本發(fā)明屬于食品檢測技術領域,具體涉及一組用于雞源性實時熒光PCR檢測的特異性引物和探針。
背景技術:
隨著經濟的高速發(fā)展,人民的消費需求增長,我國肉類產量逐年增加,其中雞肉產量占據(jù)肉類總產量的13.97%。與此同時,消費者對食品質量與安全性的要求也越來越高,其中摻雜使假不法行為是消費者長期關注的焦點之一。不法商販、企業(yè)為獲得非法利潤,常以較低價的雞肉冒充牛、羊、豬肉,嚴重侵害了消費者利益。這不僅涉及經濟、營養(yǎng)價值和食品安全等問題,更直接影響消費者的健康,尤其是對某些食物過敏的消費者。自20世紀80年代雞精調味品傳入中國,雞精作為調味料行業(yè)的后起之秀,發(fā)展速度相當驚人,已被普通家庭和餐飲業(yè)廣泛使用。雞精產品繁多紛雜,質量參差不齊,部分企業(yè)生產的雞精主要是以淀粉、糊精、食鹽、香精、色素等生產,其中一些甚至完全不含雞的成分。“雞精無雞”問題侵犯了消費者的利益,也一直是消費者關心的問題。為維護廣大消費者合法權益,穩(wěn)定市場秩序,對動物性食品進行種源的鑒定顯得十分必要。
由于食品種類繁多、成分復雜、加工程度高等因素,使得常規(guī)檢測方法如電泳、免疫學技術、光譜技術在種源的定性檢測方面多有不足,如靈敏度低、周期長、費時費力。而實時熒光聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)技術以DNA為模板,設計特異引物探針,在封閉的體系中進行擴增和實時檢測,無需電泳就可以對結果進行分析,避免了PCR產物的污染和溴化乙錠(ethidium bromide,EB)帶來的危害,也縮短了檢測時間;且擴增目的片段較短,尤其適用于加工食品。
實時熒光定量PCR技術是在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光積累實時監(jiān)測整個PCR進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析。在試驗中使用了探針檢測,隨著PCR反應的進行,當合成的新鏈移動到探針結合位置時,Taq酶將探針切斷,探針的完整性遭到破壞,熒光報告基團的熒光信號被釋放出來。模板每復制一次,就有一個探針被切斷,同時伴有一個熒光信號的釋放。產物與熒光信號產生一對一的對應關系,隨著產物的增加,熒光信號不斷增強,從而對整個PCR反應過程進行實時和動態(tài)的監(jiān)測分析。
技術實現(xiàn)要素:
本發(fā)明目的在于設計一組雞源性特異性引物和探針序列,建立一種能廣泛應用于牛羊豬肉和雞精中雞源性成分檢測的快速、靈敏、特異性好的熒光定量PCR檢測的方法。本發(fā)明采用基因克隆技術,將雞源性DNA的cytb基因種內保守片段插入到載體pMD18-T中,獲得含有cytb基因片段的重組質粒,以此作為標準品。根據(jù)雞源性cytb的基因片段編碼基因序列設計并合成一組特異性引物和探針,優(yōu)化PCR反應條件,建立以實時熒光定量聚合酶鏈反應為平臺的檢測方法,并對所建立的方法進行評估。本發(fā)明旨在利用實時熒光PCR技術建立肉食品和雞精中雞源成分檢測方法,為質檢部門打擊不法商販的食品摻假、造假行為、維護消費者合法利益提供有力的技術參考。
本發(fā)明的第一個目的是提供了一組用于雞源性實時熒光PCR檢測的特異性引物和探針,所述特異性引物和探針的核苷酸序列為(1)或(2)中的一種:
(1)、上游引物:5'- TCCTCCACAAATCTAAACAACGAAC -3'
下游引物:5'- ATGATGAAGGGGTGTTCTACTGG -3'
探針:5'- TAACCTTCCGACCACTCTCCCAAAC -3'
所述引物和探針擴增的目標核苷酸序列為序列表中SEQ ID No.3;
(2)、與(1)所述序列互補的序列。
作為優(yōu)選,所述探針的5’端熒光報告基團是FAM,3’端標記的是熒光淬滅基團TAMRA。
本發(fā)明的第二個目的是提供雞源性的PCR檢測試劑盒,所述試劑盒為雞源性的定性或定量檢測試劑盒;所述試劑盒包括權利要求1所述的引物和探針;
作為優(yōu)選,所述定量檢測試劑盒還包括標準品,所述標準品的制備方法為:將雞源性保守基因片段插入到載體pMD18-T中,轉化至大腸桿菌中進行誘導表達,獲得含有雞源性保守基因片段的重組質粒,以此作為標準品;所述雞源性保守基因片段為序列表中SEQ ID No.2;
作為進一步優(yōu)選,所述雞源性保守基因片段是以序列表中SEQ ID No.1的核苷酸序列為模板,使用下述引物進行PCR擴增獲得的:
