延長(zhǎng)了發(fā)展至疾病進(jìn)展的時(shí)間，其中疾病進(jìn)展顯示為以下一項(xiàng)或多項(xiàng)的首次發(fā)生：(i)死亡；(ii)非選擇性住院；(iii)fvc從基線減少10％或更多。在一個(gè)實(shí)施方案中，疾病進(jìn)展進(jìn)一步顯示為第52周時(shí)dlco從基線減少≥15％。在一個(gè)實(shí)施方案中，上述抗-il-13抗體或lebrikizumab治療導(dǎo)致治療52周后dlco從基線減少小于15％。在一個(gè)實(shí)施方案中，與無(wú)治療相比，這種治療導(dǎo)致治療52周后患者在6分鐘步行測(cè)試中的行走距離從基線下降的更少。在一個(gè)實(shí)施方案中，行走距離從基線下降的減少量大于50米、或大于30米、或大于10米。在某些實(shí)施方案中，與無(wú)治療相比，該治療延長(zhǎng)了首次出現(xiàn)急性ipf加重事件或首次出現(xiàn)ipf惡化事件的時(shí)間。在一方面，提供通過(guò)施用抗-il-13抗體或lebrikizumab以在ipf患者中延長(zhǎng)發(fā)展至疾病進(jìn)展的時(shí)間的方法。在某些實(shí)施方案中，疾病進(jìn)展顯示為以下一項(xiàng)或多項(xiàng)的首次發(fā)生：(i)死亡；(ii)非選擇性住院；(iii)fvc從基線減少10％或更多。在一個(gè)實(shí)施方案中，疾病進(jìn)展進(jìn)一步顯示為第52周時(shí)dlco從基線減少≥15％。在一個(gè)實(shí)施方案中，上述抗-il-13抗體或lebrikizumab治療導(dǎo)致治療52周后dlco從基線減少小于15％。在一個(gè)實(shí)施方案中，與無(wú)治療相比，這種治療導(dǎo)致治療52周后患者在6分鐘步行測(cè)試中的行走距離從基線下降的更少。在一個(gè)實(shí)施方案中，行走距離從基線下降的減少量大于50米、或大于30米、或大于10米。在某些實(shí)施方案中，與無(wú)治療相比，該治療延長(zhǎng)了發(fā)展至首次急性ipf加重事件或首次ipf惡化事件的時(shí)間。還在另一方面，提供在ipf患者中監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展的方法。在某些實(shí)施方案中，該方法包括在第一時(shí)間點(diǎn)及一個(gè)或多個(gè)其他時(shí)間點(diǎn)從該患者獲得生物樣品，并測(cè)量該生物樣品中基因或基因組合的表達(dá)，或由該基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合的表達(dá)，其中該基因或基因組合選自表2、表3、表4或表5中的任一個(gè)，其中表達(dá)水平從該第一時(shí)間點(diǎn)至該一個(gè)或多個(gè)其他時(shí)間點(diǎn)的變化指示疾病進(jìn)展。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自mucl1、muc4、muc20、prr7、prr15、sprr1b、sprr2d、krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17、serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13、clca2、trpv4、bbs5、mmp3和saa4。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合選自cxcr3、cxcr5、cxcl13、ccr6、ccr7、cd19、ms4a1(cd20)、blk、blnk、fcrla、fcrl2、fcrl5、cd79a、cd79b、cd27、cd28、cd1a、cd1b、cd1c、cd1e、ighv1-69、iglj3、igj、ighv3-48、iglv3-21、igkv1-5、ighg1、igkc、iglv6-57、igk@、igha1、igkv2-24、igkv1d-8和ighm。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1、hgf、igfbp7、scgf(clec11a)、loxl1、loxl2、gli1、gli2、smo、sfrp2、dio2、cdh11、postn和tgfb3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該基因或基因組合或該蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自chi3l1(ykl-40)、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、comp、cxcl13、mmp3、mmp7、saa4(組成型saa)、postn和andspp1(opn)。在某些實(shí)施方案中，生物樣品選自肺組織、血清和血漿。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)測(cè)定mrna水平來(lái)測(cè)量該基因表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，該測(cè)定包括pcr法和/或使用微列陣芯片。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是qpcr。在一個(gè)實(shí)施方案中，該pcr法是多重pcr。在某些實(shí)施方案中，試劑盒包括至少一種選自核酸酶、連接酶和聚合酶的酶。在某些實(shí)施方案中，通過(guò)免疫測(cè)定法來(lái)測(cè)量該蛋白質(zhì)表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，提供免疫測(cè)定試劑盒，該免疫測(cè)定試劑盒包含一種或多種抗體，其與由上文鑒定的基因之一編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在另一方面，上述監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展的方法進(jìn)一步包括在臨床研究中用候選治療劑治療該患者。在某些實(shí)施方案中，該治療劑選自抗-il-13劑、抗-il-4劑、抗-il-13/抗-il-4劑的組合、吡非尼酮、抗-loxl2抗體(gs-6624)、n-乙酰半胱氨酸、抗-tgf-β抗體(gc1008)、抗-αvβ6整聯(lián)蛋白抗體(stx-100)、抗-ctgf抗體(fg-3019)、抗-ccl2抗體(cnto888)、生長(zhǎng)抑素類似物(som230，奧曲肽)、antiotensinii抑制劑(氯沙坦)、一氧化碳、沙利度胺、四硫鉬酸鹽、多西環(huán)素、米諾環(huán)素和酪氨酸激酶抑制劑(bibf1120)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13劑是包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr的抗-il-13抗體，所述三個(gè)重鏈cdr是具有seqidno.:1的氨基酸序列的cdr-h1、具有seqidno.:2的氨基酸序列的cdr-h2和具有seqidno.:3的氨基酸序列的cdr-h3，所述三個(gè)輕鏈cdr是具有seqidno.:4的氨基酸序列的cdr-l1、具有seqidno.:5的氨基酸序列的cdr-l2和具有seqidno.:6的氨基酸序列的cdr-l3。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:7的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)和具有seqidno.:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含具有seqidno.:10的氨基酸序列的重鏈和具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。附圖簡(jiǎn)述圖1顯示實(shí)施例1中所述的ipf患者中的基因表達(dá)異質(zhì)性。(a)ipf和對(duì)照之間2490個(gè)de微列陣探針的無(wú)監(jiān)督雙向分層聚簇分析(unsupervised2-wayhierarchicalclustering)顯示主要由ipf的診斷定義的三個(gè)主要聚簇(cluster)(組1聚簇、組2聚簇和組3聚簇)；(b)組1聚簇的重新聚簇鑒定出異質(zhì)性基因表達(dá)特征，其中大多數(shù)ipf患者(和少數(shù)對(duì)照)表達(dá)高水平的細(xì)支氣管上皮基因特征(“細(xì)支氣管特征”)；(c)組2聚簇的重新聚簇鑒定出異質(zhì)性基因表達(dá)特征，其中大多數(shù)ipf患者(對(duì)照中沒(méi)有一個(gè))表達(dá)高水平的淋巴小結(jié)基因特征(“淋巴特征”)；(d)組3聚簇的重新聚簇鑒定出異質(zhì)性基因表達(dá)特征，其中ipf患者表達(dá)中等水平和高水平的成纖維細(xì)胞分化為肌成纖維細(xì)胞的基因特征，而對(duì)照個(gè)體表達(dá)低水平的該基因特征(“成纖維細(xì)胞特征”，本文中也稱為“肌成纖維細(xì)胞特征”)；(e)顯示細(xì)支氣管、淋巴和肌成纖維細(xì)胞基因表達(dá)特征未隨彼此共變的圖。圖2顯示從ipf肺外植塊取下的活檢組織的鄰近冰凍切片上的免疫組織化學(xué)(ihc)，如實(shí)施例1中所述。(a)蘇木精和伊紅(h&e)染色；(b)三色染色；(c)抗-角蛋白14染色；(d)過(guò)碘酸希夫(pas)染色；(e)h&e染色顯示具有染色深的細(xì)胞核的細(xì)胞聚集體(箭頭)；(f)三色染色顯示膠原沉積在聚集體周圍而不存在于聚集體內(nèi)(箭頭)；(g)抗-cd20染色顯示聚集體具有高濃度的cd20陽(yáng)性b細(xì)胞；(h)(g)中用(*)標(biāo)記的區(qū)域的更高放大倍數(shù)；(i)細(xì)支氣管化囊腫的抗-角蛋白14染色；(j)集合淋巴結(jié)的抗-cd20染色。圖3顯示通過(guò)qpcr測(cè)量的候選生物標(biāo)志基因在獲自ipf患者和獲自對(duì)照的肺組織中的基因表達(dá)，如實(shí)施例1中所述。(a)骨膜蛋白(periostin)基因表達(dá)；(b)ccl13基因表達(dá)；(c)ccl18基因表達(dá)；(d)骨橋蛋白基因表達(dá)；(e)comp基因表達(dá)；(f)ykl-40基因表達(dá)；(g)mmp7基因表達(dá)。圖4顯示如實(shí)施例1中所述的在中位數(shù)水平(69％)預(yù)測(cè)的按fvc百分比分層的ipf存活。圖5顯示如實(shí)施例1中所述的用于ipf存活的單個(gè)和組合的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志的cox模型。(a)按血清cxcl13水平分層的ipf存活的cox模型；(b)按血清ykl-40水平分層的ipf存活的cox模型；(c)按血清comp水平分層的ipf存活的cox模型；(d)按血清opn水平分層的ipf存活的cox模型。圖6顯示實(shí)施例1中所述的六種生物標(biāo)志(saa、mmp3、cxcl13、opn、comp和ykl-40)可能的組合的受者作用特征(roc)分析。(a)所示六種生物標(biāo)志的每種可能組合的roc分析來(lái)預(yù)測(cè)采集樣品后1、2和3年內(nèi)的死亡率；(b)兩年時(shí)roc分析的曲線下面積及六種生物標(biāo)志(saa、mmp3、cxcl13、opn、comp和ykl-40)的所有可能組合的期限顯著性(termsignificance)。圖7顯示如實(shí)施例1中所述，按ykl-40加opn加comp加cxcl13的組合的基線生物標(biāo)志得分分層的ipf存活的組合cox模型。圖8顯示如實(shí)施例1中所述，表達(dá)高于生物標(biāo)志mmp3、comp和ykl-40中的零個(gè)、一個(gè)、兩個(gè)或全部三個(gè)的中位數(shù)水平的ipf患者的kaplan-meier存活圖。圖9顯示如實(shí)施例2中所述，來(lái)自對(duì)照患者(左側(cè))和來(lái)自ipf患者(右側(cè))的肺組織中il-13ra2表達(dá)的定量pcr結(jié)果。圖10顯示如實(shí)施例2中所述，il-4或il-13誘導(dǎo)imr90原代肺成纖維細(xì)胞中的il13rα2表達(dá)。圖11顯示如實(shí)施例2中所述，tnfα對(duì)il13rα2表達(dá)(a)及在存在或缺乏il-13的情況下對(duì)ccl26和骨膜蛋白表達(dá)(b)的影響。圖12顯示用tnfα預(yù)處理，然后進(jìn)行圖中所示和實(shí)施例2中所述的多種il-13和/或il-4細(xì)胞因子和封閉性抗-il-13mab1和/或mab2抗體處理的imr90細(xì)胞中ccl26和骨膜蛋白(postn)的基因表達(dá)水平。圖13顯示如實(shí)施例2中所述，來(lái)自用il-13(a)或用il-13和il-4(b)處理，然后進(jìn)一步用抗-il-13mab2或抗-il-13mab2處理的imr90細(xì)胞的微列陣數(shù)據(jù)。圖14顯示實(shí)施例2中所述的ipf群組中的gli1表達(dá)。圖15顯示原代肺成纖維細(xì)胞(培養(yǎng)在基質(zhì)膠上)中響應(yīng)實(shí)施例2中所述的多種加入的因子的gli1基因表達(dá)。圖16顯示原代肺成纖維細(xì)胞(培養(yǎng)在基質(zhì)膠上)中響應(yīng)圖中所示和實(shí)施例2中所述的多種加入的因子的tgfβ1基因表達(dá)(a)和gli1基因表達(dá)(b)。發(fā)明詳述某些定義除非另有定義，本文中所用的所有技術(shù)術(shù)語(yǔ)、注釋和其他科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員通常理解的含義。在一些情況下，為了清楚和/或?yàn)榱思磿r(shí)參考而在本文中定義具有通常理解的含義的術(shù)語(yǔ)，本文中這類定義的納入不應(yīng)解釋為代表與本領(lǐng)域的通常理解的實(shí)質(zhì)性差異。本文中描述或參考的技術(shù)和方法通常為本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知，且通常用常規(guī)方法利用，例如sambrook等,molecularcloning:alaboratorymanual第2版(1989)coldspringharborlaboratorypress,coldspringharbor,n.y.中所述的廣泛利用的分子克隆方法。適當(dāng)時(shí)，除非另有說(shuō)明，涉及使用市售試劑盒和試劑的方法通常按照廠家定義的方案和/或參數(shù)進(jìn)行?！凹?xì)支氣管基因特征”、“細(xì)支氣管特征”和“細(xì)支氣管基因表達(dá)特征”在本文中可互換使用，指表2中所示的基因的組合或次組合(subcombination)，其基因表達(dá)模式與某些ipf患者相關(guān)。該基因包括mucl1、muc4、muc20、prr7、prr15、sprr1b、sprr2d、krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17、serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13、clca2、trpv4、bbs5、mmp3、saa4(編碼組成型saa)。細(xì)支氣管基因特征的多肽是本文所述的“靶向的多肽”?！傲馨突蛱卣鳌薄ⅰ傲馨吞卣鳌焙汀傲馨突虮磉_(dá)特征”、淋巴小結(jié)基因特征”、“淋巴小結(jié)特征”和“淋巴小結(jié)基因表達(dá)特征”在本文中可互換使用，指表3中所示的基因的組合或次組合，其基因表達(dá)模式與某些ipf患者相關(guān)。該基因包括cxcr3、cxcr5、cxcl13、ccr6、ccr7、cd19、ms4a1(cd20)、tnfrsf17(bcma)、blk、blnk、fcrla、fcrl2、fcrl5、cd79a、cd79b、cd27、cd28、cd1a、cd1b、cd1c、cd1e、ighv1-69、iglj3、igj、ighv3-48、iglv3-21、igkv1-5、ighg1、igkc、iglv6-57、igk@(免疫球蛋白κ基因座)、igha1、igkv2-24、igkv1d-8和ighm。淋巴小結(jié)基因特征的多肽是本文所述的“靶向的多肽”。“肌成纖維細(xì)胞基因特征”、“肌成纖維細(xì)胞特征”和“肌成纖維細(xì)胞基因表達(dá)特征”、“成纖維細(xì)胞基因特征”、“成纖維細(xì)胞特征”和“成纖維細(xì)胞基因表達(dá)特征”在本文中可互換使用，指表4中所示的基因的組合或次組合，其基因表達(dá)模式與某些ipf患者相關(guān)。該基因包括col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1、hgf、igfbp7、scgf(clec11a)、loxl1、loxl2；gli1、gli2、smo、sfrp2、dio2、cdh11、postn和tgfb3。肌成纖維細(xì)胞基因特征的多肽是本文所述的“靶向的多肽”。在本文中使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“靶向的多肽”指“天然序列”多肽和變體(其在本文中進(jìn)一步定義)?！疤烊恍蛄小倍嚯陌ň哂信c對(duì)應(yīng)的源自自然界的多肽相同的氨基酸序列的多肽。因此，術(shù)語(yǔ)“天然序列多肽”包括天然存在的截短、增長(zhǎng)和移碼形式的多肽，包括但不限于選擇性剪接形式、亞型和多態(tài)性“天然存在的變體”意指與參照多肽具有至少約60％氨基酸序列同一性且保留該天然存在的參照多肽的至少一種生物學(xué)活性的多肽。天然存在的變體可以包括與參照多肽具有至少約65％氨基酸序列同一性、至少約70％氨基酸序列同一性、至少約75％氨基酸序列同一性、至少約80％氨基酸序列同一性、至少約80％氨基酸序列同一性、至少約85％氨基酸序列同一性、至少約90％氨基酸序列同一性、至少約95％氨基酸序列同一性、至少約98％氨基酸序列同一性或至少約99％氨基酸序列同一性的變異多肽。本文中可互換使用的術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”或“核酸”指任意長(zhǎng)度的核苷酸聚合物，且包括dna和rna。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾的核苷酸或堿基、和/或其類似物，或可以通過(guò)dna或rna聚合酶摻入到聚合物的任意底物。多核苷酸可以包含修飾的核苷酸，如甲基化的核苷酸及其類似物。如果存在，對(duì)核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾可以在聚合物裝配之前或之后進(jìn)行。核苷酸的序列可以由非核苷酸成分中斷。多核苷酸可以在聚合后進(jìn)一步修飾，如通過(guò)與標(biāo)記成分綴合。其他類型的修飾包括例如“加帽”，用核苷酸類似物取代一個(gè)或多個(gè)天然存在的核苷酸，核苷酸間修飾，例如具有不帶電荷的連接(例如甲基磷酸酯、磷酸三酯、亞磷酰胺(phosphoamidate)、氨基甲酸酯(cabamate)等)和具有帶電荷的連接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的那些，包含懸垂部分(pendantmoiety)(例如蛋白質(zhì)(例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚-l-賴氨酸等))的那些修飾，具有嵌入劑(例如吖啶、補(bǔ)骨脂素等)的那些修飾，包含螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬等)的那些修飾，包含烷化劑(alkylator)的那些修飾，具有修飾的連接的那些修飾(例如α異頭核酸等)，以及未修飾形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖中的任意羥基可以例如通過(guò)膦酸酯基、磷酸基取代，通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)保護(hù)，或活化以制備與其他核苷酸的其他連接，或可以綴合至固體或半固體支持體。5’和3’端oh可以磷酸化或用1至20個(gè)碳原子的胺或有機(jī)封端基團(tuán)部分取代。其他羥基也可以衍生至標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)。多核苷酸還可以包含本領(lǐng)域公知的核糖或脫氧核糖的類似物形式，包括例如2'-o-甲基-、2'-o-烯丙基、2'-氟-或2'-疊氮基-核糖，碳環(huán)糖類似物，α-異頭糖，差向異構(gòu)糖(epimericsugar)如阿拉伯糖、木糖或來(lái)蘇糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，無(wú)環(huán)類似物(acyclicanalog)和無(wú)堿基核苷類似物如甲基核苷?？梢杂脗溥x的連接基團(tuán)替換一個(gè)或多個(gè)磷酸二酯鍵。這些備選的連接基團(tuán)包括但不限于其中用p(o)s(“硫代”)、p(s)s(“二硫代”)、(o)nr2(“酰胺化”)、p(o)r、p(o)or'、co或ch2(“formacetal”)取代磷酸的實(shí)施方案，其中每個(gè)r或r'是單獨(dú)的h或可選地包含醚(-o-)鍵的取代或未取代的烷基(1-20c)、芳基、烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或araldyl。多核苷酸中的所有鍵無(wú)需相同。前面的描述適用于本文提到的所有多核苷酸，包括rna和dna。本文所用的“寡核苷酸”指短的單鏈多核苷酸，其長(zhǎng)度為至少約7個(gè)核苷酸，且小于約250個(gè)核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸”和“多核苷酸”并非相互排斥。上文針對(duì)多核苷酸的描述同等地和完全地適用于寡核苷酸。術(shù)語(yǔ)“引物”指單鏈多核苷酸，其能夠與核酸雜交，且通常通過(guò)提供自由3’-oh基團(tuán)來(lái)允許聚合互補(bǔ)核酸。術(shù)語(yǔ)“陣列”或“微列陣”指可雜交的陣列元件(優(yōu)選多核苷酸探針(例如寡核苷酸))在基質(zhì)上的有序排列?；|(zhì)可以是固體基質(zhì)，如載璃片，或半固體基質(zhì)，如硝酸纖維素膜。術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”指產(chǎn)生參照核酸序列或其互補(bǔ)序列的一個(gè)或多個(gè)拷貝的方法。擴(kuò)增可以是線性的或指數(shù)的(例如pcr)?！翱截悺辈⒎潜厝灰庵赶鄬?duì)于模板序列完美的序列互補(bǔ)性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物(如脫氧肌苷)、刻意序列改變(如通過(guò)引物引入的序列改變，所述引物包含可與模板雜交但并非完全互補(bǔ)的序列)和/或擴(kuò)增過(guò)程中出現(xiàn)的序列錯(cuò)誤。術(shù)語(yǔ)“檢測(cè)”包括任意檢測(cè)手段，包括直接檢測(cè)和間接檢測(cè)?？膳c“分子表型”互換使用的術(shù)語(yǔ)“分子亞型”指ipf的亞型或表型，其表征為一個(gè)或多個(gè)特定基因的表達(dá)或一種或多種特定蛋白質(zhì)，或基因組合的特定表達(dá)模式或蛋白質(zhì)組合。術(shù)語(yǔ)“多重pcr”指為了在單個(gè)反應(yīng)中擴(kuò)增兩種或多種dna序列的目的而用一套以上引物對(duì)獲自單一來(lái)源(例如患者)的核酸進(jìn)行的單個(gè)pcr反應(yīng)。