上游引物:5'- CGATTCTTCGCTTTACACTTC -3'
下游引物:5'- TGATGATGAAGGGGTGTTCTA -3';
作為優(yōu)選,所述PCR擴增的條件為:94℃預變性5min;94℃ 30s、55℃ 30s、72℃30s,35個循環(huán);72℃ 10min。
本發(fā)明的第三個目的是提供上述特異性引物和探針在制備定性或定量檢測雞源性的試劑盒中的應用。
作為優(yōu)選,所述應用是分別以標準品和待測樣品DNA為模板,利用特異性引物和探針進行實時熒光定量PCR,通過標準曲線和待測樣品的Ct值判定結果。
作為優(yōu)選,所述實時熒光定量PCR的反應條件為:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。
本發(fā)明的第四個目的是提供雞源性的實時熒光定量PCR檢測方法,所述檢測方法不以有生命的人體或動物體為直接實施對象,步驟如下:
(1)制備標準品:將雞源性保守基因片段插入到載體pMD18-T中,轉化至大腸桿菌中進行誘導表達,獲得含有雞源性保守基因片段的重組質粒,以此作為標準品;所述雞源性保守基因片段為序列表中SEQ ID No.2;
(2)使用權利要求1所述的特異性引物和探針對待測樣品和標準品采用相同的反應體系進行實時熒光PCR擴增;
(3)標準曲線繪制;
(4)通過標準曲線和待測樣品的Ct值進行雞源性的快速定量檢測。
作為優(yōu)選,步驟(1)中所述雞源性保守基因片段是通過以下引物擴增得到的:
上游引物為5'- CGATTCTTCGCTTTACACTTC -3';
下游引物為5'- TGATGATGAAGGGGTGTTCTA -3';
作為優(yōu)選,PCR擴增所述雞源性保守基因片段的條件為:94℃預變性5min;94℃ 30s、55℃ 30s、72℃ 30s,35個循環(huán);72℃ 10min;
作為優(yōu)選,步驟(2)中所述引物和探針的用量均為1.6μl;
作為優(yōu)選,步驟(2)中所述實時熒光PCR擴增的反應條件為:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。
本發(fā)明的第五個目的是提供雞源性的定性PCR檢測方法,所述檢測方法不以有生命的人體或動物體為直接實施對象,步驟如下:
(1)使用權利要求1所述的特異性引物和探針對待測樣品進行實時熒光PCR擴增;
(2)通過待測樣品的Ct值對雞源性進行定性檢測:當Ct值小于38時,為陽性;否則,為陰性;
作為優(yōu)選,步驟(1)中所述引物和探針的用量均為1.6μl;
作為優(yōu)選,步驟(1)中所述實時熒光PCR擴增的反應條件為:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。
本發(fā)明提供用于對雞源性進行定性、定量檢測的引物和探針,通過提取待檢測樣品的DNA結合實時熒光定量PCR檢測技術,可達到準確定量或定性待測牛羊豬肉和雞精中雞源性含量的目的。本發(fā)明所提供的引物和探針可對牛羊豬肉和雞精中的雞源性含量進行定性、定量分析,對判斷牛羊豬肉和雞精中雞源性含量具有重要意義,本發(fā)明將在食品檢測領域發(fā)揮重要作用。
附圖說明
附圖用來提供對本發(fā)明的進一步理解,并且構成說明書的一部分,與本發(fā)明的實施例一起用于解釋本發(fā)明,并不構成對本發(fā)明的限制。在附圖中:
圖1為引物和探針體系優(yōu)化實驗結果;其中,a代表引物為1.6μl,探針為1.6μl;b代表引物為1.0μl,探針為1.6μl;c代表引物為1.0μl,探針為0.8μl;d代表引物為2.0μl,探針為0.8μl;e代表引物為1.6μl,探針為0.8μl;f代表引物為2.0μl,探針為1.0 μl;g代表引物為1.0μl,探針為0.8μl;h代表引物為1.0μl,探針為1.0μl;i代表引物為2.0μl,探針為1.6μl;
圖2為靈敏度實驗結果;其中,a代表質粒濃度分別為1.00×108copies/ml、b代表質粒濃度為1.00×107copies/ml、c代表質粒濃度為1.00×106copies/ml、d代表質粒濃度為1.00×105copies/ml、e代表質粒濃度為1.00×104copies/ml、f代表質粒濃度為1.00×103copies/ml、g代表質粒濃度為1.00×102copies/ml和陰性對照;
圖3為特異性實驗結果;其中,出現(xiàn)標準擴增曲線的為雞,未出現(xiàn)標準擴增曲線的為豬、牛、狗、魚、羊、鴨、鵝、兔、驢、蛙、鼠、陰性對照;
圖4為雞源性標準曲線。
具體實施方式
下面結合附圖及具體實施方案對本發(fā)明做更詳細闡述。以下的實施例便于更好地理解本發(fā)明,但并不限定本發(fā)明。下述實施例中的實驗方法,如無特殊說明,均為常規(guī)方法。所用引物、探針和所用序列測定工作均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成和完成。
實施例1 cytb基因標準品的制備
要建立實時熒光定量PCR方法,首先必須制備方法所需的外部標準品,標準品應包含高度保守、特異的序列,要保證反應的高特異性。動物線粒體DNA具有分子量小、結構保守、熱穩(wěn)定性好、不易降解的結構特點和母系遺傳、拷貝數(shù)多、進化速度快、不發(fā)生重組的遺傳特點,其中線粒體細胞色素b(cytb)基因序列最為保守型。cytb基因檢測雞源性,有較高的敏感性和特異性。本發(fā)明主要采用PCR技術擴增雞源性cytb基因,利用基因重組技術將其連接到質粒載體pMD18-T中,構建出重組質粒pMD18-T-chickencytb,并進行相應的PCR鑒定和測序鑒定,最后經定量作為待建立方法的標準品,為下一步的方法及評估奠定基礎。
一、模板DNA的制備
提取雞肝臟組織基因組DNA,用作cytb基因PCR擴增的模板,提取基因組DNA的試劑盒為細胞/組織基因組DNA提取試劑盒(離心柱型),采購自百泰克生物技術有限公司;
(1)取1.5g新鮮雞肝臟組織用液氮研磨成粉末,加到5ml離心管中,加入4ml SE緩沖液,混勻,4500 r/mim離心15min;
(2)吸取上清,4℃ 12000 r/min離心20min,棄上清,收集沉淀;
(3)加入400μl Buffer Digestion ,震蕩混勻。65℃水浴1-3h至細胞完全裂解 (注意:1、水浴過程中,每10分鐘顛倒混勻一次,可促進樣品裂解。混合液變澄清透明為裂解完全。如溶液未變澄清,說明細胞裂解不徹底,應當延長水浴時間,否則將可能降低DNA的得率或導致提取的DNA不純。2、如需得到無RNA的DNA,可在水浴后加入20μl的Rnase A,室溫放置2-5分鐘)加入200μl Buffer PA,充分顛倒混勻,置于-20℃冰箱放置5min;
(4)4℃ 10000rpm離心5分鐘,將上清轉移至新管中;
(5)加入等體積的異丙醇,顛倒5-8次使之充分混勻-20℃,放置20min;
(6)4℃ 10000rpm離心10分鐘,棄上清;
(7)加入1ml預冷的75%的乙醇,漂洗1-3min,4℃ 10000rpm離心2分鐘,棄上清;
(8)開蓋室溫倒置10-20min,至殘留的乙醇完全揮發(fā)。得到的DNA用30-50μl純凈水溶解;
(9)提取的DNA可進行下一步實驗或-20℃保存。
二、cytb基因片段的PCR擴增
1、引物的設計與合成
本發(fā)明通過對NCBI數(shù)據(jù)庫中雞cytb全序列進行生物信息學比對分析,選取適合設計引物和探針的保守片段序列為靶目標,應用Primer express 3軟件、Primer Premier 5軟件以及Oligo 7軟件,設計了一組實時熒光定量PCR引物和探針以及一組相關序列的外圍引物。
本發(fā)明選取的擴增序列如下:
該外圍引物序列如下:
上游引物:chickencytb532F:5'- CGATTCTTCGCTTTACACTTC-3'
下游引物:chickencytb1031R:5'- TGATGATGAAGGGGTGTTCTA-3'
擴增片段大小為:520bp。
2、PCR反應體系和反應條件
以DNA為模板,以上述外圍引物chickencytb532F/ chickencytb1031R為擴增引物,采用下述體系和反應條件進行PCR擴增。
PCR反應體系:
10×PCR buffer 5μl
dNTP(2.5μM) 2μl
引物F(10μM) 2μl
引物R(10μM) 2μl
模板 2.4μl
Taq酶(5U) 1.6μl
ddH2O 35μl
總體積 50μl。
其中引物采用chickencytb532F/ chickencytb1031R,Taq酶采用北京百泰克Power Taq Plus DNA Polymerse,PCR擴增儀為北京百泰克iCycling系列96梯度PCR儀。
擴增程序/反應條件:
94℃預變性5min;94℃ 30s、55℃ 30s、72℃ 30s,35個循環(huán);72℃ 10min。取5μL擴增產物進行1%瓊脂糖電泳,檢測PCR產物大小,然后采用Axygen公司生產的DNA凝膠回收試劑盒純化回收剩余的PCR擴增產物。