本文所用的術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)志”指例如患者的病理學(xué)狀態(tài)的指示物，其可以在該患者的生物樣品中檢測(cè)到。生物標(biāo)志包括但不限于dna、rna、蛋白質(zhì)、糖類或基于糖脂的生物標(biāo)志。本文用術(shù)語(yǔ)“診斷”來(lái)指分子或病理學(xué)狀態(tài)、疾病或病癥的鑒定或分類。例如，“診斷”可以指ipf或uip的具體類型的鑒定?！霸\斷”還可以指例如通過(guò)組織病理學(xué)或放射照像標(biāo)準(zhǔn)或通過(guò)分子特征(例如，表征為具體基因或具體基因組合的表達(dá)或該基因編碼的蛋白質(zhì)的亞型)分類ipf的具體亞型。本文用術(shù)語(yǔ)“輔助診斷”來(lái)指就ipf的癥狀或病癥的具體類型的存在或性質(zhì)輔助作出臨床決定的方法。例如，輔助診斷ipf的方法可以包括測(cè)量某些基因在來(lái)自個(gè)體的生物樣品中的表達(dá)。本文用術(shù)語(yǔ)“預(yù)測(cè)”來(lái)指隨時(shí)間存活以及一種或多種可歸因于ipf的疾病癥狀隨時(shí)間惡化的概率的預(yù)測(cè)?！皩?duì)照受試者”指診斷未患有ipf且未遭受與ipf相關(guān)的任意病征或癥狀的健康受試者。本文所用的術(shù)語(yǔ)“樣品”指獲自或源自目的受試者的組合物，其包含待要例如根據(jù)物理、生化、化學(xué)和/或生理學(xué)特征進(jìn)行表征和/或鑒定的細(xì)胞實(shí)體和/或其他分子實(shí)體。例如，短語(yǔ)“疾病樣品”及其變化指獲自目的受試者的任意樣品，預(yù)期或已知其包含待表征的細(xì)胞實(shí)體和/或分子實(shí)體?！敖M織”或“細(xì)胞樣品”意指獲自受試者或患者的組織的相似細(xì)胞的收集。該組織或細(xì)胞樣品的來(lái)源可以是固體組織，如來(lái)自新鮮、冷凍和/或保存的器官或組織樣品或活檢組織或吸出物；血液或任意血液組分；體液，如腦脊髓液、羊水、腹膜液水或間隙液；來(lái)自該受試者妊娠或發(fā)育中的任意時(shí)間的細(xì)胞。該組織樣品還可以是原代或培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞系?？蛇x地，該組織或細(xì)胞樣品獲自疾病組織/器官。該組織樣品還可以包含并非在自然界中與該組織天然相互混合的化合物，如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營(yíng)養(yǎng)物、抗生素等。本文所用的“參照樣品”、“參照細(xì)胞”、“參照組織”、“對(duì)照樣品”、“對(duì)照細(xì)胞”或“對(duì)照組織”指樣品、細(xì)胞或組織，其獲自已知來(lái)源或認(rèn)為未受用本發(fā)明的方法或組合物鑒定的疾病或病癥影響。在一個(gè)實(shí)施方案中，參照樣品、參照細(xì)胞、參照組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織獲自同一受試者或患者的身體的健康部分，在所述受試者或患者中正在用本發(fā)明的組合物或方法鑒定疾病或病癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，參照樣品、參照細(xì)胞、參照組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織獲自個(gè)體的身體的健康部分，該個(gè)體不是正在用本發(fā)明的組合物或方法鑒定疾病或病癥的受試者或患者。對(duì)于本文的目的，組織樣品的“切片”意指組織樣品的單個(gè)部分，例如從組織樣品切下的組織或細(xì)胞的薄片。當(dāng)理解本發(fā)明包括這樣的方法，藉由該方法在形態(tài)學(xué)和分子兩個(gè)水平分析組織樣品的同一切片，或者就蛋白質(zhì)和核酸方面分析組織樣品的同一切片，那么可以取下組織樣品的多個(gè)切片，并按照本發(fā)明進(jìn)行分析?！跋嚓P(guān)”或“相關(guān)的”意指以任意方式將第一分析或方案的表現(xiàn)和/或結(jié)果與第二分析或方案的表現(xiàn)和/或結(jié)果相比較。例如，在進(jìn)行第二方案時(shí)可以使用第一分析或方案的結(jié)果，和/或可以用第一分析或方案的結(jié)果來(lái)確定是否應(yīng)進(jìn)行第二分析或方案。就基因表達(dá)分析或方案的實(shí)施方案而言，可以用基因表達(dá)分析或方案的結(jié)果來(lái)確定是否應(yīng)進(jìn)行特定治療方案。術(shù)語(yǔ)“基因特征”可與“基因表達(dá)特征”互換使用，指其表達(dá)指示ipf的特定亞型的基因或基因組合，所述ipf的特定亞型表征為某種分子、病理學(xué)、組織學(xué)、放射照相和/或臨床特征。在某些實(shí)施方案中，與對(duì)照受試者中包含基因特征的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)相比，這些基因的表達(dá)提高。術(shù)語(yǔ)“蛋白質(zhì)特征”可與“蛋白質(zhì)表達(dá)特征”互換使用，指其表達(dá)指示ipf的特定亞型的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合，所述ipf的特定亞型表征為某種分子、病理學(xué)、組織學(xué)、放射照相和/或臨床特征。在某些實(shí)施方案中，與對(duì)照受試者中包含蛋白質(zhì)特征的一種或多種蛋白質(zhì)的的表達(dá)相比，這些蛋白質(zhì)的表達(dá)提高。本文所用的“ipf治療劑”、“對(duì)治療ipf有效的治療劑”及其語(yǔ)法變形指這樣的試劑，在以有效量提供時(shí)，已知、臨床上顯示或臨床醫(yī)師預(yù)期其在患有ipf的受試者中提供治療益處?！昂蜻x治療劑”指在以前未獲上市批準(zhǔn)的條件(例如，具體劑量、給藥方案、適應(yīng)癥)下在臨床試驗(yàn)中正在進(jìn)行測(cè)試或?qū)⒁M(jìn)行測(cè)試的試劑。“抗-il-13/il4途徑抑制劑”指阻斷il-13和/或il-4信號(hào)傳遞的物質(zhì)?？?il13、抗-il4或抗-il13/il4抑制劑的實(shí)例包括但不限于抗-il13結(jié)合劑、抗-il4結(jié)合劑、抗-il4受體α結(jié)合劑、抗-il13受體α1結(jié)合劑和抗-il13受體α2結(jié)合劑。該抑制劑明確包括可以結(jié)合il-13、il-4、il-13rα1、il-13rα2或il-4rα的單結(jié)構(gòu)域抗體。應(yīng)理解，包括可以結(jié)合多于1個(gè)靶標(biāo)的分子。“抗-il4結(jié)合劑”指特異性結(jié)合人il-4的物質(zhì)。這類結(jié)合劑可以包括小分子、適配體或多肽。這種多肽可以包括但不限于選自免疫黏附素、抗體、肽體和肽的多肽。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該結(jié)合劑以1um-1pm之間的親和力結(jié)合人il-4序列?？?il-4結(jié)合劑的具體實(shí)例可以包括可溶性il4受體α(例如，與人fc區(qū)融合的il4受體胞外域)、抗-il4抗體和可溶性il13受體α1(例如，與人fc區(qū)融合的il13受體α1胞外域)?！翱?il4受體α結(jié)合劑”指特異性結(jié)合人il-4受體α的物質(zhì)。這類結(jié)合劑可以包括小分子、適配體或多肽。這種多肽可以包括但不限于選自免疫黏附素、抗體、肽體和肽的多肽。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該結(jié)合劑以1um-1pm之間的親和力結(jié)合人il-4受體α序列?？?il-4受體α結(jié)合劑的具體實(shí)例可以包括抗-il4受體α抗體?！翱?il13結(jié)合劑”指特異性結(jié)合人il-13的物質(zhì)。這類結(jié)合劑可以包括小分子、適配體或多肽。這種多肽可以包括但不限于選自免疫黏附素、抗體、肽體和肽的多肽。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該結(jié)合劑以1um-1pm之間的親和力結(jié)合人il-13序列?？?il13結(jié)合劑的具體實(shí)例可以包括抗-il13抗體、與人fc融合的可溶性il13受體α2、與人fc融合的可溶性il4受體α、與人fc融合的可溶性il13受體α。示例性抗-il13抗體描述于國(guó)際專利號(hào)2005/062967中?？?il13抗體的其他實(shí)例描述于wo2008/083695(例如ima-638和ima-026)、us2008/0267959、us2008/0044420和us2008/0248048中。示例性“抗-il13抗體”指如lebrikizumab，其意指結(jié)合人il13的人源化igg4抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含三個(gè)重鏈cdr：cdr-h1(seqidno.:1)、cdr-h2(seqidno.:2)和cdr-h3(seqidno.:3)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含三個(gè)輕鏈cdr：cdr-l1(seqidno.:4)、cdr-l2(seqidno.:5)和cdr-l3(seqidno.:6)。在一個(gè)實(shí)施方案，該抗-il13抗體包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr：cdr-h1(seqidno.:1)、cdr-h2(seqidno.:2)、cdr-h3(seqidno.:3)、cdr-l1(seqidno.:4)、cdr-l2(seqidno.:5)和cdr-l3(seqidno.:6)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.7和8的氨基酸序列的可變重鏈區(qū)vh。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:9的氨基酸序列的可變輕鏈區(qū)vl。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.7和8的氨基酸序列的可變重鏈區(qū)vh及具有seqidno.:9的氨基酸序列的可變輕鏈區(qū)vl。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:10或seqidno.:11或seqidno.:12或seqidno.:13的氨基酸序列的重鏈。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.:10、seqidno.:11、seqidno.:12和seqidno.:13的氨基酸序列的重鏈及具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。“抗-il13受體α1結(jié)合劑”指特異性結(jié)合人il13受體α1的物質(zhì)。這類結(jié)合劑可以包括小分子、適配體或多肽。這種多肽可以包括但不限于選自免疫黏附素、抗體、肽體和肽的多肽。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該結(jié)合劑以1um-1pm之間的親和力結(jié)合人il-13受體α1序列?？?il13受體α1結(jié)合劑的具體實(shí)例可以包括抗-il13受體α1抗體?！翱?il13受體α2結(jié)合劑”指特異性結(jié)合人il13受體α2的物質(zhì)。這類結(jié)合劑可以包括小分子、適配體或多肽。這種多肽可以包括但不限于選自免疫黏附素、抗體、肽體和肽的多肽。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，該結(jié)合劑以1um-1pm之間的親和力結(jié)合人il-13受體α2序列?？?il13受體α2結(jié)合劑的具體實(shí)例可以包括抗-il13受體α2抗體。術(shù)語(yǔ)“抗體”以最廣泛的含義使用，且明確涵蓋例如單克隆抗體、多克隆抗體、具有多表位特異性的抗體、單鏈抗體、多特異性抗體和抗體片段。這類抗體可以是嵌合抗體、人源化抗體、人抗體和合成抗體。下文更詳細(xì)地描述這類抗體及產(chǎn)生它們的方法。術(shù)語(yǔ)“可變的”指可變域的某些區(qū)段的序列在抗體間廣泛不同的事實(shí)。v區(qū)介導(dǎo)抗原結(jié)合，并限定特定抗體對(duì)其特定抗原的特異性。但是，可變性并非在可變域的110個(gè)氨基酸的跨度內(nèi)均勻分布。相反，v區(qū)由15-30個(gè)氨基酸的稱為構(gòu)架區(qū)(fr)的相對(duì)不變的序列組成，構(gòu)架區(qū)由長(zhǎng)度各為9-12個(gè)氨基酸的稱為“高變區(qū)”的具有極端可變性的較短區(qū)域分開(kāi)。天然重鏈和輕鏈的可變域各包含四個(gè)fr，其主要采用β-折疊構(gòu)型，通過(guò)三個(gè)高變區(qū)連接，該高變區(qū)形成連接該β-折疊結(jié)構(gòu)的環(huán)，且在一些情況下形成該β-折疊結(jié)構(gòu)的部分。每條鏈中的高變區(qū)通過(guò)fr近距離保持在一起，并與來(lái)自另一條鏈的高變區(qū)一起形成抗體的抗原結(jié)合位點(diǎn)(見(jiàn)kabat等,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md(1991))。恒定域不直接涉及抗體與抗原的結(jié)合，但顯示多種效應(yīng)子功能，如抗體在抗體依賴性細(xì)胞毒作用(adcc)中的參與。在本文中使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“高變區(qū)”(或“hvr”)指抗體負(fù)責(zé)抗原結(jié)合的氨基酸殘基。高變區(qū)通常包含來(lái)自“互補(bǔ)決定區(qū)”或“cdr”(例如，vl中的約殘基24-34(l1)、50-56(l2)和89-97(l3)，vh中的約殘基31-35b(h1)、50-65(h2)和95-102(h3)(kabat等,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md.(1991)))的氨基酸殘基和/或來(lái)自高變環(huán)(例如，vl中的殘基26-32(l1)、50-52(l2)和91-96(l3)及vh中的26-32(h1)、52a-55(h2)和96-101(h3)(chothia和leskj.mol.biol.196:901-917(1987)))的那些殘基。高變區(qū)可以包含如下“擴(kuò)展的高變區(qū)”：vl中的24-36(l1)、46-56(l2)和89-97(l3)，vh中的26-35b(h1)、47-65(h2)和93-102(h3)。對(duì)于這些定義中的每一個(gè)，按照kabat等,上文編號(hào)可變域殘基?！皹?gòu)架”或“fr”殘基是除本文定義的高變區(qū)殘基外的那些可變域殘基。例如，輕鏈構(gòu)架區(qū)1(lc-fr1)、構(gòu)架區(qū)2(lc-fr2)、構(gòu)架區(qū)3(lc-fr3)和構(gòu)架4(lc-fr4)區(qū)可以分別包含抗體的編號(hào)1-23、35-49、57-88和98-107的殘基(kabat編號(hào)系統(tǒng))。在另一實(shí)例中，人重鏈構(gòu)架區(qū)1(hc-fr1)、人重鏈構(gòu)架區(qū)2(hc-fr2)、人重鏈構(gòu)架區(qū)3(hc-fr3)和人重鏈構(gòu)架區(qū)4(hc-fr4)可以分別包含抗體的殘基1-25、36-48、66-92和103-113(kabat編號(hào)系統(tǒng))。本文提到的“共有序列”或共有v結(jié)構(gòu)域序列是源自已知的人免疫球蛋白可變區(qū)序列的氨基酸序列比較而得到的人工序列。本文所用的術(shù)語(yǔ)“單克隆抗體”指來(lái)自基本是同質(zhì)性抗體群體的抗體，即除了在產(chǎn)生該單克隆抗體的過(guò)程中出現(xiàn)的可能的變體(這類變體通常小量存在)外，該群體包含的單個(gè)抗體相同和/或結(jié)合一個(gè)或多個(gè)相同的表位。這種單克隆抗體通常包括這樣的抗體，其含有結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列，其中該結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列是通過(guò)以下方法獲得的，該方法包括從多個(gè)多肽序列選擇單個(gè)結(jié)合靶標(biāo)的多肽序列。例如，該選擇方法可以是從多個(gè)克隆(如雜交瘤克隆庫(kù)、噬菌體克隆庫(kù)或重組dna克隆庫(kù))選擇獨(dú)特的克隆。應(yīng)理解，可以進(jìn)一步改變所選擇的結(jié)合靶標(biāo)的序列，例如以改善對(duì)靶標(biāo)的親和力、人源化結(jié)合靶標(biāo)的序列、改善其在細(xì)胞培養(yǎng)物中的產(chǎn)生、降低其在體內(nèi)的免疫原性、產(chǎn)生多特異性抗體等，包含改變的結(jié)合靶標(biāo)的序列的抗體也是本發(fā)明的單克隆抗體。與通常包含針對(duì)不同決定簇(表位)的抗體的多克隆抗體不同，單克隆抗體制劑的每個(gè)單克隆抗體針對(duì)抗原上的單個(gè)決定簇。除其特異性外，單克隆抗體制劑還因它們通常未受其他免疫球蛋白污染而是有利的。修飾詞“單克隆的”表示抗體獲自基本同質(zhì)的抗體群體的性狀，不視為需要通過(guò)任意特定的方法來(lái)產(chǎn)生該抗體。例如，待按照本發(fā)明使用的單克隆抗體可以通過(guò)多種技術(shù)來(lái)制備，包括雜交瘤法(例如，kohler等,nature,256:495(1975)；harlow等,antibodies:alaboratorymanual,(coldspringharborlaboratorypress,第2版1988)；hammerling等,在monoclonalantibodiesandt-cellhybridomas563-681,(elsevier,n.y.,1981)中)、重組dna法(見(jiàn)例如美國(guó)專利號(hào)4,816,567)、噬菌體展示技術(shù)(見(jiàn)例如clackson等,nature,352:624-628(1991)；marks等,j.mol.biol.,222:581-597(1991)；sidhu等,j.mol.biol.338(2):299-310(2004)；lee等,j.mol.biol.340(5):1073-1093(2004)；fellouse,proc.nat.acad.sci.usa101(34):12467-12472(2004)；和lee等j.immunol.methods284(1-2):119-132(2004))及用于從具有部分或全部人免疫球蛋白基因座或編碼人免疫球蛋白序列的基因的動(dòng)物產(chǎn)生人抗體或人樣抗體的技術(shù)(見(jiàn)例如wo98/24893、wo/9634096、wo/9633735和wo/9110741；jakobovits等,proc.natl.acad.sci.usa,90:2551(1993)；jakobovits等,nature,362:255-258(1993)；bruggemann等,yearinimmuno.,7:33(1993)；美國(guó)專利號(hào)5,545,806、5,569,825、5,591,669(全都屬于genpharm)；5,545,807；wo97/17852；美國(guó)專利號(hào)5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；和marks等,bio/technology,10:779-783(1992)；lonberg等,nature,368:856-859(1994)；morrison,nature,368:812-813(1994)；fishwild等,naturebiotechnology,14:845-851(1996)；neuberger,naturebiotechnology,14:826(1996)；及l(fā)onberg和huszar,intern.rev.immunol.,13:65-93(1995).本文的單克隆抗體明確包括“嵌合”抗體(免疫球蛋白)以及這類抗體的片段，只要它們顯示希望的生物學(xué)活性，在該抗體中部分重鏈和/或輕鏈與以下抗體中對(duì)應(yīng)的序列相同或同源，該抗體源自特定物種或隸屬于特定抗體種類或亞類，而一條或多條鏈的其余部分與以下抗體中對(duì)應(yīng)的序列相同或同源，該抗體源自另一物種或隸屬于另一抗體種類或亞類(美國(guó)專利號(hào)4,816,567；morrison等,proc.natl.acad.sci.usa81:6851-6855(1984))。制備嵌合抗體的方法為本領(lǐng)域已知。非人(例如鼠)抗體的“人源化”形式是含有源自非人免疫球蛋白的最小序列的嵌合免疫球蛋白、免疫球蛋白鏈或其片段(如fv、fab、fab'、f(ab')2或抗體的其他抗原結(jié)合片段)。在一些實(shí)施方案中，人源化抗體是人免疫球蛋白(受體抗體)，其中用來(lái)自非人物種(如小鼠、大鼠或兔)的具有希望的特異性、親和力和能力的互補(bǔ)決定區(qū)(cdr)(供體抗體)的殘基替換來(lái)自受體的cdr的殘基。在一些情況下，用對(duì)應(yīng)的非人殘基替換人免疫球蛋白的fv構(gòu)架區(qū)(fr)殘基。此外，人源化抗體可以包含不見(jiàn)于受體抗體中也不見(jiàn)于引入的cdr或構(gòu)架序列中的殘基。通常進(jìn)行這些修飾來(lái)進(jìn)一步改良和最大化抗體性能。通常，人源化抗體將包含至少一個(gè)可變域的基本上全部，其中全部或基本上全部高變環(huán)源自非人免疫球蛋白，而全部或基本上全部fr區(qū)源自人免疫球蛋白序列，但fr區(qū)可以包含一個(gè)或多個(gè)氨基酸取代，以例如改善結(jié)合親和力。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，人源化抗體還將包含至少部分免疫球蛋白恒定區(qū)(fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定區(qū)或人共有恒定序列。進(jìn)一步的細(xì)節(jié)見(jiàn)jones等,nature321:522-525(1986)；riechmann等,nature332:323-329(1988)；及presta,curr.op.struct.biol.2:593-596(1992)。人源化抗體包括抗體，其中抗體的抗原結(jié)合區(qū)源自通過(guò)例如用目的抗原免疫短尾猴產(chǎn)生的抗體。制備人源化抗體的方法為本領(lǐng)域已知。人抗體也可以用本領(lǐng)域已知的多種技術(shù)產(chǎn)生，包括噬菌體展示文庫(kù)。hoogenboom和winter,j.mol.biol.,227:381(1991)；mark等,j.mol.biol.,222:581(1991)。也可用cole等和boerner等的技術(shù)來(lái)制備人單克隆抗體。cole等,monoclonalantibodiesandcancertherapy,alanr.liss,77頁(yè)(1985)；boerner等,j.immunol.,147(1):86-95(1991)。還見(jiàn)lonberg和huszar,int.rev.immunol.13:65-93(1995)；pct公開(kāi)wo98/24893；wo92/01047；wo96/34096；wo96/33735；歐洲專利號(hào)0598877；美國(guó)專利號(hào)5,413,923；5,625,126；5,633,425；5,569,825；5,661,016；5,545,806；5,814,318；5,885,793；5,916,771；及5,939,598?！翱贵w片段”包含全長(zhǎng)抗體的部分，通常是其抗原結(jié)合區(qū)或可變區(qū)。抗體片段的實(shí)例包括fab、fab'、f(ab')2和fv；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成的多特異性抗體?！癴v”是包含完整的抗原識(shí)別和結(jié)合位點(diǎn)的最小的抗體片段。此片段由一個(gè)重鏈可變區(qū)結(jié)構(gòu)域和一個(gè)輕鏈可變區(qū)結(jié)構(gòu)域緊密非共價(jià)結(jié)合成的二聚體組成。從這兩個(gè)結(jié)構(gòu)域的折疊發(fā)射出六個(gè)高變環(huán)(來(lái)自h鏈和l鏈的各3個(gè)環(huán))，其貢獻(xiàn)用于抗原結(jié)合的氨基酸殘基并賦予抗體抗原結(jié)合特異性。但是，甚至單個(gè)可變域(或僅包含對(duì)抗原特異的三個(gè)cdr的半個(gè)fv)也具有識(shí)別和結(jié)合抗原的能力，但親和力低于整個(gè)結(jié)合位點(diǎn)。本發(fā)明的抗體的“功能片段”是仍以與它們所源自的完整全長(zhǎng)分子基本相同的親和力結(jié)合多肽且在至少一種測(cè)定(例如，抑制如小鼠模型中的纖維化或抑制在體外與該抗體片段結(jié)合的抗原的生物學(xué)活性)中具有活性的那些片段?？贵w“效應(yīng)子功能”指可歸因于抗體的fc區(qū)(天然序列fc區(qū)或氨基酸序列變體fc區(qū))的那些生物學(xué)活性，且隨抗體同種型而變。抗體效應(yīng)子功能的實(shí)例包括：c1q結(jié)合和依賴補(bǔ)體的細(xì)胞毒性、fc受體結(jié)合、依賴抗體的細(xì)胞毒性(adcc)、吞噬作用、細(xì)胞表面受體(例如b細(xì)胞受體)的下調(diào)和b細(xì)胞激活?！疤烊恍蛄衒c區(qū)”包含與見(jiàn)于自然界中的fc區(qū)的氨基酸序列相同的氨基酸序列。就本文鑒定的多肽和抗體序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”或“同源性”定義為在將任意保守取代視為序列同一性的部分進(jìn)行比對(duì)后，候選序列中與所比較的多肽中的氨基酸殘基相同的氨基酸殘基的百分比?？梢砸员绢I(lǐng)域現(xiàn)有技術(shù)中的多種方式來(lái)實(shí)現(xiàn)用于測(cè)定氨基酸序列同一性百分比的比對(duì)，例如，使用公開(kāi)可獲得的計(jì)算機(jī)軟件，如blast、blast-2、align或megalign(dnastar)軟件。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以確定用于測(cè)量比對(duì)的適當(dāng)參數(shù)，包括在所比較的全長(zhǎng)序列中實(shí)現(xiàn)最大比對(duì)所需的任意算法。但是，對(duì)于本文的目的，用序列比較計(jì)算機(jī)程序align-2來(lái)產(chǎn)生％氨基酸序列同一性值。align-2序列比較計(jì)算機(jī)程序由genentech,inc.編寫(xiě)，源代碼已隨用戶文檔提交u.s.copyrightoffice,washingtond.c.,20559，它以登記號(hào)txu510087登記于u.s.copyrightoffice。align-2程序從genentech,inc.,southsanfrancisco,california公開(kāi)可得。align-2程序應(yīng)編譯用在unix操作系統(tǒng)上，優(yōu)選數(shù)字unixv4.0d。所有序列比較參數(shù)由align-2程序設(shè)定且保持不變。術(shù)語(yǔ)“包含fc區(qū)的多肽”指多肽，如抗體或免疫黏附素(見(jiàn)下文定義)，其包含fc區(qū)。fc區(qū)的c端賴氨酸(eu編號(hào)系統(tǒng)的殘基447)可以例如在純化多肽期間或通過(guò)重組改造編碼該多肽的核酸來(lái)去除。因此，包含根據(jù)本發(fā)明的具有fc區(qū)的多肽(包括抗體)的組合物可以包含去除了所有k447殘基的多肽群體、未去除k447殘基的多肽群體或具有k447殘基和不具有k447殘基的多肽的混合物的多肽群體。在本說(shuō)明書(shū)和權(quán)利要求中，在提到可變域(大約是輕鏈的殘基1-107和重鏈的殘基1-113)中的殘基時(shí)，通常使用kabat編號(hào)系統(tǒng)(例如，kabat等,sequencesofimmunologicalinterest.第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md.(1991))。在提到免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)中的殘基時(shí)，通常使用“eu編號(hào)系統(tǒng)”或“eu指數(shù)”(例如，在此明確并入本文作為參考的kabat等,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md(1991)中報(bào)道的eu指數(shù))。除非本文另有說(shuō)明，提到抗體可變域中的殘基編號(hào)意指kabat編號(hào)系統(tǒng)的殘基編號(hào)。除非本文另有說(shuō)明，提到抗體恒定域中的殘基編號(hào)意指eu編號(hào)系統(tǒng)的殘基編號(hào)(例如，見(jiàn)美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?0/640,323，eu編號(hào)的數(shù)字)。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以容易地確定雜交條件的“嚴(yán)格性”，其通常是取決于探針長(zhǎng)度、洗滌溫度和鹽濃度的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算。一般而言，較長(zhǎng)的探針需要較高的溫度進(jìn)行適當(dāng)?shù)耐嘶?，而較短的探針需要較低的溫度。在互補(bǔ)鏈存在于低于它們的解鏈溫度的環(huán)境中時(shí)，雜交通常取決于變性dna重退火的能力。探針與可雜交序列間所希望的的同源性的程度越高，可以使用的相對(duì)溫度越高。結(jié)果，導(dǎo)致較高的相對(duì)溫度將趨向于使得反應(yīng)條件更嚴(yán)格，而較低的相對(duì)溫度將趨向于使得反應(yīng)條件更不嚴(yán)格。雜交反應(yīng)的嚴(yán)格性的其他詳情和解釋見(jiàn)ausubel等,currentprotocolsinmolecularbiology,wileyintersciencepublishers,(1995)?？梢酝ㄟ^(guò)以下來(lái)鑒定本文定義的“嚴(yán)格條件”或“高嚴(yán)格性條件”：(1)利用低離子強(qiáng)度和高溫進(jìn)行洗滌，例如0.015m氯化鈉/0.0015m檸檬酸鈉/0.1％十二烷基硫酸鈉于50℃；(2)雜交期間利用變性劑，如甲酰胺，例如42℃含0.1％牛血清白蛋白/0.1％ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮的50％(v/v)甲酰胺和含750mm氯化鈉、75mm檸檬酸鈉的ph6.5的50mm磷酸鈉緩沖液；或(3)在42℃下在包含50％甲酰胺、5×ssc(0.75mnacl、0.075m檸檬酸鈉)、50mm磷酸鈉(ph6.8)、0.1％焦磷酸鈉、5×denhardt's溶液、超聲處理的鮭精dna(50μg/ml)、0.1％sds和10％硫酸葡聚糖的溶液中過(guò)夜雜交，在42℃下在0.2×ssc(氯化鈉/檸檬酸鈉)中洗滌10分鐘，然后是55℃下用含edta的0.1×ssc進(jìn)行10分鐘高嚴(yán)格性洗滌?？梢园凑誷ambrook等,molecularcloning:alaboratorymanual,newyork:coldspringharborpress,1989所述鑒定“中等嚴(yán)格的條件”，且其包括使用嚴(yán)格性低于上文所述的那些洗滌溶液和雜交條件(例如，溫度、離子強(qiáng)度和％sds)的洗滌溶液和雜交條件。中等嚴(yán)格的條件的實(shí)例是在37℃下在以下的溶液中過(guò)夜溫育，該溶液包含20％甲酰胺、5×ssc(150mmnacl、15mm檸檬酸三鈉)、50mm磷酸鈉(ph7.6)、5×denhardt's溶液、10％硫酸葡聚糖和20mg/ml變性的剪切鮭精dna，然后在約37-50℃下在1×ssc中洗滌濾膜。熟練的技術(shù)人員將理解如何根據(jù)需要調(diào)節(jié)溫度、離子強(qiáng)度等，以適應(yīng)諸如探針長(zhǎng)度等的因素。如本文所使用，待治療的受試者是哺乳動(dòng)物(例如，人、非人靈長(zhǎng)類、大鼠、小鼠、牛、馬、豬、綿羊、山羊、狗、貓等)。該受試者可以是臨床患者、臨床試驗(yàn)志愿者、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物等。該受試者可以疑似患有特發(fā)性肺纖維化或處于患上特發(fā)性肺纖維化的風(fēng)險(xiǎn)，或者診斷為患有特發(fā)性肺纖維化。根據(jù)一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案，本發(fā)明的待治療的受試者是人?！爸委煛被颉皽p輕”指其中目的是預(yù)防或減慢(減少)所靶向的病理性癥狀或病癥或緩解該病癥的一些癥狀的措施。需要治療的那些受試者可以包括已經(jīng)患有該病癥以及易于患上該病癥或待要預(yù)防該病癥的那些受試者。如果在接受本發(fā)明的治療劑之后，患者隨時(shí)間的推移(例如，超過(guò)3個(gè)月[12周]，或6個(gè)月[24周]，或9個(gè)月[36周]，或12個(gè)月[1年，52周])在以下的一項(xiàng)或多項(xiàng)中顯示可觀察到和/或可測(cè)量到的從基線的減少或改變和/或可測(cè)量到的從基線變化的速率，則成功“治療”了受試者或哺乳動(dòng)物的特發(fā)性肺纖維化：用力肺活量(fvc)；肺一氧化碳擴(kuò)散容量(dlco)；患者報(bào)告結(jié)果工具，如ipf中評(píng)估生活質(zhì)量的工具(ataq-ipf)或euroqol5-dimensionquestionnaire(eq-5d)；6分鐘步行距離(6mwd)；靜息氧流速；肺高分辨率計(jì)算層析x射線照相術(shù)(hrct)上的放射照相發(fā)現(xiàn)，包括定量肺纖維化(qlf)得分；血清生物標(biāo)志，包括但不限于骨膜蛋白、ccl18、ykl40、comp、opn、ccl13。本文所用的“ipf加重”意指符合以下標(biāo)準(zhǔn)的事件：之前30天內(nèi)未能解釋的惡化或出現(xiàn)呼吸困難；疊加在與常見(jiàn)的間質(zhì)肺炎(uip)一致的網(wǎng)狀或蜂窩狀背景模式上的新的雙側(cè)毛玻璃樣異常和/或固結(jié)的放射學(xué)證據(jù)；缺乏備選的原因，如左心衰竭、肺栓塞、肺部感染(根據(jù)氣管內(nèi)吸出物或支氣管肺泡灌洗(如果可得)，或研究人員的判斷)，或其他導(dǎo)致急性肺損傷的事件(例如膿毒、誤吸、創(chuàng)傷、再灌注肺水腫)。本文所用的“ipf惡化”或“ipf疾病惡化”意指符合以下(i)、(ii)和(iii)的事件：(i)之前30天內(nèi)未能解釋的惡化或出現(xiàn)呼吸困難；(ii)以下任意兩項(xiàng)：(a)疊加在與uip一致的網(wǎng)狀或蜂窩狀背景模式上的新的雙側(cè)毛玻璃樣異常和/或固結(jié)的放射學(xué)證據(jù)；(b)符合以下標(biāo)準(zhǔn)中的至少1項(xiàng)的肺功能惡化：(i)fvc(l)，至少10％；(ii)dlco(mlco/分鐘-1/mmhg-1)，至少15％；(iii)氧飽和(spo2)，至少4％；和(iii)缺乏備選的原因?！坝行Я俊敝冈诒匦璧膭┝亢蜁r(shí)期下達(dá)到希望的治療或預(yù)防結(jié)果有效的量。術(shù)語(yǔ)“治療有效量”指在受試者中有效“減輕”或“治療”疾病或病癥的本發(fā)明的多肽的量。治療劑的治療有效量可以根據(jù)因素諸如疾病狀態(tài)、年齡、性別、受試者的體重和抗體在個(gè)體中引出希望的應(yīng)答的能力而改變。治療有效量還是這樣的量，其中治療有益作用超過(guò)了治療劑的任意毒性或有害作用?！邦A(yù)防有效量”指在必需的劑量和時(shí)期下有效地達(dá)到希望的預(yù)防結(jié)果的量。通常但并非必需，由于在患病之前或在疾病的較早階段將預(yù)防劑量用于受試者，所以預(yù)防有效量將小于治療有效量?！伴L(zhǎng)期”施用指以與急性方式相反的持續(xù)方式施用一種或多種藥物，以在延長(zhǎng)的時(shí)期中維持起始治療作用(活性)。“間歇”施用是并非無(wú)中斷地連續(xù)進(jìn)行而是在性質(zhì)上是周期性的治療。“用力呼氣量(fev1)”指測(cè)量在用力呼氣的第一秒中排出的空氣體積的標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試。通過(guò)肺活量計(jì)測(cè)量fev1，肺活量計(jì)由煙嘴口(mouthpiece)和連接至記錄結(jié)果并將它們顯示在圖表上的機(jī)器的一次性管道組成。為了進(jìn)行肺活量測(cè)定，讓人深吸氣，緊緊圍繞管道閉上口，然后通過(guò)管道呼氣，同時(shí)進(jìn)行測(cè)量。記錄并分析呼出的空氣體積及每次呼吸花費(fèi)的時(shí)長(zhǎng)。肺活量測(cè)定結(jié)果表示為百分比。正常肺活量測(cè)定結(jié)果的實(shí)例包括一秒后fev1為肺活量的75％。異常肺活量測(cè)定結(jié)果的實(shí)例包括小于正常預(yù)測(cè)值的80％的讀數(shù)。異常結(jié)果通常指示存在某種程度的阻塞性肺疾病，如哮喘、肺氣腫或慢性支氣管炎，或限制性肺疾病，如肺纖維化。例如，可以用fev1值(預(yù)測(cè)值的百分比)來(lái)分類可伴隨哮喘和其他阻塞性肺疾病(如肺氣腫或慢性支氣管炎)出現(xiàn)的阻塞：fev1為預(yù)測(cè)值的65％至79％＝輕度阻塞，fev1為預(yù)測(cè)值的40％至59％＝中度阻塞，fev1為預(yù)測(cè)值的不到40％＝嚴(yán)重阻塞。此外，阻塞性和限制性肺疾病在至少以下方面不同。在阻塞性疾病中，fev1/fvc比例可以低于正常，而fvc可以是正常的，而在限制性疾病中，fev1和fvc可以都低于正常，但fev1/fvc比例可以是正常的。在這類情況下，fev1僅是因?yàn)閒vc降低而降低。本文所用的“fvc”指“用力肺活量”，其指測(cè)量充分吸氣和最大呼氣至殘氣量之間的肺空氣體積變化(與fev1中的在1秒內(nèi)排出的空氣體積相反)的標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試。它是功能性肺容量的測(cè)量。在患有限制性肺疾病(如間質(zhì)性肺病(包括ipf)、過(guò)敏性肺炎、肉樣瘤病和系統(tǒng)性硬化癥)的患者中，fvc通常由于肺實(shí)質(zhì)的瘢痕形成而降低?？梢杂脕?lái)鑒定(例如通過(guò)微列陣分析)本文所述的基因(和由基因編碼的蛋白質(zhì))的核酸探針的實(shí)例包括但不限于表2、3和4中所述的探針?！疤岣叩谋磉_(dá)水平”或“提高的水平”指患者(例如疑似患有或診斷為患有ipf的患者)中mrna或蛋白質(zhì)的表達(dá)相對(duì)于對(duì)照(如未患ipf的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體)增加。一般技術(shù)除非另有說(shuō)明，本發(fā)明的實(shí)施將利用分子生物學(xué)(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)和免疫學(xué)的常規(guī)技術(shù)，這些技術(shù)為本領(lǐng)域的現(xiàn)有技術(shù)。這類技術(shù)充分闡述于文獻(xiàn)中，如"molecularcloning:alaboratorymanual",第二版(sambrook等,1989)；"oligonucleotidesynthesis"(m.j.gait編輯,1984)；"animalcellculture"(r.i.freshney,ed.,1987)；"methodsinenzymology"(academicpress,inc.)；"currentprotocolsinmolecularbiology"(f.m.ausubel等編輯,1987,及定期更新)；"pcr:thepolymerasechainreaction",(mullis等編輯,1994)。用于本發(fā)明的引物、寡核苷酸和多核苷酸可以用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)產(chǎn)生。本文提供與ipf和ipf的某些亞型相關(guān)的基因表達(dá)特征。這些特征構(gòu)成ipf和/或ipf的亞型的生物標(biāo)志，和/或有利于或促進(jìn)ipf的發(fā)展、持續(xù)和/或進(jìn)展，以及可預(yù)測(cè)ipf患者的存活。因此，本文公開(kāi)的發(fā)明用于多種情況，例如用于與ipf預(yù)測(cè)、診斷和治療相關(guān)的方法和組合物?；虮磉_(dá)水平的檢測(cè)本文所述的方法中任一種的核酸可以是轉(zhuǎn)錄自基因組dna的rna或產(chǎn)生自rna的cdna。核酸可以源自脊椎動(dòng)物，例如哺乳動(dòng)物。如果核酸直接獲自特定來(lái)源或如果核酸是見(jiàn)于該來(lái)源中的核酸的拷貝，則稱它“源自”該來(lái)源。核酸包括核酸的拷貝，例如源自擴(kuò)增的拷貝。在某些情況下希望擴(kuò)增，例如以獲得用于檢測(cè)變異的希望的量的物質(zhì)。然后可以使用變異檢測(cè)方法(如下文所述的那些)來(lái)檢測(cè)擴(kuò)增子，以測(cè)定某些基因的表達(dá)。微列陣是通常在高嚴(yán)格性條件下用成千上萬(wàn)個(gè)核酸探針的陣列系列來(lái)例如與cdna或crna樣品雜交的多重技術(shù)。通常通過(guò)檢測(cè)縈光團(tuán)、銀或化學(xué)發(fā)光標(biāo)記的靶標(biāo)來(lái)檢測(cè)和定量探針-靶標(biāo)雜交，以測(cè)定靶標(biāo)中核酸序列的相對(duì)豐度。在典型的微列陣中，通過(guò)探針與化學(xué)基質(zhì)之間的共價(jià)鍵(經(jīng)環(huán)氧-硅烷、氨基-硅烷、賴氨酸、聚丙烯酰胺或其他)將探針結(jié)合至固體表面。固體表面是例如玻璃、硅片或微珠。多種微列陣是商業(yè)上可獲得的，該微列陣包括例如由affymetrix,inc.和illumina,inc.制造的那些微列陣。蛋白質(zhì)表達(dá)水平的檢測(cè)可以在全血、血漿或血清的樣品中檢測(cè)蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。用于檢測(cè)這類生物樣品中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平的多種方法為本領(lǐng)域已知，該方法包括多種免疫測(cè)定法。之前已描述了許多的免疫測(cè)定技術(shù)，見(jiàn)例如美國(guó)專利號(hào)4,016,043、4,424,279和4,018,653。該方法包括非競(jìng)爭(zhēng)性類型的單位點(diǎn)和雙位點(diǎn)或“夾心”測(cè)定，以及傳統(tǒng)的競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合測(cè)定。這些測(cè)定還包括經(jīng)標(biāo)記的抗體與靶生物標(biāo)志的直接結(jié)合。夾心測(cè)定是最有用和最常用的測(cè)定。存在夾心測(cè)定技術(shù)的許多變形，且全都為本發(fā)明所涵蓋。簡(jiǎn)言之，在典型的向前測(cè)定(forwardassay)中，將未標(biāo)記的抗體固定在固體基質(zhì)上，并使待測(cè)試的樣品與結(jié)合分子接觸。適宜的溫育期(足以允許形成抗體-抗原復(fù)合體的時(shí)期)后，然后加入對(duì)抗原特異的第二抗體，并溫育足以形成另一抗體-抗原-標(biāo)記抗體的復(fù)合體的時(shí)間，所述第二抗體用能夠產(chǎn)生可檢測(cè)信號(hào)的報(bào)道分子標(biāo)記。洗去任何未反應(yīng)的物質(zhì)，通過(guò)觀察由報(bào)道分子產(chǎn)生的信號(hào)來(lái)測(cè)定抗原的存在。結(jié)合可以通過(guò)簡(jiǎn)單地觀察可見(jiàn)信號(hào)而是定性的，或可以通過(guò)與含有已知量的生物標(biāo)志的對(duì)照樣品比較而是定量的。向前測(cè)定的變形包括同時(shí)測(cè)定，其中將樣品和標(biāo)記抗體同時(shí)加至結(jié)合抗體。這些技術(shù)為本領(lǐng)域技術(shù)人員公知，且包括顯而易見(jiàn)的任意小變化。在典型的向前夾心測(cè)定中，使具有針對(duì)生物標(biāo)志的特異性的第一抗體共價(jià)或被動(dòng)結(jié)合于固體表面。固體表面通常是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纖維素、聚丙烯酰胺、尼龍、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固相支持體可以是管、小球、微量培養(yǎng)板的盤的形式，或適合用于進(jìn)行免疫測(cè)定的任意其他表面。結(jié)合方法為本領(lǐng)域公知，且通常包括交聯(lián)共價(jià)結(jié)合或物理吸附，在測(cè)試樣品的準(zhǔn)備中洗滌聚合物-抗體復(fù)合體。然后將待測(cè)試樣品的整分試樣加至固相復(fù)合體，并在適宜條件(例如，從室溫至40℃，如25℃和32℃(含)之間)下溫育足夠的時(shí)間(例如，2-40分鐘或過(guò)夜(如果更方便))，以允許存在于抗體中的任意亞基的結(jié)合。溫育期后，洗滌并干燥抗體亞基固相，并與特異地針對(duì)生物標(biāo)志的部分的第二抗體一起溫育。第二抗體與報(bào)道分子連接，用該報(bào)道分子來(lái)顯示第二抗體與分子標(biāo)志的結(jié)合。備選方法涉及固定樣品中的靶生物標(biāo)志，然后將該固定的生物標(biāo)志暴露于特異性抗體，該抗體可以用報(bào)道分子標(biāo)記或不標(biāo)記。取決于靶標(biāo)的量和報(bào)道分子信號(hào)的強(qiáng)度，可以通過(guò)用抗體直接標(biāo)記來(lái)檢測(cè)結(jié)合的靶標(biāo)。備選地，將對(duì)第一抗體特異的第二標(biāo)記抗體暴露于靶標(biāo)-第一抗體復(fù)合體，以形成靶標(biāo)-第一抗體-第二抗體三元復(fù)合體。通過(guò)報(bào)道分子發(fā)出的信號(hào)來(lái)檢測(cè)復(fù)合體。本說(shuō)明書(shū)中所用的“報(bào)道分子”意指通過(guò)其化學(xué)性質(zhì)提供可分析鑒定的信號(hào)的分子，該信號(hào)允許檢測(cè)抗原結(jié)合的抗體。這類測(cè)定中最常用的報(bào)道分子是酶、縈光團(tuán)或含放射性核素的分子(即放射性同位素)和化學(xué)發(fā)光分子。在酶免疫測(cè)定的情況下，通常利用戊二醛或過(guò)碘酸鹽將酶綴合至第二抗體。但是，可容易地認(rèn)識(shí)到，存在技術(shù)人員可容易地獲得的多種不同的綴合技術(shù)。常用的酶包括辣根過(guò)氧化物酶、葡糖氧化酶、半乳糖苷酶和堿性磷酸酶等。通常選擇底物(根據(jù)具體酶而使用)，以用于在通過(guò)對(duì)應(yīng)的酶水解時(shí)產(chǎn)生可檢測(cè)的顏色變化。適宜的酶的實(shí)例包括堿性磷酸酶和過(guò)氧化物酶。還可能利用產(chǎn)生縈光產(chǎn)物的縈光底物而不是上述生色底物。