三、重組質粒pMD18-T-chickencytb的構建和轉化
1、連接反應:將上述純化得到的PCR擴增產物與pMD18-T(大連寶生物公司)進行連接,采用如下連接體系進行配制:
pMD18-T vector 1μL
回收DNA 2μL
SolutionⅠ 5μL
ddH2O 2μL
總體積 10μL。
配制完成后置于16℃過夜,進行連接反應。
2、pMD18-T-chickencytb質粒的轉化以及PCR鑒定
(1)從-70℃的超低溫冰箱中取出凍存的DH5α感受態(tài)細胞,置于冰盒上使其自然解凍;
(2)取連接產物10μL加入50μL的DH5α感受態(tài)細胞中,輕輕搖勻后置冰浴30分鐘;
(3)42℃水浴中熱休克90秒,熱休克后立即置冰上冷卻2min;
(4)向1.5ml EP管中加入預冷的400μl的LB液體培養(yǎng)基(不含氨芐青霉素)混勻后,37℃ 200轉/分輕搖培養(yǎng)1h;
(5)將上述培養(yǎng)液搖勻后取100μl涂布于含100mg/ml Amp、24mg/ml IPTG、20mg/ml X-gal的LB平板上,正面向上放置30min,待菌液完全被培養(yǎng)基吸收后,倒置培養(yǎng)皿37℃恒溫箱培養(yǎng)過夜;
(6)次日觀察,從平板上挑取白色單克隆菌落于100μL LB液體培養(yǎng)基(含100mg/ml氨芐青霉素)的PCR管中,37℃振蕩培養(yǎng)2-3小時。吸取2μL作為模板進行PCR鑒定,剩余的菌液加入到20ml的LB液體培養(yǎng)基中進行擴搖;
(7)用載體通用引物RV-M/M13-47擴增上述稀釋菌液,PCR產物采用1%瓊脂糖凝膠電泳,通過檢測PCR產物大小鑒定陽性轉化子。
引物RV-M/M13-47序列如下:
引物 RV-M: 5’-GAGCGGATAACAATTTCACACAGG-3’
引物 M13-47: 5’-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC-3’
PCR反應體系如下:
10×PCR buffer 2.5μL
dNTP(2.5μM) 0.5μL
引物F(10μM) 0.5μL
引物R(10μM) 0.5μL
模板 2μL
Taq 酶(5U) 0.5μL
ddH2O 18.5μL
總體積 25μL。
擴增程序/反應條件:94℃預變性5min;94℃ 30s、55℃ 30s、72℃ 1min,35個循環(huán);72℃ 10min。
(8)采用Axygen公司生產的質粒制備試劑盒提取陽性重組質粒,測定濃度和純度,同時吸取一部分純化質粒送至上海生物工程有限公司進行測序,確定插入片段的基因序列與目的序列一致。
四、標準品的獲取和定量
1、將步驟三得到的含有重組質粒pMD18-T-chickencytb的大腸桿菌DH5α100μL轉種于5mL的LB液體培養(yǎng)基,37℃ 200rpm過夜搖培;
2、取1ml培養(yǎng)過夜的菌液轉種于30ml LB液體培養(yǎng)基,200rpm 增菌培養(yǎng)2-3小時,然后采用Axygen公司生產的質粒制備試劑盒提取質粒;
3、利用北京百泰克生物科技有限公司超微量紫外可見分光光度計(ND5000)對提取的質粒進行測定,測定A260、A280,根據(jù)A260/A280判斷質粒的純度;
4、質粒pMD18-T-chickencytb濃度(拷貝數(shù))計算
(1)質粒的分子量=3212bp×660(每對堿基的平均分子量)
(2)測得質粒濃度為121.33ng/μl,質粒純度A260/A280=2.05,A260/A230=1.87。因在進行實時熒光定量PCR時,需要以“拷貝數(shù)”為單位,因此需要將單位轉換成copies/ml。
質粒 copies/ml=阿伏伽德羅常數(shù)×質粒摩爾數(shù)
其中阿伏伽德羅常數(shù)=6.02×1023copies/mol。
因此提取的質粒濃度copies/ml=121.33×10-9g/ml×6.02×1023copies/mol÷(3212bp×660g/bp?mol)=3.5×1010copies/m0l
10μl質粒+25μl的無菌水就得到濃度為1.00×1010copies/ml的質粒,再將該質粒進行10倍比稀釋就可得到一系列濃度的質粒,作為系列標準品,并于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
實施例2 實時熒光定量PCR雞源性方法的建立
一、特異性引物和探針的設計與合成