在所有情況下，向第一抗體-分子標(biāo)志復(fù)合體加入酶標(biāo)記的抗體，使其結(jié)合，然后洗去過(guò)量的試劑。然后向抗體-抗原-抗體的復(fù)合體加入含有適當(dāng)?shù)孜锏娜芤骸５孜飳⑴c連接至第二抗體的酶反應(yīng)，產(chǎn)生定性視覺(jué)信號(hào)，其通?？梢酝ㄟ^(guò)分光光度計(jì)進(jìn)一步定量，以產(chǎn)生存在于樣品中的生物標(biāo)志的量的指征。備選地，可以將縈光化合物(如縈光素和羅丹明)化學(xué)偶聯(lián)至抗體而不改變其結(jié)合能力。在通過(guò)用特定波長(zhǎng)的光照射來(lái)激活時(shí)，縈光染料標(biāo)記的抗體吸收光能，在分子中誘導(dǎo)激發(fā)性狀態(tài)，然后發(fā)射出可用光學(xué)顯微鏡視覺(jué)上檢測(cè)的特征性顏色的光。如在eia中，使縈光標(biāo)記的抗體與第一抗體-分子標(biāo)志復(fù)合體結(jié)合。洗去未結(jié)合的試劑后，然后將剩余的三元復(fù)合體暴露于適當(dāng)波長(zhǎng)的光，所觀察到的縈光指示目的分子標(biāo)志的存在。免疫縈光和eia技術(shù)在本領(lǐng)域中都非常完善。但是，也可以利用其他報(bào)道分子，如放射性同位素、化學(xué)發(fā)光或生物發(fā)光分子。生物樣品可以用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的某些方法獲得。生物樣品可以獲自脊椎動(dòng)物，尤其是哺乳動(dòng)物。在某些情況下，生物樣品是肺組織、全血、血漿、血清或外周血單核細(xì)胞(pbmc)。通過(guò)篩查這類身體樣品，可以實(shí)現(xiàn)ipf的簡(jiǎn)單的早期預(yù)測(cè)(例如存活)或診斷(例如分子亞型)。此外，可以通過(guò)靶核酸(或所編碼的多肽)表達(dá)水平的變化測(cè)試這類身體樣品以更容易地監(jiān)測(cè)治療的進(jìn)展。在確定受試者或組織或細(xì)胞樣品包含本文公開(kāi)的基因表達(dá)特征后，考慮可以對(duì)該受試者施用有效量的適當(dāng)?shù)膇pf治療劑來(lái)在該受試者中治療ipf。熟練的醫(yī)師可以在哺乳動(dòng)物中進(jìn)行本文所述的多種病理性病癥的臨床診斷。允許例如在哺乳動(dòng)物中診斷或檢測(cè)ipf的臨床診斷技術(shù)為本領(lǐng)域可得?？梢园凑找阎姆椒ㄊ┯胕pf治療劑，如作為大丸藥或通過(guò)在一段時(shí)間內(nèi)連續(xù)輸注靜脈內(nèi)施用，通過(guò)肌內(nèi)、腹膜內(nèi)、腦脊內(nèi)、皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、滑膜內(nèi)、鞘內(nèi)、口服、局部或吸入途徑?？蛇x地，可以用多種市售裝置通過(guò)微泵輸注進(jìn)行施用。某些治療劑之前已將某些治療劑描述為用于治療ipf的候選物或藥物。這些描述于已發(fā)表的文獻(xiàn)中，并綜述于例如rafii等,j.thorac.dis(2013)5(1):48-73中。這類藥物包括具有抗氧化、免疫抑制和/或抗炎活性的藥物，如n-乙酰半胱氨酸；具有抗纖維化、抗炎和/或抗氧化活性的藥物，如吡非尼酮，其是已批準(zhǔn)用于ipf的臨床治療的口服施用的吡啶；抑制轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β(tgf-β)的藥物，如靶向所有tgf-β同種型的抗-tgf-β抗體(例如gc1008)，或抗αvβ6整聯(lián)蛋白的抗體(例如stx-100)；抑制結(jié)締組織生長(zhǎng)因子(ctgf)的藥物，如抗-ctgf抗體(例如fg-3019)；抑制生長(zhǎng)抑素受體的藥物，如生長(zhǎng)抑素類似物(例如som230，抑生長(zhǎng)肽)；抑制il-13、il-4和ccl2的藥物，如抗-il13抗體(例如qax576、tralokinumab、lebrikizumab[下文進(jìn)一步描述])、抗-il4抗體、抗-il13/抗-il4藥物的組合(例如雙特異性抗-il13/抗-il4抗體，如sar156597)、抗-ccl2抗體(例如cnto888)；具有抗血管生成、免疫調(diào)節(jié)和/或抗炎活性的藥物，如沙利度胺或米諾環(huán)素；抑制賴氨酰氧化酶-樣2(loxl2)的藥物，如抗-loxl2抗體(例如gs-6624[simtuzumab])；抑制血管發(fā)生的藥物，如酪氨酸激酶抑制劑、bibf1120、四硫鉬酸鹽；抑制胞外基質(zhì)沉積和/或破壞膠原沉積的藥物，如多西環(huán)素；靶向腎素-血管緊張素系統(tǒng)的藥物，如氯沙坦；及其他具有抗增殖和/或抗纖維化活性的試劑，如一氧化碳。本文提供用于治療特發(fā)性肺纖維化的某種治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，治療劑是抗-il13抗體，也稱為lebrikizumab。lebrikizumab是igg4抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含三個(gè)重鏈cdr：cdr-h1(seqidno.:1)、cdr-h2(seqidno.:2)和cdr-h3(seqidno.:3)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含三個(gè)輕鏈cdr：cdr-l1(seqidno.:4)、cdr-l2(seqidno.:5)和cdr-l3(seqidno.:6)。在一個(gè)實(shí)施方案，該抗-il13抗體包含三個(gè)重鏈cdr和三個(gè)輕鏈cdr：cdr-h1(seqidno.:1)、cdr-h2(seqidno.:2)、cdr-h3(seqidno.:3)、cdr-l1(seqidno.:4)、cdr-l2(seqidno.:5)和cdr-l3(seqidno.:6)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.7和8的氨基酸序列的可變重鏈區(qū)vh。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:9的氨基酸序列的可變輕鏈區(qū)vl。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.7和8的氨基酸序列的可變重鏈區(qū)vh及具有seqidno.:9的氨基酸序列的可變輕鏈區(qū)vl。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:10或seqidno.:11或seqidno.:12或seqidno.:13的氨基酸序列的重鏈。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈。在一個(gè)實(shí)施方案中，該抗-il13抗體包含具有選自seqidno.:10、seqidno.:11、seqidno.:12和seqidno.:13的氨基酸序列的重鏈及具有seqidno.:14的氨基酸序列的輕鏈?？?il13抗體進(jìn)一步描述于國(guó)際專利號(hào)2005/062967中。在另一方面，抗-il-13抗體包含與seqidno.:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的重鏈可變域(vh)序列。在某些實(shí)施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的vh序列相對(duì)于參照序列包含取代(例如保守取代)、插入或缺失，但包含該序列的抗-il-13抗體保留結(jié)合人il-13的能力。在某些實(shí)施方案中，在seqidno.:8中取代、改變、插入和/或缺失了總計(jì)1至10個(gè)氨基酸。在某些實(shí)施方案中，取代、插入或缺失存在于cdr之外的區(qū)域(即在fr中)?？蛇x地，該抗-il13抗體包含seqidno.:8中的vh序列，包括該序列的翻譯后修飾。在另一方面，提供抗-il-13抗體，其中該抗體包含與seqidno.:9的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的輕鏈可變域(vl)。在某些實(shí)施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的vl序列相對(duì)于參照序列包含取代(例如保守取代)、些實(shí)施方案中，取代、插入或缺失存在于cdr之外的區(qū)域(即在fr中)?？蛇x地，該抗-il13抗體包含seqidno.:9中的vl序列，包括該序列的翻譯后修飾。在另一實(shí)施方案中，該抗-il-13抗體包含與seqidno.:9的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的vl區(qū)和與seqidno.:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的vh區(qū)。試劑盒還提供本文所述或所提出的應(yīng)用中的試劑盒或制成品。這類試劑盒可以包含為緊密限制地容納一個(gè)或多個(gè)容器(如小瓶、管等)而被區(qū)室化的載體裝置，每個(gè)容器包含將要在方法中使用的分開(kāi)的組件之一。例如，容器之一可以包含被可檢測(cè)標(biāo)記或可以被可檢測(cè)標(biāo)記的探針。這種探針可以是對(duì)包含基因表達(dá)特征的一個(gè)或多個(gè)基因的多核苷酸特異的多核苷酸。當(dāng)試劑盒利用核酸雜交來(lái)檢測(cè)靶核酸時(shí)，試劑盒還可以具有這樣的容器，其包含用于擴(kuò)增靶核酸序列的一種或多種核酸和/或包含報(bào)道基因，如生物素結(jié)合蛋白，如親和素或鏈霉親和素，結(jié)合于報(bào)道分子，如酶、縈光或放射性同位素標(biāo)記。試劑盒通常將包含上述容器和一個(gè)或多個(gè)其他容器，該其他容器包含商業(yè)和用戶角度希望的物質(zhì)，包括緩沖液、稀釋液、濾器、針頭、注射器和含有使用說(shuō)明的包裝說(shuō)明書(shū)。容器上可以存在標(biāo)記來(lái)指示該組合物用于特定的治療或非治療性應(yīng)用，且還可以包含體內(nèi)或體外使用的說(shuō)明，如上文所述的那些。試劑盒中的其他可選成分包括一種或多種緩沖液(例如封閉緩沖液、洗滌液、底物緩沖液等)、其他試劑(如通過(guò)酶標(biāo)記發(fā)生化學(xué)改變的底物(例如色原))、表位回收液(epitoperetrievalsolution)、對(duì)照樣品(陽(yáng)性和/或陰性對(duì)照)、對(duì)照切片等。銷售方法本發(fā)明還涵蓋用于銷售ipf治療劑或其可藥用組合物的插入或缺失，但包含該序列的抗-il-13抗體保留結(jié)合il-13的能力。在某些實(shí)施方案中，在seqidno.:9中取代、插入和/或缺失了總計(jì)1至10個(gè)氨基酸。在某方法，其包括向目標(biāo)受眾推銷、講解和/或詳述該試劑或其藥物組合物在治療已ipf患者或患者群體中的用途，其中已經(jīng)從所述ipf患者或患者群體獲得樣品并顯示本文公開(kāi)的基因或蛋白質(zhì)或基因和蛋白質(zhì)的組合的表達(dá)水平。銷售通常是通過(guò)非個(gè)人媒介的付費(fèi)溝通，其中標(biāo)明贊助人并控制信息。為了本文目的的銷售包括宣傳、公共關(guān)系、產(chǎn)品放置、贊助、承銷(underwriting)和促銷。此術(shù)語(yǔ)還包括出現(xiàn)在任意印刷信息交流媒體中的贊助信息公告，其設(shè)計(jì)用于吸引廣大受眾來(lái)說(shuō)服、告知、促進(jìn)、激發(fā)或以其他方式改變?yōu)閷?duì)采購(gòu)、支持或認(rèn)可本發(fā)明的有利模式的行為。本文的診斷方法的銷售可以通過(guò)任意方法達(dá)到。用來(lái)傳遞這些信息的銷售媒介的實(shí)例包括電視、廣播、電影、雜志、報(bào)紙、互聯(lián)網(wǎng)和廣告牌，包括廣告，其是出現(xiàn)在廣播媒體中的信息。所使用的銷售類型將取決于許多因素，例如要影響的目標(biāo)受眾的性質(zhì)，例如醫(yī)院、保險(xiǎn)公司、診所、醫(yī)生、護(hù)士和患者，以及成本考慮及管理藥物和診斷劑的銷售的相關(guān)管轄法律和法規(guī)。銷售可以根據(jù)通過(guò)服務(wù)互動(dòng)和/或其他數(shù)據(jù)(如用戶人口統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)和地理位置)定義的用戶特征來(lái)個(gè)體化或個(gè)性化。本文引用的所有出版物(包括專利和專利申請(qǐng))在此以其整體并入本文作為參考。在本說(shuō)明書(shū)和權(quán)利要求中，詞語(yǔ)“包含”或諸如“包括”或“含有”的變形將理解為暗示包含所述整體或整體組但不排除任意其他整體或整體組。認(rèn)為前面的書(shū)面說(shuō)明足以使本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠?qū)嵤┍景l(fā)明。提供以下實(shí)施例只是為了說(shuō)明的目的，并非旨在以任何方式限制本發(fā)明的范圍。事實(shí)上，對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言，除本文顯示和描述的那些外，基于前面的描述本發(fā)明的多種改變是顯而易見(jiàn)的，且落在所附權(quán)利要求的范圍之內(nèi)。本文引用的所有參考文獻(xiàn)(包括專利申請(qǐng)和出版物)為了所有目的以其整體并入本文作為參考。實(shí)施例實(shí)施例1：用于ipf中的存活預(yù)測(cè)的系統(tǒng)性生物標(biāo)志的鑒定為了鑒定可以用來(lái)預(yù)測(cè)ipf存活的分子生物標(biāo)志，我們首先用微列陣和qpcr法在來(lái)自40名ipf患者和8名未使用過(guò)的供體對(duì)照(“群組1”)的肺組織中進(jìn)行了基因表達(dá)分析。然后我們從基因表達(dá)結(jié)果鑒定出候選預(yù)測(cè)血清生物標(biāo)志。在80名ipf患者的單獨(dú)群組(“群組2”)中評(píng)估了候選預(yù)測(cè)血清生物標(biāo)志的血清水平和肺功能，該群組是在universityofcalifornia,sanfrancisco的間質(zhì)性肺疾病診所就診時(shí)收集。樣品采集后跟蹤生命狀態(tài)2-8年。方法人肺組織在universityofcalifornia,sanfranciscolungcenter在活組織檢查或肺移植時(shí)從ipf患者收集組織。非ipf對(duì)照收集自供體肺。其他細(xì)節(jié)在結(jié)果部分中提供。組織培養(yǎng)將imr-90細(xì)胞(atcc,manassas,va；目錄號(hào)ccl-186)培養(yǎng)在補(bǔ)充了10％fbs(sigma,st.louis,mo；目錄號(hào)f2442)和青霉素/鏈霉素(invitrogen,carlsbad,ca；目錄號(hào)15140)的dmem培養(yǎng)基中。將細(xì)胞接種在生長(zhǎng)因子減少的matrigeltm(gfrmatrigeltm；bdbiosciences,bedford,ma；目錄號(hào)354230)床上。在冰上過(guò)夜融化matrigeltm，通過(guò)使matrigeltm在37℃硬化30分鐘來(lái)在12孔板中產(chǎn)生450ul/孔的床體積。然后將細(xì)胞(1e5-2e5)接種至matrigeltm床上。除非另有說(shuō)明，用10ng/ml(il-13和tnfα)和3ng/ml(il-4)進(jìn)行il-13刺激。rna制備在預(yù)冷(液氮中)的bessman組織粉碎機(jī)(tissuepulverizer)(spectrumlaboratories,ranchodominguez,ca；目錄號(hào)189475)中粉碎速凍的肺活檢組織樣品。將加至經(jīng)粉碎的物質(zhì)，并吹吸幾次。在冰上溫育裂解物10-15分鐘。將裂解物保存在-80℃，直至進(jìn)一步處理。按照廠家的方案從裂解物分離rna。然后按照廠家的方案用qiagenrneasy柱對(duì)分離的rna進(jìn)行另一純化步驟。通過(guò)加入1ml(12孔板中的每個(gè)孔)并吹吸混合物幾次來(lái)收集組織培養(yǎng)細(xì)胞。用qiagenrneasy方案中所示的鋼珠/tissuelyser(qiagen)法(20s-1,4分鐘)勻漿裂解物。勻漿后，按照廠家的方案分離rna。然后按照廠家的方案用qiagenrneasy柱對(duì)分離的rna進(jìn)行另一純化步驟。通過(guò)分光光度法(nanodrop,thermoscientific)測(cè)定rna濃度，并通過(guò)bioanalyzer(agilent)分析所有微列陣樣品。rt-qpcr按照廠家的方案用highcapacitycdnareversetranscriptionkit(abi,目錄號(hào)4368814)用隨機(jī)引物對(duì)100-300ng總rna進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄。用taqman測(cè)定進(jìn)行實(shí)時(shí)qpcr。所有反應(yīng)均在abi7900ht儀器或fluidigm平臺(tái)(48.48或96.96形式)上進(jìn)行。il-13報(bào)道基因測(cè)定將l-luc-beas-2b(由genentech構(gòu)建的細(xì)胞系；源自beas-2b,atcc,manassas,va；目錄號(hào)crl-9609)培養(yǎng)在用以下所示試劑包埋的gfrmatrigeltm中：12ng/mlil-13(r&dsystems,目錄號(hào)213-il)和抗-il-13封閉抗體(genentech)。唯一的改變?yōu)閮H測(cè)量螢火蟲(chóng)螢光素酶，按照廠家的方案用dual-gloluciferaseassaysystem(promega,目錄號(hào)e2920)測(cè)量螢火蟲(chóng)螢光素酶活性。微列陣分析用quickamp標(biāo)記試劑盒(agilenttechnologies,目錄號(hào)5190-0444)擴(kuò)增和標(biāo)記rna以從1ug總rna產(chǎn)生標(biāo)記的crna。用cy5標(biāo)記實(shí)驗(yàn)樣品；universalhumanreferencerna(stratagene,lajolla,ca)用于參照通道，且用cy3標(biāo)記。cy5和cy3標(biāo)記的crna競(jìng)爭(zhēng)性雜交至兩色全人基因組4×44k基因表達(dá)微列陣平臺(tái)(agilenttechnologies,目錄號(hào)g4112f)。按照廠家的方案(agilent)洗滌雜交的微列陣，用agilentmicroarrayscanner采集所有特征強(qiáng)度。用featureextractionsoftwareversion7.5(agilent)、方案ge2-v5_95(agilent)分析所掃描的幻燈片的tiff圖像。標(biāo)示的異常值不包括在任意后續(xù)分析中。所有數(shù)據(jù)都報(bào)告為染料歸一化的cy5/cy3比的log2值。將所有樣品的log2比值對(duì)相應(yīng)的模擬處理樣品(或非ipf的對(duì)照)的平均log2比值歸一化。在比較不同的表達(dá)概況分析數(shù)據(jù)集時(shí)，首先如原研究中那樣，過(guò)濾、歸一化和集中公眾可得的數(shù)據(jù)集。kaminski數(shù)據(jù)集(gse10667)(konishi等,am.j.respir.crit.caremed.180(2):167-75(2009))是在全人基因組agilent微列陣平臺(tái)上運(yùn)行的，因此，用平臺(tái)特異性探針標(biāo)識(shí)符來(lái)連接數(shù)據(jù)集。用javatreeview產(chǎn)生熱圖(heatmap)。通過(guò)在r(limma)中建立并入了診斷、組織來(lái)源和性別(從y連鎖基因的表達(dá)分析推斷)這三個(gè)因素的線性模型來(lái)鑒定差異表達(dá)的基因。血液生物標(biāo)志測(cè)定按照廠家的說(shuō)明用市售測(cè)定法評(píng)估了血清中以下標(biāo)志的水平：comp(abnova,taipei,taiwan,目錄號(hào)ka0021)；mmp7(r&dsystems,minneapolis,mn,目錄號(hào)dmp700)；cxcl13(r&dsystems,minneapolis,mn,目錄號(hào)dcx130)；ccl13(r&dsystems,minneapolis,mn,目錄號(hào)dy327)；ykl-40(r&dsystems,minneapolis,mn,目錄號(hào)dy2599)；mmp3(mesoscalediscovery,gaithersburg,md,目錄號(hào)k15034c)；saa(mesoscalediscovery,gaithersburg,md,目錄號(hào)k151eoc-1)；ccl11(嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子(eotaxin))和ccl17(tarc)(mesoscalediscovery,gaithersburg,md,目錄號(hào)15031c)。按照廠家的說(shuō)明用市售測(cè)定法(r&dsystems,目錄號(hào)dost00)評(píng)估了血漿中opn的水平。用之前所述的專利技術(shù)分析了血清骨膜蛋白(見(jiàn)例如國(guó)際專利申請(qǐng)?zhí)杙ct/us2011/065410)。使用市售測(cè)定法按照廠家的方案進(jìn)行血清ccl18的測(cè)定，在該方案中進(jìn)行了改變以減少基質(zhì)干擾(r&dsystems,目錄號(hào)dy394)：用小鼠抗-人ccl18單克隆抗體在4℃過(guò)夜包被96孔板，然后用含1xpbsph7.4、0.5％bsa、0.05％tween20、0.25％chaps、5mmedta、0.35mnacl和15ppmproclin的緩沖液封閉。一式兩份地加入用含5％fbs的測(cè)定稀釋液1:1000稀釋的血清樣品，并在室溫(20℃)溫育平板2小時(shí)。洗滌后，將測(cè)定稀釋液中的生物素化山羊抗-人ccl18單克隆抗體加至平板，并在室溫(20℃)溫育1小時(shí)，所述測(cè)定稀釋液含5％山羊血清。洗滌后用鏈霉親和素-過(guò)氧化物酶和底物tmb顯色。此測(cè)定的檢出限為～7.8pg/ml。結(jié)果研究群組的特征對(duì)于獲自群組1的樣品，將來(lái)自40名ipf患者和8名對(duì)照的活檢組織用于微列陣和qpcr研究。ipf樣品中的11份獲自胸腔鏡活檢，29份樣品獲自在肺移植時(shí)取下的外植塊。所有對(duì)照組織都移植自未使用的供體肺。供體肺通常取自無(wú)患間質(zhì)性肺疾病證據(jù)的受試者，該受試者死于非肺部原因(例如外傷)，但因?yàn)橹T如死亡時(shí)間過(guò)長(zhǎng)或由于血型、血管或hla錯(cuò)配而不能獲得適宜的接受者的原因而不能用于移植。確認(rèn)來(lái)自所有ipf活檢樣品的鄰近組織都具有常見(jiàn)型間質(zhì)肺炎(uip)模式。之前已描述了由31份ipf樣品和15份對(duì)照樣品組成的可供公開(kāi)下載的重復(fù)數(shù)據(jù)集(konishi等,am.j.respir.crit.caremed.180(2):167-75(2009))。對(duì)于獲自群組2的樣品，從在universityofcalifornia,sanfrancisco的間質(zhì)性肺疾病診所就診的80名ipf患者中的每一名采集血清和血漿。此群組的臨床和人口學(xué)特征描述于以下表1中。用來(lái)自健康對(duì)照的血清(n＝29)或血漿(n＝10)來(lái)確定生物標(biāo)志水平的正常范圍。表1.群組2的臨床和人口統(tǒng)計(jì)特征變量中位數(shù)(iqr)除非另有說(shuō)明性別(男性:女性)62:16初次就診年齡，中位數(shù)(范圍)70(50-87)后續(xù)肺移植(是:否)7:63曾是吸煙者(是:否)58:16目前是吸煙者(是:否)1:73全身性類固醇±硫唑嘌呤(是:否)21:59預(yù)測(cè)的fvc％69(57-81)預(yù)測(cè)的tlc％70(59-78)預(yù)測(cè)的dlco％48(36-60)呼吸困難得分110(5.5-16)放射照相得分212(7.7-20.4)fvc＝用力肺活量；tlc＝肺總量；dlco＝擴(kuò)散量(用一氧化碳測(cè)量)；iqr＝四分位數(shù)間距，第25-75百分位；1＝在watters等,ann.rev.resp.dis.133:97(1986)的1-20的量表上的呼吸困難得分；2＝根據(jù)best等,radiology246:935(2008)中所述的方法的纖維化的肺的百分比的放射照相得分估計(jì)。ipf中的差異表達(dá)基因的鑒定我們用全人基因組微列陣(agilenttechnologies,目錄號(hào)g4112f)進(jìn)行了的rna的基因組范圍轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)分析，所述rna從群組1(40名ipf患者和8名未使用的供體對(duì)照受試者)的肺組織分離。將有限的可用元數(shù)據(jù)(性別、組織來(lái)源(活檢組織或在肺移植時(shí)收集的組織))包含在用來(lái)鑒定ipf患者和對(duì)照之間的差異表達(dá)(de)基因的線性模型中。我們將2940個(gè)微列陣探針鑒定為與對(duì)照組織相比在ipf組織中差異表達(dá)(q<0.05,倍數(shù)變化>1.5)(部分列表顯示在表2中)。為了降低此處觀察到的總體ipf表達(dá)譜受到由樣品收集方法或其他混雜因素引起的系統(tǒng)偏差影響的概率，我們將表達(dá)譜與相似但獨(dú)立產(chǎn)生的ipf數(shù)據(jù)集(konishi等,am.j.respir.crit.caremed.180(2):167-75(2009))相比較。此數(shù)據(jù)集(gse10667)描述了來(lái)自31名ipf患者的肺活檢組織和15份對(duì)照肺組織的表達(dá)譜，所述肺組織從在肺腫瘤切除后的周圍非惡性區(qū)域收集。我們針對(duì)每個(gè)基因計(jì)算了描述相比于對(duì)照樣品ipf樣品的表達(dá)水平偏差的t統(tǒng)計(jì)。在對(duì)二者作圖時(shí)，我們發(fā)現(xiàn)了高度的相似性(數(shù)據(jù)未顯示)。由于兩個(gè)數(shù)據(jù)集是獨(dú)立地產(chǎn)生，所以相似的t統(tǒng)計(jì)支持每項(xiàng)研究的有效性，并降低了由研究特異的因素或技術(shù)誤差引起的轉(zhuǎn)錄組范圍效應(yīng)的概率。ipf中的細(xì)支氣管、淋巴和成纖維細(xì)胞/肌成纖維細(xì)胞基因表達(dá)特征ipf和對(duì)照(如上文所討論)之間2490個(gè)de微列陣探針的無(wú)監(jiān)督雙向分層聚簇顯示圖1a中所示的主要由診斷(例如ipf或?qū)φ?限定的三個(gè)主要聚簇；組1聚簇、組2聚簇和組3聚簇。我們重新聚簇了組1(圖1b中所示的熱圖)、組2(圖1c中所示的熱圖)和組3(圖1d中所示的熱圖)。在圖1b-d中所示的熱圖中，我們觀察到幾組似乎在ipf患者內(nèi)異源的共調(diào)節(jié)基因。這些共調(diào)節(jié)基因的組中的三個(gè)分別富集支氣管上皮(見(jiàn)表2；也稱為組1聚簇)、淋巴聚集體(也稱為濾泡)(見(jiàn)表3，也稱為組2聚簇)和肌成纖維細(xì)胞(見(jiàn)表4，也稱為組3聚簇)中表達(dá)的基因。組1聚簇或細(xì)支氣管組包含黏蛋白(mucl1、muc4、muc20)；富含脯氨酸的分泌因子(prr7、prr15、sprr1b、sprr2d)；角蛋白(krt5、krt6b、krt13、krt14、krt15、krt17)；絲氨酸蛋白酶抑制劑(serpinb3、serpinb4、serpinb5、serpinb13)；離子通道和相關(guān)因子(clca2、trpv4)；纖毛成分(bbs5)；以及mmp3和saa4。這些基因是分化的支氣管上皮而不是正常肺實(shí)質(zhì)中預(yù)期的肺泡上皮的特征，且這類基因的表達(dá)與之前的ipf中肺泡腔的異?！凹?xì)支氣管形成”的報(bào)道一致，其可能代表與嚴(yán)重瘢痕形成相關(guān)的蜂窩狀囊腔(cysticspace)的上皮形成(chilosi等,labinvest.82(10):1335-45(2002))。細(xì)支氣管特征與報(bào)道為在來(lái)自伴隨性肺纖維化和肺動(dòng)脈高壓患者的肺組織中上調(diào)的基因特征(包括tp63、clca2、fgf14、ptprz1、sox2、dsc3、cp、mmp1、muc4、serpinb3、serpinb13和多種角蛋白(mura等,chest141:661-673(2012)))驚人地相似。因此，與瘢痕形成、蜂窩樣和細(xì)支氣管形成相關(guān)的降低的組織順應(yīng)性和受損的氣體交換可能有助于增加肺血管阻力和隨后的肺動(dòng)脈高壓。我們還注意到，此聚簇內(nèi)的某些基因下調(diào)，這些基因包括notch4、鈣黏著蛋白、wnt7a和dkk2。表2.與細(xì)支氣管基因表達(dá)特征相關(guān)的差異表達(dá)基因(>1.5倍上調(diào)，q<0.05)的部分列表探針id＝agilent全人基因組微列陣上的探針的標(biāo)識(shí)號(hào)；基因符號(hào)＝ncbientrez基因符號(hào)；基因名稱＝ncbientrez基因名稱；entrezid＝ncbientrez基因id；logfc＝ipf樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值減去健康對(duì)照樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值；p-值＝用t檢驗(yàn)計(jì)算每個(gè)探針的ipf和對(duì)照之間的差異表達(dá)；調(diào)整的p-值＝用bonferroni的方法對(duì)多個(gè)測(cè)試調(diào)整。在ipf中顯示異質(zhì)性的高度共調(diào)節(jié)的基因的第二聚簇(組2聚簇；圖1a)包括與淋巴小結(jié)(也稱為聚集體)相關(guān)的基因。以下組的基因在ipf患者中的組2聚簇中上調(diào)：b細(xì)胞特異性基因(cd19、cd20[ms4a1]、bcma[tnfrsf17]、blk和blnk)；多個(gè)免疫球蛋白基因及cd79a和cd79b；t細(xì)胞和apc基因(cd27、cd28、cd1)；fc受體基因(fcrla、fcrl2、fcrl5)；趨化因子及其受體(cxcl13、cxcr3、cxcr5、ccr6、ccr7)。這種基因表達(dá)模式與之前的報(bào)道一致，該報(bào)道顯示ipf活檢組織中的活性纖維化的區(qū)域中的淋巴細(xì)胞數(shù)增加(nuovo等,mod.pathol.(2011)1-18)。我們選擇了這組高度共調(diào)節(jié)的基因，并重新聚簇?cái)?shù)據(jù)集，其被限制為這些“淋巴基因”的表達(dá)模式(圖1c)。此分析產(chǎn)生表征為淋巴基因的低、中或高同步表達(dá)的三個(gè)主要亞組。低表達(dá)組包含所有對(duì)照和少數(shù)幾個(gè)ipf患者，而中和高表達(dá)組包含其余ipf受試者。表3.與淋巴小結(jié)基因表達(dá)特征相關(guān)的差異表達(dá)基因(>1.5倍上調(diào)，q<0.05)的部分列表探針id＝agilent全人基因組微列陣上的探針的標(biāo)識(shí)號(hào)；基因符號(hào)＝ncbientrez基因符號(hào)；基因名稱＝ncbientrez基因名稱；entrezid＝ncbientrez基因id；logfc＝ipf樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值減去健康對(duì)照樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值；p-值＝用t檢驗(yàn)計(jì)算每個(gè)探針的ipf和對(duì)照之間的差異表達(dá)；調(diào)整的p-值＝用bonferroni的方法對(duì)多個(gè)測(cè)試調(diào)整。在ipf中顯示異質(zhì)性的高度共調(diào)節(jié)的基因的第三聚簇包括與成纖維細(xì)胞分化為肌成纖維細(xì)胞和創(chuàng)傷愈合相關(guān)的基因。此聚簇包括多個(gè)基因，其編碼膠原(col1a1、col1a2、col5a2、col12a1、col14a1、col15a1、col16a1、col18a1、cthrc1)、生長(zhǎng)因子(hgf、igfbp7、scgf)、賴氨酰氧化酶(loxl1、loxl2)、hedgehog信號(hào)傳遞的介質(zhì)(gli1、gli2、smo)、wnt信號(hào)傳遞的介質(zhì)(sfrp2、dio2)、cdh11、骨膜蛋白和tgfb3。這種模式與之前的報(bào)道一致，該報(bào)道顯示與ipf中的肌成纖維細(xì)胞和/或成纖維細(xì)胞病灶(foci)相關(guān)的許多介質(zhì)的表達(dá)增加(elliott等,j.cellscience125:121-132(2012)；barry-hamilton等,naturemed.16:1009-1017(2010)；schneider等,faseb26:503-512(2012)；okamoto等,theeuropeanrespiratoryjournal:officialjournaloftheeuropeansocietyforclinicalrespiratoryphysiology37:1119-1127(2011)；guy等,hepatologydoi:10.1002/hep.25559(2011)；lam等,curr.op.inrheum.23:562-567(2011)；lomas等,intn’lj.clin.andexp.pathol.5:58-71(2102))。我們選擇了這組高度共調(diào)節(jié)的基因，并重新聚簇?cái)?shù)據(jù)集，其被限制于這些“肌成纖維細(xì)胞”基因的表達(dá)模式(圖1d)。此分析產(chǎn)生表征為肌成纖維細(xì)胞相關(guān)基因的低、中或高同步表達(dá)的三個(gè)主要亞組。低表達(dá)組包含所有對(duì)照和少數(shù)幾個(gè)ipf患者，而中和高表達(dá)組包含其余ipf受試者。表4.與肌成纖維細(xì)胞基因表達(dá)特征相關(guān)的差異表達(dá)基因(>1.5倍上調(diào)，q<0.05)的部分列表探針id＝agilent全人基因組微列陣上的探針的標(biāo)識(shí)號(hào)；基因符號(hào)＝ncbientrez基因符號(hào)；基因名稱＝ncbientrez基因名稱；entrezid＝ncbientrez基因id；logfc＝ipf樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值減去健康對(duì)照樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值；p-值＝用t檢驗(yàn)計(jì)算每個(gè)探針的ipf和對(duì)照之間的差異表達(dá)；調(diào)整的p-值＝用bonferroni的方法對(duì)多個(gè)測(cè)試調(diào)整。為了測(cè)定細(xì)支氣管、淋巴和肌成纖維細(xì)胞特征是否在單個(gè)受試者中彼此相關(guān)，我們通過(guò)使用各聚簇中的所有基因的歸一化的平均表達(dá)來(lái)取得了各特征的表達(dá)指數(shù)。這允許我們?cè)趥€(gè)體患者的基礎(chǔ)上比較各特征的強(qiáng)度。雖然大多數(shù)ipf受試者具有比對(duì)照高的細(xì)支氣管、淋巴或肌成纖維細(xì)胞特征得分，但各得分中存在廣泛的變化，在患有ipf的單個(gè)受試者內(nèi)，兩種特征未顯示任何顯著的相關(guān)模式(圖1e)。此結(jié)果表明，三種特征可以反映在ipf患者中異質(zhì)表達(dá)的正交過(guò)程和/或反映在ipf組織中異質(zhì)過(guò)程的差異取樣。為了測(cè)定所選擇的包含在三種特征的每一種中的基因是否在ipf肺組織的空間上不同的區(qū)域表達(dá)，我們?cè)谌∽詉pf肺外植塊(n＝5)的活檢組織的冷凍切片上進(jìn)行了免疫組織化學(xué)(ihc)。我們發(fā)現(xiàn)，表征為蜂窩狀囊的細(xì)支氣管形成區(qū)域以具有豐富的細(xì)胞質(zhì)的柱狀上皮細(xì)胞為襯里(圖2a)，靠近但不同于膠原沉積的區(qū)域(圖2b)。這些上皮細(xì)胞為角蛋白14(由包含在細(xì)支氣管特征中的基因編碼的蛋白質(zhì))染色陽(yáng)性(圖2c)，且表達(dá)通過(guò)pas染色檢測(cè)到的黏蛋白(圖2d)。在空間上不同的區(qū)域，我們觀察到具有h&e深染色細(xì)胞核的細(xì)胞聚集體(圖2e)，靠近但不同于高膠原沉積的區(qū)域(圖2f)。這些聚集體為cd20(由包含在淋巴特征中的基因編碼的b細(xì)胞表面標(biāo)志)染色陽(yáng)性(圖2g-h)。細(xì)支氣管形成區(qū)在空間上不同于淋巴聚集體(圖2i和j)，且細(xì)支氣管形成區(qū)和淋巴聚集體通常出現(xiàn)在高膠原沉積的區(qū)域附近，但在空間上不同于高膠原沉積的區(qū)域(圖2b和f)；多個(gè)膠原基因包含在成纖維細(xì)胞特征中。編碼候選血清生物標(biāo)志的差異表達(dá)基因的鑒定為了縮減評(píng)價(jià)為編碼候選血清生物標(biāo)志的候選基因的列表以及以其他方式鑒定評(píng)價(jià)為生物標(biāo)志的候選血液蛋白質(zhì)，我們應(yīng)用了在ucsf群組1數(shù)據(jù)集和gse10667數(shù)據(jù)集(konishi等,am.j.respir.crit.caremed.180(2):167-75(2009))中都是在ipf中上調(diào)>2倍的更嚴(yán)格的截?cái)?。此分析產(chǎn)生了在兩個(gè)數(shù)據(jù)集中共同上調(diào)的291個(gè)基因(見(jiàn)表5)。這些共同基因中的一些編碼可能在外周血中檢測(cè)的胞外和/或分泌性蛋白質(zhì)，因此可以是用于進(jìn)一步評(píng)價(jià)為可能的血清生物標(biāo)志或其他生物標(biāo)志的良好的候選者?；谶@些結(jié)果和之前公開(kāi)的數(shù)據(jù)及易于獲得的用于血清生物標(biāo)志檢測(cè)的測(cè)定，我們選擇了以下基因作為ipf中的候選預(yù)測(cè)血液生物標(biāo)志：ykl-40、comp、opn、mmp7、骨膜蛋白、cxcl13、ccl11(嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子)、ccl13、ccl17(tarc)、ccl18、mmp3和血清淀粉樣蛋白a(saa)(尤其是組成型saa)、saa4。(見(jiàn)例如korthagen等,resp.med.105:106-113(2011),pardo等,plosmed.2(9):891-903(2005),richards等,amjrespircritcaremed,doi:10.1164/rccm.201101-0058oc(2011),yokoyama等,respirology11:164-168(2006),kinder等,chest135:1557-1563(2009))。此外，之前已將ccl18報(bào)道為ipf中存活的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志(prasse等,amj.respir.crit.caremed.179:717-723(2009))，但它在我們的微列陣實(shí)驗(yàn)中未檢測(cè)為顯著de。按照與它們預(yù)測(cè)的生物學(xué)相關(guān)的多種分類選擇了血液生物標(biāo)志。ccl11、ccl13、ccl17和ccl18是與2型炎癥相關(guān)的趨化因子。我們之前已顯示ccl13和ccl17在哮喘中響應(yīng)il13阻斷而受藥效調(diào)節(jié)(correnthenewenglandjournalofmedicine365:1088-1098(2011))。骨膜蛋白與il13生物學(xué)相關(guān)(correnthenewenglandjournalofmedicine365:1088-1098(2011)；woodruff等,procnatlacadsciusa104:15858-15863(2007)；woodruff等,amjrespircritcaremed180:388-395(2009)；jia等,thejournalofallergyandclinicalimmunology130(3):647-654.e10(2012))，且是上述成纖維細(xì)胞基因特征中的代表性基因。cxcl13是在集合淋巴結(jié)中高表達(dá)的b細(xì)胞化學(xué)引誘物，且是上述淋巴基因特征中的代表性基因。mmp3和saa4是上述細(xì)支氣管基因特征中的代表性基因。ykl-40是與髓樣細(xì)胞激活相關(guān)的幾丁質(zhì)酶-樣蛋白質(zhì)，其系統(tǒng)水平(systemiclevel)在多種疾病狀態(tài)中提高。之前公開(kāi)的研究已顯示，ykl-40在ipf中高表達(dá)，ykl-40的血清水平是存活的預(yù)測(cè)(korthagen等,respiratorymedicine105:106-113(2011))。comp由tgfβ誘導(dǎo)，且在硬皮病中的肌成纖維細(xì)胞中高表達(dá)(farina等,matrixbiology:journaloftheinternationalsocietyformatrixbiology25:213-222(2006)；farina等,annalsoftherheumaticdiseases68:435-441(2009))。opn和mmp7在ipf組織中高表達(dá)；已顯示opn的血液水平與ipf中的肺功能負(fù)相關(guān)(kadota等,respiratorymedicine99:111-117(2005))，且已顯示mmp7的血液水平是ipf中存活的預(yù)測(cè)(richards等,amjrespircritcaremed185(1):67-76(2012))。為了驗(yàn)證這些候選生物標(biāo)志基因在ipf肺中的差異表達(dá)，我們對(duì)用于微列陣實(shí)驗(yàn)的同一rna樣品進(jìn)行了定量rt-pcr(qpcr)(見(jiàn)方法)。表6顯示微列陣基因表達(dá)，圖3a-g顯示qpcr數(shù)據(jù)。如表6和圖3a-g中所示，我們觀察到，相對(duì)于對(duì)照，所選擇的每個(gè)候選生物標(biāo)志基因在ipf患者中的表達(dá)顯著提高。表5.兩個(gè)獨(dú)立的ipf數(shù)據(jù)集中的差異表達(dá)基因(上調(diào)>2.0倍，q<0.05)的部分列表基因符號(hào)＝ncbientrez基因符號(hào)；logfc＝ipf樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值減去健康對(duì)照樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值；調(diào)整的p-值＝用bonferroni的方法對(duì)多個(gè)測(cè)試調(diào)整。表6.通過(guò)微列陣測(cè)定的候選生物標(biāo)志基因在ipf活檢組織中的基因表達(dá)為了確定所選擇的標(biāo)志在ipf中相對(duì)于對(duì)照提高的基因表達(dá)水平是否對(duì)應(yīng)于外周血中由那些基因編碼的蛋白質(zhì)的提高的水平，我們?cè)谌航M2ipf樣品(n＝80)中及來(lái)自健康對(duì)照的樣品中評(píng)價(jià)了它們?cè)谘獫{(opn)或血清(全部其他)中的水平。對(duì)于血漿對(duì)照，n＝10；對(duì)于血清對(duì)照，n＝29。按上文所述進(jìn)行血液生物標(biāo)志中的每一種的測(cè)定。所有ipf患者與所有對(duì)照相比，ykl-40、comp、opn、mmp7、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18、saa和cxcl13的外周血水平在ipf中顯著提高(表7)。使用針對(duì)ipf和對(duì)照的wilcoxon秩和檢驗(yàn)，我們獲得了以下p-值：ykl-40、comp、mmp7、ccl13、ccl18和cxcl13，p<10-4；opn，p＝0.04。相對(duì)于對(duì)照，一些ipf患者具有提高的血清骨膜蛋白或mmp3水平，但總體上這種差異未達(dá)到統(tǒng)計(jì)顯著性。之前的報(bào)道表明，在ipf肺和外周血中可檢測(cè)到提高的骨膜蛋白水平(okamoto等,theeuropeanrespiratoryjournal:officialjournaloftheeuropeansocietyforclinicalrespiratoryphysiology37:1119-1127(2011))。之前已顯示免疫調(diào)節(jié)療法(具體而言，糖皮質(zhì)激素)可以降低骨膜蛋白的基因表達(dá)水平(woodruff等,proc.natl.acad.sci.104(40):15858-63(2007)；woodruff等,amj.respir.crit.caremed.180(5):388-95(2009))，并預(yù)期骨膜蛋白的外周血水平在這種療法的存在下將相似地降低。因此，ipf患者中血清骨膜蛋白水平的變化及與對(duì)照相比缺乏顯著差異可以解釋為事實(shí)上采集樣品時(shí)21/80ipf患者正處于免疫調(diào)節(jié)治療(it，全身糖皮質(zhì)激素或硫唑嘌呤)。因此，我們檢查了該生物標(biāo)志中任一種(包括骨膜蛋白)的外周血水平在處于it的ipf患者和不處于it的ipf患者之間是否不同。與不處于it的ipf患者相比，處于it的ipf患者顯示comp和骨膜蛋白的較低水平的趨勢(shì)。相反，與不處于it的ipf患者相比，處于it的ipf患者具有顯著提高的cxcl13、mmp3和saa水平(表7)。根據(jù)it狀態(tài)，任意其他生物標(biāo)志的水平不存在顯著的差異或差異趨勢(shì)。表7.ipf患者及對(duì)照中血清生物標(biāo)志水平的范圍和分布1＝對(duì)于除骨橋蛋白和mmp3外的所有生物標(biāo)志，n＝29對(duì)照和n＝80ipf患者，值為血清水平；對(duì)于骨橋蛋白，n＝10對(duì)照和n＝80ipf患者，值為血漿水平；對(duì)于mmp3，n＝29對(duì)照和n＝78ipf患者；iqr＝四分位數(shù)間距，第25-75百分?jǐn)?shù)。2＝ipf中顯著高于對(duì)照，wilcoxon秩和檢驗(yàn)p<0.05。3＝在處于免疫調(diào)節(jié)治療(it)狀態(tài)的ipf患者中趨于顯著不同，秩和檢驗(yàn)p<0.1。然后我們?cè)u(píng)價(jià)了單個(gè)生物標(biāo)志與人口統(tǒng)計(jì)和臨床變量之間的相關(guān)性。在所測(cè)試的8個(gè)生物標(biāo)志中，只有opn在之前的吸煙狀態(tài)中顯示顯著差異，其中血漿opn水平在前吸煙者中低于從未吸煙者(p＝0.01，數(shù)據(jù)未顯示)。在臨床變量的比較中，我們觀察到預(yù)測(cè)的肺總量(tlc)％和預(yù)測(cè)的用力肺活量(fvc)之間以及每個(gè)肺活量測(cè)定變量和擴(kuò)散量(dlco％預(yù)測(cè))之間表面上顯著的正相關(guān)。