以上述選取的雞的cytb基因的保守片段為靶目標,應用Primer express 3軟件、Primer Premier 5軟件以及Oligo 7軟件,設計了一組實時熒光定量PCR引物和探針。
作為本發(fā)明的核心,一組用于雞源性實時熒光PCR檢測的引物和探針核苷酸序列如下:
上游引物:chickencytb920F:5’-TCCTCCACAAATCTAAACAACGAAC-3’
下游引物:chickencytb1027R: 5’- ATGATGAAGGGGTGTTCTACTGG-3’
探針:chickencytb947P: 5’-TAACCTTCCGACCACTCTCCCAAAC -3’
該引物和探針擴增目標核苷酸序列為:
探針5’端的熒光報告基團是FAM,3’端標記的是熒光淬滅基團TAMRA。
二、待測樣本的制備
1、牛羊豬肉等肉制品樣本的制備
(1)取5g肉制品用液氮研磨成粉末,加到15ml離心管中,加入10ml SE緩沖液,混勻,4500 r/mim離心15min;
(2)吸取上清,4℃ 12000 r/min離心20min,棄上清,收集沉淀;
(3)加入800μl Buffer Digestion,震蕩混勻。65℃水浴1-3h至細胞完全裂解(注意:1、水浴過程中,每10分鐘顛倒混勻一次,可促進樣品裂解?;旌弦鹤兂吻逋该鳛榱呀馔耆?。如溶液未變澄清,說明細胞裂解不徹底,應當延長水浴時間,否則將可能降低DNA的得率或導致提取的DNA不純。2、如需得到無RNA的DNA,可在水浴后加入20μl的Rnase A,室溫放置2-5分鐘)加入200μl Buffer PA,充分顛倒混勻,置于-20℃冰箱放置5min;
(4)4℃ 10000rpm離心5分鐘,將上清轉移至新管中;
(5)加入等體積的異丙醇,顛倒5-8次使之充分混勻-20℃,放置20min;
(6)4℃ 10000rpm離心10分鐘,棄上清;
(7)加入1ml預冷的75%的乙醇,漂洗1-3min,4℃ 10000rpm離心2分鐘,棄上清;
(8)開蓋室溫倒置10-20min,至殘留的乙醇完全揮發(fā)。得到的DNA用30-50μl純凈水溶解;
(9)提取的DNA可進行下一步實驗或-20℃保存。
2、雞精樣本的制備
(1)取10g雞精樣本用100ml 0.14mol/L的Nacl溶液溶解,加到15ml離心管中,4500 r/mim離心15min;
(2)吸取上清,4℃ 12000 r/min離心20min,棄上清,收集沉淀;
(3)加入800μl Buffer Digestion,10s震蕩混勻;
(4)4℃ 10000rpm離心5分鐘,將上清轉移至新管中;
(5)加入等體積的異丙醇,顛倒5-8次使之充分混勻-20℃,放置20min;
(6)4℃ 10000rpm離心10分鐘,棄上清;
(7)加入1ml 1mol/L的NaCl溶液,漂洗1-3min,4℃ 10000rpm離心2分鐘,棄上清;
(8)提取的DNA可進行下一步實驗或-20℃保存。
三、實時熒光定量PCR條件優(yōu)化
以濃度為1.00×106copies/ml的標準品為模板,采用百泰克公司生產的2×real-time PCR Premixture(probe)實時熒光定量PCR試劑盒進行實驗,實驗采用的實時熒光定量PCR儀為蘇州百源基因技術有限公司生產的ASA-9600實時熒光定量PCR儀。反應體系采用20μl 體系,其中引物和探針的量采用表1組合進行反應。
表1 PCR反應體系中引物和探針不同用量
反應條件:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。結果參照圖1,數(shù)據(jù)顯示20μl 體系時,引物(5μM)和探針(5μM)分別加入1.6μl,Ct值最小,熒光信號最強。
四、方法評估
1、靈敏度實驗
將實施例1制備得到的系列濃度的標準品進行實驗,選取濃度為1.00×108copies/ml、1.00×107copies/ml、1.00×106copies/ml、1.00×105copies/ml、1.00×104copies/ml、1.00×103copies/ml、1.00×102copies/ml等作為梯度模板。反應體系如下:
2×premix 10μl
Primer F(5μM) 1.6μl
Primer R(5μM) 1.6μl
Probe(5μM) 1.6μl
模板 2μl
ddH2O補至 20μl。