我們還觀察到呼吸困難得分(watters等,am.rev.respir.dis.133(1):97-103(1986))、fvc％預(yù)測(cè)和dlco％預(yù)測(cè)之間的負(fù)組間相關(guān)(表8)。在血液生物標(biāo)志中，我們通常觀察到mmp7、骨膜蛋白和comp之間及opn、ykl-40、saa、mmp3、ccl11和cxcl13之間的弱組間相關(guān)；ccl13和ccl17之間的強(qiáng)組間相關(guān)。所觀察到的通常低的相關(guān)系數(shù)表明，總體上，生物標(biāo)志的水平在群體中大致相互正交(表8)。我們還觀察到單個(gè)生物標(biāo)志和臨床/人口統(tǒng)計(jì)變量之間相對(duì)少的顯著相關(guān)；在這些顯著相關(guān)中，cxcl13與預(yù)測(cè)的dlco％負(fù)相關(guān)，與呼吸困難得分正相關(guān)；ccl11與放射照像得分正相關(guān)；saa與預(yù)測(cè)的tlc％負(fù)相關(guān)，與放射照像得分和呼吸困難得分正相關(guān)；mmp3與預(yù)測(cè)的fvc％負(fù)相關(guān)，與呼吸困難得分正相關(guān)；opn和comp與年齡弱相關(guān)(表8)。表8.生物標(biāo)志和臨床/人口統(tǒng)計(jì)特征的相關(guān)性rs＝spearman等級(jí)相關(guān)；p-值指spearman相關(guān)。建立血液生物標(biāo)志的預(yù)測(cè)值之前的研究已顯示肺功能、擴(kuò)散量、吸煙狀態(tài)和年齡的單時(shí)間點(diǎn)值(singletimepointvalue)對(duì)ipf患者中隨后的存活的的預(yù)測(cè)值的弱至無(wú)影響。與那些發(fā)現(xiàn)一致，除預(yù)測(cè)的fvc％外，我們未觀察到針對(duì)那些單個(gè)變量的任何顯著的存活差異，其中與顯示<69％的預(yù)測(cè)的fvc％的患者相比，顯示大于群體的中位數(shù)的預(yù)測(cè)的fvc％(>69％)的患者具有存活優(yōu)勢(shì)(hr＝0.37，p＝0.02，圖4)。為了評(píng)價(jià)多種血液生物標(biāo)志的后續(xù)存活預(yù)測(cè)值，我們用cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型來(lái)單個(gè)地評(píng)估了該血液生物標(biāo)志(骨膜蛋白、ccl13、ccl18、骨橋蛋白、comp、ykl-40、mmp3、mmp7、saa和cxcl13)中每一個(gè)的預(yù)測(cè)值。在那些生物標(biāo)志中，我們發(fā)現(xiàn)，基線處的cxcl13、ykl-40、comp、opn、mmp3和saa水平顯著地區(qū)分ipf患者隨后的無(wú)移植存活(圖5a-d和表9)。與之前公開(kāi)的報(bào)道(richards等,amjrespircritcaremed,doi:10.1164/rccm.201101-0058oc(2011)；prasse等,amjrespircritcaremed179:717-723(2009))相反，我們未在此群組中觀察到mmp7或ccl18水平的任何預(yù)測(cè)值，我們也未在此群組中觀察到所測(cè)試的任意其他生物標(biāo)志(包括ccl13和骨膜蛋白)的統(tǒng)計(jì)上顯著的預(yù)測(cè)值。表9.ipf患者中單個(gè)生物標(biāo)志的預(yù)測(cè)值生物標(biāo)志exp(系數(shù))p-值骨膜蛋白1.0170.2ccl111.0020.05ccl131.0000.7ccl171.0000.4ccl180.9940.3mmp31.0185.0x10-8saa1.0003.0x10-4cxcl131.0037.3x10-6comp1.0000.030opn1.0260.004ykl-401.0060.010mmp71.0530.1由于單個(gè)預(yù)測(cè)標(biāo)志cxcl13、ykl-40、opn、comp、mmp3和saa的水平在ipf患者內(nèi)未高度組間相關(guān)，我們檢查了這些標(biāo)志的組合是否可以進(jìn)一步增強(qiáng)預(yù)測(cè)值的準(zhǔn)確性。我們?cè)u(píng)估了上文所示的六種生物標(biāo)志的每種可能的組合的合成值來(lái)用受者作用特征(roc)分析預(yù)測(cè)樣品采集后1、2和3年內(nèi)的死亡率。我們發(fā)現(xiàn)，一般而言，與三種或多種生物標(biāo)志的組合相比，單個(gè)生物標(biāo)志或生物標(biāo)志對(duì)表現(xiàn)得較差(圖6a)。為了確定組合的生物標(biāo)志的最佳的最小數(shù)目，我們?cè)u(píng)估了2年時(shí)的roc分析的曲線下面積和六種生物標(biāo)志的所有可能的組合的期限顯著性，并發(fā)現(xiàn)許多3種生物標(biāo)志的組合與4種或多種生物標(biāo)志的組合的表現(xiàn)相當(dāng)(圖6b)。為了達(dá)到類別間ipf患者數(shù)目的相對(duì)可比的分布，我們?cè)O(shè)計(jì)了簡(jiǎn)單的評(píng)分系統(tǒng)，每種生物標(biāo)志高于整個(gè)群組中位數(shù)(medianlevel)的基線生物標(biāo)志水平由此獲得1的得分。因此，具有全部4種生物標(biāo)志都低于中位數(shù)的生物標(biāo)志水平的患者指定0的得分，一種生物標(biāo)志高于中位數(shù)而另外3種生物標(biāo)志低于中位數(shù)的患者指定1的得分，等等。我們推導(dǎo)了各生物標(biāo)志的以下值。cxcl13的中位數(shù)為80pg/ml；ykl-40的中位數(shù)為105ng/ml；comp的中位數(shù)為901ng/ml；opn的中位數(shù)為69ng/ml(見(jiàn)表7)。此評(píng)分系統(tǒng)用cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型顯著地按存活區(qū)分患者組(p<10-6，圖7)。用在roc分析中表現(xiàn)最好的三種生物標(biāo)志的組合(mmp3、comp和ykl40)來(lái)達(dá)到類別間ipf患者數(shù)目的相對(duì)可比較的分布，我們應(yīng)用了上述評(píng)分系統(tǒng)，其中全部3種生物標(biāo)志都低于中位數(shù)的患者指定0的得分，1種生物標(biāo)志高于中位數(shù)而另外2種生物標(biāo)志低于中位數(shù)的患者指定1的得分，任意2種生物標(biāo)志高于中位數(shù)但第三種生物標(biāo)志低于中位數(shù)的患者指定2的得分，全部3種生物標(biāo)志都高于中位數(shù)的患者指定3的得分。此評(píng)分系統(tǒng)用cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型顯著地按存活區(qū)分患者組(p<10-9，圖8；對(duì)kaplan-meier存活數(shù)據(jù)進(jìn)行作圖)。在得分為0的15名患者中，只有1名在隨訪期內(nèi)記錄到死亡，而得分為3的所有患者在樣品采集的500天內(nèi)死亡。因此，我們已顯示，測(cè)量某些生物標(biāo)志(cxcl13、ykl-40、comp、opn、mmp3和saa)的血液水平并確定各生物標(biāo)志的值落在中位數(shù)之上或之下可以用來(lái)在診斷時(shí)評(píng)估ipf患者的存活預(yù)測(cè)。此外，用本文所述的評(píng)分系統(tǒng)來(lái)評(píng)估生物標(biāo)志cxcl13、ykl-40、comp和opn中的零個(gè)、一個(gè)、兩個(gè)、三個(gè)或全部四個(gè)或生物標(biāo)志mmp3、comp和ykl-40中的零個(gè)、一個(gè)、兩個(gè)或全部三個(gè)的血液生物標(biāo)志水平處于ipf患者中位數(shù)之上或之下，可以提高存活預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。這種系統(tǒng)用于鑒定進(jìn)行積極治療干預(yù)(aggressivetherapeuticintervention)或進(jìn)行肺移植的患者，以及為治療劑的臨床試驗(yàn)而分層進(jìn)行的患者。ipf中的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)對(duì)作出諸如肺移植的治療和患者管理決策很重要，且用于分層研究性治療劑的臨床試驗(yàn)中的招募者。由于肺的直接取樣在ipf患者中通常不現(xiàn)實(shí)或不可行，疾病活動(dòng)和進(jìn)展的非侵入性評(píng)估具有重要價(jià)值。通過(guò)隨時(shí)間推移重復(fù)測(cè)量的測(cè)量方法在監(jiān)測(cè)單個(gè)患者的疾病進(jìn)展中具有一些效用，所述測(cè)量方法為高分辨率計(jì)算層析x射線照相術(shù)(hrct)、肺活量測(cè)定法及肺功能的其他測(cè)量(如擴(kuò)散量和運(yùn)動(dòng)耐量)，但肺功能的單點(diǎn)評(píng)估在群體基礎(chǔ)上具有相對(duì)少的信息(ley等,amj.respir.crit.caremed.183:431-440(2011))。本文所述的基于血液的生物標(biāo)志在以下幾個(gè)水平上具有能夠進(jìn)行ipf藥物研發(fā)和ipf的臨床管理的潛能：疾病活動(dòng)的預(yù)測(cè)、預(yù)后、藥效和替代測(cè)量。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志在治療之前提供特定分子途徑的活性的證據(jù)，鑒定出最有可能從靶向療法受益的患者亞群。如果只有不能以其他方式預(yù)期地鑒定的患者亞組顯示益處，那么給定途徑可能在ipf患者群體內(nèi)異質(zhì)性表達(dá)，并且鑒定靶向該途徑的試劑的臨床益處的能力可能受損。鑒定最有可能從靶向治療劑受益的ipf患者的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志可以幫助分層臨床試驗(yàn)中的招募者以更嚴(yán)格地測(cè)試治療假說(shuō)。預(yù)測(cè)生物標(biāo)志分層未來(lái)疾病進(jìn)展或死亡的風(fēng)險(xiǎn)。鑒于ipf中的高死亡率，可以預(yù)期成功的治療干預(yù)相對(duì)于安慰劑顯著延長(zhǎng)壽命。但是，鑒于疾病軌跡的可變性，在不治療大量患者許多年的情況下在早期臨床試驗(yàn)中評(píng)估存活益處富有挑戰(zhàn)。用鑒定最有可能在1-2年的時(shí)期內(nèi)遭受顯著疾病進(jìn)展或死亡的ipf患者的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志分層臨床試驗(yàn)中的招募者以評(píng)估在試驗(yàn)中最有可能進(jìn)展的患者中是否存在短期存活益處。此外，給定的治療干預(yù)可能使具有相對(duì)好的預(yù)測(cè)的患者受益，但在疾病已進(jìn)展通過(guò)某個(gè)不可逆點(diǎn)的患者中無(wú)效。例如，bibf1120的最近的2期研究的亞組分析顯示，在基線具有高于70％預(yù)測(cè)fvc的患者中觀察到了大部分安慰劑對(duì)肺功能的調(diào)節(jié)益處，而具有小于70％預(yù)測(cè)fvc的患者未顯示太多益處(richeldi等,abstract,ers2011annualcongress)。藥效生物標(biāo)志應(yīng)反映涉及疾病過(guò)程的特定分子途徑的近似活性，且應(yīng)在對(duì)具體治療干預(yù)的響應(yīng)中變化。治療后藥效標(biāo)志的變化顯示分子干預(yù)是否以及以什么程度影響其靶標(biāo)；因此，這些標(biāo)志可以幫助能夠在劑量范圍研究中進(jìn)行適當(dāng)?shù)膭┝窟x擇。在具有不易確定的短期臨床結(jié)果測(cè)量方法的疾病(如ipf)中，缺乏任何臨床益處的情況下的顯著的藥效作用可以幫助區(qū)分試驗(yàn)失敗的原因：不適當(dāng)?shù)陌袠?biāo)選擇和不適當(dāng)?shù)膭┝?。替代生物?biāo)志(如藥效標(biāo)志)應(yīng)響應(yīng)治療而變化，但可以遠(yuǎn)離所靶向的途徑，并與疾病的下游表現(xiàn)和臨床結(jié)果更密切地關(guān)聯(lián)。替代生物標(biāo)志在短期內(nèi)的變化可以指示持續(xù)治療如對(duì)存活結(jié)果的可能的長(zhǎng)期有效性。給定的生物標(biāo)志可以代表預(yù)測(cè)、預(yù)后、藥效和替代種類中的任一個(gè)、幾個(gè)或全部。il-13是纖維化的介質(zhì)，已暗示為ipf中潛在的治療靶標(biāo)(wynn,ta,j.exp.med.208:1339-1350(2011))。如上文所討論，我們發(fā)現(xiàn)，il-13及可能受il-13調(diào)節(jié)的基因(如il13rα2、ccl11、ccl13、ccl17、ccl18和骨膜蛋白)在來(lái)自ipf患者的肺活檢組織中高水平表達(dá)。在一項(xiàng)ii期研究中，治療性il-13阻斷證明在哮喘中的臨床益處，且該益處在患者亞組中增強(qiáng)，通過(guò)血清骨膜蛋白水平測(cè)定在所述患者亞組的氣道中具有的提高的il-13表達(dá)(corren等,newengl.j.med.365:1088-1098(2011))。在上文討論的實(shí)驗(yàn)中，我們發(fā)現(xiàn)，在整個(gè)ipf患者群組中，血清骨膜蛋白水平并未顯著高于在健康對(duì)照中測(cè)量的那些血清骨膜蛋白水平(表7)。但是，骨膜蛋白水平在ipf患者亞組中明顯提高(表7)，且血清骨膜蛋白水平在ipf中的分布類似于在嚴(yán)重哮喘中觀察到的分布(jia等,thejournalofallergyandclinicalimmunology130(3):647-654.e10(2012))。骨膜蛋白在本文所述的成纖維細(xì)胞/肌成纖維細(xì)胞特征中表達(dá)，且已通過(guò)ihc定位至ipf中的成纖維細(xì)胞病灶(okamoto等,theeuropeanrespiratoryjournal:officialjournaloftheeuropeansocietyforclinicalrespiratoryphysiology37:1119-1127(2011))。如果il-13阻斷在ipf患者中具有臨床效應(yīng)，則它可以僅在具有提高的治療前血清骨膜蛋白水平的患者亞組中是明顯的。類似地，我們發(fā)現(xiàn)，ccl13和ccl17水平在哮喘患者中提高，且響應(yīng)治療性il-13阻斷而顯著減少(corren等,newengl.j.med.365:1088-1098(2011))。由于ccl13和ccl17水平在ipf患者中提高，ccl13和ccl17也可以作為ipf中的il-13途徑活性的藥效標(biāo)志。ccl11是響應(yīng)il-13而上調(diào)的基質(zhì)細(xì)胞的產(chǎn)物(matsukura等,am.j.ofrespir.cellandmol.biol.24:755-761(2001))。ccl18是選擇性激活的巨噬細(xì)胞的產(chǎn)物(prasse等,arthritisandrheum.56:1685-1693(2007))，該巨噬細(xì)胞本身可以是il-13的來(lái)源(kim等,naturemed.14:633-640(2008))。因此，ccl11和ccl18也可以在ipf中的il-13阻斷的治療研究中作為預(yù)測(cè)和/或藥效生物標(biāo)志。opn、ykl-40、comp、cxcl13、mmp3和saa的血清水平各顯著地預(yù)測(cè)ipf中的后續(xù)疾病進(jìn)展。但是，它們的水平在所檢查的患者群體內(nèi)不是顯著地組間相關(guān)。每種標(biāo)志可以由不同的細(xì)胞來(lái)源產(chǎn)生，并反映ipf病灶內(nèi)的不同致病過(guò)程的活性。opn在ipf中以提高的水平表達(dá)(pardo等,plosmed2:e251(2005))，且已將其表達(dá)定位至纖維細(xì)胞病灶和uip病灶中的增生性肺泡上皮(kelly等,amjrespircritcaremed174:557-565(2006))。認(rèn)為opn在細(xì)胞黏附、遷移、炎癥和組織重塑中發(fā)揮作用(o'regan,a.,cytokine&growthfactorreviews14:479-488(2003))，opn缺失的小鼠免受博來(lái)霉素誘發(fā)的肺纖維化(berman等,americanjournalofphysiologylungcellularandmolecularphysiology286:l1311-1318(2004))。其他研究人員已報(bào)道了血漿opn水平在ipf患者中提高，在ipf內(nèi)，opn水平與氧飽和負(fù)相關(guān)(kadota等,respiratorymedicine99:111-117(2005))。ykl-40是主要由骨髓衍生細(xì)胞如活化的巨噬細(xì)胞產(chǎn)生的幾丁質(zhì)酶-樣蛋白質(zhì)(rehli等,thejournalofbiologicalchemistry278:44058-44067(2003))。它的系統(tǒng)水平在與組織重塑相關(guān)的炎性病癥和贅生性病癥(neoplasticcondition)中提高(lee等,annualreviewofphysiology73:479-501(2011))，我們的發(fā)現(xiàn)與之前的報(bào)道一致，該報(bào)道顯示基線血清ykl-40水平是ipf患者中隨后的死亡率的預(yù)測(cè)(korthagen等,respiratorymedicine105:106-113(2011))。comp是主要由軟骨、韌帶、腱和骨中的成纖維細(xì)胞表達(dá)的胞外基質(zhì)蛋白。在系統(tǒng)性硬化癥患者中，發(fā)現(xiàn)病灶皮膚肌成纖維細(xì)胞表達(dá)提高水平的comp，且其表達(dá)可由tgfβ誘導(dǎo)(farina等,matrixbiology:journaloftheinternationalsocietyformatrixbiology25:213-222(2006)；farina等,annalsoftherheumaticdiseases68:435-441(2009))。cxcl13是由小結(jié)樹(shù)突細(xì)胞產(chǎn)生的趨化因子。它通過(guò)與其關(guān)聯(lián)受體(cognatereceptor)cxcr5結(jié)合以將b細(xì)胞招募至二級(jí)和三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)，都為淋巴小結(jié)形成所需(ansel等,nature406:309-314(2000))。最近，已報(bào)道集合淋巴結(jié)與ipf活檢組織中的uip病灶相關(guān)(nuovo等,mod.pathol.(2011)1-18)，并已在腎纖維化中報(bào)道了具有高cxcl13表達(dá)水平的b細(xì)胞浸潤(rùn)物(heller等,theamericanjournalofpathology170:457-468(2007))。已將血清cxcl13描述為關(guān)節(jié)磨損(jointerosion)的嚴(yán)重度(meeuwisse等,arthritisandrheumatism63:1265-1273(2011))和類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎中利妥昔單抗(rituximab)治療后的b細(xì)胞再繁殖(rosengren等,rheumatology(oxford)50:603-610(2011))的生物標(biāo)志。cxcl13表達(dá)與本文所述的淋巴特征聚簇。mmp3和saa4在本文所述的細(xì)支氣管特征中表達(dá)。已描述了來(lái)自ipf患者的bal液中提高的mmp3蛋白水平(richter等,thorax64:156-161(2009))，但之前未描述過(guò)將mmp3的系統(tǒng)水平作為ipf的生物標(biāo)志。saa是在許多炎性病癥中增加的急性期反應(yīng)物，但未描述為ipf的生物標(biāo)志?？偨Y(jié)起來(lái)，這六種生物標(biāo)志(opn、ykl-40、comp、cxcl13、mmp3和saa)中的每一種在ipf患者中的系統(tǒng)水平可以反映不同致病過(guò)程的可變的相對(duì)貢獻(xiàn)。鑒于ipf病理學(xué)的地理異質(zhì)性和斑片(patchy)性質(zhì)，相比于來(lái)自單個(gè)小活檢組織的基因表達(dá)水平，這些生物標(biāo)志的外周血水平可以提供更全面的ipf中累積疾病負(fù)荷(cumulativediseaseburden)的圖景。雖然與健康對(duì)照相比六種生物標(biāo)志(opn、ykl-40、comp、cxcl13、mmp3和saa)中的大多數(shù)通常在ipf患者中增加，但這些生物標(biāo)志中的每一種在ipf群體內(nèi)的相對(duì)水平廣泛變動(dòng)，且可以不同地影響疾病進(jìn)展。因此，本文所述的多種生物標(biāo)志的組合值可以提供比單個(gè)標(biāo)志更多的益處。就臨床疾病進(jìn)展評(píng)估這些標(biāo)志隨時(shí)間的動(dòng)態(tài)將是有益的。實(shí)施例2-ipf中的信號(hào)傳導(dǎo)途徑的表征已將il-13、tgfβ和上皮-間質(zhì)通訊(包括hedgehog(hh)途徑)的介質(zhì)與特發(fā)性肺纖維化(ipf)的病理發(fā)生相聯(lián)系。例如，已顯示小鼠肺中的轉(zhuǎn)基因il-13過(guò)表達(dá)足以誘發(fā)嚴(yán)重的肺纖維化(zhu等,j.clin.invest.103(6):779-88(1999))，il-13缺失的小鼠部分免受博來(lái)霉素誘發(fā)的纖維化以及血吸蟲(chóng)誘發(fā)的肝纖維化。il-13與包含il-13rα1和il-4rα的異聚體(heteromeric)受體復(fù)合體結(jié)合，然后jak家族激酶磷酸化stat6，stat6是介導(dǎo)il-13和il-4下游信號(hào)傳遞的轉(zhuǎn)錄因子。第二il13受體il13rα2已顯示為非信號(hào)傳遞誘餌受體，可以與il13rα1/il4rα復(fù)合體競(jìng)爭(zhēng)il13結(jié)合，從而減少stat6激活。il13rα2可以由依賴stat6以及不依賴stat6的信號(hào)誘導(dǎo)，且在纖維化組織以提高的水平表達(dá)。一些報(bào)道(fichtner-feigl等,nat.med.12(1):99-106(2006)；mandal等,inflammboweldis.16(5):753-64(2010))已表明，il13rα2可以轉(zhuǎn)導(dǎo)不依賴stat6的可以促成纖維化的信號(hào)，但這些研究依賴細(xì)胞系中的異位il13rα2過(guò)表達(dá)，且il13rα2信號(hào)傳遞的機(jī)制仍不清楚。il13rα2缺失的動(dòng)物顯示增加的組織纖維化，而il13rα1缺失的動(dòng)物顯示減少的組織纖維化(wilson等,j.clin.invest.117(10):2941-51(2007)；mentink-kane等,gastroenterology141(6):2200-2209(2011))。雖然在敲除動(dòng)物中進(jìn)行的這些研究就il13及其受體在引發(fā)纖維化中的作用而言信息豐富，但它們?cè)谝呀⒌睦w維化的背景中(如在人纖維化疾病中)難以解釋。雖然一堆證據(jù)表明il13rα2形成不能在配體-受體結(jié)合時(shí)傳遞信號(hào)的誘餌受體，但似乎矛盾的一堆證據(jù)指向il13rα2在纖維發(fā)生中的積極作用。因此，對(duì)內(nèi)源il13和il13rα2在人ipf中的作用仍知之甚少。為了增強(qiáng)我們對(duì)ipf中的分子途徑的理解，我們?cè)趇pf中及非ipf對(duì)照組織中表征了基因組范圍的轉(zhuǎn)錄譜。這些實(shí)驗(yàn)導(dǎo)致在原代肺成纖維細(xì)胞中鑒定和表征了il13下游的信號(hào)傳導(dǎo)途徑。材料和方法人肺組織樣品按上文實(shí)施例1中所述獲得人肺組織樣品。組織培養(yǎng)將imr-90細(xì)胞(atcc,manassas,va；目錄號(hào)ccl-186)培養(yǎng)在補(bǔ)充了10％fbs(sigma,st.louis,mo；目錄號(hào)f2442)和青霉素/鏈霉素(invitrogen,carlsbad,ca；目錄號(hào)15140)的dmem培養(yǎng)基中。將細(xì)胞接種在生長(zhǎng)因子減少的matrigel(gfrmatrigel)[bdbiosciences,bedford,ma；目錄號(hào)354230]床上。在冰上過(guò)夜融化matrigel，通過(guò)使基質(zhì)膠在37℃硬化30分鐘以在12孔板中產(chǎn)生450ul/孔的床體積。然后將細(xì)胞(1e5-2e5)接種至matrigel床上。除非另有說(shuō)明，用10ng/ml(il-13和tnfα)和3ng/ml(il-4)進(jìn)行il-13刺激。rna制備在預(yù)冷(液氮中)的bessman組織粉碎機(jī)(spectrumlaboratories,ranchodominguez,ca；目錄號(hào)189475)中粉碎速凍的肺活檢組織樣品。將trizol加至經(jīng)粉碎的物質(zhì)，并吹吸幾次。在冰上溫育裂解物10-15分鐘。將裂解物保存在-80℃，直至進(jìn)一步處理。按照廠家的方案從trizol裂解物分離rna。然后按照廠家的方案用qiagenrneasy柱對(duì)trizol分離的rna進(jìn)行另一純化步驟。通過(guò)加入1ml(12孔板中的每個(gè)孔)trizol并吹吸混合物幾次來(lái)收集組織培養(yǎng)細(xì)胞。用qiagenrneasy方案中所示的鋼珠/tissuelyser(qiagen)法(20s-1,4分鐘)勻漿trizol裂解物。勻漿后，按照trizol廠家的方案分離rna。然后按照廠家的方案用qiagenrneasy柱對(duì)trizol分離的rna進(jìn)行另一純化步驟。通過(guò)nanodrop測(cè)定rna濃度，并通過(guò)bioanalyzer(agilent)分析所有微列陣樣品。rt-qpcr按照廠家的方案用highcapacitycdnareversetranscriptionkit(abi,目錄號(hào)4368814)用隨機(jī)引物對(duì)100-300ng總rna進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄。用taqman測(cè)定進(jìn)行實(shí)時(shí)qpcr。所有反應(yīng)均在abi7900ht儀器或fluidigm平臺(tái)(48.48或96.96形式)上進(jìn)行。il-13報(bào)道基因測(cè)定將l-luc-beas-2b細(xì)胞(atcc目錄號(hào)crl-9609)培養(yǎng)在用以下試劑包埋的gfrmatrigel中：12ng/mlil-13(r&dsystems,目錄號(hào)213-il)和抗-il-13封閉抗體(genentech)。唯一的改變?yōu)閮H測(cè)量螢火蟲(chóng)螢光素酶，按照廠家的方案用dual-gloluciferaseassaysystem(promega,目錄號(hào)e2920)測(cè)量螢火蟲(chóng)螢光素酶活性。微列陣分析用quickamp標(biāo)記試劑盒(agilent)擴(kuò)增和標(biāo)記rna以從1ug總rna產(chǎn)生標(biāo)記的crna。用cy5標(biāo)記實(shí)驗(yàn)樣品；universalhumanreferencerna(stratagene,lajolla,ca)用于參照通道，且用cy3標(biāo)記。cy5和cy3標(biāo)記的crna競(jìng)爭(zhēng)性雜交至兩色全人基因組4×44k基因表達(dá)微列陣平臺(tái)。按照廠家的方案(agilent)洗滌雜交的微列陣，用agilentmicroarrayscanner采集所有特征強(qiáng)度。用featureextractionsoftware(agilent)、方案ge2-v5_95(agilent)分析所掃描的幻燈片的tiff圖像。標(biāo)示的異常值不包括在任意后續(xù)分析中。所有數(shù)據(jù)都報(bào)告為染料歸一化的cy5/cy3比的log2值。將所有樣品的log2比值對(duì)相應(yīng)的模擬處理樣品(或非ipf的對(duì)照)的平均log2比值歸一化。在比較不同的表達(dá)概況分析數(shù)據(jù)集時(shí)，首先如原研究中那樣，過(guò)濾、歸一化和集中公眾可得的數(shù)據(jù)集。kaminski數(shù)據(jù)集(gse10667)是在全人基因組agilent微列陣平臺(tái)上運(yùn)行的，因此，用平臺(tái)特異性探針標(biāo)識(shí)符來(lái)連接數(shù)據(jù)集。用javatreeview產(chǎn)生熱圖(heatmap)。通過(guò)在r-code(limma)中建立并入了診斷、組織來(lái)源和性別(從y連鎖基因的表達(dá)分析推斷)這三個(gè)因素的線性模型來(lái)鑒定差異表達(dá)的基因。結(jié)果il13rα2是ipf肺組織中表達(dá)差異最大的基因我們進(jìn)行了來(lái)自40名ipf患者和8名非ipf對(duì)照受試者的活檢肺組織的基因組范圍轉(zhuǎn)錄組分析。我們從這些臨床樣品分離了rna，并用全人基因組agilent微列陣(geo檢索id)分析了轉(zhuǎn)錄物。將有限的可用元數(shù)據(jù)[性別、組織來(lái)源(活檢組織或在肺移植時(shí)收集的組織)、診斷]包含在用來(lái)鑒定差異表達(dá)基因的線性模型中。我們將1508個(gè)基因鑒定為與對(duì)照組織相比在ipf組織中差異表達(dá)(q<0.05,倍數(shù)變化>|2|)。部分列表顯示在表10中。在ipf中顯著上調(diào)的基因有基質(zhì)金屬蛋白酶(mmp1、3、7、10、11、12、13、16)、膠原(col15a、10a1、8a2、1a1、24a1、6a3、7a1、1a2、5a2、3a1、17a1、14a1)和il-13途徑基因(il-13、il13rα2、postn和ccl13)。事實(shí)上，ipf中最顯著提高的基因是il13rα2，其顯示44倍的變化(q＝3.4x10-14)。我們通過(guò)進(jìn)行定量rt-pcr驗(yàn)證了此觀察結(jié)果(圖9)。表10.ipf中與il-13信號(hào)傳遞相關(guān)的差異表達(dá)基因(上調(diào)>1.5倍，q<0.05)的部分列表探針id＝agilent全人基因組微列陣上的探針的標(biāo)識(shí)號(hào)；基因符號(hào)＝ncbientrez基因符號(hào)；基因名稱＝ncbientrez基因名稱；entrezid＝ncbientrez基因id；logfc＝ipf樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值減去健康對(duì)照樣品中的表達(dá)水平以2為底的對(duì)數(shù)的平均值；p-值＝來(lái)自limma分析的線性模型中診斷項(xiàng)的效應(yīng)顯著性的標(biāo)稱p-值；調(diào)整的p-值＝在基因?qū)⑹墙y(tǒng)計(jì)上顯著的最大p-值下估計(jì)的錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率。il-13在培養(yǎng)的原代肺成纖維細(xì)胞中誘導(dǎo)il13rα2表達(dá)如上文所討論，與對(duì)照、非ipf樣品相比，ipf樣品中最高度差異表達(dá)的基因是il13rα2，顯示在ipf中比在對(duì)照中高平均44倍的表達(dá)。我們嘗試發(fā)展易處理和相關(guān)的肺組織培養(yǎng)系統(tǒng)以更好地理解il13rα2的作用。將原代肺成纖維細(xì)胞(imr90)培養(yǎng)在生長(zhǎng)因子減少(gfr)的基質(zhì)膠上以模擬比塑料更接近生理狀態(tài)的生長(zhǎng)基質(zhì)。(除非另有說(shuō)明，此實(shí)施例中的所有培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)都用培養(yǎng)在gfr基質(zhì)膠上的細(xì)胞進(jìn)行)。il-13或il-4刺激imr90細(xì)胞導(dǎo)致il13rα2的實(shí)質(zhì)性(～8-10)誘導(dǎo)(圖10)。因此，這提供了實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)來(lái)用封閉抗體和小分子抑制劑研究?jī)?nèi)源誘導(dǎo)的而不是異位過(guò)表達(dá)的il13rα2的功能。il13rα2誘導(dǎo)減弱了原代肺成纖維細(xì)胞中來(lái)自il13rα1/il4rα的信號(hào)il13rα2具有短的胞質(zhì)尾，該胞質(zhì)尾缺乏典型的信號(hào)傳遞結(jié)構(gòu)域。一些證據(jù)支持以下模型：il13rα2的胞外結(jié)構(gòu)域(其可結(jié)合il-13)作為il13rα1/il4rα受體復(fù)合體的誘餌發(fā)揮作用并減弱依賴stat6的il-13信號(hào)。在研發(fā)該組織培養(yǎng)系統(tǒng)期間，我們觀察到，tnfα刺激誘導(dǎo)il13rα2在imr90細(xì)胞中的表達(dá)(圖11a)。雖然已顯示tnfα增強(qiáng)依賴il-13的il13rα2誘導(dǎo)，但未顯示tnfα單獨(dú)處理在其他系統(tǒng)中上調(diào)il13rα2。此培養(yǎng)系統(tǒng)的一個(gè)主要不同是將細(xì)胞培養(yǎng)在基質(zhì)膠上。為了測(cè)試il-13存在于gfr基質(zhì)膠中的可能性，我們進(jìn)行了靈敏的il-13測(cè)定，其顯示培養(yǎng)在生長(zhǎng)因子減少的基質(zhì)膠上的細(xì)胞中檢測(cè)不到il-13(數(shù)據(jù)未顯示)。tnfα刺激的imr90細(xì)胞顯示提高的il13rα2表達(dá)提供了研究提高的il13rα2表達(dá)對(duì)il-13刺激的下游事件的影響的可能性。我們通過(guò)測(cè)量表達(dá)不受tnfα處理影響的已知stat6應(yīng)答性基因(ccl26和骨膜蛋白)的轉(zhuǎn)錄物水平來(lái)監(jiān)測(cè)了對(duì)il-13和il-4的劑量反應(yīng)性(圖11b)。如通過(guò)ccl26和骨膜蛋白基因誘導(dǎo)評(píng)估，已用tnfα預(yù)刺激(其導(dǎo)致增加的il13rα2表達(dá))的細(xì)胞顯示對(duì)il-13但不是il-4(數(shù)據(jù)未顯示)降低的的敏感性(圖11b)，這可以通過(guò)提高il-13的劑量來(lái)克服。需要濃度高近10倍的il-13以在已用tnfα預(yù)刺激并顯示提高的il13rα2表達(dá)的細(xì)胞中達(dá)到相同水平的il-13的ccl26或骨膜蛋白基因誘導(dǎo)，而tnfα預(yù)處理未改變對(duì)il-4刺激(數(shù)據(jù)未顯示)的敏感性。總結(jié)起來(lái)，這些數(shù)據(jù)顯示，tnfα介導(dǎo)的il13rα2誘導(dǎo)特異性減弱il-13結(jié)合il13rα1/il4rα受體復(fù)合體和通過(guò)il13rα1/il4rα受體復(fù)合體傳遞信號(hào)的能力，與il13rα2作為誘餌受體的作用一致。不同的抗-il13抗體選擇性阻斷與il13rα1/il4rα或il13rα2的結(jié)合雖然以上數(shù)據(jù)與il13rα2就il13rα1/il4rα信號(hào)傳遞而言是誘餌受體的模型一致，但仍存在旁路下游信號(hào)源自il13rα2的可能性。通過(guò)使用破壞來(lái)自特異性il13/il4受體復(fù)合體的信號(hào)傳遞的特異性封閉抗體，我們采用無(wú)偏見(jiàn)的基因表達(dá)概況分析法來(lái)鑒定潛在的il13rα2信號(hào)。一種抗體(抗-il-13mab1)阻斷il-13將il4rα招募至il13rα1的能力，但不影響il-13與il13rα2的結(jié)合；第二抗體(抗-il-13mab2)阻斷il-13與il13rα1和il13rα2結(jié)合的能力。雖然兩種抗體都阻止依賴il13rα1/il4rα的stat6激活而不影響通過(guò)il13rα1/il4rα受體復(fù)合體進(jìn)行的il-4信號(hào)傳遞，但只有抗-il-13mab2還可以阻斷il-13與il13rα2的結(jié)合。為了在原代成纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)中評(píng)價(jià)這些抗體中的每一種的活性，在存在或缺乏mab1或mab2封閉性抗-il-13抗體的情況下用il-13和/或il-4處理細(xì)胞。如下文所述，我們測(cè)量了stat6的il-13/il-4信號(hào)傳遞下游的標(biāo)志ccl26和骨膜蛋白的轉(zhuǎn)錄物水平。我們首先表征了僅由il-13或il-4在原代肺成纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)中誘導(dǎo)的基因表達(dá)。用10ng/mlil-13或3ng/mlil-4刺激細(xì)胞48小時(shí)，然后提取rna，并進(jìn)行基因組范圍的表達(dá)概況分析。相對(duì)于模擬處理的細(xì)胞，各細(xì)胞因子誘導(dǎo)的譜顯示近乎相同的基因表達(dá)變化(數(shù)據(jù)未顯示)。我們未在il-4和il-13刺激條件之間鑒定到統(tǒng)計(jì)上顯著的差異，明顯地表明兩種細(xì)胞因子都激活相同的il13rα1/il4rα受體復(fù)合體信號(hào)傳導(dǎo)途徑下游。我們隨后在有和無(wú)封閉性抗-il-13抗體mab1和/或mab2以及細(xì)胞因子處理的多種條件下測(cè)量了imr90原代肺成纖維細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)(用tnfα預(yù)刺激)中ccl26和骨膜蛋白(postn)的轉(zhuǎn)錄物水平。在圖14中，多種處理?xiàng)l件連同各條件的基因表達(dá)結(jié)果一起顯示在圖中。由于il13rα2在響應(yīng)之前的信號(hào)時(shí)內(nèi)源性上調(diào)表明它的作用是調(diào)節(jié)后續(xù)il-13信號(hào)傳遞，對(duì)于圖12中所示的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，我們?cè)诘诙碳ぶ巴ㄟ^(guò)用tnfα預(yù)處理細(xì)胞誘導(dǎo)了il13rα2表達(dá)。用il-4或足夠高水平的il-13刺激克服了il13rα2的負(fù)調(diào)節(jié)作用后，顯著誘導(dǎo)了ccl26和骨膜蛋白轉(zhuǎn)錄物(即ccl26～>100x；骨膜蛋白～>10x)。在用il-13和抗-il-13mab1或抗-il-13mab2、或mab的組合處理細(xì)胞時(shí)，ccl26和骨膜蛋白的誘導(dǎo)幾乎完全消失(圖12)。但是，抗-il-13mab1和抗-il-13mab2都不阻斷il-4介導(dǎo)的ccl26或骨膜蛋白誘導(dǎo)(圖12)，這與各mab選擇il-13而非il-4一致。通過(guò)測(cè)量ccl26和骨膜蛋白表達(dá)水平，未能檢測(cè)到阻斷il13rα1(用抗-il-13mab1)和阻斷il13rα1和il13rα2(用抗-il-13mab2)之間可辨別的差異。我們隨后試圖評(píng)估il13rα2對(duì)總體基因表達(dá)譜的貢獻(xiàn)。我們?cè)谠O(shè)置這些實(shí)驗(yàn)時(shí)的一個(gè)考慮是il13rα2信號(hào)傳遞有可能需要同時(shí)從il4rα/il13rα1受體復(fù)合體發(fā)出共信號(hào)(co-signal)。由于imr90細(xì)胞缺乏共同的γ鏈(il2rγ，數(shù)據(jù)未顯示)，il-4介導(dǎo)的信號(hào)傳遞僅通過(guò)il4rα/il13rα1受體復(fù)合體的激活發(fā)生。因此，用細(xì)胞因子il-4處理imr90細(xì)胞將以類似于用il-13處理的方式激活通過(guò)il4rα/il13rα1的信號(hào)傳遞，因此，il-4處理這些細(xì)胞是il-13通過(guò)il4rα/il13rα1進(jìn)行信號(hào)傳遞的替代。圖13a顯示來(lái)自用il-13或il-13和il-4處理且在每種情況下使用mab1或mab2處理的細(xì)胞的微列陣數(shù)據(jù)的分析。如可以看到，此分析揭示，在用il-13以及mab1或mab2處理細(xì)胞之間及用il-13和il-4以及mab1或mab2處理細(xì)胞之間(在所有情況下都用tnfα預(yù)處理細(xì)胞)都沒(méi)有顯著差異表達(dá)的基因(調(diào)整的p-值<0.01)。在il-13刺激的細(xì)胞中，在缺乏il-4的情況下，mab1和mab2的抑制幾乎相同(圖13a)；而在il-4存在的情況下，mab1和mab2都未導(dǎo)致有意義的基因表達(dá)變化(圖13b)?？偨Y(jié)起來(lái)，這些數(shù)據(jù)表明，配體-受體il13-il13rα2結(jié)合未誘導(dǎo)信號(hào)傳遞事件，其導(dǎo)致基因表達(dá)變化。ipf中及il13/il4刺激的原代肺成纖維細(xì)胞中提高的gli1表達(dá)ipf群組中最顯著表達(dá)的基因之一是gli1(圖14)，gli1是發(fā)育途徑中的重要轉(zhuǎn)錄因子。已顯示hedgehog(hh)和tgfβ信號(hào)傳遞誘導(dǎo)gli1表達(dá)。gli1和il13rα2表達(dá)水平在ipf樣品內(nèi)顯著相關(guān)(rs＝0.69，q-值<0.01)。在細(xì)胞培養(yǎng)物微列陣實(shí)驗(yàn)中，我們發(fā)現(xiàn)，il13刺激上調(diào)gli1表達(dá)(數(shù)據(jù)未顯示)。因此，我們假設(shè)，與il13rα2一樣，gli1也可以由il13信號(hào)傳遞直接或間接調(diào)節(jié)。為了驗(yàn)證此觀察結(jié)果，我們用il13刺激原代肺成纖維細(xì)胞(培養(yǎng)在基質(zhì)膠上)，并通過(guò)rt-qpcr測(cè)量gli1表達(dá)。il13刺激誘導(dǎo)了gli1表達(dá)(～4x)(數(shù)據(jù)未顯示)。hh或tgfβ信號(hào)傳遞的阻斷未抑制il13誘導(dǎo)的gli1表達(dá)由于hh途徑活性可以誘導(dǎo)gli1表達(dá)，我們假設(shè)il13刺激導(dǎo)致hh途徑的依賴hh的自分泌/旁分泌刺激。為了測(cè)試這種可能性，我們使用了小分子hh途徑抑制劑(本文中稱為m1)，其通過(guò)補(bǔ)綴結(jié)合(patchedbinding)來(lái)阻斷hh配體誘導(dǎo)平滑去抑制(smoothenedderepression)的能力(yauch等,nature455:406-410(2008)，其指cur-691或hhantag691)。m1預(yù)處理阻斷了shh介導(dǎo)的gli1誘導(dǎo)，但不影響il13依賴的gli1誘導(dǎo)(圖15)。已顯示tgfβ刺激細(xì)胞誘導(dǎo)gli1表達(dá)，il13可以在一些實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)中誘導(dǎo)tgfβ活性。為了評(píng)價(jià)il13依賴的gli1誘導(dǎo)是否通過(guò)依賴tgfβ的自分泌/旁分泌機(jī)制發(fā)生，用兩種tgfβ途徑抑制劑(抗體1d11[edwards等,j.ofboneandmineralres.25:2419-2426,2010]和tgfbiirb-fc[r&dsystems,目錄號(hào)1003-rt-050)預(yù)處理細(xì)胞。雖然兩種tgfβ途徑抑制劑都阻斷tgfβ介導(dǎo)的gli1(已知的tgfβ應(yīng)答性基因)誘導(dǎo)(圖16a)，但都不影響il13依賴的gli1誘導(dǎo)(圖16b)。這些數(shù)據(jù)表明之前未描述過(guò)的il13和gli1誘導(dǎo)之間的關(guān)系，其不由之前表征過(guò)的hh和tgfβ信號(hào)傳導(dǎo)途徑介導(dǎo)。肺組織的基因表達(dá)分析揭示在與非ipf對(duì)照相比時(shí)ipf患者中明顯改變的轉(zhuǎn)錄組。與纖維化性質(zhì)(fibroticdiathesis)一致，我們發(fā)現(xiàn)，涉及重塑胞外基質(zhì)的許多基因在ipf中以提高的水平表達(dá)。此外，本研究和之前公開(kāi)的來(lái)自相似大小研究的表達(dá)微列陣數(shù)據(jù)之間顯著的轉(zhuǎn)錄組范圍相似度支持我們的結(jié)論，在本研究中觀察到的基因表達(dá)模式廣泛指示在人ipf中存在合理的具有活性的過(guò)程，而不是由誤診或技術(shù)或分析假象引起的假信號(hào)。在臨床前模型中，il13已顯示為潛在的纖維化驅(qū)動(dòng)者。在ipf活檢組織中，我們觀察到了il13途徑活性的轉(zhuǎn)錄證據(jù)，之前描述的具有提高的表達(dá)的il13靶基因包括骨膜蛋白、ccl13、ccl18和il13rα2；此外，il13本身在ipf中以提高的水平表達(dá)。ipf中最強(qiáng)烈和持續(xù)地上調(diào)的基因是il13rα2。之前的研究就il13rα2的作用獲得了不同的結(jié)論，即1)il13rα2可以轉(zhuǎn)導(dǎo)支持增加的纖維化的信號(hào)或2)il13rα2是il13的誘餌受體且無(wú)信號(hào)傳遞能力。鑒于這些形成鮮明對(duì)比的可能性，提供了以下挑戰(zhàn)：確定我們的活檢組織微列陣數(shù)據(jù)中的il13相關(guān)基因表達(dá)模式是否表明il13rα2的高表達(dá)反映ipf中il13活性的凈正作用或凈負(fù)作用及il13rα2可能的功能。為了在易處理的系統(tǒng)中闡明il13rα2的作用，我們發(fā)展了使用培養(yǎng)在生長(zhǎng)因子減少的基質(zhì)膠上的imr90細(xì)胞(人原代肺成纖維細(xì)胞系)的體外系統(tǒng)。在用il13刺激時(shí)，這些細(xì)胞顯示增加的il13rα2表達(dá)。我們觀察到tnfα也可在此系統(tǒng)中強(qiáng)烈誘導(dǎo)il13rα2。由于未知tnfα是否通過(guò)stat6傳遞信號(hào)，我們探究此特征是內(nèi)源地而不是異位地調(diào)節(jié)il13rα2水平，并測(cè)定il13rα2表達(dá)對(duì)il13信號(hào)傳遞的影響。在用tnfα預(yù)刺激細(xì)胞時(shí)，如通過(guò)兩個(gè)il13靶基因(骨膜蛋白和ccl26)評(píng)估，它們顯示對(duì)il13刺激的降低的敏感性；相對(duì)于未用tnfα預(yù)刺激的細(xì)胞，用tnfα預(yù)刺激的細(xì)胞需要約10倍的il13濃度來(lái)達(dá)到相當(dāng)?shù)墓悄さ鞍缀蚦cl26誘導(dǎo)。但是，tnfα預(yù)刺激未顯示影響il13rα1/il4rα復(fù)合體固有的信號(hào)傳遞能力，因?yàn)榧?xì)胞無(wú)論是否進(jìn)行tnfα預(yù)處理都保持對(duì)il4的相似的敏感性。