反應條件:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。根據(jù)儀器所檢測到的熒光信號經軟件處理獲得熒光曲線,觀察熒光曲線的信號,結果參照圖2,數(shù)據(jù)顯示當質粒濃度達到1.00×103copies/ml時依然有熒光信號,但質粒濃度達到1.00×102copies/ml時未檢測到熒光信號,因此該方法的靈敏度為1.00×103copies/ml。
由圖1和圖2還可以看出,標準品的擴增曲線光滑。
2、特異性實驗
為了證實本發(fā)明對雞源性檢測的特異性,我們選取了常見的11種動物做特異性實驗,選取的動物包括:豬、牛、狗、魚、羊、鴨、鵝、兔、驢、蛙、鼠。
該特異性試驗包括用上述樣本的基因組DNA為模板進行的試驗。反應體系如下:
2×premix 10μl
Primer F(5μM) 1.5μl
Primer R(5μM) 1.5μl
Probe(5μM) 1.5μl
模板 2μl
ddH2O補至 20μl。
反應條件:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。根據(jù)儀器所檢測到的熒光信號經軟件處理獲得熒光曲線,觀察熒光曲線的信號,分析特異性。結果參考圖3,具體結果僅雞組織檢測為陽性,其余動物均為陰性,表明本發(fā)明具有很好的特異性。檢測結果如表2所示。
表2 特異性實驗檢測結果
3、標準曲線制備
以不同拷貝數(shù)的陽性模板的對數(shù)為橫坐標,以PCR反應過程中到達熒光閾值的初始循環(huán)數(shù)(Ct)為縱坐標,得到雞源性的標準曲線,作為待測樣品定量測定的參照標準,結果參見圖4。由圖4可知,Ct值和拷貝數(shù)呈較好的線性關系;以模板初始拷貝數(shù)的對數(shù)為橫坐標,Ct值為縱坐標,繪制出標準曲線方程,標準曲線原始方程為y=a+bx,本次標準曲線的方程為y=40.90-3.37x,所建立的標準曲線符合實時熒光PCR定量的要求。
4、待測樣品的定量檢測
以待測樣品DNA和標準品的DNA為模板,用雞的特異性引物,以相同的體系同時進行雞cytb的基因片段的熒光定量PCR擴增。
PCR反應體系如下:
2×premix 10μl
Primer F(5μM) 1.6μl
Primer R(5μM) 1.6μl
Probe(5μM) 1.6μl
模板 2μl
ddH2O補至 20μl。
反應條件:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。通過標準曲線和待測樣品的Ct值進行牛羊豬肉和雞精中雞源性的快速定量檢測。
5、待測樣品的定性檢測
以待測樣品DNA為模板,用雞的特異性引物,對待測樣品DNA進行雞cytb的基因片段的熒光定量PCR擴增。
PCR反應體系如下:
2×premix 10μl
Primer F(5μM) 1.6μl
Primer R(5μM) 1.6μl
Probe(5μM) 1.6μl
模板 2μl
ddH2O補至 20μl。
反應條件:94℃ 預變性2分鐘,94℃ 15秒、60℃ 40s并收集熒光信號,40個循環(huán)。通過待測樣品的Ct值對牛羊豬肉和雞精中中雞源性進行定性判斷:當Ct值小于38時,為陽性;否則,為陰性。
最后應說明的是:以上所述僅為本發(fā)明的優(yōu)選實施例而已,并不用于限制本發(fā)明,盡管參照前述實施例對本發(fā)明進行了詳細的說明,對于本領域的技術人員來說,其依然可以對前述各實施例所記載的技術方案進行修改,或者對其中部分技術特征進行等同替換。凡在本發(fā)明的精神和原則之內,所作的任何修改、等同替換、改進等,均應包含在本發(fā)明的保護范圍之內。
序列表
<110> 蘇州百源基因技術有限公司
<120> 一組用于雞源性實時熒光PCR檢測的特異性引物和探針
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1143
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
atggcaccca acattcgaaa atcccacccc ctactaaaaa taattaacaa ctccctaatc 60
gacctcccag ccccatccaa catctctgct tgatgaaatt tcggctccct attagcagtc 120
tgcctcatga cccaaatcct caccggccta ctactagcca tgcactacac agcagacaca 180
tccctagcct tctcctccgt agcccacact tgccggaacg tacaatacgg ctgactcatc 240