這些觀察結(jié)果支持il13rα2作為il13-il13rα1/il4rα相互作用的誘餌受體發(fā)揮作用的模型；但是，這些數(shù)據(jù)未排除il13rα2可以產(chǎn)生其自己的獨(dú)特的胞內(nèi)信號(hào)的可能性。為了更透徹地研究這種可能性，我們利用了允許選擇性阻斷il13與兩種受體復(fù)合體的相互作用的試劑。mab2是破壞il13與il13rα1和il13rα2結(jié)合的能力的封閉抗體。但是，mab1阻斷il13與il4rα結(jié)合并通過(guò)il4rα傳遞信號(hào)的能力，但不阻斷與il13rα2的結(jié)合。我們推斷，通過(guò)比較在這些封閉抗體的任一種的存在下用il13處理的細(xì)胞的表達(dá)譜，我們可以鑒定il13rα2特異性下游轉(zhuǎn)錄事件(如果存在)。我們未能在用任一種抗體阻斷細(xì)胞的條件之間鑒定出單個(gè)統(tǒng)計(jì)上顯著的差異，這顯著地表明，在此細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)中，il13單獨(dú)與il13rα2結(jié)合未產(chǎn)生影響基因表達(dá)的胞內(nèi)信號(hào)級(jí)聯(lián)放大。由于在體內(nèi)il13-il13rα2結(jié)合可能與il13rα1/il4rα同il13結(jié)合同時(shí)發(fā)生，我們?cè)噲D確定il13rα2信號(hào)是否依賴于il13rα1/il4rα復(fù)合體的同時(shí)結(jié)合。但是，尚未鑒定出選擇性阻斷il13-il13rα2相互作用而不影響il13-il13rα1/il4rα信號(hào)傳遞的試劑。由于il13和il4都與il13rα1/il4rα信號(hào)傳遞復(fù)合體結(jié)合并通過(guò)il13rα1/il4rα信號(hào)傳遞復(fù)合體傳遞信號(hào)，且產(chǎn)生相同的表達(dá)譜，我們推斷，我們可以如上述mab1對(duì)mab2阻斷實(shí)驗(yàn)通過(guò)引入il4來(lái)模擬活性il13rα1/il4rα信號(hào)。在此背景中，我們?nèi)晕茨荑b定出任何il13rα2依賴的信號(hào)傳遞事件。總結(jié)起來(lái)，這些數(shù)據(jù)強(qiáng)烈支持il13rα2在肺成纖維細(xì)胞中是誘餌受體的模型。我們還已顯示，已知在肺發(fā)育、emt、腫瘤發(fā)生和組織修復(fù)中重要的gli1在ipf患者中相對(duì)于對(duì)照受試者上調(diào)。我們還觀察到，il13導(dǎo)致培養(yǎng)的成纖維細(xì)胞中的gli1表達(dá)增加。這些結(jié)果表明，gli1可以支持成纖維細(xì)胞的持續(xù)生長(zhǎng)和存活，所述成纖維細(xì)胞可以阻斷創(chuàng)傷愈合消散的終末期，并支持持續(xù)纖維化。實(shí)施例3.ii期臨床研究研究原理ipf表征為不同程度的間質(zhì)纖維化。ipf患者中的纖維化過(guò)程涉及幾種胞外基質(zhì)蛋白，包括i、iii和iv型膠原、纖連蛋白及生腱蛋白-c與間充質(zhì)細(xì)胞的異常增殖、肺結(jié)構(gòu)的扭曲和上皮下成纖維細(xì)胞病灶的產(chǎn)生。il-13和il-4是組織纖維化的強(qiáng)誘導(dǎo)物。在非臨床模型中，il-13在小鼠肺中的轉(zhuǎn)基因過(guò)表達(dá)足以誘導(dǎo)膠原基因表達(dá)和嚴(yán)重的上皮下纖維化(lee等2001,jexpmed194:809-22；zhu等1999,jclininvest103:779-88)。相反，靶向破壞il-13的小鼠和用對(duì)il-13特異的封閉抗體處理的小鼠在博來(lái)霉素和異硫氰酸縈光素誘發(fā)的肺纖維化模型中顯示減少的胞外基質(zhì)沉積(belperio等2002,amjrespircellmolbiol27:419-27；kolodsick等2004,jimmunol172:4068-76；liu等2004,jimmunol173:3425-31)。多項(xiàng)研究已得出ipf患者中il-13的表達(dá)和活性提高的結(jié)論。發(fā)現(xiàn)與正常對(duì)照相比，來(lái)自ipf患者的肺活檢組織樣品中il-13及il-13受體(il-13r)il-13rα1和il-13rα2的表達(dá)在信使rna和蛋白質(zhì)水平都增加(jakubzick等2004,amjpathol164:1989-2001)。還發(fā)現(xiàn)與正常對(duì)照相比，來(lái)自ipf患者的支氣管肺泡灌洗液中的il-13提高。重要地，這些樣品中il-13的水平與肺功能的關(guān)鍵測(cè)量、預(yù)測(cè)用力肺活量(fvc)的百分比及肺對(duì)一氧化碳的擴(kuò)散量(dlco)負(fù)相關(guān)(park等2009,jkoreanmedsci24:614-20)，表明il-13在ipf患者中的致病功能。除il-13本身外，還顯示已知將在il-13信號(hào)傳遞的下游表達(dá)的血清生物標(biāo)志在ipf患者中提高。骨膜蛋白(在哮喘患者中存在的il-13可誘導(dǎo)蛋白，其血清水平與lebrikizumab的治療益處相關(guān)(corren等2011,nengljmed365(12):1088-98))在ipf患者的血清中也提高，且已在6個(gè)月的時(shí)期內(nèi)顯示骨膜蛋白的水平與肺功能參數(shù)(fvc和dlco)負(fù)相關(guān)(okamoto等2011,eurrespirj37:1119-27)。根據(jù)在骨膜蛋白缺失的小鼠中觀察到的減少的博來(lái)霉素誘發(fā)的肺纖維化提出了骨膜蛋白是ipf中的致病因子(uchida等2012,amjrespircellmolbiol46:677-86)，表明il-13可以通過(guò)其他機(jī)制促成此疾病。il-13信號(hào)傳遞還在體外誘導(dǎo)從巨噬細(xì)胞強(qiáng)烈地產(chǎn)生趨化因子(c-c基序)配體18，分離自ipf患者而不是正常對(duì)照的肺泡巨噬細(xì)胞組成性表達(dá)ccl-18蛋白(prasse等2006,amjrespircritcaremed173:781-92)。與骨膜蛋白一樣，ccl-18在ipf患者的血清中增加，已報(bào)道ccl-18水平與疾病進(jìn)展和預(yù)測(cè)相關(guān)，具有較高的基線ccl-18水平的患者經(jīng)歷較大的fvc下降和較高的死亡率(prasse等2007,arthritisrheum56:1685-93；prasse等2009,amjrespoircritcaremed179:717-23)?？偨Y(jié)起以，這些數(shù)據(jù)強(qiáng)烈表明，il-13表達(dá)在ipf患者中提高，從該細(xì)胞因子至多種纖維化相關(guān)細(xì)胞類型的信號(hào)在驅(qū)動(dòng)發(fā)病中發(fā)揮關(guān)鍵作用?？?il13抗體(lebrikizumab)氨基酸序列下表顯示lebrikizumab的cdr-h1、cdr-h2、cdr-h3、cdr-l1、cdr-l2和cdr-l3區(qū)的氨基酸序列，以及vh、vl、重鏈序列和輕鏈序列。如下表11中所示，vh和重鏈可以包括n端谷氨酰胺，重鏈還可以包括c端賴氨酸。如本領(lǐng)域公知，n端谷氨酰胺殘基可以形成焦谷氨酸，c端賴氨酸殘基可以在制備過(guò)程中剪掉。表11.抗-il13抗體(lebrikizumab)氨基酸序列劑量、給藥方案和原理這是lebrikizumab在ipf患者中的隨機(jī)化、多中心、雙盲、安慰劑對(duì)照、平行組研究。將在全球范圍內(nèi)約100個(gè)地點(diǎn)招募約250名患者(每個(gè)治療組125名患者)進(jìn)入研究?？傊委煶掷m(xù)時(shí)間將基于所有受試者接受至少13個(gè)劑量(q4wk)的隱蔽治療和在最長(zhǎng)2.5年的時(shí)期內(nèi)觀察到至少75個(gè)主要端點(diǎn)事件。提供書(shū)面知情同意書(shū)的患者將開(kāi)始篩查期(≤4周)以確定進(jìn)入標(biāo)準(zhǔn)。篩查期結(jié)束時(shí)，按1:1的比例將合格的患者隨機(jī)化至皮下注射(sc)lebrikizumab250mg或安慰劑的雙盲治療，所述lebrikizumab250mg或安慰劑從預(yù)裝注射器施用。將集中進(jìn)行區(qū)組隨機(jī)化，并按肺功能(fvc＜50％、50％至75％、＞75％預(yù)測(cè))及按區(qū)域(北美、歐洲、其他)分層。將通過(guò)每4周sc注射來(lái)施用研究藥物，第一次注射發(fā)生在隨機(jī)化就診時(shí)(第1天)。將在手臂、大腿或腹部進(jìn)行sc注射，所有患者將每次給藥就診時(shí)接受總計(jì)兩次注射。患者將在最短給藥期(第0至48周)內(nèi)接受最少13個(gè)劑量的隱蔽治療。患者將在延長(zhǎng)的治療期內(nèi)繼續(xù)每4周接受隱蔽研究治療，直至發(fā)生了至少75個(gè)主要端點(diǎn)事件，且招募的最后一名患者已得到接受至少13個(gè)劑量的隱蔽治療的機(jī)會(huì)。一旦發(fā)生了這些事件，所有進(jìn)行中的患者都將在其研究藥物最后一個(gè)劑量后約4周返回診所，以在治療結(jié)束(eot)的就診時(shí)及18周安全隨訪期內(nèi)的兩次后續(xù)就診時(shí)完成隨訪評(píng)估。取決于招募和事件頻率，預(yù)期治療的總持續(xù)時(shí)間在1至約2.5年的范圍內(nèi)。對(duì)于各患者，治療期將不延長(zhǎng)超過(guò)2.5年，預(yù)期最長(zhǎng)研究持續(xù)時(shí)間為2.8年。將鼓勵(lì)選擇提前停用研究藥物的患者留在研究中，并完成所有剩余的評(píng)估。如果這不可行，則患者應(yīng)進(jìn)入并完成安全隨訪期，除非知情同意書(shū)已撤回。劑量和給藥方案原理如下。lebrikizumab是抑制il-13信號(hào)傳遞的人源化igg4單克隆抗體。非臨床和臨床數(shù)據(jù)都表明，il-13信號(hào)傳遞在ipf的發(fā)病中發(fā)揮重要作用(見(jiàn)上文)。lebrikizumab的作用機(jī)制是阻斷il-13和它的受體之間的相互作用，從而阻斷il-13的胞內(nèi)信號(hào)傳遞。由于細(xì)胞因子的快速代謝，假定最優(yōu)il-13阻斷需要在肺中維持lebrikizumab的持久濃度。假設(shè)肺中的il-13水平是在文獻(xiàn)中報(bào)道的范圍內(nèi)(200-2000pg/ml；hart2001,immunologyandcellbiology79:149-53)，血清:肺分配比為1:500，預(yù)期10μg/ml的血清濃度將維持肺中足夠高的藥物水平以中和il-13。此目標(biāo)濃度也與在ii期研究中觀察到的12周波谷濃度(平均值±sd：28.8±11.9μg/ml)的下端一致，其中l(wèi)ebrikizumab顯示降低患者中嚴(yán)重哮喘加重的速率的有效性，該患者盡管有吸入糖皮質(zhì)激素治療也未使其哮喘得到控制。類似于哮喘患者，ipf患者具有與il-13相關(guān)的提高水平的生物標(biāo)志，暗示在哮喘中產(chǎn)生臨床益處的lebrikizumab濃度也可以在ipf中產(chǎn)生生物學(xué)活性。對(duì)于ipf患者中的ii期研究，選擇每4周(q4wk)250mg的劑量以將穩(wěn)態(tài)血清波谷濃度維持在此目標(biāo)濃度或此目標(biāo)濃度以上。假設(shè)lebrikizumab在ipf患者中的藥物動(dòng)力學(xué)類似于在哮喘患者中的藥物動(dòng)力學(xué)，預(yù)期此劑量/方案將維持～30μg/ml的平均穩(wěn)態(tài)波谷濃度。比目標(biāo)高三倍的濃度容許ipf患者中減少的肺分配(由更厚的間質(zhì)引起)及存在自身抗體時(shí)lebrikizumab可能更快的清除(papiris等2012,curropinpulmmed18:433-40)。之前的lebrikizumab在哮喘中的臨床研究的安全性數(shù)據(jù)庫(kù)也支持250mg劑量q4wk的選擇。lebrikizumab和安慰劑將在預(yù)裝注射器中提供。每個(gè)注射器僅用于單劑量sc施用，且不含防腐劑?；钚匝芯克幬锏拿總€(gè)預(yù)裝注射器包含1mllebrikizumab濃度為125mg/ml的無(wú)菌液體。制劑還包含組氨酸乙酸鹽(20mm)、蔗糖(60mg/ml)、聚山梨醇20(約0.03％)和無(wú)菌注射用水usp，ph5.4-6.0。安慰劑的每個(gè)預(yù)裝注射器包含1ml無(wú)菌液體安慰劑制劑，其由含組氨酸乙酸鹽(20mm)、蔗糖(75mg/ml)和聚山梨醇20(約0.03％)的無(wú)菌注射用水組成，ph5.4-6.0。研究藥物和安慰劑的預(yù)裝注射器應(yīng)在2℃-8℃冷藏，并防止過(guò)度的光和熱。注射器不應(yīng)冷凍、搖動(dòng)或在室溫保存。納入和排除標(biāo)準(zhǔn)此研究中將招募約250名年齡為35-80歲的ipf患者。納入標(biāo)準(zhǔn)包括以下：前5年內(nèi)基于2011ats/ers準(zhǔn)則篩選，在基線時(shí)診斷患有或可能患有ipf；篩查時(shí)fvc>40％預(yù)測(cè)且≤90％預(yù)測(cè)；篩查時(shí)dlco>25％預(yù)測(cè)且≤90％預(yù)測(cè)；對(duì)于接受口服糖皮質(zhì)激素治療的患者：第1天之前穩(wěn)定劑量≤10mg強(qiáng)的松(或等同物)≥4周；能夠無(wú)輔助行走≥100米。排除標(biāo)準(zhǔn)包括以下：對(duì)生物制劑嚴(yán)重變態(tài)反應(yīng)或過(guò)敏反應(yīng)的歷史或已知對(duì)lebrikizumab注射的任意成分超敏反應(yīng)；間質(zhì)性肺疾病的其他已知原因的證據(jù)；預(yù)期6個(gè)月內(nèi)肺移植；顯著的阻塞性肺疾病或其他ipf以外的臨床上顯著的肺疾病或其他臨床上顯著的醫(yī)學(xué)疾病(包括感染性疾病)的證據(jù)；紐約心臟協(xié)會(huì)(newyorkheartassociation)iv類慢性心力衰竭或左心室射血分?jǐn)?shù)<35％的歷史證據(jù)；篩查前30天內(nèi)由于ipf加重而住院；體重<40kg。有效性結(jié)果測(cè)量主要有效性結(jié)果測(cè)量是無(wú)進(jìn)展存活(pfs)，其定義為從研究治療隨機(jī)化至首次出現(xiàn)任意以下事件的時(shí)間：死于任意原因；因任意原因非選擇性住院；fvc(l)從基線減少≥10％。次要有效性結(jié)果測(cè)量是：絕對(duì)fvc(l)的年變化速率；第52周時(shí)dlco(mlco/分鐘-1/mmhg-1)從基線減少≥15％；從隨機(jī)化至因任意原因死亡或非選擇性住院的時(shí)間；ipf中評(píng)估生活質(zhì)量的工具(ataq-ipf)從基線至第52周的變化；從隨機(jī)化至fvc(l)首次相對(duì)于基線減少≥10％的時(shí)間；絕對(duì)dlco(mlco/分鐘-1/mmhg-1)的年變化速率；6分鐘步行距離(6mwd)從基線至第52周的變化。探究性結(jié)果測(cè)量是：fvc([l]和預(yù)測(cè)值的百分比)從基線至第52周的變化；fvc(l)從基線至第52周的百分比變化；絕對(duì)fvc(l)從基線至第52周變化200ml或10％的發(fā)生率；dlco([mlco/分鐘-1/mmhg-1]和預(yù)測(cè)值的百分比)從基線至第52周的變化；dlco(mlco/分鐘-1/mmhg-1)從基線至第52周的百分比變化；基線時(shí)接受補(bǔ)充供氧治療的患者的靜息氧流速?gòu)幕€至第52周的變化；基線時(shí)未接受補(bǔ)充供氧的患者從隨機(jī)化至加入補(bǔ)充供氧治療的時(shí)間；從隨機(jī)化至因任意原因非選擇性住院的時(shí)間；從隨機(jī)化至首例急性ipf加重的時(shí)間；從隨機(jī)化至首例ipf惡化事件的時(shí)間；肺hrct上的放射照像結(jié)果(包括定量肺纖維化(qlf)得分)從基線至第24周和第52周的變化；6分鐘步行測(cè)試(6mwt)中的行走距離從基線的變化；血清生物標(biāo)志(例如骨膜蛋白、ccl-18、ykl40、comp、opn、ccl-13)從基線的變化；euroqol5維問(wèn)卷(eq-5d)從基線至第52周的變化。研究評(píng)估特發(fā)性肺纖維化加重將ipf加重定義為符合以下標(biāo)準(zhǔn)的事件：之前30天內(nèi)未能解釋的惡化或出現(xiàn)呼吸困難；疊加在與常見(jiàn)的間質(zhì)肺炎(uip)一致的網(wǎng)狀或蜂窩狀背景模式上的新的雙側(cè)毛玻璃樣異常和/或固結(jié)的放射學(xué)證據(jù)；缺乏備選的原因，如左心衰竭、肺栓塞、肺部感染(根據(jù)氣管內(nèi)吸出物或支氣管肺泡灌洗(如果可得)，或研究人員的判斷)，或其他導(dǎo)致急性肺損傷的事件(例如膿毒、誤吸、創(chuàng)傷、再灌注肺水腫)。特發(fā)性肺纖維化疾病的惡化將“ipf疾病惡化”定義為符合以下的事件：(i)之前30天內(nèi)未能解釋的惡化或出現(xiàn)呼吸困難；(ii)以下任意兩項(xiàng)：疊加在與uip一致的網(wǎng)狀或蜂窩狀背景模式上的新的雙側(cè)毛玻璃樣異常和/或固結(jié)的放射學(xué)證據(jù)；符合以下標(biāo)準(zhǔn)中的至少1項(xiàng)的肺功能惡化：-fvc(l)，至少10％；-dlco(mlco/分鐘-1/mmhg-1)，至少15％；-氧飽和(spo2)，至少4％；和(iii)缺乏備選的原因，上文在ipf加重下列出的那些原因。肺活量測(cè)定法肺活量測(cè)定法(包括用于支氣管擴(kuò)張藥測(cè)試的方法)將按基于ats/ersconsensusstatement(miller等2005,eurrespirj26:319-38)的研究“肺功能手冊(cè)(pulmonaryfunctionmanual)”進(jìn)行。該手冊(cè)將包括關(guān)于設(shè)備、方案、患者說(shuō)明和警惕的信息。要收集的肺活量測(cè)定將包括fev1和fvc值及呼氣流量峰值，以及流量和體積-時(shí)間曲線。將用源自hankinson及其同事(hankinson等1999,amjrespircritcaremed159:179-87)所述的國(guó)家健康與營(yíng)養(yǎng)檢查調(diào)查(nationalhealthandnutritionexaminationsurvey)數(shù)據(jù)集的方程來(lái)從這些體積測(cè)量得到的預(yù)測(cè)的fev1和fvc的百分比。在按研究需要配置的計(jì)算機(jī)化肺活量測(cè)定系統(tǒng)上按照ats/ers肺活量測(cè)定標(biāo)準(zhǔn)化(ats/ersstandardisationofspirometry)(miller等2005,eurrespirj26:319-38)所公開(kāi)的指導(dǎo)進(jìn)行肺活量測(cè)定。dlco將按照ats/ers指導(dǎo)(包括血清血紅蛋白濃度的校正)進(jìn)行，并將連同fvc測(cè)量作為主要和次要端點(diǎn)評(píng)估的部分。數(shù)據(jù)(包括操作法的圖示)的可用性將由不知情的讀者確定。對(duì)于可用的操作法的重現(xiàn)性的計(jì)算將編程。高分辨率計(jì)算層析x射線照相術(shù)將進(jìn)行俯臥(prone)肺hrct掃描并記錄。通過(guò)肺hrct掃描診斷ipf應(yīng)證明雙基底、外周或胸膜下小葉內(nèi)中隔增厚的對(duì)稱模式、纖維化變化、蜂窩樣和牽拉性支氣管擴(kuò)張或細(xì)支氣管擴(kuò)張?？梢园殡S肺的相關(guān)毛玻璃樣渾濁。六分鐘步行測(cè)試按照集中ats指導(dǎo)(atsstatement2002,amjrespircritcaremed166:111-117)進(jìn)行6mwt測(cè)試。患者報(bào)告結(jié)果此研究中將得到患者報(bào)告結(jié)果(pro)，以更充分地表征lebrikizumab的臨床概況。在研究期間，根據(jù)當(dāng)?shù)卣Z(yǔ)言的需要翻譯的pro文件將由患者指定的時(shí)間點(diǎn)整體完成。將使用兩個(gè)pro工具：特發(fā)性肺纖維化中評(píng)估生活質(zhì)量的工具(ataq-ipf)ataq-ipf是74項(xiàng)的ipf專用生活質(zhì)量文件(swigris等2010,healthandqualityoflifeoutcomes8:77)。評(píng)估生活質(zhì)量的工具(ataq)包含13個(gè)領(lǐng)域：咳嗽(6項(xiàng))、呼吸困難(6項(xiàng))、遠(yuǎn)見(jiàn)(5項(xiàng))、睡眠(6項(xiàng))、死亡率(6項(xiàng))、衰竭(5項(xiàng))、情感健康(7項(xiàng))、社會(huì)參與(5項(xiàng))、財(cái)務(wù)(6項(xiàng))、獨(dú)立(5項(xiàng))、性健康(5項(xiàng))、關(guān)系(6項(xiàng))和治療(6項(xiàng))。在從1(強(qiáng)烈不同意)至5(強(qiáng)烈同意)的量表上評(píng)估ataq的每一項(xiàng)。在ataq中規(guī)定無(wú)回憶期。ataq-ipf得分和已知在ipf中重要的生理學(xué)變量之間的相關(guān)模式連同使用補(bǔ)充供氧的受試者和不使用補(bǔ)充供氧的受試者之間ataq-ipf得分的顯著差異支持其有效性。euroqol5維eq-5d是基于一般偏好的健康相關(guān)生活質(zhì)量問(wèn)卷，其提供健康狀態(tài)的單個(gè)指數(shù)值(rabin和decharro2001,annmed33:337-43)。此工具包括關(guān)于移動(dòng)性、自我護(hù)理、慣?；顒?dòng)、疼痛/不適和焦慮/抑郁的問(wèn)題，用來(lái)建立患者健康狀態(tài)的組合材料。序列表<110>基因技術(shù)公司<120>預(yù)測(cè)、診斷和治療特發(fā)性肺纖維化的方法<130>p4841r1<140><141><150>61/707,411<151>2012-09-28<150>61/616,394<151>2012-03-27<160>14<170>patentin版本3.5<210>1<211>5<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>1alatyrservalasn15<210>2<211>16<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>2metiletrpglyaspglylysilevaltyrasnseralaleulysser151015<210>3<211>10<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>3aspglytyrtyrprotyralametaspasn1510<210>4<211>15<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>4argalaserlysservalaspsertyrglyasnserphemethis151015<210>5<211>7<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>5leualaserasnleugluser15<210>6<211>9<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成肽<400>6glnglnasnasngluaspproargthr15<210>7<211>117<212>prt<213>人工序列<220><223>人工序列的描述:合成多肽<400>7valthrleuarggluserglyproalaleuvallysprothrglnthr151015leuthrleuthrcysthrvalse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