cggaatctcc acgcaaacgg cgcctcattc ttcttcatct gtatcttcct tcacatcgga 300
cgaggcctat actacggctc ctacctctac aaggaaacct gaaacacagg agtaatcctc 360
ctcctcacac tcatagccac cgcctttgtg ggctatgttc tcccatgggg ccaaatatca 420
ttctgagggg ccaccgttat cacaaaccta ttctcagcaa ttccctacat tggacacacc 480
ctagtagagt gagcctgagg gggattttca gtcgacaacc caacccttac ccgattcttc 540
gctttacact tcctcctccc ctttgcaatc gcaggtatta ctatcatcca cctcaccttc 600
ctacacgaat caggctcaaa caacccccta ggcatctcat ccgactctga caaaattcca 660
tttcacccat actactcctt caaagacatt ctgggcttaa ctctcatact caccccattc 720
ctaacactag ccctattctc ccccaacctc ctaggagacc cagaaaactt caccccagca 780
aacccactag taaccccccc acatatcaaa ccagaatgat attttctatt cgcctatgcc 840
atcctacgct ccatccccaa caaacttgga ggtgtactag ccctagcagc ctcagtcctc 900
atcctcttcc taatcccctt cctccacaaa tctaaacaac gaacaataac cttccgacca 960
ctctcccaaa ccctattctg acttctagta gccaaccttc ttatcctaac ctgaatcgga 1020
agccaaccag tagaacaccc cttcatcatc attggccaaa tagcatccct ctcttacttc 1080
accatcctac ttatcctctt ccccacaatc ggaacactag aaaacaaaat actcaactac 1140
taa 1143
<210> 2
<211> 520
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
cgattcttcg ctttacactt cctcctcccc tttgcaatcg caggtattac tatcatccac 60
ctcaccttcc tacacgaatc aggctcaaac aaccccctag gcatctcatc cgactctgac 120
aaaattccat ttcacccata ctactccttc aaagacattc tgggcttaac tctcatactc 180
accccattcc taacactagc cctattctcc cccaacctcc taggagaccc agaaaacttc 240
accccagcaa acccactagt aaccccccca catatcaaac cagaatgata ttttctattc 300
gcctatgcca tcctacgctc catccccaac aaacttggag gtgtactagc cctagcagcc 360
tcagtcctca tcctcttcct aatccccttc ctccacaaat ctaaacaacg aacaataacc 420
ttccgaccac tctcccaaac cctattctga cttctagtag ccaaccttct tatcctaacc 480
tgaatcggaa gccaaccagt agaacacccc ttcatcatca 520
<210> 3
<211> 130
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tcctccacaa atctaaacaa cgaacaataa ccttccgacc actctcccaa accctattct 60
gacttctagt agccaacctt cttatcctaa cctgaatcgg aagccaacca gtagaacacc 120
ccttcatcat 130